Генетичко поријекло Срба

[drajver]

Покушао сам данас да пребацим bam фајл узорка I18719 на Гедмеч, али нисма успио. Не знам да ли је потребно да се пребаци у неком другом формату. Гедмеч има неку малу базу археогентичких узорака, али је најзначајнији од свега што се могу упоредити сегменти хромозома тих узорака старе днк и савремених појединаца у бази. Кад би I18719  постојао у бази Гедмеча, у поређењу са мојим узорком  (иначе смо веома аутосомално блиски), мислим да бисмо веома брзо могли установити да ли се ради о скоријем или давнашњем узорку. Уколико бисмо дијелили сегменте веће од 10cM и поготово ако би их било више, не би се могло радити о узорку из Бронзаног доба. Иначе, највећи сегменти древне днк из базе Гедмеча са којима имам поклапање не прелазе 6 cM, а и то је само један сегмент код једног узорка.

Не знам да ли постоји још нека база сем Гедмеча гдје би могли да се упореде IBD сегменти два узорка (савременог и древног)?

[Ojler]

Покушао сам данас да пребацим bam фајл узорка I18719 на Гедмеч, али нисма успио. Не знам да ли је потребно да се пребаци у неком другом формату. Гедмеч има неку малу базу археогентичких узорака, али је најзначајнији од свега што се могу упоредити сегменти хромозома тих узорака старе днк и савремених појединаца у бази. Кад би I18719  постојао у бази Гедмеча, у поређењу са мојим узорком  (иначе смо веома аутосомално блиски), мислим да бисмо веома брзо могли установити да ли се ради о скоријем или давнашњем узорку. Уколико бисмо дијелили сегменте веће од 10cM и поготово ако би их било више, не би се могло радити о узорку из Бронзаног доба. Иначе, највећи сегменти древне днк из базе Гедмеча са којима имам поклапање не прелазе 6 cM, а и то је само један сегмент код једног узорка.

Не знам да ли постоји још нека база сем Гедмеча гдје би могли да се упореде IBD сегменти два узорка (савременог и древног)?

Не иде BAM фајл на Гедмеч. Требају ти они аутозомни фајлови или VCF. Можеш то сам направити са WGSExtract алатом ако је тај BAM фајл са Hg19 поравнањем.

https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=2476.msg153766#msg153766

[barbarylion]

Покушао сам данас да пребацим bam фајл узорка I18719 на Гедмеч, али нисма успио. Не знам да ли је потребно да се пребаци у неком другом формату. Гедмеч има неку малу базу археогентичких узорака, али је најзначајнији од свега што се могу упоредити сегменти хромозома тих узорака старе днк и савремених појединаца у бази. Кад би I18719  постојао у бази Гедмеча, у поређењу са мојим узорком  (иначе смо веома аутосомално блиски), мислим да бисмо веома брзо могли установити да ли се ради о скоријем или давнашњем узорку. Уколико бисмо дијелили сегменте веће од 10cM и поготово ако би их било више, не би се могло радити о узорку из Бронзаног доба. Иначе, највећи сегменти древне днк из базе Гедмеча са којима имам поклапање не прелазе 6 cM, а и то је само један сегмент код једног узорка.

Не знам да ли постоји још нека база сем Гедмеча гдје би могли да се упореде IBD сегменти два узорка (савременог и древног)?

Ja sam imao istu ideju.
Ako imaš pristup uzorku skini raw data fajl.

[drajver]

Ja sam imao istu ideju.
Ako imaš pristup uzorku skini raw data fajl.

Бам фајл узорка је доступан на сљедећем линку https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SAMEA10556875?show=reads

Нисам радио са овим WGSExtract па ако успијем да га скинем и конвертујем фајл узорка, могао бих сутра пробати да га подигнем на гедмеч.

[Ojler]

Бам фајл узорка је доступан на сљедећем линку https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SAMEA10556875?show=reads

Нисам радио са овим WGSExtract па ако успијем да га скинем и конвертујем фајл узорка, могао бих сутра пробати да га подигнем на гедмеч.

Пребацио сам узорак на Гедмеч. Требао би сутра у току дана да буде спреман за IBD анализу, али етнички калкулатори већ могу да се користе:

[drajver]

Пребацио сам узорак на Гедмеч. Требао би сутра у току дана да буде спреман за IBD анализу, али етнички калкулатори већ могу да се користе:

Хвала, колега Ојлеру.  Рачунао сам на вас.

Упоредићу сегменте чим узорак буде спреман на Гедмечу.

[drajver]

А док сегменти не буду спремни, ево и моје K13 мјешавине, како би се видјела сличност по компонентама са узорком из Бездањаче. Чак бих рекао да је узорак благо словенскији од мене.

