Аутор Тема: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах  (Прочитано 10004 пута)

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1135
Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« послато: Март 23, 2014, 06:41:16 пре подне »
Видѣх да се на мрежи могу наћи цртежи гдѣ се хромозомомъ, односно их дѣлићемъ покушава одредити порѣкло, то йест област свѣта одакле потичу. Виђах доста таквих цртежь из рачунарскога поступка Дага Мекдоналда.  Пошто имам доста скинутих и спремљених података, окушах се и я у том.

Напомињем да йе овакав задатак у општем случайу немогућ, йер само Бог зна одакле йе наслѣђен койи СНП са ма койега хромозома. Врло су рѣтки они за койе се може тачно утврдити порѣкло, односно изворно становништво. Код найвећега броя их ми можемо само покушати утврдити одакле они найвѣроватнийе потичу. Разлогъ томе йе више, йедан йе што се исте врѣдности найвећега броя СНПова могу наћи у разних становништава, йедино се разликуйу по учестаностих од области до области. Други велики недостатак и отежавайућа околност йе што ми у добийених исходах од ФТДНА или 23АндМе не знамо коя од двѣйу врѣдностий потиче са койега хромозома. Йер свако има по два бесполна хромозома исте врсте, по йедан од родитеља "йедан" и од родитеља "два" (ради политичке исправности не користим прѣвазиђене рѣчи "отац" и "мати", како се не бише уврѣдили педери и тужили ме, ако койим случайем налете овамо и прочитайу мойе писанийе). Примѣра ради, ако на извѣстном СНП-у имамо стање "АТ" а на њему сусѣдном рецимо "ГЦ", ми не знамо йесу ли на истих хромозомах редом "АЦ" и "ТГ" или су "АГ" и "ТЦ". Ово додатно отежава одређивање найвѣроватнийега порѣкла. Трећа отежавайућа околност йе што у стварности три СНПа на истом хромозому а врло блиска по положайу стварно могу потицати из разних областий, а све због случайне природе их прѣспаяња током стотина поколѣний.

Но, без обзира на све ове тешкоће и нейеднозначност задатка, ипак се некаква процѣна може урадити, боља или лошия. И я написах рачунарски поступак койи тако нешто и покушава, койи на основу разлика у учестаностих СНПова у различитих становништава покушава одредити койему становништву йе койе парче задатих хромозомъ найсличнийе.

Ево како изгледа дѣо улазнога спремишта, где се налазе подаци за око 300к СНПова:

rs9442372,1,1008567,0.61922834115185199000,AB,0.54807692,0.53246753,0.82710280,0.58163265,0.61392405,0.86559140
rs3737728,1,1011278,0.62855386926684997000,AB,0.69871795,0.74350649,0.89719626,0.77040816,0.82911392,0.88709677
rs6687776,1,1020428,0.66002881661182400000,AB,0.84294872,0.76298701,0.84112150,0.80102041,0.53164557,0.86021505

И ево неколиких исходъ.

Први йе лик из Корейе. Скоро све йе прѣдстављено машћу Источне Азийе, као што йе и очекивано. Пакистански одсѣчак на шестом хромозому йе вѣроватно шум, йер се налази на дѣлу са рѣткима СНПовима.



Затим HGDP01028, Банту из Йужне Африке. И овдѣ се добия све намазано машћу подсахарске Африке.



Е сада иде нешто тежи случай, вѣштачки направљен мѣшанац горње двойице, Кореянца и Бантуа. И добия се очекиван исход. Поступак у овом случайу нема тешкоћа са шумовима, йер су ова два становништва изузетно генетски различита, те их нѣйе тешко разликовати и добро процѣнити порѣкло одсѣчака.



А сада тежи случайи, Европљани.
Прво иде Оркадияц HGDP00794, затим моя маленкост и на крайу йедини албански узорак у мойем посѣду. Оно што се уочава у њих, а нарочито у послѣдње двойице йе постояње множества кратких одсѣчака, койи могу али не морайу бити шум. То йе дѣлимично послѣдица давнашњега мѣшања становништва Европе прѣ свега са Блискоисточњацима, али и са другима. Други разлог су прилично мале разлике између Европе и Блискога Истока, што отежава их разликовање. Сасвим йе могуће да пойедини овакви врло кратки одсѣчци, често дуги само неколико десетина СНПова, стварно потичу са другога края земље, од прѣ ко зна колико тисушт година. Но, шума има свакако, и трудићу се побољшати и усавршити свой поступак, ово йе тек почетак његовога развоя.







Йедан од послова койи ми прѣдстойи йе избацити из прорачуна дѣлове хромозомъ гдѣ су "центромере" (шта год то било) и дѣлове где су СНПови рѣтки, односно на великом одстояњу йедан од другога. Йер су ту било какви исходи непоуздани (ако не и безсмислени) и обично прѣдстављайу шум. Такав шум йе рецимо на албанском узорку, гдѣ се на почетку 14-га хромозома налази велики "амерички" одсѣчак, или у мене велико парче источне Азийе на почетку 13-га хромозома. А пошто су ту центромере, они су безсмислени. Иначе, пойедини амерички одсѣчци у европских становништава не морайу прѣдстављати грѣшку, йер могу у ствари потицати из Сибира, са койима генетске везе имайу и Европљани и Америчани.
Оно што я назвах овдѣ Йужном Азийом су у ствари узорци из Пакистана, и то из области зване Гедрозия (генетски доста блиске са Блиским Истоком), за койу многи рачуначи Додекада дайу знатан утицай на Европу, нарочито западну (и по више од 10%). Индийске узорке йош немам, али се надам да ћу их наћи, на койих у будућности првенствено намѣравам засновати податке Йужне Азийе.

