Истраживачки програм "All of Us"

[drajver]

Ово је интересантно, пошто је J-Y22069 доста млада подграна и за сада присутна само код Расјана из копаоничког и расинског округа. Уколико је присутна и код неких random појединаца Y22063, то може значити да је доста честа у оквиру ове подгране.

Сад сам провјерио још једанпут и изгледа да на тој позицији постоји још нека мутација која није повезана са J-Y22069. Имају је неки ван Европе, тако да је сасвим сигурно да се не ради о J-Y22069.

У сваком случају остаје ово за Y22063, шест узорака из Европе.

[drajver]

Ја колико видим, PH908 није нигде очитан?

Да, видио сам малоприје, зато сам и избацио из своје поруке тај дио.

[Селаковић]

Проверио сам својих десет новела најбољег квалитета, и осам прихватљивог.

Укупно 15 њих нема представника, или нису покривени.

Међутим!

Три СНП-а су присутна: FT160394 G>A (2 European, 2 Latin American), BY182386 G>A (2 Other) и FGC49234 G>A (2 European).

Нажалост, мора се бити опрезно, јер исте мутације настају у, иначе неповезаним, гранама и хаплогрупама. Већ на мом примеру, два СНП-а су позитивна код људи из Европе (и Латинске Америке), а један је "Друго". Јасно је да је бар један од три СНП-а лажно поклапање, а могу лако бити и сва три. Или су, у најбољем случају, различити узорци са различитим регионима покривености, што је ужас своје врсте.

[Небојша]

Сад сам провјерио још једанпут и изгледа да на тој позицији постоји још нека мутација која није повезана са J-Y22069. Имају је неки ван Европе, тако да је сасвим сигурно да се не ради о J-Y22069.

У сваком случају остаје ово за Y22063, шест узорака из Европе.

Да, било би доста нелогично да је Y22069 толико заступљена. И ова шесторица Y22063 вероватно воде порекло са Балкана. Не знам какав им је узорак, али чудна процентуална заступљеност у оквиру M205. Половина из Европе, нити један са Блиског истока и једна трећина из Јужне Америке. Ово су свакако шпански колонисти. Надам се највећим делом из Аргентине (тако показују и неки резултати са YHRD), пошто сам одувек навијао за ову репрезентацију. 

[vid.knezevic]

Ја сам имао успеха са BY68536:

[Милан Петровић]

Очитан је један YP206 испод FT277965, као она двојица Сардинијаца.

[Ojler]

Проверио сам ипак све SNP-ове који тренутно дефинишу грану I2-Y3120 на YFull стаблу. Тестирана су укупно три:

YP196: мутација присутнa код 617 резултата
YP189/S9952: мутација присутнa код 616 резултата
Y3113/FGC12083: мутација присутнa код 615 резултата

Имајући наравно у виду све ограде које су навели drajver и Селаковић, уколико ипак претпоставимо да су у свим случајевима тестовима покривени исти региони хромозома и да нема лоших очитавања наведених мутација, редослед настанка ових SNP-ова би био YP196>YP189>Y3113.

[Неродимац]

За подграну PH908-Y84307 пише да има 4 припадника и да су сви из Европе.

[НикПав]

Y20805 код дванаест резултата, десет из Европе, два из Африке.

[Ojler]

Било би јако добро ако би смо сазнали како се тачно раде тестови и шта се тестира. Надам се да ће неко имати времена и воље да мало боље истражи тему.

За оне који нису прочитали чланак на који сам проследио линк, план је да тестирањем буде обухваћено 1.000.000 становника САД, тако да је ово само прва тура резултата који ће пристизати. Сваке седмице обрађују око 5000 узорака. Тестирање је бесплатно за оне који се пријаве и они добијају комплетне резултате теста (шта год то значило). Права прилика да се бесплатно тестирају они који су свакако планирали да то ураде. Једина "квака" је у томе што то морају бити они који живе у САД.

Занимљиво је да међу објављеним резултатима упадљиво већи број припада женским особама. Може бити да жене користе прилику да тестовима провере присуство гена који повећавају шансе за обољевање од карцинома дојке, јер видим да се у опису програма пример превенције ове болести често наводи као нешто позитивно што би истраживање могло донети.

Не знам хоће ли истраживачи са овог програма имати слуха да погледају и нас који смо заинтересовани за генетичку генеалогију, па да направе Y-DNA i mtDNA филогенетичка стабла на основу резултата тестова након што се истраживање заврши, или још боље, док још траје. Анализа милион резултата WGS тестова би направила огроман помак у овоме чиме се ми бавимо.

[Драган Обреновић]

Било би јако добро ако би смо сазнали како се тачно раде тестови и шта се тестира. Надам се да ће неко имати времена и воље да мало боље истражи тему.

...

Не знам хоће ли истраживачи са овог програма имати слуха да погледају и нас који смо заинтересовани за генетичку генеалогију, па да направе Y-DNA i mtDNA филогенетичка стабла на основу резултата тестова након што се истраживање заврши, или још боље, док још траје. Анализа милион резултата WGS тестова би направила огроман помак у овоме чиме се ми бавимо.

Била би права штета ако не буде искоришћено и за конструисање филогенетичких стабала. Видех да за неке SNP-ове које сам проверио има много више позитивних у програму "All of us" него на YFull стаблу.

[Uzi]

Од њих 6, четворица су припадници ниже подгране FGC28435. 

