Аутор Тема: YFull  (Прочитано 12077 пута)

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 306
  • R1b-U152>Z36>... FTA27217>FTA42008
Одг: YFull
« Одговор #80 послато: Март 31, 2021, 11:59:51 пре подне »
Пре извесног времена, у теми везаној за Dante Labs, била је дискусија о томе да ли вреди доплатити генерисање BAM датотеке са очитавањима поравнатим са новијим реферетним људским геномом GRCh38/hg38.

Наиме, Dante Labs подразумевано даје BAM фајл у старијем GRCh37/hg19 формату, али на захтев (и уз доплату од 29 EUR) може да сирова очитавања генома експортује и у новији GRCh38/hg38 формат који би требало да има мало боље покривање неких тешко читљивих делова Y хромозома (информација добијена од техничке подршке YFULL).

Обзиром да сам за једног пријатеља прво послао на YFULL сирову BAM датотеку у GRCh37/hg19 формату, а онда након што је иста процесирана доплатио "upgrade" и послао и BAM у GRCh38/hg38 формату, ево да укратко резимирам да ли је било разлика у анализи и које су.

Што се тиче статистике коју YFULL даје по извршеној анализи BAM датотеке, ево која је разлика између BAM фајлова у Hg19 и Hg38 формату:


Full statistics (Hg19 BAM)


Full statistics (Hg38 BAM)

Што се тиче броја SNP новела, за очекивати је било да из Hg38 формата евентуално "исплива" и још нека додатна приватна мутација, али испоставило се да је YFULL заправо на крају установио мањи број поуздано очитаних мутација из Hg38 фајла, у односу на првобитну анализу из Hg19 BAM фајла:


Novel SNPs (Hg19 BAM)


Novel SNPs (Hg38 BAM)

Анализа STR маркера из Hg38 BAM фајла још увек није завршена, тако да у овом тренутку не знам да ли ће евентуално ту ситуација бити боља (тј. да ли ће више вредности STR маркера бити очитано, односно мање њих захтевати додатну ручну проверу).

Ван мреже Romanijski

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 676
  • Ја ратујем сам...
Одг: YFull
« Одговор #81 послато: Март 31, 2021, 02:04:50 поподне »
Ако је завршена или када буде постави страницу Цомпарисоне.

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 306
  • R1b-U152>Z36>... FTA27217>FTA42008
Одг: YFull
« Одговор #82 послато: Март 31, 2021, 02:22:56 поподне »
Ако је завршена или када буде постави страницу Цомпарисоне.

Поставићу, али када кликнем на "Comparisons" тренутно приказује поруку "You don't have 2 or more samples of the same person from different laboratories."

Овде нису у питању резултати из две различите лабораторије (нпр. FTDNA и Dante Labs) већ анализа резултата из исте лабораторије, односно BAM фајлова у старијем и новијем формату. Можда ће бити доступна ова опција када се комплетна анализа заврши, са све STR маркерима, видећемо.

Ван мреже Romanijski

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 676
  • Ја ратујем сам...
Одг: YFull
« Одговор #83 послато: Март 31, 2021, 06:31:25 поподне »
Поставићу, али када кликнем на "Comparisons" тренутно приказује поруку "You don't have 2 or more samples of the same person from different laboratories."

Овде нису у питању резултати из две различите лабораторије (нпр. FTDNA и Dante Labs) већ анализа резултата из исте лабораторије, односно BAM фајлова у старијем и новијем формату. Можда ће бити доступна ова опција када се комплетна анализа заврши, са све STR маркерима, видећемо.
Ја сам радио BigY500 па надоградња на BigY700 и мени то функционише. Надамсе да ће и код тебе ускоро...

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 306
  • R1b-U152>Z36>... FTA27217>FTA42008
Одг: YFull
« Одговор #84 послато: Март 31, 2021, 10:01:31 поподне »
Ја сам радио BigY500 па надоградња на BigY700 и мени то функционише. Надамсе да ће и код тебе ускоро...

Питао сам техничку подршку YFULL у вези овога...  Надоградња Big Y-500 на Big Y-700 је заправо поновно, значајно детаљније секвенцирање генома, док је Hg19 BAM -> Hg38 BAM само конверзија истих сирових података из једног у други формат, па није баш за поређење.

Међутим, објаснили су ми да је ипак могуће узвршити поређење резултата анализе Hg19 и Hg38 BAM фајлова, али то се не ради кроз опцију "Comparisons" већ кроз опцију "Upgrades". Иначе, морам да приметим да је техничка подршка YFULL фантастична, до сада сам им писао 3-4 пута и одговарали су типично у рекордно кратком року, некада чак и 20-ак минута након постављеног питања.

Ево снимака екрана где се виде разлике анализе старог и новог BAM фајла:






Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5012
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: YFull
« Одговор #85 послато: Март 31, 2021, 10:30:28 поподне »
Закључак о поравњању hg19 на hg38 би био оно што сам и рекао Бојановићу: ништа значајно.

Сасвим друго је BigY500 и BigY700, јер се ради о бољој покривености. И BAM фајл наспрам VCF фајла је донекле бољи. Али ово поравњање очито не мења ништа.

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 306
  • R1b-U152>Z36>... FTA27217>FTA42008
Одг: YFull
« Одговор #86 послато: Мај 01, 2021, 01:20:36 поподне »
YFULL је изгледа незнатно ажурирао стабло. Данас је објављена свечана ”првомајска” верзија, али не примећујем никакве промене у својој грани. Као да су само ажурирали ту и тамо TMRCA процене (?).


Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 159
  • Y: E-BY148067 (YFull)/ E-FT380205 (FTDNA) Никољдан
Одг: YFull
« Одговор #87 послато: Мај 06, 2021, 12:40:23 пре подне »
На нивоу 4529 се данас појавио анониман узорак, који је могуће Карелијанац са ФТДНА.
Сада имамо већ троје Скандинаваца, два на нивоу 4529 један на нивоу 20805.
Остало смо ми са Балкана.
YFULL је вратио TMRCA, тренутно је 3100 година за 4529, 2500 за 20805 и 1100 за 4573. Видећемо како ће Дедеићев и овај узорак утицати на процене.

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3955
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: YFull
« Одговор #88 послато: Мај 06, 2021, 12:43:09 пре подне »
На нивоу 4529 се данас појавио анониман узорак, који је могуће Карелијанац са ФТДНА.
Сада имамо већ троје Скандинаваца, два на нивоу 4529 један на нивоу 20805.
Остало смо ми са Балкана.
YFULL је вратио TMRCA, тренутно је 3100 година за 4529, 2500 за 20805 и 1100 за 4573. Видећемо како ће Дедеићев и овај узорак утицати на процене.

Шта су ови бројеви? О каквим нивоима је реч?
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1743
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Одг: YFull
« Одговор #89 послато: Мај 06, 2021, 12:47:57 пре подне »
Шта су ови бројеви? О каквим нивоима је реч?

НикПав се мало опустио, сматрајући да већ сви знамо да прича о E-V13 и њеним подгранама :)

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3955
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: YFull
« Одговор #90 послато: Мај 06, 2021, 12:52:01 пре подне »
НикПав се мало опустио, сматрајући да већ сви знамо да прича о E-V13 и њеним подгранама :)

Оно, претпоставио сам да су неки СНП-ови, али не би било лоше да се мало упути читалац :)
 
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1743
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Одг: YFull
« Одговор #91 послато: Мај 06, 2021, 12:57:12 пре подне »

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 159
  • Y: E-BY148067 (YFull)/ E-FT380205 (FTDNA) Никољдан
Одг: YFull
« Одговор #92 послато: Мај 06, 2021, 11:45:59 пре подне »
Хвала Зрно, на то сам мислио! Извињавам се на непотпуној поруци.

Ван мреже CosicZ

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 291
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 872
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: YFull
« Одговор #94 послато: Јун 09, 2021, 07:46:05 поподне »
Када се очекује поновно ажурирање стабла?
Догодине у Холштајну!

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 159
  • Y: E-BY148067 (YFull)/ E-FT380205 (FTDNA) Никољдан
Одг: YFull
« Одговор #95 послато: Јун 09, 2021, 08:51:00 поподне »
Када се очекује поновно ажурирање стабла?

За сада нема наговештаја, а увек можете да их питате путем имејла, разговорљиви су.

Ван мреже CosicZ

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 291
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: YFull
« Одговор #96 послато: Јун 19, 2021, 05:50:57 пре подне »
YFull сада има у "инфо"-у за сваку хаплогрупу мапу са бројем тестираних по државама. На пример:
https://www.yfull.com/branch-info/J-Y22059/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/J-L283/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-V13/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-L540/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-Z5017/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-CTS9320/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-Z5018/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y3120/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y18331/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Z17855/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y4460/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-S17250/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y4882/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y5596/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-A815/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-PH908/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y13200/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-V1636/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-PH155/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-V2219/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z2118/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y10789/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y5587/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y14300/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z2103/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-PF7562/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y13946/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Z17954/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-S2078/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-M227/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-P109/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y3560/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y7140/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z93/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-M458/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP1337/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-L1029/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z92/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-CTS1211/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-P278.2/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP371/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP4278/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y2613/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-L1280/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y2902/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/N-Y6503/#t4-tab

Ван мреже нцп

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1388
Одг: YFull
« Одговор #97 послато: Јун 19, 2021, 06:14:05 пре подне »
YFull сада има у "инфо"-у за сваку хаплогрупу мапу са бројем тестираних по државама. На пример:
https://www.yfull.com/branch-info/J-Y22059/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/J-L283/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-V13/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-L540/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-Z5017/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-CTS9320/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-Z5018/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y3120/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y18331/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Z17855/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y4460/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-S17250/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y4882/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y5596/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-A815/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-PH908/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y13200/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-V1636/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-PH155/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-V2219/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z2118/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y10789/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y5587/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y14300/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z2103/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-PF7562/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y13946/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Z17954/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-S2078/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-M227/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-P109/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y3560/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y7140/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z93/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-M458/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP1337/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-L1029/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z92/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-CTS1211/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-P278.2/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP371/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP4278/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y2613/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-L1280/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y2902/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/N-Y6503/#t4-tab


Хвала.
Сјајно.

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1376
  • J-Y230579 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: YFull
« Одговор #98 послато: Јун 22, 2021, 04:54:40 поподне »
У току је подизање освјежене верзије стабла.
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 306
  • R1b-U152>Z36>... FTA27217>FTA42008
Одг: YFull
« Одговор #99 послато: Јун 22, 2021, 06:05:35 поподне »
У току је подизање освјежене верзије стабла.

Освежено! Дочекасмо и тај дан...