Прочитао сам тему о основама али нисам најсигурнији да и даље умем сам да проценим. Наиме, један човек из базе има разлику на 5 маркера на 18 маркера. Односно, он је тестиран на 37 маркера а ја сам радио код нас у Србији на мање маркера па сам издвојио оне маркере које имамо заједничке и разликује се за 5. Колико би то година разлике између заједничког претка могло да буде?
Велико хвала, унапред!
Cувишe мaлo мapкepa дa би ce дao oдгoвop o зajeдничкoм пpeтку... C дpугe cтpaнe, peкao биx дa 5/18 ниje мaлo...
Значи сасвим је могуће да је то неки заједнички предак пре 2000 година (на пример), да није ништа ближе? Је л' би ти значило нешто можда уколико бих окачио маркере па да се упоређују конкретни маркери?
Eвo ти oвa тaбeлa ca мapкepимa и бpзинa мутaциja, a иcпoд кaлкулaтop кojи пoкaзуje бpoj гeнepaциja дo зajeдничкoг пpeткa и вepoвaтнoћу:
http://www.rogersdna.com/geddna/mutate.php
http://www.moseswalker.com/mrca/calculator.asp?q=1
Мoждa ти пoмoгнe...
Imam jos jedno pitanje: ima li uticaj na markeri Y-hromozoma geni sa strane materi ili naprimer klima druge zemlje?
На страници https://strbase.nist.gov/str_y456.htm пише да DYS456 има "mutation rate 0.53%", док на https://yhrd.org/tools/marker/DYS456 пише да је "mutation rate": 4.41e-03 (35 in 7940)
Шта то конкретно значи? Ради ли се о брзо мутирајућем маркеру?
Kolika bi bila razlika u zajednockom pretku izmedju ove 2 osobe muske:
(Imaju isto prezime iz istog su kraja u krugu od 100km)
Osoba A
DYS576 19
DYS389I 13
DYS448 19
DYS389II 30
DYS19 16
DYS391 11
DYS481 30
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 19
DYS635 21
DYS390 23
DYS439 13
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 15
DYS456 15
YGATAH4 11
Osoba B
DYS576 18
DYS389I 13
DYS448 20
DYS389II 30
DYS19 17
DYS391 11
DYS481 29
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 20
DYS635 23
DYS390 24
DYS439 12
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 16
DYS456 15
YGATAH4 11
Ima 6 ili 7 razlika za samo jedan broj
Превелика је разлика да би се било шта могло рећи на том броју упоредивих маркера.
Твој род је изузетно бројан и изгледа да сте сви блиски, види табелу.
Могао би ти нешто ближи бити Крунић од осталих?
Нов сам у свему овоме па је питање можда глупо: ако смо блиски, који је то ред величине? Односно, како одредити да ли је та блискост отприлике заједнички предак пре 200 или 2000 година?
Хвала.
Са 23 маркера може се одредити припадност роду; и утврдити ближа или даља удаљеност тестираног унутар рода. Може се урадити групна НЗП (TMRCA) рачуница за род али тај прорачун је оквиран.
За прецизну појединачну рачуницу до најближег заједничког претка (TMRCA) потребно је да поређени имају више тестираних маркера (Y37, 67, 111) или у најбољем случају да имају урађен неки од "Y-DNA next generation sequencing" тестова.
...
То значи да чак и да су нам свих 23 маркера идентични, једнака је вероватноћа да смо имали заједничког претка у последњих 200 година, као и да нисмо.
...
Тачно тако. У питању је чиста вероватноћа и статистика. Мутација може да настане било кад, на било ком маркеру, између било које две генерације. Ми у суштини не знамо којим законима вероватноће подлежу промене маркера, за нас су то случајни догађаји који се дешавају са одређеном вероватноћом. Та вероватноћа се може утврдити на основу статистичких истраживања великих узорака отац-син, чиме се долази до вероватноће промене одређеног маркера. Нпр. ако се јави различит маркер у пет случајева на сто посматраних парова, онда се може сматрати да се на том локусу промена дешава једном у 20 генерација. Она не мора настати ни у сто генерација али се може десити и код два рођена брата. Али што имамо више маркера за разматрање, можемо са већом поузданошћу утврдити временски интервал, или тачније број генерација, који дели две особе до њиховог заједничког претка.То се и ја питам... Неке брзине и вероватноће се знају, али нико на нашем пројекту нема деда-отац-син низ где сви имају барем 111 маркера, па да видимо шта је шта.
У принципу сви ови последњи постови су тачни.Ја бих само додао да постоје брзо и споро мутирајуќи маркери и на основу управо њих стручњаци дају процене могуќе повезаности меѓу тестираним кандидатима.Али на крају увјек пресуди СНИП...
И то у вези брзине промене маркера, који је брзо а који споро мутирајући, је опет емпиријски закључак. Нећеш наћи два истраживања која дају исте вероватноће мутације маркера, а налазио сам примере где су разлике добијених вероватноћа промене истог маркера и преко 50%. Мој мишљење је да је давање било какве процене TMRC само на основу разлика на STR маркерима неутемељено и безвредно.
