Због великог "дисбаланса" између BigY500 и BigY700, а многи резултати су послати Yfull-у, мало су се запетљали. Стабло није ажурирано скоро месец дана. Тако да је незахвално прогнозирати. Фетаховићу, који припада мојој грани, и након два месеца није цео процес одрађен. Још увек му није увршћен резултат у укупни TMRCA.
На Yfull-у се појавио нови Y3120*.
https://www.yfull.com/tree/I-Y3120*/
Међутим није у питању нико нов, већ се ради о резултатима Мајке, које је добио након надоградње BigY. Дакле изгледа једино тако се могу обрадити резултати надоградње са BigY500 на BigY700, да се на Yfull-у додели нови налог или број. Надам се да ће након обраде података старе налоге укинути, јер у супротном може доћи до компликација и погрешних информација.
Пошто има и наших који су радили надоградњу, а имају већ налоге на Yfull-у, ето да знају како ово функционише, да не би дошло до забуне.
Да ли неко разуме шта им на стаблу значи додатак- i
Ради се о тестираним који су стављени као "звездица" а истовремено се зна, и пише им да припадају некој дефинисаној низводној грани, само их из неког разлога нису метнули тамо.
Да ли неко разуме шта им на стаблу значи додатак- i
Зна ли неко да ми објасни шта значи овај статус да су ми STR резултати код Yfull-а још увек у обради?(https://imgur.com/MmSM9Aq.png)
Да ли то они извлаче некакве STR маркере из мог BAM фајла или шта?
Извући ће ти све STR маркере који имају очитавања, из WGS BAM-а обично извуку преко 100 од 111 стандардних STR-ова, плус још неколико стотина који су ван стандардних 111.
Лепо од њих, то нисам уопште очекивао :)
Стигли су STR резултати YFull обраде WGS теста. Поједине маркере од стандардних 111 нису успели да очитају, тако да и даље недостаје 11 маркера. Табела СДНКП је допуњена са новим маркерима. Иако хаплотип није потпун, ово је до сада највећи број маркера (100) међу тестираним Васојевићима.
Молим за објашњење неких ствари с Yfull.
STR је јоште у току обраде, но SNP су обрађени.
До сада је крајњи снип био I-A1328.
Сада ми пише, да имам десетак terminal и private SNPs level I-A1328*. Шта значе звијездице послије ових SNPѕ?
Прије неколико дана Зденко је објавио ново стабло за хаплогрупу Y4882.
http://i2aproject.blogspot.com/2020/01/its-hard-to-compare-big-y-500-to-big-y.html
У уводном тексту је споменуо управо откривање два додатна SNP-a на нивоу А1328*, која не може да провјери јер нису обухваћена BigY500 тестом, а нема ни увид у Данте Лабс резултате.
I-A1328 is a major branch below I-Y4882. On our previous trees, A1328 had one equivalent SNP: Y15928. This update shows that Y15928 is below A1328 and two newly discovered SNPs are equivalent to A1328. The new SNPs are named FT16342 and FT27092.
We show FT16342 and FT27092 as equivalent to A1328 but it's possible that one or both SNPs are slightly higher in the haplotree, we couldn't check these SNPs in the I-A12505 haplogroup. But other branches like I-A10230, I-A7358 etc. are all FT16342- and FT27092-.
Сɣнце, данас је отворен Српски ДНК пројекат на YFull, па можеш приступити том пројекту. Драјвер је један од администратора па ти може проверити СНП резултате и тамо.
https://yfull.com/groups/serbian-dna/create-join-request/ (https://yfull.com/groups/serbian-dna/create-join-request/)
Ово је уједно и позив свима који имају налог код YFulla да приступе као чланови.
Ја сам позитиван на два поменута снипа.
Имам 18 приватних снипова.
Најбложи ми је нови тестирани за кога вјерујем, да је Украјинац, а потом слиједи Бугарин.
С овима дијелим један снип који одсутствује у других; Зове се Y1943/FGC1578.
Та два SNP-a су на нивоу А1328* тако да засад не значе пуно.
Занимљив ми је нови СНП који се појавио у списку твојих СНП-ова и који је означен као прилично поуздан FT109380. Не знам с ким га дијелиш.
Не видјех, да било тко осим мене има FT109380, но он се може показати значајним за наше A1328*.
Bugarin Spasov i Buvac dijele novu granu ispod A1328, TMRCA 950 god.I-Y177643Na Yfull pise Gabrovo za Bugarina. Na FTDNA pise Ivan Angelov Triavna Bulgaria 1785-1870.Radi li se o istoj osobi?
https://www.yfull.com/tree/I-A1328/
Na Yfull pise Gabrovo za Bugarina. Na FTDNA pise Ivan Angelov Triavna Bulgaria 1785-1870.Radi li se o istoj osobi?На YFull-у су јавно доступни регионални назив и држава одакле потиче најстарији познати предак тестираног (окрузи у Србији, савезне државе у САД, војводства у Пољској итд). Трјавна је град у Габровској области.
Нова верзија стабла на YFull-у YTree v8.03.01 . Ево неколико измењених или додатих грана:
https://www.yfull.com/tree/I-CTS10228/ formed 5100 ybp, TMRCA 3400 ybp смањен TMRCA
https://www.yfull.com/tree/I-Y81696/ formed 3400 ybp, TMRCA 1550 ybp приближно у време Меровинга
https://www.yfull.com/tree/I-MF2888/ formed 1850 ybp, TMRCA 1350 ybp
https://www.yfull.com/tree/I-Y88700/ formed 1800 ybp, TMRCA 50 ybp - мислим да је ово први резултат са Самое кога сам видео
https://www.yfull.com/tree/I-Y56203/ formed 1600 ybp, TMRCA 1550 ybp
https://www.yfull.com/tree/R-YP263/ formed 2100 ybp, TMRCA 1800 ybp - словенско балканске немачке везе
https://www.yfull.com/tree/J-Y143134/ formed 5900 ybp, TMRCA 2800 ybp
https://www.yfull.com/tree/I-FGC33034/ formed 900 ybp, TMRCA 700 ybp
https://www.yfull.com/tree/I-FT110841/ formed 2500 ybp, TMRCA 1100 ybp - скандинавско и можда цинцарско порекло?
https://www.yfull.com/tree/I-Y37939/ formed 2500 ybp, TMRCA 2500 ybp - да ли неко зна ко је овај из Хрватске?
https://www.yfull.com/tree/I-Y21391/ formed 4000 ybp, TMRCA 2100 ybp - занимљиво ако није реч о скоријим досељеницима у Румунију
https://www.yfull.com/tree/I-Y97339/ formed 2900 ybp, TMRCA 1000 ybp - можда стигли са Норманима?
https://www.yfull.com/tree/R-BY55016/ formed 3700 ybp, TMRCA 2800 ybp
https://www.yfull.com/tree/J-Y150765/ formed 5100 ybp, TMRCA 5000 ybp - неке старије балканске гране
https://www.yfull.com/tree/J-YP91/ formed 5400 ybp, TMRCA 4500 ybp
https://www.yfull.com/tree/J-Y191359/ formed 2500 ybp, TMRCA 1150 ybp - можда цинцарско порекло?
https://www.yfull.com/tree/E-FGC63243/ formed 2800 ybp, TMRCA 2500 ybp
https://www.yfull.com/tree/E-BY5617/ formed 2800 ybp, TMRCA 2000 ybp
https://www.yfull.com/tree/R-YP1558/ formed 4300 ybp, TMRCA 4300 ybp - скитско и хунско порекло
https://www.yfull.com/tree/A00/ formed 235900 ybp, TMRCA 37600 ybp - велико повећање TMRCA, први на YFull који није у блиском сродству са осталима.
