Где да урадим тест на генетичко порекло?

[Драган Обреновић]

Да ли је неко скоро код ФТДНА наручио неки тест?

Послали су 12.11. још није стигао прибор.
 

Пријавите се на FTDNA користећи број кита (прибора) и лозинку коју си послали на маил. Онда у контролном панелу (dashboard) има горе десно информација "Tracking Your Package" где треба да се кликнете на DHL број и добићете детаљан извештај где се пакет тренутно налази, овако отприлике изгледа:

[нцп]

Пријавите се на FTDNA користећи број кита (прибора) и лозинку коју си послали на маил. Онда у контролном панелу (dashboard) има горе десно информација "Tracking Your Package" где треба да се кликнете на DHL број и добићете детаљан извештај где се пакет тренутно налази, овако отприлике изгледа:

Хвала Драгане 

[нцп]

Проверих сад.

Баш је данас стигло у Бгд.

Па од12.11. - неких 18 дана.
 

[Exiled]

Нисам сигуран да ли је овде право место али да пробам.Имам једног заинтересованог из ПГ који би хтео да уради тест.Па ме занима каква је ситуација сад због короне, раде ли ови наши у БГ?

[Amicus]

Нисам сигуран да ли је овде право место али да пробам.Имам једног заинтересованог из ПГ који би хтео да уради тест.Па ме занима каква је ситуација сад због короне, раде ли ови наши у БГ?

Лабораторија ДНК центра за генетику у Београду ради.

[CosicZ]

Google ми је препоручио рекламу за https://dnktest.rs/nasi-testovi/dnk-test-porekla/ .

Kako se utvrđuje DNK poreklo?
Quest DNK test porekla je razvijen od strane vodećih populacionih genetičara sa engleskog Univerziteta u Šefildu i pruža biogeografske informacije ogenealoškom nasleđu. Princip testa zasnovan je analizi preko 80.000 autozomnih DNK markera (genskih markera) koji se upoređuju sa referentnimpopulacijama i genskim fondovima (gen pool). Ovi opsežni podaci se dalje bioinformatički obrađuju kako bi algoritam dao najpreciznije dostupnebiogeografske rezultate. Ovo je test predačkog porekla i omogućava vam da pratite svoju DNK unazad oko 1.000 godina ili više, do mesta na kojem jezačet vaš jedinstveni DNK potpis, odnosno pečat.Test koristi 41 globalni genski fond da bi odredio genski pečat vaše autozomne DNK. Zatim upoređuje vaš jedinstveni DNK pečat sa više od 1000populacija širom sveta (za koje znamo da su duže vreme živele na istoj lokaciji) da bi se pronašlo mesto gde je nastao vaš lični DNK pečat. U nekimslučajevima test prati vašu DNK do nivoa sela ili grada, a u nekim to nije moguće, zavisno od same istorije mešanja vaših predaka. Na kraju se izračunavajudve genske linije, prateći puteve migracije vaše DNK, sa tačkama koje pokazuju poslednja tri mesta na kojima je vaša DNK pretrpela značajne promene.Konačna tačka je i vremenski označena.
...
Onlajn interaktivni izveštaj o poreklu uključuje·   
Interaktivnu mapu koja omogućava zumiranje predačkih GPS tačaka, otkrivajući gradove i mesta kada je to dostupno·   PDF izveštaj koji se može preuzeti i deliti sa porodicom i prijateljima, a sadrži:1. Mape tri glavna predačka porekla sa procentualnim udelom svakog u Vašoj DNK. To su genski fondovi ili zajednice koji su u najvećoj meri uticali naformiranje Vašeg genotipa.2. Sveobuhvatan profil genskih fondova sa procentima u kojim su oni sadržani u Vašoj DNK3. Detaljnu kartu koja ilustruje migracije po muškoj i ženskoj liniji, sa prikazom poslednje tri lokacije i periodima kada je porodični DNK pečat prolaziokroz veće promene. Mapu prate i priče o mogućim faktorima koji su na te promene mogli uticati u datim periodima. Kakve su bile prilike u timkrajevima, da li je naka masovna pojava mogla uticati na strukturu populacije i tako dalje

