Форум - Порекло
ДНК порекло => Аутосомална ДНК => Тему започео: damyanovich Мај 11, 2014, 11:36:10 пре подне
-
Zanima me da li je neko radio primary component analizu (PCA) na http://www.interpretome.com/#pca (postupak koji i Nevski sprovodi i o kom piše na ovoj temi (http://www.poreklo.rs/forum/index.php?topic=365.0)).
Konkretno, zanima me analiza POPRES: European na 74000 SNP-ova (to im je veća od dve opcije). Po preporukama sa neta za evropljane je najrečitije plotovanje prve i četvrte primarne komponente. Prilažem svoje analize radi upoređenja.
Zanimalo bi me i upoređenje sa PCA softverom koji je Nevski napravio. Rado bih poslao podatke Nevskom da ih propusti kroz svoj softver, ali ne ispunjavam kriterijum da su mi dede i babe iz istog naroda, međutim ako to nije problem, bilo bi mi drago da vidim svoje plotovanje na njegovim grafikonima.
(https://lh3.googleusercontent.com/-GxJSZNU1XNY/VKXaSrwxFTI/AAAAAAAAAOo/RjQ0Ut_0VTc/s581-no/Germany_Austria.png)
(https://lh6.googleusercontent.com/-MSssA36JWfA/VKXaQgYWufI/AAAAAAAAAOg/ap_76wS20d0/s581-no/Svi_bez_UK.png)
[приложену датотеку обрисао администратор]
-
Šaljem još par grafika, pošto zbog ograničenja nisu mogli da stanu u jednu poruku.
(https://lh6.googleusercontent.com/-bAfQPygsu3Q/VKaBUpuvd1I/AAAAAAAAAgM/COXxu7FrIKg/s581-no/Serbia_Croatia_Macedonia_Bulgaria_Turkey_Albania.png)
(https://lh4.googleusercontent.com/MoOwyZUGN_hNlwjDB0SAIiQmr4FNrhLVTbxAY6ypWLI=s581-no)
[приложену датотеку обрисао администратор]
-
Ако сам добро дешифровао: Срби најсличнији Македонцима и Хрватима. Бугари, Македонци и Албанци доста слични. Турци потпуно изоловани, као и Хрвати у неку руку?
(http://www.poreklo.rs/forum/index.php?action=dlattach;topic=605.0;attach=348;image)
-
Zanimalo bi me i upoređenje sa PCA softverom koji je Nevski napravio. Rado bih poslao podatke Nevskom da ih propusti kroz svoj softver, ali ne ispunjavam kriterijum da su mi dede i babe iz istog naroda, međutim ako to nije problem, bilo bi mi drago da vidim svoje plotovanje na njegovim grafikonima.
Дамяновићу, слободно ми пошаљи. Поставићу те на найновийе прорачунате осе и вечерас ћу ти то послати. Тренутно нийесам дома, па се извињавам за неупотрийебљавање ята.
-
Да би се добио добар и смислен ПОС прорачун, мора се одабрати смислен и уравнотежен скуп узорака. Не могу ни замислити шта би се догодило када бих у свой прорачун убацио рецимо тисушту Шпанаца. а свих осталих имао найвише 20-30, као што сада радим. Добила би се глупост.
Уз то, за добар ПОС прорачун йе увѣк боље имати више мѣръ (у нашем случайу, СНПова). И пожељно йе имати што више узорака, под условом да йе их расподѣла на становништва што равномѣрния.
Погледах ово што наведе Дамяновић (http://www.interpretome.com/#pca (http://www.interpretome.com/#pca)), нарочито дѣо ПОПРЕС и уочих да се ови нѣсу држали ових правил. Брой СНПова мислим да йе довољан, 76 тисушт, али йе скуп узорака потпуно неуравнотежен. Британаца има врло пуно, мислим прѣко стотину, и йош понеких западних народа, док су многи народи врло слабо заступљени, рецимо има само йедан Финац.
И ево шта се добия, када се оставе приказанима народи Балкана и околине:
(http://s29.postimg.org/42gp1disn/Popres_12_Balkan_i_okolina_b.png)
Потпун хаос и пометња, и то на првих двейу осах, гдѣ се мора очекивати найбоља издвойеност становништава. И то само зато што човѣк койи йе ово радио нѣйе знао на чем се заснива ПОС прорачун и како он ради. И самим тим како се правилно користи. Напомињем да йе њихов рачунски поступак за прорачуне свакако исправан, али се не користи правилно.
Ово йе као када човѣку дате новога БМВ-а а он га почне користити за довлачење дрва из шуме.
А ево и доброга прорачуна, на европских узорцих збирке ХГДП.
(http://s13.postimg.org/9w8jl1l3b/HGDP_12_b.png)
Наравоученийе: ПОС прорачуне на узорцих ПОПРЕСа окачите мачку о реп.