Аутор Тема: Древна ДНК - научни радови  (Прочитано 108002 пута)

Ван мреже Мића

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 358
  • R1b-PF7562
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #560 послато: Фебруар 09, 2021, 10:14:45 пре подне »
Ваљда нешто што је ближе тј. сличније треба да буде топлијих боја, а не обрнуто.

Користили су семафор боје.
"Превише интересовања, премало времена" И. Анђелковић

Ван мреже CosicZ

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 291
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #561 послато: Фебруар 10, 2021, 07:39:12 пре подне »
Дакле, Истра је колонија археоЛала на Јадрану.

Највише сличности има на западу Балкана, Подунављу, Карпатима, у горњем сливу Елбе и Рајне. Подручје кроз које су у протеклих 4000 година мигрирале R1b-Z2103, J2-L283, E-V13, I2-Y3120 и друге хаплогрупе.

Ван мреже Србин

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 159
  • Y-DNA: I2a-Z17855>BY190177
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #562 послато: Фебруар 10, 2021, 11:01:53 поподне »
Уз сву разноврсност I2 на тако малом простору (L596, M223, M26, Y4213) чуди да нема М423.

Интересантно да их раније налазимо у Алзасу и то комплет са U5b: https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#9/48.4228/7.7124

BERG02-2, BERG157-2, BERG157-7, BORS-Michelsberg, 4315-3803 BC

https://www.pnas.org/content/early/2020/05/20/1918034117
https://doi.org/10.1073/pnas.1918034117

BERG02-2
mtDNA: W5b

BERG157-2
mtDNA: J1c1b

BERG157-7
mtDNA: U5b1c
Y-DNA: I2a1b

Студија је користила ISOGG19/20, дакле I2a1a2. С Антрогенике: https://anthrogenica.com/showthread.php?20136-Ancient-genomes-from-present-day-France-unveil-7-000-years-of-its-demographic-history/page6

BERG157-7: I2a1-M423>Y3104 (>pre-L161?)


Више него занимљива хаплогрупа палеолитског скелета из комшилука, старог преко 40.000 година:

F6-620; 42260-40860 п.н.е.; Бачо Киро пећина, општина Дријаново, Бугарска; pre-F-Y27277


ниво Y27277: Y27277+ C>T (2T); Y27279+ G>A (1A); Y27293+ G>T (6T); Y27286+ T>A (1A); Y27291+ T>G (1G); F19004+ C>T (2T); FT90012+ G>A (1A); FT278667- T>A (1T); FT90068- A>G (1A)

Остали резултати објављени на Антрогеници: https://anthrogenica.com/showthread.php?20265-Initial-Upper-Palaeolithic-Homo-sapiens-from-Bacho-Kiro-Cave-Bulgaria/page21&s=0e69522fa950b215c50b3d39c04898a0

CC7-335  44840-42880BC IUP Y-DNA: pre-C-M130 mtDNA: N
BB7-240  44180-42450BC IUP Y-DNA: pre-C-M130 mtDNA: N
AA7-738  42260-40860BC IUP Y-DNA: F-M89 mtDNA: M
F6-620  42260-40860BC IUP Y-DNA: pre-F-Y27277 mtDNA: M
BK-1653  32870-32260BC MUP Y-DNA: pre-P-P226 or pre-R mtDNA: U8

CC7-2289 44580-43720BC IUP mtDNA: R (жена)

https://www.yfull.com/tree/F-Y27277/
https://www.yfull.com/tree/C/
https://www.yfull.com/tree/P/

Аутозомалнa удаљеност, састав (при крају): https://eurogenes.blogspot.com/2021/01/the-great-shift.html?commentPage=2
PCA: https://i.ibb.co/SmRNGXS/Bacho-Kiro-PCA.png
Давид објавио коодринате, али није унео у базу (при крају стране): https://eurogenes.blogspot.com/2021/01/a-tantalizing-link.html?commentPage=2

Најмлађи узорак је практично Граветијен по мушкој линији сродан Јани (ANS/Древни Северни Сибирци - претеча ANE/Древних Северних Евроазијата). Очито је P заузимала степе Северне Евроазије од Балкана до Берингије, такорећи "праисторијски R/Q". Данас P има и на Филипинима - Негритоси.