https://dnktest.rs/cesta-pitanja/

Koliko je tačan test?
Nivo tačnosti zavisi od porodične istorije. Ako su
vaši roditelji iz istog mesta i dele relativno
homogene genske baze, test može oba njihova
DNK potpisa pratiti u zemlji porekla u 81%
slučajeva. QUEST DNK test porekla tačno
predviđa barem jednog roditelja tačnoj zemlji
porekla u 96% slučajeva.
U istraživanju ljudi iz celog sveta, putevi
migracije generisani iz algoritma GPS Origins
predvideli su kontinentalno poreklo sa tačnošću
od 98%, 83% pojedinaca dodelili svojoj zemlji
porekla i, tamo gde je bilo primenljivo, 66% njih
svojoj regionalnoj lokaciji.
Ako su vaši preci bili iz zapadne Evrope, a
roditelji su vam iz istog regiona, ne udaljavajući
se od mesta odakle su došli, test će staviti vaš
DNK potpis u krugu od 50 milja od njegovog
pravog porekla, a često i bliže.
Vaši rezultati pokazuju poreklo kao tačku na
mapi. Granica greške pojavljuje se kao krug oko
tačke. Što je manji krug, tačniji je rezultat.
Tačnost takođe zavisi od veličine referentne
populacije u datom području; što je veća
referentna grupa, to su rezultati tačniji.
Imajte na umu da rezultati ne predviđaju vašu
adresu stanovanja, već šire poreklo vašeg DNK
pečata, pokazujući poslednja tri mesta na
kojima je značajno izmenjen.

Мени не изгледа као алат користан за истраживање порекла, поготово ако нисте из западне Европе. Но, можда неком буде од користи.
https://dnktest.rs/nasi-testovi/dnk-test-ocinstva/
https://dnktest.rs/da-li-me-devojka-vara-pratite-ove-bitne-znakove/
https://dnktest.rs/nasi-testovi/dnk-test-neverstva/
http://www.medigen.rs/geneticki-test-na-alergije

[Uzi]

ДНК тест од $3.

https://supchina.com/2020/12/11/with-dna-tests-for-3-chinese-startup-genebox-raises-tens-of-millions/
https://www.genebox.cn/

[CosicZ]

У биоскопима се ових дана приказује француско-алжирски филм ДНК ( ADN), a "улогу" у филму имају и ДНК тестови. Релативно добро описује тестирање аутосомалне ДНК и резултате теста. Ако се неко пита шта да очекује од таквог теста, можда би требало га погледа. Узимање узорка за анализу Y хромозома током ручка не бих препоручио.
https://www.krstarica.com/zabava/filmovi/dnk-video/
https://www.imdb.com/title/tt7600716/

[Ojler]

Uradio sam jednu analizu kod nas najpopularnijih laboratorija koje nude usluge Y-DNK testiranja, pa bih je ovde podelio. Možda bude od koristi ljudima koji tek planiraju da se testiraju.

KOMPANIJA: DNK Centar za genetiku, Beograd
Sajt: https://dnk.rs/
Vrste testova: Y-STR panel PowerPlex23

Pozitivne strane:

• Popust od 50% i logistička podrška ako se testiranje radi preko Porekla, što uključuje i kraću analizu rezultata.
• Mogućnost poređenja rezultata testa sa velikim brojem testiranih na PowerPlex23 panel iz baze Srpskog DNK projekta.
• Nema problema oko slanja uzorka u inostranstvo.
• Brzo se dobija rezultat testa.

Negativne strane:

• Na raspolaganju je samo osnovni Y-STR panel test na 23 markera, kojim se haplogrupa utvrđuje indirektno, preko predikcije, a ne direktno, putem SNP-a.
• Nema mogućnosti nadogradnje rezultata.

[Ojler]

KOMPANIJA: YSEQ, Berlin
Sajt: https://www.yseq.net/
Vrste testova: Y-STR paneli, SNP paneli, WGS testovi

Pozitivne strane:

• Veoma raznovrsna i fleksibilna ponuda opcija za Y-DNK testiranje.
• Mogućnost testiranja na različite Y-STR panele.
• Mogućnost testiranja pojedinačnih Y-STR markere i SNP mutacija koje su u ponudi, kao i nominovanja sopstvenih SNP mutacija za testiranje.
• Mogućnost testiranja na SNP panele formirane po želji od strane kupaca.
• Kvalitetan WGS test čiji rezultat se kasnije može koristiti i za zdravstvene analize (kod drugih kompanija).
• Od nedavno su u ponudu uvrstili dubinski test WGS400 koji je po ceni konkurentan drugim laboratorijama koje su kod nas popularne.
• Ukoliko kupac to želi, YSEQ može sačuvati DNK uzorak, pa se većina dodatnih testova može raditi i bez slanja novih uzoraka.
• U laboratoriju se šalje suvi bris na veoma tankim štapićima, pa ga je mnogo lakše „proturiti“ na pošti, jer može da ide u običnoj koverti.
• Izuzetno ljubazna i susretljiva korisnička podrška. Komunicirate direktno sa vlasnicima i rukovodiocima firme.
• Nude usluge bioinformatičke konverzije datoteka sa rezultatima testiranja između različitih formata (hg19 -> hg38).
• Imaju direktnu saradnju sa YFull kompanijom.

