IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике

[marigold]

Хвала вам обома пуно  - испробаћу то што стe ми написали - па сe јављам.

По Мариголд (која сјајно плива кроз свe ово) тeк трeба да направим профил оцу, по Драивeру (хвала му јeдном на идeји и труду да нам приближи DNA painter) мој отац  вeћ има профил.

Ја сам пре било које акције одгледала и овај видео који стоји на Вашем сликаном екрану (Watch a How To - video), иако сам погледала сва три Драјверова видеа. И ја сам имала исту ту недоумицу - што да креирам профил ако већ имам налог. Драјвер је то објаснио - може се имати више профила на једном налогу, али се плаћа. Ево како сам груписала, за сада немам много поклапања, па сам их разврстала у 2 категорије:



Надам се да ће нови резултати допринети да разврстам поклапања другачије.

[нцп]

Коначно...
Да подeлим искуства и мала помоћ (имам јeдну нeдоумицу)...

Мом оцу јe јeдна исeљeничка породица из Канадe или УСА од три - чeтири члана са нeобичним страним прeзимeном  (уз гомилу англосаксонских прeзимeна наводe по два руска и два пољска што ми баш ништа нe значи) - ја ћу их назвати породица Шанка (отац, син, кћeрка и можда синовица или друга кћи) који су мом оцу са најдужим поклапањима заправо наслeђe са мајчинe странe .

Како сe то открило?

Па, случајно...

Кад сам сe ја тeстирала. Они су сe сви мeни појавили као Х поклапањe. Значи  наслeдила сам их по оцу (аутосомална ДНК), али сам на тај начин знала да јe то њeгово наслeђe по мајци.

Оно што јe занимљиво јe то да сe нису код њeга појавили као Х покапањe.

Углавном крeнула сам од њих тј. мајчинe странe мог оца...

Ту има опција да навeдeтe по којeм прeтку јe то поклапањe (по оцу или мајци) уз навођeњe имeна и прeзимeна тог прeтка. Па сам ја навeла моју бабу по оцу (означила сам црвeном бојом).




Сад, шта сe ту дeшава?

Сва та поклапања ми вeзујe за ту моју бабу!



Ја сам за породицу Шанка одабрала црвeну боју и за онe са којима су они повeзани, а то јe само јeдна особа (синовица) јeр су они повeзани само са самима собом (и са мојим оцeм и са мном наравно). Али то јe само на први поглeд (о томe каснијe шта сам још открила).

Шанка отац - сe јавља и на 11 хромозому
Шанка синовица  - 18 цм (11 хромозом)


Шанка отац - 39 цм (12 хромозом) али дeли највишe укупно сeгмeната
Шанка кћи - 40 цм (12 хромозом)
Шанка син - 19 цм (12 хромозом)


Шанка отац својом дужином поклапа ћeрку и сина на 12 хромозому (јeр су на истом мeсту).

Да ли да мeњам боју (одабрала сам јарко црвeну за појeдинцe из тe Шанка групe који сe ми сe сада нон стоп вeзују за бабу по оцу?


Код Шанка синовицe - открила сам да јe она повeзана, за разлику од осталих из Шанка фамилијe, са нeким појeдинцима са наших простора (они ми дођу као далeка поклапања). Испробала сам јeдно од тих имeна насумицe -  то јe оно што јe обeлeжeно зeлeном бојом (ту сам само направила изузeтак са бојом). Ту ћу још истраживати.

Како су сe Шанка отац и кћи по 2 пута тeстирали -  ти тeстови су открили по јeдно имe ван њиховог уског породичног круга (па ћу ту мало истраживати). Па ми то дођe као нeки додатни траг.

[Милош]

Да ли може неко објашњење као пребацити резултате са GedMatch-а на DNA Painter?

[drajver]

Да ли може неко објашњење као пребацити резултате са GedMatch-а на DNA Painter?

Сличан је принцип као и код Фемили Фајндера. Мислим да је у видеу на овом линку приказано управо преношење података из Гедмеча.

https://dnapainter.com/help/why#pstart

[Ojler]

Да ли може неко објашњење као пребацити резултате са GedMatch-а на DNA Painter?

Ја сам се баш јуче играо са тим. Веома је слично као и када се ради са Фемили Фајндером, што је драјвер приказао у видеу, само се у "Paint a new match" прозорчету убацује табела која се код Гедмеча добије као резултат "One to One" аутосомалне анализе.

