Аутор Тема: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике  (Прочитано 32204 пута)

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #80 послато: Децембар 27, 2020, 08:48:13 пре подне »
Само да додам да постоји и пречица да се дође до својих ”custom” мапа, а то је да се укуца адреса:

mymaps.google.com

На мрежи нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #81 послато: Децембар 27, 2020, 08:49:58 пре подне »
Никола хвала вам што сте били упорни. Ја сам мислила да је то све као да треба да цртам по свемиру. :)

Питање: како мењам боје обележивача?
Код мене је само плава боја међу опцијама.

Смислила сам како да мењам боје.
Кад завршим мапу сачуваћу је. Онда ћу је пребацити у опцију "слике" и ту имам онај програмчић "цртање, писање" са могућношћу коришћења разних боја.

Мени је то важно када хоћу да правим разлику између ближих и даљих поклапања у оквиру једне исте области или земље (нпр. Бугарска у којој сва поклапања означим нпр.зеленом бојом/ближа јарко зеленом/даља светлије зеленом) + повезујући сродници од којих су неки у сасвим другом земљама (нпр.Хрватска за коју сам нпр.резервисала жуту боју) и да их вежем (обојим) за боју већинских поклапања (грозда).
Тако кад год погледам карту - врло лако идентификујем повезујуће људе (па и могуће правце миграција).

Онај што се зелени међу жутима - значи тај је веза са Бугарима.
« Последња измена: Децембар 27, 2020, 08:55:28 пре подне на Црвeњском путу »

На мрежи нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #82 послато: Децембар 27, 2020, 08:52:28 пре подне »
Само да додам да постоји и пречица да се дође до својих ”custom” мапа, а то је да се укуца адреса:

mymaps.google.com
Хвала Драгане!
 :)

Мени увек треба детаљно упутство.
Пошла сам од себе - и тако написала Мариголд (и другима које би то можда занимало).

Мени је Сергио увек детаљно објашњавао корак по корак.
« Последња измена: Децембар 27, 2020, 08:54:40 пре подне на Црвeњском путу »

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #83 послато: Децембар 27, 2020, 09:02:39 пре подне »
Смислила сам како да мењам боје.
Кад завршим мапу сачуваћу је. Онда ћу је пребацити у опцију "слике" и ту имам онај програмчић "цртање, писање" са могућношћу коришћења разних боја.

Нема потребе, све то може да се уради на самој Google мапи. Након што додате локацију, кликните на пин (чиоду), а онда на "кантицу". Ту можете да промените и боју и облик ознаке локације:




На мрежи нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #84 послато: Децембар 27, 2020, 09:31:17 пре подне »
Нема потребе, све то може да се уради на самој Google мапи. Након што додате локацију, кликните на пин (чиоду), а онда на "кантицу". Ту можете да промените и боју и облик ознаке локације:



Сјајно!
Ово је оно што мени треба.
Хвала најлепше!
 :)

Ван мреже marigold

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 380
  • mtDNA: H1-f2d1*
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #85 послато: Децембар 27, 2020, 11:16:50 пре подне »
Покушаћу ја (нешто се назире), а Никола нек исправи.

1.откуца се  google maps
2. кликне се у то
3.отвори вам се мапа
4.са леве стране појави се прозор на коме пише кућа/посао - подесите локацију (ту ништа не дирати)
5. Изнад тога има прозорчић на коме су са леве стране "три болдиране хоризонталне црте", а са десне стране "лупа"
6.кликнете у те три црте
7.отвори се садржај са више опција

8.изаберете опцију "ваша места" (код мене је све преведено на српски)
9.отвори вам се поље кућа/посао (ту ништа не дирати)
10.изнад тога имате 4 опције - кликнете у ону која је означена као "мапе"

11.ту вам се отвори: прикажи све моје мапе, а доле на дну "направи мапу" (плаве боје) - кликнете у то

12.отворе се са леве стране "веће прозорче" које носи назив "ненасловљене мапе" (ту ћете касније унети назив своје мапе под којом ћете је запамтити и скинути) + ""мање прозорче" на средини са 7 квадратића (1.стрелица лево, 2.стрелица десно, 3.шака, 4."болдирани знак који личи на неку обрнуту сузу" (помоћу њега обележавате поклапања пошто идентификујете на карти место поклапања).

13. Увеличате мапу кад год хоћете да нађете неко мање место
14. На крају имате ону опцију да све то и сачувате (оно веће прозорче)

Хвала, успела сам  :)

Ван мреже wiola

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 75
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #86 послато: Децембар 27, 2020, 12:38:26 поподне »
Препоручио бих Вам My Google maps, ту уз сваку тачку можете да додате и неке напомене. Изузетно је лако и једноставно, не треба Вам неко техничко предзнање. 

