Аутор Тема: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа  (Прочитано 28398 пута)

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #20 послато: Март 08, 2013, 06:21:27 поподне »
ој. које компликације....

ево за сада овај део о варијанси

Погледах. Рус говораше тамо о срѣдње-квадратном одступању, што я већ ранийе спомињах. Тако бих и я урадио, када бих ово радио. Што йе врло просто.
Но, невоља йе што, ако желиш поредити разноврсност наших и хапловрста других народъ, сам мораш израчунати разноврсност и наших и страних, што значи да мораш имати приступ и хапловрстам их.
Разлози су двойни: прво, тешко йе знати на койи начин су они рачунали разноврсност. Можда су рачунали срѣдњим одступањем степена 1, 3...Н. То йе могуће на разне начине радити.
Друго, да бише подаци били упоредиви, и йедни и други морайу бити рађени на истих ознаках, уз то све хапловрсте морайу бити йеднообразне. У противном, пореде се бабе и жабе. Пошто ћеш тешко знати на койих ознаках су рађена страна одређивања разноврсности, чак иако имаш саму бройчану врѣдност ње, найбоље йе да сам урадиш за све поредеће се стране. Само тако ћеш имати податке койи су несумњиво упоредиви.
За то ти прѣдлажем радити то само на десет зайедничких ознака испитивања на 12 и 17 их. Йер њих скоро сваки узорак има.

За ово урадити саму рачуницу йе просто да простийе не може бити. То може сваки срѣдњошколац койи зна макар мало програмирања, и за то йе довољно неколико минута посла. Оно што йе неупоредиво сложенийе йе урадити користничко сучеље. Што йе прилично досадан посао, ако се жели макар мало угодан рад са програмчићем. Койи притом може снимити већ унете хапловрсте на тврди колут, како се не бише поново трѣбали укуцавати када се додайу нови подаци.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #21 послато: Март 08, 2013, 10:29:23 поподне »
Погледах. Рус говораше тамо о срѣдње-квадратном одступању, што я већ ранийе спомињах. Тако бих и я урадио, када бих ово радио. Што йе врло просто.
Није прави Рус већ руски Татар са хаплогрупом E1b-V13 али није то битно :)
НАравно, формула је доста једноставна и може се имплементирати без проблема.

Цитат
Но, невоља йе што, ако желиш поредити разноврсност наших и хапловрста других народъ, сам мораш израчунати разноврсност и наших и страних, што значи да мораш имати приступ и хапловрстам их.

Обично се уђе на сајт ФТДНА и од туда се сакупи неколико стотина хаплотипова. Ја лично сам заинтересован да се испита порекло хаплогрупа J2, E1b и I2a. Занимљив је податак да је највећа варијанса  E1b у Европи забележена у Босни. Да се мало испита могућност да су поједие гране те хаплогрупе дошле са Србима на југ.
Цитат
Разлози су двойни: прво, тешко йе знати на койи начин су они рачунали разноврсност. Можда су рачунали срѣдњим одступањем степена 1, 3...Н. То йе могуће на разне начине радити.

То се обично ради преко програма за статистичку обраду али се формула не би требала разликовати од оне која је поменута у руском тексту.

Цитат
Друго, да бише подаци били упоредиви, и йедни и други морайу бити рађени на истих ознаках, уз то све хапловрсте морайу бити йеднообразне. У противном, пореде се бабе и жабе. Пошто ћеш тешко знати на койих ознаках су рађена страна одређивања разноврсности, чак иако имаш саму бройчану врѣдност ње, найбоље йе да сам урадиш за све поредеће се стране. Само тако ћеш имати податке койи су несумњиво упоредиви.

По правилу се сви ови прорачуни раде у тзв. ФТДНА формату који се може видети на сајту истоимене компаније (у таблицама).

Цитат
За то ти прѣдлажем радити то само на десет зайедничких ознака испитивања на 12 и 17 их. Йер њих скоро сваки узорак има.

Мислим да се може почети од минималних вредности па да се касније повећава број маркера све до 111 јер ти хаплотипови дају најбољи резултат.

Цитат
Оно што йе неупоредиво сложенийе йе урадити користничко сучеље. Што йе прилично досадан посао, ако се жели макар мало угодан рад са програмчићем. Койи притом може снимити већ унете хапловрсте на тврди колут, како се не бише поново трѣбали укуцавати када се додайу нови подаци.

Ој. сучеље... уз гумб моја омиљена хрватска рачуналска реч.  8)
Не видим зашто би то био проблем пошто се може урадити преко рецимо wxWidgets без неких већих проблема. Исто тако, мајкрософтов VC++ има сасвим солидан едитор ресурса.