Individuals 2/SE I and 4/A have Y chromosomes from macrohaplogroup B (often found today in hunter-gatherers from Central Africa), and 2/SE II has the rare Y chromosome haplogroup A00, which was discovered in 2013 and is present at appreciable frequencies only in Cameroon—in particular, among the Mbo and Bangwa in the western part of the country. A00 is the oldest known branch of the modern human Y chromosome tree, with a split time of about 300,000–200,000 bp from all other known lineages. At 1,666 positions (from whole-genome sequence data; Supplementary Table 4) that differ between present-day A00 and all other Y chromosomes, the sequence of the Shum Laka individual carries the nonreference allele at a total of 1,521, translating to a within-A00 split at about 37,000–25,000 bp (95% confidence interval).
На Yfull-у су убацили једну новину, па сада поред државе порекла може да се допише и матерњи језик. Налази се у одељку Settings.
На Yfull-у су убацили једну новину, па сада поред државе порекла може да се допише и матерњи језик. Налази се у одељку Settings.
Сад сам додао на свом налогу језик. Колико видим једна од опција које се нуде је и Romano-Serbian. Шта би то могло да значи?
https://en.wikipedia.org/wiki/Romano-Serbian_language (https://en.wikipedia.org/wiki/Romano-Serbian_language)Влашки
Влашкиније него ромско-српски
Many human remains from the late Iron Age (400-1050 CE) have been excavated from burials and other contexts on the island of Öland in the Baltic Sea.Иако је на основу изотопа процењено да већина узорака са овог острва припада скорашњим придошлицама, VK346 је локалац.
Confirmed Haplogroup: E-A6295
Subgroup: E-V68>M78>Z1919>L618>V13>CTS5856>S3003>L540 Need SNP tests for branches. For details, see http://www.gwozdz.org/L540.html
Kit Number: IN36326
Marker Location: Bélfenyér, Hungary (Belfir, Romania)
Confirmed Haplogroup: E-BY5876
Subgroup: E-V68>M78>Z1919>L618>V13>CTS5856>S3003>L540>Y7026>A783
Kit Number: 200924
Marker Location: Tatabánya, Magyarország
Vajanszky: Hungary. IN36326, BY-A6295, YF78756Презиме Вајански се јавља код Словака. Размишљао сам и о могућем немачком или српском пореклу.
Жупанија Бекеш се налази у југоисточном делу Мађарске, на Алфелду, у самом срцу Карпатског басена. Овај простор је био насељен још у четвртом и петом миленијуму пре нове ере. Премда су историјски вртлози веома отежавали опстанак на овог подручја – уништавано је прво од стране Татара, а затим и Отоманског царства, на крају је, захваљујући својим природним целинама, ипак успело да се опорави.
Жупанију изнад свега карактерише мирна коегзистенција бројних мањина; у Мађарској не постоји више подручје где у миру живи толико мањина: Румуни, Словаци, Пољаци, Роми, Срби и Немци, сви су се они овде снашли. Крајем седамнаестог века, захваљујући планираном насељавању Ђуле, ту су настањене српске породице које су касније асимиловане са новопридошлим Румунима. У XVIII веку су Батању настанили Срби крајишници. Искључиво Срби су били становници Батање, до момента када у њу досељава румунско и мађарско становништво.
Презиме Вајански се јавља код Словака. Размишљао сам и о могућем немачком или српском пореклу.Словачки песник из 19. века је био Светозар Урбан- Вајански (имао је псеудониме, "Белко Игор", "Игор Влах"...Називан је и "Патријархом Словака"...):
Malopre naleteh na ovo na Facebook grupi Yfull.com
Hi, I am looking for Serbian person hide under yfull number YF68349 connected with YF01893.... under I-A811 and new branch I-Y40408 . I sent a message by Yfull system . Anyone of you know him?
da li je ovo neko naš sa Porekla?
Мислим да је ово презиме Петров, које је судећи по подацима које су оставили, ипак руског поријекла. Зашто су ставили јужну Бачку као мјесто поријекла, не знам, можда се ради о Бијелим Русима.Hvala!Napisaću komentar. Inače jedan sudeći po prezimenu verovatno Poljak, Piotrowski, je ovo pitao
У сваком случају на ФТДНА пројекту их има неколико тестираних,а као најстаријег претка наводе Egor Petrov b. 1878 d. 1938, Russian Federation
Hvala!Napisaću komentar. Inače jedan sudeći po prezimenu verovatno Poljak, Piotrowski, je ovo pitao
Изгледа ипак да нису ови Петрови, они су посебно издвојени на YFull стаблу. Колико се сјећам тај А811 из јужне Бачке је давно тестиран, нешто ми је у сјећању остало да је баш код тих Петрова раније стајало јужна Бачка, али могуће да сам нешто помијешао. Погледаћу још једном детаљније о коме би се могло радити.Reče Poljak da ga je našao. Ja nisam pogledao granu, ne znam ni o kojoj se radi tj. gde joj je rasprostranjenost
Reče Poljak da ga je našao. Ja nisam pogledao granu, ne znam ni o kojoj se radi tj. gde joj je rasprostranjenost
Мислим да је ово презиме Петров, које је судећи по подацима које су оставили, ипак руског поријекла. Зашто су ставили јужну Бачку као мјесто поријекла, не знам, можда се ради о Бијелим Русима.Mislim da ste u pravu da je prezime Petrov ruskog porekla. Naš književnik Aleksandar Petrov rodjen je u Nišu 1938 a roditelji su mu bili Rusi. Otac oficir belogardejac.
У сваком случају на ФТДНА пројекту их има неколико тестираних,а као најстаријег претка наводе Egor Petrov b. 1878 d. 1938, Russian Federation
Mislim da ste u pravu da je prezime Petrov ruskog porekla. Naš književnik Aleksandar Petrov rodjen je u Nišu 1938 a roditelji su mu bili Rusi. Otac oficir belogardejac.
