Аутор Тема: Питање везано за разлику у маркерима  (Прочитано 7564 пута)

На мрежи Exiled

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1626
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #20 послато: Новембар 29, 2019, 06:23:22 поподне »
У принципу сви ови последњи постови су тачни.Ја бих само додао да постоје брзо и споро мутирајуќи маркери и на основу управо њих стручњаци дају процене могуќе повезаности меѓу тестираним кандидатима.Али на крају увјек пресуди СНИП...

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4476
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #21 послато: Новембар 29, 2019, 08:33:32 поподне »
У принципу сви ови последњи постови су тачни.Ја бих само додао да постоје брзо и споро мутирајуќи маркери и на основу управо њих стручњаци дају процене могуќе повезаности меѓу тестираним кандидатима.Али на крају увјек пресуди СНИП...

И то у вези брзине промене маркера, који је брзо а који споро мутирајући, је опет емпиријски закључак. Нећеш наћи два истраживања која дају исте вероватноће мутације маркера, а налазио сам примере где су разлике добијених вероватноћа промене истог маркера и преко 50%. Мој мишљење је да је давање било какве процене TMRC само на основу разлика на STR маркерима неутемељено и безвредно.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1562
  • J-Y230853 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #22 послато: Новембар 29, 2019, 08:59:11 поподне »
И то у вези брзине промене маркера, који је брзо а који споро мутирајући, је опет емпиријски закључак. Нећеш наћи два истраживања која дају исте вероватноће мутације маркера, а налазио сам примере где су разлике добијених вероватноћа промене истог маркера и преко 50%. Мој мишљење је да је давање било какве процене TMRC само на основу разлика на STR маркерима неутемељено и безвредно.

Па није баш то тако, упрошћаваш.  Елем, већина истраживања популационе генетике рађена су са прорачунима НЗП само на основу разлика на STR маркерима, групно. Шта више показала су се итекако тачна, тако да се користе и у новим радовима.
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1562
  • J-Y230853 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #23 послато: Новембар 29, 2019, 09:10:47 поподне »
Ако сам добро разумео:
If two individuals exactly match at all loci in a 21 marker test, there is a 50% probability of a MRCA within the last 8 generations


Не може се на основу 23 маркера тврдити то (there is a 50% probability of a MRCA within the last 8 generations). Не може се радити појединачни прорачун. Што због мањег броја маркера, што због могуће конвергенције, елем не мутирају сви маркери истом брзином. Са 23 маркера можеш имати само тезу о ближе и даље повезаним унутар рода. Мада и то може бити релативно. Са друге стране, за већи род могуће је утврдити групну оквирну старост и на стандарду од Y23.





 
« Последња измена: Новембар 29, 2019, 09:19:17 поподне Radul »
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4476
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #24 послато: Новембар 29, 2019, 11:25:03 поподне »
Па није баш то тако, упрошћаваш.  Елем, већина истраживања популационе генетике рађена су са прорачунима НЗП само на основу разлика на STR маркерима, групно. Шта више показала су се итекако тачна, тако да се користе и у новим радовима.

Погледај ову упоредну табелу резултата 14 различитих истраживања стопе мутације STR маркера. Неке стопе се за исти маркер разликују и по 400%. Како се онда може тврдити да су процене на бази оваквих параметара поуздане?

Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи Exiled

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1626
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #25 послато: Новембар 30, 2019, 12:07:20 пре подне »
И то у вези брзине промене маркера, који је брзо а који споро мутирајући, је опет емпиријски закључак. Нећеш наћи два истраживања која дају исте вероватноће мутације маркера, а налазио сам примере где су разлике добијених вероватноћа промене истог маркера и преко 50%. Мој мишљење је да је давање било какве процене TMRC само на основу разлика на STR маркерима неутемељено и безвредно.
ја управо то и рекох у последњој реченици мог поста,снип је кадија.Можемо ми просипати памет,а радо бих се другачије изразио,али снип суди и опак је и не ферма ни маркере ни живу силу...

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1562
  • J-Y230853 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #26 послато: Новембар 30, 2019, 01:02:27 пре подне »
Погледај ову упоредну табелу резултата 14 различитих истраживања стопе мутације STR маркера. Неке стопе се за исти маркер разликују и по 400%. Како се онда може тврдити да су процене на бази оваквих параметара поуздане?


Знам за то, постављао сам давно ову табелу. Постоје разлике тачно, као што постоје и за СНП рачунање. Адекватнија је она студија која има већу базу података и која је новија.
Стопе мутације по алелима:

ја управо то и рекох у последњој реченици мог поста,снип је кадија.Можемо ми просипати памет,а радо бих се другачије изразио,али снип суди и опак је и не ферма ни маркере ни живу силу...
Бојане нико не спори да је снип најбољи за одређивање НЗП-а, овде је било ријечи шта се може са 23 маркера. У чему се сви слажемо.
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4476
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #27 послато: Новембар 30, 2019, 01:30:55 пре подне »
Знам за то, постављао сам давно ову табелу. Постоје разлике тачно, као што постоје и за СНП рачунање. Адекватнија је она студија која има већу базу података и која је новија.

Шта знам... Ја ту не видим неку зависност ни од броја узорака ни од старости истраживања. Код неких маркера су након тесет година истраживања поново добијене вредности које су била добијане на почетку, а да су узорци били приближно исти, с тим да су у свим оним истраживањима током тих 10 година вредности значајно осциловале. Али то нам је што нам је. Кад је реч о STR мутацијама боље процене немамо...
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1109
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #28 послато: Новембар 30, 2019, 07:46:51 пре подне »
Погледај ову упоредну табелу резултата 14 различитих истраживања стопе мутације STR маркера. Неке стопе се за исти маркер разликују и по 400%. Како се онда може тврдити да су процене на бази оваквих параметара поуздане?