Бачокировцима/Bachokirian (старијим узорцима) су аутозомално најближи AASI (Негритоси). Млађи узорци, почев од белгијског Орињацијена Goyet Q116-1 већ имају хаплогрупу C. На Антрогеници су поменути узорак уношењем целе базе моделирали као Континенца+Панија+"цео свет" што значи да је Вахадуо аутоматски предвидео AASI у Панији и без одабира релевантних узорака: https://i.imgur.com/u3qXLb6.png

Значи P1 доноси источноевроазијску аутозомалну компоненту у Сибир, а митохаплогрупа U западноевроазијску (Јана P+U, 25% ENA+75% WE). C и F заједно с митохаплогрупама N и M исто доносе источноевроазијску. Једино Буран-Каја прави проблем јер је CT/C+N, при чему је аутозомлно посебно удаљена од Вилабруне, "безбазална" и то 100% западноевроазијска претеча Граветијена C+U.

Од IJK и IJ ни трага ни гласа. Мислим да смо тек загребали испод површине. Недостаје нам много више старих узорака.

Ван мреже Србин

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 159
  • Y-DNA: I2a-Z17855>BY190177
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #563 послато: Фебруар 10, 2021, 11:20:38 поподне »
Извињавам се што пишем двапут, али у међувремену је Прибислав проверио BAM фајлове: https://anthrogenica.com/showthread.php?20265-Initial-Upper-Palaeolithic-Homo-sapiens-from-Bacho-Kiro-Cave-Bulgaria&s=b08cec18a9e25887a25479b3592bb25a&p=746662&viewfull=1#post746662

Дакле BB7-240 није само pre-C већ је и pre-C1!
« Последња измена: Фебруар 10, 2021, 11:35:04 поподне НиколаВук »

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1376
  • J-Y230579 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #564 послато: Фебруар 23, 2021, 09:01:37 поподне »
Древна ДНК Нубије из хришћанског периода:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.17.431423v1

Master ID (Lab)   Skeletal Code   Y haplogroup in terminal mutation notation    Y haplogroup in ISOGG v15.73 notation   Likely Geographic Origin/Primary Distribution of Haplogroup
I6138*   R101*   E-GG24   E1b1b1b2b3a   Africa
I19140   R123   LT   LT   West Eurasia
I6139   R124   E-V22   E1b1b1a1b2   Africa
I19014   R15   E-V32   E1b1b1a1a1b   Africa
I19143   R150   E-Z1919   E1b1b1a1   Africa
I6340   R169   T-Y31477   T1a1a1a1   West Eurasia
I6252   R181   E-Y125054   E1b1b1a1a1c   Africa
I6327   R196   E-BY7923   E1b1b1a1a1b1a1   Africa
I6328   R201   T-L208   T1a1a   West Eurasia
I19015   R21   E-Y161115   E1b1b1a1a1c   Africa
I19132   R57   E-L1250   E1b1b1a1b2   Africa
I6250   R59   E-BY7923   E1b1b1a1a1b1a1   Africa
I6331*   R93*   E-GG24   E1b1b1b2b3a   Africa
I19138   R96   E-Y125054   E1b1b1a1a1c   Africa
I18508   S115   E-FGC14382   E1b1b1a1a1b1a1   Africa
I17475   S144   J-M92   J2a1a1a2b2a1a   West Eurasia
I6332   S159   E-M41   E2a   Africa
I18612^   S16^   E-Y125054   E1b1b1a1a1c   Africa
I18514   S182   E-Y6730   E1b1b1a1a1c   Africa
I6334   S198   G-L140   G2a2b2a1   West Eurasia
I18520   S217   J-YSC0000234   J1a2a1a2d2b2b2   West Eurasia
I6336   S27   E-Y161113   E1b1b1a1a1c   Africa
I18610^   S29^   E-Y125054   E1b1b1a1a1c   Africa
I6254   S33   R-L295   R2a2b1b2b   West Eurasia
I17481   S45   E-CTS2294   E1b1b1a1a1b1a   Africa
I6255   S50   J-M92   J2a1a1a2b2a1a   West Eurasia
I6325   S73   J-M92   J2a1a1a2b2a1a   West Eurasia
I6337   S79   G-L140   G2a2b2a1   West Eurasia
I6257   S81   J-BY94   J1a2b2b   West Eurasia
I17482   S94b   G-P15   G2a   West Eurasia
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 6654
  • I2-PH908>Y52621>Y189944, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #565 послато: Март 08, 2021, 10:50:56 пре подне »
Недавно је изашао рад у руском часопису "Генетика" који се бави археогенетском анализом скелета са подручја Хазарског каганата, односно из 8-9. века са територије ростовске области. У питању је 57. том, бр. 4 тог часописа, који је изашао ове године и до чијег апстракта се може доћи преко следећег линка:

http://vigg.ru/genetika/

Име чланка је "Y-ГАПЛОГРУППЫ КОСТНЫХ ОСТАНКОВ ИЗ КУРГАННЫХ ПОГРЕБЕНИЙ ХАЗАРСКОГО ВРЕМЕНИ НА ТЕРРИТОРИИ ЮГА РОССИИ". О саставу хаплогрупа се из апстракта може сазнати следеће - три скелета су носиоци R1a хаплогрупе, два су C2b, и по један скелет припада G2a, N1a, Q и R1b хаплогрупи. Рађено је само SNP тестирање, не и NGS тест, а помињу се и маркери.
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже сɣнце

