Аутор Тема: Методи за рачунање брзине мутације СТР-ова  (Прочитано 4198 пута)

Ван мреже Селаковић

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2168
  • I2>Z17855>FT173833
Методи за рачунање брзине мутације СТР-ова
« послато: Септембар 21, 2016, 01:13:11 поподне »
Прегледах мало у радовима експерименталне поступке за одређивање брзине мутирања конкретних СТР-ова или СТР-ова у глобалу у просеку. Инспирисало ме је пре свега оно што је Ђорђе писао јуче, а тиче се одређивања најскоријег заједничког претка Н1а, где је добијен резултат од око 475 година старости гране, који је према њему прилично натегнут за потомке Руђа и Бранила.

Синиша је на то рекао да број појединаца на основу којих је ова цифра одређена вероватно мали (само Чорак и Јокић?, који, јасно, могу бити ближи него укупна старост гране), а Милан је после додао да на другим форумима људи сматрају да на ову цифру треба додати 15-20%, тј. да је старост подцењена.

Сада видим један рад где су пратили око 11000 парова дете-родитељ, пратећи вредност на 10 СТР-ова (не само ипсилон хромозом) код родитеља и код детета. Закључак је наравно био да брзина мутације зависи од структуре, али и од броја понављања - дакле различити СТР-ови мутирају различитом брзином (међусобно, брзине мутирања различитих СТР-ова могу се разликовати за неколико редова величине!).  Такође, на истом СТР-у, брзина мутације је у функцији броја понављања основног мотива, тако да није исто када се са 13 понављања мутира на 14, као када се са 14 мутира на 15, на пример. Све ово што сам написао наравно познато је већини овде на форуму и логично је и природно да структура утиче на брзину мутације и то двојако.

Међутим, само желим скренути пажњу на методу. Дакле, није било реч о експериментима који на унутарћелијском нивоу одређују, унутар једног појединца, колико СТР-ови варирају у целокупном корпусу његових полних ћелија од којих ће једну потенцијално пренети детету. Напротив, метода је анализирала већ дате парове родитељ-дете, што ће рећи да је јединична вредност за брзину мутације рецимо једна генерација. И ово је претпостављам познато вероватно већини овде, али мислим да није било нигде написмено дато, због оних који се питају. Дакле, пошто је брзина мутирања израчуната на јединичну вредност једне генерације - јасно је да процена старости неке гране зависи од старости једне генерације. Претпостављам да је вероватноћа да ће дете имати другачију вредност на неком СТР-у од свог родитеља већа уколико је родитељ старији, али мислим да то није узимано у обзир, већ је све упросечено.

Мислим да Ђорђе не треба да брине. Код мене на стаблу има не мало број људи, од којих су неки и даље у живом сећању, који су потомство имали у својим педесетим и шездесетим годинама. Довољно је пар таквих догађаја да поремете процену старости гране. Има ли данас толико таквих родитеља, када се на паровима родитељ-дете одређује брзина мутације? Не знам да ли је то узрок додавања 15-20% на процењену старост, или је пре производ оних пар редова величине различитих брзина мутације различитих СТР? Да ли је и 111 маркера мало за поуздана предвиђања, узмемо ли у обзир несавршеност добијених коефицијената мутације?

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 6646
  • I2-PH908>Y52621>Y189944, род Никшића
Одг: Методи за рачунање брзине мутације СТР-ова
« Одговор #1 послато: Септембар 21, 2016, 03:16:19 поподне »
Претпостављам да је вероватноћа да ће дете имати другачију вредност на неком СТР-у од свог родитеља већа уколико је родитељ старији, али мислим да то није узимано у обзир, већ је све упросечено.

Мислим да Ђорђе не треба да брине. Код мене на стаблу има не мало број људи, од којих су неки и даље у живом сећању, који су потомство имали у својим педесетим и шездесетим годинама. Довољно је пар таквих догађаја да поремете процену старости гране. Има ли данас толико таквих родитеља, када се на паровима родитељ-дете одређује брзина мутације? Не знам да ли је то узрок додавања 15-20% на процењену старост, или је пре производ оних пар редова величине различитих брзина мутације различитих СТР? Да ли је и 111 маркера мало за поуздана предвиђања, узмемо ли у обзир несавршеност добијених коефицијената мутације?

