YFull

[симо]

Данас сам добио обавјештење од YFulla везано за новина у њиховом систему,а везано за кориштење маркере. Заправо то је детаљније објашњење ових новина, које смо већ примјетили и коменетарисали. Увођењем низа спорих маркера у свој сет, YFull вјерује да ће их моћи искористити за изоловање нових подграна, као и да ће усавршити своју опцију поклапања маркера (Matches STR). Такође додана је и опција upload-a маркера са FTDNA и Yseqa.

"News from YFull.com

Added 193 new Y-STR markers.

A few months ago, we began full-scale scinetific searches of new Y-STR markers on several criteria. The marker should not be shorter than 3 repetitions and the marker should be mutable, that is, mutate at least in one sample with a high level of confidence. Today we add 193 new Y-STR markers to the list (now total 780). These are mostly slow markers because all the fast markers were previously found and known. New markers have names within DYR299 <-> DYR858. This is the first batch of new markers. Other markers will be added later. All new markers will be added to the results on the "STR results" page as they are calculated for a sample. All STR matches will also be recalculated, taking into account new markers and excluding palindromes and synonyms. This will make match results more accurate.

New feature. "Upload STRs" from FTDNA and YSEQ.

Now it is possible to upload STR haplotypes from CSV files that were tested using the Sanger method and other methods from FTDNA and YSEQ labs.

If in the BAM file any STR marker was not extracted or low confidence, then in this marker the STR allele will be replaced with the correct result that you uploaded (FTDNA or YSEQ). These markers will be highlighted in blue on the "STR results" page. When you hover over this marker, additional information will appear. From the data file with STR results that will downloaded from FTDNA (Big Y-500) we will use 111 markers, but only for those markers that were not extracted or low confidence in the BAM file. STR results from YSEQ will be taken at least 12 markers (it eliminates errors when data uploading). In the future, it is planned to use "FTY" markers downloaded from FTDNA (Big Y-500), and the data from YSEQ will be downloaded directly from the YSEQ website by API with the personal permission of the sample owner in YSEQ. In this case, we will use from 1 marker and more downloaded from YSEQ.

Why upload STR data to YFull database? This STR data will be used when searching for STR matches. A match score will become more reliable as a larger number of markers will be compared. All results with a low confidence or not extracted in the 111 marker panel will be fully used. There will also be other additional improvements. Upload the STR data is easy. They can be deleted or reloaded at any time.

"Upload STRs" page - https://www.yfull.com/ls-upload-strs/

New feature. "Comparisons" tool.

More and more people are testing their DNA sample in different laboratories ordering different quality products. And two and three and four sequences of one person made in different laboratories are not uncommon. The new "Comparisons" page is a handy tool for comparing two or more sequences of one person. Information is presented in a compact and intuitive interface.
"Comparisons" page - https://www.yfull.com/comparisons/

New feature. STR branches.

Very slowly mutated STR markers are very similar to SNP. These STRs can be trusted. We have selected the most stable STR mutations to create new branches in the YTree or combine already existing branches. You can see two on the YTree at the moment:

J-Y19681a | DYS476=10
https://www.yfull.com/tree/J-Y19681/

C-Y12782a | DYS632=9
https://www.yfull.com/tree/C-Y12782/

In the next version of the YTree about 100 such branches more will appear in different haplogroups."

[Милош]

Због великог "дисбаланса" између BigY500 и BigY700, а многи резултати су послати Yfull-у, мало су се запетљали. Стабло није ажурирано скоро месец дана. Тако да је незахвално прогнозирати. Фетаховићу, који припада мојој грани, и након два месеца није цео процес одрађен. Још увек му није увршћен резултат у укупни TMRCA.

Јавио се јутрос Вадим са Yfull-а и објаснио да су у гужви око формирању стабла митохондријске ДНК, а да ће филогенетско стабло за Y хромозом бити освежено за 7-10 дана.

https://www.yfull.com/mtree/

[Милош]

На Yfull-у се појавио нови Y3120*.
https://www.yfull.com/tree/I-Y3120*/

Међутим није у питању нико нов, већ се ради о резултатима Мајке, које је добио након надоградње BigY. Дакле изгледа једино тако се могу обрадити резултати надоградње са BigY500 на BigY700, да се на Yfull-у додели нови налог или број. Надам се да ће након обраде података старе налоге укинути, јер у супротном може доћи до компликација и погрешних информација.

Пошто има и наших који су радили надоградњу, а имају већ налоге на Yfull-у, ето да знају како ово функционише, да не би дошло до забуне.

[Милош]

На Yfull-у се појавио нови Y3120*.
https://www.yfull.com/tree/I-Y3120*/

Међутим није у питању нико нов, већ се ради о резултатима Мајке, које је добио након надоградње BigY. Дакле изгледа једино тако се могу обрадити резултати надоградње са BigY500 на BigY700, да се на Yfull-у додели нови налог или број. Надам се да ће након обраде података старе налоге укинути, јер у супротном може доћи до компликација и погрешних информација.

Пошто има и наших који су радили надоградњу, а имају већ налоге на Yfull-у, ето да знају како ово функционише, да не би дошло до забуне.

Добио сам информацију да ће оба профила егзистирати на Yfull стаблу. Већ постоје такви који су радили анализу код неке друге лабораторије и BigY700 и који су оба резултата проследили Yfull-у. Видљива су оба разултата.

[Зрно]

Да ли неко разуме шта им на стаблу значи додатак- i

Ради се о тестираним који су стављени као "звездица"  а истовремено се зна, и пише им да припадају некој дефинисаној низводној грани, само их из неког разлога нису метнули тамо. 

[Небојша]

Да ли неко разуме шта им на стаблу значи додатак- i

Ради се о тестираним који су стављени као "звездица"  а истовремено се зна, и пише им да припадају некој дефинисаној низводној грани, само их из неког разлога нису метнули тамо.

Колико сам схватио, то су они који су поново урадили Yfull анализу, након проширења на BIGY 700 (само се дода нова шифра).

[Зрно]

Није то Небојша. Стављен је и Гранула, који није имао 500 раније.

[CosicZ]

Да ли неко разуме шта им на стаблу значи додатак- i

Изгледа да оном ко има  два идентификациона броја иза i је други број, а тамо где нису успели да одреде низводну грану или нису сигурни, су гране којима можда припада.

Стабла YFull-а сада имају три приказа - "classic", "scientific" и "chart".

[Слатинац]

Zna li neko kada će da ažuriraju stablo na Yfull-u? Zadnje ažuriranje bilo je pre oko 2 meseca.

[Златан]

Рекли су средином децембра. Последње ажурирање је било 25.11. Увек пише датум последње верзије доле.

Али можда  није твој део стабла обухваћен.

Отправлено с моего SM-G975F через Tapatalk

[Слатинац]

Čuo sam se sa Julijom iz Yfull tima. Rekla mi je da su prošlog meseca imali tehničkih problema sa ažuriranjem stabla, tako da će novo ažuriranje biti za 2 nedelje.

[Златан]

Хвала на информацији.

26.11. су ми рекли да ће бити "средином децембра". Сада значи поново померили на врло вероватно почетак јануара.
Ваљда ће напокон средити тада.

[Ojler]

Зна ли неко да ми објасни шта значи овај статус да су ми STR резултати код Yfull-а још увек у обради?

Да ли то они извлаче некакве STR маркере из мог BAM фајла или шта?

[Црна Гуја]

Зна ли неко да ми објасни шта значи овај статус да су ми STR резултати код Yfull-а још увек у обради?

Да ли то они извлаче некакве STR маркере из мог BAM фајла или шта?

Извући ће ти све STR маркере који имају очитавања, из WGS BAM-а обично извуку преко 100 од 111 стандардних STR-ова, плус још неколико стотина који су ван стандардних 111.

[Ojler]

Извући ће ти све STR маркере који имају очитавања, из WGS BAM-а обично извуку преко 100 од 111 стандардних STR-ова, плус још неколико стотина који су ван стандардних 111.

Лепо од њих, то нисам уопште очекивао

[Иван Вукићевић]

Лепо од њих, то нисам уопште очекивао

Вероватно ти је промакла моја порука од пре неколико месеци.

Стигли су STR резултати YFull обраде WGS теста. Поједине маркере од стандардних 111 нису успели да очитају, тако да и даље недостаје 11 маркера. Табела СДНКП је допуњена са новим маркерима. Иако хаплотип није потпун, ово је до сада највећи број маркера (100) међу тестираним Васојевићима.

[сɣнце]

Молим за објашњење неких ствари с Yfull.
STR је јоште у току обраде, но SNP су обрађени.

До сада је крајњи снип био I-A1328.
Сада ми пише,  да имам десетак terminal и private SNPs level I-A1328*.  Шта значе звијездице послије ових SNPѕ?

[drajver]

Молим за објашњење неких ствари с Yfull.
STR је јоште у току обраде, но SNP су обрађени.

До сада је крајњи снип био I-A1328.
Сада ми пише,  да имам десетак terminal и private SNPs level I-A1328*.  Шта значе звијездице послије ових SNPѕ?

Прије неколико дана Зденко је објавио ново стабло за хаплогрупу Y4882.
http://i2aproject.blogspot.com/2020/01/its-hard-to-compare-big-y-500-to-big-y.html

У уводном тексту је споменуо управо откривање два додатна SNP-a на нивоу А1328*, која не може да провјери јер нису обухваћена BigY500 тестом, а нема ни увид у Данте Лабс резултате.

Сунце, мислим да би било корисно да Зденку пошаљеш своје vcf резултате како би могао комплетирати ово стабло A1328.

Можда у тој анализи пронађеш и одговор на своје питање о терминалним СНП-овима на нивоу А1328*

[Uzi]

Сɣнце, данас је отворен Српски ДНК пројекат на YFull, па можеш приступити том пројекту. Драјвер је један од администратора па ти може проверити СНП резултате и тамо.

https://yfull.com/groups/serbian-dna/create-join-request/


Ово је уједно и позив свима који имају налог код YFulla да приступе као чланови.

[Uzi]

Тестирани који су учлањени у неку од YFull група могу успоредити резултате читања СНП позиција са осталим члановима те групе. Такође се могу проверити СТР маркери тестираних. Те се функције могу пронаћи у Y-Results и Y-Browser.

[сɣнце]

Прије неколико дана Зденко је објавио ново стабло за хаплогрупу Y4882.
http://i2aproject.blogspot.com/2020/01/its-hard-to-compare-big-y-500-to-big-y.html

У уводном тексту је споменуо управо откривање два додатна SNP-a на нивоу А1328*, која не може да провјери јер нису обухваћена BigY500 тестом, а нема ни увид у Данте Лабс резултате.

I-A1328 is a major branch below I-Y4882. On our previous trees, A1328 had one equivalent SNP: Y15928. This update shows that Y15928 is below A1328 and two newly discovered SNPs are equivalent to A1328. The new SNPs are named FT16342 and FT27092.

We show FT16342 and FT27092 as equivalent to A1328 but it's possible that one or both SNPs are slightly higher in the haplotree, we couldn't check these SNPs in the I-A12505 haplogroup. But other branches like I-A10230, I-A7358 etc. are all FT16342- and FT27092-.

Ја сам позитиван на два поменута снипа. 
Имам 18 приватних снипова.
Најбложи ми је нови тестирани за кога вјерујем,  да је Украјинац,  а потом слиједи Бугарин.
С овима дијелим један снип који одсутствује у других; Зове се Y1943/FGC1578.

[drajver]

Сɣнце, данас је отворен Српски ДНК пројекат на YFull, па можеш приступити том пројекту. Драјвер је један од администратора па ти може проверити СНП резултате и тамо.

https://yfull.com/groups/serbian-dna/create-join-request/


Ово је уједно и позив свима који имају налог код YFulla да приступе као чланови.

Придружујем се Узијевом позиву за све оне који имају YFull налог да се придруже пројекту. Биће вишеструко корисно и за њих и за друге тестиране.

[drajver]

Ја сам позитиван на два поменута снипа. 
Имам 18 приватних снипова.
Најбложи ми је нови тестирани за кога вјерујем,  да је Украјинац,  а потом слиједи Бугарин.
С овима дијелим један снип који одсутствује у других; Зове се Y1943/FGC1578.

Та два SNP-a су на нивоу А1328* тако да засад не значе пуно.

Оно што је битно јесте да си негативан на I-А1328>Y15928 што искључује из игре добар дио припадника А1328. Остају ти дакле за поређење само два тестирана: Бугарин из Триавне Спасов/Ангелов и тестриани са YFull шифром YF68626 за којег не знам одакле је, али претпостављам да је тестиран преко Данте Лабса.

Издвојили су ти неких 10 поузданих новела и именовали их.

Већина СНП-ова која помињеш ,а који су означени као private или terminal углавном нису поуздани, немају филогенетски значај, а неки се налазе на нивоу А1328* попут FT27092 или  FT16342. Занимљив ми је нови СНП који се појавио у списку твојих СНП-ова и који је означен као прилично поуздан FT109380. Не знам с ким га дијелиш.

Уколико заиста буде неких релевантних СНП-ова које дијелиш са Бугарином или анонимним , YFull ће их свакако издвојити. Могуће је и да останеш на нивоу А1328*.

[сɣнце]

Та два SNP-a су на нивоу А1328* тако да засад не значе пуно.

Занимљив ми је нови СНП који се појавио у списку твојих СНП-ова и који је означен као прилично поуздан FT109380. Не знам с ким га дијелиш.

Не видјех,  да било тко осим мене има FT109380,  но он се може показати значајним за наше A1328*.

[drajver]

Не видјех,  да било тко осим мене има FT109380,  но он се може показати значајним за наше A1328*.

FT109380 је откривен и именован у оквиру FTDNA BigY700 теста, значи да је неко ко је радио тај тест позитиван на њега и поред тебе.
Друга ствар је да ли тај СНП има филогенетски значај, а трећа гдје се тачно налази у стаблу.

У сваком случају, тај СНП има ознаку новог што значи да није раније био разматран у оквиру YFull стабла.

[vid.knezevic]

Придружио сам се и ја, тј прихватио позив.

[filipi]

Devic mi je potvrdio da nije jos uradio BIG Y, tako da ce biti zanimljivo odakle je novi A1328.

[filipi]

Bugarin Spasov i Buvac dijele novu granu ispod A1328, TMRCA 950 god.I-Y177643

https://www.yfull.com/tree/I-A1328/

[filipi]

Bugarin Spasov i Buvac dijele novu granu ispod A1328, TMRCA 950 god.I-Y177643

https://www.yfull.com/tree/I-A1328/

Na Yfull pise Gabrovo za Bugarina. Na FTDNA pise Ivan Angelov Triavna Bulgaria 1785-1870.Radi li se o istoj osobi?

[Atlantische]

Na Yfull pise Gabrovo za Bugarina. Na FTDNA pise Ivan Angelov Triavna Bulgaria 1785-1870.Radi li se o istoj osobi?

На YFull-у су јавно доступни регионални назив и држава одакле потиче најстарији познати предак тестираног (окрузи у Србији, савезне државе у САД, војводства у Пољској итд). Трјавна је град у Габровској области.

[нцп]

http://ultimatefamilyhistorians.blogspot.com/2019/10/advantages-of-submitting-to-yfull.html?m=1

[Златан]

Кога занима: Yfull стабло ће бити ажурирано "до краја текуће недеље"

[Милош]

Једна информација од. Yfull-a.

"We have implemented the integration of the transfer of the data from YSEQ.

Currently, you can simply transfer your BAM files and your STRs. In the future, we are planning to make possible the transfer of YSEQ SNP testing results. 

For this, please join our group on the site of YSEQ.

https://www.yseq.net/yfull_group.php

In  case of a new order, you will receive an e-mail with the  link  similar to https://www.yfull.com/orderyseq/?yseqkit=16672&key=3515513fa3c649baeb86b92ca6aaffbd

Please, click it and fill the form.

If you don't want to make a new order to YFull, but you would like to upload your STRs from YSEQ, please specify your YSEQ ID on this page.: settings>Y>YSEQ ID.

For transferred BAM files from YSEQ to YFull, the data analysis

 of the Y +MT cost is $45 instead of $49, the data analysis of the mtDNA cost is 23$ instead of 25$."

