Аутор Тема: Древна ДНК - научни радови  (Прочитано 101290 пута)

Ван мреже Мића

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 353
  • R1b-PF7562
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #560 послато: Фебруар 09, 2021, 10:14:45 пре подне »
Ваљда нешто што је ближе тј. сличније треба да буде топлијих боја, а не обрнуто.

Користили су семафор боје.
"Превише интересовања, премало времена" И. Анђелковић

Ван мреже CosicZ

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 251
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #561 послато: Фебруар 10, 2021, 07:39:12 пре подне »
Дакле, Истра је колонија археоЛала на Јадрану.

Највише сличности има на западу Балкана, Подунављу, Карпатима, у горњем сливу Елбе и Рајне. Подручје кроз које су у протеклих 4000 година мигрирале R1b-Z2103, J2-L283, E-V13, I2-Y3120 и друге хаплогрупе.

Ван мреже Србин

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 158
  • Y-DNA: I2a-Z17855>BY190177
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #562 послато: Фебруар 10, 2021, 11:01:53 поподне »
Уз сву разноврсност I2 на тако малом простору (L596, M223, M26, Y4213) чуди да нема М423.

Интересантно да их раније налазимо у Алзасу и то комплет са U5b: https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#9/48.4228/7.7124

BERG02-2, BERG157-2, BERG157-7, BORS-Michelsberg, 4315-3803 BC

https://www.pnas.org/content/early/2020/05/20/1918034117
https://doi.org/10.1073/pnas.1918034117

BERG02-2
mtDNA: W5b

BERG157-2
mtDNA: J1c1b

BERG157-7
mtDNA: U5b1c
Y-DNA: I2a1b

Студија је користила ISOGG19/20, дакле I2a1a2. С Антрогенике: https://anthrogenica.com/showthread.php?20136-Ancient-genomes-from-present-day-France-unveil-7-000-years-of-its-demographic-history/page6

BERG157-7: I2a1-M423>Y3104 (>pre-L161?)


Више него занимљива хаплогрупа палеолитског скелета из комшилука, старог преко 40.000 година:

F6-620; 42260-40860 п.н.е.; Бачо Киро пећина, општина Дријаново, Бугарска; pre-F-Y27277


ниво Y27277: Y27277+ C>T (2T); Y27279+ G>A (1A); Y27293+ G>T (6T); Y27286+ T>A (1A); Y27291+ T>G (1G); F19004+ C>T (2T); FT90012+ G>A (1A); FT278667- T>A (1T); FT90068- A>G (1A)

Остали резултати објављени на Антрогеници: https://anthrogenica.com/showthread.php?20265-Initial-Upper-Palaeolithic-Homo-sapiens-from-Bacho-Kiro-Cave-Bulgaria/page21&s=0e69522fa950b215c50b3d39c04898a0

CC7-335  44840-42880BC IUP Y-DNA: pre-C-M130 mtDNA: N
BB7-240  44180-42450BC IUP Y-DNA: pre-C-M130 mtDNA: N
AA7-738  42260-40860BC IUP Y-DNA: F-M89 mtDNA: M
F6-620  42260-40860BC IUP Y-DNA: pre-F-Y27277 mtDNA: M
BK-1653  32870-32260BC MUP Y-DNA: pre-P-P226 or pre-R mtDNA: U8

CC7-2289 44580-43720BC IUP mtDNA: R (жена)

https://www.yfull.com/tree/F-Y27277/
https://www.yfull.com/tree/C/
https://www.yfull.com/tree/P/

Аутозомалнa удаљеност, састав (при крају): https://eurogenes.blogspot.com/2021/01/the-great-shift.html?commentPage=2
PCA: https://i.ibb.co/SmRNGXS/Bacho-Kiro-PCA.png
Давид објавио коодринате, али није унео у базу (при крају стране): https://eurogenes.blogspot.com/2021/01/a-tantalizing-link.html?commentPage=2

Најмлађи узорак је практично Граветијен по мушкој линији сродан Јани (ANS/Древни Северни Сибирци - претеча ANE/Древних Северних Евроазијата). Очито је P заузимала степе Северне Евроазије од Балкана до Берингије, такорећи "праисторијски R/Q". Данас P има и на Филипинима - Негритоси.

