Аутор Тема: Dante Labs  (Прочитано 55618 пута)

Ван мреже Sergius

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 529
  • I2-PH908>Y109645
Dante Labs
« послато: Новембар 19, 2018, 08:39:42 пре подне »
Планирам да наручим овај ДНК тест. Све се своди на то да мени од свега требају низводни СНП-ови од PH908. Због тога све радим и да их очита Y Full и Y Seq (можда се посрећи да се прочита PH908, јер то што FTDNA Big Y га не чита јесте велики проблем, па се на Y Full неки низводни СНП-ови стављају паралелно са PH908). Чак ни тих 500 маркера ми не значи пуно. Ако добијам ове СНП-ове с овим тестом, плус све остало везано за здравље, не бих се двоумио. Осим у случају да слути на неку превару.

https://cruwys.blogspot.com/2018/11/a-30x-whole-genome-sequence-from-dante.html?fbclid=IwAR338BxhiRdCCSVhqX0OvJ6DZrQcotPR-J28J9K6R7LjTbfA1qe0pk0RpnQ&m=1

"If you are interesting in discovering new SNPs from your WGS Y-chromosome data there are various tools that allow you to work with BAM files. YFull is already able to process BAM files from Dante Labs."

"I've had confirmation from Dante that the BAM file download is free. The charge is only if you want the hard drive." Значи да се они додатни трошкови које је неко спомињао односе само на слање BAM фајла на преносивом хард диску, и укључују трошкове слања + цијену тог преносивог хард диска. Значи да је преузимање бесплатно.

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3955
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #1 послато: Новембар 19, 2018, 09:47:10 пре подне »
Изгледа да је Дантеова понуда изазвала опште интересовање, не само овде код нас. Гледајући ранија искуства људи са њима, ако им ова акција успе као што се чини да ће бити и ако нису нешто порадили по питању својих капацитета, неће ме изненадити ако се буде чекало и годину дана да се добије BAM фајл.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Полић

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 551
  • I2-Y56203
Одг: Dante Labs
« Одговор #2 послато: Новембар 19, 2018, 07:10:41 поподне »
Изгледа да је Дантеова понуда изазвала опште интересовање, не само овде код нас. Гледајући ранија искуства људи са њима, ако им ова акција успе као што се чини да ће бити и ако нису нешто порадили по питању својих капацитета, неће ме изненадити ако се буде чекало и годину дана да се добије BAM фајл.
Управо сам послао поруку тј. питање колико се оквирно чека на овај резултат, да ли су у питању месеци, пола године, годину итд.

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3955
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #3 послато: Новембар 19, 2018, 07:17:38 поподне »
Управо сам послао поруку тј. питање колико се оквирно чека на овај резултат, да ли су у питању месеци, пола године, годину итд.

На сајту тврде 10 до 12 недеља али сам на Јаху групи нашао дискусију где човек пре две недеље пише да је од момента слања узорка до добијања хард диска са сировим подацима чекао седам месеци:

https://groups.yahoo.com/neo/groups/R1b1c_U106-S21/conversations/messages/54265
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Полић

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 551
  • I2-Y56203
Одг: Dante Labs
« Одговор #4 послато: Новембар 19, 2018, 07:37:11 поподне »
На сајту тврде 10 до 12 недеља али сам на Јаху групи нашао дискусију где човек пре две недеље пише да је од момента слања узорка до добијања хард диска са сировим подацима чекао седам месеци:

https://groups.yahoo.com/neo/groups/R1b1c_U106-S21/conversations/messages/54265

Ево одговора који сам сад добио:

Dear Srdjan,

So at the moment we estimate around 60 business days.

Kind regards,
Mala

дакле као на сајту, 10-12 недеља

Ван мреже Romanijski

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 676
  • Ја ратујем сам...
Одг: Dante Labs
« Одговор #5 послато: Новембар 19, 2018, 07:40:48 поподне »
Da se nelažemo cena je glavna stvar... Nego snalizise za lovu i poručuj... pa iako bude pola godine-godinu čekanja...

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3955
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #6 послато: Новембар 19, 2018, 07:45:08 поподне »
Da se nelažemo cena je glavna stvar... Nego snalizise za lovu i poručuj... pa iako bude pola godine-godinu čekanja...
Тачно.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5016
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #7 послато: Новембар 19, 2018, 08:31:39 поподне »
На сајту тврде 10 до 12 недеља али сам на Јаху групи нашао дискусију где човек пре две недеље пише да је од момента слања узорка до добијања хард диска са сировим подацима чекао седам месеци:

https://groups.yahoo.com/neo/groups/R1b1c_U106-S21/conversations/messages/54265

Свако има различита искуства са разним лабораторијама. Неко чека BigY 30 дана, неко 4 месеца. Неко код Yseqa све заврши за 20 дана, некоме не пошаљу прибор ни након 2 месеца... тако и ово. Нико од нас нема искуства са WGS, а не са овим лабораторијама. Некако нам је FTDNA и BigY мирна лука. :) Али вреди покушати и са овим новим...