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1172
  • I-A1328
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #566 послато: Март 08, 2021, 01:07:13 поподне »
Недавно је изашао рад у руском часопису "Генетика" који се бави археогенетском анализом скелета са подручја Хазарског каганата, односно из 8-9. века са територије ростовске области. У питању је 57. том, бр. 4 тог часописа, који је изашао ове године и до чијег апстракта се може доћи преко следећег линка:

http://vigg.ru/genetika/

Име чланка је "Y-ГАПЛОГРУППЫ КОСТНЫХ ОСТАНКОВ ИЗ КУРГАННЫХ ПОГРЕБЕНИЙ ХАЗАРСКОГО ВРЕМЕНИ НА ТЕРРИТОРИИ ЮГА РОССИИ". О саставу хаплогрупа се из апстракта може сазнати следеће - три скелета су носиоци R1a хаплогрупе, два су C2b, и по један скелет припада G2a, N1a, Q и R1b хаплогрупи. Рађено је само SNP тестирање, не и NGS тест, а помињу се и маркери.

Најдох у журналу "Генетика" још ове занимљиве чланке:

ГЕНОФОНД НОВГОРОДЦЕВ: МЕЖДУ СЕВЕРОМ И ЮГОМ
Том: 53Номер: 11 Год: 2017 Страницы: 1338-1348
https://www.elibrary.ru/item.asp?id=30561616
Цитат
генофонд новгородцев оказался и не северным, и не южным, а представителем выявленной в работе буферной зоны, охватившей популяции от Псковщины на западе до костромских краев на востоке. Все четыре популяции новгородцев в целом сходны. Различия между ними могут отражать особенности расселения древних славян (вдоль рек), сохранившиеся в генофонде вопреки бурным демографическим событиям более поздних времен. Пятую часть генофонда новгородцев составляют варианты гаплогруппы N3, причем оба основных европейских варианта - условно “финский” N3a4 и условно “прибалтийский” N3a3 - представлены примерно равными частотами. Анализ филогенетической сети N3a3 впервые выявил особый “балто-славянский” кластер STR-гаплотипов (характерный для балтоязычных литовцев, но нехарактерный для финноязычных эстонцев), в который новгородцы не вошли. Это указывает на то, что N3a3, как и N3a4, унаследована новгородцами от финноязычного населения, которое, в свою очередь, впитало мезолитический генофонд Северо-Восточной Европы.

СОХРАНИЛИСЬ ЛИ СЛЕДЫ ФИННО-УГОРСКОГО ВЛИЯНИЯ В ГЕНОФОНДЕ РУССКОГО НАСЕЛЕНИЯ ЯРОСЛАВСКОЙ ОБЛАСТИ? СВИДЕТЕЛЬСТВА Y-ХРОМОСОМЫ
Том: 53Номер: 3 Год: 2017 Страницы: 378-389
https://www.elibrary.ru/item.asp?id=28917701
Цитат
Верхнее Поволжье в VIII–X вв. являлось зоной контактов населения, говорившего на финно-угорских, славянских и скандинавских языках. Однако неизвестен вклад этих групп населения в генофонд современной русской популяции Верхнего Поволжья. Для ответа на этот вопрос по широкой панели STR и SNP маркеров Y-хромосомы изучены четыре популяции Ярославской области (N = 132 человека). Две из них оказались генетически схожи: в сборной выборке коренного русского населения Ярославской области и этнографической группе кацкарей мажорной гаплогруппой выступает R-M198(хМ458). Более половины генофонда третьей популяции – этнографической группы сицкарей – составляет гаплогруппа R-M458. В генофонде четвертой популяции – потомков населения г. Молога – мажорной гаплогруппой является N-M178. Субтипирование N-M178 выявило различные пути проникновения этой гаплогруппы в генофонды популяций Ярославского Поволжья: в большинстве русских популяций преобладает субвариант N3a3-CTS10760, в сборной выборке Ярославской области в равной степени представлены субварианты N3a3-CTS10760 и N3a4-Z1936, а в генофонде мологжан доминирует субвариант N3a4-Z1936, характерный для населения севера Восточной Европы и Волго-Уральского региона. Совокупность полученных результатов может указывать на сохранение финно-угорского пласта в генофонде мологжан, на значительный вклад славянской колонизации в формирование генофонда населения Ярославского Поволжья и позволяет выдвинуть гипотезу о большем генетическом вкладе низовой (Ростово-Суздальской), а не верховой (Новгородской) волны славянской экспансии.


