Древна ДНК - научни радови

[Đorđo]

шта ми знамо шта је било пре 4000 година

[drajver]

Како се може објаснити ово? Сувише западно, по неком мом мишљењу.

Не мислим да је превише чудно. То је зона преклапања Bell Beaker и Corded Ware. Нека R1a је већ налажена раније на подручју централне Њемачке у том периоду ( додуше у оквиру Corded Ware), али као што се у оквиру може наћи R1b и у оквиру Bell Beaker ће бити R1a.  Поготово ако се ради о некој давно изолованој грани М458.

[Црна Гуја]

Како се може објаснити ово? Сувише западно, по неком мом мишљењу.

Изгледа да је господин MX265 могао долутати однекле са истока, судећи по занимљивом аутосомалном саставу. Најбоље се моделује као мешавина средњенеолитског земљорадника из Мађарске, Corded Ware узорка из Немачке и узорка из бронзаног доба са подручја Балтика:

MX265 is tough. Best fit I can get is Baltic_EST_BA+Hungary_MN+CWC_DEU.
@0.027066
Baltic_EST_BA: 25%
CWC_Germany: 32%
Farmer: 43.2% (31% of it is from Hungary_MN)

His farmer ancestry is mostly from Hungary Farmers. It's not from Western European farmers, like the two Swiss farmers you posted.

He has a big dose of Central/East European Hunter Gatherer. He gets that hunter gatherer ancestry from a Baltic_BA or WelzinBA like population. Inclusion of either of them improves his fit a lot. Baltic_BA improves his fit the most, signifcantly more than Welzin_BA does.

Не чуди да су овом узорку најближи модерни узорци Срби и остали јужнословенски народи, који су настали мешањем популација сличних горенаведеним, у грубо говорећи сличним пропорцијама:

His overall makeup is similar to modern South Slavs.....Arza already pointed this out earlier.

Which is more evidence his farmer ancestry is Southeast European. If it were from Western European farmers he'd be most similar to French, Spanish.

MX265_scaled
MX265_scaled 0

Serbian 0.039691695
Slovenian 0.040226854
Croatian_maincluster 0.041287611
Bosnian 0.042506465
Hungarianavg 0.042859144
Montenegrin1 0.044271857
French_East 0.044653894

http://eurogenes.blogspot.com/2020/04/business-almost-as-usual.html?commentPage=2

[Полић]

Изгледа да је господин MX265 могао долутати однекле са истока, судећи по занимљивом аутосомалном саставу. Најбоље се моделује као мешавина средњенеолитског земљорадника из Мађарске, Corded Ware узорка из Немачке и узорка из бронзаног доба са подручја Балтика:

Не чуди да су овом узорку најближи модерни узорци Срби и остали јужнословенски народи, који су настали мешањем популација сличних горенаведеним, у грубо говорећи сличним пропорцијама:

http://eurogenes.blogspot.com/2020/04/business-almost-as-usual.html?commentPage=2

i tada smo odlazili za Njemačku

[Црна Гуја]

[drajver]

Логична је ова блискост са савременим Србима. Убацио сам у PCA узорке савремених Срба које имам (скалиране) и упоредио их са Bell Beaker узорцима широм Европе, а убацио сам још и Corded Ware узорке. Позиција савремених Срба у таквој шеми је да су аутосомално најближи Bell Beaker узорцима из Баварске, Чешке, Пољске, Мађарске. По тој аналогији и МХ265 би требао бити аутосомално близак Бел Бикеровцима из те зоне. Односно жутој групи са доње слике:

[drajver]

Гледам сад баш те односе Стара Европа-Индоевропљани у Европи и смјени становништва која се десила у Бронзаном добу. Баш је драстична смјена која се десила у Британији, као да је цјелокупно становништво замијењено (истребљено?). То се види и по аутосомалној и по Y-днк. Доминантно I2 неолитско становништво Британије смијенило је доминантно R1b становништво Бронзаног доба. Ово рецимо није случај у Иберији и Италији гдје се аутосомална генетика Старе Европе солидно очувала, иако су  Y-днк линије прилично замијењене . И Централна Европа представља некакву прелазну варијанту. Британски случај може да указује да тамо од старијег становништва нису преживјеле ни жене ни дјеца.