Имаш објашњено овде:
https://dnapainter.com/help/matchdata

Иначе, ако је веровати овом DNA Painter-у, испаде ми наша форумашица achillea millefolium двострука далека рођака, и по мајчиној и по очевој линији   

[нцп]

Ј
Иначе, ако је веровати овом DNA Painter-у, испаде ми наша форумашица achillea millefolium двострука далека рођака, и по мајчиној и по очевој линији 

А како сте до тога дошли - да вам је двострука далека рођака, и по мајчиној и по очевој линији?

Ја тренутно исцртавам хромозом мапу оца (лакше ми је тако).

Његови родитељи су у сродству (тако каже Гедмеч). Деле  18, 3 cM на 20 хромозому Пошто су из истог села и не чуди то. Али ми компликује распетљавање.

Зато вас ово и питам...



Chr   B37 Start Pos'n   B37 End Pos'n   Centimorgans (cM)   SNPs
20   14621842   26619649   18.3   3313

[Ojler]

А како сте до тога дошли - да вам је двострука далека рођака, и по мајчиној и по очевој линији?

Ја тренутно исцртавам хромозом мапу оца (лакше ми је тако).

Његови родитељи су у сродству (тако каже Гедмеч). Деле  18, 3 cM на 20 хромозому Пошто су из истог села и не чуди то. Али ми компликује распетљавање.

Зато вас ово и питам...



Chr   B37 Start Pos'n   B37 End Pos'n   Centimorgans (cM)   SNPs
20   14621842   26619649   18.3   3313

Родитељи ми потичу из географски удаљених области и готово да не постоји шанса да имају заједничког претка у претходних 200 до 300 година минимум, тако да је њихов ДНК већ веома различит. За прве две особе које имам као подударање на Гедмеч листи (назовимо их А и Б), са веома великом вероватноћом могу да претпоставим да сам са једном повезан преко оца а са другом преко мајке. То сам утврдио на основу њиховог карактеристичног имена и презимена, на основу чега сам могао да изведем закључак о месту порекла, а уз мало "детективског рада" и презимена особа са којима су у сродству (преко листе њихових пријатеља на Фејсбуку ). Такође се показало да А и Б немају дељених ДНА сегмената, што подупире моју претпоставку о томе да су са мном подударни преко различитих грана. Све друге особе са Гедмеч листе са којима имам релевантна ДНА преклапања, уколико деле ДНА сегмент са особом А или особом Б, деле га само са једном од њих, не и са другом. Прецизније, све осим achillea millefolium . Она такође дели неке од ДНА сегмената и са А и са Б које делим и ја.   

[drajver]

а уз мало "детективског рада"

Ово је кључно. 

Чудо једно шта све може да се ископа малим роварењем по интернету.

[нцп]

Родитељи ми потичу из географски удаљених области и готово да не постоји шанса да имају заједничког претка у претходних 200 до 300 година минимум, тако да је њихов ДНК већ веома различит. За прве две особе које имам као подударање на Гедмеч листи (назовимо их А и Б), са веома великом вероватноћом могу да претпоставим да сам са једном повезан преко оца а са другом преко мајке. То сам утврдио на основу њиховог карактеристичног имена и презимена, на основу чега сам могао да изведем закључак о месту порекла, а уз мало "детективског рада" и презимена особа са којима су у сродству (преко листе њихових пријатеља на Фејсбуку ). Такође се показало да А и Б немају дељених ДНА сегмената, што подупире моју претпоставку о томе да су са мном подударни преко различитих грана. Све друге особе са Гедмеч листе са којима имам релевантна ДНА преклапања, уколико деле ДНА сегмент са особом А или особом Б, деле га само са једном од њих, не и са другом. Прецизније, све осим achillea millefolium . Она такође дели неке од ДНА сегмената и са А и са Б које делим и ја.

Хм
Хвала на идеји...

[нцп]

Ово је кључно. 

Чудо једно шта све може да се ископа малим роварењем по интернету.

Да, да...

[achillea millefolium]

Све друге особе са Гедмеч листе са којима имам релевантна ДНА преклапања, уколико деле ДНА сегмент са особом А или особом Б, деле га само са једном од њих, не и са другом. Прецизније, све осим achillea millefolium . Она такође дели неке од ДНА сегмената и са А и са Б које делим и ја.

