Древна ДНК

[Bane]

Zenczak M, Handschuh L, Juras A, Marcinkowska-Swojak M, Philips A, Piontek J, Stoiarek I, Figlerowicz M

Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Poznan, Poland, Adam Mickiewicz University in Poznan, Department of Human Evolutionary Biology, Poznan, Poland

Y-chromosome haplogroup assignment through next generation sequencing of enriched ancient DNA libraries

The Y-chromosome is passed down only from father to son and it contains the longest nonrecombining portion of DNA in the human genome. This feature makes it a perfect object for studying patterns of human migrations and genealogical reconstruction. Here, we present the analysis of Y-chromosome obtained from seventeen, not yet reported, ancient male samples excavated from different burial sites in Poland: Kowalewko (Roman Iron Age), Maslomecz (Roman Iron Age), Legowo (early Middle Ages) and Niemcza (early Middle Ages). We used a custom-design approach for target enrichment of over 5K Y-chromosome SNPs which were selected from the International Society of Genetic Genealogy (ISOGG, https:// www.isogg.org) database. Enriched libraries were sequenced on lllumina Genome Analyzer I lx. Raw reads were mapped with BWA against the hgl9 reference genome. The Genome Analysis Tool Kit (GATK) was utilized to recalibrate base quality scores and call genotypes. To determine haplogroups we used sites that overlap 9.99-Mb of the non-recombining region of the Y-chromosome as proposed by Poznik et al. (Science, 2013) where alleles were observed in the derived state and MAPQ > 30. We successfully assigned haplogroups to sixteen individuals. Eight belonged to haplogroup I1 (I-M253). Three of them belonged to the sub-branch Ila3alala (I-L1237) and one to I1a2a (I-Z59). I1 is the most common haplogroup in present day Scandinavia, and it is found in all places invaded by ancient Germanic tribes and Vikings. Four samples belonged to haplogroup G2a (G-P15) which is spread uniformly throughout Europe. Other individuals were assigned to I2a2 (I-M436), R1a (R-M420), R1bl (R-L278), E1b1 (E-P2). The next portion of samples is under investigation. With this study we hope to shed new light into the genetic structure of populations inhabiting lands of contemporary Poland during the Roman Iron Age and the Middle Ages.

[Atlantische]

Genomics of Mesolithic Scandinavia reveal colonization routes and high-latitude adaptation

[симо]

Genomics of Mesolithic Scandinavia reveal colonization routes and high-latitude adaptation

Хвала, Атлантише. Чини се занимљив рад. Скандинавски мезолит, три тестирана Y-ДНК, сва тројица I2 хаплогрупе,од којих један М423 ( и то са налазишта Стеиген на сјеверу Норвешке). Аутосомално стоје на пола пута између EHG и WHG. Заправо су њихова мјешавина. Од саврмених популација аутосомално најближи су Литванцима, Естонцима и Летонцима.

Видим да су се у раду доста бавили фенотипом, генетски условљен, нажалост немам времена детаљно да читам. Урадили су и једну 3д реконструкцију лица.

[filipi]

Genomics of Mesolithic Scandinavia reveal colonization routes and high-latitude adaptation

Steigen
Steigen belonged to I2a1b-M423 and displayed derived alleles at 14 sites leading to this
haplogroup (Table S5.2). As this individual was ancestral for L161 and L621 downstream of
I2a1b we conclude that he does not belong further down in this lineage. Ancestral states at 13
29
additional sites within the I2 phylogeny exclude the lineages I2a2 and I2c to further corroborate
the I2a1b haplogroup call.

Haplogroup I
Three Mesolithic males in this study belong either to haplogroup I2 (Hum2 and SBj) or I2a1b
Steigen). Unfortunately, there was not enough Y-chromosomal data from the SF11 male to define
his haplogroup. Haplogroup I is one of the most frequently occurring lineages in pre-Neolithic
samples from Europe from which both Y-chromosomal and genome-wide data have been
generated. The earliest hg I individual has been found in a Gravettian context in the Paglicci cave
in Italy and is dated to 34,580-31,210 BP (118). This date is slightly older than a previous
estimate of the age of the haplogroup (ca 20,000-25,000 years) (119), but more in line with
newer estimates (ca 21,390-36,863 years) (120). Haplogroups I and I2 have also been found in
individuals dated to 16,000-12,830 BP from Magdalenian (Burkhardtshohle and HohleFels49),
Azilian (Bichon) and Epipaleolithic (Rochedane) contexts in Germany, Switzerland and France
respectively (118, 121). In line with our results, five other Mesolithic males from Sweden
(Motala2, Motala3, Motala6, Motala9 and Motala12), belong to I2 lineages (I2a1, I2a1b and I2c)
(81, 82, 118, 122). Three additional Mesolithic individuals from France (BerryAuBac and
Chaudardes1) and Luxembourg (Loschbour) belong to I and I2a1b respectively (81, 118). Other,
less prevalent, lineages found in pre-Neolithic European samples are C, F, J and

[filipi]

[Небојша]

Continuity and Admixture in the Last Five Millennia of Levantine History from Ancient Canaanite and Present-Day Lebanese Genome Sequences
http://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297(17)30276-8
http://www.cell.com/cms/attachment/2101574577/2080017559/mmc1.pdf

Р. Кинг за онај стари узорак M205 из Сидона каже да највероватније припада подграни J-CTS1969. Ова грана је стара 6100 година. Толико је процењена и старост PH4306, односно оне подгране којој припадају и Кричи. Проблем је што је на FTDNA PH4306 низводно од CTS1969, док су на YFull-у ове подгране паралелене. Вероватно је процена на основу Yfull-a тачнија.

