Древна ДНК

[Atlantische]

Мени ове компоненте нису јасне, утисак је да су прилично рђаво одређене. Нисам сигуран да је WHG компонента превише битна за степске номаде. Такође, нејасан је и неразрешен њен однос према EHG компоненти, тако да ми се чини прилично лошом идејом модел са WHG, а без EHG, ANE или степске компоненте, јер ће се у WHG компоненту слити гени наслеђени од EHG или сличне (Јамна) популације, што може утицати на тумачење историјских процеса и односа.

Мени најрационалније објашњење недостатка ANE/EHG компоненте у овој студији јесте тај да су аутори хтели да виде да ли су компоненте географски удаљеније од тог подручја (попут SA и NEA) имале и у којој мери утицај на аутосомалну слику тестираних популација. Јер је логично да би скитски и сарматски узорци били доминантно ANE/EHG, што би аутосомалну слику прилично поједноставило.

[Сремац]

И ја сам то примјетио. Имам осјећај као да су кроз компоненте хтјели да направе неку подјелу Европа/Азија али у савременом смислу.

Да, могуће, WHG као општеевропска тачније северноевропска компонента која је упила и добар део наслеђа EHG (тако је и одређена West & North European HGs & Modern North European populations - WHG) против остатка света...Вероватно су хтели да направе јасно разлучене компоненте, али резултати ми не делују баш импресивно.

[Сремац]

Мени најрационалније објашњење недостатка ANE/EHG компоненте у овој студији јесте тај да су аутори хтели да виде да ли су компоненте географски удаљеније од тог подручја (попут SA и NEA) имале и у којој мери утицај на аутосомалну слику тестираних популација. Јер је логично да би скитски и сарматски узорци били доминантно ANE/EHG, што би аутосомалну слику прилично поједноставило.

Мислим да схватам шта хоћеш да кажеш и могуће да би EHG, а посебно ANE утицали на SEA и NEA компоненту и да се овако добијају сигурнији постоци Источне Азије код степских популација Гвозденог доба, али се не бих сложио да би слика била поједностављена, мислим да би била информативнија и прецизнија, не само у оквиру разулучивања WHG - EHG (које је већ довољан разлог), већ би регулисала ове мале постотке посебно код Срубне и осталих узорака из Бронзаног доба, који су вероватно последица изостанка EHG компоненте, које се не би смела занемарити у контексту степских популација.

[Atlantische]

али се не бих сложио да би слика била поједностављена, мислим да би била информативнија и прецизнија, не само у оквиру разулучивања WHG - EHG (које је већ довољан разлог), већ би регулисала ове мале постотке посебно код Срубне и осталих узорака из Бронзаног доба, који су вероватно последица изостанка EHG компоненте, које се не би смела занемарити у контексту степских популација.

Да, у том случају имаш право. Рецимо, види се да WHG доминира управо због недостатка EHG и ANE категорија, а ове слабије категорије долазе више до изражаја (изузев можда код Кимеријаца, који дефинитивно имају јачи уплив источноазијских популација). Сигуран сам да би прилично опао тај проценат када би постојале те две категорије. Колико се сећам из неких пређашњих студија EHG би био ловац-сакупљач присутан на широком подручју од Балтика до Степе?  Делује ми да недостатак EHG и ANE код ових узорака представља те резултате (говорећи као да се ради о резултатима данашњих људи) као када би особа са ових простора због недостатка балканске категорије неког рачунача имала нпр. 70% северозападно европске и 30% блискоисточне мешавине.

Иначе, занимљиво је где се на PCA анализи налазе поједини скитски узорци.

A group of three Scythians (scy301, scy304, and scy311) formed a discrete group between the SC and SE and had genetic affinities to present-day Bulgarian, Greek, Croatian, and Turkish populations, hereafter referred to as a central cluster (CC).

Мада, колико видим узорак scy010 је најближи овим просторима.

Такође, скитски узорци имају највише ANF (блискоисточног уплива). Претпостављам да је то објашњиво њиховим продорима и контактима са тамошњим популацијама?

[Сремац]

Колико се сећам из неких пређашњих студија EHG би био ловац-сакупљач присутан на широком подручју од Балтика до Степе?

