Аутор Тема: Dante Labs  (Прочитано 52186 пута)

Ван мреже АЦар

  • Почетник
  • **
  • Поруке: 21
  • R1a R-Y2608* mt:H13b1-a1a*
Одг: Dante Labs
« Одговор #600 послато: Април 27, 2021, 01:00:38 поподне »
Dante ми управо данас послао мејл да ми каже да је мој семпл прошао QC и да је сада на секвенцирању...

Поздрав.

Ван мреже Amicus

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8962
  • I1 P109 FGC22045
    • Порекло.рс
Одг: Dante Labs
« Одговор #601 послато: Април 27, 2021, 01:17:50 поподне »
Dante ми управо данас послао мејл да ми каже да је мој семпл прошао QC и да је сада на секвенцирању...

Поздрав.

Браво!



Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 281
  • R1b-U152>Z36>... FTA27217>FTA42008
Одг: Dante Labs
« Одговор #602 послато: Мај 03, 2021, 04:46:54 поподне »
Вебсајт лабораторије Dante Labs је темељно редизајниран, а сада још више акценат стављају на медицинску дијагностику, детекцију наследних болести и сл.

Колико видим, сада се цена секвенцирања комплетног генома може добити само на упит, нигде на новом сајту нисам нашао експлицитно наведене цене.

www.dantelabs.com

Ван мреже melkijades

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 54
Одг: Dante Labs
« Одговор #603 послато: Мај 21, 2021, 01:58:42 пре подне »
Стигоше ми резултати од Дантеа. Шта сад чинити?

Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1896
  • I2-BY55783>BY79593
Одг: Dante Labs
« Одговор #604 послато: Мај 21, 2021, 02:31:55 пре подне »
Стигоше ми резултати од Дантеа. Шта сад чинити?

1. Када се улогујете на ваш Dante налог идите на Reports > Raw Data Library, и поскидајте све фајлове осим два FASTQ фајла. BAM фајл је углавном величине око 50 Gb, па скидање у зависности од брзине везе може потрајати и неколико сати.

2. Скините програм WGS Extract са следеће адресе: https://wgsextract.github.io/

3. Програм је прилично једноставан за коришћење, потребно је само да изаберете BAM фајл који сте скинули са вашег налога, и опцију да вам се издвоји only_chrY_and_chrM.bam. Тај издвојени "мини" BAM је практично све што вам је потребно за YFull анализу. Величине је тек коју стотину Mb па га можете аплоудовати и на ваш Гугл Драјв, и одатле поделити линк (share > anyone with the link) на формулар за поручивање YFull анализе: https://www.yfull.com/order/

Остало ће одрадити YFull. :)

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1741
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Одг: Dante Labs
« Одговор #605 послато: Мај 21, 2021, 07:52:59 пре подне »
Може само да проследи шифру Yfull-у и да они одраде све.

Ван мреже melkijades

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 54
Одг: Dante Labs
« Одговор #606 послато: Мај 21, 2021, 09:57:40 пре подне »
Хвала много на одговорима. Постоји ли нека разлика ако им пошаљем шифру у односу на први предлог?

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1741
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Одг: Dante Labs
« Одговор #607 послато: Мај 21, 2021, 10:38:27 пре подне »
Колико знам, Ђукановић је недавно урадио на тај начин што им је послао шифру и платио је 50 евра, што је свеједно цена.

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 281
  • R1b-U152>Z36>... FTA27217>FTA42008
Одг: Dante Labs
« Одговор #608 послато: Мај 21, 2021, 11:06:53 пре подне »
Колико знам, Ђукановић је недавно урадио на тај начин што им је послао шифру и платио је 50 евра, што је свеједно цена.

За већину људи је свакако много лакше (и што је важније мање подложно грешци) да пошаље приступне параметре за genome.dantelabs.com па да YFULL сам скине BAM фајл.

Нарочито обзиром да то не наплаћују додатно, цена је свакако иста, тј. 49 USD, што је мало више од 40 EUR.

