Древна ДНК

[Be like Bill]

Continuity and admixture in the last five millennia of Levantine history from ancient Canaanite and present-day Lebanese genome sequences

http://biorxiv.org/content/early/2017/05/26/142448

Тестирано пет бронзанодопских (~1700 п.н.е.) скелета из Сидона, од тога су два мушка Ј1-P58 и Ј2b-М102.

Izgleda da su stigli SNP rezultati za ovaj rad. Jedan je u svakom slučaju M205 PF7314

https://genetiker.wordpress.com/2017/06/01/y-snp-calls-from-ancient-egypt/

[Небојша]

Izgleda da su stigli SNP rezultati za ovaj rad. Jedan je u svakom slučaju M205 PF7314

https://genetiker.wordpress.com/2017/06/01/y-snp-calls-from-ancient-egypt/

Хвала, радоне. Потврда!

[Црна Гуја]

Izgleda da su stigli SNP rezultati za ovaj rad. Jedan je u svakom slučaju M205 PF7314

https://genetiker.wordpress.com/2017/06/01/y-snp-calls-from-ancient-egypt/

Ови резултати се односе на други рад од пре неки дан у коме су тестиране египатске мумије. Дакле, још нема дефинитивне потврде за Сидонца, али добили смо новог древног Ј2б1-М205 из Египта.

[Небојша]

Ови резултати се односе на други рад од пре неки дан у коме су тестиране египатске мумије. Дакле, још нема дефинитивне потврде за Сидонца, али добили смо новог древног Ј2б1-М205 из Египта.

<a href="https://www.youtube.com/v/ZEeUitEhonQ" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/ZEeUitEhonQ</a>

Значи, мумија J2b1-M205. Качио сам баш пре неки дан овај J налаз.

И било ми је чудно ово кад је радон окачио:
Below are Y-SNP calls for JK2911, a sample from Pre-Ptolemaic Egypt. Positive calls are in bold, and negative calls are in non-bold
https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-jk2911/

[симо]

Izgleda da su stigli SNP rezultati za ovaj rad. Jedan je u svakom slučaju M205 PF7314

https://genetiker.wordpress.com/2017/06/01/y-snp-calls-from-ancient-egypt/

Занимљиво. Тај период историје старог Египта, колико сам успио да видим, карактерише појачан грчки утицај (спомињу се и неке грчке колоније у самом Египту). Са друге стране, Египат је у том периоду под Асирцима, касније Персијанцима.

Ако узмемо у обзир виши проценат M205 на Кипру, можда не треба да нас чуди и појава М205 у Египту.

[Небојша]

Сад ова Кингова мапа J-M205 изгледа интересантно:


Наводно највећа концентрација M205 (поред Кипра) постоји у Јордану и јужној Сирији (J. Chiaroni, необјављено истраживање). Видех сад да је један од аутора поменутих радова (Р. Кинг) још 2016. отворио тему на којој има речи и о M205:

Early Bronze Age Levantines: Reflecting a Kura-Araxes Migration from Armenia?
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?7501-Early-Bronze-Age-Levantines-Reflecting-a-Kura-Araxes-Migration-from-Armenia

[Be like Bill]

<a href="https://www.youtube.com/v/ZEeUitEhonQ" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/ZEeUitEhonQ</a>

Значи, мумија J2b1-M205. Качио сам баш пре неки дан овај J налаз.

И било ми је чудно ово кад је радон окачио:
Below are Y-SNP calls for JK2911, a sample from Pre-Ptolemaic Egypt. Positive calls are in bold, and negative calls are in non-bold
https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-jk2911/

Izvinjavamo se, mnogo se izvinjavamo
Meni je bilo važno da prenesem dobre vesti, a koji je rad u pitanju je bilo manje bitno

Da li se zna možda kad bi mogao biti objavljen ovaj Kingov rad? Ova karta je zaista zanimljiva

[Небојша]

Izvinjavamo se, mnogo se izvinjavamo
Meni je bilo važno da prenesem dobre vesti, a koji je rad u pitanju je bilo manje bitno

Da li se zna možda kad bi mogao biti objavljen ovaj Kingov rad? Ova karta je zaista zanimljiva

Хвала ти још једном, радоне. Мапа је из рада који је изашао прошле године: Y-chromosome phylogeographic analysis of the Greek-Cypriot population reveals elements consistent with Neolithic and Bronze Age settlements
https://investigativegenetics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13323-016-0032-8

Овај рад о Сирији тек треба да изађе, или сам ја бар тако схватио. Можда су у питању неки старији резултати, који не смеју бити објављени и сл.