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #22 послато: Јун 02, 2014, 08:57:13 поподне »
Ево рѣших учинити явно доступним (вѣроватно) први србски прѣдвиђач мушких лоза. Налази се у спремишти на наредной вези.

https://yadi.sk/d/b7-gPEHyVAPEU


Само трѣба распремити дато ЗИП спремиште у нов омотач и прѣименовати "Невски.ддд" у "Невски.ЕХЕ", и затим га покренути (морах овако, йер се могу правити тешкоће приликом слања ЕХЕ спремишт). Спремиште "UcestanostiSTRov.dat" мора бити са њим у истом омотачу, йер садржи учестаности СТРова без койих се не може. Наћи ћете гдѣ у изборнику трѣбате притиснути да бисте ушли у прѣдвиђач, а тамо има и упутства за употрѣбу.

Захваљуйем се за помоћ нашему Александру М-у, разврставшему узорке лозе И1 на неколике подгране.

Напомена: прорачуни оса више нѣсу доступни. Ко йе скинуо, скинуо. :-)
« Последња измена: Јун 28, 2014, 04:46:17 пре подне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #23 послато: Јун 02, 2014, 09:38:27 поподне »
Ево рѣших учинити явно доступним (вѣроватно) први србски прѣдвиђач мушких лоза. Налази се у спремишти на наредной вези.

http://yadi.sk/d/ITptVk4tS3rYM

Само трѣба распремити дато ЗИП спремиште у нов омотач и прѣименовати "Невски.ддд" у "Невски.ЕХЕ", и затим га покренути (морах овако, йер се могу правити тешкоће приликом слања ЕХЕ спремишт). Спремиште "UcestanostiSTRov.dat" мора бити са њим у истом омотачу, йер садржи учестаности СТРова без койих се не може. Наћи ћете гдѣ у изборнику трѣбате притиснути да бисте ушли у прѣдвиђач, а тамо има и упутства за употрѣбу.

Захваљуйем се за помоћ нашему Александру М-у, разврставшему узорке лозе И1 на неколике подгране.

Уз поступак су приложена два найновия ПОС прорачуна главних оса, Европе ("Evropa 05 297k 2.ose"), и Европе са Блиским Истоком  ("Evropa sa okolinom 06 297k 3.ose"). Наћи ћете гдѣ се учитава, има могућност за то у изборнику.
 
----
Кратко упутство за сналажење на цртежу оса, пошто се учита:
 
"+" и "-" дирке на десной страни куцаљке за приближавање и удаљавање.

"ЦТРЛ + стрѣлица ЛѢВО" и "ЦТРЛ + стрѣлица ДЕСНО"за смањење и увећање реднога броя обейу приказаних оса за 1.

Користе се "Алт +" и "Алт -" за увећање и смањење реднога броя усправне осе за 1.
Користе се "Цтрл +" и "Цтрл -" за увећање и смањење реднога броя водоравне осе за 1.

Напомињем да се по учитавању оса могу додати и поставити на њих ФТДНА или 23АндМе налази општега родства. Има могућностий у изборнику за то.

Невски, свака част. Сад сам пребацио и инсталирао програм, и пробао неколико хаплотипа да видим како иде. Видим да ради прилично добро. Не знам како се понашају неки специфични хаплотипови. Нисам још стигао да пробам.

Ван мреже Bane

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 826
  • E-Z16988+BY99620+
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #24 послато: Јун 02, 2014, 11:17:33 поподне »
Mozda ti bude korisno:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1872497314000842
http://www.sciencedirect.com/science/MiamiMultiMediaURL/1-s2.0-S1872497314000842/1-s2.0-S1872497314000842-mmc1.xlsx/273599/FULL/S1872497314000842/73a0799aea877cd482ff2646b204b41e/mmc1.xlsx

A moram radi sebe da dodam jos nesto. Bistar si ti momak Nevski, i veoma si precizan i dubok u svojim stavovima... ali ja se eto poprilicno ne slazem sa njima. Npr kad bi ti rekao moje misljenje o Putinu ne bi me zacudilo da se solidno potrudis da saznas ko sam, sta sam i slicno.

Eto tako, to je bilo radi kompenzacije. Da sam ostavio samo linkove, mozda bi neko stekao utisak da sam ravnodusan prema onome sto se desavalo prethodnih par dana na jednoj drugoj temi.

Pozdrav

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #25 послато: Јун 02, 2014, 11:50:21 поподне »
Када будем имао мало више времена, погледаћу ово чудо Невског )

Иначе, још давно сам хтео да предложим да се организујемо и међусобно поделимо како би квалитетно освојили два важна програма везана за прављење генетичких стабала. Синиша је радио на једном од њих програму MEGA. И ја сам својевремено то покушао али нисам аш превиоше био успешан.

Више глава је паметније од једне па зато предлажем свима да радимо на заједничком освајању рада са програмом MEGA  и још једним одличним програмом који се зове Phylip  Верујем да би већ кроз један месец могли да одрадимо много тога.

