Аутор Тема: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН  (Прочитано 38902 пута)

Ван мреже Platin

  • Одбор за архивистику
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 994
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #60 послато: Новембар 20, 2019, 05:31:05 поподне »
Браво за Невског !

На мрежи Зрно

  • Помоћник уредника
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2365
  • R1b>Z2705>BY200954
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #61 послато: Новембар 20, 2019, 06:32:18 поподне »
Само треба неко ко добро зна енглески, да сложи реченице.

Right prediction - да ли се тако каже?

Ван мреже Иван Вукићевић

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3520
  • Васојевић
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #62 послато: Новембар 20, 2019, 07:25:19 поподне »
У октобру ове године објављено је истраживање хаплотипова бразилске популације (1382 тестирана Yfiler Plus). Оно што је занимљиво јесте да су кроз ово истраживање хтјели провјерити и успјешност примјене предвиђача хаплогрупа, између осталих и Невгена. У поређењу са Haplogroup Predictor-ом Невген је однио побједу. То смо знали и раније, али свакако честитамо.  ;)

Од оваквих поређења тешко да има боље промоције за Невген. Можда би их чак и требало цитирати на следећој страници:
http://www.nevgen.org/AboutNevGen.html

Само треба неко ко добро зна енглески, да сложи реченице.

Right prediction - да ли се тако каже?

Мислим да није неправилно, али "accurate prediction" је вероватно ближе духу енглеског језика. Број резултата на Гуглу:
"accurate prediction" - About 2,710,000 results
"correct prediction" - About 489,000 results
"right prediction" - About 333,000 results

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1139
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #63 послато: Новембар 21, 2019, 12:35:17 поподне »
У октобру ове године објављено је истраживање хаплотипова бразилске популације (1382 тестирана Yfiler Plus). Оно што је занимљиво јесте да су кроз ово истраживање хтјели провјерити и успјешност примјене предвиђача хаплогрупа, између осталих и Невгена. У поређењу са Haplogroup Predictor-ом Невген је однио побједу. То смо знали и раније, али свакако честитамо.  ;)

"The performance of Haplogroup Predictor and NevGen software in haplogroup prediction based on Yfiler Plus and Yfiler haplotypes was evaluated in a subset of 416 Brazilian samples that were also genotyped for 51 Y-SNPs. In 25% of the samples, no classification or errors were found for at least one of the prediction tools or marker sets. NevGen presented lower error rates (5.52% and 8.65% with Yfiler Plus and Yfiler, respectively) than Haplogroup Predictor (16.11% with Yfiler Plus and 13.70% with Yfiler). In conclusion, both haplogroup prediction tools can be useful to direct the SNP typing, but present large error rates to be used in forensic analysis, especially in predicting African haplogroups in admixed South American populations."

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31704485

Видѣх ово прѣ неки дан. Хвала свим за честитке, али нема никаква смисла поредити НевГен Прѣдвиђач с дѣлом Атея, койи нѣйе освѣжаван годинами, те йе непоштено поредити га с НевГеном койи се освѣжава скоро на недѣљной основи.
То йе као поређење у брзини трчања двадесетогодишњака и осамдесетогодишњака. Нема никакве славе првоме ако надтрчи другога. НевГен има далеко већу збирку узорака над койими се прави статистика, и знатно већи скуп огранака койе прѣдвиђа, а обойе знатно олакшава прѣдвиђање.
Йедини поштен и мѣродаван начин за утврђивање койи йе прѣдвиђач бољи било би када би се направило надметање гдѣ се статистика свакога од њих прави над истим скупом хапловрст за обуку и над истим скупом огранака за прѣдвиђање, па да се онда над таквими податки изврши прѣдвиђање узорака с познатими СНПови. Све остало йе без смисла.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1733
  • J-Y230853 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #64 послато: Март 03, 2020, 02:34:08 поподне »
Ево још једног рада из 2017, гдје је коришћен НевГен у додацима:
Dogan, S., Gurkan, C., Dogan, M., Balkaya, H. E., Tunc, R., Demirdov, D. K., Ameen, N. A., & Marjanovic, D. (2017). A glimpse at the intricate mosaic of ethnicities from Mesopotamia: Paternal lineages of the Northern Iraqi Arabs, Kurds, Syriacs, Turkmens and Yazidis. PloS one, 12(11), e0187408. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0187408
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Јовица Кртинић

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4229
  • Нема ни могућег ако не желимо немогуће!
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #65 послато: Мај 11, 2020, 12:06:54 пре подне »
Хајде да ухватим муштулук - Невген добио свој сајт: https://site.nevgen.org/

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1000
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #66 послато: Јул 16, 2020, 01:19:37 поподне »
добар муштулук али помало забачен од очију већине посетилаца форума. Штета што Невски није додао могућност аутоматског рачунања заједничког претка између два хаплотипа. То није тежак посао, говорио сам му својевремено о томе али на жалост није реализовано у пракси. Та би могућност још боље пристајала табели СДП и много би помогла у анализи података.
За сваки маркер узети коефицијенте мутације, сумирати и то је то.

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1957
  • G2a-FT221531
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #67 послато: Мај 29, 2022, 10:17:45 пре подне »
Невген коришћен у скоро објављеном раду Sequencing of autosomal, mitochondrial and Y-chromosomal forensic markers in the People of the British Isles cohort detects population structure dominated by patrilineages. Анализирана су 362 STR хаплотипа.