Мислим да се не може уопштавати. У Војводини сигурно има Петрова чије презиме не вуче порекло из Русије.Da u pravu ste.Ali moj komentar se samo odnosio na drajverovu nedoumicu oko porekla prezimena u navedenom slučaju, pa sam dodala komentar koji bi možda pomogao kao tas na vagi :) samo za to :)
Бугарин и ја смо издвојени у подграну E-BY4573, са TMRCA од 1050 година. Са 62 дељена СНП спадосмо на 45, разумем да су неки од ових претпостављених СНПова нестали, али куд одоше ови потврђени ::) Није ми баш најјаснија њихова методологија.
Осакатили су велики број хаплогрупа и грана. Свуда је TMRCA значајно пао. Три месеца се чекало на ажурурање стабла. Очигледно да се неке ствари не поклапају.Требали су да ставе натпис "Радови у току". Још увек је актуелна верзија YTree v8.09.00, а припремају нову. Већ се догађало да када то раде падну вредности TMRCA, па се опет подигну.
Пратим сваки дан на YFULL како напредује обрата резултата од пријатеља који је секвенцирао геном код Dante Labs.Извини што ти не одговарам на питање,реално мало је и тешко, ја сам само сачеко коначне резултате па сам касније нешто пробо и даље пробавам да тумачим.Оно што ме занима сад је да ли је твом пријатењу одређена која хг и грана јер видим вредности неких маркера идентичним мојима.Наравно ако много питам немој ми ни говорити ништа...
Анализа снипова је рецимо завршена, али STR маркери још увек нису финализирани, прилично велики проценат STR локуса је у статусу "Manual verification in progress..." (видети слику, све оно што је жуто и са знаком питања).
Да ли је овако велики број недовољно поузданих STR вредности, које захтевају ручну проверу уобичајен, каква су искуства других?
(https://i.postimg.cc/rp90Knwd/2021-03-06.jpg)
Извини што ти не одговарам на питање,реално мало је и тешко, ја сам само сачеко коначне резултате па сам касније нешто пробо и даље пробавам да тумачим.Оно што ме занима сад је да ли је твом пријатењу одређена која хг и грана јер видим вредности неких маркера идентичним мојима.Наравно ако много питам немој ми ни говорити ништа...
Пратим сваки дан на YFULL како напредује обрата резултата од пријатеља који је секвенцирао геном код Dante Labs.
Анализа снипова је рецимо завршена, али STR маркери још увек нису финализирани, прилично велики проценат STR локуса је у статусу "Manual verification in progress..." (видети слику, све оно што је жуто и са знаком питања).
Да ли је овако велики број недовољно поузданих STR вредности, које захтевају ручну проверу уобичајен, каква су искуства других?
(https://i.postimg.cc/rp90Knwd/2021-03-06.jpg)
Пратим сваки дан на YFULL како напредује обрата резултата од пријатеља који је секвенцирао геном код Dante Labs.SNP урађен за пар дана, а STR чекам већ скоро два мјесеца.
Анализа снипова је рецимо завршена, али STR маркери још увек нису финализирани, прилично велики проценат STR локуса је у статусу "Manual verification in progress..." (видети слику, све оно што је жуто и са знаком питања).
Да ли је овако велики број недовољно поузданих STR вредности, које захтевају ручну проверу уобичајен, каква су искуства других?
Ако је завршена или када буде постави страницу Цомпарисоне.
Поставићу, али када кликнем на "Comparisons" тренутно приказује поруку "You don't have 2 or more samples of the same person from different laboratories."Ја сам радио BigY500 па надоградња на BigY700 и мени то функционише. Надамсе да ће и код тебе ускоро...
Овде нису у питању резултати из две различите лабораторије (нпр. FTDNA и Dante Labs) већ анализа резултата из исте лабораторије, односно BAM фајлова у старијем и новијем формату. Можда ће бити доступна ова опција када се комплетна анализа заврши, са све STR маркерима, видећемо.
Ја сам радио BigY500 па надоградња на BigY700 и мени то функционише. Надамсе да ће и код тебе ускоро...
На нивоу 4529 се данас појавио анониман узорак, који је могуће Карелијанац са ФТДНА.
Сада имамо већ троје Скандинаваца, два на нивоу 4529 један на нивоу 20805.
Остало смо ми са Балкана.
YFULL је вратио TMRCA, тренутно је 3100 година за 4529, 2500 за 20805 и 1100 за 4573. Видећемо како ће Дедеићев и овај узорак утицати на процене.
Шта су ови бројеви? О каквим нивоима је реч?
НикПав се мало опустио, сматрајући да већ сви знамо да прича о E-V13 и њеним подгранама :)
Када се очекује поновно ажурирање стабла?
YFull сада има у "инфо"-у за сваку хаплогрупу мапу са бројем тестираних по државама. На пример:
https://www.yfull.com/branch-info/J-Y22059/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/J-L283/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-V13/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-L540/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-Z5017/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-CTS9320/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/E-Z5018/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y3120/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y18331/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Z17855/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y4460/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-S17250/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y4882/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y5596/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-A815/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-PH908/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y13200/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-V1636/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-PH155/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-V2219/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z2118/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y10789/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y5587/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y14300/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z2103/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-PF7562/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y13946/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Z17954/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-S2078/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-M227/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-P109/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y3560/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/I-Y7140/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z93/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-M458/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP1337/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-L1029/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Z92/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-CTS1211/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-P278.2/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP371/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-YP4278/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y2613/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-L1280/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/R-Y2902/#t4-tab
https://www.yfull.com/branch-info/N-Y6503/#t4-tab
У току је подизање освјежене верзије стабла.
Освежено! Дочекасмо и тај дан...
Хмм... Освежио сам страницу у прегледачу, очистио кеш, али ми се и даље појављује верзија стабла v9.02.00 од 1. маја.
Код мене се види баш то - верзија 9.02.00 од 1. маја. Подгране су исте као што је до данас било на "live" стаблу, само што се сада виде и TMRCA процене.
Код мене се види баш то - верзија 9.02.00 од 1. маја. Подгране су исте као што је до данас било на "live" стаблу, само што се сада виде и TMRCA процене.
Званично прије пар минута подигнута нова 9.03.00 верзија.
На жалост, резултати који су им пристигли у јуну изгледа нису ушли у ново стабло. Мораће се чекати нова верзија, вероватно тек крајем августа...
Зна ли неко како сада иде плаћање YFull-у? Седиште им је у Москви, а Пејпал је најавио да обуставља плаћања.
YFULL је деду по мајци сврстао у подграну E-Y173089 formed 3200 ybp, TMRCA 950 ybp. Пошто је сам у подграни, а добио је TMRCA, претпостављам да неко није платио а резултати су остали. Врло мало припадника E-BY174450 и низводних подграна и на FTDNA и на YFULL.
А одакле је деда и какво је његово даље порекло?
YFULL је деду по мајци сврстао у подграну E-Y173089 formed 3200 ybp, TMRCA 950 ybp. Пошто је сам у подграни, а добио је TMRCA, претпостављам да неко није платио а резултати су остали. Врло мало припадника E-BY174450 и низводних подграна и на FTDNA и на YFULL.