Да, међутим још увек није баш најјаснија веза са WHG, иако се EHG може представити као мешавина WHG и ANE, са мало већом склоношћу ка ANE. Вероватно зато се у оваквим моделима EHG гени преливају у WHG компоненту.

Иначе, занимљиво је где се на PCA анализи налазе поједини скитски узорци.

A group of three Scythians (scy301, scy304, and scy311) formed a discrete group between the SC and SE and had genetic affinities to present-day Bulgarian, Greek, Croatian, and Turkish populations, hereafter referred to as a central cluster (CC).

Мада, колико видим узорак scy010 је најближи овим просторима.

Такође, скитски узорци имају највише ANF (блискоисточног уплива). Претпостављам да је то објашњиво њиховим продорима и контактима са тамошњим популацијама?

Изгледа да су Скити у великој мери упијали друге народе тј. домороце на које су наилазили. Можда се овај ANF може објаснити грчким упливом са Црног мора.
Иначе у раду 137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes обрађено је неколико скитских узорака из Мађарске и колико сам видео више личе на локалце него на степске народе укључујући и Ските са осталих налазишта. Такође, мање више сви су различити, неки су најближи савременим средњеевропским, неки балканским, а неки западноевропским популацијама.

[Atlantische]

Изгледа да су Скити у великој мери упијали друге народе тј. домороце на које су наилазили. Можда се овај ANF може објаснити грчким упливом са Црног мора.
Иначе у раду 137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes обрађено је неколико скитских узорака из Мађарске и колико сам видео више личе на локалце него на степске народе укључујући и Ските са осталих налазишта. Такође, мање више сви су различити, неки су најближи савременим средњеевропским, неки балканским, а неки западноевропским популацијама.

Да, то има смисла, узевши у обзир колики географски простор су покривали и са колико различитих популација су били у контакту.

Самим тим, неке од тих популација су морали и асимиловати, односно наметнути им језик и културу, и на крају крајева ''умешати'' им се у генетску слику.

[Сремац]

Ево најближих популација за 5 скитских узорке из Мађарске (DA195 је у "нашем" кластеру):

[Zor]

Мени најрационалније објашњење недостатка ANE/EHG компоненте у овој студији јесте тај да су аутори хтели да виде да ли су компоненте географски удаљеније од тог подручја (попут SA и NEA)

 Компоненте у овој као и свакој другој студији немају подударања са комерцијалним аутосомалним компонентама, неко ће их прерачунати у ове "уобичајене". Нпр. CHG је моделиран као доминантно "CHG" + нешто NEN, SA али и мало WHG. Мађарски рани неолит који је код генетикера доминантно EEF + мало WHG овдје је 48 % NEN + 45 WHG + 7 % CHG. Ту се јавља још компоненти за које није појашњено шта су (јер су мање учестале).

[Сремац]

Компоненте у овој као и свакој другој студији немају подударања са комерцијалним аутосомалним компонентама, неко ће их прерачунати у ове "уобичајене". Нпр. CHG је моделиран као доминантно "CHG" + нешто NEN, SA али и мало WHG. Мађарски рани неолит који је код генетикера доминантно EEF + мало WHG овдје је 48 % NEN + 45 WHG + 7 % CHG. Ту се јавља још компоненти за које није појашњено шта су (јер су мање учестале).

Које су то комерцијалне компоненте, а које уобичајене? Како год, прилично је неуобичајено, а помало и комично да степски узорци буде више од половине WHG.

[Zor]

Које су то комерцијалне компоненте, а које уобичајене?

 То су моји "склепани" називи за ове компоненте које се иначе врте код комерцијално тестираних..

Како год, прилично је неуобичајено, а помало и комично да степски узорци буде више од половине WHG.

 Наравно да то доминантно није "прави" WHG.

[Atlantische]

Компоненте у овој као и свакој другој студији немају подударања са комерцијалним аутосомалним компонентама, неко ће их прерачунати у ове "уобичајене". Нпр. CHG је моделиран као доминантно "CHG" + нешто NEN, SA али и мало WHG. Мађарски рани неолит који је код генетикера доминантно EEF + мало WHG овдје је 48 % NEN + 45 WHG + 7 % CHG. Ту се јавља још компоненти за које није појашњено шта су (јер су мање учестале).