Бачокировцима/Bachokirian (старијим узорцима) су аутозомално најближи AASI (Негритоси). Млађи узорци, почев од белгијског Орињацијена Goyet Q116-1 већ имају хаплогрупу C. На Антрогеници су поменути узорак уношењем целе базе моделирали као Континенца+Панија+"цео свет" што значи да је Вахадуо аутоматски предвидео AASI у Панији и без одабира релевантних узорака: https://i.imgur.com/u3qXLb6.png

Значи P1 доноси источноевроазијску аутозомалну компоненту у Сибир, а митохаплогрупа U западноевроазијску (Јана P+U, 25% ENA+75% WE). C и F заједно с митохаплогрупама N и M исто доносе источноевроазијску. Једино Буран-Каја прави проблем јер је CT/C+N, при чему је аутозомлно посебно удаљена од Вилабруне, "безбазална" и то 100% западноевроазијска претеча Граветијена C+U.

Од IJK и IJ ни трага ни гласа. Мислим да смо тек загребали испод површине. Недостаје нам много више старих узорака.

Ван мреже Србин

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 158
  • Y-DNA: I2a-Z17855>BY190177
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #563 послато: Фебруар 10, 2021, 11:20:38 поподне »
Извињавам се што пишем двапут, али у међувремену је Прибислав проверио BAM фајлове: https://anthrogenica.com/showthread.php?20265-Initial-Upper-Palaeolithic-Homo-sapiens-from-Bacho-Kiro-Cave-Bulgaria&s=b08cec18a9e25887a25479b3592bb25a&p=746662&viewfull=1#post746662

Дакле BB7-240 није само pre-C већ је и pre-C1!
« Последња измена: Фебруар 10, 2021, 11:35:04 поподне НиколаВук »

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1311
  • J-Y230579 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #564 послато: Фебруар 23, 2021, 09:01:37 поподне »
Древна ДНК Нубије из хришћанског периода:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.17.431423v1

Master ID (Lab)   Skeletal Code   Y haplogroup in terminal mutation notation    Y haplogroup in ISOGG v15.73 notation   Likely Geographic Origin/Primary Distribution of Haplogroup
I6138*   R101*   E-GG24   E1b1b1b2b3a   Africa
I19140   R123   LT   LT   West Eurasia
I6139   R124   E-V22   E1b1b1a1b2   Africa
I19014   R15   E-V32   E1b1b1a1a1b   Africa
I19143   R150   E-Z1919   E1b1b1a1   Africa
I6340   R169   T-Y31477   T1a1a1a1   West Eurasia
I6252   R181   E-Y125054   E1b1b1a1a1c   Africa
I6327   R196   E-BY7923   E1b1b1a1a1b1a1   Africa
I6328   R201   T-L208   T1a1a   West Eurasia
I19015   R21   E-Y161115   E1b1b1a1a1c   Africa
I19132   R57   E-L1250   E1b1b1a1b2   Africa
I6250   R59   E-BY7923   E1b1b1a1a1b1a1   Africa
I6331*   R93*   E-GG24   E1b1b1b2b3a   Africa
I19138   R96   E-Y125054   E1b1b1a1a1c   Africa
I18508   S115   E-FGC14382   E1b1b1a1a1b1a1   Africa
I17475   S144   J-M92   J2a1a1a2b2a1a   West Eurasia
I6332   S159   E-M41   E2a   Africa
I18612^   S16^   E-Y125054   E1b1b1a1a1c   Africa
I18514   S182   E-Y6730   E1b1b1a1a1c   Africa
I6334   S198   G-L140   G2a2b2a1   West Eurasia
I18520   S217   J-YSC0000234   J1a2a1a2d2b2b2   West Eurasia
I6336   S27   E-Y161113   E1b1b1a1a1c   Africa
I18610^   S29^   E-Y125054   E1b1b1a1a1c   Africa
I6254   S33   R-L295   R2a2b1b2b   West Eurasia
I17481   S45   E-CTS2294   E1b1b1a1a1b1a   Africa
I6255   S50   J-M92   J2a1a1a2b2a1a   West Eurasia
I6325   S73   J-M92   J2a1a1a2b2a1a   West Eurasia
I6337   S79   G-L140   G2a2b2a1   West Eurasia
I6257   S81   J-BY94   J1a2b2b   West Eurasia
I17482   S94b   G-P15   G2a   West Eurasia
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 6476
  • I2-PH908>Y52621>Y189944, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #565 послато: Март 08, 2021, 10:50:56 пре подне »
Недавно је изашао рад у руском часопису "Генетика" који се бави археогенетском анализом скелета са подручја Хазарског каганата, односно из 8-9. века са територије ростовске области. У питању је 57. том, бр. 4 тог часописа, који је изашао ове године и до чијег апстракта се може доћи преко следећег линка:

http://vigg.ru/genetika/

Име чланка је "Y-ГАПЛОГРУППЫ КОСТНЫХ ОСТАНКОВ ИЗ КУРГАННЫХ ПОГРЕБЕНИЙ ХАЗАРСКОГО ВРЕМЕНИ НА ТЕРРИТОРИИ ЮГА РОССИИ". О саставу хаплогрупа се из апстракта може сазнати следеће - три скелета су носиоци R1a хаплогрупе, два су C2b, и по један скелет припада G2a, N1a, Q и R1b хаплогрупи. Рађено је само SNP тестирање, не и NGS тест, а помињу се и маркери.
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже сɣнце

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1133
  • I-S17250>Y4882>A1328
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #566 послато: Март 08, 2021, 01:07:13 поподне »
Недавно је изашао рад у руском часопису "Генетика" који се бави археогенетском анализом скелета са подручја Хазарског каганата, односно из 8-9. века са територије ростовске области. У питању је 57. том, бр. 4 тог часописа, који је изашао ове године и до чијег апстракта се може доћи преко следећег линка:

http://vigg.ru/genetika/

Име чланка је "Y-ГАПЛОГРУППЫ КОСТНЫХ ОСТАНКОВ ИЗ КУРГАННЫХ ПОГРЕБЕНИЙ ХАЗАРСКОГО ВРЕМЕНИ НА ТЕРРИТОРИИ ЮГА РОССИИ". О саставу хаплогрупа се из апстракта може сазнати следеће - три скелета су носиоци R1a хаплогрупе, два су C2b, и по један скелет припада G2a, N1a, Q и R1b хаплогрупи. Рађено је само SNP тестирање, не и NGS тест, а помињу се и маркери.

Најдох у журналу "Генетика" још ове занимљиве чланке:

ГЕНОФОНД НОВГОРОДЦЕВ: МЕЖДУ СЕВЕРОМ И ЮГОМ
Том: 53Номер: 11 Год: 2017 Страницы: 1338-1348
https://www.elibrary.ru/item.asp?id=30561616
Цитат
генофонд новгородцев оказался и не северным, и не южным, а представителем выявленной в работе буферной зоны, охватившей популяции от Псковщины на западе до костромских краев на востоке. Все четыре популяции новгородцев в целом сходны. Различия между ними могут отражать особенности расселения древних славян (вдоль рек), сохранившиеся в генофонде вопреки бурным демографическим событиям более поздних времен. Пятую часть генофонда новгородцев составляют варианты гаплогруппы N3, причем оба основных европейских варианта - условно “финский” N3a4 и условно “прибалтийский” N3a3 - представлены примерно равными частотами. Анализ филогенетической сети N3a3 впервые выявил особый “балто-славянский” кластер STR-гаплотипов (характерный для балтоязычных литовцев, но нехарактерный для финноязычных эстонцев), в который новгородцы не вошли. Это указывает на то, что N3a3, как и N3a4, унаследована новгородцами от финноязычного населения, которое, в свою очередь, впитало мезолитический генофонд Северо-Восточной Европы.