и какво је његово даље порекло?
Кластер твоје ујчевине није малобројан. Има прилично разноврсности до раног средњег вијека или позне антике. Овај што је био на YFull-у је или Бугарин Грозев с којим чини грану на YFull-у, или неко трећи, вјероватно Бугарин. Мислим да је била бугарска застава ту. Углавном исте SNP-ове дијеле, TMRCA 950 г, на FTDNA је и Бугарин Чанков са југа Бугарске. Са њим не дијеле 4 SNP-а, дакле он је око раног средњег вијека удаљен.
По маркерима овој грани сигурно припадају и Бугарин Узунов који је само радио SNP Pack, те Румун Корнеа. Док је са Грозевим само 9/111, са Узуновом и Корнеом је чак 8/37 тако да су они сигурно даљи. Осим њих у анонимним студијама, три Бугарина из Карачанак студије (Пловдив, Разград, Монтана), један Румун из Влашке, затим три Грка из Македоније, Македонац.. Ова грана је очито везана примарно за Бугаре и Влахе/Румуне, вјероватно и ови Грци спадају у тај контекст. Чини се да спада међу најчешће V13 кластере код Бугара.
Бугарско или влашко. ;)
И ја мислим да је то био Грозев на YFULL. Деда и има нека аутосомална поклапања око Трјавне и Централног Балкана. Остаје питање одкуде су дошли и куд су пошли. Оно што ми је занимљиво је потпуно одсуство осећаја о ичему бугарском код деде, за разлику од бабе.
И ова веза са Грозевим није тако блиска, средњи вијек. Занимљива је ова грана. Чини се да су дефинитивно по маркерима најудаљенији (немају двије мутације које остали имају) припадници ове гране анонимни Румун RO93 из Каларашија и анонимни Грк из Македоније. Код Бугара се јавља свуда посебно у централно-јужном дијелу. Могуће и да није ова грана нешто везана за Влахе/Румуне (јер сам мислио да је прешла са Власима Дунав као многе), Бугари су држали дуго и већи дио Румуније, посебно Влашку. Можда је ова грана асимилована рано од Бугара ту мало сјеверно од Дунава одакле је овај Румун.
Осим ако Румун и Грк не формирају неку грану, па би Румун био онда јужнијег поријекла. Могуће да су ови око 1400-1500 г. Чанков је око 1300, и он је нешто дивергентан по маркерима.
Јасно је да везе нису скорашње, али мајчина страна ми отвара много питања, гледајући дедину подграну, али и аутосомална поклапања.
Изгледа да би могла бити тачна ова прича о Скопској Црној Гори.
Македонац је такођер близу.
13 23 14 10 17-18 13 14 11 30 16 14 21 11 15 10 23
Ово је анонимно истраживање Македоније на 17 маркера. Jakovski Z., Nikolova K., Jankova-Ajanovska R., Marjanovic D., Pojskic N. and Janeska B. (2011), 'Genetic data for 17 Y-chromosomal STR loci in Macedonians in the Republic of Macedonia.', Forensic Sci Int Genet 5(4):e108-11
Нису доступни хаплотипови мислим, али сам вадио неке преко YHRD јер и ја имам ту рођака из средњег вијека.
Твој деда на ових 17 маркера има 3 разлике са Грозевим, исто 3 са овим Македонцем. Али обзиром да једино ово троје од свих припадника ове гране има повишен 458=16 то је добра индикација да овај Македонац спада у E-FT61303 а и врло могуће да је ближи од Грозева.
Проблем са тим делом је порекло дедине мајке око Гњилана или Каменице, он добија разноразне (Србе, Албанце) за аутосомална поклапања из те зоне. Зато не могу да разлучим, има ли та прича о Скопској ЦГ упориште, мада ови људи делују блискије, до 50cm.
Предухитрио си ме - и дао одговор на питање одакле је дедина мајка. Можда је њен утицај или утицај њене фамилије на његов национални осећај био пресудан.
А што се тиче Шоплука - многи су се осећали Србима. Мислим на оне који су били ближи српском окружењу.
Коначно ће доћи до цепања E-BY4573 на YFULL, што се давно десило на ФТДНА, са појавом Грка са Пелопонеза. Са овим узорком Авара из VIII века, јасно је да је TMRCA од 1100 година неодржив, видећемо колико ће бити са следећим освежавањем стабла. Нажалост, особа која је са Бугарином у групи и даље изиграва будалу и неће да каже одакле је, шаље спамове као одговор, очигледно му се не свиђа друштво. Знамо шта није, наш, Албанац и Бугарин.
(https://i.postimg.cc/Zn6gJsTy/yfull.jpg) (https://postimg.cc/7JYXVVJx)
YF05703 е кит 364883, това е майчиния род на Чавдар Дилов от село Сталийска махала, община Лом като в Ломско е имало голямо заселване на Торлаци което на въпросния не му харесва. Не ти препоръчвам да му пишеш ние с него се изпокарахме даже някои може да са забелязали че Българския форум го няма като според Дилов бил изтрит заради моите "Сърбомански дрисни", аз вече не съм и член на групата във ФТДНА понеже има един Явор Ангелов който само ми прави забележки и ми трие постовете изобщо там от цялата група само Мира не е ненормална така че ако някой има питания по-добре се обръщайте към нея.
Нажалост, особа која је са Бугарином у групи и даље изиграва будалу и неће да каже одакле је, шаље спамове као одговор, очигледно му се не свиђа друштво. Знамо шта није, наш, Албанац и Бугарин.
Знам Васил, већ смо му писали, пре скоро две године, рекли су да смо за њих избеглице из Скандинавије :D
Не знам да ли је већ помињано на форуму, али ја сам управо сазнао за ову страницу на YFull, где су побројани сви аргеогенетски узорци на стаблу:Постоји и списак научних радова и база података коришћених у прављењу стабала YFull-а https://www.yfull.com/paper/list/ .
https://www.yfull.com/ancient/ (https://www.yfull.com/ancient/)
Такође, ово је врло корисна и информативна мапа:
https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#11/44.6835/22.0537 (https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#11/44.6835/22.0537)
Нова верзија стабла YTree v10.06.00.
https://www.yfull.com/samples-from-paper/631/
Узорци са "The genetic history of the Southern Arc: A bridge between West Asia and Europe" https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm4247 .
Мој узорак је обрађен јако брзо. Мање од једног дана. Захвалио би се свима а посебно Драгану на помоћи. Ставили су ме у J-Z40772* заједно са Талијаном из Фиренце.
Jedno pitanje, možda se neko susretao sa time. U mojoj grani na Yfull, bukvalno na mome mestu je dugo bio uzorak bez zastavice. Sećam ga se dobro jer je još uvek bio tu kada sam ja započinjao panel. I jednog momenta je skinut, pre dva, možda tri meseca. Pretpostavljam da čovek jednostavno nije platio. Da li postoji mogućnost da neko drugi (ja) plati kako bi se taj uzorak vratio na to mesto. Ja bih drage volje to platio jer sam zainteresovan upravo zvog toga što je bio tačno na mome mestu na grani. Ima li Yfull uopste neki korisnicki servis?