Напомињем да су другом, тамнийом машћу прѣдстављени дѣлови гдѣ добиям мању вѣроватноћу, значи да су мање поуздани од осталих (што не значи да су остали много поуздани).

Ево и примѣра исхода Дага Мекдоналда, од човѣка из Казахстана. Овдѣ се виде посебно обѣлежени дѣлови са центромером и рѣткима СНПовима. Он, очигледно, много боље излази на край са кратежима и шумовима од мене, а мора се признати и да изглѣда лѣпше. Изгледа ми чак да йе његов поступак прављен с намѣром да се "испеглайу" врло кратки одсѣчци. Можда са циљем да се тежиште прѣбаци на порѣкло скорийих прѣдака, из послѣдњих десетак колѣн?


Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1135
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #1 послато: Март 23, 2014, 04:11:04 поподне »
Ево исходъ йош четрийу "гатања".

Први йе Словенац, йедини койега имам. Бѣях изненађен, видѣвши колико йе исход по учестаности областий сличан мойему. Очекивах да ће бити знатно мање Блискога Истока, йер йе исти овай узорак на ПОС (ПЦА) прорачунах доста "сѣвернийе" од србскога грозда. Ми смо тамо одмах испод мађарскога грозда, а он йе одмах изнад њега.



Ево и Турчина. Нѣйе од Турака Бехара из Кападокийе коришћених мноме у ПОС прорачунах. Мислим да йе знатно западнийе, могуће из Истанбула. Овдѣ йе примѣтно знатно веће учешће Источне Азийе него ли у Европљана, што йе у складу са повѣшћу и са другима генетскима показатељима. Евролики одсѣчци су присутни у знатном обиму.



Ево сада и Финца. И овдѣ йе осѣтнийе учешће Источне Азийе него ли у осталих Европљана мноме приказаних, што йе опет очекивано. Док йе учешће блискоисточних одсѣчака смањено, што йе такође очекивано.



И на крайу поданик племена Ал Сауд. Примѣтно йе знатно учешће подсахарске Африке (што йе већ познато из других прорачунъ, рецимо на рачуначих Додекада). А Источне Азийе има знатно мање него ли у Турчина или Финца.



На добийених сликах се може примѣтити да мой поступак често има тешкоћа разликовати различита порѣкла на истих парчићих на истих хромозомах. Рецимо на пуно мѣст и горе и долѣ имам по парче са Блискога Истока гдѣ около прѣовлађуйе Европа. То йе нарочито изражено где трѣба направити разлику између Европе и Блискога Истока, а у мањой мѣри и са Йужном Азийом. Мислим да се то догађа због малих разлика у их генетици, односно у учестаностих СНПова. Мораћу се мало потрудити како бих побољшао прѣпознавање и у оваквих случайих.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1135
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #2 послато: Август 03, 2014, 05:29:44 поподне »
Прво се извињавам читаоцемъ за приврѣмено затрпавање найсвѣжийих порука на разговаралишти бройними великими сликами. :)

Послѣдњих недѣља дорађивах мой рачунарски поступак за прѣдвиђање порѣкла одсѣчака на хромозомах. Мислим да йе сада поступак доста унапрѣђен, поузданийи и без ранийе откривених грѣшака. Приступ йе значайно промѣњен те на сваком дѣлићу хромозома приказуйем вѣроватноће порѣкла из задатих областий. Пошто задатак койи покушавам рѣшити нѣйе йеднозначно одређен (као што су, рецимо, рачунске радње сабирања и множења), има више могућих рѣшењ а тешко йе одредити койе йе рѣшење боље а койе лошийе. Због тога поступак има неопходан улазни податак Ш, койиме се управља грубошћу односно подробношћу испитивања. За мање врѣдности Ш-а поступак йе осѣтљивийи, могу се открити краћи одсѣчци припадайући разним извориштним областим, али йе такође и далеко подложнийи шуму. Насупрот томе, за већи улазни податак Ш се добия мање шума, али многи краћи одсѣчци остайу непримѣћени, односно утапайу се у околину. Досадашњим испитивањем дођох до закључка да су исходи найкориснийи за Ш у опсегу од 150 до 250. Наредни примѣри сви користе учестаности СНПова Рачунача Додекада К7б, пошто он има само 7 становништава. Наравно, поступак може користити улазне податке учестаностий СНПова и за друге рачуначе Додекада, као и за мойе, али я овдѣ баратам само са К7б-ом, ради йеднообразности.

Прво ћу, увида ради, дати прорачуне над мойим узорком (узорком Невскога) са разнима улазнима подацима Ш, редом са врѣдностима 20, 50, 100, 150, 200 и 250. Ту се може видѣти да постотак Атлантик-Балтика у мене са порастом Ш-а расте од 29.9% (за Ш=20) до 57.71% за Ш=250. Тачна моя врѣдност Атлантик-Балтика за К7б йе 60.51%, док разлика до овога постотка прѣдставља шум (поступак прорачуна измѣшаности йе йеднозначан, и я имам свой рачунарски поступак койим се то рачуна, чийи се исходи поклапайу са Додекадовима). Исто тако йе видљиво да са порастом Ш-а у мене опада постотак Африке и Источне Азийе и примиче се правим врѣдностим 0.0% односно 0.17%. слично йе и са осталима становништвима, што йе Ш веће одступања су мања.














