Аутор Тема: Dante Labs  (Прочитано 102498 пута)

Ван мреже Дервента

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 169
  • I2-PH908-FT16449-Y126296-FT19919
Одг: Dante Labs
« Одговор #60 послато: Април 02, 2019, 10:04:49 поподне »
Честитам, није лоше вријеме за које си добио резултате. Ово обећава за будућа тестирања преко Dante Labs.

Ван мреже Sergius

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 531
  • I2-PH908>Y109645
Одг: Dante Labs
« Одговор #61 послато: Април 02, 2019, 10:09:15 поподне »
Не спомињу BAM. Сутра шаљем нашим мастермајндовима овај VCF, требао бих и на Y Full, надам се у току дана да ћемо знати више.

Иначе је здравствени извјештај добар, живјећу 100 година, а једина болест коју сам наслиједио није ништа страшно, али су ми се отвориле очи, с обзиром на неке симптоме које сам имао.

Ван мреже Прерад

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 121
Одг: Dante Labs
« Одговор #62 послато: Април 02, 2019, 10:13:29 поподне »
Мислим да YFull не прима VCF фајл.

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5481
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #63 послато: Април 02, 2019, 10:21:16 поподне »
Мислим да YFull не прима VCF фајл.

Требало би да прихватају. Ја сам најпре послао VCF фајл, па касније када је стигао и BAM. Причам о FTDNA, не Dante Labs-у. Обрадили су VCF без проблема, једино што је велика разлика у количини података. Односно BAM садржи много више информација.
« Последња измена: Април 02, 2019, 10:25:58 поподне Милош »

Ван мреже Прерад

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 121
Одг: Dante Labs
« Одговор #64 послато: Април 02, 2019, 10:55:38 поподне »
Требало би да прихватају. Ја сам најпре послао VCF фајл, па касније када је стигао и BAM. Причам о FTDNA, не Dante Labs-у. Обрадили су VCF без проблема, једино што је велика разлика у количини података. Односно BAM садржи много више информација.

На другом форуму кажу да не примају, а и не видим ту опцију на њиховом сајту.

Ван мреже Sergius

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 531
  • I2-PH908>Y109645
Одг: Dante Labs
« Одговор #65 послато: Април 02, 2019, 11:01:11 поподне »
Један коментар на Фејсбук страници:

For all those waiting, I ordered on black friday and got the results 1-2 weeks ago. My only complaints would be:
1) The detail in the report provided is not as complete as the sample report - but I am happy to get more information via Prometheus at a small fee.
2) The promised cloud download of BAM/FASTQ previously has now changed into needing to pay more to get the data on hard drive. Got a screenshot of Dante saying cloud download of BAM/FASTQ is available and I am not impressed with the repetitive "it will become available in the near future" with no concrete date given.
Additionally, less of a complaint but more of a remark, the sequencing data that's provided uses the Hg19 reference genome - the latest version is currently Hq38. Hence why I would like to get the BAM/FASTQ.

edit: granted, they do deliver at a very reasonable cost overall

Ван мреже Sergius

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 531
  • I2-PH908>Y109645
Одг: Dante Labs
« Одговор #66 послато: Април 02, 2019, 11:06:26 поподне »
Полић је такође добио резултате.

Ван мреже Полић

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 587
  • I2-Y56203
Одг: Dante Labs
« Одговор #67 послато: Април 03, 2019, 07:08:36 пре подне »
Полић је такође добио резултате.
Nažalost još nisam :(

Ван мреже Sergius

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 531
  • I2-PH908>Y109645
Одг: Dante Labs
« Одговор #68 послато: Април 03, 2019, 07:26:58 пре подне »
Nažalost još nisam :(

Превидио сам оно "Hopefully" :-(

Ван мреже Sergius

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 531
  • I2-PH908>Y109645
Одг: Dante Labs
« Одговор #69 послато: Април 04, 2019, 01:59:04 поподне »
Како ствари стоје са резултатима:

- На бази анализе VCF фајла, а захваљујући Синиши Јерковићу и Зденку Марковићу, дошло се до одређених информација значајних за I2-PH908, али о томе ће Милош на теми о I2-PH908 хаплогрупи,

- Лабораторија Dante Labs је послала кратак одговор на упит за BAM фајл у правцу да треба наручити хард диск на који ће га они снимити и послати поштом: "VCF files (~150 MB) are easily downloadable from your account. While FASTQ and BAM files (~100 GB each) can be delivered via a 512 GB HD. You can purchase one here: https://www.dantelabs.com/products/500-gb-hard-disk-containing-your-raw-data". Цијена је 59 евра.