има ли добровољаца? :)
« Последња измена: Јун 03, 2014, 10:53:35 пре подне Kor »

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #26 послато: Јун 03, 2014, 08:07:44 пре подне »
Синиша је радио на једном од њих програму MEGA.

Нисам радио на МЕГИ, већ на Fluxus Network. Тај програм заиста јесте погодан и могу рећи да сам га прилично савладао. Међутим, проблем је у самој СТР анализи. За неке групе, које су се веома рашириле у кратком временском периоду, а каква је И2а Динарик, мало помаже ова врста анализе. Сви хаплотипови су мање више блиски, а програми дају велик број могућих комбинација, тј. нису у стању да издвоје ону праву, добрим дијелом због повратних мутација.

СТР анализа, по мени, може да се покаже сврсисходном кад се дође до заједничког претка од отприлике 1000 година и мање, или са друге стране код популација које имају заједничког претка даље од 5000 година. У међуинтервалу од 1000-5000 веома тешко могу било шта да помогну.

И друга страна приче би било издвајање кластера помоћу СНП-ова колико се год може ићи далеко, а онда унутар кластера радити СТР анализу. Надам се да ће нова СНП подјела И2а Динарик учинити смисленијом и СТР анализу те хаплогрупе.

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #27 послато: Јун 03, 2014, 06:45:33 поподне »
Хвала свим трима!  :)

Сад сам пребацио и инсталирао програм, и пробао неколико хаплотипа да видим како иде. Видим да ради прилично добро. Не знам како се понашају неки специфични хаплотипови. Нисам још стигао да пробам.

Немам йош подѣлу узорака Р1а, Р1б и Е1б1б на подгране, пошто их не познайем баш добро. Али намѣравам радити на том у наредних недѣљах.
Из Е1б1б издвойих узорке койи су у ФТДНА подухвату издвойени као В13, али примѣтих да их слабо разликуйе од остатка Е1б1б лозе. Мораћу радити и на том.
Исто тако има потешкоћа разликовати пойедине огранке лозе Й. Вѣроватно да их тамо нѣсу добро раздвойили.
А што се посебних хапловрста тиче, ако су оне прѣвише удаљене од стања узорака свойе лозе койе я имам, онда ће их теже прѣпознати. У сваком случайу, увѣк трѣба гледати йе ли уклапање добро. Ако нѣйе, онда вѣроватноћа од 100% ништа не значи.

Mozda ti bude korisno:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1872497314000842
http://www.sciencedirect.com/science/MiamiMultiMediaURL/1-s2.0-S1872497314000842/1-s2.0-S1872497314000842-mmc1.xlsx/273599/FULL/S1872497314000842/73a0799aea877cd482ff2646b204b41e/mmc1.xlsx

... ali ja se eto poprilicno ne slazem sa njima. Npr kad bi ti rekao moje misljenje o Putinu ne bi me zacudilo da se solidno potrudis da saznas ko sam, sta sam i slicno.

Eto tako, to je bilo radi kompenzacije. Da sam ostavio samo linkove, mozda bi neko stekao utisak da sam ravnodusan prema onome sto se desavalo prethodnih par dana na jednoj drugoj temi.

Pozdrav

Хвала, Бане.

Свако има право на свойе мишљење. Што се тиче прѣдмета разговора од прѣ неки дан, дневна политика нѣйе прѣдмет разговора овога разговаралишта, те тим поготово овдѣ нема мѣста ширењу мржње на политичкой основи, неонацизму и сличним появам.

Поздрав.

Иначе, још давно сам хтео да предложим да се организујемо и међусобно поделимо како би квалитетно освојили два важна програма везана за прављење генетичких стабала. Синиша је радио на једном од њих програму MEGA. И ја сам својевремено то покушао али нисам аш превиоше био успешан.

Више глава је паметније од једне па зато предлажем свима да радимо на заједничком освајању рада са програмом MEGA  и још једним одличним програмом који се зове Phylip  Верујем да би већ кроз један месец могли да одрадимо много тога.

има ли добровољаца? :)

Синиша ти даде добар одговор. Повратне промѣне (койе су чешће него што се мисли) као и упоредне (независне) промѣне на истих СТРовах отежавайу прављење стабала гранањ мушких лоза, често доводе до тога да никакав рачунарски поступак ту више не може помоћи. За многе лозе очекуйем спаса захваљуйући Великому Ипсилону. Као што написа Синиша, многе хаплоскупине ћейу се йош издѣлити па ће бити много лакше направити стабло оних койи буду завршили у истом огранку.
А я иначе имам врло мало слободнога врѣмена, а много посла койи ме чека.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #28 послато: Јун 03, 2014, 07:17:13 поподне »

Из Е1б1б издвойих узорке койи су у ФТДНА подухвату издвойени као В13, али примѣтих да их слабо разликуйе од остатка Е1б1б лозе. Мораћу радити и на том.