Ево и мойега узорка за Ш = 250, али поравнатога, тако да изгледа уреднийе и "лѣпше" за око, као што йе радио Даг Мекдоналд. До душе, овако се губи доста од података. А и не ради баш савршено. Мораће се мало боље подесити поравнавање.



А сада ћу дати неколико узорака из разних народъ. Сви су срачунати са Ш = 250.

Оркадияц:



Финац:



Словенац:



Албанац:



Турчин:



Поданик породице Ал-Сауд:



Посебно йе занимљив исход за Каритияну, домородца бразилских прашума. Пошто К7б нема америчке Индиянце за узорно становништво, њему найвећим дѣлом додѣљуйе Сибир, па затим Источну Азийу. Њему йе и Атлантик-Балтик значаян, цѣлих 10.9%, што прѣдставља одйек давнашњих веза древних Сибираца са становништвом сѣверне Европе (то нѣйе послѣдица новийега мѣшања, пошто му йе учешће срѣдоземне генетике готово непостойеће, само 0.06%).



А ево и Кореянца, у койега йе видљиво значайно учешће Сибира, поред прѣовладавайуће генетике Источне Азийе.



А затим иде Банту из Йужне Африке, и потом његов вѣштачки мѣшанац са Кореянцем.
 




На крайу мала напомена. Пойединости ових исходъ ми не трѣбамо узимати здраво за готово, односно не трѣбамо бити увѣрени да йе све тако као што се добия. Ми не можемо знати потиче ли койе парче стварно из области чийом машћу йе премазано, односно не можемо бити увѣрени ради ли се о тачном податку или о шуму. Овдѣ се ипак ради само о вѣроватноћах, срачунатих на основу задатих учестаностий СНПова у разних областих свѣта и на основу улазнога податка Ш задуженога за "грубост" рачунице. Одакле стварно потиче койе парче наших хромозомъ зна само Бог на небесих. А ми можемо само нагађати, и покушавати понешто срачунати.

Поступак провѣрих на тройци: дѣте и двойе његових родитељ, из иностранства, за разне Ш-ове. Тако за сваку неуобичайену мрљу на дѣтету тражах извор на родитељих. Већини нађох извориште, али неким не, што би могло значити да такве чине шум, добивен несрећним спойем СНПов добийених од родитељ койи личи на нешто треће. Но, и то йе могуће.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1135
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #3 послато: Мај 25, 2015, 06:45:57 поподне »
Изражавам свойе найоштрийе негодовање поводом прѣправљања мойега чланка уредитељем Порѣкла и избацивања слов Ѣ, Й, Я и Ъ , а нарочито због убацивања нѣмачке латиничне йоте умѣсто нашега слова "Й".

http://poreklo.rs/srpski-dnk-projekat/slikovit-prikaz-porijekla-odabranih-naroda-svijeta/

Не схватам како га нѣйе мрзело да онолико писанийе мноме послато прѣправља и ятовицу замѣњуйе ийекавицом.
Срећом, слова Ѣ, Й и Я осташе на сликах, њих не могаше промѣнити.


Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Јовица Кртинић

  • Помоћник уредника
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4187
  • Нема ни могућег ако не желимо немогуће!
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #4 послато: Мај 25, 2015, 09:42:27 поподне »
Извињавамо се, Невски, много се извињавамо. Важно је да држимо до ћирилице и да се сви добро разумемо.

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #5 послато: Јун 04, 2015, 05:47:38 поподне »
Eurogenes K=11
Укупан исход тројице Срба Пречанa (GEDmatch):

28,9 - North Atlantic
23,3 - South Baltic
19,5 - Mediterranean
13,0 - Caucasus
10,7 - Volga - Ural
  4,1 - SouthWest Asian
  0,2 - South Asian
  0,1 - N.AmerIndian + Arctic
  0,1 - West African
  0,0 - East Asian
  0,0 - Siberian


Eurogenes K=12
Укупан исход тројице Срба Пречанa (GEDmatch):

20,5 - South Baltic
18,7 - North Sea
18,4 - Mediterranean
16,1 - Western European
12,6 - Caucasus
  9,3 - Volga - Ural
  3,9 - SouthWest Asian
  0,2 - South Asian
  0,1 - N.AmerIndian + Arctic
  0,1 - West African
  0,0 - East Asian
  0,0 - Siberian

MDLP K5
Укупан исход тројице Срба Пречанa (GEDmatch):

40,4 - West Eurasian
32,9 - Paleo Mediterranean
23,8 - Caucasian
  2,5 - South Asian
  0,3 - East Eurasian
Икавац

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #6 послато: Јун 05, 2015, 01:28:27 поподне »
Генетичка измешаност по хромозомима.



