Аутор Тема: Истраживачки програм "All of Us"  (Прочитано 2777 пута)

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5294
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Истраживачки програм "All of Us"
« послато: Март 31, 2022, 11:43:03 пре подне »
Амерички национални институт за здравље (NIH) покренуо је пре четири године велики истраживачки програм под називом "All of Us", са циљем да унапреди прецизну медицину, нови вид лечења пацијената код кога се терапија прилагођава генетичком профилу сваког пацијента. У оквиру програма урађене су на стотине хиљада WGS тестова, а резултати првог скупа од 98,640 тестова публиковани су овог месеца партнерским организацијама које учествују у програму. Подаци о резултатима тестирања делимично су и јавно доступни и могу се прегледати преко сајта истраживачког програма.

Чланак о истраживању:
https://directorsblog.nih.gov/2022/03/29/nihs-all-of-us-research-programs-first-nearly-100000-complete-human-genome-sequences-set-stage-for-new-discoveries/

Сајт истраживачког програма:
https://www.researchallofus.org/

Прегледач пронађених SNP-ова:
https://databrowser.researchallofus.org/genomic-variants
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5294
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #1 послато: Март 31, 2022, 11:50:09 пре подне »
Алат за преглед омогућава да видите колико је носилаца одређеног SNP-а било у тестираном узорку и одакле су. На пример, међу поменутих 98640 резултата, њих 54 припада грани I2-Z17855 и у великој већини су из Европе:

« Последња измена: Март 31, 2022, 11:52:45 пре подне Ojler »
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5147
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #2 послато: Март 31, 2022, 12:08:20 поподне »
Занимљиво, нађох двојицу Y52621+.

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8505
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #3 послато: Март 31, 2022, 12:24:04 поподне »
Занимљиво је да су присутна чак шесторица припадника N2-FT182494.
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8505
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #4 послато: Март 31, 2022, 12:36:23 поподне »
Занимљиво је да су присутна чак шесторица припадника N2-FT182494.

Од њих 6, четворица су припадници ниже подгране FGC28435.  :)
Чињеницама против самоувереног незнања.

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5147
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #5 послато: Март 31, 2022, 12:40:55 поподне »
Има и шест припадника хаплогрупе J2b-M205>Y22059. При томе су свих шест уједно и Y22063, а од тога четворица припадају још нижој грани Y22069.
« Последња измена: Март 31, 2022, 12:43:51 поподне drajver »

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5147
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #6 послато: Март 31, 2022, 12:50:56 поподне »
Четири Дробњака I1-FGC22045, при томе сви из подгране FGC22054.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5294
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #7 послато: Март 31, 2022, 01:19:57 поподне »
Иначе, од поменутог броја од 98.640 WGS тестираних, мушкараца је 38.300, ако се већ фокусирамо на Y-DNA стабло.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1076
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #8 послато: Март 31, 2022, 01:22:03 поподне »
Шта да упишем да бих проверио за FT277965 i Y93865 ?
Догодине у Холштајну!

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5147
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #9 послато: Март 31, 2022, 01:36:33 поподне »
Шта да упишем да бих проверио за FT277965 i Y93865 ?

Има десет I2-FT277965, од тога два Y93865, нема ниједног Y95760.

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1076
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #10 послато: Март 31, 2022, 01:40:29 поподне »
Има десет I2-FT277965, од тога два Y93865, нема ниједног Y95760.
Хвала!
Догодине у Холштајну!

Ван мреже Селаковић

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2357
  • I-Z17855>>>FT173833
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #11 послато: Март 31, 2022, 02:18:14 поподне »
Алат за преглед омогућава да видите колико је носилаца одређеног SNP-а било у тестираном узорку и одакле су. На пример, међу поменутих 98640 резултата, њих 54 припада грани I2-Z17855 и у великој већини су из Европе:


Можда сам нешто погрешио, али није ми избацило никог под Y230196, као ни под Y230195, што је далеко највећа подграна Z17855.

« Последња измена: Март 31, 2022, 02:22:05 поподне Селаковић »

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5294
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #12 послато: Март 31, 2022, 02:24:12 поподне »
Шта да упишем да бих проверио за FT277965 i Y93865 ?

