Аутор Тема: Где да урадим тест на генетичко порекло?  (Прочитано 157251 пута)

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5312
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #220 послато: Мај 07, 2021, 10:47:12 поподне »
Иначе Велиборе, свака част, стварно детаљан и објективан преглед.

Пар коментара само...

”FTDNA: Ne sarađuju sa YFull, pa im se filogenetička stabla i SNP nomenklatura često međusobno razlikuju.”

Не знам ни како би могли да сарађују тек тако, за то је потребан пристанак особе која се тестира. Свака компанија прави филогенетска стабла на основу резултата својих клијената, па им се и стабла разликују. Знам да Порекло користи YFULL као ”официјелно филогенетско стабло”, али није баш увек ситуација да је YFULL стабло профилисаније или да има више тестираних, у неким хаплогрупама итекако има и обрнутих ситуација.

Што се тиче разлике у номенклатури снипова, то ми је мало магловито... Негде прочитах да инситуције и појединци који се баве истраживањем и откривају нове снипове, исте по правилу региструју са сопственим префиксом код ISOGG (списак и зналчење префикса наведени при дну ове стране: https://isogg.org/tree/index.html). Дешава се да се мање-више истовремено и независно открију исти снипови па буде и дупликата-сининима, али то није у суштини проблем.

Из свог искуства могу да посведочим да је YFULL рецимо препознавао код опције ”Check SNP” именоване новеле које ми је открио FTDNA свега 2-3 дана након што им је FTDNA дао име симболичко име.

Да, у праву си. То што сам навео за различита филогенетичка стабла не може се назвати негативном страном. Што се тиче СНП номенклатуре, мислио сам у ствари на избор SNP-ова за именовање грана, само се нисам добро изразио. Заиста би било лепо да се барем на том пољу FTDNA и YFull усагласе.
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи ДушанВучко

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 7266
  • I2-Y250780, род Никшића, U5a2b мт-ДНК
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #221 послато: Мај 07, 2021, 10:55:33 поподне »
Гласам за Данте на новембарски "црни петак" , "преко трња до звезда" (са све прихваћеним и неприхваћеним СНПовима)   :D Покривеност за новембарску цену, без премца у категорији комплетних тестова...само треба мало стрпљења
« Последња измена: Мај 07, 2021, 11:02:24 поподне ДушанВучко »

Ван мреже Сремац

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 536
  • Y-DNK: I2-PH908>Y81557 / mtDNK: H11a5
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #222 послато: Мај 07, 2021, 11:04:43 поподне »
Ко није имао посла са нашом царином, тај не зна шта је патња. То је држава у држави. Борио сам се са њима пословно у име много моћније и финансијски јаче фирме него што је наше Порекло, па је било као да покушавамо да померимо планету. А најгоре је што су законски прописи овај пут заиста на њиховој страни, барем када је у питању слање узорка у иностранство.
Ојлере, одлична и исцрпна анализа, хвала на томе. Међутим, није ми јасно ово што си рекао да су законски прописи на њиховој страни. Да ли мислиш на текући период корона вируса или уопште, будући да сам пре око две године писао и-мејл Управи царина, прецизно им објаснивши шта шаљем и начин на који шаљем и одговорили су ми брзо, љубазно, јасно и недвосмислено да "prema carinskim propisima Republike Srbije, nema smetnji za slanje ovakve pošiljke"... само треба испоштовати поштанске процедуре.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5312
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #223 послато: Мај 07, 2021, 11:08:35 поподне »
Гласам за Данте на новембарски "црни петак" , "преко трња до звезда" (са све прихваћеним и неприхваћеним СНПовима)  ;D Покривеност за новембарску цену, без премца у категорији комплетних тестова

Ма ништа не гласам. Што рече друг Мао, нека цвета хиљаду цветова, па нека бира ко шта хоће. Али могу рећи да са Небула WGS 30x тестом по цени од 299 долара и YSEQ-овим WGS400 по цени од 399 долара треба озбиљно рачунати. Не знам шта се дешава са Дантеом, али видим да се тренутно код њих не може normalno poručiti test.
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи ДушанВучко