Иначе су опет мало променили TMRCA за неке гране (што значи да се нешто ипак ради). Тако је сада TMRCA J-CTS1969 и Y22059/PH4306 процењен на 6100 год. До недавно је било 6200, а пре тога испод 6000 година.

[Црна Гуја]

Continuity and Admixture in the Last Five Millennia of Levantine History from Ancient Canaanite and Present-Day Lebanese Genome Sequences
http://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297(17)30276-8
http://www.cell.com/cms/attachment/2101574577/2080017559/mmc1.pdf

Р. Кинг за онај стари узорак M205 из Сидона каже да највероватније припада подграни J-CTS1969. Ова грана је стара 6100 година. Толико је процењена и старост PH4306, односно оне подгране којој припадају и Кричи. Проблем је што је на FTDNA PH4306 низводно од CTS1969, док су на YFull-у ове подгране паралелене. Вероватно је процена на основу Yfull-a тачнија.

Иначе су опет мало променили TMRCA за неке гране (што значи да се нешто ипак ради). Тако је сада TMRCA J-CTS1969 и Y22059/PH4306 процењен на 6100 год. До недавно је било 6200, а пре тога испод 6000 година.

Genetiker је такође данас објавио SNP-ове за овај узорак, и судећи по њима је М205*. Позитиван је на 55 SNP-ова на М205 нивоу, а само један низводни позитиван SNP (CTS1969-YP13-PF7300-YP20) је највероватније последица оштећења која се јављају код древне ДНК, јер је негативан на све остале SNP-ове на том нивоу.

[Небојша]

Genetiker је такође данас објавио SNP-ове за овај узорак, и судећи по њима је М205*. Позитиван је на 55 SNP-ова на М205 нивоу, а само један низводни позитиван SNP (CTS1969-YP13-PF7300-YP20) је највероватније последица оштећења која се јављају код древне ДНК, јер је негативан на све остале SNP-ове на том нивоу.

Тренутно постоје неки технички проблеми на сајту али, ако се не варам, J-CTS1969>YP13 су Велшанин, затим M205 из Катара, а низводно су и Шпанци, као и неки узорци са Сардиније.

[Небојша]

Genetiker је такође данас објавио SNP-ове за овај узорак, и судећи по њима је М205*. Позитиван је на 55 SNP-ова на М205 нивоу, а само један низводни позитиван SNP (CTS1969-YP13-PF7300-YP20) је највероватније последица оштећења која се јављају код древне ДНК, јер је негативан на све остале SNP-ове на том нивоу.

Уствари, ово би значило да можда није ни CTS1969?

[Atlantische]

Дуго очекивани рад је коначно објављен.
Genetic origins of the Minoans and Mycenaeans

[Небојша]

Дуго очекивани рад је коначно објављен.
Genetic origins of the Minoans and Mycenaeans

Управо куцам поруку.

[симо]

Дуго очекивани рад је коначно објављен.
Genetic origins of the Minoans and Mycenaeans

Рекло би се, без већих изненађења.

Не знам да ли под овим J2a1d подразумјевају J2a-M319, који је и данас присутна на Криту.

Спомињу неки мањи утицај степске источноевропске компоненете у Микењанима, али очигледно се то односи на аутосомалну днк.

[Полић]

Дуго очекивани рад је коначно објављен.
Genetic origins of the Minoans and Mycenaeans

B92: Otkrivena velika misterija porekla drevnih Grka http://www.b92.net/zivot/vesti.php?yyyy=2017&mm=08&dd=02&nav_id=1289240

[Đorđo]

[Небојша]

Рекло би се, без већих изненађења.

Не знам да ли под овим J2a1d подразумјевају J2a-M319, који је и данас присутна на Криту.

Спомињу неки мањи утицај степске источноевропске компоненете у Микењанима, али очигледно се то односи на аутосомалну днк.

Узорак I0070 (Minoan, Lasithi) је J2a-M319. Ова подграна је на Криту данас присутна са 8.8%.

Узорак I0073 је J2a-L26 (Minoan, Lasithi), исто као и узорак I9041 (Mycenaean, Peloponesse).

[симо]

Узорак I0070 (Minoan, Lasithi) је J2a-M319. Ова подграна је на Криту данас присутна са 8.8%.

Како рекоше и у закључку рада, континуитет да, али не и изолација.