СОХРАНИЛИСЬ ЛИ СЛЕДЫ ФИННО-УГОРСКОГО ВЛИЯНИЯ В ГЕНОФОНДЕ РУССКОГО НАСЕЛЕНИЯ ЯРОСЛАВСКОЙ ОБЛАСТИ? СВИДЕТЕЛЬСТВА Y-ХРОМОСОМЫ
Том: 53Номер: 3 Год: 2017 Страницы: 378-389
https://www.elibrary.ru/item.asp?id=28917701
Цитат
Верхнее Поволжье в VIII–X вв. являлось зоной контактов населения, говорившего на финно-угорских, славянских и скандинавских языках. Однако неизвестен вклад этих групп населения в генофонд современной русской популяции Верхнего Поволжья. Для ответа на этот вопрос по широкой панели STR и SNP маркеров Y-хромосомы изучены четыре популяции Ярославской области (N = 132 человека). Две из них оказались генетически схожи: в сборной выборке коренного русского населения Ярославской области и этнографической группе кацкарей мажорной гаплогруппой выступает R-M198(хМ458). Более половины генофонда третьей популяции – этнографической группы сицкарей – составляет гаплогруппа R-M458. В генофонде четвертой популяции – потомков населения г. Молога – мажорной гаплогруппой является N-M178. Субтипирование N-M178 выявило различные пути проникновения этой гаплогруппы в генофонды популяций Ярославского Поволжья: в большинстве русских популяций преобладает субвариант N3a3-CTS10760, в сборной выборке Ярославской области в равной степени представлены субварианты N3a3-CTS10760 и N3a4-Z1936, а в генофонде мологжан доминирует субвариант N3a4-Z1936, характерный для населения севера Восточной Европы и Волго-Уральского региона. Совокупность полученных результатов может указывать на сохранение финно-угорского пласта в генофонде мологжан, на значительный вклад славянской колонизации в формирование генофонда населения Ярославского Поволжья и позволяет выдвинуть гипотезу о большем генетическом вкладе низовой (Ростово-Суздальской), а не верховой (Новгородской) волны славянской экспансии.


ГЕНОФОНД ЮГО-ЗАПАДНЫХ БАШКИР ПО МАРКЕРАМ Y-ХРОМОСОМЫ: ОПЫТ МЕЖДИСЦИПЛИНАРНОГО АНАЛИЗА
Том: 54Номер: 13 Год: 2018 Страницы: 95-98
https://www.elibrary.ru/item.asp?id=36465090
Цитат
Междисциплинарное исследование связи родовой структуры и полиморфизма Y-хромосомы юго-западных башкир, проведенное по 64 SNP-маркерам, выявило в генофонде кланового объединения мин (N = 68) 14 Y-гаплогрупп. Наиболее частыми оказались субварианты “североевразийской” гаплогруппы N3a, охватившие треть генофонда минцев (34%). На втором по частоте месте – “паневразийские” гаплогруппы R1a и R1b (26%), распространенные у северной части минцев. “Центральноазиатская” гаплогруппа С2* обнаружена с той же невысокой частотой (16%), что и “переднеазиатские” варианты гаплогрупп J, G, E. Впервые сделан вывод, что генофонд юго-западных башкир (минцев) сформировался на преобладающей основе коренного дотюркского населения региона. “Центральноазиатский” пласт генофонда минцев оказался минорным, но именно его носители могли играть структурообразующую роль в клановом объединении мин.

ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ПОПУЛЯЦИЙ ВОЛГО-УРАЛЬСКОГО РЕГИОНА ПО ДАННЫМ ОБ ИЗМЕНЧИВОСТИ Y-ХРОМОСОМЫ
Том: 51Номер: 1 Год: 2015 Страницы: 120
https://www.elibrary.ru/item.asp?id=22681776
Цитат
Проведен анализ генетического разнообразия девяти этнических групп Волго-Уральского региона с использованием 15 диаллельных локусов нерекомбинирующей области Y-хромосомы. Мажорными гаплогруппами Y-хромосомы в регионе являются R1a-M198, R1b-M269 и N-M231. Было установлено, что наиболее сильно от других популяций Волго-Уральского региона отличаются башкиры как по данным Fst, так и по данным анализа главных компонент. Кроме того, был проведен анализ распределения частот гаплогрупп Y-хромосомы в ранее не изученной по мужской линии популяции бесермян, по результатам которого было выявлено преобладание гаплогруппы N-M231 (54.7%), что может свидетельствовать о превалировании финно-угорского компонента в формировании патрилинейной составляющей генофонда бесермянского этноса.