[CosicZ]

Нова верзија стабла на YFull-у YTree v8.03.01 . Ево неколико измењених или додатих грана:
https://www.yfull.com/tree/I-CTS10228/  formed 5100 ybp, TMRCA 3400 ybp смањен TMRCA
https://www.yfull.com/tree/I-Y81696/ formed 3400 ybp, TMRCA 1550 ybp приближно у време Меровинга
https://www.yfull.com/tree/I-MF2888/ formed 1850 ybp, TMRCA 1350 ybp
https://www.yfull.com/tree/I-Y88700/ formed 1800 ybp, TMRCA 50 ybp - мислим да је ово први резултат са Самое кога сам видео
https://www.yfull.com/tree/I-Y56203/ formed 1600 ybp, TMRCA 1550 ybp
https://www.yfull.com/tree/R-YP263/ formed 2100 ybp, TMRCA 1800 ybp - словенско балканске немачке везе
https://www.yfull.com/tree/J-Y143134/ formed 5900 ybp, TMRCA 2800 ybp
https://www.yfull.com/tree/I-FGC33034/ formed 900 ybp, TMRCA 700 ybp
https://www.yfull.com/tree/I-FT110841/ formed 2500 ybp, TMRCA 1100 ybp - скандинавско и можда цинцарско порекло?
https://www.yfull.com/tree/I-Y37939/ formed 2500 ybp, TMRCA 2500 ybp - да ли неко зна ко је овај из Хрватске?
https://www.yfull.com/tree/I-Y21391/ formed 4000 ybp, TMRCA 2100 ybp - занимљиво ако није реч о скоријим досељеницима у Румунију
https://www.yfull.com/tree/I-Y97339/ formed 2900 ybp, TMRCA 1000 ybp - можда стигли са Норманима?
https://www.yfull.com/tree/R-BY55016/ formed 3700 ybp, TMRCA 2800 ybp
https://www.yfull.com/tree/J-Y150765/ formed 5100 ybp, TMRCA 5000 ybp - неке старије балканске гране
https://www.yfull.com/tree/J-YP91/ formed 5400 ybp, TMRCA 4500 ybp
https://www.yfull.com/tree/J-Y191359/ formed 2500 ybp, TMRCA 1150 ybp - можда цинцарско порекло?
https://www.yfull.com/tree/E-FGC63243/ formed 2800 ybp, TMRCA 2500 ybp
https://www.yfull.com/tree/E-BY5617/ formed 2800 ybp, TMRCA 2000 ybp
https://www.yfull.com/tree/R-YP1558/ formed 4300 ybp, TMRCA 4300 ybp - скитско и хунско порекло

[нцп]

Нова верзија стабла на YFull-у YTree v8.03.01 . Ево неколико измењених или додатих грана:
https://www.yfull.com/tree/I-CTS10228/  formed 5100 ybp, TMRCA 3400 ybp смањен TMRCA
https://www.yfull.com/tree/I-Y81696/ formed 3400 ybp, TMRCA 1550 ybp приближно у време Меровинга
https://www.yfull.com/tree/I-MF2888/ formed 1850 ybp, TMRCA 1350 ybp
https://www.yfull.com/tree/I-Y88700/ formed 1800 ybp, TMRCA 50 ybp - мислим да је ово први резултат са Самое кога сам видео
https://www.yfull.com/tree/I-Y56203/ formed 1600 ybp, TMRCA 1550 ybp
https://www.yfull.com/tree/R-YP263/ formed 2100 ybp, TMRCA 1800 ybp - словенско балканске немачке везе
https://www.yfull.com/tree/J-Y143134/ formed 5900 ybp, TMRCA 2800 ybp
https://www.yfull.com/tree/I-FGC33034/ formed 900 ybp, TMRCA 700 ybp
https://www.yfull.com/tree/I-FT110841/ formed 2500 ybp, TMRCA 1100 ybp - скандинавско и можда цинцарско порекло?
https://www.yfull.com/tree/I-Y37939/ formed 2500 ybp, TMRCA 2500 ybp - да ли неко зна ко је овај из Хрватске?
https://www.yfull.com/tree/I-Y21391/ formed 4000 ybp, TMRCA 2100 ybp - занимљиво ако није реч о скоријим досељеницима у Румунију
https://www.yfull.com/tree/I-Y97339/ formed 2900 ybp, TMRCA 1000 ybp - можда стигли са Норманима?
https://www.yfull.com/tree/R-BY55016/ formed 3700 ybp, TMRCA 2800 ybp
https://www.yfull.com/tree/J-Y150765/ formed 5100 ybp, TMRCA 5000 ybp - неке старије балканске гране
https://www.yfull.com/tree/J-YP91/ formed 5400 ybp, TMRCA 4500 ybp
https://www.yfull.com/tree/J-Y191359/ formed 2500 ybp, TMRCA 1150 ybp - можда цинцарско порекло?
https://www.yfull.com/tree/E-FGC63243/ formed 2800 ybp, TMRCA 2500 ybp
https://www.yfull.com/tree/E-BY5617/ formed 2800 ybp, TMRCA 2000 ybp
https://www.yfull.com/tree/R-YP1558/ formed 4300 ybp, TMRCA 4300 ybp - скитско и хунско порекло

Хвала, баш глeдам од јутрос стабло https://www.yfull.com/tree/I2/ и уочих промeну код https://www.yfull.com/tree/I-MF2888/

[CosicZ]

https://www.yfull.com/tree/A00/ formed 235900 ybp, TMRCA 37600 ybp - велико повећање TMRCA, први на YFull који није у блиском сродству са осталима.

[Црна Гуја]

https://www.yfull.com/tree/A00/ formed 235900 ybp, TMRCA 37600 ybp - велико повећање TMRCA, први на YFull који није у блиском сродству са осталима.

У питању је вероватно древни узорак западноафричког ловца-сакупљача из Камеруна, из недавно објављеног рада Lipson et al.:

I10871 (2/SE II); 6020-5850 BC; Shum Laka, Cameroon; West African_HG; Y-DNA: pre-A00; mtDNA: L0a2a1

Individuals 2/SE I and 4/A have Y chromosomes from macrohaplogroup B (often found today in hunter-gatherers from Central Africa), and 2/SE II has the rare Y chromosome haplogroup A00, which was discovered in 2013 and is present at appreciable frequencies only in Cameroon—in particular, among the Mbo and Bangwa in the western part of the country. A00 is the oldest known branch of the modern human Y chromosome tree, with a split time of about 300,000–200,000 bp from all other known lineages. At 1,666 positions (from whole-genome sequence data; Supplementary Table 4) that differ between present-day A00 and all other Y chromosomes, the sequence of the Shum Laka individual carries the nonreference allele at a total of 1,521, translating to a within-A00 split at about 37,000–25,000 bp (95% confidence interval).

[CosicZ]

На YFull-у је објављена нова верзија Y стабла v8.06.00 . Неколико нових резултата на дубоким гранама:
https://www.yfull.com/tree/K2b1/  id:HGDP00491 Папуа Нова Гвинеја
https://www.yfull.com/tree/R-P297/ id:YF74287 Летонија
https://www.yfull.com/tree/R-L52/ id:PCW361 id:PCW362 археогенетски https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=1791.msg133690#msg133690

Рехабилитован је I-PH908, сада има TMRCA 1700 ybp. Чини ми се да су промене углавном у броју SNP-ова код припадника I-PH908*.

[CosicZ]

У претходној верзији је био и id:YF72948 Саудијска Арабија на https://www.yfull.com/tree/R1/ , али сада више није ту.

[Милош]

На Yfull-у су убацили једну новину, па сада поред државе порекла може да се допише и матерњи језик. Налази се у одељку Settings.

[Uzi]

На Yfull-у су убацили једну новину, па сада поред државе порекла може да се допише и матерњи језик. Налази се у одељку Settings.

Ово је свакако велико унапређење, да се може поставити језик тестираног. И раније је било захтева да се нешто тако уради, углавном по питању: припадност националној држави->припадности етничкој нацији.

[drajver]

На Yfull-у су убацили једну новину, па сада поред државе порекла може да се допише и матерњи језик. Налази се у одељку Settings.

Сад сам додао на свом налогу језик. Колико видим једна од опција које се нуде је и Romano-Serbian. Шта би то могло да значи?

[Мића]

Сад сам додао на свом налогу језик. Колико видим једна од опција које се нуде је и Romano-Serbian. Шта би то могло да значи?

https://en.wikipedia.org/wiki/Romano-Serbian_language

[Exiled]

https://en.wikipedia.org/wiki/Romano-Serbian_language

Влашки

[Мића]

Влашки

није него ромско-српски

[CosicZ]

Неколико хаплогрупа којима су додати нови тестирани, нове подгрупе или промењена вредност TMRCA са верзије v8.08.00 YFull-овог стабла:
https://www.yfull.com/tree/E-Y37092/
https://www.yfull.com/tree/E-BY6357/
https://www.yfull.com/tree/E-BY4526/
https://www.yfull.com/tree/E-FT192275/
https://www.yfull.com/tree/E-Z38456/
https://www.yfull.com/tree/E-Y58870/
https://www.yfull.com/tree/E-Z16659/
https://www.yfull.com/tree/E-BY5617/
https://www.yfull.com/tree/I-CTS4002/
https://www.yfull.com/tree/I-Y3118/
https://www.yfull.com/tree/I-A1328/
https://www.yfull.com/tree/I-A14973/
https://www.yfull.com/tree/I-A5876/  ово само због језика
https://www.yfull.com/tree/I-Y128714/  ово само због језика
https://www.yfull.com/tree/J-PH128/
https://www.yfull.com/tree/J-Z2148/
https://www.yfull.com/tree/J-BY22478/
https://www.yfull.com/tree/J-S8230/
https://www.yfull.com/tree/J-Y82533/
https://www.yfull.com/tree/J-Z1043/
https://www.yfull.com/tree/J-Y98609/
https://www.yfull.com/tree/J-Y191359/
https://www.yfull.com/tree/L-M349/
https://www.yfull.com/tree/R-Y83965/
https://www.yfull.com/tree/R-Y187625/
https://www.yfull.com/tree/R-FGC75224/
https://www.yfull.com/tree/R-Y18961/
https://www.yfull.com/tree/R-Y2912*/  ово само због језика
https://www.yfull.com/tree/R-YP6047/ недостаје српска заставица, али је изгледа пореметила рачунање TMRCA
https://www.yfull.com/tree/R-M12335/
https://www.yfull.com/tree/R2/

[Зрно]

Сви који су на Yfull стаблу, могу сад да додају и језик, осим заставе. Тако да онима који су под хрватском и босанском заставом у продужетку ће писати srp/Serbian. Већ су први интервенисали Бошњаци под српском заставом, па им пише Bosnian.

Већ је било речи о овом и није придат значај, пошто се ради о језику. Међутим, то је истовремено наглашавање националности.

[CosicZ]

Изгледа да се један археогенетски узорак из Мокрина ипак појавио на Yfull-у: MOK15 на https://www.yfull.com/tree/J-Z615*/ .

Такође, на https://www.yfull.com/tree/J-PF7321/ R1283 на https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#6/41.910/12.480
Medieval, 771 - 1490 CE

https://www.yfull.com/tree/J-L283/ KDC001 , KDC001.A0101 на https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#6/43.333/43.713
North Caucasus, 1971-1700 BC

https://www.yfull.com/tree/J-YP91*/ ORC007
https://www.yfull.com/tree/J-Z600/ ORC008
https://www.yfull.com/tree/J-YP157/ ORC003 и I10553 на https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#6/41.336/9.426
Nuragic, 1384-1049 calBCE

https://www.yfull.com/tree/J-CTS6190/ R474 на https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#6/42.090/11.777
Etruscan, 700 - 600 BCE

https://www.yfull.com/tree/J-Y23094/ R54 на https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#6/41.698/13.118
Medieval, 820 CE - 1430 CE

https://www.yfull.com/tree/J-Z631/ R116 на https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#6/41.927/12.502
Roman, 1 - 200 CE

[CosicZ]

https://www.yfull.com/tree/J-Y36972/ VK346 са https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41586-020-2688-8/MediaObjects/41586_2020_2688_MOESM1_ESM.pdf

Many human remains from the late Iron Age (400-1050 CE) have been excavated from burials and other contexts on the island of Öland in the Baltic Sea.

Иако је на основу изотопа процењено да већина узорака са овог острва припада скорашњим придошлицама, VK346 је локалац.

Да поменем и једног тестираног са https://genomaustria.at/unser-genom/ PGA18 на https://www.yfull.com/tree/J-Z1043*/ сродног неким балканским J2-Z1043, као и овом Швеђанину из гвозденог доба.

[CosicZ]

Код неких археогенетских узорака YFull је назначио и њихову старост. За VK346 стоји 1070 ( 920 - 1220) ybp.

Неколико нових резултата постављених на стабло:
https://www.yfull.com/tree/E-A6295*/ id:YF78756 HUN [HU-BE]
https://www.yfull.com/tree/E-CTS859/ id:YF77516 BGR [BG-22]
https://www.yfull.com/tree/E-Z16664*/ id:YF77486 CZE [CZ-PL]
https://www.yfull.com/tree/E-L241*/ id:YF77874 ARM
https://www.yfull.com/tree/I-Z17855/ id:YF78471 RUS [RU-KRS]
https://www.yfull.com/tree/I-A815*/ id:YF78617 HRV [HR-05]
https://www.yfull.com/tree/J-FT117099*/ id:YF76633 GRC [GR-58]
https://www.yfull.com/tree/J-Y155803/ id:YF77740 BGR [BG-07]
https://www.yfull.com/tree/R-YP371*/ id:YF78185 MNE [ME-04] bos
https://www.yfull.com/tree/R-FGC11555*/ id:YF78630 RUS [RU-BRY] rus
https://www.yfull.com/tree/R-L1029/ id:YF78848 DEU [DE-ST]
https://www.yfull.com/tree/R-YP416/ id:YF78303 BGR [BG-15] eng
https://www.yfull.com/tree/R-YP1137/ id:VK160 RUS [RU-VLG] 920 ( 720 - 1120) ybp
https://www.yfull.com/tree/R-B83/ id:VK177GBR [GB-OXF] 1080 ( 1020 - 1140) ybp
https://www.yfull.com/tree/R-S18382/ id:YF76794 BGR [BG-16] bul
https://www.yfull.com/tree/R-DF27*/ id:YF78207 BIH [BA-BIH]

Нису нови, али су у суседству:
https://www.yfull.com/tree/R-BY18859/ id:YF75619 BIH [BA-BIH]
https://www.yfull.com/tree/R-FGC19586/ id:YF70648 BGR [BG-18] bul
https://www.yfull.com/tree/R-Y12458*/ id:YF13470 BGR [BG-14]
https://www.yfull.com/tree/R-ZP159/ id:YF11481 BGR [BG-01]
https://www.yfull.com/tree/R-A6703*/ id:YF19739 BGR [BG-23]

[CosicZ]

Да ли неко зна нешто о овом тестираном из Мађарске https://www.yfull.com/tree/E-A6295*/ id:YF78756 HUN [HU-BE] , https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/E;name=E-A6295 ?
На https://www.familytreedna.com/public/E3b?iframe=ymap сам нашао ове E-L540 у Мађарској и Румунији, али не и њега:

Confirmed Haplogroup: E-A6295
Subgroup: E-V68>M78>Z1919>L618>V13>CTS5856>S3003>L540 Need SNP tests for branches. For details, see http://www.gwozdz.org/L540.html
Kit Number: IN36326
Marker Location: Bélfenyér, Hungary (Belfir, Romania)

Confirmed Haplogroup: E-BY5876
Subgroup: E-V68>M78>Z1919>L618>V13>CTS5856>S3003>L540>Y7026>A783
Kit Number: 200924
Marker Location: Tatabánya, Magyarország

[CosicZ]

Нисам га нашао на https://www.familytreedna.com/public/HungarianBukovinaSurnames?iframe=ymap , https://www.familytreedna.com/public/Hungarian_Magyar_Y-DNA_Project?iframe=ymap , https://www.familytreedna.com/public/Jaszsag?iframe=ymap , https://www.familytreedna.com/public/Hungarian_SIG?iframe=ymap , али према http://www.gwozdz.org/L540.html#A6295 YF78756 са YFull-а је IN36326 са FTDNA.

Vajanszky:  Hungary.  IN36326, BY-A6295, YF78756

Презиме Вајански се јавља код Словака. Размишљао сам и о могућем немачком или српском пореклу.
http://www.bekesmegye.hu/bekes-megye/srpska-strana/

Жупанија Бекеш се налази у југоисточном делу Мађарске, на Алфелду, у самом срцу Карпатског басена. Овај простор је био насељен још у четвртом и петом миленијуму пре нове ере. Премда су историјски вртлози веома отежавали опстанак на овог подручја – уништавано је прво од стране Татара, а затим и Отоманског царства, на крају је, захваљујући својим природним целинама, ипак успело да се опорави.

Жупанију изнад свега карактерише мирна коегзистенција бројних мањина; у Мађарској не постоји више подручје где у миру живи толико мањина: Румуни, Словаци, Пољаци, Роми, Срби и Немци, сви су се они овде снашли. Крајем седамнаестог века, захваљујући планираном насељавању Ђуле, ту су настањене српске породице које су касније асимиловане са новопридошлим Румунима. У XVIII веку су Батању настанили Срби крајишници. Искључиво Срби су били становници Батање, до момента када у њу досељава румунско и мађарско становништво.

[ДушанВучко]

Презиме Вајански се јавља код Словака. Размишљао сам и о могућем немачком или српском пореклу.

Словачки песник из 19. века је био Светозар Урбан- Вајански (имао је псеудониме, "Белко Игор", "Игор Влах"...Називан је и "Патријархом Словака"...):
https://en.wikipedia.org/wiki/Svetoz%C3%A1r_Hurban-Vajansk%C3%BD
https://sk.wikipedia.org/wiki/Svetoz%C3%A1r_Hurban-Vajansk%C3%BD


Vajanského nábrežie , Bratislava

[Полић]

Malopre naleteh na ovo na Facebook grupi Yfull.com

Hi, I am looking for Serbian person hide under yfull number YF68349 connected with YF01893.... under I-A811 and new branch I-Y40408 . I sent a message by Yfull system . Anyone of you know him?


da li je ovo neko naš sa Porekla?

[drajver]

Malopre naleteh na ovo na Facebook grupi Yfull.com

Hi, I am looking for Serbian person hide under yfull number YF68349 connected with YF01893.... under I-A811 and new branch I-Y40408 . I sent a message by Yfull system . Anyone of you know him?


da li je ovo neko naš sa Porekla?

Мислим да је ово презиме Петров, које је судећи по подацима које су оставили, ипак руског поријекла. Зашто су ставили јужну Бачку као мјесто поријекла, не знам, можда се ради о Бијелим Русима.
У сваком случају на ФТДНА пројекту их има неколико тестираних,а као најстаријег претка наводе Egor Petrov b. 1878 d. 1938, Russian Federation

[Полић]

Мислим да је ово презиме Петров, које је судећи по подацима које су оставили, ипак руског поријекла. Зашто су ставили јужну Бачку као мјесто поријекла, не знам, можда се ради о Бијелим Русима.
У сваком случају на ФТДНА пројекту их има неколико тестираних,а као најстаријег претка наводе Egor Petrov b. 1878 d. 1938, Russian Federation

Hvala!Napisaću komentar. Inače jedan sudeći po prezimenu verovatno Poljak, Piotrowski, je ovo pitao

[drajver]

Hvala!Napisaću komentar. Inače jedan sudeći po prezimenu verovatno Poljak, Piotrowski, je ovo pitao

Изгледа ипак да нису ови Петрови, они су посебно издвојени на YFull стаблу. Колико се сјећам тај А811 из јужне Бачке је давно тестиран, нешто ми је у сјећању остало да је баш код тих Петрова раније стајало јужна Бачка, али могуће да сам нешто помијешао. Погледаћу још једном детаљније о коме би се могло радити.

[Полић]

Изгледа ипак да нису ови Петрови, они су посебно издвојени на YFull стаблу. Колико се сјећам тај А811 из јужне Бачке је давно тестиран, нешто ми је у сјећању остало да је баш код тих Петрова раније стајало јужна Бачка, али могуће да сам нешто помијешао. Погледаћу још једном детаљније о коме би се могло радити.

