Компјутерски програми за одређивање хаплогрупа

ДНК порекло > Рачунарски програми

<< < (2/14) > >>

Kor:

--- Цитат: млађо Јануар 26, 2013, 06:23:48 поподне ---

Да ли нам можеш поставити линк тог програма?

--- Крај цитата ---

;D па ти си сам поставио линк на њега: http://www.hprg.com/hapest5/hapest5a/hapest5.htm
Тип програма којима се приступа кроз прегледач интернета се назива Веб апликација/програм.
Ти си радио хаплотип на 111 маркера, укуцај их у та поља или унеси хаплотип у поље на дну (само нека бројеви буду одвојени запетама) и погледај резултат.

то је један од многих који постоје. Ако будем данас ухватио времена, потражићу још неке, укључујући и оне који се покрећу директно са компјутера.

mladjo:

--- Цитат: Kor Јануар 26, 2013, 06:30:49 поподне --- ;D па ти си сам поставио линк на њега: http://www.hprg.com/hapest5/hapest5a/hapest5.htm
Тип програма којима се приступа кроз прегледач интернета се назива Веб апликација/програм.
Ти си радио хаплотип на 111 маркера, укуцај их у та поља или унеси хаплотип у поље на дну (само нека бројеви буду одвојени запетама) и погледај резултат.

то је један од многих који постоје. Ако будем данас ухватио времена, потражићу још неке, укључујући и оне који се покрећу директно са компјутера.

--- Крај цитата ---

;D мислио сам на програм који се може инсталирати на компјутер...иначе тамо гдје сам се ја тестирао, резултати и предикција заједно стижу, тако да мени није био потребан овај програм, дешава се међутим да на неким јавним базама података нађеш тестирану особу са бројчаном вриједности маркера, али без наведене хаплогрупе...а овај програм наравно рјешева ствари.

Синиша Јерковић:
веома је згодан за употребу претраживач на сајту семаргл гдје можете уносити појединачне хаплотипове и на тај начин претраживати базу.
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/query/

Kor:
Ево још једног предиктора, овога пута из Русије: http://predictor.ydna.ru/

а овде се налази и програм кога је могуће покренути са рачунара: http://rusfolder.com/19498235

Александар Невски:
Прѣ неку недѣљу направих програмчић за одређивање вѣроватноће да се од задатих прѣдачких врѣдностий ознака може прѣћи у задате потомачке, йеднога или више њих. То йе оно што ми найвише трѣба за утврђивање блискости хапловрста.

Ево примѣра: прѣдачка и два потомачке хапловрсте задате на 12 ознака. Разлика йе у двейу ознаках, за по йедан, на ДЫСу 393 йе код прѣдка 13, а код потомака 13 односно 14. А на ДЫС 19 йе код прѣдка 16, а код потомака 16 односно 15. Све остале ознаке су исте у прѣдка и потомака. Ево шта програм дайе, скраћено:

Колѣн=1 ВѣрПрѣл = 8.53342e-005% Разл = 8.53342e-005% Вѣр = 0.00467395% Збирна вѣр = 0.00467395%
...
Колѣн=59 ВѣрПрѣл = 0.0197597% Разл = -0.000225709% Вѣр = 1.08228% Збирна вѣр = 49.8521%
Колѣн=60 ВѣрПрѣл = 0.0195261% Разл = -0.000233573% Вѣр = 1.06949% Збирна вѣр = 50.9216%
...
Колѣн=121 ВѣрПрѣл = 0.00535045% Разл = -0.000143036% Вѣр = 0.293056% Збирна вѣр = 89.7531%
Колѣн=122 ВѣрПрѣл = 0.00521064% Разл = -0.000139808% Вѣр = 0.285399% Збирна вѣр = 90.0385%
...
Колѣн=145 ВѣрПрѣл = 0.00277293% Разл = -7.91708e-005% Вѣр = 0.15188% Збирна вѣр = 94.8557%
Колѣн=146 ВѣрПрѣл = 0.00269581% Разл = -7.71189e-005% Вѣр = 0.147656% Збирна вѣр = 95.0034%

Први стубац йе брой колѣн за койе се рачуна.
Други стубац прѣдставља вѣроватноћу да се прѣђе из прѣдачкога у потомачке податке у задатом бройу колѣн.
Трећи стубац йе само разлика двайу сусѣдних из другога стубца, згодан йе за праћење прираста или опадања вѣроватноће прѣласка.
Четврти стубац йе вѣроватноћа да йе прѣдак живѣо у задатом бройу колѣн прѣ потомака.
Пети стубац йе сабирана, нагомилавана врѣдност четвртога и прѣдставља вѣроватноћу да йе прѣдак живѣо у задатом бройу колѣн или у мањем. То йе найважнийи добийени податак.