[drajver]

Добра ствар је што у Гедмечовој бази постоји BR2 узорак који је из Бронзаног доба и приближне старости као што је претпостављена за узорак из Бездањаче. И BR2 је близак данашњем српском аутосомалу, али ни приближно толико колико узорак из Бездањаче. Са BR2 узорком дијелим неке IBD сегменте, а највећи који дијелим је 4.6 cM. Ако са узорком из Бездањаче буде више и већих сегмената, онда ће ствар бити јасна. А можда буде и супротна. Видјећемо.

[Драган Обреновић]

Ја сам направио "аутозомални суперкит" од тог BAM фајла и такође послао на GEDMATCH, али сам добио нешто другачије проценте у пити:



Када сам кликнуо на "Oracle" ово су најближе модерне популације:

#   Population (source)   Distance
1    Serbian    3.13
2    Romanian    5.43
3    Bulgarian    7.62
4    Moldavian    9.07
5    Hungarian    9.52
6    Croatian    10.77
7    Austrian    12.48
8    East_German    14.18
9    Greek_Thessaly    15.07
10    West_German    16.83
11    North_Italian    16.94
12    Ukrainian_Lviv    17.06
13    South_Polish    17.36
14    French    17.76
15    Tuscan    18.12
16    Ukrainian    18.22
17    South_Dutch    18.34
18    Portuguese    19.97
19    Spanish_Galicia    20.44
20    Italian_Abruzzo    20.83

[Ojler]

Ја сам направио "аутозомални суперкит" од тог BAM фајла и такође послао на GEDMATCH, али сам добио нешто другачије проценте у пити:



Када сам кликнуо на "Oracle" ово су најближе модерне популације:

#   Population (source)   Distance
1    Serbian    3.13
2    Romanian    5.43
3    Bulgarian    7.62
4    Moldavian    9.07
5    Hungarian    9.52
6    Croatian    10.77
7    Austrian    12.48
8    East_German    14.18
9    Greek_Thessaly    15.07
10    West_German    16.83
11    North_Italian    16.94
12    Ukrainian_Lviv    17.06
13    South_Polish    17.36
14    French    17.76
15    Tuscan    18.12
16    Ukrainian    18.22
17    South_Dutch    18.34
18    Portuguese    19.97
19    Spanish_Galicia    20.44
20    Italian_Abruzzo    20.83

Па не знам... Ја сам исто узео онај комбиновани кит који изгенерише WGSExtract, код којег стоји "RECOMMENDED".  Једино што сам користио неку старију верзију програма коју имам скинуту. Такође, пошто нема BAI фајла, програм га је сам генерисао. Пријављивао ми је у пар наврата да је лош квалитет фајла и да би резултати могли бити непоуздани, али то сам негде и очекивао.

[Драган Обреновић]

Да, да, све то исто је упозоравао и код мене (чак је питао и да потврдим са којим референтним геномом је BAM поравнат јер није могло поуздано да се аутоматски утврди).

Иначе, код мене у питању WGS Extract Beta 3, то је ваљда још увек последња верзија.

[Ojler]

Да, да, све то исто је упозоравао и код мене (чак је питао и да потврдим са којим референтним геномом је BAM поравнат јер није могло поуздано да се аутоматски утврди).

Иначе, код мене у питању WGS Extract Beta 3, то је ваљда још увек последња верзија.

Немам сад овде тај рачунар на коме ми је WGS Extract па не могу да проверим. Али свеједно, обрадиће Гедмеч и твоју верзију па ћемо видети какви ће бити резултати поређења IBD.

Иначе, гледам сад неке видео прилоге о јами Бездањачи. Улаз у њу је толико неприступачан да се без алпинистичке опреме изгледа не може ући. Рељеф тог терена у време када су сахрањивани пронађени људски остаци мора да је био сасвим другачији, иначе не знам како би ти људи тамо уопште улазили и одатле излазили.

<a href="https://www.youtube.com/v/8lyjtBB02SI" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/8lyjtBB02SI</a>

<a href="https://www.youtube.com/v/BSHh2PBvPyI" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/BSHh2PBvPyI</a>

[drajver]

Не знам да ли су резултати обрађени до краја, али ми се чини да узорак показује одступање од савремених узорака. Од старих узорака једино један сегмент већи од 3cM дијели са узорком HUNG86NE3 Garadna Hungary 7.2ky Hungary_Early Neolithic и то сегмент величине 4.8cM. Нисам успио да му извучем поређење One to many, које можда још није готово, а могуће да тамо и неће бити никога јер је доња граница 7cM. У сваком случају сачекаћу још данас, али овако на први поглед ми се чини више као старији узорак.