- Y Full прихвата само BAM фајлове: "Hello! Thank you for order! Unfortunately the BAM file is not available by link."

- Неколико различитих опција ми је предложио Албан Лаука са албанског ДНК пројекта, а док чекам одговор из лабораторије могу ли они да ми издвоје ипсилон хромозом и обезбиједе линк за преузимање. Албан каже да је он то јесенас тражио, али да није ишло. Ево шта он још каже:
"- You can try to upload the whole file and let YFull cut it. I have never tried this, but I have read somewhere that one person did it.
- You can pay $50 to YSEQ and send it to them. They offer a cloud space where you can upload the >100Gb file. They will split it, analyze it, give your paternal and maternal haplogroups, and then make smaller files available for download. They might do all this in a week.
- There are also free web services that do this, such as https://sequencing.com/big-yotta-file-uploader. Costumer service is probably not as good as with YSEQ, since it's free.
- Another way is to get SAMtools and cut the file yourself. To upload to YFull you only need the Y chromosome information. But to use SAMtools you need to operate Linux. If you know how to do that, it is not too difficult."


- Посљедњу опцију ми је предложио и један члан Фејсбук групе Y Full:
"The tool you need is called samtools. It's easiest to use on a *nix-based operating system, but there are reports of success with the Windows port known as Bow. I've not used it myself.
The command line argument you need is:
samtools view -b [input.bam] chrY chrM > [output.bam]
This simply views the file in binary mode on chromosome Y and the mtDNA. The ">" operator redirects the output into a file instead of your screen.
http://www.htslib.org/
https://archive.codeplex.com/?p=bow"


Изгледа да ће најбоља опција бити наручивања хард диска, а затим тражења некога ко је добар са Линуксом.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5268
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #70 послато: Април 04, 2019, 03:23:28 поподне »
Како ствари стоје са резултатима:

- На бази анализе VCF фајла, а захваљујући Синиши Јерковићу и Зденку Марковићу, дошло се до одређених информација значајних за I2-PH908, али о томе ће Милош на теми о I2-PH908 хаплогрупи,

- Лабораторија Dante Labs је послала кратак одговор на упит за BAM фајл у правцу да треба наручити хард диск на који ће га они снимити и послати поштом: "VCF files (~150 MB) are easily downloadable from your account. While FASTQ and BAM files (~100 GB each) can be delivered via a 512 GB HD. You can purchase one here: https://www.dantelabs.com/products/500-gb-hard-disk-containing-your-raw-data". Цијена је 59 евра.

- Y Full прихвата само BAM фајлове: "Hello! Thank you for order! Unfortunately the BAM file is not available by link."

- Неколико различитих опција ми је предложио Албан Лаука са албанског ДНК пројекта, а док чекам одговор из лабораторије могу ли они да ми издвоје ипсилон хромозом и обезбиједе линк за преузимање. Албан каже да је он то јесенас тражио, али да није ишло. Ево шта он још каже:
"- You can try to upload the whole file and let YFull cut it. I have never tried this, but I have read somewhere that one person did it.
- You can pay $50 to YSEQ and send it to them. They offer a cloud space where you can upload the >100Gb file. They will split it, analyze it, give your paternal and maternal haplogroups, and then make smaller files available for download. They might do all this in a week.
- There are also free web services that do this, such as https://sequencing.com/big-yotta-file-uploader. Costumer service is probably not as good as with YSEQ, since it's free.
- Another way is to get SAMtools and cut the file yourself. To upload to YFull you only need the Y chromosome information. But to use SAMtools you need to operate Linux. If you know how to do that, it is not too difficult."


- Посљедњу опцију ми је предложио и један члан Фејсбук групе Y Full:
"The tool you need is called samtools. It's easiest to use on a *nix-based operating system, but there are reports of success with the Windows port known as Bow. I've not used it myself.
The command line argument you need is:
samtools view -b [input.bam] chrY chrM > [output.bam]
This simply views the file in binary mode on chromosome Y and the mtDNA. The ">" operator redirects the output into a file instead of your screen.
http://www.htslib.org/
https://archive.codeplex.com/?p=bow"


Изгледа да ће најбоља опција бити наручивања хард диска, а затим тражења некога ко је добар са Линуксом.