Ја сам исто одушевље са "Google maps", за моје Зељковиће то изгледа овако https://www.google.com/maps/d/edit?mid=1RQeu6ZheDpwfehjbEv_d0PzxWEAnezuJ&usp=sharing, додуше ја сам уносио само помен презимена, и обележавање у бојама ми је било по старости помена, и по националној припадности.

Оно што сам хтео да питам је да ли имате искуства у "извожењу" и " увожењу" података. Због лакшег чувања и обраде.
Видео сам да се може добити приказ података у табели, али њу саму, могу само простим копирањем да копирам у "ексел", нисам успео да је извезем.
Могуће је извожење у формату *.kml i *.kmz , али за сад не видим неку употребљивост, па чак и када се конвертују нпр преко https://mygeodata.cloud/converter/ .
Хвала .

Ван мреже wiola

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 75
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #87 послато: Децембар 27, 2020, 12:54:05 поподне »
па чак и када се конвертују нпр преко https://mygeodata.cloud/converter/ .
Хвала .

Преко овог линка је ипак само 3 бесплатна конверотања месечно, ипак сам успео да *.kml, prevedem u "MS Office Open XML spreadsheet(.xlsx)", уважио ми је и наше карактере, као и ћирилицу.
Успео сам да пронађем и начин увоза података, не пренесе ми се само информација о боји, упутство је на https://webapps.stackexchange.com/questions/12475/how-do-i-plot-a-bunch-of-points-on-google-maps , дакле код креирања нове мапе даје могућност увожења подата, ја сам искористи *.xlsx фајл, и није ми пренео само информације о боји, координате, називе и описе, јесте.

Остаје питање могућности "увоза" података у већ активну мапу.
« Последња измена: Децембар 27, 2020, 01:08:10 поподне wiola »

На мрежи нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #88 послато: Децембар 27, 2020, 02:17:55 поподне »
Хвала, успела сам  :)

Драго ми је.
И ви сте мени помогли пролетос.

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #89 послато: Децембар 29, 2020, 05:55:36 пре подне »
Ја сам исто одушевље са "Google maps", за моје Зељковиће то изгледа овако https://www.google.com/maps/d/edit?mid=1RQeu6ZheDpwfehjbEv_d0PzxWEAnezuJ&usp=sharing, додуше ја сам уносио само помен презимена, и обележавање у бојама ми је било по старости помена, и по националној припадности.

Оно што сам хтео да питам је да ли имате искуства у "извожењу" и " увожењу" података. Због лакшег чувања и обраде.
Видео сам да се може добити приказ података у табели, али њу саму, могу само простим копирањем да копирам у "ексел", нисам успео да је извезем.
Могуће је извожење у формату *.kml i *.kmz , али за сад не видим неку употребљивост, па чак и када се конвертују нпр преко https://mygeodata.cloud/converter/ .
Хвала .

Извињавам се на изостанку мог упутства, запио сам поштено у ових пар слободних камионџијских дана.

Што се извоза тиче, веома је користан уколико сте упознати са неким од бесплатних ГИС програма (као рецимо QGis). Користим један ГИС који се плаћа али је врло једноставан, за разлику од ових бесплатних који су ми деловали доста компликовано када сам пробао, тако да ту не могу помоћи. ГИС су згодни за креирање heatmaps и можда теоретских векторских праваца миграција.

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #90 послато: Децембар 30, 2020, 10:49:10 поподне »
Ево још једне, мало бесмислене анализе, хаплогрупа мојих поклапања са 23 and me, а урађена је, јер колико сам схватио није могуће видети хаплогрупе на том сајту уколико вам ти људи нису поклапања, а постоји тема о ХГ са тог сајта на форуму. Па, ако неко уочи нешто занимљиво нека каже, радо ћу проверити да ли је реч о нашим људима.

23andme by Nikola Pavlovic, on Flickr

Ван мреже Uzi

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1646
  • N2-P189.2>FT182494>FGC28435
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #91 послато: Децембар 30, 2020, 11:54:30 поподне »
Занимљива анализа.

Ако сам добро схватио E-V13=11% I-S17250=9% R-CTS3402=5% R-P311=3% I-M423=3% R-U152=3% R-M417=2% итд..

     

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #92 послато: Децембар 30, 2020, 11:56:33 поподне »
Занимљива анализа.

Ако сам добро схватио E-V13=11% I-S17250=9% R-CTS3402=5% R-P311=3% I-M423=3% R-U152=3% R-M417=2% итд..