[Драган Обреновић]

Немам сад овде тај рачунар на коме ми је WGS Extract па не могу да проверим. Али свеједно, обрадиће Гедмеч и твоју верзију па ћемо видети какви ће бити резултати поређења IBD.

Направио сам поново суперкит и послао на GEDMATCH, али сам користио другу опцију за референтни геном, да проверим да није до тога разлика:



Међутим, опет сам добио идентичне проценте, тако да је вероватно до неких ситних разлика у алгоритму између верзије 2 и 3 код хендловања "штурих" BAM фајлова.

[Ojler]

Направио сам поново суперкит и послао на GEDMATCH, али сам користио другу опцију за референтни геном, да проверим да није до тога разлика:



Међутим, опет сам добио идентичне проценте, тако да је вероватно до неких ситних разлика у алгоритму између верзије 2 и 3 код хендловања "штурих" BAM фајлова.

Мени ова опција избора референтног генома чак није ни понуђена, тако да сигурно користим старију верзију програма.

Иначе, мене је сад заинтригирала географија пећине. Ако је улаз у њу толико неприступачан како се то чини из приложених видео снимака и цртежа са пресеком терена, то ипак није нешто што се могло догодити у последњих 200-300 година. То и није спорно што се тиче некрополе из Бронзаног доба, јер се од тада терен могао значајно променити, али јесте релевантно за спорни узорак уколико би он био из новијег времена. Рачунам да се нико не би спуштао у јаму конопцима да некога сахрани, осим ако нису постојали неки посебни разлози. Ако бих био детектив у том случају бих само могао да закључим да је неко некога убио (оштећена лобања), па хтео да прикрије кривицу, али му је ипак било стало да жртву прописно сахрани, те ју је спустио у јаму и тамо укопао

[barbarylion]

Добра ствар је што у Гедмечовој бази постоји BR2 узорак који је из Бронзаног доба и приближне старости као што је претпостављена за узорак из Бездањаче. И BR2 је близак данашњем српском аутосомалу, али ни приближно толико колико узорак из Бездањаче. Са BR2 узорком дијелим неке IBD сегменте, а највећи који дијелим је 4.6 cM. Ако са узорком из Бездањаче буде више и већих сегмената, онда ће ствар бити јасна. А можда буде и супротна. Видјећемо.

Da li se zaista radi o uzorku iz bronzanog doba ?
Bilo kako bilo, uzorak svakako ukazuje da smo mi možda imali pogrešnu percepciju o mešanju, tj meni je pored ovog uzorka zanimljiv i uzorak iz Hallstatt kulture, R1a, koji je takođe relativno blizak Srbima ( nešto biliži Slovencima i Hrvatim, ali to je to).

Možeš li mi dati kit num? Ili ako ti nije teško pogledati rezultate na k12b dodecad, i na K15

[drajver]

Da li se zaista radi o uzorku iz bronzanog doba ?
Bilo kako bilo, uzorak svakako ukazuje da smo mi možda imali pogrešnu percepciju o mešanju, tj meni je pored ovog uzorka zanimljiv i uzorak iz Hallstatt kulture, R1a, koji je takođe relativno blizak Srbima ( nešto biliži Slovencima i Hrvatim, ali to je to).

Možeš li mi dati kit num? Ili ako ti nije teško pogledati rezultate na k12b dodecad, i na K15

Имаш бројеве узорака на овим сликама што су Ојлер и Драган качили.

[Владимир Бојановић]

Ако бих био детектив у том случају бих само могао да закључим да је неко некога убио (оштећена лобања), па хтео да прикрије кривицу, али му је ипак било стало да жртву прописно сахрани, те ју је спустио у јаму и тамо укопао

Да, то би био занимљив сценарио, да убица осети такву "милост" према жртви али не и према себи, јер је морао и он после да сконча у истој пећини. 

Мистерија је највероватније решена. Келт.

[НиколаВук]

Да, занимљив би то био сценарио, да убица осети такву "милост" према жртви а према себи не, јер је морао и он после да сконча у истој пећини. 

Мистерија је највероватније решена. Келт.

Или је несрећник просто ударен маљем или нечим сличним у главу и потом убачен у јаму. Није ни ово искључено јер и даље није јасно да ли лобања потиче из неког гроба или не.

[Ojler]

Или је несрећник просто ударен маљем или нечим сличним у главу и потом убачен у јаму. Није ни ово искључено јер и даље није јасно да ли лобања потиче из неког гроба или не.

Ја сам разумео да постојање гроба није спорно?