ГЕНОФОНД ЮГО-ЗАПАДНЫХ БАШКИР ПО МАРКЕРАМ Y-ХРОМОСОМЫ: ОПЫТ МЕЖДИСЦИПЛИНАРНОГО АНАЛИЗА
Том: 54Номер: 13 Год: 2018 Страницы: 95-98
https://www.elibrary.ru/item.asp?id=36465090
Цитат
Междисциплинарное исследование связи родовой структуры и полиморфизма Y-хромосомы юго-западных башкир, проведенное по 64 SNP-маркерам, выявило в генофонде кланового объединения мин (N = 68) 14 Y-гаплогрупп. Наиболее частыми оказались субварианты “североевразийской” гаплогруппы N3a, охватившие треть генофонда минцев (34%). На втором по частоте месте – “паневразийские” гаплогруппы R1a и R1b (26%), распространенные у северной части минцев. “Центральноазиатская” гаплогруппа С2* обнаружена с той же невысокой частотой (16%), что и “переднеазиатские” варианты гаплогрупп J, G, E. Впервые сделан вывод, что генофонд юго-западных башкир (минцев) сформировался на преобладающей основе коренного дотюркского населения региона. “Центральноазиатский” пласт генофонда минцев оказался минорным, но именно его носители могли играть структурообразующую роль в клановом объединении мин.

ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ПОПУЛЯЦИЙ ВОЛГО-УРАЛЬСКОГО РЕГИОНА ПО ДАННЫМ ОБ ИЗМЕНЧИВОСТИ Y-ХРОМОСОМЫ
Том: 51Номер: 1 Год: 2015 Страницы: 120
https://www.elibrary.ru/item.asp?id=22681776
Цитат
Проведен анализ генетического разнообразия девяти этнических групп Волго-Уральского региона с использованием 15 диаллельных локусов нерекомбинирующей области Y-хромосомы. Мажорными гаплогруппами Y-хромосомы в регионе являются R1a-M198, R1b-M269 и N-M231. Было установлено, что наиболее сильно от других популяций Волго-Уральского региона отличаются башкиры как по данным Fst, так и по данным анализа главных компонент. Кроме того, был проведен анализ распределения частот гаплогрупп Y-хромосомы в ранее не изученной по мужской линии популяции бесермян, по результатам которого было выявлено преобладание гаплогруппы N-M231 (54.7%), что может свидетельствовать о превалировании финно-угорского компонента в формировании патрилинейной составляющей генофонда бесермянского этноса.
Иако мислимо да управљамо нашими речми, истина је, да речи, попут татарскога лука, дејствују обратно и на највиши ум те моћно мрсе и изврћу мисао; зато у всех споровех и беседех ваља поступати математички - најпрво установити границе речи и израза, да би други знали, како их разумемо.

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1376
  • J-Y230579 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #567 послато: Март 30, 2021, 10:14:19 поподне »
Рад о генетици Скита:
https://advances.sciencemag.org/content/7/13/eabe4414 .
Чекајући .бам фајлове ово је преглед хаплогрупа, 72 узорка:

AIG005.A0101   R1(R-P234,R-M173)
ALN001.A0101   Q1a1a1(Q-M265,Q-M120)
ALN002.A0101   R1a(R-L62,R-M420)
ALN003.A0101   Q1a2a1c(Q-L330)
ALN005.A0101   R1a1a1b2a(R-Z94)
ALN008.A0101   E1b1b1b2a(E-M123)
ALN004.A0101   R1b1a2(R-PF6475,R-M269)
BGD004.A0101   NO(NO-M2313)
BIY006.A0101   CT(CT-M5812,CT-M168)
BIY011.A0101   R1(R-P225,R-M173)
BSB004.A0101   CT(CT-M5715,CT-M168)
CHK004.A0101   J2a(J-L212,J-M410)
HUN001.merged   R1a1a1b (R-Z645)
KRY001.A0101   R1a1a1b2a  (R-Z94)
KKB001.A0101   J2a (J-L212; J-M410)
KKB002.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
KLK002.A0101   C2b1c(C-F1918)
KNT004.A0101   D1b2a  (D-Z17175;  D-CTS220)
KNT005.A0101   L1a2  (L-M357)
KOK001.A0101   Q1b1b1(Q-FGC4872,Q-Y2990)
KNT001.A0101   E1b1b1a1b1a  (E-V13)
KNT003.A0101   J2a1h2  (J-L25)
KBO001.A0101   Q1a2a1(Q-L54)
BDY003.B0101   R1a1a(R-L449,R-M512)
KSH003.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
MMR001.A0101   J(J-CTS852,J-M304)
BRE005.A0101   Q1a2a1c  (Q-L334; Q-L330)
BRE002.A0101   Q1a2a1c  (Q-L330)
CSP001.A0101   Q1a(Q-M1088,Q-L472)
KEN001.A0101   J2a(J-L212,J-M410)
KEN003.A0101   R1a1a1b(R-Z647,R-Z645)
CSP003.A0101   L(L-PF5747,L-M20)
CSP004.A0101   R1a1a(R-M512)
BGD002.A0101   R1a(R-L62,R-M420)
BIY001.A0101   NO(NO-F549,NO-M2313)
BIY002.A0101   Q1a2a(Q-L475,Q-L53)
BIY003.A0101   N1c1(N-L395,N-M46)
BIY005.A0101   F(F-P14,F-M89)
BIY007.A0101   G(G-M3509.1,G-M201)
BIY008.A0101   N1c1a1a(N-L392)
BIY009.A0101   N1c1a1a2(N-CTS10082,N-Z1936)
BIY010.A0101   Q1a(Q-M1155,Q-L472)
BIY012.A0101   CT(CT-M5603,CT-M168)
KOK002.A0101   CF(CF-M3690,CF-P143)
SHD001.A0101   Q1a2a(Q-L53)
SMV001.A0101   N1c1a(N-P298,N-M178)
SMV002.A0101   G(G-M3544,G-M201)
AIG001.A0101   P1(P-P243,P-M45)
AIG002.A0101   R1(R-P238,R-M173)
AIG006.A0101   R1a(R-L63,R-M420)
BSB001.A0101   R1a1a(R-M198,R-M512)
CLK001.A0101   R1a1a1(R-Page7,R-M417)
KBU003.A0101   R1a1a1(R-M417)
SHD002.A0101   BT(BT-M9267,BT-M42)
TAL003.A0101   R1a1a1b2  (R-Z93)
TAL005.A0101   C2b  (C-L1373)
AKB001.A0101   R1a1a1b (R-Z645)
BKT001.A0101   R1a1a1b2a (R-Z94)
ESZ001.A0101   R1a1a1  (R-M417)
KKM001.A0101   R1a1a1b (R-Z645)
KSH001.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
KSH004.A0101   R1a1a1b (R-Z647; R-Z645)
KYZ001.A0101   R1a1a1b2a (R-Z94)
NUR002.A0101   R1a1a1b (R-Z647; R-Z645)
TAL004.A0101   R1a1a1b  (R-Z645)
WAR001.A0101   Q1a2a (Q-L475; Q-L53)
BIR010.A0101   Q1a1(Q-F1215,Q-F1096)
VOR003.A0101   BT(BT-Z12003,BT-M42)
BRE011.A0101   Q1a1b1a  (Q-L713)
BRE004.A0101   Q1a1b1a  (Q-L715; Q-L713)
BRE013.A0101   Q1a2a1c  (Q-L330)
BRE014.A0101   R1a1a1b  (R-Z645)


Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1376
  • J-Y230579 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #568 послато: Април 06, 2021, 01:54:08 пре подне »
Рад о генетици Скита:
https://advances.sciencemag.org/content/7/13/eabe4414 .
Чекајући .бам фајлове ово је преглед хаплогрупа, 72 узорка:

AIG005.A0101   R1(R-P234,R-M173)
ALN001.A0101   Q1a1a1(Q-M265,Q-M120)
ALN002.A0101   R1a(R-L62,R-M420)
ALN003.A0101   Q1a2a1c(Q-L330)
ALN005.A0101   R1a1a1b2a(R-Z94)
ALN008.A0101   E1b1b1b2a(E-M123)
ALN004.A0101   R1b1a2(R-PF6475,R-M269)
BGD004.A0101   NO(NO-M2313)
BIY006.A0101   CT(CT-M5812,CT-M168)
BIY011.A0101   R1(R-P225,R-M173)
BSB004.A0101   CT(CT-M5715,CT-M168)
CHK004.A0101   J2a(J-L212,J-M410)
HUN001.merged   R1a1a1b (R-Z645)
KRY001.A0101   R1a1a1b2a  (R-Z94)
KKB001.A0101   J2a (J-L212; J-M410)
KKB002.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
KLK002.A0101   C2b1c(C-F1918)
KNT004.A0101   D1b2a  (D-Z17175;  D-CTS220)
KNT005.A0101   L1a2  (L-M357)
KOK001.A0101   Q1b1b1(Q-FGC4872,Q-Y2990)
KNT001.A0101   E1b1b1a1b1a  (E-V13)
KNT003.A0101   J2a1h2  (J-L25)
KBO001.A0101   Q1a2a1(Q-L54)
BDY003.B0101   R1a1a(R-L449,R-M512)
KSH003.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
MMR001.A0101   J(J-CTS852,J-M304)
BRE005.A0101   Q1a2a1c  (Q-L334; Q-L330)
BRE002.A0101   Q1a2a1c  (Q-L330)
CSP001.A0101   Q1a(Q-M1088,Q-L472)
KEN001.A0101   J2a(J-L212,J-M410)
KEN003.A0101   R1a1a1b(R-Z647,R-Z645)
CSP003.A0101   L(L-PF5747,L-M20)
CSP004.A0101   R1a1a(R-M512)
BGD002.A0101   R1a(R-L62,R-M420)
BIY001.A0101   NO(NO-F549,NO-M2313)
BIY002.A0101   Q1a2a(Q-L475,Q-L53)
BIY003.A0101   N1c1(N-L395,N-M46)
BIY005.A0101   F(F-P14,F-M89)
BIY007.A0101   G(G-M3509.1,G-M201)
BIY008.A0101   N1c1a1a(N-L392)
BIY009.A0101   N1c1a1a2(N-CTS10082,N-Z1936)
BIY010.A0101   Q1a(Q-M1155,Q-L472)
BIY012.A0101   CT(CT-M5603,CT-M168)
KOK002.A0101   CF(CF-M3690,CF-P143)
SHD001.A0101   Q1a2a(Q-L53)
SMV001.A0101   N1c1a(N-P298,N-M178)
SMV002.A0101   G(G-M3544,G-M201)
AIG001.A0101   P1(P-P243,P-M45)
AIG002.A0101   R1(R-P238,R-M173)
AIG006.A0101   R1a(R-L63,R-M420)
BSB001.A0101   R1a1a(R-M198,R-M512)
CLK001.A0101   R1a1a1(R-Page7,R-M417)
KBU003.A0101   R1a1a1(R-M417)
SHD002.A0101   BT(BT-M9267,BT-M42)
TAL003.A0101   R1a1a1b2  (R-Z93)
TAL005.A0101   C2b  (C-L1373)
AKB001.A0101   R1a1a1b (R-Z645)
BKT001.A0101   R1a1a1b2a (R-Z94)
ESZ001.A0101   R1a1a1  (R-M417)
KKM001.A0101   R1a1a1b (R-Z645)
KSH001.A0101   R1a1a1b2 (R-Z93)
KSH004.A0101   R1a1a1b (R-Z647; R-Z645)
KYZ001.A0101   R1a1a1b2a (R-Z94)
NUR002.A0101   R1a1a1b (R-Z647; R-Z645)
TAL004.A0101   R1a1a1b  (R-Z645)
WAR001.A0101   Q1a2a (Q-L475; Q-L53)
BIR010.A0101   Q1a1(Q-F1215,Q-F1096)
VOR003.A0101   BT(BT-Z12003,BT-M42)
BRE011.A0101   Q1a1b1a  (Q-L713)
BRE004.A0101   Q1a1b1a  (Q-L715; Q-L713)
BRE013.A0101   Q1a2a1c  (Q-L330)
BRE014.A0101   R1a1a1b  (R-Z645)

Започео сам анализу сирових података за J узорке. Како су у fasta формату требаће ми доста времена док их испребацујем у .bam фајлове.
Узорак којег сам почео првог обрађивати је KKB001.A0101, за сада сам утврдио да је J2a-L26 (xL24, xL25, xPF5116).
« Последња измена: Април 06, 2021, 02:00:11 пре подне Radul »
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Србин

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 159
  • Y-DNA: I2a-Z17855>BY190177
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #569 послато: Април 08, 2021, 07:51:40 поподне »
Ако већ нисте видели, Давид је објавио интересантан део текста везан за већ познате узорке из бугарске пећине Бачо Киро, у питању је нови рад: https://eurogenes.blogspot.com/2021/04/the-bacho-kiro-surprise-hajdinjak-et-al.html

Хајдињак сад тврди да GoyetQ116-1 није мешавина Тианјуана већ нечег што је допринело и једном и другом. Такође помиње да су узорци из Монголије резултат миграције тих раних Европљана у Азију, али да је поменута генетика ишчезла у западној Евроазији судећи по каснијим европским узорцима који су били ближи савременим Европљанима него савременим азијским популацијама.

Такође је објављен рад Прифера ет ал. о занимљивом узорку старом преко 45000 година са чешког локалитета у склопу пећинског система Koněprusy (Коњепруси): https://www.nature.com/articles/s41559-021-01443-x

Узорак је назван Zlatý kůň (Злати Куњ=Златни Коњ) по брду изнад пећина. У питању су остаци особе женског пола па је осим аутозомалног обављен још само мтДНК тест. Аутозомално је базална у односу на Уст-Ишим, што значи да се одвојила пре поделе Крунских Евроазијата на Западне и Источне. Припадала је мтДНК хаплогрупи N.