Хвала на информацијама. Јасно ми је да рачуначи који се користе у студијама и које користи Давидски немају везе са комерцијалним, да су у питању потпуно другачији алгоритми и референтне популације.

Иначе, судећи по анализама bam фајлова по страним форумима Y-ДНК слика није уопште тако компактна како су закључили у студији. Рецимо, Владимир Семаргл са Молгена је написао да је scy197 уствари E1b-V13 a да је scy301 - I2-Y7219. Такође, cim357, tem002, tem003  по свему судећи R1b-.

Што се тиче потврђених резултата којима је одређен дубљи огранак за сада:

scy009 = R1b-P312
scy304 = R1b-Z2103 (M12149/Y4371/Z8128+)
scy305 = R1b-Z2103>Z2106 (Z2106+, Y12538/Z8131+)

[Atlantische]

Eво табеле од Семаргла.

Scythian etc

[Сремац]

То су моји "склепани" називи за ове компоненте које се иначе врте код комерцијално тестираних..

 Наравно да то доминантно није "прави" WHG.

Тим горе јер је WHG = West & North European HGs & Modern North European populations. Три у један.
И онда добијеш солидан постотак Јужне Азије код свих степских узорака Бронзаног доба.

[Сремац]

https://www.nature.com/articles/s41598-018-33067-w

[симо]

https://www.nature.com/articles/s41598-018-33067-w

Заредали са радовима послије љетње паузе. 

Јасно ми је како су подијелили компоненте, кренувши од четири основне WHG, EHG, Левантски неолитик и Ирански неолитик. Једино ми је изненађење да је већ Анадолски неолитик имао солидан проценат WHG-a 26%. А колико видим и први ЛБК су били мање више "чисти" Анадолски неолитик, при чему и већи дио WHG потиче од Анадолаца. То ми је мало чудно.

Колико видим успјели су издвојити само 4 Y-DNK резултата и то из Кордеда и раног Бронзаног доба: I2-M223 и R1a.

[Сремац]

Јасно ми је како су подијелили компоненте, кренувши од четири основне WHG, EHG, Левантски неолитик и Ирански неолитик. Једино ми је изненађење да је већ Анадолски неолитик имао солидан проценат WHG-a 26%. А колико видим и први ЛБК су били мање више "чисти" Анадолски неолитик, при чему и већи дио WHG потиче од Анадолаца. То ми је мало чудно.

Колико видим успјели су издвојити само 4 Y-DNK резултата и то из Кордеда и раног Бронзаног доба: I2-M223 и R1a.

Да и мени је било чудно, изгледа да још увек нису рашчивијане многе везе, с обзиром на сложеност историјских и етногенетских процеса. Вероватно је постојала нека изворна популација која спаја WHG и Анадолског земљорадника различита од Левантског. У моделима са старијим узорцима са Леванта, обично Анадолци падају између WHG и Леванта.





Из рада Late Pleistocene human genome suggests a local origin for the first farmers of central Anatolia , стр. 4:

These three prehistoric Anatolian populations (AHG, AAF and ACF), that represent a temporal
transect spanning the transition into farming, are positioned between Mesolithic western
European hunter-gatherers (WHG) at the far left and Levantine Epipalaeolithic Natufians
at the far right.

[симо]

Да и мени је било чудно, изгледа да још увек нису рашчивијане многе везе, с обзиром на сложеност историјских и етногенетских процеса. Вероватно је постојала нека изворна популација која спаја WHG и Анадолског земљорадника различита од Левантског. У моделима са старијим узорцима са Леванта, обично Анадолци падају између WHG и Леванта.

Могуће, али на основу шеме/модела из најновијег рада испада као да су Анадолци мјешавина WHG, Левант неолитик и Иран неолитик, тј. да нису изворна већ мјешана популација. Мада по овој шеми коју си посљедњу поставио Анадолци стоје прилично далеко од WHG.

Такође, питање је и како је постављен сам WHG у раду. Морам признати да нисам у скорије вријеме детаљно гледао радове и не знам да ли су у WHG убачени и узорци са Ђердапа и како они стоје у односу на Лошбур, који је најчешће служио као референтан узорак за WHG.

[Сремац]

Могуће, али на основу шеме/модела из најновијег рада испада као да су Анадолци мјешавина WHG, Левант неолитик и Иран неолитик, тј. да нису изворна већ мјешана популација.

