Древна ДНК - научни радови

[Небојша]

Да ли је неко проверио можда онај M205 узорак? Последње што сам видео је да је аутосомално преко 80% "Western Yamnaya". Која је тачна локација ових узорака R1b-Z2103/M205.

То би, ако је уопште M205, био прилично стар европски узорак за ову хаплогрупу, а можда би открио и нове миграционе правце појединих подграна. Не сећам се да смо помињали, али на још једном старом налазишту се неочекивано налази и M205. У питању је рад: Early Medieval Genetic Data from Ural Region Evaluated in the Light of 2 Archaeological Evidence of Ancient Hungarians

[Небојша]

BOY014: 3000-2000 BC; Boyanovo, Bulgaria; LCA/EBA; J2b1-M205

Нажалост, слабо је покривен овај узорак. Свега један SNP на нивоу M205 (PF7301) и три на M102 нивоу. Али по свему судећи јесте J2b-M205. Узорак поседује углавном степску аутосомалну. Доста интересантан резултат. Посебно зато што је пронађен уз R1b-Z2103 која је и данас раширена и разноврсна на простору источног и централног Балкана. Данас на простору Бугарске и нема друге J2b-M205 осим J-Y22059. Поцењена старост подгране 4600 година, што тачно пада у овај период 3000-2000 пре Христа.

Не може се на основу ових информација извући неки конкретан закључак, али балканска Y22059 и изгледа као да је прошла неко уско грло (писали смо о томе више пута). Углавном, ово је први стари узорак J2b-M205 са Балкана.

[Morski]

А овај узорак USV005.merge_Y.bam: Total SNPs: 486 Result (71.4% 5 -0 +2): I-CTS10228 ?

То су програмски избачене предикције хаплогрупа. Прилично непоуздане и са могућим лажним очитавањима. Ништа без ручне провјере.

Ako je vec Crna Guja rucno provjerio i prva dva I-L621 rezultata iz Pazarcika, sto je problem da se provjeri i ovaj ?
Bilo bi dobro i da saznamo odakle je bio ovaj USV005 covjek i kada je zivio.

[drajver]

Нови препринт

Западна Панонија, касни енеолит и рано бронзано доба

Interdisciplinary analyses of Bronze Age communities from Western Hungary reveal complex population histories

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.03.478968v3

[drajver]

Нови препринт

Неолит на простору Мађарске, Словачке, Румуније, Хрватске, Србије и Аустрије, културе Старчево и LBK

Social and genetic diversity in first farmers of central Europe

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.07.07.548126v1

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.07.07.548126v1.full.pdf

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.07.07.548126v1.supplementary-material

[drajver]

Само један узорак припада хаплогрупи E, терминално одређен као E-M78, са LBK налазишта у Аустрији. Свакако би било добро прегледати сирове податке, можда би се могла открити и нека нижа грана.

Углавном доминира хаплогрупа G2a-L1259

[drajver]

Још један скорији рад древне ДНК

Енеолит, италијански Алпи, два узорка (отац и син), припадају грани G2a-L497>Z17815 https://www.yfull.com/tree/G-Z1815/

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352409X2300278X

[Кековац]

Само један узорак припада хаплогрупи E, терминално одређен као E-M78, са LBK налазишта у Аустрији. Свакако би било добро прегледати сирове податке, можда би се могла открити и нека нижа грана.

Углавном доминира хаплогрупа G2a-L1259

Сјајно, прегршт узорака из старијег неолита. Резултати се поклапају са досадашњим налазима из неолита ако се не варам. Златна медаља за хаплогрупу G2a2. Сребро осваја C-V20, а бронзу бих дао хаплогрупи I2a-M223/CTS10057(Z161). Занимљиво да имамо и један узорак из Румуније који је R1b. Погађам да се ради о R-V88, пошто је била заступљена у мезолиту, а видели смо из других радова да је у Румунији опстала та популација све до бронзаног доба и поред најезде анадолских фармера током неолита.