Изгледа да су узорци YF105466 и YF103720 такође Шкоти. Ако томе додамо Италијана из Фиренце, као и оног Шкота што са Албанцем чини посебну грану, али и TMRCA, ово више подсећа на Келте. Треба видети како се ту уклапају Грк и Јермен.Још увек је на митохондријском стаблу https://www.yfull.com/mtree/H40/ . Можда је платио само за анализу мтДНК, не жели да буде присутан на Y стаблу или су заборавили да га скину.
https://www.yfull.com/tree/J-Z40772/
Q: How may I send a message to another YFull member?
A: YFull has a PM (personal message) system for communications between its customers who have YFxxxxx IDs.
The PM system is available from the SNP matches and STR matches tabs in the main menu on the left side of your account home page, and also by using the envelope icon on the home page. It may be easier to send an initial message from the SNP matches or STR matches tabs.
In the PM Compose Message window, the Recipient is identified by the five numbers of the person's ID. For persons with IDs under 10000, the Recipient is 0xxxx.
In order to check for the receipt of a PM message from a person you have contacted, use the envelope icon on the home page. Selecting the icon will open a PM window which shows an Inbox, Trash and Trash, and a New Message tab.
https://www.yfull.com/live/tree/R-Y13891/
И овде се нађе рођак из Шлезије.
Мислим да се не може рећи да је "рођак" ако је старост везе 2800 година.Шта!!( би Дарвин рекао)?
Уколико добије TMRCA, након следећег освежавања стабла, значи да је у истој подграни са Румуном из Тргу Муреша.
Случај решен, ово ће бити млада грана, пошто је чине отац и син Pribac(Прибак).Ja sam jedan od Pribakovica i bas bi voleo malo vise da saznam. Inace ja sam I2a
Њихово презиме је такође занимљиво, ми имамо Прибаковиће, а и име Прибац се помиње кроз историју.
Интересантно је да презиме постоји у Истри, међу Италијанима из Буја и у Словенији.
Ja sam jedan od Pribakovica i bas bi voleo malo vise da saznam. Inace ja sam I2a
Новости у грани E-4526, резултат из Републике Српске (није ставио језик па не знам шта је тачно), разврстан у E-BY4553*, у подгранама испод E-BY4553 Украјинац из области Житомир и Пољаци Лашчински.
На FTDNA у нашој потклади налази се и Грк (B560364 Anastasios Argyropoulos b. circa 1840) и Немац
Dr. Ian Logan, an mtDNA expert whose website is IanLogan.co.uk and maintains a magnificent "GENBANK SEQUENCES BY HAPLOGROUP" database, informed me that YFull's MTree, which is a comprehensive and often-reliable resource, contains some erroneous haplogroup assignments for particular samples that they downloaded from the National Center for Biotechnology Information's public GenBank database. Sometimes they correct their mistakes and other times they do not. Some of YFull's mistakes in haplogroup assignments did not originate with them because certain mtDNA sequences in GenBank have poor quality with questionable mutations or missing expected mutations, including some of the data set of Marina Silva's September 2021 study in people from Spain.https://www.yfull.com/mtree/H1as2/
1. Ian Logan found a problem with YFull MTree's listing of Serbian samples at https://www.yfull.com/mtree/H1as2/ under subclade H1as2a including with sample number MK134305 that came from the data set for the September 2020 study "Complete mitogenome data for the Serbian population: the contribution to high-quality forensic databases" by Slobodan Davidovic's team in International Journal of Legal Medicine. YFull lists the following samples from Serbia there as H1as2a:
GenBank sample MK617219 from Serbia
GenBank sample MK617244 from Serbia
GenBank sample MK134305 from Serbia
YFull customer YF80654 from an ethnic Serbian from Serbia
YFull customer YF07829 from Serbia
Some or all of them don't carry the mutation T4688C that defined membership in H1as. That is why some of them (including also MK617219 and MK617244) were instead called haplogroup H1cm1 or just H1 inside GenBank. At least MK134305 is definitely not a branch of H1as even though some of its other mutations are shared with H1as2. It does not have T4688C. Logan lists its mutations as: A263G A750G T980C A1438G G3010A A4769G A8860G A15326G T16209C T16519C.
I don't know what the YFull customers YF80654 's and YF07829 's lists of mutations are but I doubt they have T4688C either. Please check that too. The mutations T980C and T16209C would not be enough for membership in H1as2a if they are missing T4688C.
CURRENT STATUS: I informed YFull's team about the above problems on September 16, 2021. They are still listed with the wrong haplogroup assignment in YFull as of November 18, 2021.
YFull told me: "Ian Logan has at least one sample MN540564, which also has SNP T4688C negative, but it is located under H1as2. We believe that in this case, a back mutation may have occurred since the remaining signs indicate a high probability of finding these samples under the H1as2a subclade."
Ian Logan in response told me: "I do not like the idea of a 'back mutation'. So much more likely a new subgroup."
Није баш тачно да FTDNA стабло не укључује древне ДНК узорке, али остатак "Cost-Benefit" анализе је ОК.Поменута анализа је из 2019. У међувремену FTDNA се потрудила да оно што се може видети на њеним стаблима буде слично оном што се може видети на YFull-овим. Још један доказ да је конкуренција добра, а монопол лош.
Хмм, Никола Вукосављевић ми је скренуо пажњу да је тај митохондријални кит YF80654 кога помиње др Јан Логан, заправо мој резултат. И јесте - сад сам проверио број свог кита у административном панелу нa YFull:Било би добро да сви које је YFull сврстао у H1as2a провере да ли имају мутације T980C ( хаплогрупа H1as2, претежно јеврејска) и T4688C ( H1as).
(https://i.postimg.cc/NFYGhwkw/image.png)
Ступићу у контакт с њим, интересантно је то што тврди да је YFull погрешно формирао подграну.
Било би добро да сви које је YFull сврстао у H1as2a провере да ли имају мутације T980C ( хаплогрупа H1as2, претежно јеврејска) и T4688C ( H1as).
YFull sada ima upgrade na T2T.Sumnjam da oni to čuvaju.
Traže da se dostavi bam fajl i da se plati 25 dolara.
Pitanje: Da li Dante čuva moj bam fajl i da li mogu da dođem do njega? (nemam više bam fajl zbog kvara na disku)
Ili moram ponovo da uradim test?
Sumnjam da oni to čuvaju.
Sent from my SM-A528B using Tapatalk
YFull sada ima upgrade na T2T.
Traže da se dostavi bam fajl i da se plati 25 dolara.
Pitanje: Da li Dante čuva moj bam fajl i da li mogu da dođem do njega? (nemam više bam fajl zbog kvara na disku)
Ili moram ponovo da uradim test?