Цитат
Haplogroups were predicted from mtDNA CR sequences using both EMPOP [24, 25] and HaploGrep2 [[26]]. The desktop version of the Y-STR-based NevGen Y-DNA Haplogroup Predictor software (Gentula and Nevski, Serbian DNA Project, 2015, available at: https://www.nevgen.org/ - with NevGenGeneralPredictor_23_STR.dat file dated 15–10–19) was used to predict MSY haplogroups
« Последња измена: Мај 29, 2022, 10:19:19 пре подне Atlantische »
''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1957
  • G2a-FT221531
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #68 послато: Новембар 17, 2022, 10:11:25 поподне »
У казахстанској студији објављеној прошлог месеца су користили Невген.

Genetic Polymorphism of 27 Y-STR Loci in the Western Kazakh Tribes from Kazakhstan and Karakalpakstan, Uzbekistan

Цитат
Data on the genetic polymorphism of 27 Y-STR in Kazakhs of the Junior Zhuz has been presented and analyzed in relation to forensic features. A total of 464 representatives of the Western Kazakh tribes of Kazakhstan (Western Kazakhs, n = 405) and Uzbekistan (Karakalpakstan Kazakhs, n = 59) were examined by the Yfiler Plus set.

The belonging of haplotypes to haplogroups was assessed using the Nevgen Y-DNA haplogroup predictor software (https://www.nevgen.org/).
''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1957
  • G2a-FT221531
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #69 послато: Јануар 31, 2023, 06:23:49 поподне »
Из Акре моји, знаш ти добро који!

Haplogroup prediction in the Ghanaian population using haplotype data of 27 Yfiler® Plus loci and TaqMan SNP genotyping


Цитат
This study describes the use of the 27 loci Yfiler® Plus kit and TaqMan™ SNP genotyping to characterise and predict the haplogroups of Y chromosomes within the four major ethnic populations of Ghana. Haplogroups were assigned using the desktop NevGen software (https://www.nevgen.org/).

The NevGen predicted haplogroups were further screened with TaqMan™ genotyping for confirmation. In conclusion, ≈ 95% of the dataset was classified as M-E1b1a using NevGen combined with TaqMan™ SNP Genotyping for confirmation.

''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

Ван мреже Јовица Кртинић

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4229
  • Нема ни могућег ако не желимо немогуће!
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #70 послато: Новембар 11, 2023, 11:44:35 поподне »
Невген не посустаје и све чешће се користи у студијама.
Нађох да је коришћен (маја ове године) у студији објављеној у часопису Genes: Comparing Genetic and Physical Anthropological Analyses for the Biological Profile of Unidentified and Identified Bodies in Milan

https://air.unimi.it/retrieve/9b0365fb-862f-42ae-a69d-1c33f8964a0b/genes-14-01064.pdf

Мислим да не би било лоше да се овде саберу све студије у којима је Невген коришћен, од покретања до данас.

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1139
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #71 послато: Децембар 03, 2023, 12:05:23 поподне »
Еве найновийега издања прѣдвиђача, койега пуштам на молбу нашега човѣка койи тражаше олакшање уноса хапловрст из ДНК Срѣдишта за генетику.
Сада се обичним умножи-и-залѣпи поступком подаци из извѣштая могу прѣбацити у поступак, чиме се добия доста на врѣмену. Битно йе само да се долѣ одабере редослѣд 23 ознаке.
Као увѣк до сада, трѣба прѣименовати "Невски.дат" у "Невски.ЕХЕ".

Ево како изгледа такав исход:

DYS576
18 DYS389I 13
DYS448
20 DYS389II 31 DYS19 16 DYS391 11
DYS481
30
DYS549
11
DYS533
13
DYS438
10
DYS437
15
DYS570
18
DYS635
22 DYS390 24
DYS439
13 DYS392 11
DYS643
10 DYS393 13
DYS458
18 DYS385a 14 DYS385b 15
DYS456
15
YGATAH4
11


https://disk.yandex.ru/d/8IDrpruTDOo3Fg
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1957
  • G2a-FT221531
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #72 послато: Април 06, 2024, 09:48:59 поподне »
''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 1001
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #73 послато: Април 07, 2024, 11:21:52 пре подне »
Хвала за ову вест, баш сам планирао да поставим линкове кад видим да си ме претекао :)

Када екипа око FamilyTreeDNA користи НЕВГЕН за овако (њима) важно истраживање, то показује колико поверења имају у процене нашег предвиђача и сада већ можемо речи "српског бренда", мада Невски неће бити одушевљен што користим  туђицу ;)

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1139
Одг: Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН
« Одговор #74 послато: Април 07, 2024, 04:42:57 поподне »
Хвала за ову вест, баш сам планирао да поставим линкове кад видим да си ме претекао :)

Када екипа око FamilyTreeDNA користи НЕВГЕН за овако (њима) важно истраживање, то показује колико поверења имају у процене нашег предвиђача и сада већ можемо речи "српског бренда", мада Невски неће бити одушевљен што користим  туђицу ;)

Хвала, Драгане. :)

Али, морам признати да ми нѣйе ясно за шта су уопште користили прѣвиђач. Он не може открити дубоку подграну Р1б-а, поготово не испод У152.
А за одређивање йесте ли или нѣйе (западни) Р1б, свакоме/свакой ко/коя се имало разумѣ у мушке лозе прѣдвиђач не трѣба.
То йе као гађати слонкињу или слона с 10 метара, тешко йе промашити.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"