Уст ишим је ближи осталим Евроазијатима него Oase1, међутим због лошег узорка претходно поменутог није било могуће утврдити везу између популација поменутог чешког и румунског локалитета.

Ван мреже Србин

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 159
  • Y-DNA: I2a-Z17855>BY190177
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #570 послато: Април 08, 2021, 08:51:24 поподне »
Истекло време за исправку.

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03335-3

Цитат
On the basis of the numbers of putatively deaminated fragments aligning to the X chromosome and the autosomes21 (Supplementary Information 4), we conclude that specimens F6-620, AA7-738, BB7-240 and CC7-335 belonged to males, whereas BK1653 and CC7-2289 belonged to females, although the low amount of data makes this conclusion tentative for CC7-2289 (Extended Data Fig. 2a).

У Хајдињаковом раду је наведено да је узорак BK1653 женског пола.

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2268
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #571 послато: Април 22, 2021, 08:34:10 пре подне »
Нови рад древне ДНК. Тестирани су остаци из крипте манастирске цркве у граду Riesa( раније словенско Riezowe) недалеко од Дрездена, из период 17-19. вијека.

Циљ рада је било идентификација и откривање генетичких родбинских веза између сахрањених појединаца. Y хромозомално су профилисане три племићке породице из тог подручја:
Hanisch/von Odeleben
von Welck
Felgenhauer

Занимљиво је да су Hanisch/von Odeleben и von Welck словенског поријекла. Hanisch припадају хаплогрупи R1a-Y2613, а von Welck хаплогрупи R1a-Y2902>Y3219. Фелгенхауере нисам детаљније провјеравао, чини ми се да су R1b. Цијело то подручје и у топонимији и у антропонимији обилује словенским ријечима, па ови резултати и не чуде.

Ово су STR профили тестираних:



https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33872864/

За Hanischa нисам пронашао неких ближих поклапања код нас, иако је на 23 маркера незахвално говорити о везама. von Welck-овима је од наших најближи један необјављени Херцеговац.

Детаљније о von Welck-овима
https://de.zxc.wiki/wiki/Welck_(Adelsgeschlecht)

Тестирани су конкретно остаци овог појединца
https://de.zxc.wiki/wiki/Curt_Robert_von_Welck

« Последња измена: Април 22, 2021, 08:36:43 пре подне drajver »

Ван мреже Христифор

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 71
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #572 послато: Април 29, 2021, 12:50:57 поподне »
Уочљив је мањак материјала везаних за Србију почевши од раног до касног средњег века. Чак и у Босни раде днк анализе скелета испод стећака.

Ван мреже Владимир Бојановић

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 584
  • I2>PH908>Y52621>FT190799, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #573 послато: Мај 03, 2021, 09:22:26 поподне »
Данас сам приметио доста велики број археогенетских резултата у I2-L161(сестринска хг нашој L621)>L1498: https://www.yfull.com/tree/I-L1498/. Најновије обраде се тичу Y12993 подгране: https://www.yfull.com/tree/I-Y12993/ , тј. неких налаза на Оркнијским острвима: https://sr.wikipedia.org/sr-ec/%D0%9E%D1%80%D0%BA%D0%BD%D0%B8%D1%98%D1%81%D0%BA%D0%B0_%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%80%D0%B2%D0%B0

Интересантан је њихов TMRCA од 6500 година (који се иначе поклапа са проценом за L621). Да ли је неко упућен о којим неолитским налазиштима је реч, укључујући и оне у Ирској, где су обрађени узорци из нешто старијих подграна?
« Последња измена: Мај 03, 2021, 09:30:44 поподне Владимир Бојановић »

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2268
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #574 послато: Мај 03, 2021, 09:35:38 поподне »
Данас сам приметио доста велики број археогенетских резултата у I2-L161(сестринска хг нашој L621)>L1498: https://www.yfull.com/tree/I-L1498/. Најновије обраде се тичу Y12993 подгране: https://www.yfull.com/tree/I-Y12993/ , тј. неких налаза на Оркнијским острвима: https://sr.wikipedia.org/sr-ec/%D0%9E%D1%80%D0%BA%D0%BD%D0%B8%D1%98%D1%81%D0%BA%D0%B0_%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%80%D0%B2%D0%B0

Интересантан је њихов TMRCA од 6500 година (који се иначе поклапа са проценом за L621). Да ли је неко упућен о којим неолитским налазиштима је реч, укључујући и оне у Ирској, где су обрађени узорци из нешто старијих подграна?