Negativne strane:

• Standardni Y-STR test od 37 markera koji imaju u ponudi (YSEQ-Alpha-Beta) podudara se sa PowerPlex23 panelom na svega 18 markera, pa je smanjena mogućnost poređenja sa rezultatima dobijenim iz beogradskih laboratorija.
• Veoma skupi „veliki“ testovi (WGS), mada od nedavno nude WGS400 koji je po ceni konkurentan.
• Uzorak se mora slati u inostranstvo, pa su mogući problemi sa našom poštom i carinom.
• Mogući problemi sa našom carinom prilikom prijema pribora za uzorkovanje.
• Iako su ranije rezultate testiranja dostavljali u prihvatljivom roku, u poslednje vreme su počeli prilično da kasne.
• Zajednica testiranih koju okupljaju je i dalje relativno mala i pasivna.

[Ojler]

KOMPANIJA: FTDNA, Hjuston
Sajt: https://www.familytreedna.com/
Vrste testova: Y-STR FTDNA paneli, Big Y test

Pozitivne strane:

• U svetu verovatno najpopularnija laboratorija za Y-DNK testiranje u genealoške svrhe.
• FTDNA Big Y testovi predstavljali su do nedavno de fakto standard kada su u pitanju dubinski Y-DNK testovi, pa kompanija poseduje verovatno najveću bazu ovakvih rezultata koji se mogu porediti.
• Ukoliko kupac to želi, FTDNA može sačuvati poslati DNK uzorak, pa se dodatni testovi mogu raditi i bez slanja novih uzoraka.
• Na svojim web platformama okupljaju velika zajednicu zainteresovanih za genetičku genealogiju, gde se može saznati dosta o rezultatu testa.
• Iako svojim Big Y dubinskim testom ne pokrivaju ceo Y hromozom, pokrivaju deo koji je od značaja u genealoške svrhe i procesiraju ga veoma kvalitetno.
• Profesionalna i „uhodana“ kompanija.

Negativne strane:

• Standardni Y-STR test od 37 markera koji imaju u ponudi (Y-37) podudara se sa PowerPlex23 panelom na svega 18 markera, pa je smanjena mogućnost poređenja sa rezultatima dobijenim iz beogradskih laboratorija.
• Prilično skupi testovi. Dubinski Big Y test pokriva samo deo Y hromozoma, a za manji novčani iznos se kod drugih kompanija može sekvencirati ceo genom, a rezultati takvog testa se onda mogu koristiti i u druge (npr. zdravstvene) svrhe.
• Uzorak se mora slati u inostranstvo, pa su mogući problemi sa našom poštom i carinom.
• Mogući problemi sa našom carinom prilikom prijema pribora za uzorkovanje.
• Šalje se DNK uzorak u bočici sa tečnošću za konzervaciju, koju je teže poslati poštom bez dodatnih pitanja poštanskog službenika.
• Dodatno naplaćuju preuzimanje fajlova sa rezultatima sekvenciranja (BAM), koji su vam neophodni ukoliko želite da prosledite rezultate vašeg testa na analizu kod drugih kompanija (npr. YFull).
• Ne sarađuju sa YFull, pa im se filogenetička stabla i SNP nomenklatura često međusobno razlikuju.
• U poslednje vreme su počeli da kasne sa obradom poslatih uzoraka.

[Ojler]

KOMPANIJA: Dante Labs, L’Akvila (Italija) / Njujork
Sajt: https://www.dantelabs.com/
Vrste testova: WGS testovi

Pozitivne strane:

• Daju velike popuste tokom Crnog petka i oko Božića, pa se dubinski WGS test može uraditi po bagatelnim cenama.
• Rade sekvenciranje celog genoma, pa je pored Y-DNA analiza iz rezultata sekvenciranja moguće uraditi i druge genealoške analize (mtDNA, autosomalnu, Y-STR…).
• U testiranje je uključena i zdravstvena analiza na rizike od naslednih bolesti i alergijskih reakcija.
• Sarađuju sa kompanijom za medicinske analize sekvenciranog genoma, pa se preko njih mogu naručiti i drugi detaljniji medicinski izveštaji (npr. u vezi rizika od srčanih oboljenja, autoimunih bolesti, nutricionističkih preporuka, i slično).
• Kompanija u usponu koja kod nas postaje sve popularnija.