Међутим, WGS Extract стварно није тежак за коришћење, па треба искористити могућност да се из BAM фајла генеришу и аутосомалне датотеке које могу да се аплоадују на GEDMATCH, MyHeritage и FTDNA.

Ван мреже Rigel

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 308
Одг: Dante Labs
« Одговор #609 послато: Мај 21, 2021, 01:07:52 поподне »
Стигоше ми резултати од Дантеа. Шта сад чинити?

Одлична вест! То је први DanteLabs резултат за R1a>>YP4278 и први дубљи тест на СДП за ”не-Шареначко-Кресојевићки” хаплотип у овој хаплогрупи. :)

Ван мреже melkijades

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 54
Одг: Dante Labs
« Одговор #610 послато: Мај 21, 2021, 03:36:25 поподне »
За већину људи је свакако много лакше (и што је важније мање подложно грешци) да пошаље приступне параметре за genome.dantelabs.com па да YFULL сам скине BAM фајл.

Нарочито обзиром да то не наплаћују додатно, цена је свакако иста, тј. 49 USD, што је мало више од 40 EUR.

Међутим, WGS Extract стварно није тежак за коришћење, па треба искористити могућност да се из BAM фајла генеришу и аутосомалне датотеке које могу да се аплоадују на GEDMATCH, MyHeritage и FTDNA.


Свакако ћу одрадити и WGS Extract, него чисто кад је сигурније даћу им приступне параметре.
Како би ишла та процедура? Прво платим и региструјем се или како већ? https://www.yfull.com/order/

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 281
  • R1b-U152>Z36>... FTA27217>FTA42008
Одг: Dante Labs
« Одговор #611 послато: Мај 23, 2021, 09:26:46 поподне »
Melkijades ме је питао за помоћ око генерисања аутосомалних фајлова помоћу програма WGS Extract, па да не бих слао само њему, боље да напишем овде кратко упутство, можда још некоме затреба.

Наравно, први корак је да се са genome.dantelabs.com преузме BAM фајл и индекс фајл (BAI).

Ако је неко поручивао поравнање FASTQ фајлова са Hg38 референтним људским геномом, треба напоменути да је за прављење аутозомалних фајлова ипак неоподан BAM фајл поравнат са старијом верзијом Hg19 референтног људског генома, јер се за аутозомалне тестове по правилу и даље користи Hg19 формат.



Преузете BAM и BAI фајлове снимите у било који директоријум (фолдер), али водите рачуна да нема размака ("спејс") било где у стази до фајла, пошто WGS Extract не гута размаке у стази. Јам сам рецимо направио фолдер C:\Autosomal\

Стартујте WGS Extract, изаберите BAM фајл који се налази у фолдеру C:\Autosomal а затим исти тај фолдер изаберите и за излазни директоријум.



Кликните на другу картицу (таб) под називом "Extract Data" а затим на дугме "Generate files in several autosomal formats"



Штиклирати опције као на слици доле, и кликнути на дугме "Generate the selected files". Мало појашњење овде:

- Прва опција ефективно прави аутозомални фајл који је унија аутозомалних фајлова свих наведених фирми (тзв. "суперкит"), тако да се може поуздано користити за поређење са аутозомалним резултатим других људи без обзира код које фирме су се они тестирали. Ово је најбољи могући формат за слање на GedMatch. Исти супер-фајл сма успео да уплоадујем и на FTDNA, али сам "пријавио" да пребацујем фајл са 23andMe.

Међутим, MyHeritage одбија да прогута овакав суперкит, па да је за трансфер на MyHeritage најбоље користити FTDNA аутозомлани формат (јер MyHeritage користи услуге исте лабораторије у Хјустону коју користи и FTDNA и аутозомални фајлови су им 99% идентични).



Ето то би било то...