Најинтересантније је што се ова инвазија Бел Бикероваца на Британију сматра "мирољубивом, коегзистирајућом". Није ми јасно како су "коегзистирајући" успјели тако брзо да промијене комплетну генетичку слику острва.

[Radul]

Гледам сад баш те односе Стара Европа-Индоевропљани у Европи и смјени становништва која се десила у Бронзаном добу. Баш је драстична смјена која се десила у Британији, као да је цјелокупно становништво замијењено (истребљено?). То се види и по аутосомалној и по Y-днк. Доминантно I2 неолитско становништво Британије смијенило је доминантно R1b становништво Бронзаног доба. Ово рецимо није случај у Иберији и Италији гдје се аутосомална генетика Старе Европе солидно очувала, иако су  Y-днк линије прилично замијењене . И Централна Европа представља некакву прелазну варијанту. Британски случај може да указује да тамо од старијег становништва нису преживјеле ни жене ни дјеца.

Најинтересантније је што се ова инвазија Бел Бикероваца на Британију сматра "мирољубивом, коегзистирајућом". Није ми јасно како су "коегзистирајући" успјели тако брзо да промијене комплетну генетичку слику острва.

Биће да Британија није била насељена као Европа, и како је по природи ствари изолованије мјесто, са доласком Бел Бикероваца доспјели су и нови вируси који су утицали на пређашњу популацију, поред могућих насилних догађаја.

[drajver]

Биће да Британија није била насељена као Европа, и како је по природи ствари изолованије мјесто, са доласком Бел Бикероваца доспјели су и нови вируси који су утицали на пређашњу популацију, поред могућих насилних догађаја.

Могуће је да је и ово што пишеш разлог: малобројност и болести. А вјероватно је као што обично бива спој више фактора. Оно што је видљиво из резултата јесте да није било генетичког мијешања дошљака и старосједилаца. Да ли су се старосједиоци очували изоловани у неким џеповима и били осуђени на изумирање, можемо само претпостављати.

Иако данашњи распоред неких Y-днк грана нема пуно везе са распоредом из прошлости, можда је занимљиво видјети гдје су у Британији и Ирској зоне са највишом присутношћу I2-Isles, за коју бисмо могли претпоставити да је бар једним дијелом наслеђе преиндоевропске Британије. нађох ову малу карту, не знам колико је релевантна.

[нцп]

Могуће је да је и ово што пишеш разлог: малобројност и болести. А вјероватно је као што обично бива спој више фактора. Оно што је видљиво из резултата јесте да није било генетичког мијешања дошљака и старосједилаца. Да ли су се старосједиоци очували изоловани у неким џеповима и били осуђени на изумирање, можемо само претпостављати.

Иако данашњи распоред неких Y-днк грана нема пуно везе са распоредом из прошлости, можда је занимљиво видјети гдје су у Британији и Ирској зоне са највишом присутношћу I2-Isles, за коју бисмо могли претпоставити да је бар једним дијелом наслеђе преиндоевропске Британије. нађох ову малу карту, не знам колико је релевантна.

I2 хаплогрупа, као најстарија у Eвропи, јe прeдмeт разноразног испитивања (како јe прeживeла, шта су јој слабости и др.)

The Y chromosome: a blueprint for men’s health?(2017)

https://www.nature.com/articles/ejhg2017128

Haplogroup I was also associated with a higher risk of malignancy, including the highly specific AIDS-defining malignancy Kaposi’s sarcoma. Moreover, individuals with haplogroup I were more resistant to highly active antiretroviral therapy, taking longer to achieve viral load suppression.


Recombination hotspots in an extended human pseudoautosomal domain predicted from double-strand break maps and characterized by sperm-based crossover analysis (2018)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6193736/

Ово јe нeки порeмeћај вeзан за јeтру...