Гледао сам баш данас Е1б пројекат на ФТДНА и примјетио сам исто што и ти, да су E-V13 као најбројнију, европску грану хаплогрупе Е слабо подијелили и средили. Не знам шта је разлог томе. Могуће да се једноставно хаплогрупом Е нико није студиозно бавио као осталим хаплогрупама, или је самам хаплогрупа отпорна на подјеле.

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #29 послато: Јун 03, 2014, 08:58:41 поподне »

Синиша ти даде добар одговор. Повратне промѣне (койе су чешће него што се мисли) као и упоредне (независне) промѣне на истих СТРовах отежавайу прављење стабала гранањ мушких лоза, често доводе до тога да никакав рачунарски поступак ту више не може помоћи. За многе лозе очекуйем спаса захваљуйући Великому Ипсилону. Као што написа Синиша, многе хаплоскупине ћейу се йош издѣлити па ће бити много лакше направити стабло оних койи буду завршили у истом огранку.
А я иначе имам врло мало слободнога врѣмена, а много посла койи ме чека.

Та два програма која сам набројао користе многи, између осталог и Кљосов и Рожанскиј. Мислим да их не би користили да не могу дати довољно добре резултате. Кака би 5 људио узело по деловима да проуче литературу и да се са изкуствима размене са осталима, то би се брзо освојило и много би лакше креирали стабла за све хаплогрупе што имамо овде.

Што се твог програма тиче, само сам га на минуту погледао. Приметио сам озбиљан баг приликом освежења простора за цртање. Није добро урађена обрада WM_PAINT догађаја. То би иначе мого да кочи и остатак програма.

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #30 послато: Јун 07, 2014, 05:06:50 пре подне »
Управо поставих новийе издање. Као и ранийе, трѣба распремити ЗИП спремиште у нов омотач и прѣименовати "Невски.ддд" у "Невски.ЕХЕ".

https://yadi.sk/d/b7-gPEHyVAPEU

Прва новина у прѣдвиђачу йе што йе омогућено уношење исходъ на 17 ознак у поредку како се добияйу у извѣштайу београдскога ДНК срѣдишта, и других койи баратайу истими. Ово ће олакшати уношење таквих, йер се не мора тражити гдѣ койи иде.

Затим додах йош неке гране у прѣдвиђач. Е1б1б коначно подѣлих на пет подграна. То су: Е1б1б-В13, Е1б1б-В12, Е1б1б-В22, Е1б1б1б-В257 и Е1б1б1ц-М123.
Затим из Р1б издвойих Р1б-Л21, а из Р1а огранак Р1а М458. Вѣроватно ћу у будућности издвойити йош неке огранке лоз Р1а и Р1б, нарочито оне койе су заступљене у нас.

Напомињем да поступак на мањем бройу ознака, рецимо на 12 или 17, често слабо разликуйе блиске лозе, рецимо огранке Е1б1б лозе међу собом, или Р1б Л21 од остатка Р1б-а. Или Р1а М458 од остатка Р1а-а, а слично се догађа и са пойединима огранцима Й-а. На већем бройу ознака найчешће дайе добра прѣдвиђања.

На примѣр, за налаз мойега уяка на 17 ознак дайе слѣдеће исходе:

Вѣроватноћа = 52.52%   уклапање = 79.51         Е1б1б-В12
Вѣроватноћа = 40.83%   уклапање = 67.78         Е1б1б-В13
Вѣроватноћа = 5.26%   уклапање = 63.75         Е1б1б-В22
Вѣроватноћа = 1.40%   уклапање = 63.44         Е1б1б1ц-М123
Вѣроватноћа = 0.00%   уклапање = 34.67         Й1
Вѣроватноћа = 0.00%   уклапање = 31.42         Х
...
« Последња измена: Јун 28, 2014, 04:47:29 пре подне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #31 послато: Јун 22, 2014, 09:04:48 поподне »
Ево бройева хапловрст улазећих у статистику за мой прѣдвиђач, поређаних по бройу узорака за сваку грану. Сви су они покупљени са разних ФТДНА подухватъ, и сви су "зелени", односно провѣрени одговарайућим пойединачним йезгровничким разнообличйем (СНП-ом).