« Последња измена: Јун 05, 2015, 01:32:23 поподне . »
Икавац

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #7 послато: Јун 06, 2015, 11:30:29 поподне »
МДЛП К23б (Magnus Ducatus Lituaniae Project) којим управља Вадим Веренич:

Обухваћене су 23 светске популације, а због велике распршености постотака која је присутна код Срба, овде нисам узимао у обзир оне који су испод 3%. Разлог је једноставан...већина је испод 1 процента и могу представљати и статистичку грешку или рачунач једноставно урачунава људима са потпуно европским пореклом неку десетинку постотка АмерИндијан популације насталу због њиховог мешања са Европљанима у последње време.
Дакле, исход 12-орице Срба (већином Пречана):

34.79 - Еuro. Hunter Gatherers (Европски ловци-скупљачи)
31.95 - Caucasian (Кавкасци)
18.75 - Euro. Early Farmers (Први европски фармери)
  4.64 - Near East (Блиски исток)
  3.19 - South Central Asian (претпостављам простор сев. Индије, Ирана...)
Прва ''испод црте'' је Ancestral Altaic са 2.19%

У мом случају, одређивање етничке припадности је јако добро:
1 Serb_Serbia @ 2.926722
2 Montenegrian @ 4.937931
3 Serb_BH @ 5.230906
4 Croat @ 5.722229
5 Bosnian @ 6.139845
6 Hungarian_Budapest @ 7.083611
7 Austrian @ 7.160007
8 Macedonian @ 7.692810
9 Hungarian @ 7.948168
10 Croat_BH @ 8.163259
11 Slovenian @ 8.421878
12 Bulgarian @ 8.505848
13 German_East @ 9.073119
14 Czech @ 9.804723
15 German-Volga @ 9.807776
16 South_German @ 10.840279
17 Dutch @ 12.067258
18 North_German @ 12.434723
19 Slovak @ 12.615900
20 Swede_Saami @ 12.961674
Очигледно Јужни Славен близак средњеевропским народима, нису ми далеко ни различите германске скупине.

Ако се узму у обзир 4 популације са највише поклапања:
Using 4 populations approximation:
1 Frisian + Greek_Macedonia + Russian-West + Serb_Serbia @ 1.365257
2 Belgian + Greek_Macedonia + Russian-West + Serb_Serbia @ 1.416927
3 Belarusian-East + Central_Greek + Dutch + Serb_Serbia @ 1.465168
4 Belarusian-East + Frisian + Greek_Macedonia + Serb_Serbia @ 1.478909
5 Frisian + Greek_Macedonia + Russian_North + Serb_Serbia @ 1.479815
6 Frisian + Greek_Macedonia + Russian_South + Serb_Serbia @ 1.481571
7 Central_Greek + Dutch + Russian_South + Serb_Serbia @ 1.486585
8 Dutch + Greek_Macedonia + Russian-West + Serb_Serbia @ 1.487384
9 Balt + Central_Greek + German-Volga + Serb_Serbia @ 1.530666
10 Dutch + Greek_Macedonia + Russian_North + Serb_Serbia @ 1.536727
11 Central_Greek + Dutch + Russian-West + Serb_Serbia @ 1.543003
12 Dutch + Greek + Russian-West + Serb_Serbia @ 1.559497
13 Central_Greek + Dutch + Montenegrian + Russian-West @ 1.567995
14 Belarusian-East + Belgian + Greek_Macedonia + Serb_Serbia @ 1.569539
15 Central_Greek + Dutch + Russian_North + Serb_Serbia @ 1.573089
16 Belarusian-East + Dutch + Greek_Macedonia + Serb_Serbia @ 1.575230
17 Belgian + Greek_Macedonia + Russian_North + Serb_Serbia @ 1.576088
18 Bulgarian + Central_Greek + Russian-West + Swede @ 1.578979
19 Greek_Athens + Russian_North + Serb_Serbia + Swede @ 1.581300
20 Dane + Greek_Athens + Russian-West + Serb_Serbia @ 1.583781




« Последња измена: Јун 07, 2015, 10:28:22 пре подне . »
Икавац

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #8 послато: Јун 10, 2015, 07:22:02 поподне »


MDLP World-22 рачунач.
Узорак је 20 Срба с простора бивше државе.
Од предвиђене 22 популације, њих 16 је скупило укупно 1.69% што их не чини одвише значајним за нас. Зато сам узео у обзир само оне које имају макар 0.5% учешћа у генетичкој мешавини нашег народа те се зауставих на Индо-Иранцима са 0.8%. Прва популација ''испод црте'' је ''Samoedic'' са 0.34%, док ''Pigmy'', ''Indian'' и ''South African'' имају свега по 0.01% што је вероватно на нивоу статистичке грешке, а ''SubSaharan'' је на 0.00%.
« Последња измена: Јун 10, 2015, 07:26:27 поподне . »
Икавац

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #9 послато: Јун 25, 2015, 05:57:25 поподне »
4 Ancestors Oracle

Gaussian method.
Noise dispersion set to 0.33296

Using 1 population approximation:
1 BR2 @ 17.102057
2 IR1 @ 40.500621
3 Gokhem2 @ 42.52752
4 Hinxton3 @ 43.189192
5 Hinxton4 @ 44.762276
6 NE1 @ 46.851613
7 CO1 @ 49.199548
8 La_Brana-1 @ 59.058733
9 Sakilli @ 59.386438
10 Loschbour @ 59.72781
11 Motala12 @ 59.8187
12 Evens @ 63.299113
13 Yemenite_Jewish @ 69.992807
14 Ethiopian_Ari_cultivator @ 70.931037
15 Oetzi @ 71.823447
16 MA-1 @ 76.556259
17 Dai @ 94.321948
18 Stuttgart @ 94.641243
19 NE6 @ 98.884809
20 Anzick-1 @ 119.286015
22 iterations.

