Рачунарски поступак за вѣроватноће старости зайедничкога прѣдка

ДНК порекло > Рачунарски програми

<< < (2/8) > >>

Небојша:

--- Цитат: Крсто Март 31, 2015, 01:54:12 поподне ---Ја мислим да је скроз непоуздан. Не постоји калкулатор који ће ти то израчунати.

Видиш ово скроз доле на калкулатору где пише "Mutation Rate" - то ти је стопа мутације.

Сви калкулатори се заснивају на претпоставци да је стопа мутације код свих популација била иста током историје, а то је апсолутно нетачно. Онда би значило да је стопа наталитета, стопа смртности, просечан животни век, број потомака, начин живота, итд. итд. - од чега зависе стопе мутација - било исто код свих популација. Размисли мало.

--- Крај цитата ---

Зато и питам. Није реално да је иста стопа мутације за све хаплогрупе и све појединце у оквиру тих хг.

Александар Невски:

--- Цитат: Небојша Март 31, 2015, 10:29:53 пре подне ---Зна ли неко колико је поуздан TMRCA калкулатор?

http://dna-project.clan-donald-usa.org/tmrca.htm

--- Крај цитата ---

Небойшо, рачунач йе поуздан онолико колико су поуздане стопе промѣн на ознаках. Овай йе добар за веће бройеве ПЙРова (SNPова) и мтДНК, пошто ту има смисла за све користити исту стопу промѣне. За Понављања Кратких Образаца (STRове) овакав рачунач нема много смисла, йер се њиме подразумѣвайу исте стопе промѣне на свих њих, што нема смисла, йер се тиме бабе и жабе трпайу у исти кош. Не може се, рецимо, поредити йедна разлика на брзой ознаци као што йе ЦДЫ и спора ознака као што йе ДЫС 393. Рачун са истом стопом промѣне за све ознаке йе далеко простийи за рачунање и самим тим йе далеко бржи и погоднийи за међумрежйе. Рачунање вѣроватноћа по колѣнах са различитом стопом промѣне за сваку ознаку йе доста теже и спорийе, и самим тим непогоднийе за мрежу.

Небојша:

--- Цитат: Александар Невски Март 31, 2015, 06:49:35 поподне ---Небойшо, рачунач йе поуздан онолико колико су поуздане стопе промѣн на ознаках. Овай йе добар за веће бройеве ПЙРова (SNPова) и мтДНК, пошто ту има смисла за све користити исту стопу промѣне. За Понављања Кратких Образаца (STRове) овакав рачунач нема много смисла, йер се њиме подразумѣвайу исте стопе промѣне на свих њих, што нема смисла, йер се тиме бабе и жабе трпайу у исти кош. Не може се, рецимо, поредити йедна разлика на брзой ознаци као што йе ЦДЫ и спора ознака као што йе ДЫС 393. Рачун са истом стопом промѣне за све ознаке йе далеко простийи за рачунање и самим тим йе далеко бржи и погоднийи за међумрежйе. Рачунање вѣроватноћа по колѣнах са различитом стопом промѣне за сваку ознаку йе доста теже и спорийе, и самим тим непогоднийе за мрежу.

--- Крај цитата ---

Хвала пуно на одговору, Невски! Држаћу се и убудуће твог калкулатора. :)

Александар Невски:
Протекле недѣље мало дорађивах свой рачунарски поступак за рачунање вѣроватноћа старости найскорийега зайедничкога прѣдка. На ред бѣше стигло омогућити да може рачунати и са четвороструким ДЫС-ом 464. Да подсѣтим, йош од првога обявљенога издања просинца мѣсеца прошле године поступак ради (и то исправно) са свими двострукими ознаками, као што йе на примѣр ДЫС 385а/б. Поступак успѣшно примѣњен на двоструке ознаке уопштих и примѣних и на вишеструке (односно ДЫС 464, йедини такав у 111 ознака).
Наравно, ово йе искушано на вѣштачки направљених примѣрах познате дубине (старости), и са великим бройем потомачких хапловрстъ, направљених другим мойим рачунарским поступком, опонашањем развоя хапловрсте кроз покољења, користећи исте вѣроватноће промѣна на ознаках. Ево исходов на шест стотина потомачких хапловрст дубине 300 колѣн. Напомињем да йе у свих случайевах кушање рађено прорачуном само на ДЫСу 464, сви остале ознаке бѣху искључене из прорачунов.

За скуп 600 хапловрста дубине 300 колѣн прорачун даде 50% вѣроватноће за 297.345 колѣн.

За скуп 600 хапловрста дубине 200 колѣн прорачун даде 50% вѣроватноће за 196.524 колѣн.

За скуп 600 хапловрста дубине 100 колѣн прорачун даде 50% вѣроватноће за 93.01 колѣн.

За скуп 600 хапловрста дубине 70 колѣн прорачун даде 50% вѣроватноће за 67.9567 колѣн.

За скуп 600 хапловрста дубине 30 колѣн прорачун даде 50% вѣроватноће за 32.2337 колѣн.

За скуп 600 хапловрста дубине 20 колѣн прорачун даде 50% вѣроватноће за 20.0861 колѣн.

