Аутор Тема: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа  (Прочитано 28428 пута)

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« послато: Јануар 26, 2013, 03:05:43 поподне »
Овде разговарамо о програмима за одређивање хаплогрупа који су познати под називом предиктори. Предиктори могу да буду како класичне десктоп апликације, тако и тзв. Веб апликација којима се приступа преко прегледача интернета.

Đorđo

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #1 послато: Јануар 26, 2013, 03:25:24 поподне »
??? Kako kompjuter može da ti odredi hg ??? Ne razumem, kako to funkcioniše?

mladjo

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #2 послато: Јануар 26, 2013, 05:36:38 поподне »
??? Kako kompjuter može da ti odredi hg ??? Ne razumem, kako to funkcioniše?

Ја мислим да је Кор имао ово на уму:


Ево, па покушај: http://www.hprg.com/hapest5/hapest5a/hapest5.htm


Није у питању компјутер, него програм помоћу којега тестиране особе могу да утврде хаплогрупу припадности. Дакле, прво иде тестирање хромозома Y, а затим добијене бројчане вриједности маркера се уносе у програм...на крају добијеш резултат.
« Последња измена: Јануар 26, 2013, 05:47:10 поподне млађо »

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #3 послато: Јануар 26, 2013, 06:20:59 поподне »
Управо тако!
Када се човек тестира, он добије само списак вредности понављања на локусима/маркерима. Да би се сазнало којој хаплогрупи припада, користе се компјутерски програми који се зови предиктори.

Млађо је показао један такав предиктор коме се приступа преко интернета. Постоје и други који раде директно са компјутера.

Ова тема је постављена како би разменили искуства о квалитету свих тих програма и да упутимо људе на оне који су најбољи.

mladjo

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #4 послато: Јануар 26, 2013, 06:23:48 поподне »
Управо тако!
Када се човек тестира, он добије само списак вредности понављања на локусима/маркерима. Да би се сазнало којој хаплогрупи припада, користе се компјутерски програми који се зови предиктори.

Млађо је показао један такав предиктор коме се приступа преко интернета. Постоје и други који раде директно са компјутера.

Ова тема је постављена како би разменили искуства о квалитету свих тих програма и да упутимо људе на оне који су најбољи.



Да ли нам можеш поставити линк тог програма?

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #5 послато: Јануар 26, 2013, 06:30:49 поподне »


Да ли нам можеш поставити линк тог програма?

 ;D па ти си сам поставио линк на њега: http://www.hprg.com/hapest5/hapest5a/hapest5.htm
Тип програма којима се приступа кроз прегледач интернета се назива Веб апликација/програм.
Ти си радио хаплотип на 111 маркера, укуцај их у та поља или унеси хаплотип у поље на дну (само нека бројеви буду одвојени запетама) и погледај резултат.


то је један од многих који постоје. Ако будем данас ухватио времена, потражићу још неке, укључујући и оне који се покрећу директно са компјутера.

mladjo

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #6 послато: Јануар 26, 2013, 07:15:14 поподне »
;D па ти си сам поставио линк на њега: http://www.hprg.com/hapest5/hapest5a/hapest5.htm
Тип програма којима се приступа кроз прегледач интернета се назива Веб апликација/програм.
Ти си радио хаплотип на 111 маркера, укуцај их у та поља или унеси хаплотип у поље на дну (само нека бројеви буду одвојени запетама) и погледај резултат.


то је један од многих који постоје. Ако будем данас ухватио времена, потражићу још неке, укључујући и оне који се покрећу директно са компјутера.



 ;D мислио сам на програм који се може инсталирати на компјутер...иначе тамо гдје сам се ја тестирао, резултати и предикција заједно стижу, тако да мени није био потребан овај програм, дешава се међутим да на неким јавним базама података нађеш тестирану особу са бројчаном вриједности маркера, али без наведене хаплогрупе...а овај програм наравно рјешева ствари.
« Последња измена: Јануар 26, 2013, 07:18:56 поподне млађо »

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #7 послато: Јануар 26, 2013, 09:39:58 поподне »
веома је згодан за употребу претраживач на сајту семаргл гдје можете уносити појединачне хаплотипове и на тај начин претраживати базу.
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/query/

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #8 послато: Јануар 27, 2013, 08:47:55 поподне »
Ево још једног предиктора, овога пута из Русије: http://predictor.ydna.ru/

а овде се налази и програм кога је могуће покренути са рачунара: http://rusfolder.com/19498235

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #9 послато: Март 06, 2013, 05:46:18 пре подне »
Прѣ неку недѣљу направих програмчић за одређивање вѣроватноће да се од задатих прѣдачких врѣдностий ознака може прѣћи у задате потомачке, йеднога или више њих. То йе оно што ми найвише трѣба за утврђивање блискости хапловрста.

Ево примѣра: прѣдачка и два потомачке хапловрсте задате на 12 ознака. Разлика йе у двейу ознаках, за по йедан, на ДЫСу 393 йе код прѣдка 13, а код потомака 13 односно 14. А на ДЫС 19 йе код прѣдка 16, а код потомака 16 односно 15. Све остале ознаке су исте у прѣдка и потомака. Ево шта програм дайе, скраћено:

Колѣн=1    ВѣрПрѣл = 8.53342e-005%    Разл = 8.53342e-005%    Вѣр = 0.00467395%    Збирна вѣр = 0.00467395%
...
Колѣн=59    ВѣрПрѣл = 0.0197597%    Разл = -0.000225709%    Вѣр = 1.08228%    Збирна вѣр = 49.8521%
Колѣн=60    ВѣрПрѣл = 0.0195261%    Разл = -0.000233573%    Вѣр = 1.06949%    Збирна вѣр = 50.9216%
...
Колѣн=121    ВѣрПрѣл = 0.00535045%    Разл = -0.000143036%    Вѣр = 0.293056%    Збирна вѣр = 89.7531%
Колѣн=122    ВѣрПрѣл = 0.00521064%    Разл = -0.000139808%    Вѣр = 0.285399%    Збирна вѣр = 90.0385%
...
Колѣн=145    ВѣрПрѣл = 0.00277293%    Разл = -7.91708e-005%    Вѣр = 0.15188%    Збирна вѣр = 94.8557%
Колѣн=146    ВѣрПрѣл = 0.00269581%    Разл = -7.71189e-005%    Вѣр = 0.147656%    Збирна вѣр = 95.0034%

Први стубац йе брой колѣн за койе се рачуна.
Други стубац прѣдставља вѣроватноћу да се прѣђе из прѣдачкога у потомачке податке у задатом бройу колѣн.
Трећи стубац йе само разлика двайу сусѣдних из другога стубца, згодан йе за праћење прираста или опадања вѣроватноће прѣласка.
Четврти стубац йе вѣроватноћа да йе прѣдак живѣо у задатом бройу колѣн прѣ потомака.
Пети стубац йе сабирана, нагомилавана врѣдност четвртога и прѣдставља вѣроватноћу да йе прѣдак живѣо у задатом бройу колѣн или у мањем. То йе найважнийи добийени податак.

Зарад простоте и поређења исходъ са примѣрима са свеучилишта Аризоне, све ознаке су рачунате са учесталошћу промѣна 0.002. Напомињем да се програму може задати учестаност за сваку ознаку посебно, независно йедна од друге. Програм узима у обзир и повратне промѣне (мутацийе). Програм све вишеструке ознаке узима независно, бар за сада (13/14 на ДЫСг 385 нѣйе исто као 14/13, као што йе у природи). Програм у йедном кораку рачуна и са могућношћу помѣрая врѣдности ознаке за 2 (узех са вѣроватноћом 0.05 од укупне) и више (са вѣр 0.001 од укупне). У недостатку података како йе у стварности узех оно што нађох да се прѣдпоставља за помѣрай од 2 на мрежи, а за веће лупих врѣдност, у недостаку икакве. Ако неко има податке како то трѣба, нека ми каже. Био бих захвалан за то.
Програм може радити на произвољном скупу ознака. На йедной, 10, 12, 30 или 100.
Найвећи недостатак програма йе што он за сада нема корисничко сучење. Податке у њега уносим непосрѣдно у изворни кључ. Вѣровали или не, прављење користничкога сучеља, гдѣ користник може све ово уносити йе много већи посао од саме рачунице. А врѣме йе нешто чега я имам врло мало, због мойега посла. Па бих молио, ако йе неко од вас програмер, да ми помогне и направи сучеље како би свако ко жели могао користити ово. Я не знам хоћу ли у скорийе врѣме наћи врѣмена за то.



Ево йош йеднога примѣра:

12 ознака све са 0.004
11 поклапаний - йедна разлика за 2. Врѣдности ознака не наводим йер нѣсу значайне и ради краткоће.

Колѣн=1    ВѣрПрѣл = 0.0003266%    Разл = 0.0003266%    Вѣр = 0.0357909%    Збирна вѣр = 0.0357909%
Колѣн=2    ВѣрПрѣл = 0.00118702%    Разл = 0.000860416%    Вѣр = 0.130081%    Збирна вѣр = 0.165872%
...
Колѣн=29    ВѣрПрѣл = 0.0199872%    Разл = -0.000427406%    Вѣр = 2.19033%    Збирна вѣр = 49.4038%
Колѣн=30    ВѣрПрѣл = 0.0195255%    Разл = -0.000461715%    Вѣр = 2.13973%    Збирна вѣр = 51.5435%
...
Колѣн=60    ВѣрПрѣл = 0.00547476%    Разл = -0.000295526%    Вѣр = 0.599958%    Збирна вѣр = 89.6571%
Колѣн=61    ВѣрПрѣл = 0.00519234%    Разл = -0.000282416%    Вѣр = 0.569009%    Збирна вѣр = 90.2261%
...
Колѣн=72    ВѣрПрѣл = 0.00283897%    Разл = -0.000164214%    Вѣр = 0.311113%    Збирна вѣр = 94.8107%
Колѣн=73    ВѣрПрѣл = 0.00268315%    Разл = -0.000155828%    Вѣр = 0.294036%    Збирна вѣр = 95.1048%


И йош йеднога:

67 ознака све са 0.004
65 поклапаний - 2 разлике за 1.