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1311
  • J-Y230579 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #567 послато: Март 30, 2021, 10:14:19 поподне »
Рад о генетици Скита:
https://advances.sciencemag.org/content/7/13/eabe4414 .
Чекајући .бам фајлове ово је преглед хаплогрупа, 72 узорка:

AIG005.A0101   R1(R-P234,R-M173)
ALN001.A0101   Q1a1a1(Q-M265,Q-M120)
ALN002.A0101   R1a(R-L62,R-M420)
ALN003.A0101   Q1a2a1c(Q-L330)
ALN005.A0101   R1a1a1b2a(R-Z94)
ALN008.A0101   E1b1b1b2a(E-M123)
ALN004.A0101   R1b1a2(R-PF6475,R-M269)
BGD004.A0101   NO(NO-M2313)
BIY006.A0101   CT(CT-M5812,CT-M168)
BIY011.A0101   R1(R-P225,R-M173)
BSB004.A0101   CT(CT-M5715,CT-M168)
CHK004.A0101   J2a(J-L212,J-M410)
HUN001.merged   R1a1a1b (R-Z645)
KRY001.A0101   R1a1a1b2a  (R-Z94)
KKB001.A0101   J2a (J-L212; J-M410)
KKB002.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
KLK002.A0101   C2b1c(C-F1918)
KNT004.A0101   D1b2a  (D-Z17175;  D-CTS220)
KNT005.A0101   L1a2  (L-M357)
KOK001.A0101   Q1b1b1(Q-FGC4872,Q-Y2990)
KNT001.A0101   E1b1b1a1b1a  (E-V13)
KNT003.A0101   J2a1h2  (J-L25)
KBO001.A0101   Q1a2a1(Q-L54)
BDY003.B0101   R1a1a(R-L449,R-M512)
KSH003.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
MMR001.A0101   J(J-CTS852,J-M304)
BRE005.A0101   Q1a2a1c  (Q-L334; Q-L330)
BRE002.A0101   Q1a2a1c  (Q-L330)
CSP001.A0101   Q1a(Q-M1088,Q-L472)
KEN001.A0101   J2a(J-L212,J-M410)
KEN003.A0101   R1a1a1b(R-Z647,R-Z645)
CSP003.A0101   L(L-PF5747,L-M20)
CSP004.A0101   R1a1a(R-M512)
BGD002.A0101   R1a(R-L62,R-M420)
BIY001.A0101   NO(NO-F549,NO-M2313)
BIY002.A0101   Q1a2a(Q-L475,Q-L53)
BIY003.A0101   N1c1(N-L395,N-M46)
BIY005.A0101   F(F-P14,F-M89)
BIY007.A0101   G(G-M3509.1,G-M201)
BIY008.A0101   N1c1a1a(N-L392)
BIY009.A0101   N1c1a1a2(N-CTS10082,N-Z1936)
BIY010.A0101   Q1a(Q-M1155,Q-L472)
BIY012.A0101   CT(CT-M5603,CT-M168)
KOK002.A0101   CF(CF-M3690,CF-P143)
SHD001.A0101   Q1a2a(Q-L53)
SMV001.A0101   N1c1a(N-P298,N-M178)
SMV002.A0101   G(G-M3544,G-M201)
AIG001.A0101   P1(P-P243,P-M45)
AIG002.A0101   R1(R-P238,R-M173)
AIG006.A0101   R1a(R-L63,R-M420)
BSB001.A0101   R1a1a(R-M198,R-M512)
CLK001.A0101   R1a1a1(R-Page7,R-M417)
KBU003.A0101   R1a1a1(R-M417)
SHD002.A0101   BT(BT-M9267,BT-M42)
TAL003.A0101   R1a1a1b2  (R-Z93)
TAL005.A0101   C2b  (C-L1373)
AKB001.A0101   R1a1a1b (R-Z645)
BKT001.A0101   R1a1a1b2a (R-Z94)
ESZ001.A0101   R1a1a1  (R-M417)
KKM001.A0101   R1a1a1b (R-Z645)
KSH001.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
KSH004.A0101   R1a1a1b (R-Z647; R-Z645)
KYZ001.A0101   R1a1a1b2a (R-Z94)
NUR002.A0101   R1a1a1b (R-Z647; R-Z645)
TAL004.A0101   R1a1a1b  (R-Z645)
WAR001.A0101   Q1a2a (Q-L475; Q-L53)
BIR010.A0101   Q1a1(Q-F1215,Q-F1096)
VOR003.A0101   BT(BT-Z12003,BT-M42)
BRE011.A0101   Q1a1b1a  (Q-L713)
BRE004.A0101   Q1a1b1a  (Q-L715; Q-L713)
BRE013.A0101   Q1a2a1c  (Q-L330)
BRE014.A0101   R1a1a1b  (R-Z645)


Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1311
  • J-Y230579 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #568 послато: Април 06, 2021, 01:54:08 пре подне »
Рад о генетици Скита:
https://advances.sciencemag.org/content/7/13/eabe4414 .
Чекајући .бам фајлове ово је преглед хаплогрупа, 72 узорка:

AIG005.A0101   R1(R-P234,R-M173)
ALN001.A0101   Q1a1a1(Q-M265,Q-M120)
ALN002.A0101   R1a(R-L62,R-M420)
ALN003.A0101   Q1a2a1c(Q-L330)
ALN005.A0101   R1a1a1b2a(R-Z94)
ALN008.A0101   E1b1b1b2a(E-M123)
ALN004.A0101   R1b1a2(R-PF6475,R-M269)
BGD004.A0101   NO(NO-M2313)
BIY006.A0101   CT(CT-M5812,CT-M168)
BIY011.A0101   R1(R-P225,R-M173)
BSB004.A0101   CT(CT-M5715,CT-M168)
CHK004.A0101   J2a(J-L212,J-M410)
HUN001.merged   R1a1a1b (R-Z645)
KRY001.A0101   R1a1a1b2a  (R-Z94)
KKB001.A0101   J2a (J-L212; J-M410)
KKB002.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
KLK002.A0101   C2b1c(C-F1918)
KNT004.A0101   D1b2a  (D-Z17175;  D-CTS220)
KNT005.A0101   L1a2  (L-M357)
KOK001.A0101   Q1b1b1(Q-FGC4872,Q-Y2990)
KNT001.A0101   E1b1b1a1b1a  (E-V13)
KNT003.A0101   J2a1h2  (J-L25)
KBO001.A0101   Q1a2a1(Q-L54)
BDY003.B0101   R1a1a(R-L449,R-M512)
KSH003.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
MMR001.A0101   J(J-CTS852,J-M304)
BRE005.A0101   Q1a2a1c  (Q-L334; Q-L330)
BRE002.A0101   Q1a2a1c  (Q-L330)
CSP001.A0101   Q1a(Q-M1088,Q-L472)
KEN001.A0101   J2a(J-L212,J-M410)
KEN003.A0101   R1a1a1b(R-Z647,R-Z645)
CSP003.A0101   L(L-PF5747,L-M20)
CSP004.A0101   R1a1a(R-M512)
BGD002.A0101   R1a(R-L62,R-M420)
BIY001.A0101   NO(NO-F549,NO-M2313)
BIY002.A0101   Q1a2a(Q-L475,Q-L53)
BIY003.A0101   N1c1(N-L395,N-M46)
BIY005.A0101   F(F-P14,F-M89)
BIY007.A0101   G(G-M3509.1,G-M201)
BIY008.A0101   N1c1a1a(N-L392)
BIY009.A0101   N1c1a1a2(N-CTS10082,N-Z1936)
BIY010.A0101   Q1a(Q-M1155,Q-L472)
BIY012.A0101   CT(CT-M5603,CT-M168)
KOK002.A0101   CF(CF-M3690,CF-P143)
SHD001.A0101   Q1a2a(Q-L53)
SMV001.A0101   N1c1a(N-P298,N-M178)
SMV002.A0101   G(G-M3544,G-M201)
AIG001.A0101   P1(P-P243,P-M45)
AIG002.A0101   R1(R-P238,R-M173)
AIG006.A0101   R1a(R-L63,R-M420)
BSB001.A0101   R1a1a(R-M198,R-M512)
CLK001.A0101   R1a1a1(R-Page7,R-M417)
KBU003.A0101   R1a1a1(R-M417)
SHD002.A0101   BT(BT-M9267,BT-M42)
TAL003.A0101   R1a1a1b2  (R-Z93)
TAL005.A0101   C2b  (C-L1373)
AKB001.A0101   R1a1a1b (R-Z645)
BKT001.A0101   R1a1a1b2a (R-Z94)
ESZ001.A0101   R1a1a1  (R-M417)
KKM001.A0101   R1a1a1b (R-Z645)
KSH001.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
KSH004.A0101   R1a1a1b (R-Z647; R-Z645)
KYZ001.A0101   R1a1a1b2a (R-Z94)
NUR002.A0101   R1a1a1b (R-Z647; R-Z645)
TAL004.A0101   R1a1a1b  (R-Z645)
WAR001.A0101   Q1a2a (Q-L475; Q-L53)
BIR010.A0101   Q1a1(Q-F1215,Q-F1096)
VOR003.A0101   BT(BT-Z12003,BT-M42)
BRE011.A0101   Q1a1b1a  (Q-L713)
BRE004.A0101   Q1a1b1a  (Q-L715; Q-L713)
BRE013.A0101   Q1a2a1c  (Q-L330)
BRE014.A0101   R1a1a1b  (R-Z645)