Using 2 populations approximation:
1 BR2+IR1 @ 9.536986
2 IR1+NE1 @ 10.083523
3 BR2+Hinxton4 @ 10.24967
4 IR1+Oetzi @ 10.966379
5 CO1+IR1 @ 10.989597
6 BR2+Hinxton3 @ 11.056595
7 IR1+Stuttgart @ 11.480063
8 Hinxton4+NE1 @ 11.484222
9 IR1+NE6 @ 11.924083
10 BR2+Yemenite_Jewish @ 12.206059
11 Hinxton4+Oetzi @ 12.294896
12 CO1+Hinxton4 @ 12.323201
13 Hinxton4+Stuttgart @ 12.394686
14 La_Brana-1+Yemenite_Jewish @ 12.581901
15 Hinxton4+NE6 @ 12.797609
16 IR1+Yemenite_Jewish @ 13.048802
17 Loschbour+Yemenite_Jewish @ 13.115696
18 Gokhem2+IR1 @ 13.231995
19 Hinxton4+Yemenite_Jewish @ 13.328657
20 Motala12+Yemenite_Jewish @ 13.38038
253 iterations.

Using 3 populations approximation:
1 50% La_Brana-1 +25% IR1 +25% NE1 @ 5.488034
2 50% Loschbour +25% IR1 +25% NE1 @ 5.74108
3 50% Motala12 +25% IR1 +25% NE1 @ 5.811186
4 50% IR1 +25% La_Brana-1 +25% NE1 @ 6.163988
5 50% IR1 +25% Loschbour +25% NE1 @ 6.172999
6 50% La_Brana-1 +25% IR1 +25% Stuttgart @ 6.254244
7 50% Loschbour +25% IR1 +25% Stuttgart @ 6.454292
8 50% Motala12 +25% IR1 +25% Stuttgart @ 6.464911
9 50% IR1 +25% Motala12 +25% NE1 @ 6.549282
10 50% IR1 +25% Loschbour +25% Stuttgart @ 6.970663
11 50% IR1 +25% La_Brana-1 +25% Stuttgart @ 6.984089
12 50% La_Brana-1 +25% IR1 +25% Oetzi @ 7.075051
13 50% Hinxton4 +25% Motala12 +25% NE1 @ 7.109361
14 50% BR2 +25% IR1 +25% NE1 @ 7.125183
15 50% La_Brana-1 +25% Hinxton3 +25% NE1 @ 7.153366
16 50% Motala12 +25% Hinxton3 +25% NE1 @ 7.238176
17 50% Loschbour +25% IR1 +25% Oetzi @ 7.263233
18 50% Motala12 +25% IR1 +25% Oetzi @ 7.271947
19 50% IR1 +25% Motala12 +25% Stuttgart @ 7.294686
20 50% NE1 +25% IR1 +25% Motala12 @ 7.318283
5313 iterations.

Using 4 populations approximation:
1 IR1+La_Brana-1+Motala12+NE1 @ 5.274571
2 IR1+Loschbour+Motala12+NE1 @ 5.28724
3 IR1+La_Brana-1+La_Brana-1+NE1 @ 5.488034
4 IR1+La_Brana-1+Loschbour+NE1 @ 5.54212
5 BR2+IR1+La_Brana-1+NE1 @ 5.676385
6 IR1+Loschbour+Loschbour+NE1 @ 5.74108
7 BR2+IR1+Loschbour+NE1 @ 5.790056
8 IR1+Motala12+Motala12+NE1 @ 5.811186
9 BR2+IR1+Motala12+NE1 @ 5.811575
10 IR1+Loschbour+Motala12+Stuttgart @ 6.035581
11 IR1+La_Brana-1+Motala12+Stuttgart @ 6.035915
12 Hinxton4+IR1+La_Brana-1+NE1 @ 6.054419
13 IR1+IR1+La_Brana-1+NE1 @ 6.163988
14 IR1+IR1+Loschbour+NE1 @ 6.172999
15 Hinxton4+IR1+Motala12+NE1 @ 6.217477
16 IR1+La_Brana-1+La_Brana-1+Stuttgart @ 6.254244
17 Hinxton4+IR1+Loschbour+NE1 @ 6.281585
18 IR1+La_Brana-1+Loschbour+Stuttgart @ 6.289971
19 BR2+IR1+La_Brana-1+Stuttgart @ 6.350539
20 BR2+IR1+Loschbour+Stuttgart @ 6.432127
21 BR2+IR1+Motala12+Stuttgart @ 6.437538
22 IR1+Loschbour+Loschbour+Stuttgart @ 6.454292
23 IR1+Motala12+Motala12+Stuttgart @ 6.464911
24 IR1+IR1+Motala12+NE1 @ 6.549282
25 BR2+IR1+La_Brana-1+Oetzi @ 6.660137
26 BR2+IR1+Loschbour+Oetzi @ 6.745321
27 Hinxton3+IR1+La_Brana-1+NE1 @ 6.753715
28 BR2+IR1+Motala12+Oetzi @ 6.760414
29 Hinxton3+IR1+Loschbour+NE1 @ 6.800013
30 Hinxton4+IR1+La_Brana-1+Stuttgart @ 6.859081
31 Hinxton3+La_Brana-1+Motala12+NE1 @ 6.887764
32 IR1+La_Brana-1+Motala12+Oetzi @ 6.896865
33 IR1+Loschbour+Motala12+Oetzi @ 6.903241
34 Hinxton3+Loschbour+Motala12+NE1 @ 6.939608
35 IR1+IR1+Loschbour+Stuttgart @ 6.970663
36 Hinxton4+IR1+Motala12+Stuttgart @ 6.976991
37 IR1+IR1+La_Brana-1+Stuttgart @ 6.984089
38 Gokhem2+IR1+Motala12+NE1 @ 6.992942
39 BR2+IR1+La_Brana-1+NE6 @ 7.037185
40 Hinxton4+IR1+Loschbour+Stuttgart @ 7.039933
12650 iterations.

