Аутор Тема: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla  (Прочитано 1880 пута)

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« послато: Новембар 06, 2021, 08:35:31 поподне »
Posto nisam jos odradio y-dna ,Uplaodovao sam autozomalnu genetiku sa MyHeritage na https://cladefinder.yseq.net/ i dobio ovo predvidjanje:

Most specific position on the YFull YTree is R-M458 Link to R-M458 on YFull View heatmap on Y Heatmap View theoretical migration on PhyloGeographer

R-M458    M458/PF6241+ PF6202/Z2909/S4555($) PF6219/Z2911/S4549(?) Y2911/FGC2634/M12425(?)
┣━R-A11460    A11460($) FT65132(?) Y36839(?) YP6496/A11452(?)
┃ ┗━R-BY202471    BY202471($) BY202644(?) BY202870(?) BY202982(?) BY203482(?) BY203963(?) BY204568(?) FGC58770($) FT205930/Y183718(?) ZS2990(?)
┗━R-PF7521 +2   PF7521/Z2908/S4567(?)

Available Panels
YSEQ recommends the R1a-M458 Panel Predicted R-M458 is the panel root. This panel is applicable and will definitely provide higher resolution.


Next best prediction (scored 327 compared to 327) R-Z2125



Je li neko radio ovo i da li ovo ima nekog smisla i tacnosti, i sta sam to ustvari dobio?

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5267
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #1 послато: Новембар 06, 2021, 09:04:28 поподне »
Posto nisam jos odradio y-dna ,Uplaodovao sam autozomalnu genetiku sa MyHeritage na https://cladefinder.yseq.net/ i dobio ovo predvidjanje:

Most specific position on the YFull YTree is R-M458 Link to R-M458 on YFull View heatmap on Y Heatmap View theoretical migration on PhyloGeographer

R-M458    M458/PF6241+ PF6202/Z2909/S4555($) PF6219/Z2911/S4549(?) Y2911/FGC2634/M12425(?)
┣━R-A11460    A11460($) FT65132(?) Y36839(?) YP6496/A11452(?)
┃ ┗━R-BY202471    BY202471($) BY202644(?) BY202870(?) BY202982(?) BY203482(?) BY203963(?) BY204568(?) FGC58770($) FT205930/Y183718(?) ZS2990(?)
┗━R-PF7521 +2   PF7521/Z2908/S4567(?)

Available Panels
YSEQ recommends the R1a-M458 Panel Predicted R-M458 is the panel root. This panel is applicable and will definitely provide higher resolution.


Next best prediction (scored 327 compared to 327) R-Z2125



Je li neko radio ovo i da li ovo ima nekog smisla i tacnosti, i sta sam to ustvari dobio?

Предиктор ти каже да највероватније припадаш хаплогрупи R-M458, која се сматра доминантно словенском хаплогрупом.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже E r.g.a.t.i.s.

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 61
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #2 послато: Март 02, 2023, 08:03:32 пре подне »
Dobar dan,
Do sada mi uopste nija pala ideja o mogucnosti da mogu preko autosomalnog fajla da saznam nesto vise. Znala sam za Y hr.i predvidjanje HG.Moje pitanje ako neko moze da mi da odgv.ako postavim svoje autosomalne  rezultate kao zensko da li cu dobiti rezultat mislim na mitohondrijalni dnk?ili je nemoguce?
Hvala

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8478
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #3 послато: Март 02, 2023, 08:24:12 пре подне »
Dobar dan,
Do sada mi uopste nija pala ideja o mogucnosti da mogu preko autosomalnog fajla da saznam nesto vise. Znala sam za Y hr.i predvidjanje HG.Moje pitanje ako neko moze da mi da odgv.ako postavim svoje autosomalne  rezultate kao zensko da li cu dobiti rezultat mislim na mitohondrijalni dnk?ili je nemoguce?
Hvala

Познате су ми само апликације које извлаче информацију о Y-ДНК хаплогрупи. Претраживао сам да ли постоји нешто слично за мтДНК, али нисам на то наишао. Уз то, питање је да ли је тако нешто уопште могуће, јер су у аутозомном фајлу садржани резултати анализе хромозома, а не митохондрије.
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5267
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #4 послато: Март 02, 2023, 09:03:01 пре подне »
Познате су ми само апликације које извлаче информацију о Y-ДНК хаплогрупи. Претраживао сам да ли постоји нешто слично за мтДНК, али нисам на то наишао. Уз то, питање је да ли је тако нешто уопште могуће, јер су у аутозомном фајлу садржани резултати анализе хромозома, а не митохондрије.