Започео сам анализу сирових података за J узорке. Како су у fasta формату требаће ми доста времена док их испребацујем у .bam фајлове.
Узорак којег сам почео првог обрађивати је KKB001.A0101, за сада сам утврдио да је J2a-L26 (xL24, xL25, xPF5116).
« Последња измена: Април 06, 2021, 02:00:11 пре подне Radul »
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Србин

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 158
  • Y-DNA: I2a-Z17855>BY190177
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #569 послато: Април 08, 2021, 07:51:40 поподне »
Ако већ нисте видели, Давид је објавио интересантан део текста везан за већ познате узорке из бугарске пећине Бачо Киро, у питању је нови рад: https://eurogenes.blogspot.com/2021/04/the-bacho-kiro-surprise-hajdinjak-et-al.html

Хајдињак сад тврди да GoyetQ116-1 није мешавина Тианјуана већ нечег што је допринело и једном и другом. Такође помиње да су узорци из Монголије резултат миграције тих раних Европљана у Азију, али да је поменута генетика ишчезла у западној Евроазији судећи по каснијим европским узорцима који су били ближи савременим Европљанима него савременим азијским популацијама.

Такође је објављен рад Прифера ет ал. о занимљивом узорку старом преко 45000 година са чешког локалитета у склопу пећинског система Koněprusy (Коњепруси): https://www.nature.com/articles/s41559-021-01443-x

Узорак је назван Zlatý kůň (Злати Куњ=Златни Коњ) по брду изнад пећина. У питању су остаци особе женског пола па је осим аутозомалног обављен још само мтДНК тест. Аутозомално је базална у односу на Уст-Ишим, што значи да се одвојила пре поделе Крунских Евроазијата на Западне и Источне. Припадала је мтДНК хаплогрупи N.

Уст ишим је ближи осталим Евроазијатима него Oase1, међутим због лошег узорка претходно поменутог није било могуће утврдити везу између популација поменутог чешког и румунског локалитета.

Ван мреже Србин

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 158
  • Y-DNA: I2a-Z17855>BY190177
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #570 послато: Април 08, 2021, 08:51:24 поподне »
Истекло време за исправку.

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03335-3

Цитат
On the basis of the numbers of putatively deaminated fragments aligning to the X chromosome and the autosomes21 (Supplementary Information 4), we conclude that specimens F6-620, AA7-738, BB7-240 and CC7-335 belonged to males, whereas BK1653 and CC7-2289 belonged to females, although the low amount of data makes this conclusion tentative for CC7-2289 (Extended Data Fig. 2a).

У Хајдињаковом раду је наведено да је узорак BK1653 женског пола.