[Никац]

drevna DNK iz Poljske

bronzano doba
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Uk1_35ppeBcjYWr2tnt9uMBP4r174X42/edit?pli=1#gid=787345754

gvozdeno doba, srednji vijek:
https://anthrogenica.com/showthread.php?28606-Genomic-history-of-present-day-Poland&p=939012&viewfull=1#post939012

Stžižov i Mježanovice - uglavnom R1a-Z280, ali im nedostaje lovačko-sakupljačka autosomalna dnk koji imaju današnji Balto-Sloveni.
Tščinjec kultura - autosomalno blisko srodni Balto-slovenima, ali pripadaju uglavnom nekim granama i2a koje su danas rijetke u istočnoj Evropi, pa se čini da nisu direktni preci današnjih Slovena, barem ne ova grupa iz zapadne Poljske koja je testirana.
Pševorsk kultura - autosomalno slična Keltima i današnjim Francuzima
Wielbark kultura- autosomalno slični Skandinavcima, oko Gdanjskog zaliva ima i genetskih Skandinavaca i Slovena (tu se pominju Goti i Venedi)
srednji vijek - Sloveni, ima nešto Balta i "južnih Slovena" s jakom paleobalkanskom primjesom, kao i kod srednjovjekovnih Čeha i Rusa.

[Кековац]

drevna DNK iz Poljske

bronzano doba
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Uk1_35ppeBcjYWr2tnt9uMBP4r174X42/edit?pli=1#gid=787345754

gvozdeno doba, srednji vijek:
https://anthrogenica.com/showthread.php?28606-Genomic-history-of-present-day-Poland&p=939012&viewfull=1#post939012

Stžižov i Mježanovice - uglavnom R1a-Z280, ali im nedostaje lovačko-sakupljačka autosomalna dnk koji imaju današnji Balto-Sloveni.
Tščinjec kultura - autosomalno blisko srodni Balto-slovenima, ali pripadaju uglavnom nekim granama i2a koje su danas rijetke u istočnoj Evropi, pa se čini da nisu direktni preci današnjih Slovena, barem ne ova grupa iz zapadne Poljske koja je testirana.
Pševorsk kultura - autosomalno slična Keltima i današnjim Francuzima
Wielbark kultura- autosomalno slični Skandinavcima, oko Gdanjskog zaliva ima i genetskih Skandinavaca i Slovena (tu se pominju Goti i Venedi)
srednji vijek - Sloveni, ima nešto Balta i "južnih Slovena" s jakom paleobalkanskom primjesom, kao i kod srednjovjekovnih Čeha i Rusa.

Позна Пшеворска култура је се ширила према југоистоку и дошла у додир са Зарубињецком културом преко своје волинско-подолске групе. Можда су они пренели хаплогрупу I-CTS10228 Старим Словенима. TMRCA се добро уклапа у тај сценарио а и постојање другог несловенског огранка Y81696 ове хаплогрупе у Француској.

[CosicZ]

Видим да су ових дана објављени сирови резултати из рада Early contact between late farming and pastoralist societies in southeastern Europe

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB62503

Гуја је неке од ових већ детаљније прегледао, надам се да ће нешто од тога објавити и овдје.

https://www.nature.com/articles/s41586-023-06334-8

A principal finding from our study indicates early contact and admixture between CA farming groups from SEE and Eneolithic groups from the steppe zone in today’s southern Ukraine, possibly starting in the middle of the fifth millennium BC when settlement densities shifted further north, connecting the lower Danube region with the coastal steppe and Cucuteni–Trypillia groups of the forest–steppe. Archaeological evidence shows that the early CA Gumelniţa groups had already settled deep into the steppe zone by the mid-fifth millennium BC, introducing elements of a farming lifestyle but also carrying cultural influences from local HG groups53. The succeeding Cernavodă I and Usatove archaeological cultures were heavily influenced by local CA cultures and surrounds. During the fourth millennium BC, the northwestern Pontic region experienced intensified contact with Steppe Eneolithic groups, while these in turn also had contact with groups in the North Caucasus, such as Maykop, all of which are mirrored by the genomic data presented here. Moreover, despite the close geographical proximity of the Ukrainian sites studied, we were able to trace different admixture histories. Here, the heterogeneity of the individuals from the site Kartal stands out, which is located on the Danube delta at the northern end of the former distribution of the Chalcolithic Gumelniţa–Kodžadermen–Karanovo VI complex and thus represents the transformative nature and dynamics of the fourth millennium BC in action. By contrast, the more homogenous Majaky and Usatove groups, located north of the Dniester River, show that such assimilation processes had already occurred, suggesting that contact and exchange between transitional foragers and early pastoralist groups from the forest–steppe zone and non-local SEE farmer-associated groups had started already in the late fifth millennium BC. Moreover, variable cultural influences attested by the archaeological record40,41,53 are also traceable genetically. We argue that livestock, innovations and technological advances were exchanged through these zones of interaction, which then led to the establishment of fully developed pastoralism in the steppe by the end of the fourth millennium BC. Gene flow from both contact zones into the steppe could also explain the small amounts of farmer-related ancestry in the emerging Yamnaya pastoralists, which differentiates them from the Steppe Eneolithic substrate and accounts for subtle geographical structure in the vastly expanding territory/range.

