IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике

ДНК порекло > Аутосомална ДНК

<< < (2/60) > >>

drajver:
За крај ево и неких дијаграма веза које је у поменутом раду пронашла IBD анализа:

Милош:

--- Цитат: drajver Април 29, 2020, 10:31:52 пре подне ---За IBD анализу кључни су ови Longest Block. Који су ти ту највећи сегменти?

--- Крај цитата ---

На FTDNA најдужи сегмент је 27, а имам још 5-6 изнад 15. Док на Gedmatch-y је овај близак рођак са 26.7 и Гиле са 17.5.

drajver:

--- Цитат: Милош Април 29, 2020, 10:40:26 пре подне ---На FTDNA најдужи сегмент је 27, а имам још 5-6 изнад 15. Док на Gedmatch-y је овај близак рођак са 26.7 и Гиле са 17.5.

--- Крај цитата ---

Моји најдужи сегменти су 30 и дијелим их са појединцем који има породичне коријене у истом крају као и моја мајка, и са женом која има српско презиме, али нисам успио да ступим у контакт с њом. Имам још неколико појединаца са преко 20cM поклапања.

Суштина би била да отвориш налог на DNA Painter и да послажеш ове сегменте хромозома веће од 12cM како би формирао сродничке групе. Покушаћу данас касније да објасним на теми детаљније како се то ради и како можемо користити и аутосомалну днк за откривање неких ближих генеалошких веза.

drajver:
Ове двије табеле би могле бити корисне за оријентацију шта значи кад са неким дијелимо велике сегменте хромозома.

drajver:

--- Цитат: drajver Април 29, 2020, 10:34:21 пре подне ---За горе поменути рад, ево неких кључних предности и недостатака IBD анализе везане за стару днк:

Предности у односу на PCA и Admixture анализу

"Many studies have demonstrated that human population genetic structuring in Europe correlates with geography; for instance, a two dimensional representation of the genetic variation with principal component analysis (PCA) essentially mirrors a geographical map of Europe1,2. Several ancient DNA (aDNA) studies have shown that the overall genetic structure was shaped by three ancestral and over-imposed genomic components respectively deriving from the Mesolithic hunter-gatherers, the Early Neolithic farmers, and the steppe nomads that entered Europe from the East around 5,000 years ago3,4,5,6,7. However, it is expected that the genetic homogenisation of the European populations during the last two millennia complicates our ability to discern subtle changes in ancestry by using some common population genetic tools."

Недостаци

"Complementary to these analyses, the distribution of so-called identity by descent (IBD) genomic stretches, which are co-inherited genetic segments delimited by recombination events, can provide information on more recently shared ancestry among individuals8,9,10. Such genomic block characterization in current populations has demonstrated the presence of co-ancestry across geographically distant Europeans shared over the last few thousand years, and revealed more recently shared co-ancestry in neighboring populations11. Nevertheless, most IBD blocks are not expected to be recognizable after a few hundreds of years because they are being broken by recombination during meiosis. Since the far majority of ancient human genomes sequenced to date are >2,000 years old and only few of them are sequenced at high coverage, the IBD analytical framework seems incompatible with the time scale and data quality offered by most published ancient DNA studies."

--- Крај цитата ---

Укратко, IBD анализа може да детектује јасне везе у протеклих 1500 година, док је за периоде преко 2000 година слабо употребљива.

Навигација