Од њих 4, двојица су припадници још ниже подгране Y89317.

[Exiled]

Од десет припадника моје прапредачке гране У32084 два су из источне Азије...ајд ти сад буди паметан...шта се под тим подразумева? И како завршише тамо или колико је то источно? Елем, груби су ово подаци...ми се ипак бавимо финесама...бар ја.

[CosicZ]

Ово је још грубља слика, али хаплогрупа I је присутна у источној Азији.
https://yhrd.org/details/branch/I

[CosicZ]

https://www.researchallofus.org/data-tools/data-access/

PUBLIC TIER
The Public Tier dataset contains only aggregate data with identifiers removed. These data are available to everyone through Data Snapshots and the Data Browser, an interactive tool on the Research Hub. Counts differ between Data Snapshots and Data Browser due to the lag time in the curation process.

REGISTERED TIER
The Registered Tier curated dataset contains individual-level data, available only to approved researchers on the Researcher Workbench. The Registered Tier currently includes data from electronic health records (EHRs), wearables, and surveys, as well as physical measurements taken at the time of participant enrollment.

CONTROLLED TIER
In addition to the data in the Registered Tier, the Controlled Tier dataset contains genomic data in the form of whole genome sequencing (WGS) and genotyping arrays, previously suppressed demographic data fields from EHRs and surveys, and unshifted dates of events.

To find out more about particular data fields available within the Registered or Controlled Tier, visit the Data Dictionary.

Data Access Framework
Below are some key points from the Data Access Framework. The full document is available for download at the bottom of this page.
The Data Access Framework explains how the All of Us data are structured, the steps Research Hub users must take to access the data, and how the program oversees the data’s use.
The framework is inclusive; this means data can be accessed not only by researchers affiliated with institutions, but also by citizen and community scientists and individuals conducting research outside of academic medical centers.
There are three tiers of data access: Public (no login required); Registered (login required); and Controlled (additional approval required).

Data User Code of Conduct
Below are some key points from the All of Us Research Program Data User Code of Conduct. The full agreement is available for download at the bottom of this page.

The Data User Code of Conduct describes how All of Us Research Program data can and cannot be used for research projects. For researchers, this includes but is not limited to agreeing to the following terms. As an “Authorized Data User” of the All of Us Research Program data, you:

Respect the privacy of research participants at all times.
You will NOT use or disclose any information that directly identifies one or more participants.
Use the All of Us data only for the purpose of biomedical or health research.
Provide a meaningful and accurate description of your research purpose every time you create an All of Us Research Program workspace.
Take full responsibility for any external data, files, or software that you import into the All of Us Researcher Workbench and the consequences thereof.
DO NOT share your login information with anyone, including other authorized data users of the All of Us Research Program.
DO NOT attempt to contact All of Us Research Program participants.
DO NOT take screenshots or attempt in any way to copy, download, or otherwise remove any participant-level data from the All of Us Researcher Workbench.
You will NOT publish or otherwise distribute any participant-level data from the All of Us Research Program database.
You will NOT publish or otherwise distribute any data or aggregate statistics corresponding to fewer than 20 participants unless expressly permitted under the terms of the All of Us Data and Statistics Dissemination Policy.
DO NOT redistribute or publish Registered or Controlled Tier data
DO NOT attempt to link Registered or Controlled Tier All of Us Research Program data at the participant level with data from other sources.
DO NOT use All of Us Research Program data or any part of Research Hub for marketing purposes.
DO NOT represent that the All of Us Research Program endorses or approves of any research unless such endorsement is expressly provided in writing by the All of Us Research Program.

[CosicZ]

J2-A11525 Y-6969005-G-A   6 European 2 South Asian
N2-B482 Y-2851976-C-T   6 European
I1-Y11203 Y-13815275-G-A   16 European
I1-Y29628 Y-4246214-C-A   2 European
I1-FT115021 Y-6584001-C-G   10 European

[Неродимац]

Било би јако добро када би могли контактирати тењтиране особе.

[Lajbnic]

Y-17118748-A-T      R-YP6047   6 European   
   Y-16836652-T-C           R-FT288648   4 European
   Y-11662673-G-A          R-Y290723    2 European

Свих 6 испод R-YP6047 су у "нашим" гранама. Хвала CosicZ-у за објашњење претраге СНП-ова у овом истраживању.

[Ojler]

Било би јако добро када би могли контактирати тењтиране особе.

Na žalost, to nije moguće.

[CosicZ]

Хвала CosicZ-у за објашњење претраге СНП-ова у овом истраживању.

Објашњење је колеге математичара, Ојлера.
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=6683.msg171215#msg171215

Било би јако добро када би могли контактирати тењтиране особе.

Као што је наведено, забрањено је чак и истраживачима.

https://www.researchallofus.org/data-tools/data-access/
DO NOT attempt to contact All of Us Research Program participants.

Не знам какве податке добијају сами тестирани. Ако укључују и геномске податке, неко ко живи у Америци би могао да се тестира, па да на основу њих одреди хаплогрупу. Ако не укључују, морао би да прати промене у јавно доступним подацима па да примети појаву хаплогрупе која га занима ( на пример, ако је он или неки његов рођак већ радио STR тест, па добио процену коју хаплогрупу или хаплогрупе можда има).

Или да неко направи истраживање о утицају хаплогрупа Y хромозома на појаву ендемских болести које би укључивало податке о географском пореклу тестираних.