Аутор Тема: YFull  (Прочитано 35442 пута)

На мрежи Grbić

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 217
  • R1A>BY149000>FTA3227
Одг: YFull
« Одговор #240 послато: Децембар 01, 2023, 01:41:56 поподне »
Што се тиче надградње за кориснике који су се тестирали преко фирме Nebula Genomics, немам личних искустава са њима, па ако је неко надограђивао свој Nebula WGS резултат на T2T, позивам га да напише овде како је то урадио.

Оно што сам негде прочитао на интернету јесте да су већ неко време сви нови резултати WGS тестова код Nebule "фабрички" већ поравнати са T2T референтним геномом, тако да се ово питање заправо односи само на старије тестове.

Нова верзија програма WGS Extract која ускоро треба да буде објављена, требало би да има подршку и за обраду T2T BAM фајлова.
Dao sam YFullu pristupne podatke za moje naloge kod Nebule , i ovi iz YFulla su sve odradili.Isto tako i za FTDNA.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5267
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: YFull
« Одговор #241 послато: Децембар 01, 2023, 01:57:48 поподне »


Упутство за YFull надградњу на T2T zа онe који су се тестирали преко фирме Dante Labs.

Идите на следећи линк и поручите надградњу на T2T:

https://us.dantelabs.com/products/alignment-to-t2t

Одмах по куповини, стићи ће вам аутоматски мејл са потврдом куповине од корисничке подршке фирме Dante Labs. Како бисте скратили процедуру, одмах одговорите на мејл и реците за који серијски број кита треба урадити надградњу на T2T (у супротном, чекаћете неколико дана да вас они то пита...

Ако се корисник прво улогоје на свој налог па онда поручи надоградњу не треба ништа да шаље мејлом.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #242 послато: Децембар 01, 2023, 01:59:50 поподне »

Ако се корисник прво улогоје на свој налог па онда поручи надоградњу не треба ништа да шаље мејлом.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

Осим ако на истом налогу имаш 8 тестираних... ;)
« Последња измена: Децембар 01, 2023, 02:06:51 поподне Драган Обреновић »

Ван мреже ДушанПан

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 127
  • Панић - Сирдија, Осечина I2-PH908
Одг: YFull
« Одговор #243 послато: Децембар 01, 2023, 02:03:25 поподне »
Упутство за YFull надградњу на T2T zа онe који су се тестирали преко фирме Dante Labs.

Идите на следећи линк и поручите надградњу на T2T:

https://us.dantelabs.com/products/alignment-to-t2t

Одмах по куповини, стићи ће вам аутоматски мејл са потврдом куповине од корисничке подршке фирме Dante Labs. Како бисте скратили процедуру, одмах одговорите на мејл и реците за који серијски број кита треба урадити надградњу на T2T (у супротном, чекаћете неколико дана да вас они то питају).

После 2-3 недеље, надградња ће бити завршена и у одељеку Reports > Raw Data Library на сајту https://genome.dantelabs.com, појавиће се група датотека које у имену имају T2T.

За слање на YFull је потребан само BAM фајл:



Dante Labs нема могућност да направи јавни линк до T2T BAM фајла који можете пејстовати на YFull, тако да се "достава" на YFull може урадити на неки од следећа два начина:

1) Пошаљете мејл на [email protected], обавезно са адресе који сте користили за регистрацију налога на YFull, доставите им своје корисничко име и лозинку за https://genome.dantelabs.com и замолите их да сами преузму T2T BAM фајл (обавезно нагласите и за који YFull кит, да би се избегли неспоразуми).

2) Други начин је да ви преузмете T2T BAM фајл (величине је око ~50GB, па преузимање уме да потраје неколико сати), ставите га на свој Google Drive, OneDrive или Dropbox и генериште јавни линк за дељење фајла. Онда приликом поручивања на YFull (видети претходну поруку на форуму) пејстујете линк до T2T BAM фајла који је сада на вашем личном диску "у облаку".

Када надградња на T2T буде завршена, добићете мејл од YFull и онда можете платити услугу, чиме ће цела процедура бити завршена и ваш T2T поравнати резултат ће се појавити на стаблу.

Ја још увек чекам да ми Данте обради узорак. Када га добијем, да ли је паметно да фајл одмах надоградим на Т2Т и онда га проследим Yfull-у?

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #244 послато: Децембар 01, 2023, 02:15:02 поподне »
Да, најбоље је одмах поручити надградњу на T2T, па oдмах послати T2T BAM на YFull јер мислим да ће тада YFull наплатити само иницијалну анализу од 45 EUR a имаћете на стаблу T2T резултат.

Ако прво пошаљете Hg19 поравнати BAM фајл, онда ће сигурно бити потребно да се доплаћује надградња на T2T и онда ће укупна цена бити 45 EUR + 25 EUR.

Додатни разлог да се одмах поручи поравнање је то што Dante Labs оставља рок од око месец дана од завршетка секвенцирања да се преузму сирови разултати. После тога, фајлови иду у "cold storage" на Amazonu. Ако после замрзавања накнадно поручи T2T поравнање, "одмрзавање" FASTQ фајлова уме да poтраје неколико дана, па процес поравнања на T2T траје дуже.

Ван мреже ДушанПан

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 127
  • Панић - Сирдија, Осечина I2-PH908
Одг: YFull
« Одговор #245 послато: Децембар 01, 2023, 02:31:56 поподне »
Да, најбоље је одмах поручити надградњу на T2T, па oдмах послати T2T BAM на YFull јер мислим да ће тада YFull наплатити само иницијалну анализу од 45 EUR a имаћете на стаблу T2T резултат.

Ако прво пошаљете Hg19 поравнати BAM фајл, онда ће сигурно бити потребно да се доплаћује надградња на T2T и онда ће укупна цена бити 45 EUR + 25 EUR.

Додатни разлог да се одмах поручи поравнање је то што Dante Labs оставља рок од око месец дана од завршетка секвенцирања да се преузму сирови разултати. После тога, фајлови иду у "cold storage" на Amazonu. Ако после замрзавања накнадно поручи T2T поравнање, "одмрзавање" FASTQ фајлова уме да poтраје неколико дана, па процес поравнања на T2T траје дуже.

Хвала.

Сад ми паде на памет још једно питање: Да ли из Т2Т фајла могу да се ваде подаци за аутосомалну анализу, или то може да се уради само из Hg19?
« Последња измена: Децембар 01, 2023, 02:41:43 поподне ДушанПан »

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #246 послато: Децембар 01, 2023, 04:56:51 поподне »
Хвала.

Сад ми паде на памет још једно питање: Да ли из Т2Т фајла могу да се ваде подаци за аутосомалну анализу, или то може да се уради само из Hg19?

За "чупање" аутозомалних фајлова помоћу програма WGS Extract оптималан је Hg19 BAM, али он свакако остаје доступан за преузимање, упоредо са T2T BAM фајлом.

Ван мреже ДушанПан

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 127
  • Панић - Сирдија, Осечина I2-PH908
Одг: YFull
« Одговор #247 послато: Децембар 01, 2023, 05:03:27 поподне »
За "чупање" аутозомалних фајлова помоћу програма WGS Extract оптималан је Hg19 BAM, али он свакако остаје доступан за преузимање, упоредо са T2T BAM фајлом.

Аха, јасно, мислио сам да Т2Т замењује Hg19 након надградње.

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5481
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: YFull
« Одговор #248 послато: Децембар 01, 2023, 05:05:01 поподне »
Хвала Драгана на детљном упутству.

Дакле, колико сам схватио и ми који смо радили BigY500 можемо да одрадимо поравњање на T2t?

Ван мреже kocovic

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 96
Одг: YFull
« Одговор #249 послато: Децембар 01, 2023, 05:05:57 поподне »
За "чупање" аутозомалних фајлова помоћу програма WGS Extract оптималан је Hg19 BAM, али он свакако остаје доступан за преузимање, упоредо са T2T BAM фајлом.

Уколико покушате да из Т2Т фајла компаније Dante Labs извучете аутозомалне податке, нећете успети.

WGS Extract вам даје могућност да из Hg19 BAM фајла исте компаније добијете Hg38 фајл за ипсилон хромозом, који би требало да буде прецизнији, али свакако најбољи је Т2Т фајл.