Еврогени блогспот, употреба К15 Ancient Genomes рачунача.

Икавац

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #10 послато: Јун 25, 2015, 07:05:23 поподне »
4 Ancestors Oracle

Gaussian method.
Noise dispersion set to 0.33296

Using 1 population approximation:
1 BR2 @ 17.102057
2 IR1 @ 40.500621
3 Gokhem2 @ 42.52752
4 Hinxton3 @ 43.189192
5 Hinxton4 @ 44.762276
6 NE1 @ 46.851613
7 CO1 @ 49.199548
8 La_Brana-1 @ 59.058733
9 Sakilli @ 59.386438
10 Loschbour @ 59.72781
11 Motala12 @ 59.8187
12 Evens @ 63.299113
13 Yemenite_Jewish @ 69.992807
14 Ethiopian_Ari_cultivator @ 70.931037
15 Oetzi @ 71.823447
16 MA-1 @ 76.556259
17 Dai @ 94.321948
18 Stuttgart @ 94.641243
19 NE6 @ 98.884809
20 Anzick-1 @ 119.286015
22 iterations.

Using 2 populations approximation:
1 BR2+IR1 @ 9.536986
2 IR1+NE1 @ 10.083523
3 BR2+Hinxton4 @ 10.24967
4 IR1+Oetzi @ 10.966379
5 CO1+IR1 @ 10.989597
6 BR2+Hinxton3 @ 11.056595
7 IR1+Stuttgart @ 11.480063
8 Hinxton4+NE1 @ 11.484222
9 IR1+NE6 @ 11.924083
10 BR2+Yemenite_Jewish @ 12.206059
11 Hinxton4+Oetzi @ 12.294896
12 CO1+Hinxton4 @ 12.323201
13 Hinxton4+Stuttgart @ 12.394686
14 La_Brana-1+Yemenite_Jewish @ 12.581901
15 Hinxton4+NE6 @ 12.797609
16 IR1+Yemenite_Jewish @ 13.048802
17 Loschbour+Yemenite_Jewish @ 13.115696
18 Gokhem2+IR1 @ 13.231995
19 Hinxton4+Yemenite_Jewish @ 13.328657
20 Motala12+Yemenite_Jewish @ 13.38038
253 iterations.

Using 3 populations approximation:
1 50% La_Brana-1 +25% IR1 +25% NE1 @ 5.488034
2 50% Loschbour +25% IR1 +25% NE1 @ 5.74108
3 50% Motala12 +25% IR1 +25% NE1 @ 5.811186
4 50% IR1 +25% La_Brana-1 +25% NE1 @ 6.163988
5 50% IR1 +25% Loschbour +25% NE1 @ 6.172999
6 50% La_Brana-1 +25% IR1 +25% Stuttgart @ 6.254244
7 50% Loschbour +25% IR1 +25% Stuttgart @ 6.454292
8 50% Motala12 +25% IR1 +25% Stuttgart @ 6.464911
9 50% IR1 +25% Motala12 +25% NE1 @ 6.549282
10 50% IR1 +25% Loschbour +25% Stuttgart @ 6.970663
11 50% IR1 +25% La_Brana-1 +25% Stuttgart @ 6.984089
12 50% La_Brana-1 +25% IR1 +25% Oetzi @ 7.075051
13 50% Hinxton4 +25% Motala12 +25% NE1 @ 7.109361
14 50% BR2 +25% IR1 +25% NE1 @ 7.125183
15 50% La_Brana-1 +25% Hinxton3 +25% NE1 @ 7.153366
16 50% Motala12 +25% Hinxton3 +25% NE1 @ 7.238176
17 50% Loschbour +25% IR1 +25% Oetzi @ 7.263233
18 50% Motala12 +25% IR1 +25% Oetzi @ 7.271947
19 50% IR1 +25% Motala12 +25% Stuttgart @ 7.294686
20 50% NE1 +25% IR1 +25% Motala12 @ 7.318283
5313 iterations.