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 7266
  • I2-Y250780, род Никшића, U5a2b мт-ДНК
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #224 послато: Мај 07, 2021, 11:13:20 поподне »
Ма ништа не гласам. Што рече друг Мао, нека цвета хиљаду цветова, па нека бира ко шта хоће. Али могу рећи да са Небула WGS 30x тестом по цени од 299 долара и YSEQ-овим WGS400 по цени од 399 долара треба озбиљно рачунати. Не знам шта се дешава са Дантеом, али видим да се тренутно код њих не може normalno poručiti test.
Може да се поручи нормално, ал и да се из другог , трећег покушаја пошаље узорак (најчешће је из првог)...али већ смо видели прве резултате из новембарске туре и каква је покривеност (Владимиров сродник и презимењак има бољу покривеност од Владимира, који је радио у Америци, чини ми се...и то за новембарску цену од 150 евра)

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5312
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #225 послато: Мај 07, 2021, 11:19:20 поподне »
Ојлере, одлична и исцрпна анализа, хвала на томе. Међутим, није ми јасно ово што си рекао да су законски прописи на њиховој страни. Да ли мислиш на текући период корона вируса или уопште, будући да сам пре око две године писао и-мејл Управи царина, прецизно им објаснивши шта шаљем и начин на који шаљем и одговорили су ми брзо, љубазно, јасно и недвосмислено да "prema carinskim propisima Republike Srbije, nema smetnji za slanje ovakve pošiljke"... само треба испоштовати поштанске процедуре.

Па сад да, ако се поштују поштанске и законске процедуре, може да се пошаље. Е сад, ДНК узорак се третира као биолошки материјал, што у крајњој линији и јесте, и као такав подлеже посебним царинским одредбама. Не знам шта су вам рекли на царини, јер је то код њих увек од случаја до случаја, али колико је мени познато, за слање биолошког материјала у иностранство неопходно је решење Министарства здравља. Од тога могу бити изузете само медицинске и здравствене институције које имају одговарајуће дозволе. Дакле, царина може да вам постави услов да обезбедите решење Министарства, па ви сад видите колико се исплати упуштати се у тако нешто. Да је лако, не би DHL и FedEx одбијали да приме пошиљке са узорцима.   
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5312
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #226 послато: Мај 07, 2021, 11:23:24 поподне »
Може да се поручи нормално...

Како нормално? Ево сад гледам њихов сајт и нигде више нема ни тестова у понуди ни њихових цена, већ само контакт форма. Или ја не могу више да пронађем где се наручују тестови?
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи ДушанВучко

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 7266
  • I2-Y250780, род Никшића, U5a2b мт-ДНК
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #227 послато: Мај 07, 2021, 11:25:48 поподне »
Како нормално? Ево сад гледам њихов сајт и нигде више нема ни тестова у понуди ни њихових цена, већ само контакт форма. Или ја не могу више да пронађем где се наручују тестови?
Изгледа да су имали превелику навалу за "црни петак" , па кад то обраде, онда могу даљи посао да раде :)

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5312
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #228 послато: Мај 07, 2021, 11:26:38 поподне »
Изгледа да су имали превелику навалу за "црни петак" , па кад то обраде, онда могу даљи посао да раде :)

Значи, од сада раде само на Црни петак...
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи ДушанВучко

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 7266
  • I2-Y250780, род Никшића, U5a2b мт-ДНК
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #229 послато: Мај 07, 2021, 11:29:36 поподне »
Значи, од сада раде само на Црни петак...
Можда ће и пре тога, али ако обраде све поруџбине до јесени, боље чекати опет новембар...мислим да су се "преплавили" поруџбинама ..у сваком случају, боље чекати новембар, било да сад може да се поручи или не (па чекао колико год на резултат)
« Последња измена: Мај 07, 2021, 11:37:32 поподне ДушанВучко »