Контактирај их, требало би да га чувају на засебном хард диску, али се та "услуга" повлачења BAM фајла са тог диска плаћа (мислим да је у питању 20 евра).Odlično, ako je tako, rado ću im platiti. Samo da ne moram opet da radim test.
Чувају али се плаћа 25 еура и опет је доступан око месец дана. А шта се добија ако се ради upgrade на T2T?Trebalo bi da se pojave SNP noveli u regionu hromozoma koji do sada nije bio mapiran. Za sada to nece znaciti puno ali u budocnosti ce to omoguciti definisanje novih grana kada veci broj rezultata bude mapiran na T2T referentni hromozom.
Trebalo bi da se pojave SNP noveli u regionu hromozoma koji do sada nije bio mapiran. Za sada to nece znaciti puno ali u budocnosti ce to omoguciti definisanje novih grana kada veci broj rezultata bude mapiran na T2T referentni hromozom.
Sent from my SM-A528B using Tapatalk
YFull sada ima upgrade na T2T.
Traže da se dostavi bam fajl i da se plati 25 dolara.
Pitanje: Da li Dante čuva moj bam fajl i da li mogu da dođem do njega? (nemam više bam fajl zbog kvara na disku)
Ili moram ponovo da uradim test?
Не морате поново радити тест, али BAM фајл се не може пребацивати из једног референтног генома у други. Оно што вам је потребно са вашег налога су сирови непосложени подаци, тј. FASTQ фајлови (2 комада), који се затим требају поравнати у односу на нову Т2Т референтну секвенцу и тако ћете добити Т2Т BAM. Нисам сигуран да ли Dante тренутно има ту услугу у понуди, ако нема мораћете скинути та два гигантска фајла и проследити их на Т2Т поравнавање некој трећој страни која нуди ту услугу, па тек онда на YFull анализу.
Poslao sam zahtev za upgrade na T2T. Uskoro ce i Skenderis. Trebalo bi da bude gotovo za nedelju dana.
Управо сам решио да доплатим поравнање на T2T код Dantea и надградњу на T2T код Yfull за тројицу I-PH908 тестираних чије резултате администрирам:И ја сам заинтересован да обновим Т2Т резултате на YFULL-u, али имам дилему око процедуре:
- Димитријевић - Грковић (тренутно је I2a-PH908*)
- Лазовић (I2a-PH908 > I-FT16449 > I-Y151633 > I-BY169079 > I-FT407280 > I-MF4021)
- Јовашевић (I2a-PH908 > I-FT14506 > I-Y330253 > I-Y331025)
И ја сам заинтересован да обновим Т2Т резултате на YFULL-u, али имам дилему око процедуре:
наиме, не видим на сајту да ли Данте прихвата да ради поравнање на Т2Т само својим изворним клијентима или могу и ја са ФТДНА да то урадим са својим фајловима (било BAM било FASTQ) код њих? Ако сам добро разумео, ФТДНА од прошле године примењује Т2Т резултате у оквиру свог стабла, па се питам да ли би проста обнова FTDNA BAM фајла на YFULL-u, уз доплату за надградњу на Т2Т била довољна, или треба урадити претходно поравнање на Т2Т код треће стране ( тј. да ли ДАНТЕ то "услужно" :) ради), па тек онда обновити фајл на YFULL-u?
И да честитам унапређење у Gruppenführer Project Administrator FTDNA :)
Не знам да ли Dante Labs ради услужно поравнање за резултате других компанија. YSEQ је имао ту врсту услуге за било чије FASTQ фајлове, али нешто не могу да нађем сада ту услугу на њиховом сајту (могуће да су привремено склонили, јер је јако захтевна по питању рачунарских ресурса - вероватно су претрпани захтевима, T2T је сада "hype" што би рекли Енглези).Половично тачно, нашли су ми један снип одличног квалитета на нивоу FT25902 и један приватни одличног квалитета на нивоу ФТ176119, ја и Видовић, тако да ако Видовић буде негативан онда ће процена старости порасти. А мислим да су Војнићу нашли и више него мени тако да ће до промена сигурно доћи.
Међутим, у твом случају, мишљења сам да поравнање на T2T нема смисла радити. Као што и Big Y-700 whitepaper наводи, ово није WGS већ NGS тест, који у старту не циља цео Y хромозом, већ се пре самог секвенцирања "аплификују" циљани делови Y хромозома, релевантни за генеалогију:
(https://i.postimg.cc/5NHc9ghn/image.png)
Другим речима, мислим да је практично немогуће да поравнање Big Y-700 резултата на T2T извуче неки SNP који Big Y-700 већ није ухватио.
Чак и код људи који су урадили WGS тест, T2T поравнање неће суштински променити слику стабла гранања људских лоза у односу на ово садашње стабло конструисано на основу Big Y-500, Big Y-700 или WGS тестова (нико неће испасти другачија хаплогрупа него што је сада). Заправо, мислим да је све што се може десити:
1) Да се појаве неки нови обједињујући снипови, који ће здружити одређене подгране на до сада невидљивом међу-нивоу (јер је обједињујући SNP немапиран у GRCh37/GRCh38 референтним геномима)
2) Може испливати још покоја приватну варијанта (новел)
Другим речима, T2T има потенцијал да покаже "раскошније" стабло, са више детаља. Показаће се гранања мушких лоза, у "већој резолуцији", односно видеће се више међу-нивоа између хаплогрупа, што је рецимо насушно потребно код I2-PH908, где има 18 подграна директно испод I-PH908.
Углавном, да се вратимо на FTDNA... По мом мишљењу то је убедљиво, без икаквог премца, најозбиљнија и најпрофесионалнија фирма у домену патрилинеалне генеалогије и сигурно су свесни да су неконкурентни и ценом и технолошки у поређењу са комбинацијом WGS + YFull.
Имам осећај да ће ускоро понудити WGS тест са T2T поравнањем (Big Y-1000?), обзиром да већ експериментишу са T2T тестовима на свом стаблу. Надам се само да ће сви који имају сачуван узорак код њих моћи уз неку разумну накнаду да га надограде на WGS T2T тест.
Половично тачно, нашли су ми један снип одличног квалитета на нивоу FT25902 и један приватни одличног квалитета на нивоу ФТ176119, ја и Видовић, тако да ако Видовић буде негативан онда ће процена старости порасти. А мислим да су Војнићу нашли и више него мени тако да ће до промена сигурно доћи.
Из Big Y-700 резултата нађени толики нови снипови?! Хмм, морам признати да сам врло изненађен. Како сте иначе поравнали своје Big Y-700 BAM фајлове са T2T референтним геномом?Поравно их је Yfull само сам проследио линк и платио услугу. Можете да видите на грани да је извучен са Т2Т.https://www.yfull.com/live/tree/I-A20333/
Поравно их је Yfull само сам проследио линк и платио услугу. Можете да видите на грани да је извучен са Т2Т.https://www.yfull.com/live/tree/I-A20333/
Да, да, гледам управо... Хвала на корисним информацијама, из личног искуства!Нема на чему, сад ме само мучи питање да ли ово спада у коначне анализе или ће бити још овога, ипак су ово комерцијалне компаније. И да, цена заиста није висока за ваљану информацију.