Reče Poljak da ga je našao. Ja nisam pogledao granu, ne znam ni o kojoj se radi tj. gde joj je rasprostranjenost

[drajver]

Reče Poljak da ga je našao. Ja nisam pogledao granu, ne znam ni o kojoj se radi tj. gde joj je rasprostranjenost

То је више сјевернословенска грана, пољско-руска, није типична за наше просторе.

[goca 11]

Мислим да је ово презиме Петров, које је судећи по подацима које су оставили, ипак руског поријекла. Зашто су ставили јужну Бачку као мјесто поријекла, не знам, можда се ради о Бијелим Русима.
У сваком случају на ФТДНА пројекту их има неколико тестираних,а као најстаријег претка наводе Egor Petrov b. 1878 d. 1938, Russian Federation

Mislim da ste u pravu da je prezime Petrov ruskog porekla. Naš književnik Aleksandar Petrov rodjen je u Nišu 1938 a roditelji su mu bili Rusi. Otac oficir belogardejac.

[Ojler]

Mislim da ste u pravu da je prezime Petrov ruskog porekla. Naš književnik Aleksandar Petrov rodjen je u Nišu 1938 a roditelji su mu bili Rusi. Otac oficir belogardejac.

Мислим да се не може уопштавати. У Војводини сигурно има Петрова чије презиме не вуче порекло из Русије.

[drajver]

Сад сам се сјетио о коме се ради. Мислим да сам га већ једном помињао на форуму. Ради се о Словаку/Мађару N3470, Turney, Istvan Tarnoczi, b.1877, Pivnice, Vojvodina, Serbia, I-A811

Ови Петрови су ипак Руси из Русије. Збунило ме је и то што су одавно чланови Dinaric Alps Пројекта.

[drajver]

Ево овдје тог ранијег помињања, не сјећам се више ни сам шта сам писао. Године. 

https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=2512.msg109102#msg109102

[goca 11]

Мислим да се не може уопштавати. У Војводини сигурно има Петрова чије презиме не вуче порекло из Русије.

Da u pravu ste.Ali moj komentar se samo odnosio na drajverovu nedoumicu oko porekla  prezimena u navedenom slučaju,  pa sam dodala komentar koji bi možda pomogao kao tas na vagi  samo za to
A nisam  mislila na prezimena Petrov u Vojvodini 

[НикПав]

 Подграна B-Y20805 је добила новог члана даљим пореклом из околине Скадра. Делује да се YFULL за сада доста мучи, пошто нам колективно повећавају и смањују број дељених SNP скоро свакодневно. У Србију је стигао још један прибор за BiGY, тако да ћемо за пар месеци имати још један резултат у оквиру 20805, који опет вуче порекло из околине Подгорице. Једно је сигурно, имаћемо можда и три додатне гране испод 20805.
Занимљиво је да иако смо веома удаљени, албански члан ми излази на аутосомалном тесту као поклапање.

[НикПав]

Бугарин и ја смо издвојени у подграну E-BY4573, са TMRCA од 1050 година. Са 62 дељена СНП спадосмо на 45, разумем да су неки од ових претпостављених СНПова нестали, али куд одоше ови потврђени  Није ми баш најјаснија њихова методологија.

[Милош]

Бугарин и ја смо издвојени у подграну E-BY4573, са TMRCA од 1050 година. Са 62 дељена СНП спадосмо на 45, разумем да су неки од ових претпостављених СНПова нестали, али куд одоше ови потврђени  Није ми баш најјаснија њихова методологија.

Осакатили су велики број хаплогрупа и грана. Свуда је TMRCA значајно пао. Три месеца се чекало на ажурурање стабла. Очигледно да се неке ствари не поклапају.

[CosicZ]

Осакатили су велики број хаплогрупа и грана. Свуда је TMRCA значајно пао. Три месеца се чекало на ажурурање стабла. Очигледно да се неке ствари не поклапају.

Требали су да ставе натпис "Радови у току". Још увек је актуелна верзија YTree v8.09.00, а припремају нову. Већ се догађало да када то раде падну вредности TMRCA, па се опет подигну.

[Ojler]

[НикПав]

Изгледа да се YFULL доводи полако у ред. TMRCA за Бугарина и мене је 1200 година, исто као и на FTDNA издвојени смо у подграну E-BY4573, а за 20805 је после урачунавања мог резултата TMRCA скочио на 2800 година. Остаје да се види како ће Дрилонов резултат који је у процедури на YFULL  утицати на 20805, а после и Дедеићев једном кад се докотрља до Хјустона.

[CosicZ]

Још један узорак из Мокрина је доспео и на стабло YFull-а.
https://www.yfull.com/samples-from-paper/436/
https://www.yfull.com/live/tree/I-Y4192/

[CosicZ]

На https://www.yfull.com/mtree/ су додати и хајделбержани, денисовани и неандерталци.
https://www.yfull.com/mtree/HD/
https://www.yfull.com/mtree/DN/
https://www.yfull.com/mtree/NM/
https://www.yfull.com/mtree/ND/

[НикПав]

YFULL је кориговао TMRCA за 20805, вероватно стиже нова верзија стабла.
За 20805 TMRCA је сада 2500 година, за Бугарина и мене 1250 година.
Знам да је тежиште на SNPs и да су поузданији, али не могу да не приметим чудну ствар за Губетинија: има само четири STR поклапања и осим мене никог више из 20805.
Он је урадио аутосомални за њега и оца, са њим имам 8.4cm, његовим оцем 15 (има сегмент више), мало много за неког ко је 2500 удаљен Кад упоредим сегменте преко 3 cm, са сениором имам 88 cm укупно, јуниором 43 cm, све указује да није лажно поклапање.
Дедеић је урадио АС исто, са њим на Гедмечу имам само мали сегмент од 5 cm, на тотално другој позицији.

YFULL нам такође мало мало па смањи или повећа број SNPs.

[Милош]

Да, већ је стабло ажурирано јуче, али им треба 24 до 48 сати да се то и види...

[Драган Обреновић]

Пратим сваки дан на YFULL како напредује обрата резултата од пријатеља који је секвенцирао геном код Dante Labs.

Анализа снипова је рецимо завршена, али STR маркери још увек нису финализирани, прилично велики проценат STR локуса је у статусу "Manual verification in progress..." (видети слику, све оно што је жуто и са знаком питања).

Да ли је овако велики број недовољно поузданих STR вредности, које захтевају ручну проверу уобичајен, каква су искуства других?

[Exiled]

Пратим сваки дан на YFULL како напредује обрата резултата од пријатеља који је секвенцирао геном код Dante Labs.

Анализа снипова је рецимо завршена, али STR маркери још увек нису финализирани, прилично велики проценат STR локуса је у статусу "Manual verification in progress..." (видети слику, све оно што је жуто и са знаком питања).

Да ли је овако велики број недовољно поузданих STR вредности, које захтевају ручну проверу уобичајен, каква су искуства других?

Извини што ти не одговарам на питање,реално мало је и тешко, ја сам само сачеко коначне резултате па сам касније нешто пробо и даље пробавам да тумачим.Оно што ме занима сад је да ли је твом пријатењу одређена која хг и грана јер видим вредности неких маркера идентичним мојима.Наравно ако много питам немој ми ни говорити ништа...

[Драган Обреновић]

Извини што ти не одговарам на питање,реално мало је и тешко, ја сам само сачеко коначне резултате па сам касније нешто пробо и даље пробавам да тумачим.Оно што ме занима сад је да ли је твом пријатењу одређена која хг и грана јер видим вредности неких маркера идентичним мојима.Наравно ако много питам немој ми ни говорити ништа...

За сада је сврстан у I-PH908* док не изађе нова верзија хаплостабла (он је под шифром YF81629).

Иначе има 18 SNP новела, од чега је за 14 означено да су најбољег квалитета, 3 су прихватљивог квалитета а 1 је ниског квалитета. За више детаља, боље да пређемо на приватну преписку, да не затрпавамо остале у општој теми.

[Милош]

Пратим сваки дан на YFULL како напредује обрата резултата од пријатеља који је секвенцирао геном код Dante Labs.

Анализа снипова је рецимо завршена, али STR маркери још увек нису финализирани, прилично велики проценат STR локуса је у статусу "Manual verification in progress..." (видети слику, све оно што је жуто и са знаком питања).

Да ли је овако велики број недовољно поузданих STR вредности, које захтевају ручну проверу уобичајен, каква су искуства других?

Јесу уобичајни. И добро је што ће све те да одраде. Ови "сиви" неће бити обрађени.

[Radul]

Пратим сваки дан на YFULL како напредује обрата резултата од пријатеља који је секвенцирао геном код Dante Labs.

Анализа снипова је рецимо завршена, али STR маркери још увек нису финализирани, прилично велики проценат STR локуса је у статусу "Manual verification in progress..." (видети слику, све оно што је жуто и са знаком питања).

Да ли је овако велики број недовољно поузданих STR вредности, које захтевају ручну проверу уобичајен, каква су искуства других?

SNP урађен за пар дана, а STR чекам већ скоро два мјесеца.

[Филипчић]

И ја сам чекао скоро 2 месеца на ручну проверу. Било је све исто као код Драгановог пријатеља.
Сада опет има неких грешака код њих и то у проценама старости за повећи број снипова а ту спада и мој.

”• About the ages of Hg E and some other subclades •

In the last update of the YTree, an error occurred with calculating the Hg E age. We have removed the age display under Hg E for now. We have also removed the ages for individual branches such as: N-CTS142, R-YP469, O-F940, O-F16340, R-YP6213, O-Y206520, R-YP1210, N-Y23789, O-L682, Q-BZ2727, R-YP4364, N-CTS7324, R-YP1509, R-YP4932, R-YP5636, O-A16615, A-L981, R-YP1086, R-CTS1055, A-L1070, G-GG272, R-YP5512, R-YP1704, A-L1289, D-M64.1, C-M347, G-GG313, G-GG285, G-FGC12126, H-Z5868, H-Z14686, I-L1287, I-Y33719, J-ZS11633, J-Y22038, J-M339, J-Y108475, Q-BZ29, Q-L456, Q-B37, Q-B38, R-YP621, R-FT405055, R-YP5227, R-PF7536, R-S3238, R-S5168, R-YP5700, R-YP5725, R-Z193, R-PF6693, R-S1333, R-ZP21, R-L148, N-Y23747, O-F316. We think and hope that we will be able to completely fix this error and prevent a similar future only by the next update. Thanks for your patience and support.

Best regards, YFull Team”

[Драган Обреновић]

Пре извесног времена, у теми везаној за Dante Labs, била је дискусија о томе да ли вреди доплатити генерисање BAM датотеке са очитавањима поравнатим са новијим реферетним људским геномом GRCh38/hg38.

Наиме, Dante Labs подразумевано даје BAM фајл у старијем GRCh37/hg19 формату, али на захтев (и уз доплату од 29 EUR) може да сирова очитавања генома експортује и у новији GRCh38/hg38 формат који би требало да има мало боље покривање неких тешко читљивих делова Y хромозома (информација добијена од техничке подршке YFULL).

Обзиром да сам за једног пријатеља прво послао на YFULL сирову BAM датотеку у GRCh37/hg19 формату, а онда након што је иста процесирана доплатио "upgrade" и послао и BAM у GRCh38/hg38 формату, ево да укратко резимирам да ли је било разлика у анализи и које су.

Што се тиче статистике коју YFULL даје по извршеној анализи BAM датотеке, ево која је разлика између BAM фајлова у Hg19 и Hg38 формату:


Full statistics (Hg19 BAM)


Full statistics (Hg38 BAM)

Што се тиче броја SNP новела, за очекивати је било да из Hg38 формата евентуално "исплива" и још нека додатна приватна мутација, али испоставило се да је YFULL заправо на крају установио мањи број поуздано очитаних мутација из Hg38 фајла, у односу на првобитну анализу из Hg19 BAM фајла:


Novel SNPs (Hg19 BAM)


Novel SNPs (Hg38 BAM)

Анализа STR маркера из Hg38 BAM фајла још увек није завршена, тако да у овом тренутку не знам да ли ће евентуално ту ситуација бити боља (тј. да ли ће више вредности STR маркера бити очитано, односно мање њих захтевати додатну ручну проверу).

[Romanijski]

Ако је завршена или када буде постави страницу Цомпарисоне.

[Драган Обреновић]

Ако је завршена или када буде постави страницу Цомпарисоне.

Поставићу, али када кликнем на "Comparisons" тренутно приказује поруку "You don't have 2 or more samples of the same person from different laboratories."

Овде нису у питању резултати из две различите лабораторије (нпр. FTDNA и Dante Labs) већ анализа резултата из исте лабораторије, односно BAM фајлова у старијем и новијем формату. Можда ће бити доступна ова опција када се комплетна анализа заврши, са све STR маркерима, видећемо.

[Romanijski]

Поставићу, али када кликнем на "Comparisons" тренутно приказује поруку "You don't have 2 or more samples of the same person from different laboratories."

Овде нису у питању резултати из две различите лабораторије (нпр. FTDNA и Dante Labs) већ анализа резултата из исте лабораторије, односно BAM фајлова у старијем и новијем формату. Можда ће бити доступна ова опција када се комплетна анализа заврши, са све STR маркерима, видећемо.

Ја сам радио BigY500 па надоградња на BigY700 и мени то функционише. Надамсе да ће и код тебе ускоро...

[Драган Обреновић]

Ја сам радио BigY500 па надоградња на BigY700 и мени то функционише. Надамсе да ће и код тебе ускоро...

Питао сам техничку подршку YFULL у вези овога...  Надоградња Big Y-500 на Big Y-700 је заправо поновно, значајно детаљније секвенцирање генома, док је Hg19 BAM -> Hg38 BAM само конверзија истих сирових података из једног у други формат, па није баш за поређење.

Међутим, објаснили су ми да је ипак могуће узвршити поређење резултата анализе Hg19 и Hg38 BAM фајлова, али то се не ради кроз опцију "Comparisons" већ кроз опцију "Upgrades". Иначе, морам да приметим да је техничка подршка YFULL фантастична, до сада сам им писао 3-4 пута и одговарали су типично у рекордно кратком року, некада чак и 20-ак минута након постављеног питања.

Ево снимака екрана где се виде разлике анализе старог и новог BAM фајла:

[Милош]

Закључак о поравњању hg19 на hg38 би био оно што сам и рекао Бојановићу: ништа значајно.

Сасвим друго је BigY500 и BigY700, јер се ради о бољој покривености. И BAM фајл наспрам VCF фајла је донекле бољи. Али ово поравњање очито не мења ништа.

[Драган Обреновић]

YFULL је изгледа незнатно ажурирао стабло. Данас је објављена свечана ”првомајска” верзија, али не примећујем никакве промене у својој грани. Као да су само ажурирали ту и тамо TMRCA процене (?).

[НикПав]

На нивоу 4529 се данас појавио анониман узорак, који је могуће Карелијанац са ФТДНА.
Сада имамо већ троје Скандинаваца, два на нивоу 4529 један на нивоу 20805.
Остало смо ми са Балкана.
YFULL је вратио TMRCA, тренутно је 3100 година за 4529, 2500 за 20805 и 1100 за 4573. Видећемо како ће Дедеићев и овај узорак утицати на процене.

[Ojler]

На нивоу 4529 се данас појавио анониман узорак, који је могуће Карелијанац са ФТДНА.
Сада имамо већ троје Скандинаваца, два на нивоу 4529 један на нивоу 20805.
Остало смо ми са Балкана.
YFULL је вратио TMRCA, тренутно је 3100 година за 4529, 2500 за 20805 и 1100 за 4573. Видећемо како ће Дедеићев и овај узорак утицати на процене.

Шта су ови бројеви? О каквим нивоима је реч?

[Зрно]

Шта су ови бројеви? О каквим нивоима је реч?

НикПав се мало опустио, сматрајући да већ сви знамо да прича о E-V13 и њеним подгранама

[Ojler]

НикПав се мало опустио, сматрајући да већ сви знамо да прича о E-V13 и њеним подгранама

Оно, претпоставио сам да су неки СНП-ови, али не би било лоше да се мало упути читалац
 

[Зрно]

https://www.yfull.com/tree/E-BY4529/

Mislio je na BY4529

[НикПав]

Хвала Зрно, на то сам мислио! Извињавам се на непотпуној поруци.

[CosicZ]

https://www.yfull.com/live/tree/J-ZS4416/ id:YF83252new

https://www.yfull.com/live/tree/I-Y3120*/ id:YF84606SVK [SK-ZI]new

https://www.yfull.com/live/tree/I-Y18331*/ id:YF84044ALBnew
https://anthrogenica.com/showthread.php%3F3821-Albanian-DNA-Project/page188

https://www.yfull.com/live/tree/I-BY193138/
https://www.yfull.com/live/tree/I-Y246976/
https://www.yfull.com/live/tree/I-Y39942/

[Милан Петровић]

Када се очекује поновно ажурирање стабла?

[НикПав]

Када се очекује поновно ажурирање стабла?

За сада нема наговештаја, а увек можете да их питате путем имејла, разговорљиви су.

[CosicZ]

YFull сада има у "инфо"-у за сваку хаплогрупу мапу са бројем тестираних по државама. На пример:
https://www.yfull.com/branch-info/J-Y22059/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/J-L283/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-V13/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-L540/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-Z5017/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-CTS9320/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-Z5018/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y3120/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y18331/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Z17855/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y4460/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-S17250/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y4882/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y5596/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-A815/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-PH908/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y13200/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-V1636/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-PH155/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-V2219/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z2118/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y10789/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y5587/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y14300/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z2103/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-PF7562/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y13946/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Z17954/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-S2078/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-M227/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-P109/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y3560/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y7140/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z93/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-M458/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP1337/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-L1029/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z92/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-CTS1211/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-P278.2/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP371/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP4278/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y2613/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-L1280/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y2902/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/N-Y6503/#t4-tab

[нцп]

YFull сада има у "инфо"-у за сваку хаплогрупу мапу са бројем тестираних по државама. На пример:
https://www.yfull.com/branch-info/J-Y22059/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/J-L283/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-V13/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-L540/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-Z5017/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-CTS9320/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-Z5018/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y3120/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y18331/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Z17855/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y4460/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-S17250/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y4882/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y5596/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-A815/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-PH908/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y13200/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-V1636/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-PH155/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-V2219/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z2118/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y10789/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y5587/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y14300/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z2103/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-PF7562/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y13946/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Z17954/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-S2078/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-M227/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-P109/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y3560/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y7140/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z93/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-M458/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP1337/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-L1029/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z92/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-CTS1211/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-P278.2/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP371/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP4278/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y2613/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-L1280/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y2902/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/N-Y6503/#t4-tab

Хвала.
Сјајно.