The early admixture during the Eneolithic presented in this study appears to be local to the northwestern Black Sea region of the fourth millennium BC and did not affect the hinterland in SEE. In fact, EBA individuals from the fourth and third millennia BC from YUN and PIE do not show traces of steppe-like ancestry but instead a resurgence of HG ancestry observed widely in Europe during the fourth millennium BC (refs. 4,29,54,55). This indicates the presence of remnant HG groups in various non-farmed regions, for example, highlands and uplands or densely forested zones and wetlands and a mosaic of ancestries rather than a genetically uniform CA and EBA Europe.

While only a few tell sites have been resettled by local and/or incoming groups who did not originate in the North Pontic region, we can trace the appearance of migrants from the steppe, clearly attributed to Yamnaya culturally and genetically, in the local time transect at Majaky but also at Boyanovo in the Bulgarian lowlands of the Thracian Plain. The subtle differences in genetic ancestries between these two when compared to different Yamnaya-associated groups account for their geographical locations and different stages of genetic and perhaps, cultural assimilation. Two outlier individuals from EBA YUN and BOY bear witness to occasional admixture between inhabitants of EBA tells and incoming steppe pastoralists. Ultimately, the third millennium BC form of ‘steppe’-ancestry is expected to have reached the Great Hungarian plain, from where it diversified and spread further west. The interaction between local and incoming groups in SEE did not result in archaeologically visible conflicts or a near-complete autosomal genetic turnover as observed in Britain or a replacement of the Y-chromosome lineages in the Iberian Peninsula36,56.

[Кековац]

Прегледао сам синоћ тек пар узорака, оних нама најзанимљивијих:


YUN037; ~4600-4300 BC; Yunatsite, Pazardzhik, Bulgaria; KGK_VI_CA; I2-L621 (xY45825,CTS4002,Y85772)

L621 level: 8 derived SNPs

L621>Y45825 level: 6 ancestral SNPs

L621>CTS10936 level: *no calls*

L621>CTS10936>S19848 level: DEL

L621>CTS10936>S19848>CTS4002 level: CTS4002- C>A (1C); S23503/SK1240/YP198- G>A (1G)

L621>CTS10936>S19848>Y85772 level: Y101018- C>T (1C); Y94278- G>A (1G)


YUN038; ~4600-4300 BC; Yunatsite, Pazardzhik, Bulgaria; KGK_VI_CA; I2-L621>CTS10936>S19848* (xCTS4002,Y85772)

L621 level: 26 derived SNPs, 1 ambiguous SNP, 1 ancestral SNP

L621>CTS10936 level: CTS11768+ C>A (2A); FGC12092/YP224+ G>A (2A)

L621>CTS10936>S19848 level: S19848+  T>A (4A)

L621>CTS10936>S19848>CTS4002 level: CTS4002- C>A (2C)

L621>CTS10936>S19848>Y85772 level: 11 ancestral SNPs


Занимљиво је да два узорка из Варне (VAR009 и VAR018) припадају прилично реткој грани, паралелној са E-V13:

https://www.yfull.com/tree/E-Y182141/

Ова два узорка су заправо око 2000 година млађа, из 2800 п.н.е. Реч је о два блиска рођака. Један од њих, YUN037, је у допунској табели означен као CTS4002.

