Ako se nakon testiranja podaci mogu skinuti sa cloud-a koji se nalazi kod DanteLabs, ne vidim razlog zašto neko iz Yfull-a ne može to isto da uradi, ako mu se da pristup.Jedini problem može biti to da DanteLabs daje neko vremensko ograničenje ili da ograničava broj skidanja (download-a)
Сасвим сигурно Данте не може чувати 500GB података за сваког тестираног у недоглед. То би им било веома скупо. Мада, не верујем да БАМ фајл може бити већи од 200 до 250GB, јер се на истом диску од 500GB шаљу подаци и у FASTQ формату који би требали бити приближно исте величине. Свеједно, и то је много.
Занима ме само како БАМ фајл од 500 гигабајта шаљемо Урасину на YFULL, и да ли они онда извлаче оно шта им треба од Y хромозома?
Ако женска особа ради тест, какве су за њих могућности у смислу аналитике по mtDNA?
Да ли се оволики БАМ фајл мора слати у комплету кад се шаље на неке сајтове који се баве здравственом или аутозомалном ДНК аналитиком?
Када се поручује анализа код YFull-a онда постоји поље у коме се наведе линк са кога се може преузети BAM или FASTQ фајл. На наручиоцу је дакле да негде смести податке и учини их расположивим YFull-у, а они их преузму.
Зар се у овом тесту код Дантеа не добијају и маркери?
Ево шта ми је Ојлер послао да је добио или прочитао код Урасина, спомињу се и маркери:
A difference between Dante Labs WGS and WGS at YSEQ is in length of reads (100 nucleotides and 150 nucleotides). Both of them are good for our analysis but YSEQ better. Specially for scoring STRs. Both of them have data of Y chromosome with good coverage, other chromosomes and mitochondrial DNA. We use Y chromosome and mitochondrial DNA.
Y-Elite has no information from other chromosomes but it also has good coverage of Y chromosome and mitochondrial DNA.
Big Y has two times shorter coverage of Y chromosome and no mitochondrial DNA. So you have less information even about SNPs. Sometimes Big Y is enough but sometimes we can not split subclades without more detailed analysis form other labs.
На крају се и види разлог зашто Big Y не чита PH908, дочим га Данте региструје.
Ово што сам послао Sergius-у је Вадим послао као одговор једном нашем форумашу, који је био љубазан да ми га проследи.