Gedmatch.com поклапања

[Uzi]

Пошто све више људи, пореклом са наших простора, ради аутосомални тест те ставља резултате на gedmatch.com, размишљам да би било добро да се постави тема о поклапањима. Посебно примери познатих родбинских веза и како оне изгледају на Gedmatch.com.

Направио сам аутосомални тест за мог оца, мене и сестру, те ближе и даљне рођаке све до заједничког претка рођеног пре око 200 година, значи око 1817 године.

Овако изгледају поклапања за мог оца:

[Сремац]

Пошто све више људи, пореклом са наших простора, ради аутосомални тест те ставља резултате на gedmatch.com, размишљам да би било добро да се постави тема о поклапањима. Посебно примери познатих родбинских веза и како оне изгледају на Gedmatch.com.

Направио сам аутосомални тест за мог оца, мене и сестру, те ближе и даљне рођаке све до заједничког претка рођеног пре око 200 година, значи око 1817 године.

Овако изгледају поклапања за мог оца:

Свака част,
надам се да ћу и ја бити ускоро у прилици да тестирам сроднике. Засада најближе подударање ми је у четвртом колену...

Неко од твојих сродника ми је такође далеки рођак:

[Rimidalv]

Ккао би требало да буде обележено поклапање са особом која је нпр. исте генерације са мојим дедом?

[Сремац]

Ккао би требало да буде обележено поклапање са особом која је нпр. исте генерације са мојим дедом?

Зависи од степена сродности, тј. од тога да ли је у питању рођени брат, брат од тетке или даљи рођак твог деде, тј. у идеалном случају требало би да ти покаже број поколења до заједничког претка.

[Uzi]

Ккао би требало да буде обележено поклапање са особом која је нпр. исте генерације са мојим дедом?

У просеку би требало бити 0,5 на генерацију.

Успоредио сам две особе са којима имамо и ја и отац поклапања.



Са првом особом мом оцу показује 2.7, а мени 3.2 генерације. Са другом особом њему показује 3.7 генерације а мени 4.2.

[Uzi]

Свака част,
надам се да ћу и ја бити ускоро у прилици да тестирам сроднике. Засада најближе подударање ми је у четвртом колену...

Неко од твојих сродника ми је такође далеки рођак:

Одлично, тестирање познатих сродника увек олакша разјашњавање непознатих.    И увек је најбоље тестирати најстарије генерације, јер се са сваком новом генерацијом губи око 50% ДНК. А кад се тестира довољно сродника може се направити и ДНК профили наших предака. Али о томе можда треба отворити посебну тему.

Да видим сад да сте далеки рођаци, а кад тестираш сроднике видечемо са које стране ти дође та веза. 

[Полић]

Ево један приказ мојих поклапања са GedMatch-a.Први на листи је један Американац, кога сам контактирао, и испоставило се да смо заиста род, јер је његова мајка од Радуловића из Горњег Поља код Никшића, рођена сестра познатог сликара Сава Радуловића. Моја веза са господином Sansbury-јем је преко моје прабабе која је била такође од Радуловића. Калкулатор нам даје удаљеност од 3.8 генерација. Моја прабаба и његов деда су од два брата деца, дакле наш последњи заједнички предак је отац мог чукунденде по тој линији. Ако обратите пажњу на поклапање икс хромозома, види се да само са њим имам поклапање на том хромозому. Са свима осталима је 0. Нисам никад веровао да је могуће наћи заиста сроднике са којима је могуће испратити везу преко оваквих алата, али изгледа да ово ради посао

[НикПав]

Ево један пример мојих познатих рођачких веза, али није са Gedmatch него 23 and me и Ancestry:

23  and me

Ј.С. 119cm у пет сегмената (8.09,12.71,62.35,11.23,23.8.) веза је и преко Павловића и преко бабиних Даниловића а заједнички преци су рођени око 1820 и 1840. Ћерка рођеног брата мог наврдеде Павловића је била удата за сина чукундединог рођеног брата Даниловића.

Ancestry има мало чудан алгоритам Timber који воли да уклања неке делове поклапања за које мисли да су део ширег ИБД

М.С. је стриц претходног поклапања, само тестиран преко Ancestry и нас двојица делимо свега 47 cm у три сегмента (84 cm пре интервенције алгоритма са 65 cm најдужим комадом).

Н.А. је његова ћерка и са њом делим 22 cm у три сегмента (32 пре "интервенције" са 15 cm најдужим сегментом).

Многи се жале на овакав систем који има Ancestry, а они нажалост немају ни опцију chromosome browser.

[Драган Обреновић]

За све који су секвенцирали комплетан геном преко Dante Labs:

Пре пар дана Велибор (Ojler) је препоручио једну врло згодну софтверску апликацију под називом WGS Extract (заправо колекција готових скриптова за samtools) а која аутоматизује процес издвајања очитавања Y хромозома из свеобухватног .BAM фајла који има преко 40GB:

https://wgsextract.github.io/

Међутим, осим "чупања" очитавања Y хромозома, апликација нуди још неколико згодних функционалности "на клик", међу којима је и могућност да од комплетно секвенцираног генома направите аутозомалне фајлове у свим најпопуларнијим форматима (видети слику доле):



Битна напомена - за ово вам је потребан GRCh37/hg19 BAM датотека, пошто GEDMatch само такве "гута", што експлицитно и пише на самом дну њиховог формулару за слање (upload) аутосомалних резултата:

Your data must be Build 37 (GRCh37/hg19)

Препоручујем генерисање аутосомалне датотеке која укључује унију снипова од свих пет компанија које врше аутозомална тестирања (23andMe, Ancestry, FTDNA, Living DNA, MyHeritage). GEDMatch је без проблема прихватио овај "супер кит" формат, који би требало да вам отвори максимални могући потенцијал за проналажење сродних особа, без обзира код које фирме су те друге особе тестиране.

[НикПав]

После екстракције БАМ и стављања суперкита на Гедмеч, број поклапања на листи ми је спао за скоро 10000  Број корисних СНПс је преко милион (са појединачним китовима је обично око 500000-60000).
Неки који су деловали толико блиски да су ме чак и контактирали нису више тако блиски, други су сада ближи по дељеним днк сегментима, а неки су нестали (пошто имам сачуване бројеве китова неких који су ме заинтересовали, видим да они нису били лажна поклапања, само су спали испод 7цм по сегменту, што је минимум да би се особа појавила као поклапање на листи). Неки, махом странци, су потпуно испарили.

[Милан Петровић]

Да ли могу да аплоадујем директно фајл са Дантеа или моран да урадим конверзију?

[НикПав]

Ево један пример мојих познатих рођачких веза, али није са Gedmatch него 23 and me

23  and me

Ј.С. 119cm у пет сегмената (8.09,12.71,62.35,11.23,23.8.) веза је и преко Павловића и преко бабиних Даниловића а заједнички преци су рођени око 1820 и 1840. Ћерка рођеног брата мог наврдеде Павловића је била удата за сина чукундединог рођеног брата Даниловића.

Са рођеном сестром овог поклапања делим читавих 13 cm, јуче се појавила на 23 and me. Леп пример колико веза може да се чини далеком, на основу дељеног ДНК, а заправо није.

[Ивица Јовановић]

На GedMatch ми се на позицији 1. појавио човек који је по обе линије из места где имам рођаке. Број два је такође неко из мог краја, остало су углавном Американци, Белгијанци итд.