ДНК порекло > Аутосомална ДНК

Цртежи родствених удаљеностий свѣтских становништава

(1/8) > >>

Александар Невски:
Направих рачунарски поступак за одређивање оса найвеће разноликости у узорцих људскога ДНК-а на великом бройу СНПова. Знам да има тога у свѣту, али мени то бѣше изазов. А мислим и да би ни могло бити користно, йер нѣсам нашао неки да йе слободан за коришћење, и йош са "сажваканима" подацима. Двѣ по двѣ осе уклапам у 2М слике, и тако добиям цртачки приказ удаљеностий међу земаљскими становништви. Користим близу тисушту ДНК узорака људий из разних крайева свѣта, са подухвата ХГДП (Хуман Геноме Диверситы Пройецт). Тамо има около 650 тисушт СНПова, али я у овом прорачуну коришћах првих сто тисушт, ради брзине.

Мишљења сам да се на 650.000 неће добити велика разлика, али ћу и то йедном одрадити, када будем имао цѣо дан врѣмена за прорачун. Из прорачуна избацих све СНП-ове са полних хромозомъ и МтДНК. Посебну тешкоћу прѣдстављаше чињеница да йе улазно спремиште ХГДПа са сировима подацима огромно, прѣко 2ГБ, што значи да се не може цѣло учитати у памћење рачунара, те га морах обрађивати са сталним учитавањем дѣла по дѣла са тврдога колута, и то много путъ, пошто йе поступак са произвољним бройем понављаний, док се не постигне задата тачност.



Ово су осе 1 (Х) и 2 найвеће разноликости, койе држе 6.497% односно 4.95% постотака разноврсностий људске наслѣдне твари, по ових узорцих.

У доњем десном углу су европски народи и лѣво и изнад њих су у близини народи са Блискога Истока (Адигейци са севернога Кавказа, Палестинци, Друзи, Бедуини, Мозабити (Алжирска Сахара)).
Лѣви доњи крак чине народи из Источне Азийе, почев од Япанаца и Кинезъ скроз лѣво, па преко Якутъ, Камбоџанаца и у срѣдини Уйгуръ према Европи. Ту до њих су и Папуанци и НАН Меланежани (шта год они били), и йош неки мали кинески народи.
Горњи десни крак чине афрички народи. Скроз на врху су Мбути и Бяка Пигмейи (два народа), затим Йужноафрички Бантуи, Йорубе, Сан (Намидия), Манденке, и кенийски Бантуи. Они се настављайу кроз Мозабите у Европљане.
Лѣво горе од Европе, иза Блискоисточњакъ су четири народа из Пакистана, Брахуйи (тамно смеђи прав.), Синди, Бурушо и Балочи.
Горе лѣво йе крак америчких Индиянаца. Найближи Европи су Майе (маслинасти прав.), а ту су и Пима (Мексико, зелени иксић), Каритиана и Суруи из Бразила (найдаљи од Евр.) и Колумбийци (блѣди плавичасти иксић).
Тамно зелени правоугаоници мало лѣво од Европе су Руси. Йедино неочекивано йе што су Адигейци (плави крстић) између Русъ и Оркадияца (Шкотска, свѣтло зелени прав.). На других двѣйу сликах су Руси и Оркадийци йедни до других, али су овдѣ размакнути. Ко зна, можда има каквих грѣшака. Чак примѣтих да ми два пута у прорачунах прво даде осу са мањом врѣдношћу па онда наредну са (врло мало) већом. Мораћу видѣти зашто се то дешава и како то рѣшити. Мада ми найчешће дайе редом. Тамно плаво, скроз долѣ десно су скупина Сардинияца. У срѣдини Европе су измѣшани Фр. Баски (наран. прав.), Французи (масл. прав), Сѣв Италияни (љубич. прав.) и Тосканци (плави иксић). Сѣверно су Друзи (наранџасти крстић) и црвени Палестинци.



На овой слици су осе 3 (Х) и 4, са 3.53% / 0.90%.



И осе 5 и 6, са 0.88% / 0.64%.

Имам неколико узорака цртайућих се у других становништвах а далеко од "свойега", немойте на то обраћати пажњу, вѣроватно се ради о мойой грѣшци при одређивањи койему становништву припада койи узорак.  Поправићу то када имаднем врѣмена.

У наредних недѣљах намѣравам йош понешто урадити. Прво, са стране користничкога сучеља, намѣравам исписати имена становништава у их тежиштих, повећати брой ознака ради лакшега сналажења са већим бройем становништава, затим мислим омогућити увеличавање и умањивање дѣлова цртежа и помѣрање у свих правцих.
Али главне измѣне су што намѣравам ово повезати и са подацима из подухватъ Бехара и Йунусбайева, гдѣ има података йош много становништава. У првога имам наше сусѣде, Румуне, Мађаре, Турке, а у другога и Бугаре. Но, невоља йе што се њихови подаци, свийх трийу, налазе у потпуно различитих и тешко упоредивих облицих, на страну што су различита уређења самих спремишт гдѣ су подаци похрањени. Найвећа тешкоћа йе што су саме врѣдности на СНП-овах у различитих облицих, у ХГДП-а су рецимо (АГ, ЦТ, ГТ, АТ...), док су у Бехара то увѣк А или Б (не зна се койи йе шта). У Йунусбайева су подаци слични ХГДП-у, дайу се двойке и им супротна двойка (рецимо GG- CC+). Найгоре ће бити са Бехаром, ту ћу морати правити самостално рачунарско прѣпознавање (гатање!! :-) ) коя врѣдност његових АБ прѣдставља койу врѣдност у ХГДП-а, за сваки СНП посебно. То ћу вѣроватно морати радити поређењем учестаностий врѣдностий за сваки СНП посебно на сличних народах (рецимо Бѣлоруси у Бехара и Руси у ХГДП-а, или друге блиске двойке).