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2070
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #571 послато: Април 22, 2021, 08:34:10 пре подне »
Нови рад древне ДНК. Тестирани су остаци из крипте манастирске цркве у граду Riesa( раније словенско Riezowe) недалеко од Дрездена, из период 17-19. вијека.

Циљ рада је било идентификација и откривање генетичких родбинских веза између сахрањених појединаца. Y хромозомално су профилисане три племићке породице из тог подручја:
Hanisch/von Odeleben
von Welck
Felgenhauer

Занимљиво је да су Hanisch/von Odeleben и von Welck словенског поријекла. Hanisch припадају хаплогрупи R1a-Y2613, а von Welck хаплогрупи R1a-Y2902>Y3219. Фелгенхауере нисам детаљније провјеравао, чини ми се да су R1b. Цијело то подручје и у топонимији и у антропонимији обилује словенским ријечима, па ови резултати и не чуде.

Ово су STR профили тестираних:



https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33872864/

За Hanischa нисам пронашао неких ближих поклапања код нас, иако је на 23 маркера незахвално говорити о везама. von Welck-овима је од наших најближи један необјављени Херцеговац.

Детаљније о von Welck-овима
https://de.zxc.wiki/wiki/Welck_(Adelsgeschlecht)

Тестирани су конкретно остаци овог појединца
https://de.zxc.wiki/wiki/Curt_Robert_von_Welck

« Последња измена: Април 22, 2021, 08:36:43 пре подне drajver »

Ван мреже Христифор

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 64
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #572 послато: Април 29, 2021, 12:50:57 поподне »
Уочљив је мањак материјала везаних за Србију почевши од раног до касног средњег века. Чак и у Босни раде днк анализе скелета испод стећака.

Ван мреже Владимир Бојановић

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 496
  • I2>PH908>Y52621>FT190799, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #573 послато: Мај 03, 2021, 09:22:26 поподне »
Данас сам приметио доста велики број археогенетских резултата у I2-L161(сестринска хг нашој L621)>L1498: https://www.yfull.com/tree/I-L1498/. Најновије обраде се тичу Y12993 подгране: https://www.yfull.com/tree/I-Y12993/ , тј. неких налаза на Оркнијским острвима: https://sr.wikipedia.org/sr-ec/%D0%9E%D1%80%D0%BA%D0%BD%D0%B8%D1%98%D1%81%D0%BA%D0%B0_%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%80%D0%B2%D0%B0

Интересантан је њихов TMRCA од 6500 година (који се иначе поклапа са проценом за L621). Да ли је неко упућен о којим неолитским налазиштима је реч, укључујући и оне у Ирској, где су обрађени узорци из нешто старијих подграна?
« Последња измена: Мај 03, 2021, 09:30:44 поподне Владимир Бојановић »

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2070
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #574 послато: Мај 03, 2021, 09:35:38 поподне »
Данас сам приметио доста велики број археогенетских резултата у I2-L161(сестринска хг нашој L621)>L1498: https://www.yfull.com/tree/I-L1498/. Најновије обраде се тичу Y12993 подгране: https://www.yfull.com/tree/I-Y12993/ , тј. неких налаза на Оркнијским острвима: https://sr.wikipedia.org/sr-ec/%D0%9E%D1%80%D0%BA%D0%BD%D0%B8%D1%98%D1%81%D0%BA%D0%B0_%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%80%D0%B2%D0%B0

Интересантан је њихов TMRCA од 6500 година (који се иначе поклапа са проценом за L621). Да ли је неко упућен о којим неолитским налазиштима је реч, укључујући и оне у Ирској, где су обрађени узорци из нешто старијих подграна?

Требали би бити одавде https://reich.hms.harvard.edu/ancient-genome-diversity-project

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2070
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #575 послато: данас у 08:53:37 пре подне »
Објављено је геномско истраживање Бронзаног доба на тлу Италије. Не знам да ли су се ови узорци раније помињали у препринту, али колико видим обрађено је неких 22 генома од чега 13 мушких, а и од тих успјели су извући Y-днк за 11, углавном G2a, R1b, J2a, I2-M223 и I2-M26

https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(21)00535-2?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0960982221005352%3Fshowall%3Dtrue