[Црна Гуја]

Ова два узорка су заправо око 2000 година млађа, из 2800 п.н.е. Реч је о два блиска рођака. Један од њих, YUN037, је у допунској табели означен као CTS4002.

Реч је о рођеној браћи, а један од њих (YUN038) је директно датиран у период 2911-2765 п.н.е., тј. у рано бронзано доба. Обојици је терминална позиција на стаблу I2-L621>CTS10936>S19848* (xCTS4002,Y85772), што ће рећи да су негативни на CTS4002. YUN038 има CTS4002-  C>A (2C), а YUN037 има CTS4002-  C>A (1C) и S23503/SK1240/YP198-  G>A (1G).

[Кековац]

Реч је о рођеној браћи, а један од њих (YUN038) је директно датиран у период 2911-2765 п.н.е., тј. у рано бронзано доба. Обојици је терминална позиција на стаблу I2-L621>CTS10936>S19848* (xCTS4002,Y85772), што ће рећи да су негативни на CTS4002. YUN038 има CTS4002-  C>A (2C), а YUN037 има CTS4002-  C>A (1C) и S23503/SK1240/YP198-  G>A (1G).

Хвала на појашњењу. Мислим да је ово веома интересантно откриће јер је старост хаплогрупе S19848 процењена на YFull-у на 5500 година. Уз већ раније откривене узорке ове хаплогрупе на Источном Балкану из раног бронзаног доба упућује на матицу ове хаплогрупе на овом подручју, упркос данашњој већој разноврсности на западу Европе. Ту је и мало старији узорак PIE078 који је означен као L621/S392 а стар је преко 5000 година (директно датиран).

[Кековац]

BOY014: 3000-2000 BC; Boyanovo, Bulgaria; LCA/EBA; J2b1-M205

Нажалост, слабо је покривен овај узорак. Свега један SNP на нивоу M205 (PF7301) и три на M102 нивоу. Али по свему судећи јесте J2b-M205. Узорак поседује углавном степску аутосомалну. Доста интересантан резултат. Посебно зато што је пронађен уз R1b-Z2103 која је и данас раширена и разноврсна на простору источног и централног Балкана. Данас на простору Бугарске и нема друге J2b-M205 осим J-Y22059. Поцењена старост подгране 4600 година, што тачно пада у овај период 3000-2000 пре Христа.

Не може се на основу ових информација извући неки конкретан закључак, али балканска Y22059 и изгледа као да је прошла неко уско грло (писали смо о томе више пута). Углавном, ово је први стари узорак J2b-M205 са Балкана.

У приложеној табели је наведено да је овај узорак жена.

[Кековац]

Нови археогенетски рад везан за један неолитски локалитет у Француској https://www.nature.com/articles/s41586-023-06350-8. Од 57 мушких скелета само две хаплогрупе су присутне: G2a2b2a1a2 и H2m. Изгледа да су и неолитске заједнице биле патрилокалне.

[Ивица Јовановић]

Нови археогенетски рад везан за један неолитски локалитет у Француској https://www.nature.com/articles/s41586-023-06350-8. Од 57 мушких скелета само две хаплогрупе су присутне: G2a2b2a1a2 и H2m. Изгледа да су и неолитске заједнице биле патрилокалне.

Dan Davies baš o tome (o patrilokalnim neolitskim zajednicama) govori u svom poslednjem videu - This is the Oldest Family Tree in the World. Ko zna malo engleskog može da ga pogleda na njegovom kanalu - Dan Davis History.

[Кековац]