Зарад простоте и поређења исходъ са примѣрима са свеучилишта Аризоне, све ознаке су рачунате са учесталошћу промѣна 0.002. Напомињем да се програму може задати учестаност за сваку ознаку посебно, независно йедна од друге. Програм узима у обзир и повратне промѣне (мутацийе). Програм све вишеструке ознаке узима независно, бар за сада (13/14 на ДЫСг 385 нѣйе исто као 14/13, као што йе у природи). Програм у йедном кораку рачуна и са могућношћу помѣрая врѣдности ознаке за 2 (узех са вѣроватноћом 0.05 од укупне) и више (са вѣр 0.001 од укупне). У недостатку података како йе у стварности узех оно што нађох да се прѣдпоставља за помѣрай од 2 на мрежи, а за веће лупих врѣдност, у недостаку икакве. Ако неко има податке како то трѣба, нека ми каже. Био бих захвалан за то.
Програм може радити на произвољном скупу ознака. На йедной, 10, 12, 30 или 100.
Найвећи недостатак програма йе што он за сада нема корисничко сучење. Податке у њега уносим непосрѣдно у изворни кључ. Вѣровали или не, прављење користничкога сучеља, гдѣ користник може све ово уносити йе много већи посао од саме рачунице. А врѣме йе нешто чега я имам врло мало, због мойега посла. Па бих молио, ако йе неко од вас програмер, да ми помогне и направи сучеље како би свако ко жели могао користити ово. Я не знам хоћу ли у скорийе врѣме наћи врѣмена за то.

Ево йош йеднога примѣра:

12 ознака све са 0.004
11 поклапаний - йедна разлика за 2. Врѣдности ознака не наводим йер нѣсу значайне и ради краткоће.

Колѣн=1 ВѣрПрѣл = 0.0003266% Разл = 0.0003266% Вѣр = 0.0357909% Збирна вѣр = 0.0357909%
Колѣн=2 ВѣрПрѣл = 0.00118702% Разл = 0.000860416% Вѣр = 0.130081% Збирна вѣр = 0.165872%
...
Колѣн=29 ВѣрПрѣл = 0.0199872% Разл = -0.000427406% Вѣр = 2.19033% Збирна вѣр = 49.4038%
Колѣн=30 ВѣрПрѣл = 0.0195255% Разл = -0.000461715% Вѣр = 2.13973% Збирна вѣр = 51.5435%
...
Колѣн=60 ВѣрПрѣл = 0.00547476% Разл = -0.000295526% Вѣр = 0.599958% Збирна вѣр = 89.6571%
Колѣн=61 ВѣрПрѣл = 0.00519234% Разл = -0.000282416% Вѣр = 0.569009% Збирна вѣр = 90.2261%
...
Колѣн=72 ВѣрПрѣл = 0.00283897% Разл = -0.000164214% Вѣр = 0.311113% Збирна вѣр = 94.8107%
Колѣн=73 ВѣрПрѣл = 0.00268315% Разл = -0.000155828% Вѣр = 0.294036% Збирна вѣр = 95.1048%

И йош йеднога:

67 ознака све са 0.004
65 поклапаний - 2 разлике за 1.

Колѣн=1 ВѣрПрѣл = 0.000210157% Разл = 0.000210157% Вѣр = 4.44582% Збирна вѣр = 4.44582%
Колѣн=2 ВѣрПрѣл = 0.000491876% Разл = 0.000281719% Вѣр = 10.4055% Збирна вѣр = 14.8513%
Колѣн=3 ВѣрПрѣл = 0.000648197% Разл = 0.000156321% Вѣр = 13.7124% Збирна вѣр = 28.5638%
Колѣн=4 ВѣрПрѣл = 0.00067557% Разл = 2.73729e-005% Вѣр = 14.2915% Збирна вѣр = 42.8553%
Колѣн=5 ВѣрПрѣл = 0.000619432% Разл = -5.61385e-005% Вѣр = 13.1039% Збирна вѣр = 55.9592%
Колѣн=6 ВѣрПрѣл = 0.000523933% Разл = -9.54984e-005% Вѣр = 11.0837% Збирна вѣр = 67.0429%
Колѣн=7 ВѣрПрѣл = 0.000419283% Разл = -0.000104651% Вѣр = 8.86982% Збирна вѣр = 75.9127%
Колѣн=8 ВѣрПрѣл = 0.000322289% Разл = -9.69936e-005% Вѣр = 6.81794% Збирна вѣр = 82.7306%
Колѣн=9 ВѣрПрѣл = 0.000240283% Разл = -8.20062e-005% Вѣр = 5.08312% Збирна вѣр = 87.8138%
Колѣн=10 ВѣрПрѣл = 0.000174915% Разл = -6.53677e-005% Вѣр = 3.70029% Збирна вѣр = 91.5141%
Колѣн=11 ВѣрПрѣл = 0.000124917% Разл = -4.99986e-005% Вѣр = 2.64258% Збирна вѣр = 94.1566%
Колѣн=12 ВѣрПрѣл = 8.7826e-005% Разл = -3.70908e-005% Вѣр = 1.85794% Збирна вѣр = 96.0146%

Йеднога дана ћу можда избацити из игре прѣдачке податке, ако смислим како да их замѣним, или сам програмски прѣдпоставим.

Навигација