Где да урадим тест на генетичко порекло?

[HandsomestOfThemAll]

Да, YSEQ ради само са букалним брисом, за све тестове. Једино мислим да се за WGS тестове шаљу четири четкице, док за "мале" тестове стижу два.
Четкице су на веома танким пластичним штапићима, који стижу у пластично-папирним футролама. Може се овде видети како њихов прибор изгледа:

https://www.yseq.net/instructions/Instructions_sample_collection.pdf

Хвала, знам какве су четкице, радио сам већ тест код њих (па тако и знам да сам I-Y84307). Него помислих да је можда узорак за митохондријску ДНК другачији.

То ми је прво следеће, у знак пажње према мајци, која је убијена у болници несавесним лечењем од стране медицинских радника слуђених октроисаном ковидоманијакалном "пандемијом" пре непуна 3 месеца.

[Драган Обреновић]

Па ово је баш језиво. Значи сви, и они који и даље наплаћују ненормалне цене и ови сирома 'Талијани који нису хтели да буду мафија него да поштено зараде, заправо раде само с пола капацитета.

То је таман као да ти продају кола која имају вучу и на предњем и на задњем точку, али само с леве стране. Туго...

Мислим да највећи број људи који наручују секвенцирање целог генома то раде из медицинских (здравствених) разлога, а да је број ”родословаца” ипак мањина. Оној првој групи су заправо интересантни сви други хромозоми сем Y хромозома, а они су по правилу значајно боље покривени.

Међутим, треба појаснити да није проблем у томе што фирме које раде WGS секвенцирање ”фушере” или раде са пола капацитета, него једноставно када секвенцер очита нпр. 150 вредности нуклеотида/база који су у оном ”црном”, немапираном делу Y хромозома, за то очитавање просто није могуће одредити о ком тачну сегменту Y хромозома се ради, нити шта су референтне вредности нуклеотида на тим локацијама, да би се знало да ли постоји нека мутација (SNP) или не.

Е сад, ако се некада у будућности објави нова верзија референтног људског генома која мапира (скоро) цео Y хромозом, те очитане сирове кратке секвенце из CRAM фајла теоретски би требало да могу да се и накнадно поравнају са тим новијим референтним геномом и да се добије BAM фајл са много бољим покривањем.

[Sharelock]

Када се добије зипован БАМ фајл и када га отвориш добијеш екстензију .bam. Питање гласи: у ком програму се отвара та екстензија?

[Драган Обреновић]

Прилично информативан чланак о новом WGS 400 тесту који је од недавно у понуди YSEQ-а. Дато је и сумарно поређење са главним WGS конкурентима:

https://h600.org/wiki/article33--ySeq-jumps-into-the-DTC-WGS-market-with-WGS400

На истом сајту има још солидних текстова, препоручујем и овај доле, за оне које генерално интересују технички аспекти ДНК секвенцирања:

https://h600.org/wiki/Sequencing

[Стакић]

KOMPANIJA: Nebula Genomics, San Francisko
Sajt: https://nebula.org/
Vrste testova: WGS testovi

Pozitivne strane:

• Rade sekvenciranje celog genoma, pa je pored Y-DNA analiza iz rezultata sekvenciranja moguće uraditi i druge genealoške analize (mtDNA, autosomalnu, Y-STR…).
• Cenovno najpovoljnije sekvenciranje celog genoma van sezone popusta.
• Imaju direktnu saradnju sa YFull laboratorijom, što bi trebalo da olakša transfer BAM datoteka ukoliko se kod njih testirate. Najavljuju saradnju i sa FTDNA.
• Testiranje uključuje i određene medicinske izveštaje.
• Garantuju tajnost i privatnost podataka preko posebnih IT posrednika. Kao novinu uveli su blokčejn tehnologiju kojom omogućava da testirani zarađuju određeni novac ukoliko bi pristali da se njihov DNK koristi u medicinskim istraživanjima, uz zagarantovanu tajnost identiteta.
• Nude mogućnost „doživotnog“ čuvanja sekvenciranih podataka po fiksnoj ceni.