Да, мислим да је прилично извесно да су некаква мешавина, тачније да су у вези са WHG, оно што збуњује је чињеница да су се Анадолци узимали за изворну/узорну популацију у различитим радовима, претпостављам да би се лакше установио однос са осталим популацијама са којима су се сударале у простору и времену, посебно однос према WHG који су затекли у Европи. Уосталом тешко да је иједна популација изворна у правом смислу.

Мада по овој шеми коју си посљедњу поставио Анадолци стоје прилично далеко од WHG.

Јесу далеко, али ипак теже WHG кластеру у односу на Левант.

Такође, питање је и како је постављен сам WHG у раду. Морам признати да нисам у скорије вријеме детаљно гледао радове и не знам да ли су у WHG убачени и узорци са Ђердапа и како они стоје у односу на Лошбур, који је најчешће служио као референтан узорак за WHG.

Ђердапски узорци нагињу мало ка EHG и ово болдовано би могло бити занимљиво у контексту односа WHG и Анадолских земљорадника, пре европског контакта:

Modeling Iron Gates hunter-gatherers as a mixture of WHG and EHG (Supplementary Table 3) shows that they are
– as expected given their geographic location and the hunter-gatherer ancestry cline –
intermediate between WHG (87%) and EHG (13%). However, this qpAdm model does not fit
well (p=0.0003, Supplementary table 3) and we note that the Iron Gates hunter-gatherers
carry mitochondrial haplogroups K1 (8/36) as well as other subclades of haplogroup U
(27/36) and haplogroup H (1/36). This contrasts with WHG, EHG and Scandinavian hunter
gatherers who almost all carry haplogroup U5 or U2. Therefore the Iron Gates hunter
gatherers have ancestry that is not present in WHG or EHG. This suggests either genetic
contact between the ancestors of the Iron Gates population and hunter-gatherers from
Anatolia, or that the Iron Gates population is related to the source population from which the
WHG split off during a post-LGM re-expansion into Europe.

The Genomic History of Southeastern Europe

[симо]

Ђердапски узорци нагињу мало ка EHG и ово болдовано би могло бити занимљиво у контексту односа WHG и Анадолских земљорадника, пре европског контакта:

Modeling Iron Gates hunter-gatherers as a mixture of WHG and EHG (Supplementary Table 3) shows that they are
– as expected given their geographic location and the hunter-gatherer ancestry cline –
intermediate between WHG (87%) and EHG (13%). However, this qpAdm model does not fit
well (p=0.0003, Supplementary table 3) and we note that the Iron Gates hunter-gatherers
carry mitochondrial haplogroups K1 (8/36) as well as other subclades of haplogroup U
(27/36) and haplogroup H (1/36). This contrasts with WHG, EHG and Scandinavian hunter
gatherers who almost all carry haplogroup U5 or U2. Therefore the Iron Gates hunter
gatherers have ancestry that is not present in WHG or EHG. This suggests either genetic
contact between the ancestors of the Iron Gates population and hunter-gatherers from
Anatolia, or that the Iron Gates population is related to the source population from which the
WHG split off during a post-LGM re-expansion into Europe.

The Genomic History of Southeastern Europe

Хвала, Сремче, на овом цитату, доста ми је тога разјаснио тј. схватио сам да ни само моделовање популација није тако једноставно ( можда га ја превише поједностављено схватам). Мислим да је кључна ова реченица: "Therefore the Iron Gates hunter gatherers have ancestry that is not present in WHG or EHG"

[Сремац]

Хвала, Сремче, на овом цитату, доста ми је тога разјаснио тј. схватио сам да ни само моделовање популација није тако једноставно ( можда га ја превише поједностављено схватам). Мислим да је кључна ова реченица: "Therefore the Iron Gates hunter gatherers have ancestry that is not present in WHG or EHG"

Има у додатаном материјалу од стране 55, покушаје моделовања популација, попут овог:



Ако добро ишчитавам, на овом стаблу се добило да је предачка популација за WHG са 40% учествовала у етногенези популације из који проистичу Анадолци из Неолита, што може објаснити њихову релативну блискост.

https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2017/09/19/135616.DC4/135616-1.pdf