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5312
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #230 послато: Мај 07, 2021, 11:34:33 поподне »
Па сад да, ако се поштују поштанске и законске процедуре, може да се пошаље. Е сад, ДНК узорак се третира као биолошки материјал, што у крајњој линији и јесте, и као такав подлеже посебним царинским одредбама. Не знам шта су вам рекли на царини, јер је то код њих увек од случаја до случаја, али колико је мени познато, за слање биолошког материјала у иностранство неопходно је решење Министарства здравља. Од тога могу бити изузете само медицинске и здравствене институције које имају одговарајуће дозволе. Дакле, царина може да вам постави услов да обезбедите решење Министарства, па ви сад видите колико се исплати упуштати се у тако нешто. Да је лако, не би DHL и FedEx одбијали да приме пошиљке са узорцима.

Да се надовежем, ево шта каже FedEx на ту тему:

Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Сремац

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 536
  • Y-DNK: I2-PH908>Y81557 / mtDNK: H11a5
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #231 послато: Мај 07, 2021, 11:38:04 поподне »
Па сад да, ако се поштују поштанске и законске процедуре, може да се пошаље. Е сад, ДНК узорак се третира као биолошки материјал, што у крајњој линији и јесте, и као такав подлеже посебним царинским одредбама. Не знам шта су вам рекли на царини, јер је то код њих увек од случаја до случаја, али колико је мени познато, за слање биолошког материјала у иностранство неопходно је решење Министарства здравља. Од тога могу бити изузете само медицинске и здравствене институције које имају одговарајуће дозволе. Дакле, царина може да вам постави услов да обезбедите решење Министарства, па ви сад видите колико се исплати упуштати се у тако нешто. Да је лако, не би DHL и FedEx одбијали да приме пошиљке са узорцима.

Као што рекох, прецизно сам им објаснио шта шаљем, зашто шаљем, како шаљем тј. каква су ми искуства била у локалној пошти, као и пошти у Угриновачкој (где није било проблема никада). Одговорили су ми као што сам навео у цитату. Иначе одговор сам добио од Групе за односе са јавношћу Управе царина Министарства финансија Републике Србије. Претпостављам да су они упућени у законске прописе и процедуре. Такође, на царини у Угриновачкој када сам одлазио није било проблема, иако сам и њима назначио шта шаљем.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5312
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #232 послато: Мај 07, 2021, 11:44:38 поподне »
Као што рекох, прецизно сам им објаснио шта шаљем, зашто шаљем, како шаљем тј. каква су ми искуства била у локалној пошти, као и пошти у Угриновачкој (где није било проблема никада). Одговорили су ми као што сам навео у цитату. Иначе одговор сам добио од Групе за односе са јавношћу Управе царина Министарства финансија Републике Србије. Претпостављам да су они упућени у законске прописе и процедуре. Такође, на царини у Угриновачкој када сам одлазио није било проблема, иако сам и њима назначио шта шаљем.

Не знам. Али какви год да су прописи, чињеница је да у пракси проблеми постоје и да људима често на пошти одбијају пријем пошиљке са ДНК узорком. 
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 965
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #233 послато: Мај 07, 2021, 11:47:17 поподне »
Када смо код ове теме... Y DNA Warehouse редовно ажурира и публикује кумулативну статистику свих тестова, пошто они заиста као и YFULL добијају сирове резултате од мање више свих лабораторија које постоје.

https://ydna-warehouse.org/statistics.html

Што се тиче покривања позиција, обратите пажњу да ни један тест, па ни WGS не покрива реално више од 50% Y хромозома (онај црни део десно на графицима скроз десно). Тачније WGS ту свакако нешто очита, али та очитавања немају са чиме да се поравнају у референтном људском геному (тај део Y хромозома није уопште мапиран, јер је непоузданан је за очитавање).

Што се тиче покривености оног дела Y хромозома који јесте мапиран у Hg38 референтном геному, ту се види такође и разлика у стратегији између FTDNA и других фирми.  FTDNA наменски ”циља” неких 80% свих мапираних позиција (тј. оне које су генеалошки најрелевантније), али зато у том покривеном сегменту имају изузетно велику просечну дубину очитавања од чак 42x по очитаној позицији.