Ја колико знам samtools ради само са BAM фајловима и не може се користити за VCF. То што су ти објаснили за samtools односи се на издвајање само података који се тичу Y-DNA и mtDNA из комплетног BAM фајла који у овом случају садржи податке у вези целогупног генома. Yfull-u остали подаци нису потребни а многи и не желе да их шаљу због заштите приватности. Мора се дакле добити прво BAM фајл.
Иначе, ако треба урадити само ово што је описано, једном када се добије БАМ фајл то неће бити никакав проблем.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Sergius

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 531
  • I2-PH908>Y109645
Одг: Dante Labs
« Одговор #71 послато: Април 04, 2019, 04:28:31 поподне »
Управо и говорим искључиво о BAM фајловима. Већ имам VCF, из њега смо извукли нешто, али Y Full га не прихвата.

Сагласни смо да је издвајање ипсилон хромозома из BAM фајла најбоља опција, па тек онда слање Y Full-у.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5268
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #72 послато: Април 04, 2019, 04:45:27 поподне »
Управо и говорим искључиво о BAM фајловима. Већ имам VCF, из њега смо извукли нешто, али Y Full га не прихвата.

Сагласни смо да је издвајање ипсилон хромозома из BAM фајла најбоља опција, па тек онда слање Y Full-у.

Разумем. Збунила ме је последња реченица где кажеш да ће наручивање диска са BAM фајлом изгледа бити најбоља опција. Уствари, опција нема, то је једина могућност ако желиш анализу од Yfull-a.

Ја сам одмах наручио и диск са BAM фајлом у нади да ћу тиме мало убрзати ствари. Како сам чуо, за оне који су накнадно наручивали умело је баш да се отегне са испоруком.

Иначе, јуче су ми послале мејл следеће садржине:

Цитат
Dear ****,

As valued Dante Labs users, I am glad to share some updates on our company. In the last two years, we managed to reduce the cost of whole-genome sequencing to a few hundreds of dollars/euros, providing advanced data interpretation and customized reports. Thousands of people accessed advanced genetics at affordable prices for the first time, making a difference in their lives.

In 2018, we had also delays and our communication wasn't always clear. There are no excuses. We own the responsibility for these delays.

In 2019, we are making the following investments to offer you even more value:

•   we are building our high-throughput sequencing center in Italy to internalize the sequencing process
•   we will release more reports and more advanced analytics

You will receive a new Pharmacogenomic Report in the next 4 weeks, regardless of when you purchased the test, free of charge. This is a value of hundreds of dollars.

In general, we will add more analysis, more reports and more functionalities in 2019, staying true to our mission of making advanced genomics accessible to everyone.

Thanks!

Andrea
« Последња измена: Април 04, 2019, 04:47:58 поподне Ojler »
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Полић

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 587
  • I2-Y56203
Одг: Dante Labs
« Одговор #73 послато: Април 04, 2019, 04:55:36 поподне »
Ја сам такође добио тај мејл. У питању је заправо извештај о осетљивости на лекове. Овај извештај мислим да нико од нас није наручио, него њега добијамо "гратис", нешто у смислу као знак искупљења због дугог чекања на резултате. Али ја сад овако размишљам, ако су они у стању да нам дају овај извештај, то значи да је геном већ секвенциран, и да само треба да сачекамо да нам јаве да су резултати стигли, однсно треба да сачекамо да се главни резултати изгенеришу.

Ван мреже Sergius

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 531
  • I2-PH908>Y109645
Одг: Dante Labs
« Одговор #74 послато: Април 04, 2019, 05:36:42 поподне »
Ја бих рекао да сам овај извјештај већ добио. Није ми јасно шта је то ново што ћу добити, а што су навели у том мејлу.

Ван мреже Прерад

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 121
Одг: Dante Labs
« Одговор #75 послато: Април 04, 2019, 09:47:16 поподне »
Ако буде ко наручивао диск, наводно кода WELCOME10 за -10% још увијек ради.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5268
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #76 послато: Април 04, 2019, 10:51:09 поподне »
Ја бих рекао да сам овај извјештај већ добио. Није ми јасно шта је то ново што ћу добити, а што су навели у том мејлу.