ПС. Такође да напоменем, везано за VCF (SNP) фајлове код исте компаније. Изгледа да нису индексирани, па такође нисам пронашао начин да из програма DNA Kit Studio добијем аутозомалне податке.
« Последња измена: Децембар 01, 2023, 05:16:17 поподне kocovic »

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #250 послато: Децембар 01, 2023, 05:20:35 поподне »
Хвала Драгане на детљном упутству.

Дакле, колико сам схватио и ми који смо радили BigY500 можемо да одрадимо поравњање на T2t?

Па ваљда, није згорег пробати...

Ја сам био скептичан и око поравнања Big Y-700 BAM фајлова на Т2Т, али испаде да то ипак има смисла.

Big-Y BAM фајл изгледа укључује у себи и солидан број непоравнатих сирових очитавања, која су остала немапирана на Hg38 референтни геном. Поравнањем са T2T геномом, таква сирова очитавања "легну" на своје место, а међу њима се онда открије и понеки нови T2T специфичан SNP.

Ван мреже Слобо

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
Одг: YFull
« Одговор #251 послато: Децембар 01, 2023, 07:48:39 поподне »
Па ваљда, није згорег пробати...

Ја сам био скептичан и око поравнања Big Y-700 BAM фајлова на Т2Т, али испаде да то ипак има смисла.

Big-Y BAM фајл изгледа укључује у себи и солидан број непоравнатих сирових очитавања, која су остала немапирана на Hg38 референтни геном. Поравнањем са T2T геномом, таква сирова очитавања "легну" на своје место, а међу њима се онда открије и понеки нови T2T специфичан SNP.

Да ли ФТДНА ради поравнавања на Т2Т за већ постојеће ресултсте (и да ли то сад аутоматски укључује у нове) или ће и за то да траже коју парицу?

Ван мреже Небо_Сав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I-Y3120>I-PH908>I-BY93199
Одг: YFull
« Одговор #252 послато: Децембар 01, 2023, 08:29:47 поподне »
Да ли ФТДНА ради поравнавања на Т2Т за већ постојеће ресултсте (и да ли то сад аутоматски укључује у нове) или ће и за то да траже коју парицу?
Рекао бих да резултати и стабло  ФТДНА већ садрже Т2Т резултате, без икакве доплате.

Ван мреже CosicZ

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 898
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: YFull
« Одговор #253 послато: Децембар 29, 2023, 05:42:14 поподне »
На https://www.yfull.com/live/tree/J-Z534*/ се налази YF125223, тестиран код Небуле, није до сада платио 45 евра YFull-у, митохондријална хаплогрупа https://www.yfull.com/mtree/L2b1a6/ , можда је са севера или запада Африке.

https://www.yfull.com/live/tree/J-FT116373/ издвојена илирска или либурнска подгрупа J-FT115799.

Издвојена https://www.yfull.com/live/tree/I-Y508496/ која обједињује I-Y4460 и I-S17250.

Ван мреже CosicZ

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 898
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: YFull
« Одговор #254 послато: Јануар 15, 2024, 11:58:23 поподне »
Тренутно стање на https://www.yfull.com/live/tree/J-M102/ :
YF125223 и археоналаз NEO281 су J-Z533*, а J-Z534 обједињује J-M205 и J-Z1825.
Поређења ради исти археоналаз на https://discover.familytreedna.com/y-dna/J-Z529/tree , https://discover.familytreedna.com/y-dna/J-Z529/ancient .
« Последња измена: Јануар 16, 2024, 12:00:04 пре подне CosicZ »

Ван мреже CosicZ

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 898
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: YFull
« Одговор #255 послато: Фебруар 18, 2024, 08:59:02 пре подне »
Нова верзија стабла YTree v12.00.00.

Пар неуобичајених резултата:
YF126816 са https://www.yfull.com/live/tree/I-Y449478/ ( I2-Z17855) има митохондријску хаплогрупу https://www.yfull.com/mtree/F2e2c/ карактеристичну за Далеки Исток.
YF126413 са https://www.yfull.com/live/tree/E-BY5180/ ( E-L540) има митохондријску хаплогрупу https://www.yfull.com/mtree/A2am1/ карактеристичну за Индијанце ( YF108543 https://www.yfull.com/tree/I-Y250531/ ).
https://sh.wikipedia.org/wiki/Arawak
https://sh.wikipedia.org/wiki/Karibi_(narod)