Сјетих се како смо се на факултету спрдали с Грцима, који су и даље доживљавали античку грчку архитектуру као своју националну архитектуру. Међутим, сад кад видим ове резултате...

[Небојша]

Рекло би се, без већих изненађења.

Не знам да ли под овим J2a1d подразумјевају J2a-M319, који је и данас присутна на Криту.

Спомињу неки мањи утицај степске источноевропске компоненете у Микењанима, али очигледно се то односи на аутосомалну днк.

Јесте мали узорак, али нема трагова Индоевропљана (Y-DNA), а могло би се то очекивати код Микенаца? Вероватно је и код њих превладао тај медитерански слој становништва.

Сетих се оних прича да су Стари Грци били плави нордијци и сл. На основу овога, видимо да су изгледали исто као и данас.

[Atlantische]

Јесте мали узорак, али нема трагова Индоевропљана (Y-DNA), а могло би се то очекивати код Микенаца? Вероватно је и код њих превладао тај медитерански слој становништва.

Сувише је мали број узорака којима је успешно извучен Y-ДНК, свега пет, од тога 4 из минојског и 1 из микенског периода.
Код Минојаца видимо тотално одсуство тзв степског уплива код аутосомалне ДНК, док је код Микенаца нешто израженија, што је и логично с' обзиром на то да су се Микенци касније појавили и полако преовладали тим простором.
Не треба заборавити ни на очигледне индоевропске Y-ДНК хаплогрупе из рада The Genomic History of Southeastern Europe - Mathieson, Reich, et al. датиране на бронзано доба у Бугарској 1750-1625 calBCE R1a1a1b2 (R1a-Z93) односно Хрватској 1700-1500 BCE J2b2a, што је управо време када почиње период микенске и зенит односно касније пропаст минојске цивилизације. Тако да у неким будућим радовима свакако треба очекивати и неку R1 код Микенаца, док је код тадашњих Минојаца очигледан изолациони елемент потомака неолитских земљорадника.

[Radul]

Коначно мало и Ј2а екипе

Individual Population Haplogroup
I2495 Anatolia_BA J1a(xJ1a2b)
I0070 Minoan_Lasithi J2a1d
I0073 Minoan_Lasithi J2a1(xJ2a1a, J2a1b1a, J2a1b2, J2a1c, J2a1e, J2a1h, J2a1i)
I9130 Minoan_Odigitria G2a2b2a(xG2a2b2a1b1a2a, G2a2b2a1c1a)
I9041 Mycenaean J2a1(xJ2a1a, J2a1b1, J2a1b2, J2a1c, J2a1e, J2a1g, J2a1h, J2a1i)

I0073 (Minoan from Lasithi)
This individual was derived for mutation L26:22942897T->C (J2a1) as well as upstream mutations
M410, L559, L152 (J2a). He was ancestral for several downstream haplogroups: M322:15469740C-
53>A (J2a1a), L560:21899860C->T (J2a1b1a), M166:21764694C->T (J2a1b2), M68:21878700A->G
(J2a1c), M339:2881367T->G (J2a1e), L24:14286528G->A (J2a1h), L88.2:17595842T->C and
L198:17595861A->C (J2a1i). He could thus be designated as J2a1(xJ2a1a, J2a1b1a, J2a1b2, J2a1c,
J2a1e, J2a1h, J2a1i).

I9041 (Mycenaean from Galatas Apatheia in the Peloponnese)
This individual was derived for mutations L26:22942897T->C and F4326:23021978A->G (J2a1) as
well as upstream mutations M410:2751678A->G, L559:21674327A->G, L152:22243566C->T,
L212:22711465T->C (J2a). He was ancestral for M322:15469740C->A (J2a1a), M260:15025506G-
>A and M92:21904023T->C (J2a1b1), M166:21764694C->T (J2a1b2), L210:16492197A->T
(J2a1b3), M68:21878700A->G (J2a1c), M339:2881367T->G (J2a1e), P81:6739856G->A (J2a1g),
L207.1:6753448A->G and L24:14286528G->A (J2a1h), L88.2:17595842T->C and
L198:17595861A->C (J2a1i). He could thus be designated as J2a1x(J2a1a, J2a1b1, J2a1b2, J2a1c,
J2a1e, J2a1g, J2a1h, J2a1i).

Узорак I0070 (Minoan, Lasithi) је J2a-M319. Ова подграна је на Криту данас присутна са 8.8%.

Узорак I0073 је J2a-L26 (Minoan, Lasithi), исто као и узорак I9041 (Mycenaean, Peloponesse).

Кинг је писао 2008. године, да се линије М319 и М92 повезују са Минојом.

[Небојша]

Кинг је писао 2008. године, да се линије М319 и М92 повезују са Минојом.

Добар је Кинг. Како време пролази, све више постаје јасно колико је битна та стара ДНК. Битна је наравно и савремена, она нам показује где су данас присутне одређене хг. Али за оно што нас занима, прапорекло народа и народности, неприкосновена је стара ДНК.

Честикте J2a екипи. Као што Синиша рече, нешто слично се и очекивало.