Са друге стране, већина WGS тестова (осим оних сулудо скупих 100x и сл.) покривају скоро 100% мапираних позиција у Y хромозому, али их доста ”плиће” очитају, Dante Labs рецимо има просек од свега 13x.

Мислим да је тренутно ипак “best value for money” YSEQ WGS 400 због чињенице да им је секвенца једног очитавања чак 400 позиција (поузданије поравнавање са референтним геномом и боље очитавање дугачких STR маркера, што је генерално бољка WGS тестова).

Ван мреже Сремац

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 536
  • Y-DNK: I2-PH908>Y81557 / mtDNK: H11a5
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #234 послато: Мај 07, 2021, 11:48:10 поподне »
Не знам. Али какви год да су прописи, чињеница је да у пракси проблеми постоје и да људима често на пошти одбијају пријем пошиљке са ДНК узорком.

Да, наравно, уосталом зато сам им и писао, после лоших искустава из локалне поште.

На мрежи ДушанВучко

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 7266
  • I2-Y250780, род Никшића, U5a2b мт-ДНК
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #235 послато: Мај 07, 2021, 11:52:22 поподне »
Што се поште тиче, потенцијални проблеми су једнаки на коју год адресу да се шаље
« Последња измена: Мај 07, 2021, 11:55:31 поподне ДушанВучко »

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5312
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #236 послато: Мај 07, 2021, 11:58:16 поподне »
...
Мислим да је тренутно ипак “best value for money” YSEQ WGS 400 због чињенице да им је секвенца једног очитавања чак 400 позиција (поузданије поравнавање са референтним геномом и боље очитавање дугачких STR маркера, што је генерално бољка WGS тестова).

Потпуно се слажем.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже HandsomestOfThemAll

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 70
  • I2 > PH908 > Y84307
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #237 послато: Мај 08, 2021, 11:46:20 пре подне »
Потпуно се слажем.

А исти онај суви штапић у пластику као и за ове мање дубоке тестове?

Је л' и за митохондријску код тетка-Астрид и чича-Томе исто тако (јер просто људи тако раде) или за то траже пљувачку у епруветици?

Ван мреже HandsomestOfThemAll

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 70
  • I2 > PH908 > Y84307
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #238 послато: Мај 08, 2021, 11:57:10 пре подне »
Y DNA Warehouse редовно ажурира и публикује кумулативну статистику свих тестова, пошто они заиста као и YFULL добијају сирове резултате од мање више свих лабораторија које постоје.

https://ydna-warehouse.org/statistics.html

Што се тиче покривања позиција, обратите пажњу да ни један тест, па ни WGS не покрива реално више од 50% Y хромозома (онај црни део десно на графицима скроз десно). Тачније WGS ту свакако нешто очита, али та очитавања немају са чиме да се поравнају у референтном људском геному (тај део Y хромозома није уопште мапиран, јер је непоузданан је за очитавање).

Па ово је баш језиво. Значи сви, и они који и даље наплаћују ненормалне цене и ови сирома 'Талијани који нису хтели да буду мафија него да поштено зараде, заправо раде само с пола капацитета.

То је таман као да ти продају кола која имају вучу и на предњем и на задњем точку, али само с леве стране. Туго...

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5312
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #239 послато: Мај 08, 2021, 12:02:01 поподне »
А исти онај суви штапић у пластику као и за ове мање дубоке тестове?

Је л' и за митохондријску код тетка-Астрид и чича-Томе исто тако (јер просто људи тако раде) или за то траже пљувачку у епруветици?

Да, YSEQ ради само са букалним брисом, за све тестове. Једино мислим да се за WGS тестове шаљу четири четкице, док за "мале" тестове стижу двe.
Четкице су на веома танким пластичним штапићима, који стижу у пластично-папирним футролама. Може се овде видети како њихов прибор изгледа:

https://www.yseq.net/instructions/Instructions_sample_collection.pdf
« Последња измена: Мај 08, 2021, 12:05:08 поподне Ojler »
Kамене рабъ и госодинъ