Колѣн=1    ВѣрПрѣл = 0.000210157%    Разл = 0.000210157%    Вѣр = 4.44582%    Збирна вѣр = 4.44582%
Колѣн=2    ВѣрПрѣл = 0.000491876%    Разл = 0.000281719%    Вѣр = 10.4055%    Збирна вѣр = 14.8513%
Колѣн=3    ВѣрПрѣл = 0.000648197%    Разл = 0.000156321%    Вѣр = 13.7124%    Збирна вѣр = 28.5638%
Колѣн=4    ВѣрПрѣл = 0.00067557%    Разл = 2.73729e-005%    Вѣр = 14.2915%    Збирна вѣр = 42.8553%
Колѣн=5    ВѣрПрѣл = 0.000619432%    Разл = -5.61385e-005%    Вѣр = 13.1039%    Збирна вѣр = 55.9592%
Колѣн=6    ВѣрПрѣл = 0.000523933%    Разл = -9.54984e-005%    Вѣр = 11.0837%    Збирна вѣр = 67.0429%
Колѣн=7    ВѣрПрѣл = 0.000419283%    Разл = -0.000104651%    Вѣр = 8.86982%    Збирна вѣр = 75.9127%
Колѣн=8    ВѣрПрѣл = 0.000322289%    Разл = -9.69936e-005%    Вѣр = 6.81794%    Збирна вѣр = 82.7306%
Колѣн=9    ВѣрПрѣл = 0.000240283%    Разл = -8.20062e-005%    Вѣр = 5.08312%    Збирна вѣр = 87.8138%
Колѣн=10    ВѣрПрѣл = 0.000174915%    Разл = -6.53677e-005%    Вѣр = 3.70029%    Збирна вѣр = 91.5141%
Колѣн=11    ВѣрПрѣл = 0.000124917%    Разл = -4.99986e-005%    Вѣр = 2.64258%    Збирна вѣр = 94.1566%
Колѣн=12    ВѣрПрѣл = 8.7826e-005%    Разл = -3.70908e-005%    Вѣр = 1.85794%    Збирна вѣр = 96.0146%

Йеднога дана ћу можда избацити из игре прѣдачке податке, ако смислим како да их замѣним, или сам програмски прѣдпоставим.
« Последња измена: Март 06, 2013, 06:08:02 пре подне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #10 послато: Март 06, 2013, 02:01:51 поподне »
Пошто нисам експерт за црквенословенски  8), ако сам те најбоље разумео, написао си код који би требао да рачуна временску удаљеност заједничког претка  два човека? И то си, ако сам разумео урадио задавајући свакој мутацији фиксни коефицијент при прорачуну?

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #11 послато: Март 06, 2013, 07:20:50 поподне »
Пошто нисам експерт за црквенословенски  8), ако сам те најбоље разумео, написао си код који би требао да рачуна временску удаљеност заједничког претка  два човека? И то си, ако сам разумео урадио задавајући свакој мутацији фиксни коефицијент при прорачуну?

Ако йе ово црквенословенски, онда сам я црнац! :-) То йе само прави србски, а не срПско-енглески, данас уобичайен.

Да, написах кључ за рачунање вѣроватноће удаљености зайедничкога прѣдка два или више људи. Може и са йедним, онда се мѣри вѣроватноћа промѣне почетне хапловрсте кроз поколѣња. Свака ознака може имати посебну врѣдност вѣроватноће промѣне.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #12 послато: Март 06, 2013, 08:50:54 поподне »
па могао си да залепиш један снимак екрана и да покажеш формулу како рачунаш. Моћда ће неко моћи да помогне.

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #13 послато: Март 06, 2013, 09:02:05 поподне »
па могао си да залепиш један снимак екрана и да покажеш формулу како рачунаш. Моћда ће неко моћи да помогне.

Ево функцийе найвишега реда:

void CSTROznaka::OdradiProracun(CArray<CSTROznaka, CSTROznaka> &nizOznaka, const int nKoraka, CArray<long double, long double> &nizVerovPrelaska,
   CArray<long double, long double> &nizSregjenihVerov, CArray<long double, long double> &nizZbirSregjenihVerov, long double &dNajmanji)
{
   const int nOznak = (int)nizOznaka.GetSize();
   nizVerovPrelaska.RemoveAll();

   for (int iOzn=0; iOzn<nOznak; ++iOzn)
   {
      nizOznaka[iOzn].PrviKorak();
   } // for iOzn

   long double dNajvecaRazlika = 0.; // Samo za kushanje.
   int nKorakNajveceRazlike = 0;

   for (int iKorak=1; iKorak<=nKoraka; ++iKorak)
   {
      long double dVerov = 1.L;
      for (int iOzn=0; iOzn<nOznak; ++iOzn)
      {
         const int nOdred = (int)nizOznaka[iOzn].m_nizOdredistnihVrednostij.GetSize();
         long double dVerOznake = 1.L;
         for (int iOdr=0; iOdr<nOdred; ++iOdr)
         {
            long double dVer;
            BOOL b = nizOznaka[iOzn].m_nVerovKorakN.DajVerovatnocu(nizOznaka[iOzn].m_nIzvoristnaVrednost,
               nizOznaka[iOzn].m_nizOdredistnihVrednostij[iOdr], dVer);
            dVerOznake *= dVer;

            /*const int nVred = (int)nizOznaka[iOzn].m_nizDozvoljenihVrednostij.GetSize();
            long double dZbir = 0.L;
            for (int i=0; i<nVred; ++i)
            {
               BOOL b = nizOznaka[iOzn].m_nVerovKorakN.DajVerovatnocu(nizOznaka[iOzn].m_nizDozvoljenihVrednostij,
                  nizOznaka[iOzn].m_nizOdredistnihVrednostij[iOdr], dVer);
               dZbir += dVer;
            } // for i
            dVerOznake *= dZbir/nVred;*/
         } // for iOdr
         dVerov *= dVerOznake;
         long double dRazl = nizOznaka[iOzn].RacunanjeVerovatnoceSledecegaKoraka();

         if (nKorakNajveceRazlike == 0 || dRazl > dNajvecaRazlika)
         {
            nKorakNajveceRazlike = iKorak;
            dNajvecaRazlika = dRazl;
         }
      } // for iOzn
      nizVerovPrelaska.Add(dVerov);
   } // for iKorak

   // Prvo odregjujem najmanju vrednost verovatnoce prelaska.
   int nNajmanji = 0;
   for (int i=1; i<nKoraka; ++i)
   {
      if (nizVerovPrelaska < nizVerovPrelaska[nNajmanji])
         nNajmanji = i;
   } // for i

   if (nNajmanji != nKoraka-1)
   {
      int ty = 5;
      ty++;
   }
   dNajmanji = nizVerovPrelaska[nNajmanji];
   nizSregjenihVerov.SetSize(nKoraka);
   nizZbirSregjenihVerov.SetSize(nKoraka);
   long double dZbir = 0.L;
   for (int i=0; i<nKoraka; ++i)
   {
      dZbir += (nizVerovPrelaska-dNajmanji);
   } // for i

   if (dZbir == 0.)
   {
      return;
   }

   double dZbirVerov = 0.;
   for (int i=0; i<nKoraka; ++i)
   {
      nizSregjenihVerov = (nizVerovPrelaska-dNajmanji)/dZbir;
      dZbirVerov += nizSregjenihVerov;
      nizZbirSregjenihVerov = dZbirVerov;
   } // for i
} // kraj: static CSTROznaka::OdradiProracun

Не бих умѣо обяснити цѣо поступак у неколико рѣченица, али замисао йе проста и поступак не захтѣва много памети. Найсложения рачунска радња йе дѣљење. Нема никакве више математике.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #14 послато: Март 06, 2013, 11:58:31 поподне »
Свака част за коришћење C++ за овакве (једноставне) ствари :) Ја овако нешто једино радим у VB пошто тражи најмање писања кода.

Узгред, можда си могао да направиш малу апликацију за рачунање варијансе из задатих хаплотипова. Мислим да би то било врло корисно а и помогло би нам после када будемо радили варијансу за српски пројекат и његове појединачне хаплогрупе.

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #15 послато: Март 07, 2013, 05:24:27 пре подне »
Свака част за коришћење C++ за овакве (једноставне) ствари :) Ја овако нешто једино радим у VB пошто тражи најмање писања кода.

Узгред, можда си могао да направиш малу апликацију за рачунање варијансе из задатих хаплотипова. Мислим да би то било врло корисно а и помогло би нам после када будемо радили варијансу за српски пројекат и његове појединачне хаплогрупе.

Од данас коришћених йезика Ц++ йедино и знам. ВБ не знам.

Е сада йе питање како се рачуна то а да буде сагласно са другима. Вѣроватно нешто као срѣдње-квадратно одступање, но мора се пронаћи то негдѣ на мрежи како би било усаглашено и упоредиво са другима исходима из Европе.
У сваком случайу, како год да се рачуна, рачуница би у таквом програму чинила найвише 5-6%, а користничко сучеље све остало. А за то я немам врѣмена. Трѣба наћи бистра докона клинца срѣдњошколца или студента, то йе за њих лако. Само трѣба врѣмена, а то йе йедино чега я немам.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #16 послато: Март 07, 2013, 08:05:00 поподне »
Немој да помислиш да сам рекао да је C++ лоша ствар ))) То је одличан језик али за неке озбиљније ствари. Ово је ипак  тивијални рачун.

Па имамо математичаре међу нама који засигурно боље знају од мене које формуле треба користити а можемо и погледати на интернету ако то раде други. То би потенцијално могла бити врло корисна ствар, поготово када буде много хаплотипа у бази.

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #17 послато: Март 07, 2013, 08:20:04 поподне »
под претпоставком да Невски зна руски (а ко ће знати ако Невски неће), ево корисних линкова за прављење програма који се баве са ГГ.

ево баш за варијансу:
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=860

а ево и за остале ствари:
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=165
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=615
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=683
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=794

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #18 послато: Март 07, 2013, 08:48:22 поподне »
под претпоставком да Невски зна руски (а ко ће знати ако Невски неће), ево корисних линкова за прављење програма који се баве са ГГ.

ево баш за варијансу:
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=860

а ево и за остале ствари:
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=165
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=615
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=683
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=794

Не може приступити страницам. Ево шта се добия:

Цитат
Обнаружена ошибка. Если вам неизвестны причины ошибки, попробуйте обратиться к разделам помощи.
Причина:
У вас нет доступа к этой странице или функции. Если вы не авторизованы, можете сделать это, используя форму ниже, а затем попробовать снова.

Трѣбаше снимити садржай страница, ако имаш налог, или окачити садржай их овдѣ.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #19 послато: Март 07, 2013, 11:01:49 поподне »
ој. које компликације....

ево за сада овај део о варијанси

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #20 послато: Март 08, 2013, 06:21:27 поподне »
ој. које компликације....

ево за сада овај део о варијанси

Погледах. Рус говораше тамо о срѣдње-квадратном одступању, што я већ ранийе спомињах. Тако бих и я урадио, када бих ово радио. Што йе врло просто.
Но, невоља йе што, ако желиш поредити разноврсност наших и хапловрста других народъ, сам мораш израчунати разноврсност и наших и страних, што значи да мораш имати приступ и хапловрстам их.
Разлози су двойни: прво, тешко йе знати на койи начин су они рачунали разноврсност. Можда су рачунали срѣдњим одступањем степена 1, 3...Н. То йе могуће на разне начине радити.
Друго, да бише подаци били упоредиви, и йедни и други морайу бити рађени на истих ознаках, уз то све хапловрсте морайу бити йеднообразне. У противном, пореде се бабе и жабе. Пошто ћеш тешко знати на койих ознаках су рађена страна одређивања разноврсности, чак иако имаш саму бройчану врѣдност ње, найбоље йе да сам урадиш за све поредеће се стране. Само тако ћеш имати податке койи су несумњиво упоредиви.
За то ти прѣдлажем радити то само на десет зайедничких ознака испитивања на 12 и 17 их. Йер њих скоро сваки узорак има.

За ово урадити саму рачуницу йе просто да простийе не може бити. То може сваки срѣдњошколац койи зна макар мало програмирања, и за то йе довољно неколико минута посла. Оно што йе неупоредиво сложенийе йе урадити користничко сучеље. Што йе прилично досадан посао, ако се жели макар мало угодан рад са програмчићем. Койи притом може снимити већ унете хапловрсте на тврди колут, како се не бише поново трѣбали укуцавати када се додайу нови подаци.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #21 послато: Март 08, 2013, 10:29:23 поподне »
Погледах. Рус говораше тамо о срѣдње-квадратном одступању, што я већ ранийе спомињах. Тако бих и я урадио, када бих ово радио. Што йе врло просто.
Није прави Рус већ руски Татар са хаплогрупом E1b-V13 али није то битно :)
НАравно, формула је доста једноставна и може се имплементирати без проблема.

Цитат
Но, невоља йе што, ако желиш поредити разноврсност наших и хапловрста других народъ, сам мораш израчунати разноврсност и наших и страних, што значи да мораш имати приступ и хапловрстам их.

Обично се уђе на сајт ФТДНА и од туда се сакупи неколико стотина хаплотипова. Ја лично сам заинтересован да се испита порекло хаплогрупа J2, E1b и I2a. Занимљив је податак да је највећа варијанса  E1b у Европи забележена у Босни. Да се мало испита могућност да су поједие гране те хаплогрупе дошле са Србима на југ.
Цитат
Разлози су двойни: прво, тешко йе знати на койи начин су они рачунали разноврсност. Можда су рачунали срѣдњим одступањем степена 1, 3...Н. То йе могуће на разне начине радити.

То се обично ради преко програма за статистичку обраду али се формула не би требала разликовати од оне која је поменута у руском тексту.

Цитат
Друго, да бише подаци били упоредиви, и йедни и други морайу бити рађени на истих ознаках, уз то све хапловрсте морайу бити йеднообразне. У противном, пореде се бабе и жабе. Пошто ћеш тешко знати на койих ознаках су рађена страна одређивања разноврсности, чак иако имаш саму бройчану врѣдност ње, найбоље йе да сам урадиш за све поредеће се стране. Само тако ћеш имати податке койи су несумњиво упоредиви.

По правилу се сви ови прорачуни раде у тзв. ФТДНА формату који се може видети на сајту истоимене компаније (у таблицама).

Цитат
За то ти прѣдлажем радити то само на десет зайедничких ознака испитивања на 12 и 17 их. Йер њих скоро сваки узорак има.

Мислим да се може почети од минималних вредности па да се касније повећава број маркера све до 111 јер ти хаплотипови дају најбољи резултат.

Цитат
Оно што йе неупоредиво сложенийе йе урадити користничко сучеље. Што йе прилично досадан посао, ако се жели макар мало угодан рад са програмчићем. Койи притом може снимити већ унете хапловрсте на тврди колут, како се не бише поново трѣбали укуцавати када се додайу нови подаци.

Ој. сучеље... уз гумб моја омиљена хрватска рачуналска реч.  8)
Не видим зашто би то био проблем пошто се може урадити преко рецимо wxWidgets без неких већих проблема. Исто тако, мајкрософтов VC++ има сасвим солидан едитор ресурса.

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #22 послато: Јун 02, 2014, 08:57:13 поподне »
Ево рѣших учинити явно доступним (вѣроватно) први србски прѣдвиђач мушких лоза. Налази се у спремишти на наредной вези.

https://yadi.sk/d/b7-gPEHyVAPEU


Само трѣба распремити дато ЗИП спремиште у нов омотач и прѣименовати "Невски.ддд" у "Невски.ЕХЕ", и затим га покренути (морах овако, йер се могу правити тешкоће приликом слања ЕХЕ спремишт). Спремиште "UcestanostiSTRov.dat" мора бити са њим у истом омотачу, йер садржи учестаности СТРова без койих се не може. Наћи ћете гдѣ у изборнику трѣбате притиснути да бисте ушли у прѣдвиђач, а тамо има и упутства за употрѣбу.

Захваљуйем се за помоћ нашему Александру М-у, разврставшему узорке лозе И1 на неколике подгране.

Напомена: прорачуни оса више нѣсу доступни. Ко йе скинуо, скинуо. :-)
« Последња измена: Јун 28, 2014, 04:46:17 пре подне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #23 послато: Јун 02, 2014, 09:38:27 поподне »
Ево рѣших учинити явно доступним (вѣроватно) први србски прѣдвиђач мушких лоза. Налази се у спремишти на наредной вези.

http://yadi.sk/d/ITptVk4tS3rYM

Само трѣба распремити дато ЗИП спремиште у нов омотач и прѣименовати "Невски.ддд" у "Невски.ЕХЕ", и затим га покренути (морах овако, йер се могу правити тешкоће приликом слања ЕХЕ спремишт). Спремиште "UcestanostiSTRov.dat" мора бити са њим у истом омотачу, йер садржи учестаности СТРова без койих се не може. Наћи ћете гдѣ у изборнику трѣбате притиснути да бисте ушли у прѣдвиђач, а тамо има и упутства за употрѣбу.

Захваљуйем се за помоћ нашему Александру М-у, разврставшему узорке лозе И1 на неколике подгране.

Уз поступак су приложена два найновия ПОС прорачуна главних оса, Европе ("Evropa 05 297k 2.ose"), и Европе са Блиским Истоком  ("Evropa sa okolinom 06 297k 3.ose"). Наћи ћете гдѣ се учитава, има могућност за то у изборнику.
 
----
Кратко упутство за сналажење на цртежу оса, пошто се учита:
 
"+" и "-" дирке на десной страни куцаљке за приближавање и удаљавање.

"ЦТРЛ + стрѣлица ЛѢВО" и "ЦТРЛ + стрѣлица ДЕСНО"за смањење и увећање реднога броя обейу приказаних оса за 1.

Користе се "Алт +" и "Алт -" за увећање и смањење реднога броя усправне осе за 1.
Користе се "Цтрл +" и "Цтрл -" за увећање и смањење реднога броя водоравне осе за 1.

Напомињем да се по учитавању оса могу додати и поставити на њих ФТДНА или 23АндМе налази општега родства. Има могућностий у изборнику за то.

Невски, свака част. Сад сам пребацио и инсталирао програм, и пробао неколико хаплотипа да видим како иде. Видим да ради прилично добро. Не знам како се понашају неки специфични хаплотипови. Нисам још стигао да пробам.

Ван мреже Bane

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 826
  • E-Z16988+BY99620+
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #24 послато: Јун 02, 2014, 11:17:33 поподне »
Mozda ti bude korisno:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1872497314000842
http://www.sciencedirect.com/science/MiamiMultiMediaURL/1-s2.0-S1872497314000842/1-s2.0-S1872497314000842-mmc1.xlsx/273599/FULL/S1872497314000842/73a0799aea877cd482ff2646b204b41e/mmc1.xlsx

A moram radi sebe da dodam jos nesto. Bistar si ti momak Nevski, i veoma si precizan i dubok u svojim stavovima... ali ja se eto poprilicno ne slazem sa njima. Npr kad bi ti rekao moje misljenje o Putinu ne bi me zacudilo da se solidno potrudis da saznas ko sam, sta sam i slicno.

Eto tako, to je bilo radi kompenzacije. Da sam ostavio samo linkove, mozda bi neko stekao utisak da sam ravnodusan prema onome sto se desavalo prethodnih par dana na jednoj drugoj temi.

Pozdrav

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #25 послато: Јун 02, 2014, 11:50:21 поподне »
Када будем имао мало више времена, погледаћу ово чудо Невског )

Иначе, још давно сам хтео да предложим да се организујемо и међусобно поделимо како би квалитетно освојили два важна програма везана за прављење генетичких стабала. Синиша је радио на једном од њих програму MEGA. И ја сам својевремено то покушао али нисам аш превиоше био успешан.

Више глава је паметније од једне па зато предлажем свима да радимо на заједничком освајању рада са програмом MEGA  и још једним одличним програмом који се зове Phylip  Верујем да би већ кроз један месец могли да одрадимо много тога.

има ли добровољаца? :)
« Последња измена: Јун 03, 2014, 10:53:35 пре подне Kor »

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #26 послато: Јун 03, 2014, 08:07:44 пре подне »
Синиша је радио на једном од њих програму MEGA.

Нисам радио на МЕГИ, већ на Fluxus Network. Тај програм заиста јесте погодан и могу рећи да сам га прилично савладао. Међутим, проблем је у самој СТР анализи. За неке групе, које су се веома рашириле у кратком временском периоду, а каква је И2а Динарик, мало помаже ова врста анализе. Сви хаплотипови су мање више блиски, а програми дају велик број могућих комбинација, тј. нису у стању да издвоје ону праву, добрим дијелом због повратних мутација.

СТР анализа, по мени, може да се покаже сврсисходном кад се дође до заједничког претка од отприлике 1000 година и мање, или са друге стране код популација које имају заједничког претка даље од 5000 година. У међуинтервалу од 1000-5000 веома тешко могу било шта да помогну.

И друга страна приче би било издвајање кластера помоћу СНП-ова колико се год може ићи далеко, а онда унутар кластера радити СТР анализу. Надам се да ће нова СНП подјела И2а Динарик учинити смисленијом и СТР анализу те хаплогрупе.

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #27 послато: Јун 03, 2014, 06:45:33 поподне »
Хвала свим трима!  :)

Сад сам пребацио и инсталирао програм, и пробао неколико хаплотипа да видим како иде. Видим да ради прилично добро. Не знам како се понашају неки специфични хаплотипови. Нисам још стигао да пробам.

Немам йош подѣлу узорака Р1а, Р1б и Е1б1б на подгране, пошто их не познайем баш добро. Али намѣравам радити на том у наредних недѣљах.
Из Е1б1б издвойих узорке койи су у ФТДНА подухвату издвойени као В13, али примѣтих да их слабо разликуйе од остатка Е1б1б лозе. Мораћу радити и на том.
Исто тако има потешкоћа разликовати пойедине огранке лозе Й. Вѣроватно да их тамо нѣсу добро раздвойили.
А што се посебних хапловрста тиче, ако су оне прѣвише удаљене од стања узорака свойе лозе койе я имам, онда ће их теже прѣпознати. У сваком случайу, увѣк трѣба гледати йе ли уклапање добро. Ако нѣйе, онда вѣроватноћа од 100% ништа не значи.

Mozda ti bude korisno:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1872497314000842
http://www.sciencedirect.com/science/MiamiMultiMediaURL/1-s2.0-S1872497314000842/1-s2.0-S1872497314000842-mmc1.xlsx/273599/FULL/S1872497314000842/73a0799aea877cd482ff2646b204b41e/mmc1.xlsx

... ali ja se eto poprilicno ne slazem sa njima. Npr kad bi ti rekao moje misljenje o Putinu ne bi me zacudilo da se solidno potrudis da saznas ko sam, sta sam i slicno.

Eto tako, to je bilo radi kompenzacije. Da sam ostavio samo linkove, mozda bi neko stekao utisak da sam ravnodusan prema onome sto se desavalo prethodnih par dana na jednoj drugoj temi.

Pozdrav

Хвала, Бане.

Свако има право на свойе мишљење. Што се тиче прѣдмета разговора од прѣ неки дан, дневна политика нѣйе прѣдмет разговора овога разговаралишта, те тим поготово овдѣ нема мѣста ширењу мржње на политичкой основи, неонацизму и сличним появам.

Поздрав.

Иначе, још давно сам хтео да предложим да се организујемо и међусобно поделимо како би квалитетно освојили два важна програма везана за прављење генетичких стабала. Синиша је радио на једном од њих програму MEGA. И ја сам својевремено то покушао али нисам аш превиоше био успешан.

Више глава је паметније од једне па зато предлажем свима да радимо на заједничком освајању рада са програмом MEGA  и још једним одличним програмом који се зове Phylip  Верујем да би већ кроз један месец могли да одрадимо много тога.

има ли добровољаца? :)

Синиша ти даде добар одговор. Повратне промѣне (койе су чешће него што се мисли) као и упоредне (независне) промѣне на истих СТРовах отежавайу прављење стабала гранањ мушких лоза, често доводе до тога да никакав рачунарски поступак ту више не може помоћи. За многе лозе очекуйем спаса захваљуйући Великому Ипсилону. Као што написа Синиша, многе хаплоскупине ћейу се йош издѣлити па ће бити много лакше направити стабло оних койи буду завршили у истом огранку.
А я иначе имам врло мало слободнога врѣмена, а много посла койи ме чека.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #28 послато: Јун 03, 2014, 07:17:13 поподне »

Из Е1б1б издвойих узорке койи су у ФТДНА подухвату издвойени као В13, али примѣтих да их слабо разликуйе од остатка Е1б1б лозе. Мораћу радити и на том.


Гледао сам баш данас Е1б пројекат на ФТДНА и примјетио сам исто што и ти, да су E-V13 као најбројнију, европску грану хаплогрупе Е слабо подијелили и средили. Не знам шта је разлог томе. Могуће да се једноставно хаплогрупом Е нико није студиозно бавио као осталим хаплогрупама, или је самам хаплогрупа отпорна на подјеле.

Ван мреже Kor

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 964
  • реверзни инжињеринг историје
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #29 послато: Јун 03, 2014, 08:58:41 поподне »

Синиша ти даде добар одговор. Повратне промѣне (койе су чешће него што се мисли) као и упоредне (независне) промѣне на истих СТРовах отежавайу прављење стабала гранањ мушких лоза, често доводе до тога да никакав рачунарски поступак ту више не може помоћи. За многе лозе очекуйем спаса захваљуйући Великому Ипсилону. Као што написа Синиша, многе хаплоскупине ћейу се йош издѣлити па ће бити много лакше направити стабло оних койи буду завршили у истом огранку.
А я иначе имам врло мало слободнога врѣмена, а много посла койи ме чека.

Та два програма која сам набројао користе многи, између осталог и Кљосов и Рожанскиј. Мислим да их не би користили да не могу дати довољно добре резултате. Кака би 5 људио узело по деловима да проуче литературу и да се са изкуствима размене са осталима, то би се брзо освојило и много би лакше креирали стабла за све хаплогрупе што имамо овде.

Што се твог програма тиче, само сам га на минуту погледао. Приметио сам озбиљан баг приликом освежења простора за цртање. Није добро урађена обрада WM_PAINT догађаја. То би иначе мого да кочи и остатак програма.

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #30 послато: Јун 07, 2014, 05:06:50 пре подне »
Управо поставих новийе издање. Као и ранийе, трѣба распремити ЗИП спремиште у нов омотач и прѣименовати "Невски.ддд" у "Невски.ЕХЕ".

https://yadi.sk/d/b7-gPEHyVAPEU

Прва новина у прѣдвиђачу йе што йе омогућено уношење исходъ на 17 ознак у поредку како се добияйу у извѣштайу београдскога ДНК срѣдишта, и других койи баратайу истими. Ово ће олакшати уношење таквих, йер се не мора тражити гдѣ койи иде.

Затим додах йош неке гране у прѣдвиђач. Е1б1б коначно подѣлих на пет подграна. То су: Е1б1б-В13, Е1б1б-В12, Е1б1б-В22, Е1б1б1б-В257 и Е1б1б1ц-М123.
Затим из Р1б издвойих Р1б-Л21, а из Р1а огранак Р1а М458. Вѣроватно ћу у будућности издвойити йош неке огранке лоз Р1а и Р1б, нарочито оне койе су заступљене у нас.

Напомињем да поступак на мањем бройу ознака, рецимо на 12 или 17, често слабо разликуйе блиске лозе, рецимо огранке Е1б1б лозе међу собом, или Р1б Л21 од остатка Р1б-а. Или Р1а М458 од остатка Р1а-а, а слично се догађа и са пойединима огранцима Й-а. На већем бройу ознака найчешће дайе добра прѣдвиђања.

На примѣр, за налаз мойега уяка на 17 ознак дайе слѣдеће исходе:

Вѣроватноћа = 52.52%   уклапање = 79.51         Е1б1б-В12
Вѣроватноћа = 40.83%   уклапање = 67.78         Е1б1б-В13
Вѣроватноћа = 5.26%   уклапање = 63.75         Е1б1б-В22
Вѣроватноћа = 1.40%   уклапање = 63.44         Е1б1б1ц-М123
Вѣроватноћа = 0.00%   уклапање = 34.67         Й1
Вѣроватноћа = 0.00%   уклапање = 31.42         Х
...
« Последња измена: Јун 28, 2014, 04:47:29 пре подне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #31 послато: Јун 22, 2014, 09:04:48 поподне »
Ево бройева хапловрст улазећих у статистику за мой прѣдвиђач, поређаних по бройу узорака за сваку грану. Сви су они покупљени са разних ФТДНА подухватъ, и сви су "зелени", односно провѣрени одговарайућим пойединачним йезгровничким разнообличйем (СНП-ом).

Р1б-Л21   2536
Р1б   1752
Й1   1391
Р1а   1100
И2а2а-М223   817
Й2а   807
Г2а2б2а1б - Л497   688
Ку   516
И1 З59+ ПФ856 ЦТС8647 З60+ АС-Райна   456
Е1б1б-В13   419
Т   410
И1 З59+ З60+ Саксон-Райна   379
Н   292
Е1б1б1ц-М123   255
Р1а М458   232
И2а2б-Л38   229
Г2а2б2а1а - У1   224
И2а1б3 Динарска и Дислес   216
И2а1а Сардинийска   212
Г2а2б1 - М406   178
И1-П109   156
Г2а1-Л293   153
И1 З63 Источни Германи   153
Е1б1а   151
Л   151
О   146
И1 З138/139 Велшано-Германи   133
Е1б1б1б-В257   133
Г2а2б2а1ц - З274   132
И2ц   132
Г2а2а - Л91   127
И2а1 Ислес   123
Р2   115
Г2б-М377   106
Г1-М342   105
И2а1 С21825 Западњачка   102
Ц2-М217   96
Й2б-М241   92
Е1б1б-В22   88
Х   68
Е1б1б-В12   58
Е1а   52
Й2б-М205   29
Р1а Л1280 Млађовци   19

Укупно: 15729

Послѣ Млађоваца, наймање узорака имам из скупине Й2б1 - М205. Због тога молим наше људе бавеће се њоме, уколико су вољни помоћи, да ми прияве све нове припаднике ове лозе койи су провѣрени пойединачним йезгровничким разнообличйем (СНП-ом). Ако има кога вољна помоћи, обявићу свих 29 койе имам овдѣ. Наравно, СНП йе обавезан, пошто у цѣлой збирци немам нийеднога без њега.

« Последња измена: Јун 22, 2014, 09:07:06 поподне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #32 послато: Септембар 13, 2014, 07:52:19 поподне »
Данас мало дорађивах свой прѣдвиђач мушких лоза. Додах сликовит приказ уклапања узорка у одабрану лозну скупину. За сваки коришћени ПКО (понављање кратких образаца) на слици приказуйем његову расподѣлу, и на њой положай врѣдности унѣтога узорка, прѣдстављенога усправном цртом. Црта узорка йе црна у оной мѣри колико се врѣдност уклапа у одабрану лозу. И обратно, што йе више црвенила, то йе више неуклапања.
На овай начин можете врло брзо провѣрити койе ознаке се колико уклапайу у тражену мушку лозу, без познавања кой врѣдности су на койой ознаци за койу лозу честе.
На врху на десной страни се налази списак мушких лоза, у поредку койега йе дао прѣдвиђач.




Ево примѣра гдѣ йе задато свих 111 ознака. Како би то све стало на слику, мораше бити мало сабийено, па йе самим тим нешто мање прѣгледно.
На овом примѣру (узорак йе од лозе Н) се види да се врло лоше уклапа у Р1а М458. Има много ознака са црвенима цртицама, што значи да су врѣдности узорка на њих неуобичайене односно рѣтке у лози Р1а М458. Што йедноставно значи да се узорак у лозу лоше уклапа.




Као и обично, из спремишта "Невски.дат" прѣименуйте у "Невски.ехе".

https://yadi.sk/d/KfRK-C02bTg6z
« Последња измена: Септембар 13, 2014, 07:55:23 поподне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #33 послато: Новембар 14, 2014, 09:06:28 поподне »
Прѣ неку недѣљу направих програмчић за одређивање вѣроватноће да се од задатих прѣдачких врѣдностий ознака може прѣћи у задате потомачке, йеднога или више њих. То йе оно што ми найвише трѣба за утврђивање блискости хапловрста.

...
Зарад простоте и поређења исходъ са примѣрима са свеучилишта Аризоне, све ознаке су рачунате са учесталошћу промѣна 0.002. Напомињем да се програму може задати учестаност за сваку ознаку посебно, независно йедна од друге. Програм узима у обзир и повратне промѣне (мутацийе). Програм све вишеструке ознаке узима независно, бар за сада (13/14 на ДЫСг 385 нѣйе исто као 14/13, као што йе у природи). Програм у йедном кораку рачуна и са могућношћу помѣрая врѣдности ознаке за 2 (узех са вѣроватноћом 0.05 од укупне) и више (са вѣр 0.001 од укупне). У недостатку података како йе у стварности узех оно што нађох да се прѣдпоставља за помѣрай од 2 на мрежи, а за веће лупих врѣдност, у недостаку икакве. Ако неко има податке како то трѣба, нека ми каже. Био бих захвалан за то.
Програм може радити на произвољном скупу ознака. На йедной, 10, 12, 30 или 100.
Найвећи недостатак програма йе што он за сада нема корисничко сучење. Податке у њега уносим непосрѣдно у изворни кључ. Вѣровали или не, прављење користничкога сучеља, гдѣ користник може све ово уносити йе много већи посао од саме рачунице. А врѣме йе нешто чега я имам врло мало, због мойега посла.

Ако се неко овога сѣћа, ово йе први рачунарски поступак койега направих за потрѣбе родственога родословља, йош прѣ годину и по и више дана. До сада врло мало работах на њем, лѣтос нешто поправих да се боље сналази са већим бройем хапловрст мање разноликости, а сада су на путу веће дораде. Наиме скоро рѣших коначно направити користничко сучеље за њега, тако да га свако може користити, као што йе доступан рецимо мой прѣдвиђач мушких лоз или рачунач опште родствене измѣшаности.

На ово се одлучих пошто прѣ неку недѣљу смислих начин како могу испитати ради ли мой рачунарски поступак добро, односно дайе ли очекивана рѣшења.
Ево како се овакву рачунарску поступку може испитати тачност и исправност. Одабере се произвољна хапловрста (рецимо дужине 67), а затим се иста пушта (уз помоћ другога, простога рачунарскога поступка) да се "развия" кроз врѣме, односно да се мѣња на исти начин као што се догађа у природи, приликом прѣношења Ы хромозома са оца на сина, са жељеними вѣроватноћами промѣн (я користиях вѣроватноће промѣн М. Хеиниле). На тай начин се од "прѣдачке" хапловрсте може добити произвољан брой "потомачких" хапловрст са жељеним бройем колѣн.
Тако се за одабрану прѣдачку хапловрсту добия произвољан брой потомачких хапловрст познате старости! И онда се све оне убаце у рачунарски поступак за одређивање вѣроватноћа старости зайедничкога прѣдка да се види шта ће се добити, односно хоће ли се добити оно што очекуйемо.

И ево примѣра, пустих хапловрсту из сардинийске лозе да се развийе на потомке дубине 70 колѣн.
Користећи 100 потомачких хапловрст на 25 ознак (све независне међу првих 37) добих збирну вѣроватноћу од 50% на 74.8028 колѣн, што йе одступање од 4 и нешто од очекиванога 70.
Када употрѣбих 300 хапловрст добих као исход збирну вѣроватноћу од 50% на 72.2895 колѣн, што има знатно мање одступање од 70.

Ево йош неких исходъ мойих огледъ:

(брой потомачких хапловрст)       (брой ознак)                  (стварна старост)                            (срачунат брой колѣн са 50% вѣров)
100                                                     25 (37)                             70                                            74.8028

50                                                        25 (37)                               70                                                    78.5302

20                                                         51 (67)                           70                                                   78.9211

50                                                         51 (67)                           70                                                        71.4387   

100                                                       51 (67)                           70                                                        69.8152

----------------------------------
300                                                       51 (67)                            30                                                     30.4795

100                                                       51 (67)                            30                                                       31.3773

20                                                         63 (67)                            30                                                       28.6763

20                                                         63 (67)                            30                                                       30.283

20                                                         33 (37)                            30                                                       32.9847


Као што се може видѣти, што йе већи брой ознак и хапловрст коришћених у прорачуну, повећава се тачност, односно рѣшење се више примиче очекиваному.

Исто тако се смањуйе опсег на койем су добийене значайне вѣроватноће, на примѣр за велики брой хапловрст (300)
300                                                         33 (37)                          30                                             29.5

се добия скоро сва вѣроватноћа на опсегу колѣн од 29 од 30.

Колѣн=29    Вѣр = 1.8515e-029%    Збирна вѣр = 1.8515e-029%
Колѣн=30    Вѣр = 100%    Збирна вѣр = 100%

Док се у примѣру са малим бройем хапловрст (20) добия, знатно већи опсег, од 26 до 32 са значайнийом вѣроватноћом.


20         63 (67)      30             28.6763         500
Колѣн=26    Вѣр = 1.62339%    Збирна вѣр = 1.79103%
Колѣн=27    Вѣр = 8.00596%    Збирна вѣр = 9.79699%
Колѣн=28    Вѣр = 20.542%    Збирна вѣр = 30.339%
Колѣн=29    Вѣр = 29.0727%    Збирна вѣр = 59.4117%
Колѣн=30    Вѣр = 23.9063%    Збирна вѣр = 83.318%
Колѣн=31    Вѣр = 11.964%    Збирна вѣр = 95.282%
Колѣн=32    Вѣр = 3.79854%    Збирна вѣр = 99.0806%


Значи, што йе већи брой хапловрст и ознак, поузданийе се рачунайу колѣна у койих трѣба тражити найскорийега зайедничкога прѣдка по мушкой лози. И то не важи само за мой рачунач, то важи за све.

Мойе првобитно издање поступка не могаше радити са вишеструкими ознаками, као што су ДЫС385 а/б, али сада може, и сада их рачунарски поступак узима као међусобно зависне, као што и трѣба. У неких од горњих примѣръ већ бѣху коришћени. Йер у међуврѣмену успѣх урадити да и за њих рачуна правилно, као зависне. Йедино не користим четвероструки ДЫС 464 а/б/в/г, пошто ме мрзи правити све их могуће спойеве. Исувише посла за прѣмало користи. Тако да се само они сада не користе у прорачунах. Ево примѣра рачунатога само на зависних ознаках их 6*2 = 12, (свих шест двоструких из 67 ознак):

300         12 (67)      60             59.4992

На триста хапловрст коришћењем само по дванаест зависних на 60 колѣн добих као исход да йе вѣроватноћа од 50% на 59.4992, што йе доказ да мой поступак сада ради добро и на зависних ознаках (а имам йош неколике одличне исходе са зависними, и нийедан лош).

Поступак ради и са хапловрстами промѣнљиве, нейеднаке дужине. Очекуйем да ћу за око три виходна успѣти урадити и за ово користничко сучеље (сйутра и прѣкосйутра тешко, нећу бити дома), и да ће бити ускоро доступан за ширу явност. (страну рѣч "виходни" написах пошто ме пойединци нападаху што не користим стране рѣчи, те им овиме показуйем да и я умѣм поштовати такозване европске врѣдности, шта год то било).

« Последња измена: Новембар 14, 2014, 10:18:09 поподне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #34 послато: Јануар 18, 2015, 04:26:35 поподне »
Данас дорадих мой прѣдвиђач мушких лоза и додах неколике огранке лозе Р1а, угледайући се на слику https://www.familytreedna.com/public/r1a/default.aspx?section=results.

Додах ове:

Р1а Z282
Р1а ЦТС4385 Западна Европа
Р1а Y2395 Западна и Сѣверна Европа
Р1а Z93 Евроазийска
Р1а Y2613 Карпатско-далматински грозд

Карпатско-далматински грозд и Л1280 су подгране лозе  Р1а Z282, а овдѣ су издвойене пошто су значайно заступљене у нашем народу.
Као и код свих других блиских огранака, прѣдвиђач тешко може разликовати койему припада узорак на малом бройу понављања кратких образаца, пошто се ту оне слабо разликуйу. Нарочито када их йе само 12.

Али, данас гледах мало узорке на 17 ознака из збирака Црне Горе и Србийе и примѣтих да их има известан брой найвећу вѣроватноћу дайућих Карпатско-далматинскому огранку. Мало йе вѣроватно да йе код свих њих то случайно, што значи да их има и у Србийи и у Црной Гори, не само у западних областих.
Неки од њих найвећу вѣроватноћу дайу за "Р1а ЦТС4385 Западна Европа" и "Р1а Y2395 Западна и Сѣверна Европа", неки и чак 98%.
А има извѣстан брой койи найвише "вуку" ка евроазийской Р1а З-93. Найвећи брой наших Р1а узорака показуйу на Р1а М458, често са више од 99% вѣроватноће.

Од ранийе већ бѣху присутни:
Р1а М458 Срѣдња Европа
Р1а Л1280 Млађовци


https://yadi.sk/d/l3jlyxtIe4rvH

Као и увѣк до сада, само трѣба "Невски.дат" прѣименовати у "Невски.ехе".
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10799
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #35 послато: Јануар 18, 2015, 05:32:42 поподне »
Али, данас гледах мало узорке на 17 ознака из збирака Црне Горе и Србийе и примѣтих да их има известан брой найвећу вѣроватноћу дайућих Карпатско-далматинскому огранку. Мало йе вѣроватно да йе код свих њих то случайно, што значи да их има и у Србийи и у Црной Гори, не само у западних областих.

Ово је веома значајан податак. Већ смо видели да су носиоци ове хаплогрупе код нас прилчно удаљени једни од других. Можда их је било од данашње Црне Горе па све до Загорја?

Занимљиво да је ова грана R1a бројна на Банији. Вероватно је то оно становништво које у 17. и 18. веку из западне и средње Босне прелази на аустријску територију.

На сајту http://yhrd.org/ за овај кластер (додуше само на 17 маркера) добијам поклапања и у Херцеговини.

Род Јагодића "чува" предање о пореклу из источних крајева (негде од Дрине).

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #36 послато: Јануар 18, 2015, 06:35:07 поподне »
Ово је веома значајан податак. Већ смо видели да су носиоци ове хаплогрупе код нас прилчно удаљени једни од других. Можда их је било од данашње Црне Горе па све до Загорја?

Занимљиво да је ова грана R1a бројна на Банији. Вероватно је то оно становништво које у 17. и 18. веку из западне и средње Босне прелази на аустријску територију.

На сајту http://yhrd.org/ за овај кластер (додуше само на 17 маркера) добијам поклапања и у Херцеговини.

Род Јагодића "чува" предање о пореклу из источних крајева (негде од Дрине).

Па то йе и сасвим очекивано, да их има много шире него што сада знамо. Обзиром да су Р1а Карпатско-далматински грозд и И2а-дин (свуда знатно присутна на словенском йуга) слично процѣњених старости, сасвим йе разумно очекивати хапловрсте првих на значайно ширем подручйи од Далмацийе и осталих западних крайева Хрватске и Босне. И мислим да их има и знатно источнийе од Црне Горе, не само у Србийи. Ево нађох неколике хапловрсте у бугарской збирци койе би лако могле бити из КД грозда.


А ево у Бугарской и хапловрсте дайуће найвећу вѣроватноћу на Млађов Л1280.
19 385a 385b 389 I 389 II 390 391 392 393 437 438 439 448 456 458 635 H4
17   11 13   13   30   25   11   11   13   14   11   11   21   15   15   23   12            ; 7. Sofia City   R-M17

Йедино одступа на ДЫС-у 456 за врѣдност мање.

Вѣроватноћа = 99.99%   уклапање = 84.36         Р1а Л1280 Млађовци
Вѣроватноћа = 0.01%   уклапање = 65.11         Р1а Z282 Европа

Найвећу вѣроватноћу на Млађовце дайе чак и ако их врѣдност "11-13" на ДЫС-у 385 замѣним са уобичайеном 11-14:

Вѣроватноћа = 89.02%   уклапање = 64.34         Р1а Л1280 Млађовци
« Последња измена: Јануар 18, 2015, 06:47:01 поподне Александар Невски »
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

mladjo

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #37 послато: Јануар 18, 2015, 07:09:50 поподне »
Па то йе и сасвим очекивано, да их има много шире него што сада знамо. Обзиром да су Р1а Карпатско-далматински грозд и И2а-дин (свуда знатно присутна на словенском йуга) слично процѣњених старости, сасвим йе разумно очекивати хапловрсте првих на значайно ширем подручйи од Далмацийе и осталих западних крайева Хрватске и Босне. И мислим да их има и знатно источнийе од Црне Горе, не само у Србийи. Ево нађох неколике хапловрсте у бугарской збирци койе би лако могле бити из КД грозда.


А ево у Бугарской и хапловрсте дайуће найвећу вѣроватноћу на Млађов Л1280.
19 385a 385b 389 I 389 II 390 391 392 393 437 438 439 448 456 458 635 H4
17   11 13   13   30   25   11   11   13   14   11   11   21   15   15   23   12            ; 7. Sofia City   R-M17

Йедино одступа на ДЫС-у 456 за врѣдност мање.

Вѣроватноћа = 99.99%   уклапање = 84.36         Р1а Л1280 Млађовци
Вѣроватноћа = 0.01%   уклапање = 65.11         Р1а Z282 Европа

Найвећу вѣроватноћу на Млађовце дайе чак и ако их врѣдност "11-13" на ДЫС-у 385 замѣним са уобичайеном 11-14:

Вѣроватноћа = 89.02%   уклапање = 64.34         Р1а Л1280 Млађовци

Да можда није ријеч о овом Бугарину:
« Последња измена: Јануар 18, 2015, 07:11:36 поподне млађо »

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #38 послато: Јануар 18, 2015, 07:34:11 поподне »
Да можда није ријеч о овом Бугарину:


Не вѣруйем, ово йе узорак из њиховога испитивања становништва државе. Изгледа да йе из Софийе.

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0056779
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10799
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #39 послато: Јануар 18, 2015, 09:25:03 поподне »
Данас дорадих мой прѣдвиђач мушких лоза и додах неколике огранке лозе Р1а, угледайући се на слику https://www.familytreedna.com/public/r1a/default.aspx?section=results.

Додах ове:

Р1а Z282
Р1а ЦТС4385 Западна Европа
Р1а Y2395 Западна и Сѣверна Европа
Р1а Z93 Евроазийска
Р1а Y2613 Карпатско-далматински грозд

Карпатско-далматински грозд и Л1280 су подгране лозе  Р1а Z282, а овдѣ су издвойене пошто су значайно заступљене у нашем народу.
Као и код свих других блиских огранака, прѣдвиђач тешко може разликовати койему припада узорак на малом бройу понављања кратких образаца, пошто се ту оне слабо разликуйу. Нарочито када их йе само 12.

Али, данас гледах мало узорке на 17 ознака из збирака Црне Горе и Србийе и примѣтих да их има известан брой найвећу вѣроватноћу дайућих Карпатско-далматинскому огранку. Мало йе вѣроватно да йе код свих њих то случайно, што значи да их има и у Србийи и у Црной Гори, не само у западних областих.
Неки од њих найвећу вѣроватноћу дайу за "Р1а ЦТС4385 Западна Европа" и "Р1а Y2395 Западна и Сѣверна Европа", неки и чак 98%.
А има извѣстан брой койи найвише "вуку" ка евроазийской Р1а З-93. Найвећи брой наших Р1а узорака показуйу на Р1а М458, често са више од 99% вѣроватноће.

Од ранийе већ бѣху присутни:
Р1а М458 Срѣдња Европа
Р1а Л1280 Млађовци


https://yadi.sk/d/l3jlyxtIe4rvH

Као и увѣк до сада, само трѣба "Невски.дат" прѣименовати у "Невски.ехе".

Хвала Невски на овим драгоценим стварима.

Имам један проблем, скида ми програм у Gom Player формату. Знаш ли како да га активирам нормално?


Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #40 послато: Фебруар 21, 2015, 06:29:27 поподне »
Ево найновийега издања прѣдвиђача. Главна новина йе што су сада овдѣ не йедан него два прѣдвиђача, грубљи и подробнийи. Разлика између их двайу йе у неколиких лозах, у Р1а, Р1б, И1 и Е1б1б.
У првом, грубљем, ове лозе су прѣдстављене само йедном граном, док су у другом подѣљене на више огранака. Грубљи прѣдвиђач йе погоднийи за кратке хапловрсте, као што су на 12орих или 17орих ознаках, док йе подробнийи погоднийи за дуже хапловрсте.
Наиме, на кратких хапловрстах йе врло често тешко разликовати пойедине огранке горе наведених лоза, а по некада и на дужих, као што бѣше случай са исходом нашега Аксића на 37 ознакъ. Због тога, на захтѣв користников мойега дѣла уведох и грубље издање, како би се за кратке хапловрсте избѣгло уситњавање наведених лоз. Као и увѣк до сада, прѣдан сам побољшавању свойега дѣла ради добра свийу нас.  :D

Лоза Р1а йе у подробнийем прѣдвиђачу издѣљена на слѣдеће огранке:

Р1а Z93 Евроазийска
Р1а Z282 Европа
Р1а Y2395 Западна и Сѣверна Европа
Р1а М458 Срѣдња Европа
Р1а ЦТС4385 Западна Европа
Р1а Y2613 Карпатско-далматински грозд
Р1а Л1280 Млађовци

Подѣла лозе Р1б:

Р1б-Л21 Сѣверно-атлантска
Р1б П312/С116* Западноевропска
Р1б ДФ27/С250 Иберо-атлантска
Р1б У152/С28 Итало-галска
Р1б У106/С21 Прагерманска
Р1б Л23* (Л51-)


Подѣла лозе Е1б1б, йош од ранийе:

Е1б1б-В13
Е1б1б-В22
Е1б1б-В12
Е1б1б1ц-М123
Е1б1б1б-В257

И подѣла лозе И1, йош од првога издања прѣдвиђача:

И1-П109
И1 З59+ ПФ856 ЦТС8647 З60+ АС-Райна
И1 З63 Источни Германи
И1 З138/139 Велшано-Германи
И1 З59+ З60+ Саксон-Райна

Напомињем да су у истом овом издању учињене мање измѣне у подешавањих Рачунача вѣроватноћа старости найскорийега зайедничкога прѣдка, због заврзлама са двостепеними промѣнами. Те се од сада може очекивати да се брой колѣн са 50% вѣроватноће повећа за око 4-5% у односу на рания издања.

Као и увѣк до сада, трѣба прѣименовати Невски.дат у Невски.ехе.

https://yadi.sk/d/Pm4CWXffepST6
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Аксић

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #41 послато: Фебруар 21, 2015, 07:12:10 поподне »
Aлександар Невски,

И шта сад каже најновији предвиђач за мој исход? Да ли је и даље велика вероватноћа да сам огранак евроазијског З93?

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #42 послато: Фебруар 21, 2015, 07:16:25 поподне »
Aлександар Невски,

И шта сад каже најновији предвиђач за мој исход? Да ли је и даље велика вероватноћа да сам огранак евроазијског З93?

Аксићу, да, то йе оно што већ обявих ранийе.

Иначе, србски йезик йош увѣк има падеже, те йе йедино исправно обратити ми се са "Александре;)
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Аксић

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #43 послато: Фебруар 21, 2015, 07:37:12 поподне »
Аксићу, да, то йе оно што већ обявих ранийе.

Иначе, србски йезик йош увѣк има падеже, те йе йедино исправно обратити ми се са "Александре;)

Ок Александре извини  :) . За два месеца очекујем резултате за снп ове и видећемо колико је поуздан твој предвиђач.   
« Последња измена: Фебруар 21, 2015, 07:38:51 поподне Аксић »

Аксић

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #44 послато: Фебруар 21, 2015, 07:45:22 поподне »
Александре Невски,

Да ли су ми блиски Дуњићи из Александровачке Жупе? Или је немогуће утврдити блискост на основу 16 маркера колико имају Дуњући? 
« Последња измена: Фебруар 21, 2015, 07:50:35 поподне Аксић »

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #45 послато: Фебруар 21, 2015, 08:18:09 поподне »
Александре Невски,

Да ли су ми блиски Дуњићи из Александровачке Жупе? Или је немогуће утврдити блискост на основу 16 маркера колико имају Дуњући?

Са Дуњићима на 16 ознака имаш само йедну разлику, на ДЫСу 19. Али йе врло незахвално извлачити било какве закључке на тако малом бройу ознака. Могу ти бити блиски, али и не морайу бити.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Тимар

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 628
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #46 послато: Фебруар 21, 2015, 09:46:00 поподне »

Цитат
Лоза Р1а йе у подробнийем прѣдвиђачу издѣљена на слѣдеће огранке:

Р1а Z93 Евроазийска
Р1а Z282 Европа
Р1а Y2395 Западна и Сѣверна Европа
Р1а М458 Срѣдња Европа
Р1а ЦТС4385 Западна Европа
Р1а Y2613 Карпатско-далматински грозд
Р1а Л1280 Млађовци

Хвала Александре, али, гдје сам ја (Богдановић) овдје и моји Z280 CTS3402 ?

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #47 послато: Фебруар 21, 2015, 10:15:18 поподне »
Хвала Александре, али, гдје сам ја (Богдановић) овдје и моји Z280 CTS3402 ?

Тимаре, прѣдпостављам да ти спадаш у Карпатско-далматински грозд.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #48 послато: Април 22, 2015, 10:10:54 поподне »
Ево найновийега издања прѣдвиђача мушких лоза. Главна новост йе да йе подѣљена врло стара и разграната лоза Й2а, и то на 13 подогранака. Она има велики брой подогранака са старошћу процѣњеном на више од десет тисушт година, те йе овиме исправљена неправда према њой. Лоза Й2а полако постайе све занимљивия за наше поднебље, йер се открива све више њених припадникъ у нашем народу. Надам се да ће прѣдвиђач помоћи при разврставању их. Такође йе и лоза Ку подѣљена, на седам огранака.

Ово йе подѣла лозе Й2а:

Й2а2-ПФ5008
Й2а1>М319
Й2а1>ПФ5169
Й2а1>Z6065
Й2а1>Z6049
Й2а1>Z6058
Й2а1х2>Z387
Й2а1х2>ПФ5401
Й2а1х2>Z7700
Й2а1б>Z500
Й2а1б>Z7671
Й2а1б>Z467>Л210
Й2а1б>Z467>С17996

У грубљем прѣдвиђачу йе подѣљена на четири гране: Й2а2-ПФ5008, Й2а1х2, Й2а1 без ХБ и Й2а1б.

Лоза Ку йе подѣљена на слѣдеће огранке: Ку М346>Z780, Ку М346>М3, Ку М346>Ы2659, Ку М25, Ку М346>Л330, Ку М346>Л804 и Ку Л275.

Такође су подѣљене и лозе Л и О, свака на по три гране, мада су оне мање значайне за наше поднебље, а нарочито друга. Можда сам и неку заборавио да йе подѣљена у два мѣсеца од изласка послѣдњега издања.

Наравно, уз поступак иду и пратећи дѣлови, Рачунач вѣроватноћа старости найскорийега зайедничкога прѣдка и Рачунач измѣшаности.

Као и увѣк, трѣба прѣименовати Невски.дат у Невски.ехе.

https://yadi.sk/d/dCP260nlgB3MH

Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #49 послато: Мај 11, 2015, 07:25:05 поподне »
Ево найновийега издања прѣдвиђача. Као што ранийе обећах, подѣљене су лозе Й1 и Т, прва на девет, а друга на пет огранака. Овиме су све важне лозе за нас уситњене, те не очекуйем да ће бити значайнийих измѣна у прѣдвиђачу у скорийе врѣме. Као увѣк до сада, трѣба прѣименовати "Невски.дат" у "Невски.ЕХЕ".

https://yadi.sk/d/-PxXQHS8gZDd4
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10799
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #50 послато: Јун 15, 2015, 03:11:47 поподне »
Невски, Синиша, занима ме ваше мишљење у вези следећег хаплотипа:

DYS 393  DYS 390  DYS 19/394  DYS 391  DYS 385a  DYS 385b  DYS 426  DYS 388  DYS 439  DYS 389-1 

12, 24, 15, 10, 14-18, 11, 15, 13, 12

DYS 392 DYS 389-2 DYS 458 DYS 459a DYS 459b DYS 447 DYS 437 DYS 448 DYS 449 GATA H4

12, 28, 17, 8-9, 27, 14, 19, 28. 10

DYS 456 DYS 438 DYS 444 DYS 481 DYS 446 DYS 635

15, 9, 14, 23, 13, 22


"Невски" предвиђач веће шансе даје хаплогрупи J2b-M241. 

Предвиђач "World Haplogroup & Haplo-I Subclade Predictor" показује J2-M205 =>83%  J2-M102 =>17%

http://members.bex.net/jtcullen515/haplotest.htm

Овај хаплотип има неке вредности карактеристичне за M205 (437=14, 392=12), али такође подсећа и на M241. Видим да и предвиђачи имају проблем. :)




 

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #51 послато: Јун 15, 2015, 03:34:43 поподне »
Невски, Синиша, занима ме ваше мишљење у вези следећег хаплотипа:

DYS 393  DYS 390  DYS 19/394  DYS 391  DYS 385a  DYS 385b  DYS 426  DYS 388  DYS 439  DYS 389-1 

12, 24, 15, 10, 14-18, 11, 15, 13, 12

DYS 392 DYS 389-2 DYS 458 DYS 459a DYS 459b DYS 447 DYS 437 DYS 448 DYS 449 GATA H4

12, 28, 17, 8-9, 27, 14, 19, 28. 10

DYS 456 DYS 438 DYS 444 DYS 481 DYS 446 DYS 635

15, 9, 14, 23, 13, 22


"Невски" предвиђач веће шансе даје хаплогрупи J2b-M241. 

Предвиђач "World Haplogroup & Haplo-I Subclade Predictor" показује J2-M205 =>83%  J2-M102 =>17%

http://members.bex.net/jtcullen515/haplotest.htm

Овај хаплотип има неке вредности карактеристичне за M205 (437=14, 392=12), али такође подсећа и на M241. Видим да и предвиђачи имају проблем. :)

Једино што је сигурно, то је да је Ј2б.

И поједини М241 имају 437=14 и 392=12. Мада генерално гледано овај хаплотип нема посебно блиских хаплотипова ни међу М205 ни међу М241.

Подсјећа ме на Умићев хаплотип који је на првих 12 маркера више личио на М241,  док се није СНП тестирао као М205.

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10799
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #52 послато: Јун 15, 2015, 04:09:23 поподне »
Једино што је сигурно, то је да је Ј2б.

И поједини М241 имају 437=14 и 392=12. Мада генерално гледано овај хаплотип нема посебно блиских хаплотипова ни међу М205 ни међу М241.

Подсјећа ме на Умићев хаплотип који је на првих 12 маркера више личио на М241,  док се није СНП тестирао као М205.

Хвала на одговору.

Да, подсећа на Умића због вредности 13 на 439.

Умић је тестиран на 12 маркера, али и он свакако има 437-14 (с обзиром је M205).

​О Брајан M205 изгледа има сличан хаплотип.

J2b (Чешка): 12, 24, 15, 10, 14-18, 11, 15, 13, 12, 12, 28

Умић: 12, 24, 15, 10, 15-17, 11, 15, 13, 12, 11, 28

О Брајан: 12, 24, 15, 10, 14-18, 11, 15, 12, 12, 11, 28

Занимљиво да О Брајан на YHRD има поклапања баш у Чешкој (3 хаплотипа), Немачкој (5) и Пољској.

Ово лако могу бити и Ј2б2, зато што је код њих 14-18 на маркеру 385аб честа појава. Сигуран сам да је YHRD то препознао. 

У Пољској, Чешкој и Немачкој генерално постоји пуно J2b-M241, док је M205 готово непостојећа.

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10799
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #53 послато: Август 24, 2015, 10:16:18 поподне »
"Задатак" за Невског:

Невски, можеш ли проверити којој подграни R1a припадају следећи хаплотипови:

Распоред

DYS385   DYS388   DYS389I   DYS389B   DYS390   DYS391   DYS392   DYS393   DYS394   DYS426   DYS437   DYS438   DYS439   DYS441   DYS442   DYS444   DYS445   DYS446   DYS447   DYS448   DYS449   DYS452   DYS454   DYS455   DYS456   DYS458   DYS459   DYS460   DYS461n   DYS462   DYS463   DYS464   GGAAT1B07   YCAII   YGATAA10   YGATAC4   YGATAH4

11-14 12 13 17 25 11 11 13 16 12 14 11 11 15 17 12 11 12 24 20 31 28 11 11 17 15 9-10 11 11 11 24 15-15-16-16 9 19-21 15 23 13

10-14 12 13 16 25 10 11 13 16 12 14 11 14 14 18 14 11 13 23 20 32 30 11 11 17 16 9-10 11 10 11 24 12-13-14-16 9 19-23 16 23 12

11-15 12 13 16 24 10 11 13 15 12 14 11 10 13 17 14 12 12 24 22 32 30 11 11 16 15 9-10 11 10 11 24 12-15-15-16 9 23-23 15 23 12

11-14 12 14 16 25 10 11 13 16 12 14 11 11 14 19 14 12 13 23 20 33 30 11 11 18 17 9-10 11 10 10 24 12-15-15-15 9 19-23 16 23 11

11-14 12 13 16 25 11 11 13 16 12 14 11 10 14 17 13 12 12 24 ? 32 30 11 11 15 15 9-10 11 10 11 25 15-15-15-15 9 19-23 16 23 12


Да ли можда постоје блиски хаплотипови у нашем днк пројекту, или у збиркама за Србију и ЦГ?

Када будеш имао времена, наравно.










Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #54 послато: Август 26, 2015, 09:39:28 поподне »
"Задатак" за Невског:

Невски, можеш ли проверити којој подграни R1a припадају следећи хаплотипови:

Распоред

DYS385   DYS388   DYS389I   DYS389B   DYS390   DYS391   DYS392   DYS393   DYS394   DYS426   DYS437   DYS438   DYS439   DYS441   DYS442   DYS444   DYS445   DYS446   DYS447   DYS448   DYS449   DYS452   DYS454   DYS455   DYS456   DYS458   DYS459   DYS460   DYS461n   DYS462   DYS463   DYS464   GGAAT1B07   YCAII   YGATAA10   YGATAC4   YGATAH4


Ух, прѣуређивање редослѣда йе "црначки" посао. Покушаћу крайем недѣље, ако нађем врѣмена.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10799
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #55 послато: Август 26, 2015, 11:27:47 поподне »
Ух, прѣуређивање редослѣда йе "црначки" посао. Покушаћу крайем недѣље, ако нађем врѣмена.

Нема проблема. Видећу ја један дан да пресложим те хаплотипове. Хвала у сваком случају.

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10799
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #56 послато: Август 28, 2015, 05:14:01 поподне »
R1a (Фокеја, Турска)

13 25 16 11 11-14 12 12 11 13 11 30 15 9-10; Вѣроватноћа = 90.80%   уклапање = 91.54%         R1a

13 25 16 10 10-14 12 12 14 13 11 29 16 9-10; Вѣроватноћа = 99.99%   уклапање = 54.81%         R1a M458 (висока вредност на маркеру DYS439 може бити и грешка)

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #57 послато: Новембар 29, 2015, 03:23:08 поподне »
Ево найновийега издања Прѣдвиђача мушких лозъ. У њем се могу уочити три новине.

Прва новина йе коначно оспособљавање Прѣдвиђача користити непотпуне врѣдности (попут 18.2 или 24.3). Оне се сада узимайу у обзир приликом прѣдвиђања. Додуше, непотпуне врѣдности су у збирках коришћених узорака за Прѣдвиђача коришћене само у трийу мушких лозах. Прва йе наравно Й1, на ознаци ДЫС 458, сви њени огранци. Свим узоркомъ ове лозе на койих йе заснован Прѣдвиђач йе врѣдност ознаке постављена на .2, те услѣд тога Прѣдвиђач више нема недоумице за наше Й1 узорке из скупине ПФ7264 йесу ли Й1 или Е1б1б-М123.
Друга мушка лоза са примѣњеном непотпуном врѣдношћу йе наравно наша Н1а, гдѣ йе у узорке убачен 24.3 на ДЫСу 19. А трећа йе И2а2б-Л38, гдѣ припадници њенога балканскога подогранка имайу особену врѣдност са .2 на ДЫСу 385, и по том су лако прѣпознатљиви. Рецимо двойица из црногорске збирке од 404, йедан из хрватске, йедан из словеначке, мислим и йедан из Грчке.
Како будем откривао друге огранке са особеном и значайном непотпуном врѣдношћу тако ћу и допуњавати збирку Прѣдвиђача. Велика отежавайућа околност йе што ФТДНА подухвати њих не обявљуйу, али се може наслутити да постойе у неких узорцих по МИН/МАКС врѣдностих када се изабере "омашћен" ("цолор") приказ.

Пошто су непотпуне врѣдности често недоступне, Прѣдвиђач има посебан начин рада гдѣ се не обазире на њих. То йе погодно када испитуйемо хапловрсту за койу не знамо има ли их или не, на примѣр за хапловрсте скинуте са ФТДНА подухватов.

Врѣдност .2 и на ДЫСу 458 нѣйе одлика само лозе Й1, два различита огранка лозе Р1б (йедан испод У106 и други источни, испод З-2103) такође имайу исти "привезак". Рецимо, у хрватской збирци од 1100 узорака се налази и слѣдећи: "12 25 14 10 11 11 12 13 15 29 16.2 15 19 12 15 12 23", койега су сачинитељи рада одмаха сврстали у Й1, видѣвши да има .2 на 458-ици, а не провѣривши га ни у йедном прѣдвиђачу, што йе крайње неозбиљно од њих. Да су то били урадили били бише увидѣли да се он уклапа у сваки од Й1 огранака као слон у стакларску радњу. Сва уклапања у мойем прѣдвиђачу у ма койи од Й1 узорака су испод 7%. Вѣроватно се ради о огранку Р1б Z2103>Z2106.

Друга новина йе додавање знатнога броя нових огранака, нарочито огранака слабо заступљених у Европи. Њих додах како бише се лакше откривали припадници рѣтких мушких лоза у Европи из збирака узорака мени доступних, попут многобройних на 17 или 23 ознаке.
Тако на примѣр додах два огранка лозе А, и йедан из Б. Сада Прѣдвиђач открива да йе први узорак из украйинске збирке на 17 ознак из лозе A1b1b2b М13, иначе већ пронађене у Европи. То се слаже са подацима из украйинскога рада, гдѣ су зайедно са ознаками рађени и ПЙР-ови, али он бѣше одречан на све испитиване. Исто тако йе у турской збирци са Кипра откривен узорак припадайући лози Б2а1 - М218, коя йе у мањой мѣри присутна међу Арапима, и на чийих узорцих йе прѣдвиђање ове лозе засновано.
Додата су између осталих и два огранка лозе Ф, оба европска, као и углавном афрички огранак лозе Р1б-В88. На то бѣях подстакнут откривањем Р1б-В88 узорка у мађарской збирци на 23 ознаке, койи се потпуно (0/23) слаже са Ашкеназийем из Мађарске. Такође йе источни Р1б (Z2103) подѣљен на три дѣла. Наши "РЕЦЛох"-овани Р1б-овци са 11-11 на 385-ици спадайу у Z2103>Z2106.


Трећа новина йе ново оруђе у Прѣдвиђачу олакшавайуће упоређивање срѣдњих врѣдностий различитих мушких лоз. Намѣњено йе напрѣдним користникомъ и истраживачемъ, желѣћим боље сликовито сагледати блискост или удаљеност пойединих огранака.

Како бих лакше пояснио о чем се ради, и како се то постиже, покушаћу направити сликовит примѣр. Рецимо да ми йе циљ упоредити срѣдње врѣдности лоз Р1а и Р1б, и то на 17-орих ознаках. Ради тога отварам Прѣдвиђача, бирам "Прѣдвиђање без подѣле лоз Е1б1б, И1, Р1а, Р1б..." и затим убацуйем ма койу хапловрсту на 17-орих ознаках. Видѣти слику 1.



Слика 1.

Затим притискам новододато поље "Срѣдње врѣдности" на дну разговора, поред слике десно. Сада на слици 2 примѣћуйемо да десно више нема "црвених цртицъ", и све врѣдности горе (од 17 задатих) су постављене на найчешће врѣдности лозе Р1а (прве у списку у горњем десном углу).



Слика 2.

Сада само йош у списку у горњем десном углу трѣбамо одабрати лозу Р1б и добиямо оно што хоћасмо на слици 3: срѣдње (найчешће) врѣдности лозе Р1а на "подлози" са расподѣлами врѣдностий на ознаках лозе Р1б! Прѣброявши црвене цртице на слици десно, увиђамо да се срѣдње врѣдности лоз Р1а и Р1б на 17-орих ознаках разликуйу на чак девет их, на неких и за по двѣ врѣдности (чак четири од девет), што йе укупно тринадесет. Ово могасмо и до сада урадити, али ручно. Овако йе много брже.



Слика 3.

И на крайу, ево на слици 4 поређења лоз A1b1b2b М13 и Ф-III, и то на 111 ознакъ. Као што видимо, разлика йе огромна. Напомињем да се поређење може чинити на било койем бройу или распореду ознакъ.



Слика 4.

https://yadi.sk/d/hh0r-uzEkpYxu

Као и увѣк до сада, по прѣузимању "Невски.дат" трѣба прѣименовати у "Невски.ехе".
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #58 послато: Април 06, 2016, 10:17:19 поподне »

Док птичице цвркућу, пчелица облѣће око мириснога цвѣтка, а вода весело жубори малим поточићем хитро журећи ка мору сињему. (σαμο δα μπηχ προβέρηο χοτωυ λη η ζα οβο δομπητη ζνακ "μανωε", καο ϡτο δομπηάμ ζα σβακο σβοϊε πησανηϊε) :)
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #59 послато: Април 07, 2016, 05:45:25 пре подне »
Док птичице цвркућу, пчелица облѣће око мириснога цвѣтка, а вода весело жубори малим поточићем хитро журећи ка мору сињему. (σαμο δα μπηχ προβέρηο χοτωυ λη η ζα οβο δομπητη ζνακ "μανωε", καο ϡτο δομπηάμ ζα σβακο σβοϊε πησανηϊε) :)

Горња рѣченица на србской хеленици када се прѣведе на ћирилицу: "(само да бих провѣрио хоћу ли и за ово добити знак "мање", као што добиям за свако свойе писанийе)"

Наравно, оглед се показа успѣшним. И за синоћње писанийе добих знак "мање", као што добиях за свако од послѣдњих неколико десетина мойих писаний. Свойим радом на разговаралишти током послѣдњих година навукох на себе мржњу латиничаръ, педеръ и присталицъ аустрийскога уништавања србскога йезика и писма тршићким изродом. Као што работах до сада, тако ћу чинити и у будуће, и никакав болестник мени свакодневно давайући знакове "мање" ме у том неће омести.  :D
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Селаковић

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2153
  • I2>Z17855>FT173833
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #60 послато: Април 07, 2016, 08:41:45 пре подне »
Невски, ако је за утеху, премда се не слажем са неким твојим ставовима (или их сматрам претеривањем), никада ти нисам дао минус. Као ни било коме другом на форуму.  :P

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1086
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #61 послато: Април 07, 2016, 06:20:52 поподне »
Невски, ако је за утеху, премда се не слажем са неким твојим ставовима (или их сматрам претеривањем), никада ти нисам дао минус. Као ни било коме другом на форуму.  :P

Селаковићу, знам да нѣси ти. Ово се догађа већ неко врѣме, свако мойе писанийе добия тачно йедан знак "мање", ни више ни мање. Све то ради исти човѣк, прѣдпостављам ко йе. Ни я, као ти, никада никоме нѣсам дао знак -, а камо ли да то чиним стално и за свако писанийе, из простога разлога што йе то подмукло, йер се не зна ко йе давалац. Ако имам коме поручити што, то явно и напишем.

Што се тиче "прѣтѣривања", я то не чиним ни у чем. Све што радим, радим са яким разлогом. И све прво добро промислим.
А ти ми слободно можеш рећи у чем то "прѣтѣруйем". Нећу се наљутити, наравно.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Грк

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 963
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #62 послато: Септембар 16, 2017, 02:38:21 поподне »
Може ли ми неко рећи да ли је база YHRD претражива тј. да ли се могу видјети хаплотипови и коме припадају?
Друго питање је, да ли нпр. 12  подударања значи да имам идентичан хаплотип на моја 24 маркера са свих 12 тестираних? 

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10799
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #63 послато: Септембар 16, 2017, 02:46:20 поподне »
Може ли ми неко рећи да ли је база YHRD претражива тј. да ли се могу видјети хаплотипови и коме припадају?

Јесте. Али сами хаплотипови се не могу пронаћи на сајту. Овде су наслови студија: https://yhrd.org/pages/resources/publications_and_references

Друго питање је, да ли нпр. 12  подударања значи да имам идентичан хаплотип на моја 24 маркера са свих 12 тестираних?

12 подударања на колико маркера? Ако сте убацили свих 24, онда да. У зависности од тога са колико маркера радите поређење, толико је и поклапање (ако га има).

Ван мреже Грк

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 963
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #64 послато: Септембар 16, 2017, 03:06:35 поподне »
Јесте. Али сами хаплотипови се не могу пронаћи на сајту. Овде су наслови студија: https://yhrd.org/pages/resources/publications_and_references

Како у овим студијама могу пронаћи хаплотипове који ми се подударају?

Цитат
12 подударања на колико маркера? Ако сте убацили свих 24, онда да. У зависности од тога са колико маркера радите поређење, толико је и поклапање (ако га има).

Да свих 24 маркера. Ово ми пише на Ancestry Information (Minimal Haplotype): All information provided here are based on the Minimal Haplotype database. There are 130 matches in 188209 Haplotypes.
Ако сам добро схватио ових 130 поклапања нема шансе да видим и упоредим?
« Последња измена: Септембар 16, 2017, 08:54:29 поподне Amicus »

Ван мреже Be like Bill

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 719
Одг: Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа
« Одговор #65 послато: Децембар 30, 2018, 10:13:22 поподне »
Ne znam da li je ovo najbolje mesti za ovu poruku ali pretpostavljam da će je moderatori pomeriti ako je potrebno. Čini mi se da dosad nije postavljen novi rad Emira Šehovića "A glance of genetic relations in the Balkan populations utilizing network analysis based on in silico assigned Y-DNA haplogroups" u kom su korišteni prediktori za određivanje genetske kompozicije stanovništva na prostoru Balkana u 13 populacija. STR podaci koji su proveravani potiču uglavnom iz radova koje smo i mi ranije komentarisali (npr Purps et al."A global analysis of Y-chromosomal haplotype diversity for 23 STR loci." 2014), no može biti zanimljivo radi upoređivanja s onim što smo mi pisali na forumu o pojedinim radovima. Jedan od prediktora korištenih u analizi uzoraka je i Nevgen.

http://www.ptantropologiczne.pl/en/ckfinder/userfiles/images/AR/190918-56-27-02.pdf