ДНК порекло > Рачунарски програми

GGtree, цртање филогенетичких стабала

(1/2) > >>

Kor:
Када је пре сада већ много година започињана рубрика о рачунарским програмима који су од помоћи за рад са подацима везаним за генетичку генеалогију, мислио сам да ће то бити нешто што ће свима нама бити од велике користи. Брзо се испоставило да људи не желе да улажу додатни напор у ствари које излазе из домена интелектуалне апстракције. Тако сам и ја изгубио вољу да тему дубље развијам. Један од првих наслова које сам тада хтео да покажем је управо ggtree који представлја одавно доказано средство за креирање филогенетичких стабала. Основу програма чини интерпретативни програмски језик "R" који се сматра као врло подесно средство за обављање статистичких калкулација.  Осим статистичких функција, краси га и подршка за графичко приказивање података. Синтакса му је у суштини врло једноставна и уз мало кода је могуће постићи импресивне резултате.
За оне које ова тема интересује, више података је могуће наћи на следећим линковима:
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ggtree.html
https://www.molecularecologist.com/2017/02/phylogenetic-trees-in-r-using-ggtree/
https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/packages/3.8/bioc/vignettes/ggtree/inst/doc/treeVisualization.html
https://www.rjgrayecology.com/blog/quick-easy-phylogenetic-visualizations-and-trait-analysis-in-r#/
https://guangchuangyu.github.io/software/ggtree/
https://4va.github.io/biodatasci/r-ggtree.html
https://guangchuangyu.github.io/ggtree-book/chapter-ggtree.html

Amicus:
Ово је одлично, Коре.

Хвала на приложеним линковима.

Азот:
Овај под H. делује најинтересантније

Дејан Ратковић:
Што се тиче цртања стабала, препоручујем Вам она која "се читају" са лева на десно.
Дуга је прича, али се показало да су такви дијаграми "најчитљивији", јер људи у нашим културама читају текстове са лева на десно,
па исто важи и за графичке репрезентације.
Ситница, али може некад да значи.

marigold:

--- Цитат: Дејан Ратковић  Август 22, 2020, 03:00:52 поподне ---Што се тиче цртања стабала, препоручујем Вам она која "се читају" са лева на десно.
Дуга је прича, али се показало да су такви дијаграми "најчитљивији", јер људи у нашим културама читају текстове са лева на десно,
па исто важи и за графичке репрезентације.
Ситница, али може некад да значи.
--- Крај цитата ---

Слажем се, најпрегледније је под Г (за цео родослов), а долази у обзир и А уколико се прати само мушка или женска линија.

Навигација

[0] Индекс порука

[#] Следећа страна