Мушкарци који носе ePAR имају две копије пуне дужине наизглед клинички небитног гена крвне групе КСГ , као и две копије GYG2 gene, који кодирају претечу гликоген синтазе посебно важног за јетру. Занимљиво је да оба ова гена беже од инактивације код жена. У Менсах ет ал. студија, ePAR је примећен у 15 независних белгијских и француских породица: сви белгијски ePAR Y хромозоми припадали су једној суб-хаплогрупи, I2а (I-P37.2), док су они из два релативна француска носача првог степена припадали суб -групи у оквиру рода R1b, повезаног на даљину, наиме R-P312. Ово указује да је стварање ePARе понављано и да се десило најмање два пута на основу глобалне Y-хромозомске филогеније.


Па су испитивали припадникe I-P37.2 нe само на сeвeру, вeћ и и на Балкану (Панонија).

Our study suggests that the haplogroup I2a-associated ePAR is likely to have a more geographically restricted distribution than originally proposed . In the course of identifying carriers we established by junction PCR that the ePAR was present within the two sister I2a sub-lineages I-L1286 and I-L1294, both of which occur predominantly within Northwestern Europe, but was absent from two Hungarian males within the I-M423 sub-haplogroup as determined by resequencing of 3.7 Mb of Y-specific DNA (see S3B Fig). The majority of I-P37.2 men belong to the sub-lineage I-M423, which is predominantly found within Southeastern Europe, and rarely encountered in Northwestern Europe, hence its probable absence from the dataset tested by Mensah et al. So, whilst we would expect to find haplogroup-I2a ePAR carriers at a frequency of approximately 1% among Northwest European men as originally reported, we would expect only a minority of I2a men in Southwest Europe to be carriers of the ePAR.

[drajver]

Зна ли неко нешто о овоме? Данас је објављено у медијима.

INGEB: Genetički dokazi daju novu sliku o prahistoriji

http://www.federalna.ba/bhs/vijest/313953/otkrice-bh-naucnika

[НиколаВук]

Зна ли неко нешто о овоме? Данас је објављено у медијима.

INGEB: Genetički dokazi daju novu sliku o prahistoriji

http://www.federalna.ba/bhs/vijest/313953/otkrice-bh-naucnika

Видим да је претпоставка да су у питању припадници илирског/панонског племена Десидијата. Одлична ствар је што ће вршити анализу хаплогрупа. Кад се то одради, биће то први анализирани узорци припадника неког илирског/панонског племена. У чланку пише да су из заједничке гробнице са мноштвом скелета за анализу издвојени остаци три индивидуе, два мушкарца и једне жене. Бацио сам поглед и у Праисторији југославенских земаља том 5 (Жељезно доба), где постоји опис гробнице у Вратници код Високог. Одређени елементи (лобање поређане дуж зидова, полагање копаља уз лобање) ме подсећају на колективне гробнице из истог периода (млађе гвоздено доба - латен) у Крајчиновићима код Прибоја и Махревићима код Чајнича, с тим што су релативно сличне гробнице пронађене и у Виру код Посушја и Горици код Љубушког. Ове гробнице су нешто касније датоване у односу на вратничку (отприлике у 2. век п.н.е. док је вратничка датована у крај 4. века п.н.е.), али није искључено да постоји некаква веза. Иначе, колективна гробница у Крајчиновићима се по начину сахрањивања као и неким материјалним налазима доводи у везу са Келтима (конкретно са Скордисцима), по мишљењу Михаила Зотовића, археолога који ју је истраживао.

[drajver]

Зна ли неко нешто о овоме? Данас је објављено у медијима.

INGEB: Genetički dokazi daju novu sliku o prahistoriji

http://www.federalna.ba/bhs/vijest/313953/otkrice-bh-naucnika

Не знам за сирове резултате,али са тог института излазе и овакви радови:

https://www.researchgate.net/publication/338157820_An_ethnic_genetics_-_case_study_of_BH_facts_fallacies_and_myths

Човјек тобоже напада псеудонауку,а онда напише псеудоначни рад. По оној народној: Држте лопова!