[Radul]

У току је подизање освјежене верзије стабла.

[Драган Обреновић]

У току је подизање освјежене верзије стабла.

Освежено! Дочекасмо и тај дан...

[Ojler]

Освежено! Дочекасмо и тај дан...

Хмм... Освежио сам страницу у прегледачу, очистио кеш, али ми се и даље појављује верзија стабла v9.02.00 од 1. маја.

[Драган Обреновић]

Хмм... Освежио сам страницу у прегледачу, очистио кеш, али ми се и даље појављује верзија стабла v9.02.00 од 1. маја.

Код мене се види баш то - верзија 9.02.00 од 1. маја. Подгране су исте као што је до данас било на "live" стаблу, само што се сада виде и TMRCA процене.

[Селаковић]

Код мене се види баш то - верзија 9.02.00 од 1. маја. Подгране су исте као што је до данас било на "live" стаблу, само што се сада виде и TMRCA процене.

Надам се да ажурирање још увек није готово. У супротном, анонимни турски узорак и ја имамо ТМРЦА 1650 г, у грани Y230196 са ТМРЦА 1900 г, а све то у грани Y230195 која је на послетку подграна Z17855 која има ТМРЦА 1700 г. 

[Ojler]

Код мене се види баш то - верзија 9.02.00 од 1. маја. Подгране су исте као што је до данас било на "live" стаблу, само што се сада виде и TMRCA процене.

Није још увек такво стање грана које мене интересују. Очигледно ажурирање још траје. Док не промене број верзије, то је све привремено стање.

[Radul]

Званично прије пар минута подигнута нова 9.03.00 верзија.

[Ojler]

Званично прије пар минута подигнута нова 9.03.00 верзија.

На жалост, резултати који су им пристигли у јуну изгледа нису ушли у ново стабло. Мораће се чекати нова верзија, вероватно тек крајем августа...

[Селаковић]

На жалост, резултати који су им пристигли у јуну изгледа нису ушли у ново стабло. Мораће се чекати нова верзија, вероватно тек крајем августа...

И овако није баш сјајно. Узмимо на пример филогенетски низ Z17855>Y230195>Y230196>FT20796. За сваку од четири гране у овом низу ТМРЦА (просечни) је дат на 1900 година. Али шта је ту је.

[CosicZ]

Yfull сада има "инфо" и на "живом" стаблу. Додат је и нови одељак "Samples" са детаљима о тестиранима.
Пример:
https://www.yfull.com/branch-info/I-FT109194/#t1-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-FT109194/#t2-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-FT109194/#t3-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-FT109194/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-FT109194/#t5-tab

https://www.yfull.com/live/branch-info/I-FT109194/#t2-tab
https://www.yfull.com/live/branch-info/I-FT109194/#t4-tab
https://www.yfull.com/live/branch-info/I-FT109194/#t5-tab

[Милан Петровић]

Шта је овај Lock date на Samples табу?

[Милан Петровић]

Шта значи блиско стр поклапање, 24 разлике од 484, близина 0.05 ?

Видим да је човек друга подграна, ФТ16449.

[Radul]

Подигнута нова верзија стабла YFull YTree v9.05.00

[Platin]

Хм... у мом случају нема промене, иако је на "живој" верзији то назначено пре једно две недеље...
Остао сам са звездицом, сасвим очекивано, али су ме спустили један корак ниже (што је већ одавно на фтдна).

[Драган Обреновић]

Можда је већ неко писао о овоме па ми је промакло, али у сваком случају да поделим овде весто о једној врло важној новини на YFull стаблу.



YFull је до сада игнорисао SNP-ове који су детектовани у хомологним регионима Y хромозома (имају велико поклапање са X хромозомом), такви снипови су оцењивани једном звездицом, нису приказивани на стаблу и нису улазили у калкулације старости.

Новост је да је 10.000 хомологних снипова укључено у YFull стаблo, са ознаком (H). По свему судећи они неће ни у будуће улазити у калкулације старости, али могу довести до прекомпозиције стабла, нарочито ако се покаже да су филогенетски конзистентни, тј. да се појављују код више тестираних, у различитим гранама и сл.

[Ojler]

Јуче је објављено ново издање YFull стабла, верзија 10.00.00.

[Platin]

Јесте... Мене су успели да спусте један корак ниже, али опет држим звездицу

[Драган Обреновић]

Зна ли неко како сада иде плаћање YFull-у? Седиште им је у Москви, а Пејпал је најавио да обуставља плаћања.

Имао сам недавно преписку са корисничким сервисом фирме YFull управо на ову тему.

YFull подржава пуно начина плаћања од којих многи и даље раде, али на жалост VISA и PayPal који су овде најпопуларнији су по свему судећи суспендовани до даљњег.

Како су ми рекли, YFull ради на решавању проблема, вероватно ће пребацити седиште фирме у другу земљу и отворити нови PayPal налог.

[CosicZ]

На YFull-у се појавио тестирани из Јемена који је засад на нивоу DE.
https://www.yfull.com/tree/DE/ id:YF102922 YEM [YE-BA] new

Иначе, на FTDNA постоји ретка и стара подгрупа хаплогрупе D https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/D;name=D-FT75 , углавном присутна на Блиском Истоку. Видети и
https://dna-explained.com/2019/06/21/exciting-new-y-dna-haplogroup-d-discoveries/
https://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_D-CTS3946
https://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_DE
https://isogg.org/tree/

[CosicZ]

YF102922 je D* на https://www.yfull.com/live/tree/D/ , вероватно је реч о D-FT75.

https://phylogeographer.com/samples-from-yemen-saudi-arabia-and-syria-split-d-shortly-after-the-split-from-de/

[НикПав]

YFULL је деду по мајци сврстао у подграну E-Y173089 formed 3200 ybp, TMRCA 950 ybp. Пошто је сам у подграни, а добио је TMRCA, претпостављам да неко није платио а резултати су остали. Врло мало припадника E-BY174450 и низводних подграна и на FTDNA и на YFULL.

[Неродимац]

YFULL је деду по мајци сврстао у подграну E-Y173089 formed 3200 ybp, TMRCA 950 ybp. Пошто је сам у подграни, а добио је TMRCA, претпостављам да неко није платио а резултати су остали. Врло мало припадника E-BY174450 и низводних подграна и на FTDNA и на YFULL.

А одакле је деда и какво је његово даље порекло?

[НикПав]

А одакле је деда и какво је његово даље порекло?

Деда је из села Средњи Бучумет, општина Медвеђа, досељени око 1880. из села Вучи Дел на планини Руј, мало изнад Звоначке Бање, на граници са Бугарском. Он ми је причао да су они ту дошли негде са Скопске Црне Горе под притиском надолазећих Албанаца, негде крајем XVIII почетком XIX века, али за то нисам нашао потврду, ни у литератури ни у аутосомалним поклапањима.
На FTDNA му је BigY поклапање Бугарин из Трјавне, а има их још тројица из села око Трјавне са сличним хаплотипом, али нису радили BigY. У питању је врло специфичан хаплотип, тако да су и они вероватно нека подграна испод E-BY174450.

Иначе, људе из нашег села су звали Шопови, иако деда није имао појма шта им то значи.

[Zor]

YFULL је деду по мајци сврстао у подграну E-Y173089 formed 3200 ybp, TMRCA 950 ybp. Пошто је сам у подграни, а добио је TMRCA, претпостављам да неко није платио а резултати су остали. Врло мало припадника E-BY174450 и низводних подграна и на FTDNA и на YFULL.

 Кластер твоје ујчевине није малобројан. Има прилично разноврсности до раног средњег вијека или позне антике. Овај што је био на YFull-у је или Бугарин Грозев с којим чини грану на FTDNA, или неко трећи, вјероватно Бугарин. Мислим да је била бугарска застава ту. Углавном исте SNP-ове дијеле, TMRCA 950 г, на FTDNA је и Бугарин Чанков са југа Бугарске. Са њим не дијеле 4 SNP-а, дакле он је око раног средњег вијека удаљен.

 По маркерима овој грани сигурно припадају и Бугарин Узунов који је само радио SNP Pack, те Румун Корнеа. Док је са Грозевим само 9/111, са Узуновом и Корнеом је чак 8/37 тако да су они сигурно даљи. Осим њих у анонимним студијама, три Бугарина из Карачанак студије (Пловдив, Разград, Монтана), један Румун из Влашке, затим три Грка из Македоније, Македонац.. Ова грана је очито везана примарно за Бугаре и Влахе/Румуне, вјероватно и ови Грци спадају у тај контекст. Чини се да спада међу најчешће V13 кластере код Бугара.

и какво је његово даље порекло?

 Бугарско (прије) или влашко.

[НикПав]

Кластер твоје ујчевине није малобројан. Има прилично разноврсности до раног средњег вијека или позне антике. Овај што је био на YFull-у је или Бугарин Грозев с којим чини грану на YFull-у, или неко трећи, вјероватно Бугарин. Мислим да је била бугарска застава ту. Углавном исте SNP-ове дијеле, TMRCA 950 г, на FTDNA је и Бугарин Чанков са југа Бугарске. Са њим не дијеле 4 SNP-а, дакле он је око раног средњег вијека удаљен.

 По маркерима овој грани сигурно припадају и Бугарин Узунов који је само радио SNP Pack, те Румун Корнеа. Док је са Грозевим само 9/111, са Узуновом и Корнеом је чак 8/37 тако да су они сигурно даљи. Осим њих у анонимним студијама, три Бугарина из Карачанак студије (Пловдив, Разград, Монтана), један Румун из Влашке, затим три Грка из Македоније, Македонац.. Ова грана је очито везана примарно за Бугаре и Влахе/Румуне, вјероватно и ови Грци спадају у тај контекст. Чини се да спада међу најчешће V13 кластере код Бугара.

 Бугарско или влашко.

И ја мислим да је то био Грозев на YFULL. Деда и има нека аутосомална поклапања око Трјавне и Централног Балкана. Остаје питање одкуде су дошли и куд су пошли. Оно што ми је занимљиво је потпуно одсуство осећаја о ичему бугарском код деде, за разлику од бабе.

[Zor]

И ја мислим да је то био Грозев на YFULL. Деда и има нека аутосомална поклапања око Трјавне и Централног Балкана. Остаје питање одкуде су дошли и куд су пошли. Оно што ми је занимљиво је потпуно одсуство осећаја о ичему бугарском код деде, за разлику од бабе.

 И ова веза са Грозевим није тако блиска, средњи вијек. Занимљива је ова грана. Чини се да су дефинитивно по маркерима најудаљенији (немају двије мутације које остали имају) припадници ове гране анонимни Румун RO93 из Каларашија и анонимни Грк из Македоније. Код Бугара се јавља свуда посебно у централно-јужном дијелу. Могуће и да није ова грана нешто везана за Влахе/Румуне (јер сам мислио да је прешла са Власима Дунав као многе), Бугари су држали дуго и већи дио Румуније, посебно Влашку. Можда је ова грана асимилована рано од Бугара ту мало сјеверно од Дунава одакле је овај Румун.

 Осим ако Румун и Грк не формирају неку грану, па би Румун био онда јужнијег поријекла. Могуће да су ови око 1400-1500 г. Чанков је око 1300, и он је нешто дивергентан по маркерима.

[НикПав]

И ова веза са Грозевим није тако блиска, средњи вијек. Занимљива је ова грана. Чини се да су дефинитивно по маркерима најудаљенији (немају двије мутације које остали имају) припадници ове гране анонимни Румун RO93 из Каларашија и анонимни Грк из Македоније. Код Бугара се јавља свуда посебно у централно-јужном дијелу. Могуће и да није ова грана нешто везана за Влахе/Румуне (јер сам мислио да је прешла са Власима Дунав као многе), Бугари су држали дуго и већи дио Румуније, посебно Влашку. Можда је ова грана асимилована рано од Бугара ту мало сјеверно од Дунава одакле је овај Румун.

 Осим ако Румун и Грк не формирају неку грану, па би Румун био онда јужнијег поријекла. Могуће да су ови око 1400-1500 г. Чанков је око 1300, и он је нешто дивергентан по маркерима.

Јасно је да везе нису скорашње, али мајчина страна ми отвара много питања, гледајући дедину подграну, али и аутосомална поклапања.

[Zor]

Јасно је да везе нису скорашње, али мајчина страна ми отвара много питања, гледајући дедину подграну, али и аутосомална поклапања.

 Изгледа да би могла бити тачна ова прича о Скопској Црној Гори.

 Македонац је такођер близу.

13   23   14   10   17-18   13   14   11   30   16   14   21   11   15   10   23

 Ово је анонимно истраживање Македоније на 17 маркера. Jakovski Z., Nikolova K., Jankova-Ajanovska R., Marjanovic D., Pojskic N. and Janeska B. (2011), 'Genetic data for 17 Y-chromosomal STR loci in Macedonians in the Republic of Macedonia.', Forensic Sci Int Genet 5(4):e108-11   

 Нису доступни хаплотипови мислим, али сам вадио неке преко YHRD јер и ја имам ту рођака из средњег вијека.

 Твој деда на ових 17 маркера има 3 разлике са Грозевим, исто 3 са овим Македонцем. Али обзиром да једино ово троје од свих припадника ове гране има повишен 458=16 то је добра индикација да овај Македонац спада у E-FT61303 а и врло могуће да је ближи од Грозева.                                                                                                                         

[НикПав]

Изгледа да би могла бити тачна ова прича о Скопској Црној Гори.

 Македонац је такођер близу.

13   23   14   10   17-18   13   14   11   30   16   14   21   11   15   10   23

 Ово је анонимно истраживање Македоније на 17 маркера. Jakovski Z., Nikolova K., Jankova-Ajanovska R., Marjanovic D., Pojskic N. and Janeska B. (2011), 'Genetic data for 17 Y-chromosomal STR loci in Macedonians in the Republic of Macedonia.', Forensic Sci Int Genet 5(4):e108-11   

 Нису доступни хаплотипови мислим, али сам вадио неке преко YHRD јер и ја имам ту рођака из средњег вијека.

 Твој деда на ових 17 маркера има 3 разлике са Грозевим, исто 3 са овим Македонцем. Али обзиром да једино ово троје од свих припадника ове гране има повишен 458=16 то је добра индикација да овај Македонац спада у E-FT61303 а и врло могуће да је ближи од Грозева.

Проблем са тим делом је порекло дедине мајке око Гњилана или Каменице, он добија разноразне (Србе, Албанце) за аутосомална поклапања из те зоне. Зато не могу да разлучим, има ли та прича о Скопској ЦГ упориште, мада ови људи делују блискије, до 50cm.

[нцп]

Проблем са тим делом је порекло дедине мајке око Гњилана или Каменице, он добија разноразне (Србе, Албанце) за аутосомална поклапања из те зоне. Зато не могу да разлучим, има ли та прича о Скопској ЦГ упориште, мада ови људи делују блискије, до 50cm.

Предухитрио си ме - и дао одговор на питање одакле је дедина мајка. Можда је њен утицај  или утицај њене фамилије на његов национални осећај био пресудан.

А што се тиче Шоплука - многи су се осећали Србима. Мислим на оне који су били ближи српском окружењу.

[НикПав]

Предухитрио си ме - и дао одговор на питање одакле је дедина мајка. Можда је њен утицај  или утицај њене фамилије на његов национални осећај био пресудан.

А што се тиче Шоплука - многи су се осећали Србима. Мислим на оне који су били ближи српском окружењу.

По анкети коју сам својевремено урадио међу Цветковићима, најчешћи одговор је био можда смо Срби, можда Бугари, а можда и Шиптари. Цела фамилија је у великом збуну  Породично не признајемо Македонце као засебан ентитет. Фамилија мајчине бабе је још чуднија по том питању, њен национални осећај не иде даље од Мелну, она је Мелничанка. Већ постоје неки источни R1b-BY611 из Бублицу, пореклом из Мелну, не бих био изненађен да и њена страна испадне нека лева хаплогрупа.

[ak]

Pozdrav svima,

Ne znam da li je pravo mjesto, ali haj negdje da napisem (takodjer izvinjavam se ako je tema duplikat)... idemo.

Par crtica, pa ako imate neke info, misljenje itd, bujrum

Dakle, ova "situacija" u UA/RU, da li ima nekih posljedica po stvar koja se nas (raju koja se amaterski ili profesionalno bavi DNK analizama i sl.) tice, a to je maltene sto je "ruski gas" yfull je u principu ruski yfull...

Da li ima neki source code ili slicno, da se ovi svi podaci daju na opstu dobrobit

Koliko utice trenutno na stanje kod slanja podataka itd, de li se ista osjetili ili ide kako je islo i do sada


U svakom slucaju, i bez ove "situacije" nije dobro biti pod svojevrsnim monopolom (osim ako si ti taj monopolista )

LP

[CosicZ]

YFull тестиране са Крима објављује са украјинском заставом, поштује и Резолуцију 1244.

Нова верзија стабла YTree v10.03.00.

Нових 57 археогенетских узорака на https://www.yfull.com/ancient/ означених са ERS9945...
C 2, E 11 ( E-V13 9), G 5, I1 7 ( I1-A11380 1), I2 2 ( I2-Y3120 1), J2 4 ( J2-M102 3), Q 4, R1a 14, R1b-P312 2, R1b-U106 1, N 4.

[НикПав]

Коначно ће доћи до цепања E-BY4573 на YFULL, што се давно десило на ФТДНА, са појавом Грка са Пелопонеза. Са овим узорком Авара из VIII века, јасно је да је TMRCA од 1100 година неодржив, видећемо колико ће бити са следећим освежавањем стабла. Нажалост, особа која је са Бугарином у групи и даље изиграва будалу и неће да каже одакле је, шаље спамове као одговор, очигледно му се не свиђа друштво. Знамо шта није, наш, Албанац и Бугарин.