Молим да се овоме скупу процѣн брзина промѣне на ознаках дода и моя: (Невски 2015):

https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=739.msg14353#msg14353
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4476
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #29 послато: Новембар 30, 2019, 11:18:51 пре подне »
Молим да се овоме скупу процѣн брзина промѣне на ознаках дода и моя: (Невски 2015):

https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=739.msg14353#msg14353

Хвала Невски! Јеси ли можда у међувремену урадио нове процене стопа мутације?
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1109
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #30 послато: Новембар 30, 2019, 04:52:11 поподне »
Хвала Невски! Јеси ли можда у међувремену урадио нове процене стопа мутације?

Не, иако више пута размишљах о том. Йедноставно не постизавам од других работа.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 55
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #31 послато: Април 16, 2021, 04:10:53 поподне »
evo sad sam istrazio haplotip koji se poklapa u svih 23 markera.

Da li to pokazuju blize srodstvo?
(A po prici imaju zajednickog dedu,iako je ovaj jedan vanbracni i ne nosi prezime.)

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 55
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #32 послато: Новембар 05, 2021, 04:48:31 поподне »
10 razlika na 23 markera , razlike su za 1-2 vrednosti, jel to puno
(prvi i zadnji marker razlika 2, ostsli razlika 1)

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4476
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #33 послато: Новембар 05, 2021, 04:52:20 поподне »
10 razlika na 23 markera , razlike su za 1-2 vrednosti, jel to puno
(prvi i zadnji marker razlika 2, ostsli razlika 1)

Пуно је...
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 55
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #34 послато: Новембар 06, 2021, 09:13:23 пре подне »
Kako se iscitava stopa mutacije?
 Npr 0.01 znaci sansu da se u jednom u 100 generacija jedna mutacija desi,(DYS570)
A 0.003 znaci na 3 od 1000 generacija se desi ? (GATAH4)

Ili nekako drugacije

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4476
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #35 послато: Новембар 06, 2021, 11:06:21 пре подне »
Kako se iscitava stopa mutacije?
 Npr 0.01 znaci sansu da se u jednom u 100 generacija jedna mutacija desi,(DYS570)
A 0.003 znaci na 3 od 1000 generacija se desi ? (GATAH4)

Ili nekako drugacije

Може се тако посматрати али тачније би било рећи да стопа мутације од 0.003 значи да се на 1000 парова отац-син, у просеку код три пара догоди промена посматраног маркера. Те стопе мутације се одређују емпиријски, а различита истраживања показују да чак и на истом маркеру оне нису исте ако се мере на различитим узорцима. Постоје мишљења да су те стопе у некаквој корелацији и са самим хаплогрупама, а можда се само ради о недовољно великим узорцима на којима се врше истраживања. Истина је да ми не знамо шта све може утицати на стопу мутације. Оно што се извлачи као прилично известан закључак  из ових истраживања је постојање спорије и брже променљивих маркера и стабилан однос стопа мутација између њих. 
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 55
питање за биологе генетичаре
« Одговор #36 послато: Децембар 05, 2021, 04:59:46 поподне »
Мутације се дешавају као грешке у копирању ДНК.
Да ли постоје спољни услови који поспешују мутације, убрзавају или успоравају?
Ако ове таблице истраживања брзине промене маркера показју различите резултате,
да ли је неком узимао у обзир и у прошлости могућности да су те разлике постојале или биле чак и веће?
Да ли је неко дефинисао познате услове који утичу на брзину мутација и колико све то утиче на одређивање ТМРЦА?

Ван мреже Ojler

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4476
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: питање за биологе генетичаре
« Одговор #37 послато: Децембар 05, 2021, 08:08:46 поподне »
Мутације се дешавају као грешке у копирању ДНК.
Да ли постоје спољни услови који поспешују мутације, убрзавају или успоравају?
Ако ове таблице истраживања брзине промене маркера показју различите резултате,
да ли је неком узимао у обзир и у прошлости могућности да су те разлике постојале или биле чак и веће?
Да ли је неко дефинисао познате услове који утичу на брзину мутација и колико све то утиче на одређивање ТМРЦА?

Опште је познато да постоје мутагени који повећавају вероватноћу настајања мутација: дувански дим, радијација, пестициди, адитиви, загађење животне средине, космичко зрачење, итд. Да се стопа мутације може успорити није ми познато, осим у смислу смањења изложености мутагенима сваке врсте. Оно што је битно разумети је да се мутације преносе на потомство само уколико настану у линији герминативних ћелија. Све оне друге, које настају у нашим телесним ђелијама свакодневно, не преносе се на наредне генерације.

Брзина мутација свакако утиче на ТМРЦА, но није ми познато да је неко дефинисао некакве услове типа "толико и толико микрограма дуванског дима повећава вероватноћу мутације за x". И ТМРЦА се израчунава емпиријски, на основу неке средње вероватноће настанка мутације. У условима веће изложености мутагенима постоје свакако веће шансе да до мутација долази чешће, па у том смислу у неком дужем периоду и прорачун ТМРЦА би могао бити другачији. Оно што знам да је рађено је поређење ТМРЦА прорачуна са радиокарбонским мерењем старости археогенетичких налаза, па је у том смислу и метода прорачуна ТМРЦА на неки начин "калибрисана".
Kамене рабъ и госодинъ