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3955
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #8 послато: Новембар 19, 2018, 08:40:37 поподне »
Свако има различита искуства са разним лабораторијама. Неко чека BigY 30 дана, неко 4 месеца. Неко код Yseqa све заврши за 20 дана, некоме не пошаљу прибор ни након 2 месеца... тако и ово. Нико од нас нема искуства са WGS, а не са овим лабораторијама. Некако нам је FTDNA и BigY мирна лука. :) Али вреди покушати и са овим новим...

Покушаћемо ;)
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5016
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #9 послато: Новембар 21, 2018, 12:40:14 поподне »
Управо ми је Вадим Урасин са Yfull-a одговорио, да Yfull анализира BAM фајлове Dante Labs-a и да су сасвим у реду. Такође за PH908 битна информација: "Position of PH908 (Hg38 11986358) is covered in all DanteLabs bam files in our database. From 14 to 39 reads. 22 in average."

Тако да овај попуст свакако треба искористити.

Ван мреже Romanijski

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 676
  • Ја ратујем сам...
Одг: Dante Labs
« Одговор #10 послато: Новембар 21, 2018, 12:50:45 поподне »
Управо ми је Вадим Урасин са Yfull-a одговорио, да Yfull анализира BAM фајлове Dante Labs-a и да су сасвим у реду. Такође за PH908 битна информација: "Position of PH908 (Hg38 11986358) is covered in all DanteLabs bam files in our database. From 14 to 39 reads. 22 in average."

Тако да овај попуст свакако треба искористити.
Svaka čast bez tebe ništa !

Ван мреже Romanijski

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 676
  • Ја ратујем сам...
Одг: Dante Labs
« Одговор #11 послато: Новембар 21, 2018, 01:02:01 поподне »
Управо ми је Вадим Урасин са Yfull-a одговорио, да Yfull анализира BAM фајлове Dante Labs-a и да су сасвим у реду. Такође за PH908 битна информација: "Position of PH908 (Hg38 11986358) is covered in all DanteLabs bam files in our database. From 14 to 39 reads. 22 in average."

Тако да овај попуст свакако треба искористити.
Ako neko želi i markere evo dobre kombinacije. Uradite Y-111  kod FTDNA + Dante . a Toje 219+199=418 $ to je 31 $ manje nego BigY

Ван мреже Sergius

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 529
  • I2-PH908>Y109645
Одг: Dante Labs
« Одговор #12 послато: Новембар 21, 2018, 05:27:47 поподне »
Зар се у овом тесту код Дантеа не добијају и маркери?

Ево шта ми је Ојлер послао да је добио или прочитао код Урасина, спомињу се и маркери:

A difference between Dante Labs WGS and WGS at YSEQ is in length of reads (100 nucleotides and 150 nucleotides). Both of them are good for our analysis but YSEQ better. Specially for scoring STRs. Both of them have data of Y chromosome with good coverage, other chromosomes and mitochondrial DNA. We use Y chromosome and mitochondrial DNA.
Y-Elite has no information from other chromosomes but it also has good coverage of Y chromosome and mitochondrial DNA.
Big Y has two times shorter coverage of Y chromosome and no mitochondrial DNA. So you have less information even about SNPs. Sometimes Big Y is enough but sometimes we can not split subclades without more detailed analysis form other labs.

На крају се и види разлог зашто Big Y не чита PH908, дочим га Данте региструје.

Ван мреже Sergius

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 529
  • I2-PH908>Y109645
Одг: Dante Labs
« Одговор #13 послато: Новембар 21, 2018, 05:34:19 поподне »
Занима ме само како БАМ фајл од 500 гигабајта шаљемо Урасину на YFULL, и да ли они онда извлаче оно шта им треба од Y хромозома?

Ако женска особа ради тест, какве су за њих могућности у смислу аналитике по mtDNA?

Да ли се оволики БАМ фајл мора слати у комплету кад се шаље на неке сајтове који се баве здравственом или аутозомалном ДНК аналитиком?

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5016
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #14 послато: Новембар 21, 2018, 06:19:40 поподне »
Ево шта ми је Вадим управо одговорио, на питање како да шаљем тако велики фајл:

"Yes, this is a problem. You can extract Y chromosome data and upload it to filesharing service (Dropbox, Google Drive etc). But extracting is not simple. Also you can ask Dante Labs - may be they have copy of your data and we can download it directly from them. Also you can send USB stick to me in Russia. And also you can upload your data to sequencing.com for free but they will re-sell your data as I understand."