Ево те реченице:
"Both genetic data from the literature and Syria (Chiaroni J, unpublished results) show a frequency peak of J2b-M205 in the Southern Levant in which the frequency decreases northwards with latitude (Pearson’s R 2 = 0.282, p value = 0.011)."

Оно што јесте интересантно, јесте да се J2b1 за сада јавља уз J1 на истоку. Питам се да ли су се и наши J2b-M205 и J1-PF7263 могли кретати заједно?

Обе групације су бројне на простору Крајине, где се "преплићу" (Јањатовићи, па затим Тинтори који су "требали бити" ваши, итд.). Ви имате македонског Грка, ми анадолског Грка.

Једино се у старој Херцеговини распоред коси. Вас за сада нема у Потарју и Полимљу, али може се и то променити (постоје назнаке да вас има у Полимљу). Нас нема превише у источној Херцеговини, али нас има у западној Херцеговини у слабом проценту.

Наравно, из овог угла звучи као научна фантастика да су се две групе толико дуго заједно кретале, али с обзиром да су специфичне хг у питању, ко зна.

[Be like Bill]

Хвала ти још једном, радоне. Мапа је из рада који је изашао прошле године: Y-chromosome phylogeographic analysis of the Greek-Cypriot population reveals elements consistent with Neolithic and Bronze Age settlements
https://investigativegenetics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13323-016-0032-8

Овај рад о Сирији тек треба да изађе, или сам ја бар тако схватио. Можда су у питању неки старији резултати, који не смеју бити објављени и сл.

Ево те реченице:
"Both genetic data from the literature and Syria (Chiaroni J, unpublished results) show a frequency peak of J2b-M205 in the Southern Levant in which the frequency decreases northwards with latitude (Pearson’s R 2 = 0.282, p value = 0.011)."

Оно што јесте интересантно, јесте да се J2b1 за сада јавља уз J1 на истоку. Питам се да ли су се и наши J2b-M205 и J1-PF7263 могли кретати заједно?

Обе групације су бројне на простору Крајине, где се "преплићу" (Јањатовићи, па затим Тинтори који су "требали бити" ваши, итд.). Ви имате македонског Грка, ми анадолског Грка.

Једино се у старој Херцеговини распоред коси. Вас за сада нема у Потарју и Полимљу, али може се и то променити (постоје назнаке да вас има у Полимљу). Нас нема превише у источној Херцеговини, али нас има у западној Херцеговини у слабом проценту.

Наравно, из овог угла звучи као научна фантастика да су се две групе толико дуго заједно кретале, али с обзиром да су специфичне хг у питању, ко зна.

Ovo je nešto što je i meni ponekad padalo na pamet. Već nabrojanim "bliskim susretima" mislim da možemo dodati i istok Srbije, područje Stare planine pošto i tamo postoje neki M205 haplotipovi, a i sa bugarske strane planine postoje neki J1 PF7263 haplotipovi, dva iz anonimnog istraživanja i Kulenski testiran na FT DNA
Gledajući razmeštaj, čini mi se, ako pretpostavimo da su mesta u kojima danas žive naši rođaci ona u kojima su živeli i na početku srednjeg veka, što jeste malo nategnuto, da su bili postavljeni na kako bi se reklo "strateškim položajima", na prometnicama koje su bile važne u antici i ranom srednjem veku. Kroz Diluntum (Stolac) je prolazio važan put Narona- Scardona, Kroz Pljevlja je prolazio put iz Panonije ka moru, starobalkanski rođaci su bili blizu Moravsko- Vardarske doline koja isto ima strateško značenje za politički status na Balkanu. Čak i Q1b L275 Bratonožići bi mogli biti potomstvo kakve grupe određene da čuva put prema Diokleji i Skadru.