Negativne strane:

• Nude samo dubinske testove, za sekvenciranje celog genoma (WGS), dok Y-STR i SNP panel testove kod njih nije moguće raditi.
• Do pre dve godine nisu imali svoju laboratoriju za DNK sekvenciranje već su to radili u Kini, pa se još uvek „uhodavaju“ sa samostalnim radom. Još uvek dosta pritužbi na kvalitet sekvenciranja.
• Više su orijentisani ka segvenciranju genoma u medicinske svrhe i ne rade genealošku analizu rezultata sekvenciranja genoma, pa se oni moraju slati na analizu kod drugih kompanija (YFull).
• Uzorak se mora slati u inostranstvo, pa su mogući problemi sa našom poštom i carinom.
• Mogući problemi sa našom carinom prilikom prijema pribora za uzorkovanje.
• Šalje se DNK uzorak u bočici sa tečnošću za konzervaciju, koju je teže poslati poštom bez dodatnih pitanja poštanskog službenika.
• Često su menjali politiku čuvanja i preuzimanja sirovih podataka (BAM/FASTQ) i to trenutno dodatno naplaćuju.
• Opet su u nekom „previranju“ i na osnovu novog web sajta nije jasno koje testove nude i po kojoj ceni.
• Praksa im je da ne poštuju rokove koje sami postavljaju.
• Česte primedbe na kvalitet uslugw i korisničku podršku. Mnogi su imali problema sa njima: gubljenje uzoraka i rezultata, neisporučivanje plaćenih usluga, kašnjenje sa rezultatima i po godinu i po dana, laganje klijenata i slično. Kupovina kod njih je kocka i sa tim rizikom treba računati.

[Ojler]

KOMPANIJA: Nebula Genomics, San Francisko
Sajt: https://nebula.org/
Vrste testova: WGS testovi

Pozitivne strane:

• Rade sekvenciranje celog genoma, pa je pored Y-DNA analiza iz rezultata sekvenciranja moguće uraditi i druge genealoške analize (mtDNA, autosomalnu, Y-STR…).
• Cenovno najpovoljnije sekvenciranje celog genoma van sezone popusta.
• Imaju direktnu saradnju sa YFull laboratorijom, što bi trebalo da olakša transfer BAM datoteka ukoliko se kod njih testirate. Najavljuju saradnju i sa FTDNA.
• Testiranje uključuje i određene medicinske izveštaje.
• Garantuju tajnost i privatnost podataka preko posebnih IT posrednika. Kao novinu uveli su blokčejn tehnologiju kojom omogućava da testirani zarađuju određeni novac ukoliko bi pristali da se njihov DNK koristi u medicinskim istraživanjima, uz zagarantovanu tajnost identiteta.
• Nude mogućnost „doživotnog“ čuvanja sekvenciranih podataka po fiksnoj ceni.

Negativne strane:

• Nemaju svoje DNK laboratorije već uzorke šalju na sekvenciranje u Kinu.
• Kod nas se još uvek nisu dovoljno pozicionirali i nema nikakvih iskustava sa kvalitetom njihovih usluga. Deluju još uvek kao startap kompanija.
• Još uvek ne rade nikakve analize rezultata sekvenciranja genoma u genealoške svrhe, iako ima najava da će omogućiti povezivanje sa FTDNA bazom.
• Uzorak se mora slati u inostranstvo, pa su mogući problemi sa našom poštom i carinom.
• Mogući problemi sa našom carinom prilikom prijema pribora za uzorkovanje.
• Šalju se dva DNK uzorka u bočicama, koje je teže poslati poštom bez dodatnih pitanja poštanskog službenika.
• Mora se dodatno platiti čuvanja sirovih podataka (CRAM/VCF/FASTQ) barem za mesec dana, da bi se uopšte mogli preuzeti.

[Ojler]

To bi bilo to. Ako imate komentara, dopuna ili ispravki, slobodno ih iznesite.