Р1б-Л21   2536
Р1б   1752
Й1   1391
Р1а   1100
И2а2а-М223   817
Й2а   807
Г2а2б2а1б - Л497   688
Ку   516
И1 З59+ ПФ856 ЦТС8647 З60+ АС-Райна   456
Е1б1б-В13   419
Т   410
И1 З59+ З60+ Саксон-Райна   379
Н   292
Е1б1б1ц-М123   255
Р1а М458   232
И2а2б-Л38   229
Г2а2б2а1а - У1   224
И2а1б3 Динарска и Дислес   216
И2а1а Сардинийска   212
Г2а2б1 - М406   178
И1-П109   156
Г2а1-Л293   153
И1 З63 Источни Германи   153
Е1б1а   151
Л   151
О   146
И1 З138/139 Велшано-Германи   133
Е1б1б1б-В257   133
Г2а2б2а1ц - З274   132
И2ц   132
Г2а2а - Л91   127
И2а1 Ислес   123
Р2   115
Г2б-М377   106
Г1-М342   105
И2а1 С21825 Западњачка   102
Ц2-М217   96
Й2б-М241   92
Е1б1б-В22   88
Х   68
Е1б1б-В12   58
Е1а   52
Й2б-М205   29
Р1а Л1280 Млађовци   19

Укупно: 15729

Послѣ Млађоваца, наймање узорака имам из скупине Й2б1 - М205. Због тога молим наше људе бавеће се њоме, уколико су вољни помоћи, да ми прияве све нове припаднике ове лозе койи су провѣрени пойединачним йезгровничким разнообличйем (СНП-ом). Ако има кога вољна помоћи, обявићу свих 29 койе имам овдѣ. Наравно, СНП йе обавезан, пошто у цѣлой збирци немам нийеднога без њега.

« Последња измена: Јун 22, 2014, 09:07:06 поподне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #32 послато: Септембар 13, 2014, 07:52:19 поподне »
Данас мало дорађивах свой прѣдвиђач мушких лоза. Додах сликовит приказ уклапања узорка у одабрану лозну скупину. За сваки коришћени ПКО (понављање кратких образаца) на слици приказуйем његову расподѣлу, и на њой положай врѣдности унѣтога узорка, прѣдстављенога усправном цртом. Црта узорка йе црна у оной мѣри колико се врѣдност уклапа у одабрану лозу. И обратно, што йе више црвенила, то йе више неуклапања.
На овай начин можете врло брзо провѣрити койе ознаке се колико уклапайу у тражену мушку лозу, без познавања кой врѣдности су на койой ознаци за койу лозу честе.
На врху на десной страни се налази списак мушких лоза, у поредку койега йе дао прѣдвиђач.




Ево примѣра гдѣ йе задато свих 111 ознака. Како би то све стало на слику, мораше бити мало сабийено, па йе самим тим нешто мање прѣгледно.
На овом примѣру (узорак йе од лозе Н) се види да се врло лоше уклапа у Р1а М458. Има много ознака са црвенима цртицама, што значи да су врѣдности узорка на њих неуобичайене односно рѣтке у лози Р1а М458. Што йедноставно значи да се узорак у лозу лоше уклапа.




Као и обично, из спремишта "Невски.дат" прѣименуйте у "Невски.ехе".

https://yadi.sk/d/KfRK-C02bTg6z
« Последња измена: Септембар 13, 2014, 07:55:23 поподне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #33 послато: Новембар 14, 2014, 09:06:28 поподне »
Прѣ неку недѣљу направих програмчић за одређивање вѣроватноће да се од задатих прѣдачких врѣдностий ознака може прѣћи у задате потомачке, йеднога или више њих. То йе оно што ми найвише трѣба за утврђивање блискости хапловрста.

...
Зарад простоте и поређења исходъ са примѣрима са свеучилишта Аризоне, све ознаке су рачунате са учесталошћу промѣна 0.002. Напомињем да се програму може задати учестаност за сваку ознаку посебно, независно йедна од друге. Програм узима у обзир и повратне промѣне (мутацийе). Програм све вишеструке ознаке узима независно, бар за сада (13/14 на ДЫСг 385 нѣйе исто као 14/13, као што йе у природи). Програм у йедном кораку рачуна и са могућношћу помѣрая врѣдности ознаке за 2 (узех са вѣроватноћом 0.05 од укупне) и више (са вѣр 0.001 од укупне). У недостатку података како йе у стварности узех оно што нађох да се прѣдпоставља за помѣрай од 2 на мрежи, а за веће лупих врѣдност, у недостаку икакве. Ако неко има податке како то трѣба, нека ми каже. Био бих захвалан за то.
Програм може радити на произвољном скупу ознака. На йедной, 10, 12, 30 или 100.
Найвећи недостатак програма йе што он за сада нема корисничко сучење. Податке у њега уносим непосрѣдно у изворни кључ. Вѣровали или не, прављење користничкога сучеља, гдѣ користник може све ово уносити йе много већи посао од саме рачунице. А врѣме йе нешто чега я имам врло мало, због мойега посла.

Ако се неко овога сѣћа, ово йе први рачунарски поступак койега направих за потрѣбе родственога родословља, йош прѣ годину и по и више дана. До сада врло мало работах на њем, лѣтос нешто поправих да се боље сналази са већим бройем хапловрст мање разноликости, а сада су на путу веће дораде. Наиме скоро рѣших коначно направити користничко сучеље за њега, тако да га свако може користити, као што йе доступан рецимо мой прѣдвиђач мушких лоз или рачунач опште родствене измѣшаности.