Meni je zanimljivo da slika J2b M205 odudara od one karakteristične za ostale J2 haplotipove. Koliko se sećam onog rada o razmeštaju haplogrupa, J2 haplogrupe više dominiraju u priobalnom kraju sa više padavina pogodnima za agrokulturu. sa druge strane raspored J2b M205 je bliži rasporedu J1 haplotipova koji su karakterističniji za unutrašnjost Bliskog istoka i čiji broj raste kako se ide od mora prema obali. Pitam se da li se i njima ekonomija zasnivala na stočarstvu ili možda na rudarstvu pošto je za taj kraj karakteristična i dosta stara tradicija rudarenja. Jedna od karakteristika unutrašnjosti jeste i tribalizam i relativno homogena unutrašnja organizacija sa verovatno manjim prilivom stranaca u odnosu na priobalne teritorije. To bi verovatno dovelo i do čvrstih plemenski organizovanih plemena sa tradicijom ratovanja što je isto bilo zahvalno da ih Rimljani mobiliziraju i prebace na mesto gde je bilo dosta nemirnih urođenika, a gde treba da se radi neki posao oko čuvanja puteva i proizvodnju dobara.

Za ova spajanja rodova na prostoru Balkana mislim da su najzaslužnije srednjovekovne migracije pošto smo bili u istom biznisu i imali slične karakteristike. pošto smo mi čuvali zapadne kapije Zahumlja nije bilo potrebe za Kričima na tom prostoru i obrnuto. Tamo gde su bili Kriči moglo se mirno putovati i nije bilo potrebe za angažovanjem Vlahovića
kao stari mafijaši podelili smo prostore  (a i mafija je mediteranska tvorevina puna J2 i J1 haplotipova)

[Небојша]

Сад видех неки податак из 2004., да је наводно пронађен днк феничанског краља из Сидона (Tabnit sarcophagus). Хаплогрупа J2.

Ово је занимљиво с обзиром на последње резултате старе днк из тог краја. И у оној студији где су обрађене области које су биле под јаким грчко-феничански утицајем, има прилично ове хаплогрупе (J2-M172).

Морам да пронађем тај извор, како би потврдили причу.

[шкрњо]

Доступна је древна ДНК из касноантичке (100-400) и средњовјековне (900-1200) Пољске: http://www.anthrogenica.com/showthread.php?6522-Early-Medieval-aDNA-from-Poland-coming-soon&p=251005&viewfull=1#post251005
Проблем је у томе што су доступни само "сирови" подаци, и тренутно ни један од узорака није обрађен... ко зна, нека покуша.

[НиколаВук]

Доступна је древна ДНК из касноантичке (100-400) и средњовјековне (900-1200) Пољске: http://www.anthrogenica.com/showthread.php?6522-Early-Medieval-aDNA-from-Poland-coming-soon&p=251005&viewfull=1#post251005
Проблем је у томе што су доступни само "сирови" подаци, и тренутно ни један од узорака није обрађен... ко зна, нека покуша.

Најзад! Још само да неко протумачи ове сирове податке. 

[шкрњо]

Најзад! Још само да неко протумачи ове сирове податке. 

Изгледа да су се аутори студије завалили у столице и чекају да интернет хоби-генетичари обраде макар дио.

Да подсјетим, до сад су "процурела" (нисам сигуран у тачност овога) три узорка из Ковалевка:
- I1a3a1
- I2a1a1a
- G2

Изгледа да ће резултати бити прилично занимљиви и разнолики, судећи по јасној генетској подвојености тадашње Пољске, макар што се аутозомалне и мтДНК тиче.
Са Polishgenes блога:

Hints of deep genetic substructure in Iron Age Poland:

"The DNA of individuals from two early Roman-Period populations of Linowo and Rogowo was analysed. The distribution of three mutations varied significantly when compared to the modern Polish population. The TAFT analysis suggests that the decreased frequency of SLC11A1 D543N in modern Poles as compared to 2nd century Linowo samples is the result of non-stochastic mechanisms, such as purifying or balancing selection. The disparity in frequency of other mutations is most likely the result of genetic drift, an evolutionary force which is remarkably amplified in low-size groups. Together with the FST analysis, mtDNA haplotypes' distribution and deviation from the Hardy-Weinberg equilibrium, we suggest that the two populations were not interbreeding (despite the close proximity between them), but rather inbreeding, the results of which are particularly pronounced among Rogowo habitants.