 

[vasil]

Коначно ће доћи до цепања E-BY4573 на YFULL, што се давно десило на ФТДНА, са појавом Грка са Пелопонеза. Са овим узорком Авара из VIII века, јасно је да је TMRCA од 1100 година неодржив, видећемо колико ће бити са следећим освежавањем стабла. Нажалост, особа која је са Бугарином у групи и даље изиграва будалу и неће да каже одакле је, шаље спамове као одговор, очигледно му се не свиђа друштво. Знамо шта није, наш, Албанац и Бугарин.

YF05703 е кит 364883, това е майчиния род на Чавдар Дилов от село Сталийска махала, община Лом като в Ломско е имало голямо заселване на Торлаци което на въпросния не му харесва. Не ти препоръчвам да му пишеш ние с него се изпокарахме даже някои може да са забелязали че Българския форум го няма като според Дилов бил изтрит заради моите "Сърбомански дрисни", аз вече не съм и член на групата във ФТДНА понеже има един Явор Ангелов който само ми прави забележки и ми трие постовете изобщо там от цялата група само Мира не е ненормална така че ако някой има питания по-добре се обръщайте към нея.

[НикПав]

YF05703 е кит 364883, това е майчиния род на Чавдар Дилов от село Сталийска махала, община Лом като в Ломско е имало голямо заселване на Торлаци което на въпросния не му харесва. Не ти препоръчвам да му пишеш ние с него се изпокарахме даже някои може да са забелязали че Българския форум го няма като според Дилов бил изтрит заради моите "Сърбомански дрисни", аз вече не съм и член на групата във ФТДНА понеже има един Явор Ангелов който само ми прави забележки и ми трие постовете изобщо там от цялата група само Мира не е ненормална така че ако някой има питания по-добре се обръщайте към нея.

Знам Васил, већ смо му писали, пре скоро две године, рекли су да смо за њих избеглице из Скандинавије 

[НикПав]

Нажалост, особа која је са Бугарином у групи и даље изиграва будалу и неће да каже одакле је, шаље спамове као одговор, очигледно му се не свиђа друштво. Знамо шта није, наш, Албанац и Бугарин.

Открили смо ко је нови тестирани, Румун са презименом Прибак (Pribac).

[vasil]

Знам Васил, већ смо му писали, пре скоро две године, рекли су да смо за њих избеглице из Скандинавије 

Проблема е че той е от полските села а там Торлак означава Скот/Получовек и за него е неприемливо да има каквото и да било общо с тях а в Ломско е имало огромно заселване на Торлаци и говора е бил някакъв креол между Торлашкия и стария говор който е продължил да се говори малко на изток към Белослатинско, тези неща се знаят просто на него не му харесват.

[CosicZ]

Не знам да ли је већ помињано на форуму, али ја сам управо сазнао за ову страницу на YFull, где су побројани сви аргеогенетски узорци на стаблу:

https://www.yfull.com/ancient/

Такође, ово је врло корисна и информативна мапа:

https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#11/44.6835/22.0537

Постоји и списак научних радова и база података коришћених у прављењу стабала YFull-а https://www.yfull.com/paper/list/ .
На пример :
https://www.yfull.com/samples-from-paper/1/
https://www.yfull.com/samples-from-paper/20/
https://www.yfull.com/samples-from-paper/570/

Помоћу https://www.yfull.com/paper/search/ може се пронаћи из ког рада потиче појединачни узорак.

[НикПав]

Са новим освежавањем стабла, процена за E-BY4573 је отишла још дубље у прошлост:



Нажалост, YFULL није успео да издвоји Савића и мене у још нижу подграну.

[НикПав]

Анонимни узорак којег нисам успео да умилосрдим да проговори је довео до тога да је деда по мајци сада сврстан у нову подграну E-FT61303, исто као и на ФТДНА.

[Милан Петровић]

Да ли знате нешто о новом узорку из Београда који је остао на пх908 нивоу?

[Romanijski]

Ажуриран YFull верзија 10.05

[НикПав]

Линија мајчиног оца након освежавања.
Врло скромно и без могућности за неки закључак (на FTDNA су Ирац и Немац, а двојица Бугара су најближи).

[Милан Петровић]

Шта мислите о новом узорку YF109001 испод I-S17250.?

[CosicZ]

Нова верзија стабла YTree v10.06.00.

https://www.yfull.com/samples-from-paper/631/
Узорци са "The genetic history of the Southern Arc: A bridge between West Asia and Europe" https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm4247 .

[НиколаВук]

Нова верзија стабла YTree v10.06.00.

https://www.yfull.com/samples-from-paper/631/
Узорци са "The genetic history of the Southern Arc: A bridge between West Asia and Europe" https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm4247 .

Тренутно се овде налази прилично мало узорака. Вероватно ће постепено допуњавати листу.

[НикПав]

Новости у грани E-4526, резултат из Републике Српске (није ставио језик па не знам шта је тачно), разврстан у E-BY4553*, у подгранама испод E-BY4553 Украјинац из области Житомир и  Пољаци Лашчински.

[Ивица Јовановић]

Мој узорак је обрађен јако брзо. Мање од једног дана. Захвалио би се свима а посебно Драгану на помоћи. Ставили су ме у J-Z40772* заједно са Талијаном из Фиренце.

[НиколаВук]

Мој узорак је обрађен јако брзо. Мање од једног дана. Захвалио би се свима а посебно Драгану на помоћи. Ставили су ме у J-Z40772* заједно са Талијаном из Фиренце.

Не заборави да се учланиш у Yfull групу Српског ДНК пројекта када ти буду дали пун приступ налогу. 

[Ивица Јовановић]

Наравно, не бих то пропустио. И теби хвала, ти си исто пуно помогао.

[Ивица Јовановић]

Jedno pitanje, možda se neko susretao sa time. U mojoj grani na Yfull, bukvalno na mome mestu je dugo bio uzorak bez zastavice. Sećam ga se dobro jer je još uvek bio tu kada sam ja započinjao panel. I jednog momenta je skinut, pre dva, možda tri meseca. Pretpostavljam da čovek jednostavno nije platio. Da li postoji mogućnost da neko drugi (ja) plati kako bi se taj uzorak vratio na to mesto. Ja bih drage volje to platio jer sam zainteresovan upravo zvog toga što je bio tačno na mome mestu na grani. Ima li Yfull uopste neki korisnicki servis?

[CosicZ]

Jedno pitanje, možda se neko susretao sa time. U mojoj grani na Yfull, bukvalno na mome mestu je dugo bio uzorak bez zastavice. Sećam ga se dobro jer je još uvek bio tu kada sam ja započinjao panel. I jednog momenta je skinut, pre dva, možda tri meseca. Pretpostavljam da čovek jednostavno nije platio. Da li postoji mogućnost da neko drugi (ja) plati kako bi se taj uzorak vratio na to mesto. Ja bih drage volje to platio jer sam zainteresovan upravo zvog toga što je bio tačno na mome mestu na grani. Ima li Yfull uopste neki korisnicki servis?

YF105466?

Изгледа да су узорци YF105466 и YF103720 такође Шкоти. Ако томе додамо Италијана из Фиренце, као и оног Шкота што са Албанцем чини посебну грану, али и TMRCA, ово више подсећа на Келте. Треба видети како се ту уклапају Грк и Јермен.

https://www.yfull.com/tree/J-Z40772/

Још увек је на митохондријском стаблу https://www.yfull.com/mtree/H40/ . Можда је платио само за анализу мтДНК, не жели да буде присутан на Y стаблу или су заборавили да га скину.

Постоји могућност да се плати, али је потребна његова сагласност ( https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=23.msg166169#msg166169 ). Ако је још увек YFull члан могуће је послати му приватну поруку.
https://www.yfull.com/faq/

Q: How may I send a message to another YFull member?

A: YFull has a PM (personal message) system for communications between its customers who have YFxxxxx IDs.

The PM system is available from the SNP matches and STR matches tabs in the main menu on the left side of your account home page, and also by using the envelope icon on the home page. It may be easier to send an initial message from the SNP matches or STR matches tabs.

In the PM Compose Message window, the Recipient is identified by the five numbers of the person's ID. For persons with IDs under 10000, the Recipient is 0xxxx.

In order to check for the receipt of a PM message from a person you have contacted, use the envelope icon on the home page. Selecting the icon will open a PM window which shows an Inbox, Trash and Trash, and a New Message tab.

Пре посезања за новчаником узмите у обзир да је ваш заједнички предак живео вероватно пре око 2700 година ( ако вам је ближи од тога, YFull ће вас пребацити у нову подгрупу у којој он бити "невидљиви" припадник). Мислим да би било значајније сазнати одакле је пореклом, што би било од значаја за одређивање порекла целе J-Z40772.

[Ивица Јовановић]

Hvala na velikoj pomoci. Ako gledamo mtDNA apsolutno nikakav konkretan zakljucak covek ne moze da donese gde gravitira, za razliku od mene na primer gde je jasno kao dan da sam balkanac. Videcemo, nije iskljuceno da nije zeleo da bude na yfull jer mu se nije svideo rezultat. Vrlo cesto u fb grupi J2 imamo Belgijance, Francuze i Skote koji ne mogu sebi da oproste sto patrilinearno nisu vikinzi 

[CosicZ]

https://www.yfull.com/live/tree/R-Y13891/
И овде се нађе рођак из Шлезије.

[drajver]

https://www.yfull.com/live/tree/R-Y13891/
И овде се нађе рођак из Шлезије.

Мислим да се не може рећи да је "рођак" ако је старост везе 2800 година.

[CosicZ]

Мислим да се не може рећи да је "рођак" ако је старост везе 2800 година.

Шта!!( би Дарвин рекао)?


Уствари 2800 година је старост везе YF019032 и пољско-литванске-белоруске-итд подгрупе R1a-YP1405 https://www.yfull.com/branch-info/R-Y13891/#t1-tab .
Сардињанин му је ближи за један SNP, а Шлежанин за још три, па ће вероватно и њихова старост везе бити мања. Он има ближих рођака овде https://discover.familytreedna.com/y-dna/R-BY56864/tree , али већ дуже време се није појављивао неко ближи северно од Карпата https://www.yfull.com/arch-7.02/tree/R-Y13891/ . Генерално, везе балканских R1a-Z92 и њихових северних рођака су старије од оних у другим хаплогрупама карактеристичним за Словене.

О могућем пореклу YF019032:
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=31.msg113058#msg113058
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=1193.msg139867#msg139867
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=1783.msg139888#msg139888

Издвојена је подгрупа https://www.yfull.com/live/tree/J-Y143912/ са археогенетским налазом ERS1186317.
https://www.yfull.com/tree/J-M102/
https://discover.familytreedna.com/y-dna/J-Y143912/tree
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ERS1186317

[НикПав]

Нови анонимни узорак и нова подграна испод E-BY4566.  Уколико добије TMRCA, након следећег освежавања стабла, значи да је у истој подграни са Румуном из Тргу Муреша, који такође није платио па је избрисан.
Сваки покушај контакта је за сада безуспешан.

[CosicZ]

На https://www.yfull.com/tree/J-FGC53803/ се појавио неко пореклом из Војводине с очеве стране и можда шкотског или скандинавског порекла с мајчине стране https://www.yfull.com/mtree/I1a1d/ .

[НикПав]

Уколико добије TMRCA, након следећег освежавања стабла, значи да је у истој подграни са Румуном из Тргу Муреша.

У питању је још један Румун, из Трансилваније.

[НикПав]

Случај решен, ово ће бити млада грана, пошто је чине отац и син Pribac(Прибак).
Њихово презиме је такође занимљиво, ми имамо Прибаковиће, а и име Прибац се помиње кроз историју.
Интересантно је да презиме постоји у Истри, међу Италијанима из Буја и у Словенији.

[Priba 75]

Случај решен, ово ће бити млада грана, пошто је чине отац и син Pribac(Прибак).
Њихово презиме је такође занимљиво, ми имамо Прибаковиће, а и име Прибац се помиње кроз историју.
Интересантно је да презиме постоји у Истри, међу Италијанима из Буја и у Словенији.

Ja sam jedan od Pribakovica i bas bi voleo malo vise da saznam. Inace ja sam I2a

[НикПав]

Ja sam jedan od Pribakovica i bas bi voleo malo vise da saznam. Inace ja sam I2a

Ови Румуни Прибак су из Тргу Муреша, а тамо су досељени из града Кареј (Carei), у округу Сату Маре, крајњи СЗ Румуније. У том граду је 1910. било само 216 Румуна и 15772 Мађара.

[Laszczynski]

Новости у грани E-4526, резултат из Републике Српске (није ставио језик па не знам шта је тачно), разврстан у E-BY4553*, у подгранама испод E-BY4553 Украјинац из области Житомир и  Пољаци Лашчински.

На FTDNA у нашој потклади налази се и Грк (B560364 Anastasios Argyropoulos b. circa 1840) и Немац

[НикПав]

На FTDNA у нашој потклади налази се и Грк (B560364 Anastasios Argyropoulos b. circa 1840) и Немац

Да. Они су скорији резултати. Имамо и Шкота са 34 приватне варијанте.

Новости на YFULL испод E-BY174450. Мађар са североистока (Боршод-Абауј-Земплен округ) у групи са Химарцима, али формираће нову подграну.

[НикПав]

Нови налаз из Напуља нова подграна испод E-BY174450. Све се лепо слаже са аутосомалном дистрибуцијом моје тетке по мајци, али остаје питање ко су заправо били ови људи. И заиста се отвара питање докле у прошлост иду аутосомални тестови, много више од 500 година, чини ми се.

[CosicZ]

How to use the YFull Platform – A Tutorial for Beginners
https://nebula.org/blog/yfull-tutorial/

YFull Cost Benefit Analysis
https://phylogeographer.com/yfull-cost-benefit-analysis/

Problematic haplogroup assignments in YFull's MTree
http://www.khazaria.com/genetics/genbank-questions.html

Dr. Ian Logan, an mtDNA expert whose website is IanLogan.co.uk and maintains a magnificent "GENBANK SEQUENCES BY HAPLOGROUP" database, informed me that YFull's MTree, which is a comprehensive and often-reliable resource, contains some erroneous haplogroup assignments for particular samples that they downloaded from the National Center for Biotechnology Information's public GenBank database. Sometimes they correct their mistakes and other times they do not. Some of YFull's mistakes in haplogroup assignments did not originate with them because certain mtDNA sequences in GenBank have poor quality with questionable mutations or missing expected mutations, including some of the data set of Marina Silva's September 2021 study in people from Spain.

1. Ian Logan found a problem with YFull MTree's listing of Serbian samples at https://www.yfull.com/mtree/H1as2/ under subclade H1as2a including with sample number MK134305 that came from the data set for the September 2020 study "Complete mitogenome data for the Serbian population: the contribution to high-quality forensic databases" by Slobodan Davidovic's team in International Journal of Legal Medicine. YFull lists the following samples from Serbia there as H1as2a:
GenBank sample MK617219 from Serbia
GenBank sample MK617244 from Serbia
GenBank sample MK134305 from Serbia
YFull customer YF80654 from an ethnic Serbian from Serbia
YFull customer YF07829 from Serbia
Some or all of them don't carry the mutation T4688C that defined membership in H1as. That is why some of them (including also MK617219 and MK617244) were instead called haplogroup H1cm1 or just H1 inside GenBank. At least MK134305 is definitely not a branch of H1as even though some of its other mutations are shared with H1as2. It does not have T4688C. Logan lists its mutations as: A263G A750G T980C A1438G G3010A A4769G A8860G A15326G T16209C T16519C.

I don't know what the YFull customers YF80654 's and YF07829 's lists of mutations are but I doubt they have T4688C either. Please check that too. The mutations T980C and T16209C would not be enough for membership in H1as2a if they are missing T4688C.

CURRENT STATUS: I informed YFull's team about the above problems on September 16, 2021. They are still listed with the wrong haplogroup assignment in YFull as of November 18, 2021.

YFull told me: "Ian Logan has at least one sample MN540564, which also has SNP T4688C negative, but it is located under H1as2. We believe that in this case, a back mutation may have occurred since the remaining signs indicate a high probability of finding these samples under the H1as2a subclade."

Ian Logan in response told me: "I do not like the idea of a 'back mutation'. So much more likely a new subgroup."

https://www.yfull.com/mtree/H1as2/
https://www.yfull.com/mtree/H1cm/
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/h1as_genbank_sequences.htm H1as2 T980C
http://www.ianlogan.co.uk/lists/malyarchuk-2019-2.htm
MK134305(Serbia) Malyarchuk Haplogroup H1 18-DEC-2019
http://www.ianlogan.co.uk/lists/davidovic-serbia.htm
MK617219(Serbia) Davidovic Haplogroup H1cm1 16-JUN-2020
MK617244(Serbia) Davidovic Haplogroup H1cm1 16-JUN-2020

[Драган Обреновић]

Није баш тачно да FTDNA стабло не укључује древне ДНК узорке, али остатак "Cost-Benefit" анализе је ОК.

[Драган Обреновић]

Хмм, Никола Вукосављевић ми је скренуо пажњу да је тај митохондријални кит YF80654 кога помиње др Јан Логан, заправо мој резултат. И јесте - сад сам проверио број свог кита у административном панелу нa YFull:



Ступићу у контакт с њим, интересантно је то што тврди да је YFull погрешно формирао подграну.

[CosicZ]

Није баш тачно да FTDNA стабло не укључује древне ДНК узорке, али остатак "Cost-Benefit" анализе је ОК.

Поменута анализа је из 2019. У међувремену FTDNA се потрудила да оно што се може видети на њеним стаблима буде слично оном што се може видети на YFull-овим. Још један доказ да је конкуренција добра, а монопол лош.

Хмм, Никола Вукосављевић ми је скренуо пажњу да је тај митохондријални кит YF80654 кога помиње др Јан Логан, заправо мој резултат. И јесте - сад сам проверио број свог кита у административном панелу нa YFull:



Ступићу у контакт с њим, интересантно је то што тврди да је YFull погрешно формирао подграну.