Очигледно су BAM фајлови ипак садржавали и солидан број GRCh38 немапираних сирових очитавања која су уваћена чак и из неамплификованог дела Y хромозома. По "растурању" BAM фајла од стране YFull па поновног мапирања по T2T овог пута су "легли на своје место" и могли да буду идентификовани.
Врло интересантно, углавном читам другачија искуства на нету (ни један новооткривени SNP) чак и из WGS резултата.
Не знам шта бих рекао, заиста 20-ак EUR није тако страшна доплата на YFull за T2T поравнање чак и за Big Y тест, ако постоји шанса да и ту исплива неки нови SNP.
Y514805 level I-PH908 <-> I-S17250 newОнда је овај снип испод нивоа PH908 јер га нису мени очитали.
Изволите браћо, од мене нови снп ;D
4 звездице!
Готов ми је т2т апгрејд.
Онда је овај снип испод нивоа PH908 јер га нису мени очитали.
Биће доста таквих SNP-ова који неће бити очитани другима који су такође радили T2T upgrade. Колико сам видио тај SNP није очитан још некима који су радили T2T што ће доста усложнити његово тачно позиционирање на стаблу.Видим и ја да је конфузна ситуација. Т2Т можда може направити цепање код млађих грана.
Иначе, овај T2T upgrade ће највећу употребну вриједност имати код оних нивоа који су одређени само једним SNP-ом, а на том нивоу постоји доста оних који су звјездица. Класичан примјер је ситуација са I2-PH908.
У осталим ситуацијама, неће пуно ствари промијенити, било да ће додати још SNP-ова на постојеће нивое који већ имају велик број SNP-ова или код новела, само ће још додати већи број новела.
Провјеравао сам сад неке од T2T SNP-ова код неколицине наших PH908 са српске YFull групе. Некако ми се чини да ни сам YFull није све те нове SNP-ове филогенетички посложио. Рецимо, нови SNP Y501559 који је откривен кориштењем нове T2T референце, присутан је у позитивном читању и код Лазовића који је FT16449 и код Жупана који је FT14506, међутим Yfull га је код Лазовића ставио на ниво I-MF4021, а код Жупана на ниво I-A13912. Што наравно не може да буде. Код Петровића који припада грани I-Y93865 овај SNP није излистан у Upgrade, али Петровић има једно негативно читање на овом SNP-у. Уколико бисмо Петровића сматрали негативним на Y501559, то би значило да би Y501559 био нови SNP који обједињује FT16449 и FT14506, и могуће још неке гране.
Али YFull би требао то да провјери, сравни и прекомпонује стабла, јер једино они имају пуну информацију.
Многи испод ПХ908 нису позитивни на Y514805, погледајте сами.
Погледао сам ове којима ја имам увид, и ниједном од њих није очитана позиција Y514805. То не значи да су негативни.
Ovi moji ispod FT277965 imaju taj snp pod Assumed shared, a imaju ga i drugi pod drugim granama PH908, ali ne svi.
Тачан статус на тај SNP могу знати само они који су урадили T2T поравнање, попут тебе, а таквих је још увијек сразмјерно мало. Међутим чак и код таквих постоји могућност да та позиција није очитана, што зависи од покривености њиховог генома. Већ написах да таква ситуација постоји код неколицине PH908 који су већ урадили T2T поравнање. Имајући то у виду, мислим да ће се за конкретно тај SNP тешко сазнати филогенетичка позиција.
Converting position from Hg38 to T2T using official chains does not give the correct result for some SNPs.(Јавља YFull тим.)
Not always, but we can fix it in most cases by manually searching for the correct position.
We have corrected this situation for FGC22046 and Y3662.
We will look at the situation with BY29654 a little later.
Треба обратити пажњу и на ово...(Јавља YFull тим.)
Hello Dragan,
This page displays the SNP location current at the time of analysis. For this reason, it is better to look at the location of the SNP in the tree using the "search" button.
As more samples are updated in T2T, the location of the SNP changes, becoming more accurate.
In this case, SNP Y501559 is located in subclade I-M423.
Best regards, Tatiana
YFull Team
Писао сам им са молбом да појасне неконзистентно позиционирање истог SNP-а, код различитих људи. Ево одговораДрагане, хвала ти што постављаш одговор овдје. Сигурно ће бити још "зашто ово и зашто оно"/питања од мене за Yfull али да видим прво како све изгледа кад буде готов Т2Т за Ђурђића (на истој грани као ја), и кад буду апдејтовали онај "Age estimation" и "YTree revision" (што тренутно није доступно).
Bonjour , combien de temps ca met pour les resultats de la nouvelle mise a jour svp . Merci
Bonjour , combien de temps ca met pour les resultats de la nouvelle mise a jour svp . MerciМени је трајало 14 дана, а Ђурђићу 12 дана, управо је и он одкључао Т2T.
Да ли је неко радио надоградњу на Т2Т код Дантеа? Ја сам наручио пре две недеље, стигла ми је потврда на мејл...и апсолутно ништа после тога, никаква инструкција, информација, ништа. Писао сам им два пута, без одговора. Претпостављам да је везано све за њихово свеопште закрчење, али, рекох, да проверим да ли неко овде можда зна више.
Јесам ја, три пута. Први пут су ми послали пар дана по поруџбини мејл и питали за који кит сам поручио T2T поравнање (пошто под истим налогом имам 5-6 китова)?
Код друге и треће поруџбине пут сам ја превентивно одговорио на онај мејл са потврдом куповине и дао им податке да се поруџбина број <тај и тај> односи на кит <тај-и-тај>. Иначе, прво поравнање су завршили за неких 7 дана, друго је трајало добрих 15 дана, а треће сам јуче тек поручио па ћемо видети за колико ће да заврше.
Иначе, како можете проверити да ли су започели процес поравнања - FASTQ фајлови које није било могуће преузети ако сте се давно тестирали (јер су премештени у "хладно складиште" на Амазону), после 2-3 дана од потврде поруџбине постану поново доступни за download. То значи да им је Амазон "одмрзнуо" FASTQ фајлове, који су им потребни за T2T поравнање.
Ја сам резултате добио прошле године, сви фајлови су ми и даље ту. Сачекаћу још, само сам хтео да проверим овде друга искуства, јер никакав одговор не добијам од њих. Написао сам за који је кит прошле недеље, можда само не одговарају због гужве
Па фајлови јесу и даље ту, али након неколико месеци више нису доступни за преузимање (они баш велики фајлови - BAM и FASTQ). Ако се кликне на дугме "Download" обично искочи оваква порука о грешци:
(https://i.postimg.cc/59CPTMmf/image.png)
Ако вама и даље ради преузимање BAM/FASTQ фајлова, годину дана од окончања секвенцирања, то је врло редак случај.