[Exiled]

Код свих наведених могућности тестирања код различитих компанија си навео да проблем може бити и јесте слање а пре свега добијање прибора из иностранства у Србији. Такав случај немамо ни у суседним нам земљама ни у свету.Зато сад питам да ли је могуће као друштво реаговати неким дописима, молбама, захтевима да се то стање побољша...

[Ojler]

Код свих наведених могућности тестирања код различитих компанија си навео да проблем може бити и јесте слање а пре свега добијање прибора из иностранства у Србији. Такав случај немамо ни у суседним нам земљама ни у свету.Зато сад питам да ли је могуће као друштво реаговати неким дописима, молбама, захтевима да се то стање побољша...

Ко није имао посла са нашом царином, тај не зна шта је патња. То је држава у држави. Борио сам се са њима пословно у име много моћније и финансијски јаче фирме него што је наше Порекло, па је било као да покушавамо да померимо планету. А најгоре је што су законски прописи овај пут заиста на њиховој страни, барем када је у питању слање узорка у иностранство.

[Exiled]

Ко није имао посла са нашом царином, тај не зна шта је патња. То је држава у држави. Борио сам се са њима пословно у име много моћније и финансијски јаче фирме него што је наше Порекло, па је било као да покушавамо да померимо планету. А најгоре је што су законски прописи овај пут заиста на њиховој страни, барем када је у питању слање узорка у иностранство.

А ако је закон узрок проблема може ли се како продријети у скупштину и пробати неким амандманима утицати на ствари које се тичу директно Порекла и генетичког истраживања. Ја знам да је лако сједети,ко ја сад, и куцкати поруке али видим да овде има људи који могу и инстутиционално и лично да покрену неке иницијативе а про по унапређења и олакшавања рада и истраживања...Ево пластично, од шест узорака које сам наручио само два нису стигла и то само у Србију, послали су их поново и чисто сумњам да ће стићи на одредиште...

[Драган Обреновић]

Код свих наведених могућности тестирања код различитих компанија си навео да проблем може бити и јесте слање а пре свега добијање прибора из иностранства у Србији. Такав случај немамо ни у суседним нам земљама ни у свету.Зато сад питам да ли је могуће као друштво реаговати неким дописима, молбама, захтевима да се то стање побољша...

Чини ми се да у том погледу са YSEQ приборима има најмање проблема и код пријема и код слања, јер се ради о ”сувим приборима”, без оних бочица са флуидом за стабилизацију.

Ја сам скоро поручио 10 прибора од YSEQ, и нашао сам обичан коверат у сандучету, убацио поштар као обично писмо. Док се не отвори, не може ни да се ”провали” да унутра нису неки папири.

[Exiled]

Чини ми се да у том погледу са YSEQ приборима има најмање проблема и код пријема и код слања, јер се ради о ”сувим приборима”, без оних бочица са флуидом за стабилизацију.

Ја сам скоро поручио 10 прибора од YSEQ, и нашао сам обичан коверат у сандучету, убацио поштар као обично писмо. Док се не отвори, не може ни да се ”провали” да унутра нису неки папири.

Онда ће бити да сам малер...

[Драган Обреновић]

Иначе Велиборе, свака част, стварно детаљан и објективан преглед.

Пар коментара само...

”FTDNA: Ne sarađuju sa YFull, pa im se filogenetička stabla i SNP nomenklatura često međusobno razlikuju.”

Не знам ни како би могли да сарађују тек тако, за то је потребан пристанак особе која се тестира. Свака компанија прави филогенетска стабла на основу резултата својих клијената, па им се и стабла разликују. Знам да Порекло користи YFULL као ”официјелно филогенетско стабло”, али није баш увек ситуација да је YFULL стабло профилисаније или да има више тестираних, у неким хаплогрупама итекако има и обрнутих ситуација.

Што се тиче разлике у номенклатури снипова, то ми је мало магловито... Негде прочитах да инситуције и појединци који се баве истраживањем и откривају нове снипове, исте по правилу региструју са сопственим префиксом код ISOGG (списак и зналчење префикса наведени при дну ове стране: https://isogg.org/tree/index.html). Дешава се да се мање-више истовремено и независно открију исти снипови па буде и дупликата-сининима, али то није у суштини проблем.

Из свог искуства могу да посведочим да је YFULL рецимо препознавао код опције ”Check SNP” именоване новеле које ми је открио FTDNA свега 2-3 дана након што им је FTDNA дао име симболичко име.