Using 4 populations approximation:
1 IR1+La_Brana-1+Motala12+NE1 @ 5.274571
2 IR1+Loschbour+Motala12+NE1 @ 5.28724
3 IR1+La_Brana-1+La_Brana-1+NE1 @ 5.488034
4 IR1+La_Brana-1+Loschbour+NE1 @ 5.54212
5 BR2+IR1+La_Brana-1+NE1 @ 5.676385
6 IR1+Loschbour+Loschbour+NE1 @ 5.74108
7 BR2+IR1+Loschbour+NE1 @ 5.790056
8 IR1+Motala12+Motala12+NE1 @ 5.811186
9 BR2+IR1+Motala12+NE1 @ 5.811575
10 IR1+Loschbour+Motala12+Stuttgart @ 6.035581
11 IR1+La_Brana-1+Motala12+Stuttgart @ 6.035915
12 Hinxton4+IR1+La_Brana-1+NE1 @ 6.054419
13 IR1+IR1+La_Brana-1+NE1 @ 6.163988
14 IR1+IR1+Loschbour+NE1 @ 6.172999
15 Hinxton4+IR1+Motala12+NE1 @ 6.217477
16 IR1+La_Brana-1+La_Brana-1+Stuttgart @ 6.254244
17 Hinxton4+IR1+Loschbour+NE1 @ 6.281585
18 IR1+La_Brana-1+Loschbour+Stuttgart @ 6.289971
19 BR2+IR1+La_Brana-1+Stuttgart @ 6.350539
20 BR2+IR1+Loschbour+Stuttgart @ 6.432127
21 BR2+IR1+Motala12+Stuttgart @ 6.437538
22 IR1+Loschbour+Loschbour+Stuttgart @ 6.454292
23 IR1+Motala12+Motala12+Stuttgart @ 6.464911
24 IR1+IR1+Motala12+NE1 @ 6.549282
25 BR2+IR1+La_Brana-1+Oetzi @ 6.660137
26 BR2+IR1+Loschbour+Oetzi @ 6.745321
27 Hinxton3+IR1+La_Brana-1+NE1 @ 6.753715
28 BR2+IR1+Motala12+Oetzi @ 6.760414
29 Hinxton3+IR1+Loschbour+NE1 @ 6.800013
30 Hinxton4+IR1+La_Brana-1+Stuttgart @ 6.859081
31 Hinxton3+La_Brana-1+Motala12+NE1 @ 6.887764
32 IR1+La_Brana-1+Motala12+Oetzi @ 6.896865
33 IR1+Loschbour+Motala12+Oetzi @ 6.903241
34 Hinxton3+Loschbour+Motala12+NE1 @ 6.939608
35 IR1+IR1+Loschbour+Stuttgart @ 6.970663
36 Hinxton4+IR1+Motala12+Stuttgart @ 6.976991
37 IR1+IR1+La_Brana-1+Stuttgart @ 6.984089
38 Gokhem2+IR1+Motala12+NE1 @ 6.992942
39 BR2+IR1+La_Brana-1+NE6 @ 7.037185
40 Hinxton4+IR1+Loschbour+Stuttgart @ 7.039933
12650 iterations.

Еврогени блогспот, употреба К15 Ancient Genomes рачунача.

Је ли овај рачунач на гедмечу? Не видјех га.

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #11 послато: Јун 25, 2015, 07:09:42 поподне »
Је ли овај рачунач на гедмечу? Не видјех га.

Није, потребно га је скинути, и имати Евроген К15 исход са Гедмеча.
Икавац

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #12 послато: Јун 25, 2015, 07:27:49 поподне »
Није, потребно га је скинути, и имати Евроген К15 исход са Гедмеча.

Покушах, али не иде. Не могу покренути рачунач на мом рачунару. Можда је до оперативног система, а и антивирус га блокира.

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #13 послато: Јун 28, 2015, 12:15:23 пре подне »
Како је међу прикупљеним ауДНК исходима највише оних који припадају тзв. Србима Пречанима, ови постоци се искључиво односе на њих:
- Број узорака 18.
- Рачунач Додекад К7b

61.0 - Atlantic-Baltic
19.5 - Southern
18.0 - West Asia
  1.0 - Siberian
  0.5 - Остали (укупно 3 популације)
Икавац

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #14 послато: Јун 28, 2015, 08:34:41 поподне »
Провукох на ГЕДмечу аутосомал једне Древне ДНК: RISE395, mtDNA- U2e1 из Русије, стар 3540 година. Занимљив ми је због мтДНК чији сам и ја огранак.
Ево шта добих на различитим рачуначима:

MDLP K=11
Admix Results (sorted):
#   Population   Percent
1   Celto_Germanic   39.53
2   East_European   30.37
3   Iberian   9.62
4   Caucasian   5.92
5   Uralic_Permic   5.81
6   Mediterranean   3.66
7   Volga_Uralic   2.80
8   Paleo_North_European   1.56

Least-squares method.

Using 1 population approximation:
1 GER @ 10.873079
2 SWD @ 24.625952
3 FIN @ 24.911535
4 CEU @ 24.967793
5 HNG @ 26.128483
6 GBRWAL @ 28.860126
7 SLK @ 29.500792
8 SLV @ 30.566610
9 FRN @ 31.822989
10 GBRKN @ 32.338753
11 GBRARG @ 35.280510
12 GBRCORN @ 36.459698
13 NRW @ 37.123497
14 BLG @ 37.582611
15 CRT @ 38.201618
16 BSN @ 39.052814
17 KRL @ 39.240582
18 ETN @ 39.546749
19 WUKR @ 40.129467
20 UKR @ 40.432575

EUtest
Admix Results (sorted):
#   Population   Percent
1   ATLANTIC   24.56
2   EAST_EURO   23.28
3   NORTH-CENTRAL_EURO   22.78
4   SOUTH_BALTIC   19.14
5   WEST_ASIAN   7.50
6   WEST_MED   2.45

Using 1 population approximation:
1 North_Swedish @ 9.831822
2 South_Finnish @ 12.085356
3 South_&_Central_Swedish @ 13.276814
4 NO @ 13.730141
5 East_Finnish @ 15.652246
6 DK @ 15.729854
7 PL @ 16.226677
8 EE @ 16.536833
9 West_Russian @ 16.557623
10 Orcadian @ 16.668303
11 West_&_Central_German @ 16.941614
12 IE @ 17.134689
13 NL @ 17.335789
14 Scottish @ 17.573811
15 AT @ 18.112860
16 East_Russian @ 18.143059
17 Ukrainian-Russian @ 18.539577
18 UA @ 18.891617
19 Cornish @ 19.071486
20 English @ 19.127518