Можеш рецимо преко овог сајта утврдити позицију SNP-a на хромозому:

https://www.genetichomeland.com/welcome/dnamarkerindex.asp

За унети SNP добићеш податак о локацији мутације у Hg38 и Hg19 референтном моделу генома, као и основну и мутирану нуклеобазу.
Конкретно, за FT277965 добијеш ово:


Дакле, SNP FT277965 представља мутацију нуклеобазе T у C на позицији 17443561 хромозома Y, гледано у односу на референтни геном Hg38
То сада укуцаш у пољу за претрагу All-of-Us прегледача у формату Y-17443561-T-C и добићеш податак има ли тестираних припадника гране FT277965.






Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5147
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #13 послато: Март 31, 2022, 02:25:58 поподне »
Можда сам нешто погрешио, али није ми избацило никог под Y230196, као ни под Y230195, што је далеко највећа подграна Z17855.

Да, нема их. Оба ова SNP-a су из подручја високе покривености, тако да је могуће да их не покрива покривеност секвенцирања овог истраживања. Мислим д аисто тако није покривен ни FT14506. Пробај са неким нижим SNPом из ранга покривености BIGY500.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5294
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #14 послато: Март 31, 2022, 02:28:10 поподне »
Можда сам нешто погрешио, али није ми избацило никог под Y230196, као ни под Y230195, што је далеко највећа подграна Z17855.

Ниси ништа погрешио али из неког разлога не показује податке за све SNP-ове. Нема рецимо никога ко је Y3120 што је по природи ствари немогуће, ако има свих ових поменутих млађих мутација. Са друге стране, за CTS10228 има 618 тестираних. Немогуће је да ни један од њих није позитиван на Y3120, јер то би била права сензација.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Селаковић

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2357
  • I-Z17855>>>FT173833
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #15 послато: Март 31, 2022, 02:32:16 поподне »
Да, корисно би било знати које регионе хромозома су покрили. Видећу да ли има нешто о томе у њиховом материјалу.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5294
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #16 послато: Март 31, 2022, 02:35:31 поподне »
Ниси ништа погрешио али из неког разлога не показује податке за све SNP-ове. Нема рецимо никога ко је Y3120 што је по природи ствари немогуће, ако има свих ових поменутих млађих мутација. Са друге стране, за CTS10228 има 618 тестираних. Немогуће је да ни један од њих није позитиван на Y3120, јер то би била права сензација.

Ипак, има њих 617 који су позитивни на мутацију YP196, која је на YFull стаблу на истој грани као и Y3120. Један тестирани Европљанин је позитиван на CTS10228, а негативан на YP196.
Не би било лоше проверити и остале SNP-ове који су на Y3120 грани YFull стабла јер би смо можда могли ухватити још нека до сада непозната гранања.
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5147
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #17 послато: Март 31, 2022, 02:38:33 поподне »
Ипак, има њих 617 који су позитивни на мутацију YP196, која је на YFull стаблу на истој грани као и Y3120. Један тестирани Европљанин је позитиван на CTS10228, а негативан на YP196.
Не би било лоше проверити и остале SNP-ове који су на Y3120 грани YFull стабла јер би смо можда могли ухватити још нека до сада непозната гранања.

И мени је то пало на памет, међутим био би то лов на слијепо, јер не знамо којих СНП-ова суштински нема, а који само нису покривени.
« Последња измена: Март 31, 2022, 02:40:17 поподне drajver »

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13154
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #18 послато: Март 31, 2022, 02:38:42 поподне »
Има и шест припадника хаплогрупе J2b-M205>Y22059. При томе су свих шест уједно и Y22063, а од тога четворица припадају још нижој грани Y22069.

Ово је интересантно, пошто је J-Y22069 доста млада подграна и за сада присутна само код Расјана из копаоничког и расинског округа. Уколико је присутна и код неких random појединаца Y22063, то може значити да је доста честа у оквиру ове подгране.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5294
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #19 послато: Март 31, 2022, 02:42:50 поподне »
И мени је то пало на памет, међутим био би то лов у мутном, јер не знамо којих СНП-ова суштински нема, а који само нису покривени. Осим тога, неки проблематични SNP-ови, попут PH908 су код неких узорака очитани, а код других нису.

Ја колико видим, PH908 није нигде очитан?
Kамене рабъ и госодинъ