Имам ја пример што се тиче добијања деце у позним годинама, код мојих предака. Мој наврдеда је рођен 1817. а мог чукундеду је добио са 44 године, 1861. Мој чукундеда је прадеду добио кад је имао 44 године, 1905., значи исто као кад је његов отац добио њега!  :) Невероватна случајност. Такође је невероватна случајност да су и наврдеда и чукундеда умрли са 80 година, наврдеда 1897. а чукундеда 1941. Ову "традицију" је прекинуо мој прадеда, који је мог деду добио са 26 година, 1931.  :) Колико је ово утицало на промену СТР маркера је добро питање.
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Селаковић

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2168
  • I2>Z17855>FT173833
Одг: Методи за рачунање брзине мутације СТР-ова
« Одговор #2 послато: Септембар 21, 2016, 04:08:06 поподне »
Колико је ово утицало на промену СТР маркера је добро питање.

Треба нам одговор молекуларног биолога. Мало сам се помучио на интернету да нађем одговор и нисам нашао. Све мушкарчеве зреле полне ћелије настају из примарних полних ћелија - сперматогонијума. Сперматогонијуме имамо већ на рођењу. Ако се они у току живота умножавају у нове сперматогонијуме, онда ће ти новији имати мутације и што су новији имаће више и више мутација и касније у животу рођена деца имаће већу вероватноћу за мутираним СТР-овима. Нашао сам један извор на интернету који каже да се сперматогонијуми умножавају.

Међутим, такође сам нашао и извор који каже да су сперматогонијуми које имамо на рођењу једини, за цео живот. И онда иде један по један или неколико по неколико, сваки дан, диференцирају се и дају зреле полне ћелије. Ово би значило да је вероватноћа за мутацијама иста у било ком животном добу да мушкарац добије дете.

Молим неки стручњак да нам се јави  :)

Ван мреже Đorđo

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 772
  • shí shì qiú shì
Одг: Методи за рачунање брзине мутације СТР-ова
« Одговор #3 послато: Септембар 22, 2016, 06:37:04 поподне »
Питање је да ли је икада на неки начин практично проверена тачност метода прорачуна до заједничког претка или му се само верује на "часну пионирску"

Ван мреже Đorđo

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 772
  • shí shì qiú shì
Одг: Методи за рачунање брзине мутације СТР-ова
« Одговор #4 послато: Децембар 26, 2016, 12:19:29 поподне »
Извесно је да главнина старих родова из Пиве и Бањана припада Н1а П189.2. По ТМРЦА прорачунима то све заједно временски не пије воду. Извесно је да сви потичу од једног човека али ТМРЦА прорачуни га смештају у 15. век, што је, да простите, немогуће. Сам летимичан поглед на попис нахије Пива други назив Бања из 1477. показује да је то широко подручје било релативно доста насељено са обзиром на негостопримљиву природу терена. Презиме Кулић које је и данас опстало је документовано као заселак још онда. Кулићи су (по предању) део Слијепчевића тј. једне старе групације Браниловића. Ок. Колико времена пре тога су се раздвојили са Руђићима. Па колико пре тога још са старим Бањанима. Да ли то може да се смести у 15. век? Никако. У 14.? тешко. У 13? Можда некако. Сви потичу од једног човека чији се пород множио и временом диференцираои који је у прво време највероватније сточарио на потезу Пива - Бањани. ТМРЦА прорачун дебело шкрипи. Појавиће се ош примера који ће да потврде ово што ја пишем, сигуран сам у то. Мало је овај пример специфичан па се јасно види да нешто није како треба код ТМРЦА