Eurogenes EUtest V2 K15
Admix Results (sorted):
#   Population   Percent
1   North_Sea   36.69
2   Atlantic   23.23
3   Eastern_Euro   19.86
4   Baltic   15.26
5   West_Asian   4.96

Using 1 population approximation:
1 North_Swedish @ 7.851212
2 Swedish @ 11.051433
3 Southwest_Finnish @ 11.449915
4 Norwegian @ 11.555337
5 Danish @ 12.706439
6 West_Norwegian @ 13.133057
7 North_German @ 13.319089
8 Finnish @ 13.611612
9 North_Dutch @ 13.750040
10 West_Scottish @ 15.739211
11 Irish @ 16.249208
12 East_German @ 16.464537
13 Orcadian @ 16.820265
14 Southeast_English @ 17.113518
15 East_Finnish @ 17.984709
16 Southwest_English @ 18.343117
17 West_German @ 18.373377
18 South_Dutch @ 18.766613
19 Estonian @ 20.180759
20 La_Brana-1 @ 20.196886

Eurogenes K13
Admix Results (sorted):
#   Population   Percent
1   North_Atlantic   47.31
2   Baltic   38.38
3   West_Asian   11.65
4   West_Med   2.16

Using 1 population approximation:
1 North_Swedish @ 11.235116
2 Swedish @ 12.282766
3 Norwegian @ 14.551360
4 North_German @ 15.159252
5 Southwest_Finnish @ 15.790605
6 Danish @ 16.338369
7 North_Dutch @ 16.625210
8 East_German @ 19.144930
9 Irish @ 19.198999
10 Orcadian @ 19.370138
11 Finnish @ 19.979836
12 West_Scottish @ 20.168552
13 La_Brana-1 @ 20.266144
14 Austrian @ 20.470215
15 South_Polish @ 20.903767
16 Southeast_English @ 21.404079
17 Polish @ 21.442987
18 Estonian @ 21.842094
19 Hungarian @ 22.466314
20 Southwest_English @ 22.565838

Dodecad K7b
Admix Results (sorted):
#   Population   Percent
1   Atlantic_Baltic   80.10
2   West_Asian   16.41
3   Southern   1.55
4   South_Asian   1.11

Using 1 population approximation:
1 Belorussian @ 6.422272
2 Lithuanian @ 6.530418
3 Russian_B @ 6.777839
4 Russian @ 6.917300
5 Polish @ 6.972188
6 Mixed_Slav @ 8.157142
7 Ukranians @ 8.742185
8 Swedish @ 9.030721
9 Lithuanians @ 9.832836
10 Argyll @ 10.607638
11 Mordovians @ 10.689854
12 Norwegian @ 10.832042
13 Russian @ 11.367253
14 Orkney @ 11.419463
15 Dutch @ 11.653986
16 Orcadian @ 11.686770
17 Irish @ 12.015461
18 British_Isles @ 12.767859
19 British @ 12.889124
20 German @ 12.927189

Using 2 populations approximation:
1 50% Lithuanians +50% Ukranians @ 5.278319

Using 3 populations approximation:
1 50% Lithuanian +25% Russian_B +25% Ukranians @ 5.204538

Мислим да јасно показује северњачко порекло.
« Последња измена: Јун 28, 2015, 09:59:35 поподне Муњени Ћелић »
Икавац

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #15 послато: Јун 28, 2015, 09:45:44 поподне »


Предвиђена боја очију наведене особе RISE395  :D
Икавац

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #16 послато: Јун 28, 2015, 10:08:38 поподне »
Мало разоноде.
Наше горе лист, Трипић, има заједничке гене са RISE505 из Русије, укупно 9.1 сМ. У питању је особа са мтДНК U4a1b од пре 3391 године.
Такође, особа с презименом Sefcovic које такође указује на порекло с ових простора, има 8.1сМ са узорком из Уст-Ишима у Сибиру, старим 45.000 година. ''Сибирац'' је утврђен као припадник yDNA: K-M526, а mtDNA: R.
« Последња измена: Јун 28, 2015, 10:20:44 поподне Муњени Ћелић »
Икавац

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #17 послато: Јун 29, 2015, 05:34:56 поподне »
Међу поклапањима са Древном ДНК имамо и једног активног форумаша.
Жељко Јарић има 8.8 cM са женским узорком из Штутгарта, припадницом ЛБК културе, старом 7500 година. Њена мтДНК је Т2с2 на коју, додуше, нисам налето на подручју бивше државе данас, али јесам на 7 узорака Т2 скупине, различитих подграна.
У сваком случају, честитке  ;D
Икавац

Ван мреже Делија

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1354
  • I2-PH908-Z16983>A493>A8741* (Никољдан, Панчево)
Одг: Нагађање порѣкла одсѣчака на хромозомах
« Одговор #18 послато: Јун 12, 2018, 05:02:30 поподне »


Уз пар детаља скоро да су погодили,невероватно. :)
Рацко Панчево 1764- Опово (1765-1790)- Црепаја (1790-1912)-Панчево

BigY DNK: Максим Животин Панчевац (1735-1784), Живота Поповић 1710-? : I2 PH908>Z16983>A493>A8741*

Мтднк : Јовановић-Бећаров Софија, Војка, Никољдан (1896): U5b1b1-b*