Иначе, немају обичај ни да јаве да је поравнање завршено (тј. први пут су јавили 7 дана након што сам ја већ видео да је завршено). А да је завршено, видите тако што се појави гомила фајлова са ознаком T2T у називHvala Dragane na informaciji.
Делимичним поравнањима по најмлађој грани нигде нећемо стићи ако најближи из гране,назовимо га парњак, не поравна своје резултате на Т2Т. Тако да естимација опет неће бити исправна. Временом ће се то испеглати али у овом моменту није озбиљна уколико ваш парњак није учинио исто. Пластично, ја сам поравно на Т2Т али Видовић није,естимација је отишла са 425 на 500, питање је шта би било да је и он поравно.
Па добро, тако је то, неко мора први да "повуче" :)Стрпљен спашен😊
Поравнањем на T2T референтни геном типично исплива гомила нових SNP-ова. Лавовски део су заправо само нови дефинишући снипови за већ постојеће гране, али постоји потенцијал и да се открију нови обједињујући снипови за две или више постојећих грана, или да се открије приватна мутација (новел). Ово последње је, чини ми се, најмање вероватно.
Свакако T2T има потенцијал да побољша "резолуцију" стабла и да омогући веродостојније процене старости, само треба бити стрпљив да довољан број људи надогради своје резулате.
Што се тиче надградње за кориснике који су се тестирали преко фирме Nebula Genomics, немам личних искустава са њима, па ако је неко надограђивао свој Nebula WGS резултат на T2T, позивам га да напише овде како је то урадио.Dao sam YFullu pristupne podatke za moje naloge kod Nebule , i ovi iz YFulla su sve odradili.Isto tako i za FTDNA.
Оно што сам негде прочитао на интернету јесте да су већ неко време сви нови резултати WGS тестова код Nebule "фабрички" већ поравнати са T2T референтним геномом, тако да се ово питање заправо односи само на старије тестове.
Нова верзија програма WGS Extract која ускоро треба да буде објављена, требало би да има подршку и за обраду T2T BAM фајлова.
Упутство за YFull надградњу на T2T zа онe који су се тестирали преко фирме Dante Labs.
Идите на следећи линк и поручите надградњу на T2T:
https://us.dantelabs.com/products/alignment-to-t2t
Одмах по куповини, стићи ће вам аутоматски мејл са потврдом куповине од корисничке подршке фирме Dante Labs. Како бисте скратили процедуру, одмах одговорите на мејл и реците за који серијски број кита треба урадити надградњу на T2T (у супротном, чекаћете неколико дана да вас они то пита...
Ако се корисник прво улогоје на свој налог па онда поручи надоградњу не треба ништа да шаље мејлом.
Sent from my SM-A528B using Tapatalk
Упутство за YFull надградњу на T2T zа онe који су се тестирали преко фирме Dante Labs.
Идите на следећи линк и поручите надградњу на T2T:
https://us.dantelabs.com/products/alignment-to-t2t
Одмах по куповини, стићи ће вам аутоматски мејл са потврдом куповине од корисничке подршке фирме Dante Labs. Како бисте скратили процедуру, одмах одговорите на мејл и реците за који серијски број кита треба урадити надградњу на T2T (у супротном, чекаћете неколико дана да вас они то питају).
После 2-3 недеље, надградња ће бити завршена и у одељеку Reports > Raw Data Library на сајту https://genome.dantelabs.com, појавиће се група датотека које у имену имају T2T.
За слање на YFull је потребан само BAM фајл:
(https://i.postimg.cc/0ysm5qP4/image.png)
Dante Labs нема могућност да направи јавни линк до T2T BAM фајла који можете пејстовати на YFull, тако да се "достава" на YFull може урадити на неки од следећа два начина:
1) Пошаљете мејл на [email protected], обавезно са адресе који сте користили за регистрацију налога на YFull, доставите им своје корисничко име и лозинку за https://genome.dantelabs.com и замолите их да сами преузму T2T BAM фајл (обавезно нагласите и за који YFull кит, да би се избегли неспоразуми).
2) Други начин је да ви преузмете T2T BAM фајл (величине је око ~50GB, па преузимање уме да потраје неколико сати), ставите га на свој Google Drive, OneDrive или Dropbox и генериште јавни линк за дељење фајла. Онда приликом поручивања на YFull (видети претходну поруку на форуму) пејстујете линк до T2T BAM фајла који је сада на вашем личном диску "у облаку".
Када надградња на T2T буде завршена, добићете мејл од YFull и онда можете платити услугу, чиме ће цела процедура бити завршена и ваш T2T поравнати резултат ће се појавити на стаблу.
Да, најбоље је одмах поручити надградњу на T2T, па oдмах послати T2T BAM на YFull јер мислим да ће тада YFull наплатити само иницијалну анализу од 45 EUR a имаћете на стаблу T2T резултат.
Ако прво пошаљете Hg19 поравнати BAM фајл, онда ће сигурно бити потребно да се доплаћује надградња на T2T и онда ће укупна цена бити 45 EUR + 25 EUR.
Додатни разлог да се одмах поручи поравнање је то што Dante Labs оставља рок од око месец дана од завршетка секвенцирања да се преузму сирови разултати. После тога, фајлови иду у "cold storage" на Amazonu. Ако после замрзавања накнадно поручи T2T поравнање, "одмрзавање" FASTQ фајлова уме да poтраје неколико дана, па процес поравнања на T2T траје дуже.
Хвала.
Сад ми паде на памет још једно питање: Да ли из Т2Т фајла могу да се ваде подаци за аутосомалну анализу, или то може да се уради само из Hg19?
За "чупање" аутозомалних фајлова помоћу програма WGS Extract оптималан је Hg19 BAM, али он свакако остаје доступан за преузимање, упоредо са T2T BAM фајлом.
За "чупање" аутозомалних фајлова помоћу програма WGS Extract оптималан је Hg19 BAM, али он свакако остаје доступан за преузимање, упоредо са T2T BAM фајлом.
Хвала Драгане на детљном упутству.
Дакле, колико сам схватио и ми који смо радили BigY500 можемо да одрадимо поравњање на T2t?
Па ваљда, није згорег пробати...
Ја сам био скептичан и око поравнања Big Y-700 BAM фајлова на Т2Т, али испаде да то ипак има смисла.
Big-Y BAM фајл изгледа укључује у себи и солидан број непоравнатих сирових очитавања, која су остала немапирана на Hg38 референтни геном. Поравнањем са T2T геномом, таква сирова очитавања "легну" на своје место, а међу њима се онда открије и понеки нови T2T специфичан SNP.
Да ли ФТДНА ради поравнавања на Т2Т за већ постојеће ресултсте (и да ли то сад аутоматски укључује у нове) или ће и за то да траже коју парицу?Рекао бих да резултати и стабло ФТДНА већ садрже Т2Т резултате, без икакве доплате.