ДНК порекло > Историја и генетика
Генетичко поријекло Срба
drajver:
Покушао сам данас да пребацим bam фајл узорка I18719 на Гедмеч, али нисма успио. Не знам да ли је потребно да се пребаци у неком другом формату. Гедмеч има неку малу базу археогентичких узорака, али је најзначајнији од свега што се могу упоредити сегменти хромозома тих узорака старе днк и савремених појединаца у бази. Кад би I18719 постојао у бази Гедмеча, у поређењу са мојим узорком (иначе смо веома аутосомално блиски), мислим да бисмо веома брзо могли установити да ли се ради о скоријем или давнашњем узорку. Уколико бисмо дијелили сегменте веће од 10cM и поготово ако би их било више, не би се могло радити о узорку из Бронзаног доба. Иначе, највећи сегменти древне днк из базе Гедмеча са којима имам поклапање не прелазе 6 cM, а и то је само један сегмент код једног узорка.
Не знам да ли постоји још нека база сем Гедмеча гдје би могли да се упореде IBD сегменти два узорка (савременог и древног)?
Ojler:
--- Цитат: drajver Јануар 25, 2022, 09:59:27 поподне ---Покушао сам данас да пребацим bam фајл узорка I18719 на Гедмеч, али нисма успио. Не знам да ли је потребно да се пребаци у неком другом формату. Гедмеч има неку малу базу археогентичких узорака, али је најзначајнији од свега што се могу упоредити сегменти хромозома тих узорака старе днк и савремених појединаца у бази. Кад би I18719 постојао у бази Гедмеча, у поређењу са мојим узорком (иначе смо веома аутосомално блиски), мислим да бисмо веома брзо могли установити да ли се ради о скоријем или давнашњем узорку. Уколико бисмо дијелили сегменте веће од 10cM и поготово ако би их било више, не би се могло радити о узорку из Бронзаног доба. Иначе, највећи сегменти древне днк из базе Гедмеча са којима имам поклапање не прелазе 6 cM, а и то је само један сегмент код једног узорка.
Не знам да ли постоји још нека база сем Гедмеча гдје би могли да се упореде IBD сегменти два узорка (савременог и древног)?
--- Крај цитата ---
Не иде BAM фајл на Гедмеч. Требају ти они аутозомни фајлови или VCF. Можеш то сам направити са WGSExtract алатом ако је тај BAM фајл са Hg19 поравнањем.
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=2476.msg153766#msg153766
barbarylion:
--- Цитат: drajver Јануар 25, 2022, 09:59:27 поподне ---Покушао сам данас да пребацим bam фајл узорка I18719 на Гедмеч, али нисма успио. Не знам да ли је потребно да се пребаци у неком другом формату. Гедмеч има неку малу базу археогентичких узорака, али је најзначајнији од свега што се могу упоредити сегменти хромозома тих узорака старе днк и савремених појединаца у бази. Кад би I18719 постојао у бази Гедмеча, у поређењу са мојим узорком (иначе смо веома аутосомално блиски), мислим да бисмо веома брзо могли установити да ли се ради о скоријем или давнашњем узорку. Уколико бисмо дијелили сегменте веће од 10cM и поготово ако би их било више, не би се могло радити о узорку из Бронзаног доба. Иначе, највећи сегменти древне днк из базе Гедмеча са којима имам поклапање не прелазе 6 cM, а и то је само један сегмент код једног узорка.
Не знам да ли постоји још нека база сем Гедмеча гдје би могли да се упореде IBD сегменти два узорка (савременог и древног)?
--- Крај цитата ---
Ja sam imao istu ideju.
Ako imaš pristup uzorku skini raw data fajl.
drajver:
--- Цитат: barbarylion Јануар 25, 2022, 11:00:53 поподне ---Ja sam imao istu ideju.
Ako imaš pristup uzorku skini raw data fajl.
--- Крај цитата ---
Бам фајл узорка је доступан на сљедећем линку https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SAMEA10556875?show=reads
Нисам радио са овим WGSExtract па ако успијем да га скинем и конвертујем фајл узорка, могао бих сутра пробати да га подигнем на гедмеч.
Ojler:
--- Цитат: drajver Јануар 25, 2022, 11:11:01 поподне ---Бам фајл узорка је доступан на сљедећем линку https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SAMEA10556875?show=reads
Нисам радио са овим WGSExtract па ако успијем да га скинем и конвертујем фајл узорка, могао бих сутра пробати да га подигнем на гедмеч.
--- Крај цитата ---
Пребацио сам узорак на Гедмеч. Требао би сутра у току дана да буде спреман за IBD анализу, али етнички калкулатори већ могу да се користе:
Навигација
[0] Индекс порука
[#] Следећа страна
[*] Претходна страна
Иди на пуну верзију