[Небо_Сав]

Не знам за сирове резултате,али са тог института излазе и овакви радови:

https://www.researchgate.net/publication/338157820_An_ethnic_genetics_-_case_study_of_BH_facts_fallacies_and_myths

Човјек тобоже напада псеудонауку,а онда напише псеудоначни рад.

Шта рећи...и наука је постала део масовне културе (као и књижевност, позориште, и све остало што се раније сматрало "високом културом"). Хиперинфлација у образовању -  умножавање Универзитета, факултета, струковних школа, броја студената,  помама за звањима, индексом цитираности... а у овом случају и примитивна  политичка свест - довела је до деградације научних радова. 

Оно што пре тридесет година није могло бити названо и обичним "стручним радом" сада се именује као "оригинални научни рад".  Данас је довољно поставити неку хипотезу, тобож прикупити податке  (или тенденциозно изабрати  податке  из информатичког универзума), применити елементарну статистику, направити пар дијаграма,  цитирати понеко име, направити (псеудо)закључак, послати то у псеудо-научне часописе који наплаћују објављивање оваквих радова  - и ето (псеудо)науке, ето индекса цитираности, ето избора у звање професора, доцента, асистента,  сарадника... 

[drajver]

Већ сам помињао на другим темама о аутосомалној днк да је српским узорцима аутосомално прилично близак тестирани Визигот под шифром I12031 из гробља Pla de l'Horta (Sarrià de Ter, Girona, Catalonia, Spain) које се датира у 6-7. вијек. Без обзира да ли је његова аутосомална блискост са Србима посљедица сличне комбинације мјешавине, мислим да је прилично симптоматично што нам је он ближи нпр. од раних Словена из истог тог периода.

У раду је за овај налаз написано сљедеће:

"Immediately to the north of this area, a necropolis associated with the villa has been found, with a funerary building and a series of tombs. This site clearly belongs to the villa, which would subsequently be extended in the Visigoth period. The samples that have been analyzed correspond to this Visigothic phase. Several types of burials can be seen, from a simple grave to a cist. Thе number of burials identified (58), as well as the results of the analysis, demonstrate the persistence and importance of the habitat, even though it has not yet been identified archaeologically. The grave goods and the typology of the tombs point to a Visigothic origin of the individuals."

Аутосомални резултати једног дијела тестираних из овог гробља показују афинитет ка Балкану и Панонији, што се види и из доње шеме:



Y-днк хаплогрупа Визигота I12031  је у раду означена као E-V13. Не знам да ли су негдје на мрежи већ детаљно прегледали његове bam фајлове, али покушао сам данас да их прегледам, не бих ли нашао припадност некој специфичнијој подграни хаплогрупе E-V13. И на крају сам, без обзира на шкрта очитања појединих позиција, успио да дођем до специфичне хаплогрупе овог узорка и она је: E-V13>Z16663>Y93395
https://www.yfull.com/tree/E-Y93395/

Ова грана је стара око 2900 година. Има још неколико подграна, могуће да је I12031 позитиван на неку до њих, али за већину позиција испод Y93395 није имао очитања. Једино што сам успио да очитам је негативан резултат за неке СНП-ове испод Y93395: CTS11037, BY52783. Што се тиче очитаних позиција изнад Y93395, очитао сам позитивно сљедећи низ SNP-ова: V13>CTS5856>Z16662>Y36784/BY3331>Y93395.

У грани Y93395 се налазе: Мађари, Чеси, Словаци, Аустријанци, Италијани, Енглези, Малтежани. Рекао бих да је највећа разноврсност на подручју западне Паноније, па у складу са аутосомалним резултатима, могли би претпоставити да је ова грана настала негдје на подручју западне Паноније у Жељезном добу. Можда међу неком илирско-панонском популацијом. Узводна грана Z16663 је показала већ значајну разноврсност на подручју Балкана. Спомињао сам раније https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=19.msg106607#msg106607

На гробљу у Каталонији, дакле могао би бити сахрањен неки наш далеки рођак Панон/Илир који се придружио Визиготима, прошавшим кроз Панонију, на свом путу ка Иберији.

