Занимљиво је да су присутна чак шесторица припадника N2-FT182494.
Шта да упишем да бих проверио за FT277965 i Y93865 ?
Има десет I2-FT277965, од тога два Y93865, нема ниједног Y95760.
Алат за преглед омогућава да видите колико је носилаца одређеног SNP-а било у тестираном узорку и одакле су. На пример, међу поменутих 98640 резултата, њих 54 припада грани I2-Z17855 и у великој већини су из Европе:
Можда сам нешто погрешио, али није ми избацило никог под Y230196, као ни под Y230195, што је далеко највећа подграна Z17855.
Ниси ништа погрешио али из неког разлога не показује податке за све SNP-ове. Нема рецимо никога ко је Y3120 што је по природи ствари немогуће, ако има свих ових поменутих млађих мутација. Са друге стране, за CTS10228 има 618 тестираних. Немогуће је да ни један од њих није позитиван на Y3120, јер то би била права сензација.
Ипак, има њих 617 који су позитивни на мутацију YP196, која је на YFull стаблу на истој грани као и Y3120. Један тестирани Европљанин је позитиван на CTS10228, а негативан на YP196.Не би било лоше проверити и остале SNP-ове који су на Y3120 грани YFull стабла јер би смо можда могли ухватити још нека до сада непозната гранања.
Има и шест припадника хаплогрупе J2b-M205>Y22059. При томе су свих шест уједно и Y22063, а од тога четворица припадају још нижој грани Y22069.
И мени је то пало на памет, међутим био би то лов у мутном, јер не знамо којих СНП-ова суштински нема, а који само нису покривени. Осим тога, неки проблематични SNP-ови, попут PH908 су код неких узорака очитани, а код других нису.
Ово је интересантно, пошто је J-Y22069 доста млада подграна и за сада присутна само код Расјана из копаоничког и расинског округа. Уколико је присутна и код неких random појединаца Y22063, то може значити да је доста честа у оквиру ове подгране.
Ја колико видим, PH908 није нигде очитан?
Сад сам провјерио још једанпут и изгледа да на тој позицији постоји још нека мутација која није повезана са J-Y22069. Имају је неки ван Европе, тако да је сасвим сигурно да се не ради о J-Y22069.У сваком случају остаје ово за Y22063, шест узорака из Европе.
Било би јако добро ако би смо сазнали како се тачно раде тестови и шта се тестира. Надам се да ће неко имати времена и воље да мало боље истражи тему....Не знам хоће ли истраживачи са овог програма имати слуха да погледају и нас који смо заинтересовани за генетичку генеалогију, па да направе Y-DNA i mtDNA филогенетичка стабла на основу резултата тестова након што се истраживање заврши, или још боље, док још траје. Анализа милион резултата WGS тестова би направила огроман помак у овоме чиме се ми бавимо.
Од њих 6, четворица су припадници ниже подгране FGC28435.
PUBLIC TIERThe Public Tier dataset contains only aggregate data with identifiers removed. These data are available to everyone through Data Snapshots and the Data Browser, an interactive tool on the Research Hub. Counts differ between Data Snapshots and Data Browser due to the lag time in the curation process.REGISTERED TIERThe Registered Tier curated dataset contains individual-level data, available only to approved researchers on the Researcher Workbench. The Registered Tier currently includes data from electronic health records (EHRs), wearables, and surveys, as well as physical measurements taken at the time of participant enrollment.CONTROLLED TIERIn addition to the data in the Registered Tier, the Controlled Tier dataset contains genomic data in the form of whole genome sequencing (WGS) and genotyping arrays, previously suppressed demographic data fields from EHRs and surveys, and unshifted dates of events.To find out more about particular data fields available within the Registered or Controlled Tier, visit the Data Dictionary.Data Access FrameworkBelow are some key points from the Data Access Framework. The full document is available for download at the bottom of this page.The Data Access Framework explains how the All of Us data are structured, the steps Research Hub users must take to access the data, and how the program oversees the data’s use.The framework is inclusive; this means data can be accessed not only by researchers affiliated with institutions, but also by citizen and community scientists and individuals conducting research outside of academic medical centers.There are three tiers of data access: Public (no login required); Registered (login required); and Controlled (additional approval required).Data User Code of ConductBelow are some key points from the All of Us Research Program Data User Code of Conduct. The full agreement is available for download at the bottom of this page.The Data User Code of Conduct describes how All of Us Research Program data can and cannot be used for research projects. For researchers, this includes but is not limited to agreeing to the following terms. As an “Authorized Data User” of the All of Us Research Program data, you:Respect the privacy of research participants at all times.You will NOT use or disclose any information that directly identifies one or more participants.Use the All of Us data only for the purpose of biomedical or health research.Provide a meaningful and accurate description of your research purpose every time you create an All of Us Research Program workspace.Take full responsibility for any external data, files, or software that you import into the All of Us Researcher Workbench and the consequences thereof.DO NOT share your login information with anyone, including other authorized data users of the All of Us Research Program.DO NOT attempt to contact All of Us Research Program participants.DO NOT take screenshots or attempt in any way to copy, download, or otherwise remove any participant-level data from the All of Us Researcher Workbench.You will NOT publish or otherwise distribute any participant-level data from the All of Us Research Program database.You will NOT publish or otherwise distribute any data or aggregate statistics corresponding to fewer than 20 participants unless expressly permitted under the terms of the All of Us Data and Statistics Dissemination Policy.DO NOT redistribute or publish Registered or Controlled Tier dataDO NOT attempt to link Registered or Controlled Tier All of Us Research Program data at the participant level with data from other sources.DO NOT use All of Us Research Program data or any part of Research Hub for marketing purposes.DO NOT represent that the All of Us Research Program endorses or approves of any research unless such endorsement is expressly provided in writing by the All of Us Research Program.
Било би јако добро када би могли контактирати тењтиране особе.
Хвала CosicZ-у за објашњење претраге СНП-ова у овом истраживању.
https://www.researchallofus.org/data-tools/data-access/DO NOT attempt to contact All of Us Research Program participants.
Објашњење је колеге математичара, Ојлера.https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=6683.msg171215#msg171215
Лапсус, што и није страно математичарима . Хвала на исправци, а наравно захвалност и колеги Ојлеру на објашњењу за ову претрагу.
I was suspicious that almost all the allele numbers were even, and asked AllofUS. I got the following response: “The genotype is not phased, and our variant caller treats everything as diploid. That's why you would see 0/0, 1/1, 2/2, etc. even on chromosomes X and Y for males. “ i.e. any one occurrence of a Y variant is reported as two (homozygous) alleles. The figures quoted thus need to be halved.