Чудно ми је и за Y хаплогрупу да је могуће. По дефиницији Y хромозом није аутозомни и не би требао да се садржи у резултату аутозомне анализе.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Imoćanin

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 319
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #5 послато: Март 02, 2023, 09:42:44 пре подне »
Чудно ми је и за Y хаплогрупу да је могуће. По дефиницији Y хромозом није аутозомни и не би требао да се садржи у резултату аутозомне анализе.

Svi komercijalni čipovi koje se koriste za takozvani array typing detektiraju i određen broj mutacija na y-kromozomu. My heritage naprimjer koristi ovaj čip i u opisu vidiš da uključuje 1423 markera na y-kromozomu:

https://jp.illumina.com/content/dam/illumina/gcs/assembled-assets/marketing-literature/infinium-omni-express-24-beadchip-data-sheet-m-gl-00950/infinium-omniexpress-24-beadchip-data-sheet-m-gl-00950.pdf
« Последња измена: Март 02, 2023, 09:44:34 пре подне Imoćanin »

Ван мреже E r.g.a.t.i.s.

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 61
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #6 послато: Март 02, 2023, 09:47:45 пре подне »
Hvala na odgovoru.Bas mi je zao eto htela sam da saznam odprilike da smestim sve te zenske predke u jednu definiciju.(sve te Kuce,Drobanjake,Bjelopavlice,Klimente,Niksice..)
Odgovor za Ojlera ,moguce je pre nego sto sto je uradjen Y hr.mog bratanca preko autosomalnog fajla sam saznala da je njegova HG I2a.sto se kasnije potvrdilo.
Thenx 👌

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #7 послато: Март 02, 2023, 10:31:38 пре подне »
Чудно ми је и за Y хаплогрупу да је могуће. По дефиницији Y хромозом није аутозомни и не би требао да се садржи у резултату аутозомне анализе.

Ствар конфигурације microarray чипа, очигледно... Знамо да FTDNA одувек узоркује X хромозом, који такође није аутозом. А знамо и да 23andMe узоркује неке SNP локације на Y хромозому, тј. одређује барем кровне Y хаплогрупе за тестиране мушкарце. Небојша већ годинама прати и евидентира те резултате са 23andMe.

А ово ми је новост за MyHeritage, што је послао Имоћанин. Њима обраду узорака ради лабораторија GeneByGene у Хјустону (иста која ради и за FTDNA) али могуће да за MyHeritage користе другачије microarray чипове у односу на FTDNA FamilyFinder тестове.

Ван мреже Imoćanin

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 319
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #8 послато: Март 02, 2023, 10:39:43 пре подне »
Ствар конфигурације microarray чипа, очигледно... Знамо да FTDNA одувек узоркује X хромозом, који такође није аутозом. А знамо и да 23andMe узоркује неке SNP локације на Y хромозому, тј. одређује барем кровне Y хаплогрупе за тестиране мушкарце. Небојша већ годинама прати и евидентира те резултате са 23andMe.

А ово ми је новост за MyHeritage, што је послао Имоћанин. Њима обраду узорака ради лабораторија GeneByGene у Хјустону (иста која ради и за FTDNA) али могуће да за MyHeritage користе другачије microarray чипове у односу на FTDNA FamilyFinder тестове.

Evo nešto o tome na njihovoj stranici. U 2019 je bila priča o tome da su naručili novu verziju čipa ali neznam dokle je to stiglo.

https://blog.myheritage.com/2019/04/update-regarding-dna-test-processing-times/


Ван мреже Imoćanin

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 319
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #9 послато: Март 02, 2023, 10:51:26 пре подне »
Evo nešto o tome na njihovoj stranici. U 2019 je bila priča o tome da su naručili novu verziju čipa ali neznam dokle je to stiglo.

https://blog.myheritage.com/2019/04/update-regarding-dna-test-processing-times/

23andme je već ranije preša na tu novu verziju koja uključuje više markera za ne-europske populacije:

“ In 2017, 23andMe migrated from the Illumina OmniExpress chip that was used across multiple ancestry DNA companies. The current 23andme v5 chip, the Global Screening Array (GSA) is a next-generation genotyping array for population-scale genetics, variant screening, pharmacogenomics studies, and precision medicine research. This version of the chip has around 650,000 SNPs suitable for both ancestry and health testing.”


Ван мреже Никац

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 938
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #10 послато: Март 02, 2023, 12:05:09 поподне »
Постоји овај предиктор: https://dna.jameslick.com/mthap/

Али питање је да ли компанија код које сте се тестирали тестира MT ДНК маркере.
Ако не, онда ни овај предиктор неће моћи ништа да вам предвиди.
« Последња измена: Март 02, 2023, 12:07:18 поподне Никац »

Ван мреже Imoćanin

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 319
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #11 послато: Март 02, 2023, 12:20:31 поподне »
23andme je već ranije preša na tu novu verziju koja uključuje više markera za ne-europske populacije:

“ In 2017, 23andMe migrated from the Illumina OmniExpress chip that was used across multiple ancestry DNA companies. The current 23andme v5 chip, the Global Screening Array (GSA) is a next-generation genotyping array for population-scale genetics, variant screening, pharmacogenomics studies, and precision medicine research. This version of the chip has around 650,000 SNPs suitable for both ancestry and health testing.”

