Постоји више подгрупа ове хаплогрупе, па ћемо их укратко представити.
H1
обухвата добар део западновропске мтДНК, достижући свој локални максимум међу савременим Баскијцима (27,8%), а појављује се у високој фреквенцији на Иберијиском полуострву и на северу Африке . Њена фреквенција је изнад 10% у многим другим деловима Европе (Француска, Сардинија, Британска острва, Алпе, велики делови источне Европе), а изнад 5% на готово свим континентима. Њена H1b подгрупа је најчешћа у источној Европи и западном Сибиру. До сада, највећа учесталост хаплогрупе H1 од 61% је пронађенa међу Туарезима на југуЛибије.
H3
је мање заступљена у Европи од H1, али има сличан расподел међу Баскијцима (13,9%), Галицији (8,3%) и Сардинији (8,5%). Њена фреквенција опада ка североистоку континента. Истраживања су показала да хаплогроупа H3 има велики степен заштите против прогресије АИДС-а.
H4
Се довољно често среће у Шпанији и Португалији.
H5
Вероватно је настала пре 11500 година у западној Азији, где има највећу варијансу (подручје Кавказа) . , али њена субцладе Х5а има јачу заступљеност у Европи, иако на ниском нивоу. Нешто је заступљенија у Европи са својом граном H5a али је опет реч о малим процентима.
H11
се обично може наћи у Централној Европи.
H18
Карактеристична за Арабијско полуострво.
H20 и H21
Обе ове хаплогроупе се могу наћи у рејону Кавказа. H20 се такође појављује у малом проценту на Иберијском полуострву (мање од 1%), Арапског полуострву (1%) и Блиском Истоку (2%).
H2, H6 и H8
Се углавном налазе у источној Европи и на Кавказу. Може се наћи по централној и западној Азији. H2a5 је до сада једино пронађена међу Баскима.