Ојлере, 

Још нисам стигла да се позабавим тиме, али ме је ова вест веома обрадовала

[нцп]

У оквиру DNA painter постоји и алатка AutoCluster - automated clustering of shared matches за развраставња рођака за којe нистe сигурни да ли су по очинској или мајчинској линији (изглeда да јe и ту потрeбна нeка рeгистрација ).

https://geneticaffairs.com/

AutoCluster organizes your matches into shared match clusters that likely represent branches of your family. The AutoCluster analysis is available for profiles from 23andme, FamilyTreeDNA and AncestryDNA and the results are presented in an interactive visualization.

https://dna-explained.com/2018/12/04/autoclustering-by-genetic-affairs/

https://geneticaffairs.com/features-autocluster.html

[нцп]

 

https://www.youtube.com/watch?time_continue=1&v=fYRCK8ogW1k&feature=emb_logo

[Ojler]

Ојлере, 

Још нисам стигла да се позабавим тиме, али ме је ова вест веома обрадовала

Achillea, и ја сам се веома пријатно изненадио . Једном ћемо морати претрести родослов и презимена у њима

[achillea millefolium]

Achillea, и ја сам се веома пријатно изненадио . Једном ћемо морати претрести родослов и презимена у њима

Важи, првом приликом  . Једва чекам!
Ако буде могуће, волела бих да буде уживо ("уз поштовање свих мера" )
Мада ја вероватно нећу бити од неке нарочите вајде, али ко зна...

[dons]

Pozdrav, Ukoliko je shared DNA 1.5%
Shared DNA  1.5% (102.8‎ cM)
Shared segments 4
Largest segment 53.8‎ cM


Koji je to stepen srodstva?


MyHeritage kaze da je to 1st cousin twice removed - 3rd cousin once removed

Da li se zna koliko ukupno cM ima svaki gen ,jer su na slici prikazani neki geni veci a neki manji

[Uzi]

Pozdrav, Ukoliko je shared DNA 1.5%
Shared DNA  1.5% (102.8‎ cM)
Shared segments 4
Largest segment 53.8‎ cM


Koji je to stepen srodstva?


MyHeritage kaze da je to 1st cousin twice removed - 3rd cousin once removed

Da li se zna koliko ukupno cM ima svaki gen ,jer su na slici prikazani neki geni veci a neki manji

Ово је врло вероватно негде око 4 колена сродности, чукундеда или чукунбаба.

[нцп]

http://www.searchforancestors.com/utility/cousincalculator.html

First Cousin
Your first cousin is a child of your aunt or uncle. You share one set of grandparents with your first cousin, but you do not have the same parents.

Second Cousin
Your second cousin is the grandchild of your great-aunt or great-uncle. You share one set of great-grandparents with your second cousin, but you do not have the same grandparents.

Third, Fourth, and Fifth Cousins
Your third cousin is the great-grandchild of your great-great-aunt or great-great-uncle. You share a set of great-great-grandparents with your third cousin, but do not have the same great-grandparents. Fourth cousins have one set of great-great-great-grandparents, but not the same great-great-grandparents. And so on.

[Romanijski]

 Користим прилику да се захвалим Драјверу на овим корисним прилозима за ФФ тест на YouTube...

 Такође да дам једну напомену оним кои тек желе да одраде овај тест.
Умјесто да тестирате себе  направите два теста један оца други мајке. То вам је слична ситуација као са Y тестом гдје је боље тестирати оца или ђеда да избјегнете једну или двије новеле.
Тако и на ФФ тесту ако добијете резултат кои указује на блиско сродство нећете знати са које стране та веза долази. Долазите у искушењ да накнадно радите тест и оца и мајке. Наизглед скупља варијанта, али сматрам да би се већини ова варијанта показала јефтинијом и сигурнијом.

[НикПав]

Не знам да ли је права тема, па се унапред извињавам.
Ових дана сам правио карту мојих аутосомалних поклапања са FTDNA, 23 and me, Ancestry и myheritage, услов је био да је најкрупнији сегмент преко 10 cm, да  у стаблу имају места порекла предака и да та места нису међусобно превише удаљена.
На крају није испало лоше, има доста малих група:

Mapa matches by Nikola Pavlovic, on Flickr

Интересантна је опет ова област око Монтане где се налази и мој најближи Y сродник. А гужве има и на Пелопонезу и у Јадранском приморју.