Evo, našao sam lijep pregled čipova:

https://www.nature.com/articles/s41431-021-00917-7/tables/1

Vidi se da ovaj Illumina OmniExpress čip ne testira mitrohondrijski dnk, a ovaj novi Illumina GSA samo 134 markera (MT).

Zanimljivo je da su na novoj verziji 3 GSA čipa povečali pokrivenost na y-kromozomu na preko 4000 markera.

Ван мреже E r.g.a.t.i.s.

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 61
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #12 послато: Март 02, 2023, 12:48:18 поподне »
Necu se zahvaljivati vise podrazumeva se.👌 Testirala sam se Na My heritage odavno -autosomalni.Kliknula mi je ta ideja da li je moguce da saznam i to?Da priznam ne snalazim se najbolje ali ucim i svakako mi treba malo vise vremena da raskrinkam kako sve to funkcionise.Znaci u pitanju je MyH kako da to saznam? Bilo moguce ili ne necije inskrukcije su mi potrebne.

Ван мреже Imoćanin

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 319
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #13 послато: Март 02, 2023, 12:53:00 поподне »
Necu se zahvaljivati vise podrazumeva se.👌 Testirala sam se Na My heritage odavno -autosomalni.Kliknula mi je ta ideja da li je moguce da saznam i to?Da priznam ne snalazim se najbolje ali ucim i svakako mi treba malo vise vremena da raskrinkam kako sve to funkcionise.Znaci u pitanju je MyH kako da to saznam? Bilo moguce ili ne necije inskrukcije su mi potrebne.

Nažalost, neće biti moguće. MyHeritage je koristio ovaj Illumina OmniExpress čip i taj ne pokriva ništa na mitrohondrijima.

Ван мреже Никац

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 938
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #14 послато: Март 02, 2023, 01:24:15 поподне »
Nažalost, neće biti moguće. MyHeritage je koristio ovaj Illumina OmniExpress čip i taj ne pokriva ništa na mitrohondrijima.

Зависи када се тестирала, од 2019 FTDNA и MyHeritage исто користе нови чип (GSA)

Ван мреже Imoćanin

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 319
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #15 послато: Март 02, 2023, 01:49:14 поподне »
Зависи када се тестирала, од 2019 FTDNA и MyHeritage исто користе нови чип (GSA)

Evo šta im trenutačno piše na stranici:

In accordance with the industry standard, MyHeritage uses the Illumina OmniExpress-24 chip, with hundreds of thousands of strategically selected probes to capture the greatest amount of genetic variation, and facilitate research.

Ван мреже E r.g.a.t.i.s.

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 61
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #16 послато: Март 02, 2023, 04:31:18 поподне »
Nije tako davno bas sam pogledala 2019 ali sam dobila rzl. 2020. E sada sta dalje ?

Ван мреже Gorance

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 692
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #17 послато: Март 02, 2023, 04:50:34 поподне »
Nije tako davno bas sam pogledala 2019 ali sam dobila rzl. 2020. E sada sta dalje ?
И још једном извините, ништа лично, живели!

Ван мреже E r.g.a.t.i.s.

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 61
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #18 послато: Март 02, 2023, 05:25:43 поподне »
Samo opusteno cl.Gorance naravno da se ne ljutim a nije mi  ni u prirodi.🙂 i ne postoji razlog .Usmeni govor mi vise lezi  nego pisani pa da ne ostane nejasno malo oduzim 😉Nego ovde sa Mhdnk sam zadala sebi jedan zadatak pa videcemo ako bude moguce da saznam i to uz pomoc ljudi koji znaju vise.
Vas mali post za galaxiju 👌prekjuce sam merila 28 hiljada svetlosnih godina (zanimala  me jedna planeta)koliko je udaljena pa su cifre nemerljive ako svetlost putuje 300hiljada u sekundi pa puta ...autostoperski malo tesko😀😀😀😀
Sve najbolje i vama zelim

Ван мреже E r.g.a.t.i.s.

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 61
Одг: predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla
« Одговор #19 послато: Март 03, 2023, 05:54:12 поподне »
Da shvatim samo da nije moguce .Nema veze mozda u buducnosti izadje nesto novo .Nikakva zurba.
Hvala svima.
300 00km u 1sek ......pa koliko dalje xxxxxx🙃😄🙃😄🙃