Требали би бити одавде https://reich.hms.harvard.edu/ancient-genome-diversity-project

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2268
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #575 послато: Мај 13, 2021, 08:53:37 пре подне »
Објављено је геномско истраживање Бронзаног доба на тлу Италије. Не знам да ли су се ови узорци раније помињали у препринту, али колико видим обрађено је неких 22 генома од чега 13 мушких, а и од тих успјели су извући Y-днк за 11, углавном G2a, R1b, J2a, I2-M223 и I2-M26

https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(21)00535-2?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0960982221005352%3Fshowall%3Dtrue

Ван мреже CosicZ

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 291
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #576 послато: Јун 05, 2021, 03:39:46 пре подне »
Нови рад о Скитима, од бронзаног преко гвозденог доба па све до черњаховске културе (3-4. век н.е.). Тестирано је пет временски и територијално различитих популација Скита:

https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(19)30712-2

Што се тиче Y-ДНК, издвојене су следеће хаплогрупе:

https://www.cell.com/cms/10.1016/j.cub.2019.06.019/attachment/d57f7395-4faf-4f6c-8d38-7d30448193d8/mmc1

Занимљиво је присуство скандинавске R1a-Z284>S4458>S5301 (у раду означена као R1a1e-CTS1123) међу јужноуралским Скитима. R1a (више грана, међу којима и Z93) је свакако најбројнија, јавља се и Q1-L332, E1b-M84, J1-P58 и J2a.
Из овог рада "Shifts in the Genetic Landscape of the Western Eurasian Steppe Associated with the Beginning and End of the Scythian Dominance"
Цитат
The Chernyakhiv culture was likely an ethnically heterogeneous mix based on Goths (Germanic tribes) but also including Sarmatians, Alans, Slavs, late Scythians, Dacians and the antique population of the northern coast of the Black Sea [24, 25, 26, 27].

https://els-jbs-prod-cdn.jbs.elsevierhealth.com/cms/attachment/9b6af6d8-23e4-48d0-94a6-84abddce83d1/gr2.jpg
https://marlin-prod.literatumonline.com/cms/attachment/9b6af6d8-23e4-48d0-94a6-84abddce83d1/gr2.jpg


такође и на https://indo-european.eu/2019/05/dinaric-i2a-and-the-expansion-of-common-slavs-from-east-central-europe/
https://indo-european.eu/wp-content/uploads/2019/05/chernyakhov-goths-uralic-clines.png?x59466

Ван мреже Прерад

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 102
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #577 послато: Јун 11, 2021, 06:00:18 поподне »
Када се може очекивати званична објава резултата из Виминацијума? Прошле године се је нешто расправљало о томе али никако да видимо коначни исход истраживања.

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2268
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #578 послато: Јул 06, 2021, 08:51:33 пре подне »
Ових дана је објављен нови археогенетички рад. Не знам да ли је раније објављиван у препринту и да ли су већ били познати резултати. У сваком случају ради се о налазишту Културе лоптастих амфора (Globular Amphora culture) или скраћено GAC, из периода 3000-2500 г.пне из мјеста Kierzkowo у централној Пољској.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34208224/



Y-DNK је извучен за три узорка и сви припадају  хаплогрупи I2, при чему неки још специфичније подгранама I2-M223, односно I2-М223>L801

Узорак3.4 I2-FGC3552
Узорак7.6 I2-CTS8444
Узорак8.5 I2-FGC3587

Овакви резултати су у сагласности и са ранијим резултатима археогенетичких студија ове културе, гдје такође доминира I2-M223, па и I2-М223>L801. Могло би се на основу тих неколико студија претпоставити да је то била најтипичнија хаплогрупа ове популације.

О овој култури се раније говорило као раној индоевропској или у крајњем случају индоевропеизованој, међутим генетичке студије указују да се ради о својеврсном острву неиндоевропског становништва усред индоевропске Corded Ware културе. Има мишљења, а на основу неких пронађених гробница, да је овај сусрет придошлих Индоверопљана и неолитског становништва био насилан. У једну руку, и слаба данашња присутност I2-M223 на тим просотрима, вјероватно иде у прилог таквој претпоставци.

У раду је урађена и фенотипска генетичка анализа и углавном се ради о свијетлој пути, свијетлој коси и плавим очима.

Занимљиво је да се ова култура у енеолиту простирала на подручјима на којима ће много касније почети процеси словенске етногенезе, али међу припадницима ове културе досад није пронађена словенска I2-L621 нити њени деривати. Ово такође иде у прилог тези о каснијем доласку I2-L621 на просторе источне Европе.
« Последња измена: Јул 06, 2021, 08:54:41 пре подне drajver »