Да још једном нагласим да је I12031 од свих досад тестираних узорака старе днк, мени лично аутосомално најближи. Зато сам се мало детаљније и позабавио његовом генетиком.

[Zor]

У грани Y93395 се налазе: Мађари, Чеси, Словаци, Аустријанци, Италијани, Енглези, Малтежани. Рекао бих да је највећа разноврсност на подручју западне Паноније, па у складу са аутосомалним резултатима, могли би претпоставити да је ова грана настала негдје на подручју западне Паноније у Жељезном добу. Можда међу неком илирско-панонском популацијом. Узводна грана Z16663 је показала већ значајну разноврсност на подручју Балкана. Спомињао сам раније https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=19.msg106607#msg106607

На гробљу у Каталонији, дакле могао би бити сахрањен неки наш далеки рођак Панон/Илир који се придружио Визиготима, прошавшим кроз Панонију, на свом путу ка Иберији.

Да још једном нагласим да је I12031 од свих досад тестираних узорака старе днк, мени лично аутосомално најближи. Зато сам се мало детаљније и позабавио његовом генетиком.

 Занимљив налаз, то јесте највјероватнија опција, да је потомак Панона који је пришао Визиготима јер знам да је имао доста аутозомалне балканске компоненте, као и визиготске па због тога вјероватно испада ближи Ј.Словенима Генерално Z16663 је ријетка на Балкану. Најчешћа је E-Y193398 тј. кластер Понтских грка. Има Хрват од друге паралелне гране која није честа, но изнад њега на стаблу има и Пољак.

[Zor]

Најчешћа је E-Y193398 тј. кластер Понтских грка. Има Хрват од друге паралелне гране која није честа, но изнад њега на стаблу има и Пољак.

 Недавно се појавио Јермен E-Z21371, нема још BigY али изгледа да је у некој даљој вези са овим Понтским Грцима. Иако је E-V13 обзиром да Понтски Грци имају врло различиту генетику од Грка, могуће да ова група и није изворно грчког поријекла већ да је као и неке друге гране V13 дошла с прото-Јерменима са Балкана.

[drajver]

Нови рад, древна ДНК са подручја југоисточне Пољске, период око 2500 г пне. (углавном Corded Ware уз нешто мало Bell Beaker)

Y-днк изолована код 11 узорака. Доминација R1b хаплогрупе. Код два узорка најдубље дошли до https://www.yfull.com/tree/R-L52/ ( мада су у раду написали ниво L11 који је једну степеницу ниже)

https://www.nature.com/articles/s41598-020-63138-w

Недавно смо имали R1a код Bell Beaker у Швици, а ево сад R1b код Corded Ware. То се зове културна размјена.

[Radul]

Mitochondrial and Y-chromosome diversity of the prehistoric Koban culture of the North Caucasus


1 – KlinYar-3, and 2 – Zayukovo-3.
Sample ID; Burial site; mt-haplogroup (Sanger); mt-haplogroup (Illumina); Y-haplogroup (Illumina)

1; Klin-Yar-3; H20a; –; –
2; Klin-Yar-3; J1c; J1b1; E1a2a1b1b
6; Zayukovo-3; N; –; –
7; Zayukovo-3; U5a1a1h; U5a1a2; G2a1a1a2
8; Zayukovo-3; HV1; HV1a1a; D1a2a1
9; Zayukovo-3; T1a; T1a1; G2a1a
10; Zayukovo-3; H1e; –; –
11; Zayukovo-3; W5a; N; R1b1a1b
12; Zayukovo-3; R6/H1e; –; –
13; Zayukovo-3; –; –; R1a
14; Zayukovo-3; R6; –; –
15; Zayukovo-3; I1; – –

[filipi]

https://www.nature.com/articles/s41467-020-15560-x

Ancient genomes reveal social and genetic structure of Late Neolithic Switzerland