На ово се одлучих пошто прѣ неку недѣљу смислих начин како могу испитати ради ли мой рачунарски поступак добро, односно дайе ли очекивана рѣшења.
Ево како се овакву рачунарску поступку може испитати тачност и исправност. Одабере се произвољна хапловрста (рецимо дужине 67), а затим се иста пушта (уз помоћ другога, простога рачунарскога поступка) да се "развия" кроз врѣме, односно да се мѣња на исти начин као што се догађа у природи, приликом прѣношења Ы хромозома са оца на сина, са жељеними вѣроватноћами промѣн (я користиях вѣроватноће промѣн М. Хеиниле). На тай начин се од "прѣдачке" хапловрсте може добити произвољан брой "потомачких" хапловрст са жељеним бройем колѣн.
Тако се за одабрану прѣдачку хапловрсту добия произвољан брой потомачких хапловрст познате старости! И онда се све оне убаце у рачунарски поступак за одређивање вѣроватноћа старости зайедничкога прѣдка да се види шта ће се добити, односно хоће ли се добити оно што очекуйемо.

И ево примѣра, пустих хапловрсту из сардинийске лозе да се развийе на потомке дубине 70 колѣн.
Користећи 100 потомачких хапловрст на 25 ознак (све независне међу првих 37) добих збирну вѣроватноћу од 50% на 74.8028 колѣн, што йе одступање од 4 и нешто од очекиванога 70.
Када употрѣбих 300 хапловрст добих као исход збирну вѣроватноћу од 50% на 72.2895 колѣн, што има знатно мање одступање од 70.

Ево йош неких исходъ мойих огледъ:

(брой потомачких хапловрст)       (брой ознак)                  (стварна старост)                            (срачунат брой колѣн са 50% вѣров)
100                                                     25 (37)                             70                                            74.8028

50                                                        25 (37)                               70                                                    78.5302

20                                                         51 (67)                           70                                                   78.9211

50                                                         51 (67)                           70                                                        71.4387   

100                                                       51 (67)                           70                                                        69.8152

----------------------------------
300                                                       51 (67)                            30                                                     30.4795

100                                                       51 (67)                            30                                                       31.3773

20                                                         63 (67)                            30                                                       28.6763

20                                                         63 (67)                            30                                                       30.283

20                                                         33 (37)                            30                                                       32.9847


Као што се може видѣти, што йе већи брой ознак и хапловрст коришћених у прорачуну, повећава се тачност, односно рѣшење се више примиче очекиваному.

Исто тако се смањуйе опсег на койем су добийене значайне вѣроватноће, на примѣр за велики брой хапловрст (300)
300                                                         33 (37)                          30                                             29.5

се добия скоро сва вѣроватноћа на опсегу колѣн од 29 од 30.

Колѣн=29    Вѣр = 1.8515e-029%    Збирна вѣр = 1.8515e-029%
Колѣн=30    Вѣр = 100%    Збирна вѣр = 100%

Док се у примѣру са малим бройем хапловрст (20) добия, знатно већи опсег, од 26 до 32 са значайнийом вѣроватноћом.


20         63 (67)      30             28.6763         500
Колѣн=26    Вѣр = 1.62339%    Збирна вѣр = 1.79103%
Колѣн=27    Вѣр = 8.00596%    Збирна вѣр = 9.79699%
Колѣн=28    Вѣр = 20.542%    Збирна вѣр = 30.339%
Колѣн=29    Вѣр = 29.0727%    Збирна вѣр = 59.4117%
Колѣн=30    Вѣр = 23.9063%    Збирна вѣр = 83.318%
Колѣн=31    Вѣр = 11.964%    Збирна вѣр = 95.282%
Колѣн=32    Вѣр = 3.79854%    Збирна вѣр = 99.0806%


Значи, што йе већи брой хапловрст и ознак, поузданийе се рачунайу колѣна у койих трѣба тражити найскорийега зайедничкога прѣдка по мушкой лози. И то не важи само за мой рачунач, то важи за све.

Мойе првобитно издање поступка не могаше радити са вишеструкими ознаками, као што су ДЫС385 а/б, али сада може, и сада их рачунарски поступак узима као међусобно зависне, као што и трѣба. У неких од горњих примѣръ већ бѣху коришћени. Йер у међуврѣмену успѣх урадити да и за њих рачуна правилно, као зависне. Йедино не користим четвероструки ДЫС 464 а/б/в/г, пошто ме мрзи правити све их могуће спойеве. Исувише посла за прѣмало користи. Тако да се само они сада не користе у прорачунах. Ево примѣра рачунатога само на зависних ознаках их 6*2 = 12, (свих шест двоструких из 67 ознак):

300         12 (67)      60             59.4992

На триста хапловрст коришћењем само по дванаест зависних на 60 колѣн добих као исход да йе вѣроватноћа од 50% на 59.4992, што йе доказ да мой поступак сада ради добро и на зависних ознаках (а имам йош неколике одличне исходе са зависними, и нийедан лош).