Локалитет Јунаците је велики тел, на тој локацији се са повременим прекидима живело од раног неолита па до краја праисторије. Узорци које је Гуја прегледао потичу из халколитске (енеолитске, бакарнодобне) фазе која се везује за културу Караново VI (једног од основних стубова археолошког комплекса Коџадермен-Гумелница-Караново VI); та фаза је имала насилан крај, приликом чега је дошло до спаљивања насеља и погибије његових становника (за које су написали да су се у тренутку напада углавном састојали од жена, деце и старих људи); у спаљеним остацима станишта су налажени и скелетни остаци погинулих, често са јасним знацима насилне смрти. Било би добро проверити да ли узорци YUN037 и YUN038 припадају некима од тих насилно страдалих или су укопани на стандардан начин, односно да су пронађени унутар некрополе. Цео археолошки комплекс коме је припадала култура Караново VI се наслањао и био у блиским односима са североисточнијом Кукутени-Трипоље културом, са којом се прожимао на простору Влашке низије (такође култура Варне припада овом комплексу и прилично је блиска са Караново VI културом). Ако се добро сећам, још неки I2-L621 узорци су нађени и у Румунији, нисам сигуран да ли се исто датују као и Караново VI (друга половина 5. миленијума п.н.е.), у сваком случају мени делује да се I2-L621 најпре може везати уз Кукутени-Трипоље, иако на тамошњим налазиштима није још увек нађена (можда је била присутна јужније, односно само на простору Румуније?).

Ова два узорка су директно датирана на рано бронзано доба, али су у раду објављени и узорци из халколита са истог локалитета. Занимљиво је да се аутозомална генетика није готово ни променила на овом локалитету, па су ови узорци аутозомално веома блиски међусобно без обзира да ли су из халколита или бронзаног доба. У оба случаја је реч о генетици неолитских земљорадника из Анадолије. Једини изузетак је узорак YUN041 из раног бронзаног доба који има доста степске генетике.

Још један узрок PIE078 који има хаплогрупу L621 је са самог почетка бронзаног доба из Румуније. И он је аутозомално сличан неолитским популацијама Балкана. С обзиром да је у раду публиковано неколико узорака из енеолитских култура североисточно од овог налазишта и да је већ тада степска генетика почела подручју Влашке и Балкана да буде значајно заступљена мислим да може да се претпостави да је хаплогрупа L621 дочекала степске сточаре на истоку Балкана.

[НиколаВук]

Ова два узорка су директно датирана на рано бронзано доба, али су у раду објављени и узорци из халколита са истог локалитета. Занимљиво је да се аутозомална генетика није готово ни променила на овом локалитету, па су ови узорци аутозомално веома блиски међусобно без обзира да ли су из халколита или бронзаног доба. У оба случаја је реч о генетици неолитских земљорадника из Анадолије. Једини изузетак је узорак YUN041 из раног бронзаног доба који има доста степске генетике.

Још један узрок PIE078 који има хаплогрупу L621 је са самог почетка бронзаног доба из Румуније. И он је аутозомално сличан неолитским популацијама Балкана. С обзиром да је у раду публиковано неколико узорака из енеолитских култура североисточно од овог налазишта и да је већ тада степска генетика почела подручју Влашке и Балкана да буде значајно заступљена мислим да може да се претпостави да је хаплогрупа L621 дочекала степске сточаре на истоку Балкана.

Да, прва информација је била да су узорци L621 из Јунацита из халколитског периода, после је дошла информација да су млађи и да потичу из раног бронзаног доба. Било би добро прегледати за коју археолошку културу би могли да се вежу, односно да се види која култура је била присутна на телу Јунаците током раног бронзаног доба. Мени се и даље с обзиром на "географију" налазишта где су пронађени ти стари L621, а узимајући у обзир и њихов аутозомни профил, чини да би најбољи кандидат за њихово извориште требала бити неолитска Кукутени-Трипоље култура.

[Кековац]

Да, прва информација је била да су узорци L621 из Јунацита из халколитског периода, после је дошла информација да су млађи и да потичу из раног бронзаног доба. Било би добро прегледати за коју археолошку културу би могли да се вежу, односно да се види која култура је била присутна на телу Јунаците током раног бронзаног доба. Мени се и даље с обзиром на "географију" налазишта где су пронађени ти стари L621, а узимајући у обзир и њихов аутозомни профил, чини да би најбољи кандидат за њихово извориште требала бити неолитска Кукутени-Трипоље култура.

Узорци из Кукутени-Трипољске културе имају значајан EHG уплив за разлику од EBA PIE078+YUN кластера које су аутозомално моделовали као анадолске пољопривреднике са упливом CHG и WHG генетике али без EHG генетике. Изгледа да су ови узорци L621 из EBA потомци Чернавода културе која се из Влашке ширила паралелно са ширењем Културе гробних јама, чији су узорци са локалитета Бојаново.