Било би добро да сви које је YFull сврстао у H1as2a провере да ли имају мутације T980C ( хаплогрупа H1as2, претежно јеврејска) и T4688C ( H1as).

[Драган Обреновић]

Било би добро да сви које је YFull сврстао у H1as2a провере да ли имају мутације T980C ( хаплогрупа H1as2, претежно јеврејска) и T4688C ( H1as).

Управо гледам, испадох позитиван на обе мутације:

[Драган Обреновић]

Одговорио ми је др Јан Логан. По свему судећи мој резултат није погрешно сврстан, али и даље има пет резултата који тамо не би требало да стоје.

Нити сам упознат са женским хаплогрупама, нити сам претерано залазио на мтДНК стабло, али заиста TMRCA од 200 година за за онолики број људи, при чему је у питању мешавина резултата из Србије и Финске, врло јасно указује да нешто није у реду са стаблом.

--------------

Hello Dragan,

Thank you for your interesting email.

It is unfortunate that YFULL continues to have errors - even though they appear to update their tree on almost an hourly basis.
And, the trouble with H1as is by no means an isolated problem !

I have had a fresh look at H1as, and have revised my page at: http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/h1as_genbank_sequences.htm to include the later subgroups H1a22a & H1as2b.

But  ... on YFULL the present part for H1as2a is still erroneous:
...........
H1as2a T16209C formed 2000 ybp, TMRCA 200 ybp
id:YF110632
id:YF090122
id:YF080654SRB [RS-17]srp
id:MK617219.1SRB
id:MK617244.1SRB
id:MK134305.1SRB
id:MN540564.1FIN [FI-ES]age
id:JQ705052.1
id:YF007829SRB [RS-07]

----------

as the sequences:

id:MK617219.1SRB
id:MK617244.1SRB
id:MK134305.1SRB
id:MN540564.1FIN [FI-ES]age
id:JQ705052.1
do not belong here, as they do not have T4688C.

I only have access to GenBank FASTA files, so I cannot check the YF sequences for the T4688C mutation
but clearly your sequence has this mutation - which does make you H1as2a.

As for your sequence, have you thought of submitting it to GenBank ?   (A simple Do-It-Yourself program is on my website).

I will be very happy to discuss this further - so I shall be pleased to hear from you again.

Best wishes
Ian

[CosicZ]

МтДНК стабла су више лабиринт од жбуња, где је тешко утврдити где се налазите. Слично као код кратких STR хаплотипа, иста комбинација се може појавити у више хаплогрупа, а реверзне мутације се често јављају. Процене TMRCA варирају у широким границама. Има случајева где су археоузорци и десет пута старији од процењене TMRCA. Нису много од користи у прављењу родослова, једино ако треба установити да ли имате с неким заједничку прабабу или чукунбабу. Имају предност у односу на хаплогрупе Y хромозома у истраживању праисторије, јер је преживело много више мтДНК хаплогрупа.

Објављена нова верзија Y стабла YTree v11.02.00 .

[Драган Обреновић]

Послао сам Јану свој FASTA фајл, па је заправо открио да ни мене нису добро позиционирали (моја позиција на FTDNA стаблу рецимо одговара ономе где ме он смешта - само H1). Нисам сигуран шта се на YFull стаблу дешава, и шта они сматрају да је статус моје мутације обележене као C4688T!  - моја претпоставка је да сматрају да је у питању повратна (реверзна на старо стање) мутација, па су ме сместили у подграну са људима који су заиста позитивни на њу.

Ово је Јанов одговор:

------------------------------------------------

Dragan

Now I am confused.  This sequence is not H1as2a - there is no 4688 mutation. So you are just an H1.

You need to send the submission file to the GenBank office. I cannot do this for you, as it has to be done by you. So go ahead ...

I now see your YFULL diagram has C4688T!   - which is a confusing way of describing things, to say the least.

USING CRS: you do not have T4688C.

Your results from the FASTA file and the .sqn file are: A263G 315.1C A750G T980C A1438G G3010A A4769G A8860G A15326G T16209C T16519C ....

I do wish everyone just used the CRS system !!!

This makes your motif 'H1-T980C-T16209C'   - and it appears that YFULL has yet to give this node a label (but they cannot just put it on H1as, which is just wrong).

Ian

[Драган Обреновић]

Добио сам одговор од Јулије са YFulla, у вези чудне позиције на MTree стаблу. Што би се рекло "људски су признали грешку" и раде на темељној корекцији стабла:

----------------------

Hello, Dragan Obrenovic

Thank you for letting us know of this error.

The H1as2a branch was created quite a long time ago and by mistake. Due to its presence, the samples could not move to the correct place on the Mtree.

Yes, we really update the Mtree hourly and are gradually working to bring our tree to the best option. The H1as2a subclades were deleted, as indeed there were samples with the missing mutation 4688 in it (Now, almost all samples were moved under H1ed).

https://www.yfull.com/mtree/H1ed/

Best regards, Julia
YFull Team

[Милан Петровић]

 YFull sada ima upgrade na T2T.
Traže da se dostavi bam fajl i da se plati 25 dolara.

Pitanje: Da li Dante čuva moj bam fajl i da li mogu da dođem do njega? (nemam više bam fajl zbog kvara na disku)
Ili moram ponovo da uradim test?

[Ojler]

YFull sada ima upgrade na T2T.
Traže da se dostavi bam fajl i da se plati 25 dolara.

Pitanje: Da li Dante čuva moj bam fajl i da li mogu da dođem do njega? (nemam više bam fajl zbog kvara na disku)
Ili moram ponovo da uradim test?

Sumnjam da oni to čuvaju.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

[Неродимац]

Sumnjam da oni to čuvaju.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

Чувају али се плаћа 25 еура и опет је доступан око месец дана. А шта се добија ако се ради upgrade на T2T?

[НиколаВук]

YFull sada ima upgrade na T2T.
Traže da se dostavi bam fajl i da se plati 25 dolara.

Pitanje: Da li Dante čuva moj bam fajl i da li mogu da dođem do njega? (nemam više bam fajl zbog kvara na disku)
Ili moram ponovo da uradim test?

Контактирај их, требало би да га чувају на засебном хард диску, али се та "услуга" повлачења BAM фајла са тог диска плаћа (мислим да је у питању 20 евра).

[Милан Петровић]

Контактирај их, требало би да га чувају на засебном хард диску, али се та "услуга" повлачења BAM фајла са тог диска плаћа (мислим да је у питању 20 евра).

Odlično, ako je tako, rado ću im platiti. Samo da ne moram opet da radim test.

[Ojler]

Чувају али се плаћа 25 еура и опет је доступан око месец дана. А шта се добија ако се ради upgrade на T2T?

Trebalo bi da se pojave SNP noveli u regionu hromozoma koji do sada nije bio mapiran. Za sada to nece znaciti puno ali u budocnosti ce to omoguciti definisanje novih grana kada veci broj rezultata bude mapiran na T2T referentni hromozom.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

[Милан Петровић]

Trebalo bi da se pojave SNP noveli u regionu hromozoma koji do sada nije bio mapiran. Za sada to nece znaciti puno ali u budocnosti ce to omoguciti definisanje novih grana kada veci broj rezultata bude mapiran na T2T referentni hromozom.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

Ispod moje FT277965 je nova FTT64. Uradice i Skenderis upgrade pa ćemo videti. Trebalo bi da bude novosti.

[Црна Гуја]

YFull sada ima upgrade na T2T.
Traže da se dostavi bam fajl i da se plati 25 dolara.

Pitanje: Da li Dante čuva moj bam fajl i da li mogu da dođem do njega? (nemam više bam fajl zbog kvara na disku)
Ili moram ponovo da uradim test?

Не морате поново радити тест, али BAM фајл се не може пребацивати из једног референтног генома у други. Оно што вам је потребно са вашег налога су сирови непосложени подаци, тј. FASTQ фајлови (2 комада), који се затим требају поравнати у односу на нову Т2Т референтну секвенцу и тако ћете добити Т2Т BAM. Нисам сигуран да ли Dante тренутно има ту услугу у понуди, ако нема мораћете скинути та два гигантска фајла и проследити их на Т2Т поравнавање некој трећој страни која нуди ту услугу, па тек онда на YFull анализу.

[Ojler]

Не морате поново радити тест, али BAM фајл се не може пребацивати из једног референтног генома у други. Оно што вам је потребно са вашег налога су сирови непосложени подаци, тј. FASTQ фајлови (2 комада), који се затим требају поравнати у односу на нову Т2Т референтну секвенцу и тако ћете добити Т2Т BAM. Нисам сигуран да ли Dante тренутно има ту услугу у понуди, ако нема мораћете скинути та два гигантска фајла и проследити их на Т2Т поравнавање некој трећој страни која нуди ту услугу, па тек онда на YFull анализу.

Некако ипак може. Мени је YSEQ конвертовао hg19 у HG38, а да им нисам слао FASTQ датотеке. Само је питање да ли се у том случају извуку све информације као када се користи FASTQ.

[Милан Петровић]

Evo jedan uzorak pod PH908 je vec u tom formatu:

YF122428 new   Serbia (Beograd)   I-A16863*   ——   T2T   .BAM   Nebula Genomics   13X, 45.0 Mbp, 150 bp

[Милан Петровић]

Poslao sam zahtev za upgrade na T2T. Uskoro ce i Skenderis. Trebalo bi da bude gotovo za nedelju dana.

[Драган Обреновић]

Poslao sam zahtev za upgrade na T2T. Uskoro ce i Skenderis. Trebalo bi da bude gotovo za nedelju dana.

Свака част, одлично! Било би добро када би макар по један тестирани из сваке од директних подграна испод I-PH908 урадио надградњу WGS резултата на T2T, верујем да би то прилично рашчистило ситуацију на стаблу, и да би се профилисале неке обједињујуће подгране између PH908 и тренутних чак 18 ( ! ) директних подграна.

Како сте поравнали сирова очитавања са T2T референтним геномом пре слања, користили сте комерцијалну услугу коју нуди Dante Labs?

https://us.dantelabs.com/products/alignment-to-t2t

За све који могу ово да приуште након тестирања, поравнање са T2T референтним геномом пре слања на YFull би било јако добро за убудуће.

[Драган Обреновић]

Управо сам решио да доплатим поравнање на T2T код Dantea и надградњу на T2T код Yfull за тројицу I-PH908 тестираних чије резултате администрирам:

• Димитријевић - Грковић (тренутно је I2a-PH908*)
• Лазовић (I2a-PH908 > I-FT16449 > I-Y151633 > I-BY169079 > I-FT407280 > I-MF4021)
• Јовашевић (I2a-PH908 > I-FT14506 > I-Y330253 > I-Y331025)

[Небо_Сав]

Управо сам решио да доплатим поравнање на T2T код Dantea и надградњу на T2T код Yfull за тројицу I-PH908 тестираних чије резултате администрирам:

• Димитријевић - Грковић (тренутно је I2a-PH908*)
• Лазовић (I2a-PH908 > I-FT16449 > I-Y151633 > I-BY169079 > I-FT407280 > I-MF4021)
• Јовашевић (I2a-PH908 > I-FT14506 > I-Y330253 > I-Y331025)

И ја сам заинтересован да обновим Т2Т резултате на YFULL-u, али имам дилему око процедуре:

наиме, не видим на сајту да ли Данте прихвата да ради поравнање на Т2Т само својим изворним клијентима или могу и ја са ФТДНА да то урадим  са својим фајловима (било BAM било FASTQ) код њих?  Ако сам добро разумео,  ФТДНА  од прошле године примењује Т2Т резултате у оквиру свог стабла, па се питам да ли би проста обнова FTDNA BAM фајла на YFULL-u, уз доплату за надградњу  на Т2Т била довољна, или треба урадити претходно поравнање на Т2Т код треће стране ( тј. да ли ДАНТЕ то "услужно"  ради), па тек онда обновити фајл на  YFULL-u?

И да честитам унапређење у   Gruppenführer Project Administrator FTDNA 

[Драган Обреновић]

И ја сам заинтересован да обновим Т2Т резултате на YFULL-u, али имам дилему око процедуре:

наиме, не видим на сајту да ли Данте прихвата да ради поравнање на Т2Т само својим изворним клијентима или могу и ја са ФТДНА да то урадим  са својим фајловима (било BAM било FASTQ) код њих?  Ако сам добро разумео,  ФТДНА  од прошле године примењује Т2Т резултате у оквиру свог стабла, па се питам да ли би проста обнова FTDNA BAM фајла на YFULL-u, уз доплату за надградњу  на Т2Т била довољна, или треба урадити претходно поравнање на Т2Т код треће стране ( тј. да ли ДАНТЕ то "услужно"  ради), па тек онда обновити фајл на  YFULL-u?

И да честитам унапређење у   Gruppenführer Project Administrator FTDNA 

Не знам да ли Dante Labs ради услужно поравнање за резултате других компанија. YSEQ је имао ту врсту услуге за било чије FASTQ фајлове, али нешто не могу да нађем сада ту услугу на њиховом сајту (могуће да су привремено склонили, јер је јако захтевна по питању рачунарских ресурса - вероватно су претрпани захтевима, T2T је сада "hype" што би рекли Енглези).

Међутим, у твом случају, мишљења сам да поравнање на T2T нема смисла радити. Као што и Big Y-700 whitepaper наводи, ово није WGS већ NGS тест, који у старту не циља цео Y хромозом, већ се пре самог секвенцирања "аплификују" циљани делови Y хромозома, релевантни за генеалогију:



Другим речима, мислим да је практично немогуће да поравнање Big Y-700 резултата на T2T извуче неки SNP који Big Y-700 већ није ухватио.

Чак и код људи који су урадили WGS тест, T2T поравнање неће суштински променити слику стабла гранања људских лоза у односу на ово садашње стабло конструисано на основу Big Y-500, Big Y-700 или WGS тестова (нико неће испасти другачија хаплогрупа него што је сада). Заправо, мислим да је све што се може десити:

1) Да се појаве неки нови обједињујући снипови, који ће здружити одређене подгране на до сада невидљивом међу-нивоу (јер је обједињујући SNP немапиран у GRCh37/GRCh38 референтним геномима)
2) Може испливати још покоја приватну варијанта (новел)

Другим речима, T2T има потенцијал да покаже "раскошније" стабло, са више детаља. Показаће се гранања мушких лоза, у "већој резолуцији", односно видеће се више међу-нивоа између хаплогрупа, што је рецимо насушно потребно код I2-PH908, где има 18 подграна директно испод I-PH908.

Углавном, да се вратимо на FTDNA... По мом мишљењу то је убедљиво, без икаквог премца, најозбиљнија и најпрофесионалнија фирма у домену патрилинеалне генеалогије и сигурно су свесни да су неконкурентни и ценом и технолошки у поређењу са комбинацијом WGS + YFull.

Имам осећај да ће ускоро понудити WGS тест са T2T поравнањем (Big Y-1000?), обзиром да већ експериментишу са T2T тестовима на свом стаблу. Надам се само да ће сви који имају сачуван узорак код њих моћи уз неку разумну накнаду да га надограде на WGS T2T тест.

[Exiled]

Не знам да ли Dante Labs ради услужно поравнање за резултате других компанија. YSEQ је имао ту врсту услуге за било чије FASTQ фајлове, али нешто не могу да нађем сада ту услугу на њиховом сајту (могуће да су привремено склонили, јер је јако захтевна по питању рачунарских ресурса - вероватно су претрпани захтевима, T2T је сада "hype" што би рекли Енглези).

Међутим, у твом случају, мишљења сам да поравнање на T2T нема смисла радити. Као што и Big Y-700 whitepaper наводи, ово није WGS већ NGS тест, који у старту не циља цео Y хромозом, већ се пре самог секвенцирања "аплификују" циљани делови Y хромозома, релевантни за генеалогију:



Другим речима, мислим да је практично немогуће да поравнање Big Y-700 резултата на T2T извуче неки SNP који Big Y-700 већ није ухватио.

Чак и код људи који су урадили WGS тест, T2T поравнање неће суштински променити слику стабла гранања људских лоза у односу на ово садашње стабло конструисано на основу Big Y-500, Big Y-700 или WGS тестова (нико неће испасти другачија хаплогрупа него што је сада). Заправо, мислим да је све што се може десити:

1) Да се појаве неки нови обједињујући снипови, који ће здружити одређене подгране на до сада невидљивом међу-нивоу (јер је обједињујући SNP немапиран у GRCh37/GRCh38 референтним геномима)
2) Може испливати још покоја приватну варијанта (новел)

Другим речима, T2T има потенцијал да покаже "раскошније" стабло, са више детаља. Показаће се гранања мушких лоза, у "већој резолуцији", односно видеће се више међу-нивоа између хаплогрупа, што је рецимо насушно потребно код I2-PH908, где има 18 подграна директно испод I-PH908.

Углавном, да се вратимо на FTDNA... По мом мишљењу то је убедљиво, без икаквог премца, најозбиљнија и најпрофесионалнија фирма у домену патрилинеалне генеалогије и сигурно су свесни да су неконкурентни и ценом и технолошки у поређењу са комбинацијом WGS + YFull.

Имам осећај да ће ускоро понудити WGS тест са T2T поравнањем (Big Y-1000?), обзиром да већ експериментишу са T2T тестовима на свом стаблу. Надам се само да ће сви који имају сачуван узорак код њих моћи уз неку разумну накнаду да га надограде на WGS T2T тест.

Половично тачно, нашли су ми један снип одличног квалитета на нивоу FT25902 и један приватни одличног квалитета на нивоу ФТ176119, ја и Видовић, тако да ако Видовић буде негативан онда ће процена старости порасти. А мислим да су Војнићу нашли и више него мени тако да ће до промена сигурно доћи.

[Драган Обреновић]

Половично тачно, нашли су ми један снип одличног квалитета на нивоу FT25902 и један приватни одличног квалитета на нивоу ФТ176119, ја и Видовић, тако да ако Видовић буде негативан онда ће процена старости порасти. А мислим да су Војнићу нашли и више него мени тако да ће до промена сигурно доћи.

Из Big Y-700 резултата нађени толики нови снипови?! Хмм, морам признати да сам врло изненађен. Како сте иначе поравнали своје Big Y-700 BAM фајлове са T2T референтним геномом?