Ван мреже Полић

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 551
  • I2-Y56203
Одг: Dante Labs
« Одговор #15 послато: Новембар 21, 2018, 06:31:57 поподне »
Ево шта ми је Вадим управо одговорио, на питање како да шаљем тако велики фајл:

"Yes, this is a problem. You can extract Y chromosome data and upload it to filesharing service (Dropbox, Google Drive etc). But extracting is not simple. Also you can ask Dante Labs - may be they have copy of your data and we can download it directly from them. Also you can send USB stick to me in Russia. And also you can upload your data to sequencing.com for free but they will re-sell your data as I understand."
Ako se nakon testiranja podaci mogu skinuti sa cloud-a koji se nalazi kod DanteLabs, ne vidim razlog zašto neko iz Yfull-a ne može to isto da uradi, ako mu se da pristup.Jedini problem može biti to da DanteLabs daje neko vremensko ograničenje ili da ograničava broj skidanja (download-a)

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3955
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #16 послато: Новембар 21, 2018, 06:45:10 поподне »
Ako se nakon testiranja podaci mogu skinuti sa cloud-a koji se nalazi kod DanteLabs, ne vidim razlog zašto neko iz Yfull-a ne može to isto da uradi, ako mu se da pristup.Jedini problem može biti to da DanteLabs daje neko vremensko ograničenje ili da ograničava broj skidanja (download-a)

Сасвим сигурно Данте не може чувати 500GB података за сваког тестираног у недоглед. То би им било веома скупо. Мада, не верујем да БАМ фајл може бити већи од 200 до 250GB, јер се на истом диску од 500GB шаљу подаци и у FASTQ формату који би требали бити приближно исте величине. Свеједно, и то је много.

Занима ме само како БАМ фајл од 500 гигабајта шаљемо Урасину на YFULL, и да ли они онда извлаче оно шта им треба од Y хромозома?

Ако женска особа ради тест, какве су за њих могућности у смислу аналитике по mtDNA?

Да ли се оволики БАМ фајл мора слати у комплету кад се шаље на неке сајтове који се баве здравственом или аутозомалном ДНК аналитиком?

Када се поручује анализа код YFull-a онда постоји поље у коме се наведе линк са кога се може преузети BAM или FASTQ фајл. На наручиоцу је дакле да негде смести податке и учини их расположивим YFull-у, а они их преузму.

Зар се у овом тесту код Дантеа не добијају и маркери?

Ево шта ми је Ојлер послао да је добио или прочитао код Урасина, спомињу се и маркери:

A difference between Dante Labs WGS and WGS at YSEQ is in length of reads (100 nucleotides and 150 nucleotides). Both of them are good for our analysis but YSEQ better. Specially for scoring STRs. Both of them have data of Y chromosome with good coverage, other chromosomes and mitochondrial DNA. We use Y chromosome and mitochondrial DNA.
Y-Elite has no information from other chromosomes but it also has good coverage of Y chromosome and mitochondrial DNA.
Big Y has two times shorter coverage of Y chromosome and no mitochondrial DNA. So you have less information even about SNPs. Sometimes Big Y is enough but sometimes we can not split subclades without more detailed analysis form other labs.

На крају се и види разлог зашто Big Y не чита PH908, дочим га Данте региструје.

Ово што сам послао Sergius-у је Вадим послао као одговор једном нашем форумашу, који је био љубазан да ми га проследи.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Romanijski

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 676
  • Ја ратујем сам...
Одг: Dante Labs
« Одговор #17 послато: Новембар 21, 2018, 08:32:19 поподне »
Malomi to puno 500GB , pitamse da nije greška u kucanju... jer u jednoj od poruka piše da mu se pošalje na stiku...  nisam čuo da postoi stik od 500 GB... 

 sve mi to liči na 500 MB, ali ovo je samo moja sumnja

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3955
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #18 послато: Новембар 21, 2018, 08:53:41 поподне »
Malomi to puno 500GB , pitamse da nije greška u kucanju... jer u jednoj od poruka piše da mu se pošalje na stiku...  nisam čuo da postoi stik od 500 GB... 

 sve mi to liči na 500 MB, ali ovo je samo moja sumnja

Не није грешка. Како сам у мeђувремену чуо, BAM фајл би требао бити између 100 и 150 гигабајта а исто толики и FASTQ. Вероватно се BAM фајл може учинити доста мањим ако се избаце подаци који се не односе на Y хромозом, али свеједно ни тако не може бити 500 мегабајта.

Нема бесплатног клауд сервиса преко кога се може поделити оволики фајл, барем не да ја знам. Или да се цепка на мање фајлове па да га тако преузимају, али то је баш компликација. Требало би видети да ли би могли да га преузму преко Торента.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1654
  • G2a-FT221531
Одг: Dante Labs
« Одговор #19 послато: Новембар 22, 2018, 01:26:10 поподне »
Full DNA Analysis only €169 for Black Friday week

Планирао сам урадити 111 маркера код FTDNA на попусту поводом ''Дана захвалности'', међутим овакве понуде се не одбијају.  ;D
''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор