Аутор Тема: Древна ДНК - научни радови  (Прочитано 232906 пута)

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8509
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #540 послато: Јануар 15, 2021, 10:43:12 пре подне »
Још један рад старе ДНК објављен ових дана. Извучена је ДНК са три узорка (једна женски и два мушка) са некрополе на сјверу Данске који припадају тзв. Култури појединачних гробова (Single Grave culture SGC) из Бронзаног доба. Узорци су датирани у периоду од 2600-2200 BC. Аутосомално блиски осталим групама степских сточара (Corded Ware). Што се Y-ДНК тиче, успјели су извући са само једног узорка и он припада прилично ријеткој варијанти хаплогрупе R1b, R-V1636.
https://www.yfull.com/tree/R-V1636/

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0244872

Занимљив распоред има ова V1636, прилично "разбацан". Зна ли се нешто више о тој грани?
Чињеницама против самоувереног незнања.

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5149
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #541 послато: Јануар 15, 2021, 11:26:45 пре подне »
Занимљив распоред има ова V1636, прилично "разбацан". Зна ли се нешто више о тој грани?

Искрено, ја сам је тек сад уочио, тако да не знам, а видим да по распореду више нагиње Азији него Европи.

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5149
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #542 послато: Јануар 15, 2021, 11:30:45 пре подне »
Примјетио сам да су ових дана објављени сирови резултати из рада

 The genomic history of the Aegean palatial civilizations


The Cycladic, the Minoan, and the Helladic (Mycenaean) cultures define the Bronze Age (BA) of Greece. Urbanism, complex social structures, craft and agricultural specialization, and the earliest forms of writing, characterize this iconic period. We sequenced six early to middle BA whole genomes, along with 11 mtDNA genomes, sampled from the three BA cultures of the Aegean Sea. The Early BA (EBA) genomes are homogeneous and derive most of their ancestry from Neolithic Aegeans, contrary to earlier hypotheses that the Neolithic-EBA cultural transition was due to massive population turn-over. EBA Aegeans were shaped by relatively small-scale migration from East of the Aegean, as evidenced by the Caucasus-related ancestry also detected in Anatolians. In contrast, Middle BA (MBA) individuals of northern Greece differ from EBA populations in showing ~50% Pontic-Caspian Steppe-related ancestry, dated at ca. 2,600-2,000 BCE. Such gene flow events during the MBA contributed towards shaping present-day Greek genomes.

Колико видим рад са сличним насловом био је присутан на некој конференцији из 2015. године
https://meeting.physanth.org/program/2015/session18/papageorgopoulou-2015-the-origins-of-the-aegean-palatial-civilizations-from-a-population-genetic-perspective.html

Не могу сад да се сјетим да ли је стара днк из овог рада већ обрађивана раније? Има ли неко информацију?

Ако није, добро би било прегледати ове сирове резултате.

Ван мреже Bane

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 977
  • E-Z16988+BY99620+
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #543 послато: Јануар 15, 2021, 12:53:16 поподне »
Примјетио сам да су ових дана објављени сирови резултати из рада

 The genomic history of the Aegean palatial civilizations

Ни ја не налазим да се неко бавио том студијом.
А како може да се дође објављених сирових резултата?

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5149
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #544 послато: Јануар 15, 2021, 01:37:22 поподне »
Ни ја не налазим да се неко бавио том студијом.
А како може да се дође објављених сирових резултата?

Изгледа да студија још није објављена. Сирови резултати су доступни на сајту NCBI.

Узео сам да прегледам бар један од тих узорака под ознаком Pta08

Подаци о узорку су сљедећи:
Minoan-Petras-EBA
2849-2621 calBCE

Цијепа постојећу грану https://www.yfull.com/live/tree/G-L140/ јер је негативан на L140, али је позитиван на PF337 (могуће и на Z3268), који се тренутно налазе на нивоу L140.

Ради се дакле о минојском узорку.

Уколико успијем уклопити са временом, могао бих прегледати и остале узорке. А вјероватно ће их обрадити и на другим форумима.
« Последња измена: Јануар 15, 2021, 01:39:17 поподне drajver »

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5149
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #545 послато: Јануар 15, 2021, 01:54:52 поподне »
Заборавих да окачим линк на сирове резултате. Има 6 WGS-ова.

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=ERP121113


На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5149
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #546 послато: Јануар 15, 2021, 02:13:50 поподне »
Ово је списак тих шест узорака са подацима који су о њима тренутно доступни:

Pta08 Minoan-Petras-EBA 2849-2621 calBCE G2a-P15>L1259>L30>CTS574>CTS2488G>P303>CTS796>PF3337
Mik15 Helladic-Manika-EBA 2890-2764 calBCE (по свему судећи жена)
Log04 Helladic-Logkas-MBA 2007-1915 calBCE (жена)
Log02 Helladic-Logkas-MBA 1924-1831 calBCE (жена)
Kou03 Cycladic-Koufonisi-EBA 2832-2578 calBCE (жена)
Kou01 Cycladic-Koufonisi-EBA 2464-2349 calBCE J2a-M410>PF4610>L26>Z6064>Z6055>Z6057>Y7013>Y7010>Y13128>Z36834

Изгледа да су само Pta08 и Kou01 мушкарци.

Прегледао сам и Kou01 и додао терминални СНП.
« Последња измена: Јануар 15, 2021, 03:14:34 поподне drajver »

Ван мреже Bane

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 977
  • E-Z16988+BY99620+
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #547 послато: Јануар 15, 2021, 07:07:16 поподне »
Ово је списак тих шест узорака са подацима који су о њима тренутно доступни:

Хвала!

Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2517
  • I2-BY55783>BY79593
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #548 послато: Јануар 16, 2021, 03:14:30 пре подне »
Узео сам да прегледам бар један од тих узорака под ознаком Pta08

Подаци о узорку су сљедећи:
Minoan-Petras-EBA
2849-2621 calBCE

Цијепа постојећу грану https://www.yfull.com/live/tree/G-L140/ јер је негативан на L140, али је позитиван на PF337 (могуће и на Z3268), који се тренутно налазе на нивоу L140.

Ради се дакле о минојском узорку.

Ја не видим L140 међу очитаним SNP-овима код Pta08. Све које видим на нивоу L140 су позитивни:

Y324/Z3351+ A>T (2T); PF3347/CTS12891+ A>G (1G); CTS12570+ C>T (2T); PF3337/Z764+ G>T (1T); Z767+ G>A (1A); CTS796+ T>G (2G); Y307/Z3268+ A>G (2G-1A)

Такође има позитивне SNP-ове и на низводним нивоима PF3346 (Z3065+ A>T (2T)) и PF3345 (PF3345+ G>T (4T)). Сви SNP-ови на нивоима испод PF3345 (Z6779, CTS342 и L497) су негативни, па се Pta08 придружује Македонцу, Грку и Норвежанину испод L140>PF3346>PF3345*.

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5149
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #549 послато: Јануар 16, 2021, 07:37:15 пре подне »
Ја не видим L140 међу очитаним SNP-овима код Pta08. Све које видим на нивоу L140 су позитивни:

Y324/Z3351+ A>T (2T); PF3347/CTS12891+ A>G (1G); CTS12570+ C>T (2T); PF3337/Z764+ G>T (1T); Z767+ G>A (1A); CTS796+ T>G (2G); Y307/Z3268+ A>G (2G-1A)

Такође има позитивне SNP-ове и на низводним нивоима PF3346 (Z3065+ A>T (2T)) и PF3345 (PF3345+ G>T (4T)). Сви SNP-ови на нивоима испод PF3345 (Z6779, CTS342 и L497) су негативни, па се Pta08 придружује Македонцу, Грку и Норвежанину испод L140>PF3346>PF3345*.

Посматрао сам live стабло YFulla, а на live стаблу на нивоу L140 нема ових СНП-ова на нивоу L140 које си набројао, осим Z3268 и PF3337, које сам видио да су позитивни. Што се тиче самог L140 видио сам да има једно негативно читање, па нисам даље провјеравао нивое испод L140.

У праву си, Pta08 спушта се до нивоа PF3345, сад видим да има четири позитвна читања. И на YFullu су већ поставили овај узорак на тој позицији.


На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5149
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #550 послато: Јануар 23, 2021, 07:41:47 пре подне »
Занимљив распоред има ова V1636, прилично "разбацан". Зна ли се нешто више о тој грани?

Погледао сам bam фајл овог узорка из Single Grave културе у Данској под ознаком Gjerrild5. Рекао бих да се налази на нивоу V1636*. Негативан је на подграну V1274, а по свему судећи и на подграну Y106006 (нисам прегледао све СНП-ове на овом нивоу али оно што јесам било је негативно).

Старост гране V1636 је око 6000 година. Занимљиво је да су обе подгране (које су раздвојене још пре око 6500 година) присутне код Dungan Кинеза, што је индикативно и говори можда о и о старијем присуству ове гране у том дијелу свијета. А присутан је и један узорак  Jinyu Кинеза.

Дунган Кинези су иначе муслиманска кинеска група, присутна у западној Кини и централној Азији.

Рекао бих да је ова грана доживјела својеврсно ширење и гранање у периоду енеолита и бронзаног доба на широком азијском пространству, а да су очигледно још тада неке гране дошле и до Европе.

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5149
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #551 послато: Јануар 23, 2021, 08:12:04 пре подне »
Некако ми ова приказ миграција на овој карти најбоље одговора уз тренутни распоред гране R1b-V1636.



Можда су ови кинески узорци V1636 потомци носилаца Афанасјевске културе.

Ван мреже NenadI

  • Гост
  • *
  • Поруке: 11
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #552 послато: Јануар 23, 2021, 08:02:40 поподне »
Видим да се то просто не може означавати само као Р1а и Р1б, али ме интересује од упућених, да ли је се разријешила мистерија генезе ИЕ народа? У неким древним узорцима су нађени искључиво Р1б, а у неким Р1а. Како се у то уклапа тзв CWC култура? Коме би она била ближа? Гдје би били у центри Р1а а ггдје Р1б пред стварање ИЕ популације?
« Последња измена: Јануар 23, 2021, 08:06:08 поподне NenadI »

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8509
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #553 послато: Јануар 24, 2021, 06:04:33 поподне »
Видим да се то просто не може означавати само као Р1а и Р1б, али ме интересује од упућених, да ли је се разријешила мистерија генезе ИЕ народа? У неким древним узорцима су нађени искључиво Р1б, а у неким Р1а. Како се у то уклапа тзв CWC култура? Коме би она била ближа? Гдје би били у центри Р1а а ггдје Р1б пред стварање ИЕ популације?

На овој теми је о томе било говора:

https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=1971.0
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Србин

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 164
  • Y-DNA: I2a-Z17855>BY190177
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #554 послато: Јануар 28, 2021, 06:32:36 поподне »
Новости са Антрогенике: https://www.eupedia.com/forum/threads/40865-High-levels-of-HG-in-LN-German-settlement?p=618462#post618462

У питању је Имел ет ал. студија под називом Genome-wide study of a Neolithic Wartberg grave community reveals distinct HLA variation and hunter-gatherer ancestry

Узорци са немачког неолитског локалитета Вартберг указују на већу отпорност западних ловаца-сакупљача на вирусе од савремених популација, али не и на бактеријске инфекције. Узорци, међу којим они мушког пола сви припадају хаплогрупи I2 (I2a1, I2a2, I2c1) датирани су на 3300-3200 п.н.е (калибрисано), непосредно пре миграције сточара са истока. мтДНК хаплогрупе су разноврсне. Удео WHG компоненте достиже чак 34-58%. Временом су ти алели могли изгубити предност мутирањем патогена, а дошло је до селекције оних везаних за отпорност на бактерије, попут Јерсиније Пестис која изазива Кугу (након доласка сточара).

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5149
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #555 послато: Јануар 28, 2021, 07:39:21 поподне »
Новости са Антрогенике: https://www.eupedia.com/forum/threads/40865-High-levels-of-HG-in-LN-German-settlement?p=618462#post618462

У питању је Имел ет ал. студија под називом Genome-wide study of a Neolithic Wartberg grave community reveals distinct HLA variation and hunter-gatherer ancestry

Узорци са немачког неолитског локалитета Вартберг указују на већу отпорност западних ловаца-сакупљача на вирусе од савремених популација, али не и на бактеријске инфекције. Узорци, међу којим они мушког пола сви припадају хаплогрупи I2 (I2a1, I2a2, I2c1) датирани су на 3300-3200 п.н.е (калибрисано), непосредно пре миграције сточара са истока. мтДНК хаплогрупе су разноврсне. Удео WHG компоненте достиже чак 34-58%. Временом су ти алели могли изгубити предност мутирањем патогена, а дошло је до селекције оних везаних за отпорност на бактерије, попут Јерсиније Пестис која изазива Кугу (након доласка сточара).

Уз сву разноврсност I2 на тако малом простору (L596, M223, M26, Y4213) чуди да нема М423.

Ван мреже CosicZ

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 898
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #556 послато: Фебруар 02, 2021, 02:51:34 пре подне »
Видим на сајту Давидског да је почетком јула објављен препринт рада Saag et al.

Genetic ancestry changes in Stone to Bronze Age transition in the East European plain

Ово је апстракт

"Transition from the Stone to the Bronze Age in Central and Western Europe was a period of major population movements originating from the Ponto-Caspian Steppe. Here, we report new genome-wide sequence data from 28 individuals from the territory north of this source area – from the under-studied Western part of present-day Russia, including Stone Age hunter-gatherers (10,800–4,250 cal BC) and Bronze Age farmers from the Corded Ware complex called Fatyanovo Culture (2,900–2,050 cal BC). We show that Eastern hunter-gatherer ancestry was present in Northwestern Russia already from around 10,000 BC. Furthermore, we see a clear change in ancestry with the arrival of farming – the Fatyanovo Culture individuals were genetically similar to other Corded Ware cultures, carrying a mixture of Steppe and European early farmer ancestry and thus likely originating from a fast migration towards the northeast from somewhere in the vicinity of modern-day Ukraine, which is the closest area where these ancestries coexisted from around 3,000 BC."

Ово су линкови за пратећи материјал.

https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2020/07/03/2020.07.02.184507/DC1/embed/media-1.pdf?download=true
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2020/07/03/2020.07.02.184507/DC2/embed/media-2.zip?download=true
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2020/07/03/2020.07.02.184507/DC3/embed/media-3.xlsx?download=true

Што се тиче Y-днк углавном се ради о R1a, R1a-Z645, R1a-Z93. Давидски пише да је узорак PES001 из око 10.000 г. пне досад најстарији пронађени узорак R1a (на југу архангелске области). Судећи по табели из рада требао би припадати једној прилично ријеткој пдограни хаплогрупе R1a https://www.yfull.com/tree/R-YP1272/

Немам времена да детаљно ишчитавам, али можда неком буде интересантно.
Фатјаново као прапостојбина Балто-Словена или Индо-Иранаца?
https://eurogenes.blogspot.com/2020/11/fatyanovo-as-part-of-wider-corded-ware.html

https://www.cambridge.org/core/journals/proceedings-of-the-prehistoric-society/article/forgotten-child-of-the-wider-corded-ware-family-russian-fatyanovo-culture-in-context/6309A60F638130BF6F7FD96135AA1B37
Цитат
The Fatyanovo Culture, together with its eastern twin, the Balanovo Culture, forms part of the pan-European Corded Ware Complex. Within that complex, it represents its eastern expansion to the catchment of the Upper and Middle Volga River in the European part of Russia. Its immediate roots are to be found in the southern Baltic States, Belarus, and northern Ukraine (the Baltic and Middle-Dnepr Corded Ware Cultures), from where moving people spread the culture further east along the river valleys of the forested flatlands. By doing so, they introduced animal husbandry to these regions. Fatyanovo Culture is predominately recognised through its material culture imbedded in its mortuary practices. Most aspects of every-day life remain unknown. The lack of an adequate absolute chronological framework has thus far prevented the verification of its internal cultural dynamics while overall interaction proposed also on typo-stratigraphical grounds suggests a contemporaneity with other representations of the Corded Ware Complex in Europe. Fatyanovo Culture is formed by the reverse movement to the (north-)east of the Corded Ware Complex, itself established in the aftermath of the westbound spread of Yamnaya populations from the steppes. It thus represents an important link between west and east, pastoralists and last hunter-gatherers, and the 3rd and the 2nd millennia bc. Through its descendants (including Abashevo, Sintashta, and Andronovo Cultures) it becomes a key component in the development of the wider cultural landscape of Bronze Age Eurasia.

Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2517
  • I2-BY55783>BY79593
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #557 послато: Фебруар 08, 2021, 11:52:49 поподне »
Више него занимљива хаплогрупа палеолитског скелета из комшилука, старог преко 40.000 година:

F6-620; 42260-40860 п.н.е.; Бачо Киро пећина, општина Дријаново, Бугарска; pre-F-Y27277


ниво Y27277: Y27277+ C>T (2T); Y27279+ G>A (1A); Y27293+ G>T (6T); Y27286+ T>A (1A); Y27291+ T>G (1G); F19004+ C>T (2T); FT90012+ G>A (1A); FT278667- T>A (1T); FT90068- A>G (1A)

Ван мреже Селаковић

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2357
  • I-Z17855>>>FT173833
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #558 послато: Фебруар 09, 2021, 09:51:33 пре подне »
Видех на нету:


Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2338
  • R1b>Z2705>BY200954
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #559 послато: Фебруар 09, 2021, 09:58:49 пре подне »
Видех на нету:



Ваљда нешто што је ближе тј. сличније треба да буде топлијих боја, а не обрнуто.