Поступак ради и са хапловрстами промѣнљиве, нейеднаке дужине. Очекуйем да ћу за око три виходна успѣти урадити и за ово користничко сучеље (сйутра и прѣкосйутра тешко, нећу бити дома), и да ће бити ускоро доступан за ширу явност. (страну рѣч "виходни" написах пошто ме пойединци нападаху што не користим стране рѣчи, те им овиме показуйем да и я умѣм поштовати такозване европске врѣдности, шта год то било).

« Последња измена: Новембар 14, 2014, 10:18:09 поподне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #34 послато: Јануар 18, 2015, 04:26:35 поподне »
Данас дорадих мой прѣдвиђач мушких лоза и додах неколике огранке лозе Р1а, угледайући се на слику https://www.familytreedna.com/public/r1a/default.aspx?section=results.

Додах ове:

Р1а Z282
Р1а ЦТС4385 Западна Европа
Р1а Y2395 Западна и Сѣверна Европа
Р1а Z93 Евроазийска
Р1а Y2613 Карпатско-далматински грозд

Карпатско-далматински грозд и Л1280 су подгране лозе  Р1а Z282, а овдѣ су издвойене пошто су значайно заступљене у нашем народу.
Као и код свих других блиских огранака, прѣдвиђач тешко може разликовати койему припада узорак на малом бройу понављања кратких образаца, пошто се ту оне слабо разликуйу. Нарочито када их йе само 12.

Али, данас гледах мало узорке на 17 ознака из збирака Црне Горе и Србийе и примѣтих да их има известан брой найвећу вѣроватноћу дайућих Карпатско-далматинскому огранку. Мало йе вѣроватно да йе код свих њих то случайно, што значи да их има и у Србийи и у Црной Гори, не само у западних областих.
Неки од њих найвећу вѣроватноћу дайу за "Р1а ЦТС4385 Западна Европа" и "Р1а Y2395 Западна и Сѣверна Европа", неки и чак 98%.
А има извѣстан брой койи найвише "вуку" ка евроазийской Р1а З-93. Найвећи брой наших Р1а узорака показуйу на Р1а М458, често са више од 99% вѣроватноће.

Од ранийе већ бѣху присутни:
Р1а М458 Срѣдња Европа
Р1а Л1280 Млађовци


https://yadi.sk/d/l3jlyxtIe4rvH

Као и увѣк до сада, само трѣба "Невски.дат" прѣименовати у "Невски.ехе".
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10792
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #35 послато: Јануар 18, 2015, 05:32:42 поподне »
Али, данас гледах мало узорке на 17 ознака из збирака Црне Горе и Србийе и примѣтих да их има известан брой найвећу вѣроватноћу дайућих Карпатско-далматинскому огранку. Мало йе вѣроватно да йе код свих њих то случайно, што значи да их има и у Србийи и у Црной Гори, не само у западних областих.

Ово је веома значајан податак. Већ смо видели да су носиоци ове хаплогрупе код нас прилчно удаљени једни од других. Можда их је било од данашње Црне Горе па све до Загорја?

Занимљиво да је ова грана R1a бројна на Банији. Вероватно је то оно становништво које у 17. и 18. веку из западне и средње Босне прелази на аустријску територију.

На сајту http://yhrd.org/ за овај кластер (додуше само на 17 маркера) добијам поклапања и у Херцеговини.

Род Јагодића "чува" предање о пореклу из источних крајева (негде од Дрине).

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #36 послато: Јануар 18, 2015, 06:35:07 поподне »
Ово је веома значајан податак. Већ смо видели да су носиоци ове хаплогрупе код нас прилчно удаљени једни од других. Можда их је било од данашње Црне Горе па све до Загорја?

Занимљиво да је ова грана R1a бројна на Банији. Вероватно је то оно становништво које у 17. и 18. веку из западне и средње Босне прелази на аустријску територију.

На сајту http://yhrd.org/ за овај кластер (додуше само на 17 маркера) добијам поклапања и у Херцеговини.

Род Јагодића "чува" предање о пореклу из источних крајева (негде од Дрине).

Па то йе и сасвим очекивано, да их има много шире него што сада знамо. Обзиром да су Р1а Карпатско-далматински грозд и И2а-дин (свуда знатно присутна на словенском йуга) слично процѣњених старости, сасвим йе разумно очекивати хапловрсте првих на значайно ширем подручйи од Далмацийе и осталих западних крайева Хрватске и Босне. И мислим да их има и знатно источнийе од Црне Горе, не само у Србийи. Ево нађох неколике хапловрсте у бугарской збирци койе би лако могле бити из КД грозда.