[Exiled]

Из Big Y-700 резултата нађени толики нови снипови?! Хмм, морам признати да сам врло изненађен. Како сте иначе поравнали своје Big Y-700 BAM фајлове са T2T референтним геномом?

Поравно их је Yfull само сам проследио линк и платио услугу. Можете да видите на грани да је извучен са Т2Т.https://www.yfull.com/live/tree/I-A20333/

[Драган Обреновић]

Поравно их је Yfull само сам проследио линк и платио услугу. Можете да видите на грани да је извучен са Т2Т.https://www.yfull.com/live/tree/I-A20333/

Да, да, гледам управо... Хвала на корисним информацијама, из личног искуства!

Очигледно су BAM фајлови ипак садржавали и солидан број GRCh38 немапираних сирових очитавања која су уваћена чак и из неамплификованог дела Y хромозома. По "растурању" BAM фајла од стране YFull па поновног мапирања по T2T овог пута су "легли на своје место" и могли да буду идентификовани.

Врло интересантно, углавном читам другачија искуства на нету (ни један новооткривени SNP) чак и из WGS резултата.

Не знам шта бих рекао, заиста 20-ак EUR није тако страшна доплата на YFull за T2T поравнање чак и за Big Y тест, ако постоји шанса да и ту исплива неки нови SNP.

[Exiled]

Да, да, гледам управо... Хвала на корисним информацијама, из личног искуства!

Очигледно су BAM фајлови ипак садржавали и солидан број GRCh38 немапираних сирових очитавања која су уваћена чак и из неамплификованог дела Y хромозома. По "растурању" BAM фајла од стране YFull па поновног мапирања по T2T овог пута су "легли на своје место" и могли да буду идентификовани.

Врло интересантно, углавном читам другачија искуства на нету (ни један новооткривени SNP) чак и из WGS резултата.

Не знам шта бих рекао, заиста 20-ак EUR није тако страшна доплата на YFull за T2T поравнање чак и за Big Y тест, ако постоји шанса да и ту исплива неки нови SNP.

Нема на чему, сад ме само мучи питање да ли ово спада у коначне анализе или ће бити још овога, ипак су ово комерцијалне компаније. И да, цена заиста није висока за ваљану информацију.

[Небо_Сав]

Управо сам приступио налозима на YFULLu, заиста нуде обнову са Hg38 -> T2T. Ајд' да платим, па шта бидне..

[CosicZ]

YF123751 на https://www.yfull.com/live/tree/F/
YF123728 и YF123720 на https://www.yfull.com/live/tree/IJK/
YF123732 на https://www.yfull.com/live/tree/K2b/
Анализа још траје, па вероватно неће остати на тим позицијама.

Да поменем и YF123208 на https://www.yfull.com/live/tree/J-S8230*/ .

[Ивица Јовановић]

Oвај последњи је један са нашег форума. И што рече један паметан човек из J-Y230579, ово битно компликује ствари  ,јер није ни у групи са Пјешивцима и Цуцама нити са оним старим узорком из Трогира (фтДНА) већ је потпуно нова грана.

[Милан Петровић]

Y514805 level I-PH908 <-> I-S17250 new

Изволите браћо, од мене нови снп 

4 звездице!

Готов ми је т2т апгрејд.

[Ивица Јовановић]

Колико си чекао на апгрејд

[Милан Петровић]

Две недеље. Плаћа се на крају 25 евра.

Tomas Kopsa са YFull групе на фејсбуку ми је урадио конверзију бам фајла. Њега сам частио 20 евра за труд. Препоручујем вам да ступите у контакт са њим ако планирате овај апгрејд, јер је човек стручан и радо ће помоћи.

[Exiled]

Y514805 level I-PH908 <-> I-S17250 new

Изволите браћо, од мене нови снп 

4 звездице!

Готов ми је т2т апгрејд.

Онда је овај снип испод нивоа PH908 јер га нису мени очитали.

[Милан Петровић]

Онда је овај снип испод нивоа PH908 јер га нису мени очитали.

Пише да је нов и да је између I-PH908 и I-S17250, и има 4 звездице

[Милан Петровић]

Sample:   YF085361 (I-Y95760)T2T
ChrY position (T2T CP086569.2):   42888405 (+strand) ◄

Reads:   17
Position data:   17C
Weight for C:   1.0
Probability of error:   0.0 (0<->1)
Sample allele:   C
Reference allele (T2T CP086569.2):   T
Reference sequence (100bp):
ACGTTGTATGTAAAATACCTATATTCAATATATATTATATGACTATGTTA
 T
TAATTACATGTCACATGTGTTATATATTGTATATTTTACATAGAATATAC
(42888354-42888455)

[drajver]

Биће доста таквих SNP-ова који неће бити очитани другима који су такође радили T2T upgrade. Колико сам видио тај SNP није очитан још некима који су радили T2T што ће доста усложнити његово тачно позиционирање на стаблу.

Иначе, овај T2T upgrade ће највећу употребну вриједност имати код оних нивоа који су одређени само једним SNP-ом, а на том нивоу постоји доста оних који су звјездица. Класичан примјер је ситуација са I2-PH908.

У осталим ситуацијама, неће пуно ствари промијенити, било да ће додати још SNP-ова на постојеће нивое који већ имају велик број SNP-ова или код новела, само ће још додати већи број новела.

[Exiled]

Биће доста таквих SNP-ова који неће бити очитани другима који су такође радили T2T upgrade. Колико сам видио тај SNP није очитан још некима који су радили T2T што ће доста усложнити његово тачно позиционирање на стаблу.

Иначе, овај T2T upgrade ће највећу употребну вриједност имати код оних нивоа који су одређени само једним SNP-ом, а на том нивоу постоји доста оних који су звјездица. Класичан примјер је ситуација са I2-PH908.

У осталим ситуацијама, неће пуно ствари промијенити, било да ће додати још SNP-ова на постојеће нивое који већ имају велик број SNP-ова или код новела, само ће још додати већи број новела.

Видим и ја да је конфузна ситуација. Т2Т можда може направити цепање код млађих грана.

[drajver]

Провјеравао сам сад неке од T2T SNP-ова код неколицине наших PH908 са српске YFull групе. Некако ми се чини да ни сам YFull није све те нове SNP-ове филогенетички посложио. Рецимо, нови SNP Y501559 који је откривен кориштењем нове T2T референце, присутан је у позитивном читању и код Лазовића који је FT16449 и код Жупана који је FT14506, међутим Yfull га је код Лазовића ставио на ниво I-MF4021, а код Жупана на ниво I-A13912. Што наравно не може да буде.  Код Петровића који припада грани I-Y93865 овај SNP није излистан у Upgrade, али Петровић има једно негативно читање на овом SNP-у. Уколико бисмо Петровића сматрали негативним на Y501559, то би значило да би Y501559 био нови SNP који обједињује FT16449 и FT14506, и могуће још неке гране.

Али YFull би требао то да провјери, сравни и прекомпонује стабла, јер једино они имају пуну информацију.

[drajver]

Провјеравао сам сад неке од T2T SNP-ова код неколицине наших PH908 са српске YFull групе. Некако ми се чини да ни сам YFull није све те нове SNP-ове филогенетички посложио. Рецимо, нови SNP Y501559 који је откривен кориштењем нове T2T референце, присутан је у позитивном читању и код Лазовића који је FT16449 и код Жупана који је FT14506, међутим Yfull га је код Лазовића ставио на ниво I-MF4021, а код Жупана на ниво I-A13912. Што наравно не може да буде.  Код Петровића који припада грани I-Y93865 овај SNP није излистан у Upgrade, али Петровић има једно негативно читање на овом SNP-у. Уколико бисмо Петровића сматрали негативним на Y501559, то би значило да би Y501559 био нови SNP који обједињује FT16449 и FT14506, и могуће још неке гране.

Али YFull би требао то да провјери, сравни и прекомпонује стабла, јер једино они имају пуну информацију.

И Exiled је позитиван на Y501559. Дакле Y501559 је изнад и FT16449 и FT14506 и Y32084. Могуће да је код Петровића само лажно негативно читање (с обзиром да је само једно).

[Милан Петровић]

Многи испод ПХ908 нису позитивни на Y514805, погледајте сами.

[drajver]

Многи испод ПХ908 нису позитивни на Y514805, погледајте сами.

Погледао сам ове којима ја имам увид, и ниједном од њих није очитана позиција Y514805. То не значи да су негативни.

[Милан Петровић]

Погледао сам ове којима ја имам увид, и ниједном од њих није очитана позиција Y514805. То не значи да су негативни.

Ovi moji ispod FT277965 imaju taj snp pod Assumed shared, a imaju ga i drugi pod drugim granama PH908, ali ne svi.

[drajver]

Ovi moji ispod FT277965 imaju taj snp pod Assumed shared, a imaju ga i drugi pod drugim granama PH908, ali ne svi.

Тачан статус на тај SNP могу знати само они који су урадили T2T поравнање, попут тебе, а таквих је још увијек сразмјерно мало. Међутим чак и код таквих постоји могућност да та позиција није очитана, што зависи од покривености њиховог генома. Већ написах да таква ситуација постоји код неколицине PH908 који су већ урадили T2T поравнање. Имајући то у виду, мислим да ће се за конкретно тај SNP тешко сазнати филогенетичка позиција.

[Драган Обреновић]

Тачан статус на тај SNP могу знати само они који су урадили T2T поравнање, попут тебе, а таквих је још увијек сразмјерно мало. Међутим чак и код таквих постоји могућност да та позиција није очитана, што зависи од покривености њиховог генома. Већ написах да таква ситуација постоји код неколицине PH908 који су већ урадили T2T поравнање. Имајући то у виду, мислим да ће се за конкретно тај SNP тешко сазнати филогенетичка позиција.

Штета што код Петровића није боље покривена та позиција. Било би сјајно да си открио Y501559 као први обједињујући SNP за део подграна које иду из I-PH908. Велика је вероватноћа да је тај Y501559 ипак само новооктривени SNP на нивоу I-PH908 или негде још узводније.

Међутим, чак и да је код Петровића добро покривена (а негативно очитана) позиција, мислим да YFull неће журити да прекомпонује стабло, барем док у свакој од постојећих директних подграна испод I-PH908 не буде барем по један-два Т2Т резултата, а тренутно смо ипак још далеко од такве ситуације.

Иначе, гледајући колико је "no call" снипова потврђено надградњом на T2T из Big Y-700 резултата, морам признати да сам пријатно изненађен. Нисам очекивао овај број "разјашњених" и новоткривених снипова из FTDNA NGS теста. Препорука је дефинитивно свима који су радили Big Y-700 да издвоје још 20-ак евра и поруче надградњу на T2T.

Пошто за себе имам и Big Y-700 и Dante Labs WGS резултат на YFull стаблу (китови YF086094 и YF080654, у грани https://www.yfull.com/tree/R-FTA27217) поручио сам за оба надградњу, баш да упоредим колико ће WGS бити супериоран у погледу "резолуције" у односу на Big Y-700.

[Exiled]

Иначе су спори а сад су и пребукирани тако да нам једино стрпљење и преостаје. Но не бих ни искључио за неких годину двије неки нови начин читања тј. уновчења нових сазнања. А овај спорадично очитани снип доброг квалитета је разлог зашто тако размишљам.

[Željko]

И ја сам данас одкључао Hg38 > T2T на Yfull. Шака више новела и SNP-ова, у току је такође YTree ревизија за тај кит... ваљда ће све бити исто док се не појаве други Т2Т резултати?

[Ивица Јовановић]

Izgleda da je trenutno haos kod njih, ušao sam u treću nedelju nakon što sam im dostavio T2T Bam.

[Драган Обреновић]

Завршена је коначно анализа T2T поравнатог резултата за Димитријевића (старо презиме Грковић), са славом Ђурђевдан, из Лопаша, код Пожеге/Ариља. Димитријевићев WGS резултат (Hg38) je тренутно на стаблу на нивоу I-PH908* односно не припада ни једној до сада откривеној директној подграни.

Из T2T резултата је откривено чак 414 (!) нових снипова у односу на Hg38 поравнати BAM, а позитиван је и на Y501559, који је по свему судећи ипак на нивоу PH908, ако не и узводније.

[Željko]

Треба обратити пажњу и на ово...

Converting position from Hg38 to T2T using official chains does not give the correct result for some SNPs.
Not always, but we can fix it in most cases by manually searching for the correct position.
We have corrected this situation for FGC22046 and Y3662.
We will look at the situation with BY29654 a little later.

(Јавља YFull тим.)

[Драган Обреновић]

Треба обратити пажњу и на ово...(Јавља YFull тим.)

Писао сам им са молбом да појасне неконзистентно позиционирање истог SNP-а, код различитих људи. Ево одговора:

Hello Dragan,

This page displays the SNP location current at the time of analysis. For this reason, it is better to look at the location of the SNP in the tree using the "search" button.
As more samples are updated in T2T, the location of the SNP changes, becoming more accurate.
In this case, SNP Y501559 is located in subclade I-M423.

Best regards, Tatiana
YFull Team

Под "this page" Татјана мисли на упоредни преглед снипова који се добија избором опције "Comparisons", где се виде упоредо резултати Hg19/Hg38 и T2T анализе. Дакле, приказ позиције снипа у том прегледу није релевантан. Уместо тога, треба користити ово претраживање да би се видело где је снип тренутно позициониран на стаблу:

[Željko]

Писао сам им са молбом да појасне неконзистентно позиционирање истог SNP-а, код различитих људи. Ево одговора

Драгане, хвала ти што постављаш одговор овдје. Сигурно ће бити још "зашто ово и зашто оно"/питања од мене за Yfull али да видим прво како све изгледа кад буде готов Т2Т за Ђурђића (на истој грани као ја), и кад буду апдејтовали онај "Age estimation" и "YTree revision" (што тренутно није доступно).

[Ивица Јовановић]

Завршили си и мени.  Откривено је 111 нових снипова. Остао сам на истом нивоу, до даљњег.

[RajkoK]

Bonjour , combien de temps ca met pour les resultats de la nouvelle mise a jour svp . Merci

[Ивица Јовановић]

Bonjour , combien de temps ca met pour les resultats de la nouvelle mise a jour svp . Merci

trois semaines

[Željko]

Bonjour , combien de temps ca met pour les resultats de la nouvelle mise a jour svp . Merci

Мени је трајало 14 дана, а Ђурђићу 12 дана, управо је и он одкључао Т2T.

[Drvoseča]

Да ли је неко радио надоградњу на Т2Т код Дантеа? Ја сам наручио пре две недеље, стигла ми је потврда на мејл...и апсолутно ништа после тога, никаква инструкција, информација, ништа. Писао сам им два пута, без одговора. Претпостављам да је везано све за њихово свеопште закрчење, али, рекох, да проверим да ли неко овде можда зна више.

[Драган Обреновић]

Да ли је неко радио надоградњу на Т2Т код Дантеа? Ја сам наручио пре две недеље, стигла ми је потврда на мејл...и апсолутно ништа после тога, никаква инструкција, информација, ништа. Писао сам им два пута, без одговора. Претпостављам да је везано све за њихово свеопште закрчење, али, рекох, да проверим да ли неко овде можда зна више.

Јесам ја, три пута. Први пут су ми послали пар дана по поруџбини мејл и питали за који кит сам поручио T2T поравнање (пошто под истим налогом имам 5-6 китова)?

Код друге и треће поруџбине пут сам ја превентивно одговорио на онај мејл са потврдом куповине и дао им податке да се поруџбина број <тај и тај> односи на кит <тај-и-тај>. Иначе, прво поравнање су завршили за неких 7 дана, друго је трајало добрих 15 дана, а треће сам јуче тек поручио па ћемо видети за колико ће да заврше.

Иначе, како можете проверити да ли су започели процес поравнања - FASTQ фајлови које није било могуће преузети ако сте се давно тестирали (јер су премештени у "хладно складиште" на Амазону), после 2-3 дана од потврде поруџбине постану поново доступни за download. То значи да им је Амазон "одмрзнуо" FASTQ фајлове, који су им потребни за T2T поравнање.

[Драган Обреновић]

Иначе, немају обичај ни да јаве да је поравнање завршено (тј. први пут су јавили 7 дана након што сам ја већ видео да је завршено). А да је завршено, видите тако што се појави гомила фајлова са ознаком T2T у називу:

[Drvoseča]

Јесам ја, три пута. Први пут су ми послали пар дана по поруџбини мејл и питали за који кит сам поручио T2T поравнање (пошто под истим налогом имам 5-6 китова)?

Код друге и треће поруџбине пут сам ја превентивно одговорио на онај мејл са потврдом куповине и дао им податке да се поруџбина број <тај и тај> односи на кит <тај-и-тај>. Иначе, прво поравнање су завршили за неких 7 дана, друго је трајало добрих 15 дана, а треће сам јуче тек поручио па ћемо видети за колико ће да заврше.

Иначе, како можете проверити да ли су започели процес поравнања - FASTQ фајлови које није било могуће преузети ако сте се давно тестирали (јер су премештени у "хладно складиште" на Амазону), после 2-3 дана од потврде поруџбине постану поново доступни за download. То значи да им је Амазон "одмрзнуо" FASTQ фајлове, који су им потребни за T2T поравнање.

Ја сам резултате добио  прошле године, сви фајлови су ми и даље ту. Сачекаћу још, само сам хтео да проверим овде друга искуства,  јер никакав одговор не добијам од њих. Написао сам за који је кит прошле недеље, можда само не одговарају због гужве

[Драган Обреновић]

Ја сам резултате добио  прошле године, сви фајлови су ми и даље ту. Сачекаћу још, само сам хтео да проверим овде друга искуства,  јер никакав одговор не добијам од њих. Написао сам за који је кит прошле недеље, можда само не одговарају због гужве

Па фајлови јесу и даље ту, али након неколико месеци више нису доступни за преузимање (они баш велики фајлови - BAM и FASTQ). Ако се кликне на дугме "Download" обично искочи оваква порука о грешци:



Ако вама и даље ради преузимање BAM/FASTQ фајлова, годину дана од окончања секвенцирања, то је врло редак случај.