Ако сам добро разумео:
If two individuals exactly match at all loci in a 21 marker test, there is a 50% probability of a MRCA within the last 8 generations
Па није баш то тако, упрошћаваш. Елем, већина истраживања популационе генетике рађена су са прорачунима НЗП само на основу разлика на STR маркерима, групно. Шта више показала су се итекако тачна, тако да се користе и у новим радовима.
И то у вези брзине промене маркера, који је брзо а који споро мутирајући, је опет емпиријски закључак. Нећеш наћи два истраживања која дају исте вероватноће мутације маркера, а налазио сам примере где су разлике добијених вероватноћа промене истог маркера и преко 50%. Мој мишљење је да је давање било какве процене TMRC само на основу разлика на STR маркерима неутемељено и безвредно.ја управо то и рекох у последњој реченици мог поста,снип је кадија.Можемо ми просипати памет,а радо бих се другачије изразио,али снип суди и опак је и не ферма ни маркере ни живу силу...
Погледај ову упоредну табелу резултата 14 различитих истраживања стопе мутације STR маркера. Неке стопе се за исти маркер разликују и по 400%. Како се онда може тврдити да су процене на бази оваквих параметара поуздане?(https://imgur.com/qQl7iP2.png)
Стопе мутације по алелима:
ја управо то и рекох у последњој реченици мог поста,снип је кадија.Можемо ми просипати памет,а радо бих се другачије изразио,али снип суди и опак је и не ферма ни маркере ни живу силу...Бојане нико не спори да је снип најбољи за одређивање НЗП-а, овде је било ријечи шта се може са 23 маркера. У чему се сви слажемо.
Знам за то, постављао сам давно ову табелу. Постоје разлике тачно, као што постоје и за СНП рачунање. Адекватнија је она студија која има већу базу података и која је новија.
Погледај ову упоредну табелу резултата 14 различитих истраживања стопе мутације STR маркера. Неке стопе се за исти маркер разликују и по 400%. Како се онда може тврдити да су процене на бази оваквих параметара поуздане?(https://imgur.com/qQl7iP2.png)
Молим да се овоме скупу процѣн брзина промѣне на ознаках дода и моя: (Невски 2015):
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=739.msg14353#msg14353
Хвала Невски! Јеси ли можда у међувремену урадио нове процене стопа мутације?
10 razlika na 23 markera , razlike su za 1-2 vrednosti, jel to puno
(prvi i zadnji marker razlika 2, ostsli razlika 1)
Kako se iscitava stopa mutacije?
Npr 0.01 znaci sansu da se u jednom u 100 generacija jedna mutacija desi,(DYS570)
A 0.003 znaci na 3 od 1000 generacija se desi ? (GATAH4)
Ili nekako drugacije
Мутације се дешавају као грешке у копирању ДНК.
Да ли постоје спољни услови који поспешују мутације, убрзавају или успоравају?
Ако ове таблице истраживања брзине промене маркера показју различите резултате,
да ли је неком узимао у обзир и у прошлости могућности да су те разлике постојале или биле чак и веће?
Да ли је неко дефинисао познате услове који утичу на брзину мутација и колико све то утиче на одређивање ТМРЦА?
1 marker razlike (16/17) na 26 markera.
Ima li neko iz glave vec pretpostavku da su to blizi rodjaci
1 marker razlike (16/17) na 26 markera.
Ima li neko iz glave vec pretpostavku da su to blizi rodjaci
Šta znači 16/17 ako je na 26 markera? Da li je poređenje na 17 ili na 26?
Ја сам то разумео у смислу да је једноме вредност маркера 16, а другоме 17 (нпр. DYS458 и сл.)
Аха, разумем.
Стоји све што си рекао, да је то веома тешко проценити. Додао бих још да док се не погледа цео хаплотип и не види на ком маркеру је разлика, још мање је поуздано давати процену.
Ima li negde slikovito prikazano koji su markeri sporo a koji brzo mutirajuci? Da li za ove brzo mutirajuce vazi ona kalkulacija od 85 godina?
Ima li negde slikovito prikazano koji su markeri sporo a koji brzo mutirajuci? Da li za ove brzo mutirajuce vazi ona kalkulacija od 85 godina?Има давно окачена студија о STR маркерима "Mutation rate estimates for 110 Y-chromosome STRs combining population and father–son pair data".
Ја сам то разумео у смислу да је једноме вредност маркера 16, а другоме 17 (нпр. DYS458 и сл.)Da tako je, DYS576 onaj brzomutirajuci kod jedne osobe ima vrednost 16, a kod druge 17.
Da tako je, DYS576 onaj brzomutirajuci kod jedne osobe ima vrednost 16, a kod druge 17.
Ukupno se poklapaju na 25 od 26 testiranih markera
na FTDNA dobijamo sledeci match
Markers Tested
1 to 700
Genetic Distance
7 steps
Big Y STR Differences
17 of 645
(ovo bi moglo bliza veza?)
sta to znaci i koliko bi to moglo biti blizu?
Radili smo BIGY ali sada treba cekati da se dobiju raw data