Negativne strane:

• Nemaju svoje DNK laboratorije već uzorke šalju na sekvenciranje u Kinu.
• Kod nas se još uvek nisu dovoljno pozicionirali i nema nikakvih iskustava sa kvalitetom njihovih usluga. Deluju još uvek kao startap kompanija.
• Još uvek ne rade nikakve analize rezultata sekvenciranja genoma u genealoške svrhe, iako ima najava da će omogućiti povezivanje sa FTDNA bazom.
• Uzorak se mora slati u inostranstvo, pa su mogući problemi sa našom poštom i carinom.
• Mogući problemi sa našom carinom prilikom prijema pribora za uzorkovanje.
• Šalju se dva DNK uzorka u bočicama, koje je teže poslati poštom bez dodatnih pitanja poštanskog službenika.
• Mora se dodatno platiti čuvanja sirovih podataka (CRAM/VCF/FASTQ) barem za mesec dana, da bi se uopšte mogli preuzeti.

Управо је актуелна акција WGS на сајту https://nebula.org/, каква су искуства са њима за узорке из Србије? Видео сам да су помињани проблеми са царином око преузимања прибора, али и са поштом око слања узорка. Јел знамо како би се такви евентуални проблеми најједноставније могли решити?

[Драган Обреновић]

У последње време је било проблема у поштама са слањем узорака у лабораторије, са образложењем да физичка лица не могу да шаљу биолошки материјал правним лицима, већ да то могу само овлашћене лабораторије. Да би се избегли слични проблеми, приликом слања узорака треба нагласити да је прималац пошиљке физичко лице а не фирма, али у том случају треба ставити и име конкретне особе.

У наставку је компилациjа адреса лабораторија које раде ДНК анализе, са именима физичких лица на које треба адресирати пошиљке (напомена: већ данима очекујем од фирме Nebula Genomics одговор на питање које име ставити за примаоца, али док не стигне одговор може да послужи овај "Ђино Небула" - јуче ми је тако прошла пошиљка).

1) FamilyTreeDNA (FTDNA)

    Maricela Sanchez
    FamilyTreeDNA
    1445 North Loop West, Suite 820
    Houston, TX 77008
    USA


2) Dante Labs

    Mario Pecce
    Dante Labs
    Tecnopolo D'Abruzzo, Strada Statale 17
    67100 L'Aquila, AQ
    ITALY


3) YSEQ

    Astrid Krahn
    YSEQ
    Kettinger Str. 32
    12305 Berlin
    GERMANY


4) Nebula Genomics

    Geno Nebula
    AKESOgen, Inc.
    ATTN: Nebula Genomics
    3155 Northwoods Place
    Peachtree Corners, GA 30071
    USA

[Каламанда]

Да ли Небула нуди сад попуст за WGS 99$ или сам ја погрешно прочитао ?

[Romanijski]

Да ли Небула нуди сад попуст за WGS 99$ или сам ја погрешно прочитао ?

www.ftdna.com
bar imaš mogućnost nadogradnje , evo najbolji primjer ti je sadašnji FTT SNP-vi....

[Драган Обреновић]

Да ли Небула нуди сад попуст за WGS 99$ или сам ја погрешно прочитао ?

За генетичку генеалогију користи се "Deep" тест, који кошта $299.

Ова (прилично коректна) цена је код њих током целе године, а додатни попусти обичну буду на "Црни Петак".

[Каламанда]

За генетичку генеалогију користи се "Deep" тест, који кошта $299.

Ова (прилично коректна) цена је код њих током целе године, а додатни попусти обичну буду на "Црни Петак".

Зна ли се кад ће тај петак 🙂

[Драган Обреновић]

Зна ли се кад ће тај петак 🙂

google: black friday 2022

[Дамјан]

Слао ФТДНА узорак као физичко лице физичком лицу. Вратила царина са образложењем да физичко лице не сме да шаље такав тип пошиљке (ДНК узорак). Има неко неки предлог шта да радим?

[Драган Обреновић]

Слао ФТДНА узорак као физичко лице физичком лицу. Вратила царина са образложењем да физичко лице не сме да шаље такав тип пошиљке (ДНК узорак). Има неко неки предлог шта да радим?

Пробати поново, ако је могуће из другог града. Повремено, некоме неће да приме пошиљку у пошти, или пошиљка налети на цариника баксуза, али генерално то на крају обично пролази.

[Malesevic]

Слао ФТДНА узорак као физичко лице физичком лицу. Вратила царина са образложењем да физичко лице не сме да шаље такав тип пошиљке (ДНК узорак). Има неко неки предлог шта да радим?

Ја кад сам слао из Аустрије морао сам у пошти неки специјални формулар да попуним, због америчких прописа у уласку поште која садржи материје типа ДНК. Али отишло је без проблема.