Генерисање самих аутозомалних фајлова може мало потрајати, у зависности од снаге рачунара, а као резултат, добиће се фајлови чији називи јасно указују о ком формату се ради:

GFX0437471__CombinedKit_All_SNPs_RECOMMENDED.txt
GFX0437471_23andMe_V5.txt
GFX0437471_Ancestry_V2.txt
GFX0437471_FTDNA_V3.csv
GFX0437471_LDNA_V2.txt
GFX0437471_MyHeritage_V2.csv

Поступак самог слања (transfer) аутозомалних фајлова на GEDMATCH, FTDNA и MyHeritage, добијених на основу BAM фајла из Dante Labs 30x WGS теста превише излази из ове теме, па ако нешто запне, можда је боље да се отвори посебна тема за то.

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 870
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: Dante Labs
« Одговор #612 послато: Мај 25, 2021, 09:45:04 пре подне »
Само да јавим, готови су моји резултати.
Догодине у Холштајну!

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2162
Одг: Dante Labs
« Одговор #613 послато: Мај 25, 2021, 10:40:30 пре подне »
Само да јавим, готови су моји резултати.

И шта кажу?

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 870
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: Dante Labs
« Одговор #614 послато: Мај 25, 2021, 10:44:35 пре подне »
И шта кажу?
Кажу да не пијем аспирин, а БАМ се управо скида, па ћу да га умањим у оној апликацији.  ;D
Догодине у Холштајну!

На мрежи НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 6542
  • I2-PH908>Y52621>Y189944, род Никшића
Одг: Dante Labs
« Одговор #615 послато: Мај 25, 2021, 10:45:41 пре подне »
Само да јавим, готови су моји резултати.

Добре вести. Хоћеш ли прослеђивати резултате Yfull-у?
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 870
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: Dante Labs
« Одговор #616 послато: Мај 25, 2021, 10:49:46 пре подне »
Добре вести. Хоћеш ли прослеђивати резултате Yfull-у?
Хоћу, али кад буде плата, после 15. јуна. Не знам да ли могу до тада нешто да сазнам бесплатно?
Скинуо сам све фајлове, само за БАМ траје мало дуже, јер је 43 гигабајта. После ћу да га пустим кроз WGS Extract. Биће готово за 3-4 сата.
Догодине у Холштајну!

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Аскурђел
  • ******
  • Поруке: 3923
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #617 послато: Мај 25, 2021, 10:56:43 пре подне »
Хоћу, али кад буде плата, после 15. јуна. Не знам да ли могу до тада нешто да сазнам бесплатно?
Скинуо сам све фајлове, само за БАМ траје мало дуже, јер је 43 гигабајта. После ћу да га пустим кроз WGS Extract. Биће готово за 3-4 сата.

YFull наплаћује тек када буду готови резултати. Ти можеш послати BAM фајл одмах, да почну на њему да раде, то ће свакако потрајати и месец дана. Требало би да убрзо по слању, можда већ истог дана, добијеш увид у прва очитавања у вези квалитета секвенцирања. Приступ осталим подацима добијаш када платиш услугу по завршетку анализе.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 870
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: Dante Labs
« Одговор #618 послато: Мај 25, 2021, 10:59:38 пре подне »
YFull наплаћује тек када буду готови резултати. Ти можеш послати BAM фајл одмах, да почну на њему да раде, то ће свакако потрајати и месец дана. Требало би да убрзо по слању, можда већ истог дана, добијеш увид у прва очитавања у вези квалитета секвенцирања. Приступ осталим подацима добијаш када платиш услугу по завршетку анализе.
У реду онда, тако ћу и да урадим. Кад спремим БАМ, наручујем.
Догодине у Холштајну!

Ван мреже melkijades

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 54
Одг: Dante Labs
« Одговор #619 послато: Мај 25, 2021, 02:56:30 поподне »
И моји резултати су готови. Проследио сам их  Yfull-у.


”For sample YF85317, haplogroup R-Y2902* is preliminarily determined.”