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 6646
  • I2-PH908>Y52621>Y189944, род Никшића
Одг: Методи за рачунање брзине мутације СТР-ова
« Одговор #5 послато: Децембар 28, 2016, 04:48:37 поподне »
Извесно је да главнина старих родова из Пиве и Бањана припада Н1а П189.2. По ТМРЦА прорачунима то све заједно временски не пије воду. Извесно је да сви потичу од једног човека али ТМРЦА прорачуни га смештају у 15. век, што је, да простите, немогуће. Сам летимичан поглед на попис нахије Пива други назив Бања из 1477. показује да је то широко подручје било релативно доста насељено са обзиром на негостопримљиву природу терена. Презиме Кулић које је и данас опстало је документовано као заселак још онда. Кулићи су (по предању) део Слијепчевића тј. једне старе групације Браниловића. Ок. Колико времена пре тога су се раздвојили са Руђићима. Па колико пре тога још са старим Бањанима. Да ли то може да се смести у 15. век? Никако. У 14.? тешко. У 13? Можда некако. Сви потичу од једног човека чији се пород множио и временом диференцираои који је у прво време највероватније сточарио на потезу Пива - Бањани. ТМРЦА прорачун дебело шкрипи. Појавиће се ош примера који ће да потврде ово што ја пишем, сигуран сам у то. Мало је овај пример специфичан па се јасно види да нешто није како треба код ТМРЦА

Ово је врло добар аргумент. Ако је садашњи начин рачунања TMRCA непоуздан, и ако ми немамо поуздану хронологију, онда сва прича о кретањима хаплогрупа и њихових подграна кроз историју пада у воду. Навешћу пример из археологије - док није дошло до C-14 револуције у датовању 50-тих и 60-тих година 20. века, целокупна хронологија праисторијских култура је рађена преко аналогија археолошког материјала. Тако је нпр. винчанска култура на основу одређених аналогија у керамичком материјалу датована као непосредни претходник Троје, тј. око 2000-1500 година п.н.е. (за Троју се знало на основу писаних извора (староегипатских, хетитских, асирских) знало да је доживела пропаст око 1200. године п.н.е.). C-14 метод је показао да се Винча може датовати само у период од 4000. до 3000. године п.н.е, док се методом C-14 калибрисаним уз помоћ дендрохронологије дошло до најпоузданијег датовања - 5200-4200 година п.н.е. Као што се види, то су огромни распони, по 1000 и више година. Ако би TMRCA прорачун "боловао" од сличних "бољки", онда би то био велики хронолошки проблем, и не би могли поуздано да изводимо када је одређена подграна одређеног хаплотипа настала, и на ком простору. Пошто је тај прорачун математичарски посао, мислим да би Невски могао нешто више да нам каже о (не)поузданости тог метода.
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Be like Bill

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 726
Одг: Методи за рачунање брзине мутације СТР-ова
« Одговор #6 послато: Јануар 10, 2017, 10:54:44 пре подне »
Ne znam da li je ovo odgovarajuće mesto da postavim sledeći rad:"An unusual occurrence of repeated single allele variation on Y-STR locus DYS458"

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2090536X1500043X

U pitanju je zanimljiv rad koji se bavi varijacijama u broju ponavljanja na jednom markeru između roditelja i dece. Rad ima malo mračnu pozadinu. Pre par godina desilo se silovanje jedne indijske studentice u prevozu. Za zločin je okrivljeno šestero braće. Kad je urađena genetska analiza ispostavilo se da imaju identičan haplotip sem na markeru DYS458. Otac, najstariji brat i drugi i četvrti po starosti imali su vrednost 18, treći brat je imao vrednost 17, a peti i šesti 19. To je prilična varijansa na jednom ne toliko brzom markeru, ali izgleda da geni nekad jednostavno "polude"

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5012
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Методи за рачунање брзине мутације СТР-ова
« Одговор #7 послато: Јануар 10, 2017, 11:11:31 пре подне »
Ne znam da li je ovo odgovarajuće mesto da postavim sledeći rad:"An unusual occurrence of repeated single allele variation on Y-STR locus DYS458"

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2090536X1500043X

U pitanju je zanimljiv rad koji se bavi varijacijama u broju ponavljanja na jednom markeru između roditelja i dece. Rad ima malo mračnu pozadinu. Pre par godina desilo se silovanje jedne indijske studentice u prevozu. Za zločin je okrivljeno šestero braće. Kad je urađena genetska analiza ispostavilo se da imaju identičan haplotip sem na markeru DYS458. Otac, najstariji brat i drugi i četvrti po starosti imali su vrednost 18, treći brat je imao vrednost 17, a peti i šesti 19. To je prilična varijansa na jednom ne toliko brzom markeru, ali izgleda da geni nekad jednostavno "polude"

Рекао бих да је DYS458 прилично брз маркер.

http://www.rogersdna.com/geddna/mutate.php