И, што йе веома важно, намѣравам омогућити учитавање података личних исходъ са ФТДНА или 23АндМе. Тиме ће свако наш моћи погледати гдѣ се налази на родственой слици свѣта, и то не само на првих двейу осах, него и на осталих. Но, чека ме дуг пут у писању кључа. Биће то црначки посао, мада йе найгоре за мном, йер йе рачунски дѣо готов (осим йурења грѣшака).

Поступак уз пут рачуна и еуклидске удаљености узорака, односно становништава, али то за сада нећу обявљивати, йер су превише велики (сваки са сваким), него ћу йедном, када будем успѣо учитати и остале подухвате, обявити пойедине, за нас занимљиве, рецимо одстояње Срба од других (за сада имам само йедан србски ДНК узорак, мой).

Синиша Јерковић:
Невски, да ли овај твој програм може да се користи за y- днк стр маркере, тј. да ли би могао да направиш неки програм гдје би се , рецимо убацило 20-так различитих 17-маркерних хаплотипова и да у коначном резултату сваки хаплотип представља тачкицу на одређеној удаљености од оне друге, слично овоме што си сад представљао. Мислим да има неки сличан програм АМОВА , али мало ми је компликован за коришћење.

Александар Невски:
Да, о том и я већ размишљах.  И то ћу йедном и урадити, убацићу све И2а Дин хапловрсте са 67 ознака у њега. То йе много лакше, йер се овдѣ ради о мѣрном простору величине 67, док йе при СНПовах мѣра (димензия) задатка брой их, односно 100.000! То би урадио много, много брже. За малопрѣђашњи прорачун му трѣбаше около 110 мин. На жалост, нећу имати врѣмена до другога края недѣље, слѣдећега нѣсам дома, а раднима данима радим "као црнац" на послу.

Александар Невски:
Ево найновийега степена развоя мойега поступка за цртање родствених удаљеностий. Найважнийе йе што исправих грѣшку у прорачуну, те сад дайе нешто боље распореде гроздова.


Укратко, долѣ лѣво йе афрички правац, а десно йе источно-азийско - амерички. Индиянци су мало изнад источно-Азияца. Мало испод Азияца су издвойени Папуанци и НАН-Меланезийци. Европљани са околином су у горњем лѣвом крайу.



А сада ево увеличанога европскога дѣла. Руси (тамно зелени правоугаоници су десно), лѣво од њих су Адигейци са сѣвернога Кавказа, горе (свѣтло зелени прав.) су Оркадийци, а скроз горе лѣво су Сардинийци. Маслинасти правоугаоници су Французи, наранџасти су Баски, љубичасти су сѣверни Италияни, плави иксићи су Тосканци, а испод њих су редом Друзи (найближи Европљаном), Палестинци и Бедуини, сви из Израела.

Надам се да ћу за два слѣдећа края недѣље успѣти повезати ово и са подацима Йунусбайева и Бехара, што ће ни дати у Европи Румуне, Бугаре, Мађаре, Бѣлорусе, Украйинце, Литванце и Шпанце, а ван Европе Турке и Йермене, између осталих ваневропских. На шта ћу онда надовезати и себе, йедине србске исходе у мойем домашайу. Ако ко има свойе податке, молим да ми их да, да видимо гдѣ смо, и да боље срачунам еуклидске удаљености нас са осталими народими.

Александар Невски:
Данас успѣх убацити у мой рачунарски поступак и узорке из збирке Йунусбайева. Бугари и Украйинци из Европе, и више кавкаских и неколико народъ из срѣдње Азийе. Ако то икога занима. Убацих и мойе исходе ФТДНА Трагача Породице.



Ево и увеличанога дѣла са Европом и околином.



Види се да се сада боље издваяйу становништва него до сада. Рецимо Чечени, Мордови, Йермени, Курди, Украйинци, Руси Сардинийци, прилично добро се одваяйу од осталих. Овдѣ се суочих са двома изненађењима:
Бугари су ми прѣвише "долѣ" а я прѣвише "горе". Очекивах да ћу бити врло близак Бугаром. Ни за йедно немам обяшњење, поготово не за мене. Све имам утисак да йе са мойим положайем грѣшка по срѣди, али йу не могу пронаћи. Ако неко мисли да сам се намѣрно намѣстио да будем близу Оркадияца (сѣверна Шкотска), вара се. Тако нешто не бих чинио чак ни да желим бити близу западним мужеложникомъ. Найрадийе бих био близу Русомъ, али на жалост нѣсам. :-(





Ево и оса три и четири. Индиянски крак и йужноострвљани (долѣ) се ясно одваяйу. Источна Азия се нешто слабийе издвая, Африка йош слабийе, док у Европи влада расуло. Не зна се ко кога ...



Ево увеличанога дѣла. Можда ће се поправити када га будем урадио са свима СНПовима и са више народъ и узорака. Ово урадих са 150 000 СНПова, првих по реду.

Идућега края недѣље се надам да ћу придодати и податке збирке Бехара, од чега ћу добити и Румуне, Мађаре, Шпанце, Бѣлорусе, Литванце и гомилу народъ из околине Европе, међу њима и Турке. Па да се коначно упоредимо и видимо колико смо стварно блиски са њими.


Напомена (07.10.2013):
Све горње слике су дорађене, послѣ исправке грѣшке са усаглашавањем података ХГДП-а, Йунусбайева и мойега ФТДНА узорка. Сада бише се они трѣбали налазити у правилном односу. Горња писания нѣсам мѣњао.

Навигација

[0] Индекс порука

[#] Следећа страна