IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике

ДНК порекло > Аутосомална ДНК

<< < (35/60) > >>

drajver:
Прије неколико дана сам на MYHeritage примјетио да имам своје прво аутосомално поклапање које је означено као:

Прва рођакиња у другом кољену-друга рођакиња у првом кољену

Пошто сам видио да у породичном стаблу има презиме Качар које се појављује и у мом стаблу , ступио сам у контакт са тестираном, тачније њеним сином који јој води налог и испоставило се да јесмо рођаци и то не тако далеко повезани. Наиме, ја и тестирана дијелимо истог чукунбабу и чукундједу, њен прадеда и моја прабаба су рођени брат и сестра. Ради се о породици Качар из Рисовца Бос. Петровац. Брачни пар Качар од ког смо потекли живио је у Рисовцу у другој половини 19. вијека. Захваљујући овом поклапању знам које сам IBD сегменте сасвим сигурно наслиједио од прабабе Качар. Сад знам да ми је поуздана линија насљеђивања отац-његова мајка- њезина мајка.

Даћу статистику дијељен днк да би се видјело како се веза ове удаљености манифестује кроз аутосомалну днк.

Иначе за одређивање блискости два појединца, три су елемента на основу којих одређујемо блискост, сваки утиче на свој начин:

- проценат укупне заједничке днк: са тестираном у овом случају имам 2,2% дијељене днк. Први сљедећи на листи мојих поклапања је са 1% дијељене днк. Са сином тестиране већ имам 0,7% дијељен днк, што показује како се већ у једној генерацији проценат дијељене днк нагло смањује.
- број заједничких IBD сегемената: са тестираном дијелим 9 заједничких IBD сегмената. Са сљедећим поклапањем на листи је то 6 сегмената. Са сином тестиране дијелим 3 сегмента што показује да је рекомбинацијом у само једној генерацији нестало 6 IBD сегмената.
-величина највећег IBD сегмента: са тестираном дијелим највећи IBD сегмент 31,3‎ cM, што није највећи сегмент који дијелим са неким. Има чак осам појединаца прије тестиране са којима дијелим веће сегменте. Са сином тестиране највећи сегмент је 20,2‎ cM.

На основу овог примјера може се закључити да су сва три елемента важна, али чини ми се да је проценат укупне днк и број дијељених IBD сегмената нешто важнији за суштинску блискост од дужине највећег сегмента. Мада и то може варирати од случаја до случаја, тако да ипак треба сва три елемента узети у обзир.

На MYHeritage су дали шему блискости за категорију Прва рођакиња у другом кољену-друга рођакиња у првом кољену. Она да је распон могућих веза. На овом мом примјеру видим да је била поуздана. Означио сам стрелицом у какавом смо родословном односу тестирана рођакиња и ја.

НикПав:
Пошто се најстарији Павловић шлогирао, нисам желео да га малтретирам са чачкањем по устима, па је као следећи најстарији Павловић избор пао на моју рођену тетку.

Док мој узорак броји 1200 поклапања са свих доступних комерцијалних тестова, теткина поклапања су ограничена на MH и FTDNA, а до сада сам обрадио њих 100. Иако делимо тек четвртину гена, неке тенденције су уочљиве:

Тетка, Петњица, Плав и Груде, од 100 обрађених, четвртина је из ових крајева.

Ја

НикПав:
Управо су стигли резултати моје баке и ствари су поприлично јасне, Петњичани, Плављани и Груде које тетка и ја делимо нису преко ње. Можда је ипак прича мог прадеде била тачна.

НикПав:
Ево једног примера са Gedmatch и колико phasing помаже у елиминисању лажних поклапања.

Теткин MH kit, без phasing преко 40000 поклапања. Теткин MH kit после phasing са MH kit њене мајке, раздвојен на два kits за хромозоме по мајци и по оцу: по оцу 922 поклапања, по мајци 3043.

А ово је статистика са MH:

Никола 3876 поклапања, од тога са тетком заједничких 310, са бабом по оцу заједничких 455, са бабом по мајци заједничких 182 и са дедом по мајци 161. Наравно, немогуће је да су сви остали са стране деде по оцу, што наводи на закључак да је преко 50% поклапања лажно. Да ствар буде још компликованија имам доста поклапања од по 9 cm, са којима моје бабе и деда деле много више, тако да и она прича о 15 cm као сигурном знаку да је поклапање право, не стоји.

НикПав:
Немамо много активних чланова са југа, а још мање оних који су пробали да анализирају своја аутосомална поклапања и пробају да одгонетну одакле су се људи досељавали у ове крајеве.

Бабиних 135 најближих поклапања. Њени су дошли из Црне Траве, из Мелну и са Риле (род Ћурчишци, предак се бавио прерадом коже и свирао гајде). Риста Николић је записао у својој књизи Власина и Крајиште, да неколико родова из Црне Траве тврди да су дошли негде из околине Копаоника, а фамилија бабине мајке (Вукашиновићи) тврди (мимо Ристе) да су дошли чак из Херцеговине. Да ли су бабина поклапања потврда тако нечега, не знам, али је груписање интересантно.
Још једна занимљива ствар до које сам дошао у разговору са једним од админа групе Балканджии, чија је жена исто из Мелну, је да се становништво две Мелне (Горне и Долне) селило у два правца (за Србију и ка Бургасу, жена му је Мелничанка, потомак струје која је населила Бургас). Оно што још нисам нашао у литератури је шта је определило ове људе да ли да крену на исток или на запад.

Деда је по оцу источна струја (Вучи Дел на Руј планини), по мајци косовска струја (околина Гњилана и Косовске Каменице). Интересантно је ово црвенило од Габрова ка Трјавни, где се и налази његово најближе Y поклапање, али остаје отворено питање како су се те миграције одвијале.
Дедина мајчина страна ми је потпуно непозната и осим чињенице да су његова поклапања са те стране мешовита и да неки Албанци са којима сам причао кажу да имају српско порекло (Кадриу из Прилепнице), немам других информација.

Дедин узорак је 127 најближих поклапања. Није дочекао да проћаскамо о његовим резултатима.

Навигација