[Drvoseča]

Па фајлови јесу и даље ту, али након неколико месеци више нису доступни за преузимање (они баш велики фајлови - BAM и FASTQ). Ако се кликне на дугме "Download" обично искочи оваква порука о грешци:



Ако вама и даље ради преузимање BAM/FASTQ фајлова, годину дана од окончања секвенцирања, то је врло редак случај.

Да, само сам видео линк, нисам испробавао, сада видим да искаче грешка. Ја и Данте у вечитом неразумевању међусобном. Хвала на помоћи и корекцијама, Драгане

[Grbić]

Иначе, немају обичај ни да јаве да је поравнање завршено (тј. први пут су јавили 7 дана након што сам ја већ видео да је завршено). А да је завршено, видите тако што се појави гомила фајлова са ознаком T2T у назив

Hvala Dragane na informaciji.
Sad pogledah i meni stiglo,ko zna dok kad bi čekao
Slična stvar i sa WGS rezultatima kod Dantea,piše da je sekvenciranje još u toku a fajlovi stigli.

[Drvoseča]

Само да јавим да су ми стигли Т2Т фајлови код Дантеа. Тачно две недеље од уплате, само нису хтели да се баве одговарањем на моје поруке, очигледно.

[Drvoseča]

Мени је Yfull за један дан завршио поравнање. Девет свежих новела, од тога за четири стоји да су приватне (ако добро читам ову табелу).

[Драган Обреновић]

YFull стабло није ажурирано још од 21. јула 2023. године, у смислу додавања нових подграна које се виде на "live" стаблу. Разлог је вероватно преоптерећеност њихових сервера услед великог броја поручених надградњи на T2T, које још увек обрађују. Међутим, ових дана су урадили опсежне исправке старости грана на овом тренутном стаблу из јула ове године.

Обзиром да сам буквално све резултате које администрирам надоградио на T2T (сем једног, који је секвенциран код YSEQ-a који не чува фајлове након што их преузмете) упоредио сам нове процене старости са стањем стабла пре корекција. Као што се види, промене старости након T2T надградње су по правилу биле са веће на мању вредност, осим за кровну хаплогрупу R-FTA27217 где је старост гране сасвим незнатно повећана.

[Exiled]

Делимичним поравнањима по најмлађој грани нигде нећемо стићи ако најближи из гране,назовимо га парњак, не поравна своје резултате на Т2Т. Тако да естимација опет неће бити исправна. Временом ће се то испеглати али у овом моменту није озбиљна уколико ваш парњак није учинио исто. Пластично, ја сам поравно на Т2Т али Видовић није,естимација је отишла са 425 на 500, питање је шта би било да је и он поравно.

[Драган Обреновић]

Делимичним поравнањима по најмлађој грани нигде нећемо стићи ако најближи из гране,назовимо га парњак, не поравна своје резултате на Т2Т. Тако да естимација опет неће бити исправна. Временом ће се то испеглати али у овом моменту није озбиљна уколико ваш парњак није учинио исто. Пластично, ја сам поравно на Т2Т али Видовић није,естимација је отишла са 425 на 500, питање је шта би било да је и он поравно.

Па добро, тако је то, неко мора први да "повуче"

Поравнањем на T2T референтни геном типично исплива гомила нових SNP-ова. Лавовски део су заправо само нови дефинишући снипови за већ постојеће гране, али постоји потенцијал и да се открију нови обједињујући снипови за две или више постојећих грана, или да се открије приватна мутација (новел). Ово последње је, чини ми се, најмање вероватно.

Свакако T2T има потенцијал да побољша "резолуцију" стабла и да омогући веродостојније процене старости, само треба бити стрпљив да довољан број људи надогради своје резулате.

[Exiled]

Па добро, тако је то, неко мора први да "повуче"

Поравнањем на T2T референтни геном типично исплива гомила нових SNP-ова. Лавовски део су заправо само нови дефинишући снипови за већ постојеће гране, али постоји потенцијал и да се открију нови обједињујући снипови за две или више постојећих грана, или да се открије приватна мутација (новел). Ово последње је, чини ми се, најмање вероватно.

Свакако T2T има потенцијал да побољша "резолуцију" стабла и да омогући веродостојније процене старости, само треба бити стрпљив да довољан број људи надогради своје резулате.

Стрпљен спашен😊

[Милан Петровић]

Promena i kod nas, sada smo PH908-Y515812-FT277965...

Ovo je ocigledno FTT63.

[Милош]

Да ли може неко да објасни цео процес око T2t поравњања, али у детаље, од наручивања до пребацивања на Yfull. И ко све може да то уради. Нпр. да ли ми који имамо BigY500 можемо да радимо и сл.

Може и као посебна тема.

[Драган Обреновић]

Свима који су тестирани преко FTDNA, поравнање на T2T ради директно YFull, па ево прво упутство за FTDNA:

Први корак је да припремите линк до свог BAM фајла са FTDNA, jер приликом поручивања надоградње на T2T на YFull сајту, неопходно је поново "пејстовати" линк до BAM фајла (претпоставка је да сте претходно доплатили за могућност да преузмете свој BAM фајл, односно доплатили 100$).

Ево како да то урадите:

• Уђете на свој налог на FTDNA
• Results & Tools > Big Y > Results
• У горњем десном углу има дугме "Download files". Кликнете на њега и из менија изаберете опцију "Download BAM"
• Кликнете на зелено дугме "Share BAM"
• Појавиће се линк до BAM фајла. Кликните на дугме "Copy" да ископирате линк у clipboard

Сада идите на YFull, и у прегледу "My orders" кликните поред свог имена на наранџасто дугме "Hg19 > T2T" ili "Hg38 > T2T".



Пејстујте линк до BAM фајла, штиклирајте опцију "I agree on the processing and storage of my raw data..." и коначно на дугме "Order Now!".



YFull ће вам послати мејл када је надградња на T2T завршена и том приликом се врши и плаћање услуге (дакле на самом крају).

[Драган Обреновић]

Упутство за YFull надградњу на T2T zа онe који су се тестирали преко фирме Dante Labs.

Идите на следећи линк и поручите надградњу на T2T:

https://us.dantelabs.com/products/alignment-to-t2t

Одмах по куповини, стићи ће вам аутоматски мејл са потврдом куповине од корисничке подршке фирме Dante Labs. Како бисте скратили процедуру, одмах одговорите на мејл и реците за који серијски број кита треба урадити надградњу на T2T (у супротном, чекаћете неколико дана да вас они то питају).

После 2-3 недеље, надградња ће бити завршена и у одељеку Reports > Raw Data Library на сајту https://genome.dantelabs.com, појавиће се група датотека које у имену имају T2T.

За слање на YFull је потребан само BAM фајл:



Dante Labs нема могућност да направи јавни линк до T2T BAM фајла који можете пејстовати на YFull, тако да се "достава" на YFull може урадити на неки од следећа два начина:

1) Пошаљете мејл на [email protected], обавезно са адресе који сте користили за регистрацију налога на YFull, доставите им своје корисничко име и лозинку за https://genome.dantelabs.com и замолите их да сами преузму T2T BAM фајл (обавезно нагласите и за који YFull кит, да би се избегли неспоразуми).

2) Други начин је да ви преузмете T2T BAM фајл (величине је око ~50GB, па преузимање уме да потраје неколико сати), ставите га на свој Google Drive, OneDrive или Dropbox и генериште јавни линк за дељење фајла. Онда приликом поручивања на YFull (видети претходну поруку на форуму) пејстујете линк до T2T BAM фајла који је сада на вашем личном диску "у облаку".

Када надградња на T2T буде завршена, добићете мејл од YFull и онда можете платити услугу, чиме ће цела процедура бити завршена и ваш T2T поравнати резултат ће се појавити на стаблу.

[Драган Обреновић]

Што се тиче надградње за кориснике који су се тестирали преко фирме Nebula Genomics, немам личних искустава са њима, па ако је неко надограђивао свој Nebula WGS резултат на T2T, позивам га да напише овде како је то урадио.

Оно што сам негде прочитао на интернету јесте да су већ неко време сви нови резултати WGS тестова код Nebule "фабрички" већ поравнати са T2T референтним геномом, тако да се ово питање заправо односи само на старије тестове.

Нова верзија програма WGS Extract која ускоро треба да буде објављена, требало би да има подршку и за обраду T2T BAM фајлова.

[Grbić]

Што се тиче надградње за кориснике који су се тестирали преко фирме Nebula Genomics, немам личних искустава са њима, па ако је неко надограђивао свој Nebula WGS резултат на T2T, позивам га да напише овде како је то урадио.

Оно што сам негде прочитао на интернету јесте да су већ неко време сви нови резултати WGS тестова код Nebule "фабрички" већ поравнати са T2T референтним геномом, тако да се ово питање заправо односи само на старије тестове.

Нова верзија програма WGS Extract која ускоро треба да буде објављена, требало би да има подршку и за обраду T2T BAM фајлова.

Dao sam YFullu pristupne podatke za moje naloge kod Nebule , i ovi iz YFulla su sve odradili.Isto tako i za FTDNA.

[Ojler]

Упутство за YFull надградњу на T2T zа онe који су се тестирали преко фирме Dante Labs.

Идите на следећи линк и поручите надградњу на T2T:

https://us.dantelabs.com/products/alignment-to-t2t

Одмах по куповини, стићи ће вам аутоматски мејл са потврдом куповине од корисничке подршке фирме Dante Labs. Како бисте скратили процедуру, одмах одговорите на мејл и реците за који серијски број кита треба урадити надградњу на T2T (у супротном, чекаћете неколико дана да вас они то пита...

Ако се корисник прво улогоје на свој налог па онда поручи надоградњу не треба ништа да шаље мејлом.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

[Драган Обреновић]

Ако се корисник прво улогоје на свој налог па онда поручи надоградњу не треба ништа да шаље мејлом.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

Осим ако на истом налогу имаш 8 тестираних...

[ДушанПан]

Упутство за YFull надградњу на T2T zа онe који су се тестирали преко фирме Dante Labs.

Идите на следећи линк и поручите надградњу на T2T:

https://us.dantelabs.com/products/alignment-to-t2t

Одмах по куповини, стићи ће вам аутоматски мејл са потврдом куповине од корисничке подршке фирме Dante Labs. Како бисте скратили процедуру, одмах одговорите на мејл и реците за који серијски број кита треба урадити надградњу на T2T (у супротном, чекаћете неколико дана да вас они то питају).

После 2-3 недеље, надградња ће бити завршена и у одељеку Reports > Raw Data Library на сајту https://genome.dantelabs.com, појавиће се група датотека које у имену имају T2T.

За слање на YFull је потребан само BAM фајл:



Dante Labs нема могућност да направи јавни линк до T2T BAM фајла који можете пејстовати на YFull, тако да се "достава" на YFull може урадити на неки од следећа два начина:

1) Пошаљете мејл на [email protected], обавезно са адресе који сте користили за регистрацију налога на YFull, доставите им своје корисничко име и лозинку за https://genome.dantelabs.com и замолите их да сами преузму T2T BAM фајл (обавезно нагласите и за који YFull кит, да би се избегли неспоразуми).

2) Други начин је да ви преузмете T2T BAM фајл (величине је око ~50GB, па преузимање уме да потраје неколико сати), ставите га на свој Google Drive, OneDrive или Dropbox и генериште јавни линк за дељење фајла. Онда приликом поручивања на YFull (видети претходну поруку на форуму) пејстујете линк до T2T BAM фајла који је сада на вашем личном диску "у облаку".

Када надградња на T2T буде завршена, добићете мејл од YFull и онда можете платити услугу, чиме ће цела процедура бити завршена и ваш T2T поравнати резултат ће се појавити на стаблу.

Ја још увек чекам да ми Данте обради узорак. Када га добијем, да ли је паметно да фајл одмах надоградим на Т2Т и онда га проследим Yfull-у?

[Драган Обреновић]

Да, најбоље је одмах поручити надградњу на T2T, па oдмах послати T2T BAM на YFull јер мислим да ће тада YFull наплатити само иницијалну анализу од 45 EUR a имаћете на стаблу T2T резултат.

Ако прво пошаљете Hg19 поравнати BAM фајл, онда ће сигурно бити потребно да се доплаћује надградња на T2T и онда ће укупна цена бити 45 EUR + 25 EUR.

Додатни разлог да се одмах поручи поравнање је то што Dante Labs оставља рок од око месец дана од завршетка секвенцирања да се преузму сирови разултати. После тога, фајлови иду у "cold storage" на Amazonu. Ако после замрзавања накнадно поручи T2T поравнање, "одмрзавање" FASTQ фајлова уме да poтраје неколико дана, па процес поравнања на T2T траје дуже.

[ДушанПан]

Да, најбоље је одмах поручити надградњу на T2T, па oдмах послати T2T BAM на YFull јер мислим да ће тада YFull наплатити само иницијалну анализу од 45 EUR a имаћете на стаблу T2T резултат.

Ако прво пошаљете Hg19 поравнати BAM фајл, онда ће сигурно бити потребно да се доплаћује надградња на T2T и онда ће укупна цена бити 45 EUR + 25 EUR.

Додатни разлог да се одмах поручи поравнање је то што Dante Labs оставља рок од око месец дана од завршетка секвенцирања да се преузму сирови разултати. После тога, фајлови иду у "cold storage" на Amazonu. Ако после замрзавања накнадно поручи T2T поравнање, "одмрзавање" FASTQ фајлова уме да poтраје неколико дана, па процес поравнања на T2T траје дуже.

Хвала.

Сад ми паде на памет још једно питање: Да ли из Т2Т фајла могу да се ваде подаци за аутосомалну анализу, или то може да се уради само из Hg19?

[Драган Обреновић]

Хвала.

Сад ми паде на памет још једно питање: Да ли из Т2Т фајла могу да се ваде подаци за аутосомалну анализу, или то може да се уради само из Hg19?

За "чупање" аутозомалних фајлова помоћу програма WGS Extract оптималан је Hg19 BAM, али он свакако остаје доступан за преузимање, упоредо са T2T BAM фајлом.

[ДушанПан]

За "чупање" аутозомалних фајлова помоћу програма WGS Extract оптималан је Hg19 BAM, али он свакако остаје доступан за преузимање, упоредо са T2T BAM фајлом.

Аха, јасно, мислио сам да Т2Т замењује Hg19 након надградње.

[Милош]

Хвала Драгана на детљном упутству.

Дакле, колико сам схватио и ми који смо радили BigY500 можемо да одрадимо поравњање на T2t?

[kocovic]

За "чупање" аутозомалних фајлова помоћу програма WGS Extract оптималан је Hg19 BAM, али он свакако остаје доступан за преузимање, упоредо са T2T BAM фајлом.

Уколико покушате да из Т2Т фајла компаније Dante Labs извучете аутозомалне податке, нећете успети.

WGS Extract вам даје могућност да из Hg19 BAM фајла исте компаније добијете Hg38 фајл за ипсилон хромозом, који би требало да буде прецизнији, али свакако најбољи је Т2Т фајл.

ПС. Такође да напоменем, везано за VCF (SNP) фајлове код исте компаније. Изгледа да нису индексирани, па такође нисам пронашао начин да из програма DNA Kit Studio добијем аутозомалне податке.

[Драган Обреновић]

Хвала Драгане на детљном упутству.

Дакле, колико сам схватио и ми који смо радили BigY500 можемо да одрадимо поравњање на T2t?

Па ваљда, није згорег пробати...

Ја сам био скептичан и око поравнања Big Y-700 BAM фајлова на Т2Т, али испаде да то ипак има смисла.

Big-Y BAM фајл изгледа укључује у себи и солидан број непоравнатих сирових очитавања, која су остала немапирана на Hg38 референтни геном. Поравнањем са T2T геномом, таква сирова очитавања "легну" на своје место, а међу њима се онда открије и понеки нови T2T специфичан SNP.

[Слобо]

Па ваљда, није згорег пробати...

Ја сам био скептичан и око поравнања Big Y-700 BAM фајлова на Т2Т, али испаде да то ипак има смисла.

Big-Y BAM фајл изгледа укључује у себи и солидан број непоравнатих сирових очитавања, која су остала немапирана на Hg38 референтни геном. Поравнањем са T2T геномом, таква сирова очитавања "легну" на своје место, а међу њима се онда открије и понеки нови T2T специфичан SNP.

Да ли ФТДНА ради поравнавања на Т2Т за већ постојеће ресултсте (и да ли то сад аутоматски укључује у нове) или ће и за то да траже коју парицу?

[Небо_Сав]

Да ли ФТДНА ради поравнавања на Т2Т за већ постојеће ресултсте (и да ли то сад аутоматски укључује у нове) или ће и за то да траже коју парицу?

Рекао бих да резултати и стабло  ФТДНА већ садрже Т2Т резултате, без икакве доплате.

[CosicZ]

На https://www.yfull.com/live/tree/J-Z534*/ се налази YF125223, тестиран код Небуле, није до сада платио 45 евра YFull-у, митохондријална хаплогрупа https://www.yfull.com/mtree/L2b1a6/ , можда је са севера или запада Африке.

https://www.yfull.com/live/tree/J-FT116373/ издвојена илирска или либурнска подгрупа J-FT115799.

Издвојена https://www.yfull.com/live/tree/I-Y508496/ која обједињује I-Y4460 и I-S17250.

[CosicZ]

Тренутно стање на https://www.yfull.com/live/tree/J-M102/ :
YF125223 и археоналаз NEO281 су J-Z533*, а J-Z534 обједињује J-M205 и J-Z1825.
Поређења ради исти археоналаз на https://discover.familytreedna.com/y-dna/J-Z529/tree , https://discover.familytreedna.com/y-dna/J-Z529/ancient .

[CosicZ]

Нова верзија стабла YTree v12.00.00.

Пар неуобичајених резултата:
YF126816 са https://www.yfull.com/live/tree/I-Y449478/ ( I2-Z17855) има митохондријску хаплогрупу https://www.yfull.com/mtree/F2e2c/ карактеристичну за Далеки Исток.
YF126413 са https://www.yfull.com/live/tree/E-BY5180/ ( E-L540) има митохондријску хаплогрупу https://www.yfull.com/mtree/A2am1/ карактеристичну за Индијанце ( YF108543 https://www.yfull.com/tree/I-Y250531/ ).
https://sh.wikipedia.org/wiki/Arawak
https://sh.wikipedia.org/wiki/Karibi_(narod)