[Неродимац]

Пријатељи шта се дешава са Nebulom јел неко има информације када ће започети са радом јер већ неколико пута одлажу секвенцирање, тобож због COVID-19. Узорци су већ месец дана код њих.

[НиколаВук]

Пријатељи шта се дешава са Nebulom јел неко има информације када ће започети са радом јер већ неколико пута одлажу секвенцирање, тобож због COVID-19. Узорци су већ месец дана код њих.

Небула нема обичај да обавештава људе мејлом о процесу секвенцирања. Мислим да је тај мејл где су људе обавестили да су ушли у контролу квалитета узорка једино што уопште и намеравају да пошаљу пре завршетка секвенцирања. Наоружајте се стрпљењем, потрајаће то барем 3 месеца, ако не и више.

[НикПав]

 Небула је јако спора, ја сам своје резултате чекао шест месеци од јануара 2021. скоро па сам и заборавио да сам послао узорак.
Као што Никола рече, комуникација је врло штура и спорадична.

[Полић]

Људи имам једно питање. Где је тренутно најбоље урадити WGS тест, узевши у обзир цену, квалитет, професионалност итд? Контактирао сам тестираног Савића из Ћукала код Српца, и рекао је да за њега није проблем да плати WGS, а његов резултат би био стварно значајан, барем за мене .
Он је такође и купио књигу Генетичко порекло Срба Старе Херцеговине и заинтересован је за тематику.

[Драган Обреновић]

Људи имам једно питање. Где је тренутно најбоље урадити WGS тест, узевши у обзир цену, квалитет, професионалност итд? Контактирао сам тестираног Савића из Ћукала код Српца, и рекао је да за њега није проблем да плати WGS, а његов резултат би био стварно значајан, барем за мене .
Он је такође и купио књигу Генетичко порекло Срба Старе Херцеговине и заинтересован је за тематику.

Па то је као и код аутомобила - да постоји најбољи по свим критеријумима, други се не би ни производили ни продавали

Ојлер је у једној теми (овој?) дао врло детаљан приказ свих компанија и тестова, мислим да и даље важи.

Укратко, америчка компанија Nebula Genomics је мало "аутистична" компанија, тј. комуникација са корисницима је скоро непостојећа и рокови умеју да буду пробијени. Са друге стране, колико знам сви који су поручили тест, добили су на крају резултате и здравствене извештаје. Највећа предност ове лабораторије је константно ниска цена током целе године ($299) а тренутно чак и нижа, још увек је на снази попуст поводом Светског дана ДНК, па се WGS тест може поручити за $199 + претплата на здравствене извештаје по жељи.

Италијанска компанија Dante Labs је прешла дуг пут од "неозбиљне" лабораторије где су узорци умели да буду загубљени, да се резултати чекају и по 12 месеци и сл. до до врло поуздане лабораторије, са одличном комуникацијом са клијентима и роковима који се поштују (резултати умеју чак да стигну и за 2 недеље уместо за 2 месеца, као у случају недавног тестираног Глигоријевића). Мана је висока цена WGS теста, а значајне попусте даје углавном само за Црни Петак.

[Полић]

Па то је као и код аутомобила - да постоји најбољи по свим критеријумима, други се не би ни производили ни продавали

Ојлер је у једној теми (овој?) дао врло детаљан приказ свих компанија и тестова, мислим да и даље важи.

Укратко, америчка компанија Nebula Genomics је мало "аутистична" компанија, тј. комуникација са корисницима је скоро непостојећа и рокови умеју да буду пробијени. Са друге стране, колико знам сви који су поручили тест, добили су на крају резултате и здравствене извештаје. Највећа предност ове лабораторије је константно ниска цена током целе године ($299) а тренутно чак и нижа, још увек је на снази попуст поводом Светског дана ДНК, па се WGS тест може поручити за $199 + претплата на здравствене извештаје по жељи.

Италијанска компанија Dante Labs је прешла дуг пут од "неозбиљне" лабораторије где су узорци умели да буду загубљени, да се резултати чекају и по 12 месеци и сл. до до врло поуздане лабораторије, са одличном комуникацијом са клијентима и роковима који се поштују (резултати умеју чак да стигну и за 2 недеље уместо за 2 месеца, као у случају недавног тестираног Глигоријевића). Мана је висока цена WGS теста, а значајне попусте даје углавном само за Црни Петак.

Хвала на одговору, погледаћу где је Ојлер постовао. Ја сам давно радио WGS код Данте-а и чекао сам више од 12 месеци.Кад сам добио резултат после се нисам више интересовао и нисам био у току.