     

Тачно Узи, али сам је превасходно урадио због чињенице да податке са 23 and me могу да виде само поклапања. Можда сам и лоше разумео  :) Моје најближе поклапање је Милтеновић (70 cm дељених), који по претрази није пописан, G-L42, а пошто не одговара, а Милтеновића има доле на југу близу базе мајчиних предака, верујем да је одатле.
« Последња измена: Децембар 31, 2020, 12:03:34 пре подне НикПав »

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #93 послато: Јануар 02, 2021, 07:23:17 пре подне »
После пажљиве ревизије података, Жумберчани ми постају све занимљивији. Целим мојим Жумберачким аутосомалним гроздом доминира само једно презиме: Бадовинац (са преко 10 различитих Бадовинаца по стаблима, са дељеним ДНК сегментима до 20 цм) , са славом Никољдан, по и даље активном сајту Жумберачког викаријата.

badovinac by Nikola Pavlovic, on Flickr

Не знам да ли су се тестирали, али ако нису позивам их (иако ми је Никољдан слава по више линија које су са мушке стране и само са мушке стране).
« Последња измена: Јануар 02, 2021, 07:28:52 пре подне НикПав »

На мрежи нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #94 послато: Јануар 02, 2021, 07:50:18 пре подне »
После пажљиве ревизије података, Жумберчани ми постају све занимљивији. Целим мојим Жумберачким аутосомалним гроздом доминира само једно презиме: Бадовинац (са преко 10 различитих Бадовинаца по стаблима, са дељеним ДНК сегментима до 20 цм) , са славом Никољдан, по и даље активном сајту Жумберачког викаријата.

badovinac by Nikola Pavlovic, on Flickr

Не знам да ли су се тестирали, али ако нису позивам их (иако ми је Никољдан слава по више линија које су са мушке стране и само са мушке стране).

Бадовинцима су поклапање и мом оцу, а нисам знала где да их сврстам.

Постоји село Бадовинци код Шапца. Али не могу за то да се ухватим.




« Последња измена: Јануар 02, 2021, 07:52:36 пре подне на Црвeњском путу »

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #95 послато: Јануар 02, 2021, 07:53:24 пре подне »
Овим  си веома помогао и мени кад је реч о Бадовинцима који су поклапање мом оцу, а нисам знала где да их сврстам.

Постоји село Бадовинци код Шапца. Али не могу за то да се ухватим.

Знам да постоје Бадовинци код Шапца (стара љубав била пореклом оданде), али ови људи су сви из Бадовинаца код Озља (можда да пишемо латиницом па нас разумеју)  ;D Још кад сретнете стару емиграцију, то више није само презиме Бадовинац из Бадовинаца, него и Badovinatz, Badowinatz i Badovinacs  :D

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1938
  • G2a-FT221531
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #96 послато: Јануар 02, 2021, 08:01:03 пре подне »
Жумберачки Бадовинци су тестирани преко 23andMe, припадају хаплогрупи G2a-L42 (извесно подграни Y128028).
''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #97 послато: Јануар 02, 2021, 08:02:44 пре подне »
Жумберачки Бадовинци су тестирани преко 23andMe, припадају хаплогрупи G2a-L42 (извесно подграни Y128028).

Имам G2a-L42  међу веома блиским поклапањима на 23 and me (Милтеновић 70 цм сегмент, други на листи, ћерка трећа), али пошто не одговарају не знам одакле су. Са Павловића стране, дефинитивно није. Али, мени и прабаба и чукунбаба по прабаби  по оцу (Радивојевићи и Симеуновићи славе Никољдан, у литератури нема подата о пореклу).
« Последња измена: Јануар 02, 2021, 08:06:35 пре подне НикПав »

На мрежи нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #98 послато: Јануар 02, 2021, 08:04:06 пре подне »
Знам да постоје Бадовинци код Шапца (стара љубав била пореклом оданде), али ови људи су сви из Бадовинаца код Озља (можда да пишемо латиницом па нас разумеју)  ;D Још кад сретнете стару емиграцију, то више није само презиме Бадовинац из Бадовинаца, него и Badovinatz, Badowinatz i Badovinacs  :D

Ник баш ти хвала. Ја сам се са њима вртела у круг. И ништа. Сад ћу мало да проверим.

На мрежи нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #99 послато: Јануар 02, 2021, 08:05:36 пре подне »
Жумберачки Бадовинци су тестирани преко 23andMe, припадају хаплогрупи G2a-L42 (извесно подграни Y128028).

Хм. Ви и ја смо иначе род преко мог оца. Сродство је старије од 200 година