А ево у Бугарской и хапловрсте дайуће найвећу вѣроватноћу на Млађов Л1280.
19 385a 385b 389 I 389 II 390 391 392 393 437 438 439 448 456 458 635 H4
17   11 13   13   30   25   11   11   13   14   11   11   21   15   15   23   12            ; 7. Sofia City   R-M17

Йедино одступа на ДЫС-у 456 за врѣдност мање.

Вѣроватноћа = 99.99%   уклапање = 84.36         Р1а Л1280 Млађовци
Вѣроватноћа = 0.01%   уклапање = 65.11         Р1а Z282 Европа

Найвећу вѣроватноћу на Млађовце дайе чак и ако их врѣдност "11-13" на ДЫС-у 385 замѣним са уобичайеном 11-14:

Вѣроватноћа = 89.02%   уклапање = 64.34         Р1а Л1280 Млађовци
« Последња измена: Јануар 18, 2015, 06:47:01 поподне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

mladjo

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #37 послато: Јануар 18, 2015, 07:09:50 поподне »
Па то йе и сасвим очекивано, да их има много шире него што сада знамо. Обзиром да су Р1а Карпатско-далматински грозд и И2а-дин (свуда знатно присутна на словенском йуга) слично процѣњених старости, сасвим йе разумно очекивати хапловрсте првих на значайно ширем подручйи од Далмацийе и осталих западних крайева Хрватске и Босне. И мислим да их има и знатно источнийе од Црне Горе, не само у Србийи. Ево нађох неколике хапловрсте у бугарской збирци койе би лако могле бити из КД грозда.


А ево у Бугарской и хапловрсте дайуће найвећу вѣроватноћу на Млађов Л1280.
19 385a 385b 389 I 389 II 390 391 392 393 437 438 439 448 456 458 635 H4
17   11 13   13   30   25   11   11   13   14   11   11   21   15   15   23   12            ; 7. Sofia City   R-M17

Йедино одступа на ДЫС-у 456 за врѣдност мање.

Вѣроватноћа = 99.99%   уклапање = 84.36         Р1а Л1280 Млађовци
Вѣроватноћа = 0.01%   уклапање = 65.11         Р1а Z282 Европа

Найвећу вѣроватноћу на Млађовце дайе чак и ако их врѣдност "11-13" на ДЫС-у 385 замѣним са уобичайеном 11-14:

Вѣроватноћа = 89.02%   уклапање = 64.34         Р1а Л1280 Млађовци

Да можда није ријеч о овом Бугарину:
« Последња измена: Јануар 18, 2015, 07:11:36 поподне млађо »

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #38 послато: Јануар 18, 2015, 07:34:11 поподне »
Да можда није ријеч о овом Бугарину:


Не вѣруйем, ово йе узорак из њиховога испитивања становништва државе. Изгледа да йе из Софийе.

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0056779
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10792
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #39 послато: Јануар 18, 2015, 09:25:03 поподне »
Данас дорадих мой прѣдвиђач мушких лоза и додах неколике огранке лозе Р1а, угледайући се на слику https://www.familytreedna.com/public/r1a/default.aspx?section=results.

Додах ове:

Р1а Z282
Р1а ЦТС4385 Западна Европа
Р1а Y2395 Западна и Сѣверна Европа
Р1а Z93 Евроазийска
Р1а Y2613 Карпатско-далматински грозд

Карпатско-далматински грозд и Л1280 су подгране лозе  Р1а Z282, а овдѣ су издвойене пошто су значайно заступљене у нашем народу.
Као и код свих других блиских огранака, прѣдвиђач тешко може разликовати койему припада узорак на малом бройу понављања кратких образаца, пошто се ту оне слабо разликуйу. Нарочито када их йе само 12.

Али, данас гледах мало узорке на 17 ознака из збирака Црне Горе и Србийе и примѣтих да их има известан брой найвећу вѣроватноћу дайућих Карпатско-далматинскому огранку. Мало йе вѣроватно да йе код свих њих то случайно, што значи да их има и у Србийи и у Црной Гори, не само у западних областих.
Неки од њих найвећу вѣроватноћу дайу за "Р1а ЦТС4385 Западна Европа" и "Р1а Y2395 Западна и Сѣверна Европа", неки и чак 98%.
А има извѣстан брой койи найвише "вуку" ка евроазийской Р1а З-93. Найвећи брой наших Р1а узорака показуйу на Р1а М458, често са више од 99% вѣроватноће.

Од ранийе већ бѣху присутни:
Р1а М458 Срѣдња Европа
Р1а Л1280 Млађовци


https://yadi.sk/d/l3jlyxtIe4rvH

Као и увѣк до сада, само трѣба "Невски.дат" прѣименовати у "Невски.ехе".

Хвала Невски на овим драгоценим стварима.

Имам један проблем, скида ми програм у Gom Player формату. Знаш ли како да га активирам нормално?