Сматрам да йе тачност у задобийених примѣрах задовољавайућа, обзиром да се ради о вишеструкой ознаци.

Покушаћу обяснити зашто су вишеструке ознаке тешке за рачуначе вѣроватноћа старости. Ради лакшега разумевања упростићу ствар и покушаћу обяснити о чем се ради на двострукой ознаци, рецимо на ДЫСу 385.
Узмимо да йе прѣдак на њем найвѣроватнийе имао врѣдности 12-13 (односно да су то срѣдње врѣдности за потомачке хапловрсте).
Рецимо да йедан од потомака има врѣдности 13-14. Ми овдѣ не знамо койой прѣдачкой врѣдности одговара коя потомачка. Йе ли то можда прѣдачко 12 прѣшло у потомачко 13 а прѣдачко 13 прѣшло у потомачко 14?
Или йе можда прѣдачко 13 остало непромѣњено, значи и у потомку йе 13 а прѣдачко 12 йе прѣшло у потомачко 14? Без већега броя Китлерових испитов се то не може знати, те обѣ могућности долазе у обзир.

Рачунарски поступак Невскога у случайу двоструких ознака обѣ могућности узима у обзир, односно нийедну од њих не одбацуйе. Док пойедини други рачуначи упрошћавайу ствар и прѣдпостављайу да йе мања прѣдачка врѣдност прѣшла у мању потомачку а већа прѣдачка у већу потомачку. Док у стварности то често нѣйе случай, те многи прѣдвиђачи овдѣ грѣше умањуйући прѣдвиђање старости.
Намѣрно пустих мой рачунарски поступак да прорачун уради и погрѣшно како бих видѣо колико грѣши, узимайући у обзир само горе наведену могућност. И за први наведени примѣр дубине 300 добих за рѣшење 243.472, што йе грѣшка од цѣлих 56. Поређењем са исходом 297 добийеним исправним поступком се види колико то има утицая на исход.

Напомињем да с двострукими ознаками грѣшака нема ако су прѣдачке међусобно йеднаке, или ако су међусобно йеднаке потомачке (рецимо 12-12). У овом посебном случайу йе и нетачан поступак добар. Разлике исходов исправнога и неисправнога поступка су врло мале уколико се прѣдачке и потомачке врѣдности веома разликуйу (рецимо ако су 12-18 и 13-19). Йер йе онда друга могућност (да йе 12 прѣшло у 19 а 18 у 13) изузетно мало вѣроватна. У таквих случайих су добри и прѣдвиђачи не водећи рачуна о неодређености вишеструких ознакъ. Али такво стање често нѣйе случай, рецимо тамо гдѣ се двѣ двоструке врѣдности разликуйу за 1. У таквих случайих се прави найвећа грѣшка, и то тежи дати мању процѣну старости него што стварно йесте.

Све што наведох за двоструке важи и за вишеструке као што йе ДЫС 464, с тим да йе ту брой спойев далеко, далеко већи па йе с тим све ту много сложенийе за рачунање. У горњих примѣрах прѣдачка врѣдност бѣше 11-13-14-15.

Ове измѣне нећу обявити док не направим мању дораду у прѣдвиђачу мушких лозъ, те ћу их пустити зайедно за койу недѣљу. Ту намѣравам умѣсто ДЫСа 389ИИ за прѣдвиђања користити разлику 389ИИ-389И. Йер йе ДЫС 389ИИ збир ДЫСа 398И и йош йеднога. Због тога се свака промѣна на првом одражава на другом, те га чини зависним од првога. То ће у слѣдећем издањи бити исправљено и свуда ће се приказивати само разлика мѣсто другога, што ће бити унапрѣђење при давањи процѣнъ.

Услужно кољем по кућах. 20 дин по кг-у живе ваге за прасиће, 15 за велике свиње и остало. У цѣну йе урачунато и шурење. Пилиће черупам за 40 дин/ком. Говеда, нойеве и слонове по договору (Кинези нека се не явљайу, псе не радим).

(мало шале нѣйе на одмет :D)

Александар Невски:

--- Цитат: Александар Невски Јун 09, 2015, 08:06:08 поподне ---Ове измѣне нећу обявити док не направим мању дораду у прѣдвиђачу мушких лозъ, те ћу их пустити зайедно за койу недѣљу. Ту намѣравам умѣсто ДЫСа 389ИИ за прѣдвиђања користити разлику 389ИИ-389И. Йер йе ДЫС 389ИИ збир ДЫСа 398И и йош йеднога. Због тога се свака промѣна на првом одражава на другом, те га чини зависним од првога. То ће у слѣдећем издањи бити исправљено и свуда ће се приказивати само разлика мѣсто другога, што ће бити унапрѣђење при давањи процѣнъ.

--- Крај цитата ---

Пуштам послѣдње измѣне. Као што рекох, сада Рачунач вѣроватноћа старости найскорийега зайедничкога прѣдка узима у обзир и четвероструки ДЫС464.
Урадих и наявљену измѣну у Прѣдвиђачу мушких лозъ, сада у пойединих случайих ради тачнийе, йер йе разбийена међузависност између ДЫС-ова 389И и 389ИИ одузимањем врѣдности првога од другога.

https://yadi.sk/d/VWr_EniVhMrxy

Навигација