Ако си га већ добио, ти вероватно онда нећеш добити ништа ново. То је намењено нама којима још увек ништа није стигло  :).
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже CosicZ

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 898
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: Dante Labs
« Одговор #77 послато: Април 19, 2019, 09:36:25 поподне »
https://www.dantelabs.com/blogs/news/understanding-the-30x-of-your-whole-genome-sequencing

Цитат
If you don’t have a WGS, visit Dante Labs and consider ordering a test for DNA Day this April 25th!

Ван мреже Sergius

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 531
  • I2-PH908>Y109645
Одг: Dante Labs
« Одговор #78 послато: Април 22, 2019, 01:13:40 поподне »
Prateći Facebook grupu Dante Labs Customers, evo jedan zanimljiv post od korisnika Ted Kandell:

"Max De Plum, Nancy Grossman, and I had a conference call with Andrea Riposati yesterday about issues related to Dante Labs. Here are some of the things that Andrea agreed that Dante Labs would do, and some explanations:

Dante will realign all BAMs to the latest hg38 build and patch in a batch. The default going forward will be hg38 with the latest patch. (hg38.p12 UCSC reference, or p13 when UCSC makes that available)>
• A web form will be available on the Dante Labs site to request realignments, and Andrea will post the link.
• There will be a later option for realignment to a different build for $10, and a free coupon code for this group.
• Dante Labs will provide tracking numbers for hard drives.
Dante will make the BAM files available via a web link and this link will be active 3-6 months, then the BAM file will be moved to more permanent storage but will still be available upon request.
Dante Labs is in contact with YFull to work out how to make it easy for customers to submit BAM files to YFull.
• Andrea said that delays in delivery were due to the sequencing supplier. BAM files were originally delivered to Dante via hard drives, which also caused delays.
• Dante Labs is aiming to open their own sequencing center in Aquila Italy in July, so they are in solely in control of the delivery of results. (This announcement of a partnership with BGI to open a sequencing center in Italy appeared in news articles - link below.)
Dante will offer a "DNA Day" sale April 25-29, final price to be determined, but below $250 Euros.

This is definitely very encouraging.
Now, it's up to all of us customers (and potential customers) here to hold Dante Labs to their promises, and also give them (and each other) our feedback."


https://www.ilcapoluogo.it/2018/05/05/la-sfida-aquilana-sul-dna-attrae-la-cina/?fbclid=IwAR3RDVK18O9dBkBa-DPKOC8MD5oNXTWwPOLFKJTcmqJPZxh3lEQq7t-G4AE

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5481
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #79 послато: Април 22, 2019, 01:27:44 поподне »
Prateći Facebook grupu Dante Labs Customers, evo jedan zanimljiv post od korisnika Ted Kandell:

"Max De Plum, Nancy Grossman, and I had a conference call with Andrea Riposati yesterday about issues related to Dante Labs. Here are some of the things that Andrea agreed that Dante Labs would do, and some explanations:

Dante will realign all BAMs to the latest hg38 build and patch in a batch. The default going forward will be hg38 with the latest patch. (hg38.p12 UCSC reference, or p13 when UCSC makes that available)>
• A web form will be available on the Dante Labs site to request realignments, and Andrea will post the link.
• There will be a later option for realignment to a different build for $10, and a free coupon code for this group.
• Dante Labs will provide tracking numbers for hard drives.
Dante will make the BAM files available via a web link and this link will be active 3-6 months, then the BAM file will be moved to more permanent storage but will still be available upon request.
Dante Labs is in contact with YFull to work out how to make it easy for customers to submit BAM files to YFull.
• Andrea said that delays in delivery were due to the sequencing supplier. BAM files were originally delivered to Dante via hard drives, which also caused delays.
• Dante Labs is aiming to open their own sequencing center in Aquila Italy in July, so they are in solely in control of the delivery of results. (This announcement of a partnership with BGI to open a sequencing center in Italy appeared in news articles - link below.)
Dante will offer a "DNA Day" sale April 25-29, final price to be determined, but below $250 Euros.

This is definitely very encouraging.
Now, it's up to all of us customers (and potential customers) here to hold Dante Labs to their promises, and also give them (and each other) our feedback."


https://www.ilcapoluogo.it/2018/05/05/la-sfida-aquilana-sul-dna-attrae-la-cina/?fbclid=IwAR3RDVK18O9dBkBa-DPKOC8MD5oNXTWwPOLFKJTcmqJPZxh3lEQq7t-G4AE

Једино Андреа мудро ћути и не оглашава се...