Although no sound evidence of population differentiation was found when comparing the samples of Linowo and Rogowo, it is worth noticing that the distribution of mtDNA haplotypes between these two settlements differs remarkably. Apart from the two haplotypes (rCRS and 16126C) that occur in both studied groups, no other pattern of mtDNA SNPs is shared between them. The lack of reflection of these dissimilarities in the FST analysis is probably a result of the low-size group which is more exposed to result bias or low diversity of haplotypes among Rogowo individuals. All of the above allows to draw the theoretical conclusion that although these two settlements date back to the same period and are located within 55 km (or around 160 km along the Vistula River) of one another, they are genetically remote."

[Jelic]

Није ми јасно, како се до сада није појавио нико да обради пристигле податке...

[nikolic]

Vadim Verenich:
 

I sent a link to Vladimir T. from Yfull. He promised to analyse Y-haplogroups by the next Monday.
So far he said that Kow_55 is I1, Kow_22 - G-P303, Kow_57 - G-L30 and Mar_7 - I1, probably I-Y3603.
Kow_45 - I2, I2: Z2631/PF3623+ Z2673/CTS12003/PF3846+,I-M436: L35/S150/PF3862+ S5818/FGC3530+I-L801: S12350/FGC3570+

Аутосомално такође мешавина, има Германа, Словена, Сармата и још понечега.

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?6522-Early-Medieval-aDNA-from-Poland-coming-soon/page70

[Atlantische]

Колико сам успео да видим на Еупедији, један корисник је изнео информацију да је пронађена и I1-Z63.
Што се тиче Y-ДНК из ове студије која је у току, за сада делује као типична староевропска (палеолит + неолит). Што се тиче ових G2a узорака, најреалније ми делује да су у питању потомци енеолитске културе која се пре свега простирала на потезу између северне Немачке, Данске, јужне Норвешке, Шведске, Холандије и западне Пољске, такозване Funnelbeaker culture. Подсетићу да у узорцима из ове културе имамо тестирана 2 G2a2a узорка. Најреалније гране које ми делују да би могле бити пронађене у студији која је у току су пре свега G2a>L497>CTS2230 и евентуално неки нижи снп. Овде сам помињао ту грану. Линк

Funnelbeaker culture

[Црна Гуја]

Докторска дисертација са 86 древних узорака, од чега је чак 59 са територије Србије, са мезолитских налазишта Лепенски Вир (33 узорка), Власац (16) и Падина (1), и неолитских налазишта Винча-Бело Брдо (8 ) и Гривац (1). Присутни су још и узорци са два локалитета у Румунији и три локалитета у Турској. Нажалост, нису тестирани целокупни геноми већине узорака, за велики део је тестирана само митохондријална ДНК.

https://publications.ub.uni-mainz.de/theses/volltexte/2017/100001355/pdf/100001355.pdf

Када су у питању узорци са територије Србије, доступне су ипсилон хаплогрупе за четири узорка из Лепенског Вира (I2, I2a2, G2a, C2c, с тим да је СНП овог последњег непоуздан) и за пет узорака са Власца (2 x I2, 2 x R1, R1b1a2-V88). Овај последњи, уз још један узорак из Румуније (SC1) који је такође V88, указује да су врло вероватно и сви остали узорци културе Лепенског Вира из претходне студије који су тестирани као R1b1a(х R1b1a1) такође V88.

https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-sc1/

[Bane]

Хвала!
Мало чудно да рад није раније примећен, мислим обзиром на број и локације узорака.

[НиколаВук]

Рад о мтДНК хаплогрупама раносредњовековних Мађара; у раду се наглашава да традиционалне PCR методе одређивања хаплотипова нису најпрецизније и понекад дају погрешне резултате, односно класификују узорке у погрешне хаплогрупе, а то су доказали поновним тестирањем узорака уз помоћ NGS (Next Generation Sequencing) метода:

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0174886

Колико сам видео, у поменутој студији су откривена 3 таква "лажна" резултата - U4 (PCR), уствари N1a (NGS); H (R0) (PCR), уствари К1c (NGS); R (R1) (PCR), уствари J1c (NGS).

Да ли су овакве грешке могуће и при секвенцирању Y-хромозома или то важи само за митохондријалну ДНК?

[Сол]

Да ли има обљављених археогенетских налаза Пуховске културе (Моравска, Словачка, Пољска- од око 300. пре Хр. до 100 пос.Хр.)?

https://en.wikipedia.org/wiki/Púchov_culture