Аутор Тема: Истраживачки програм "All of Us"  (Прочитано 2629 пута)

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5267
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #40 послато: Април 01, 2022, 05:00:57 поподне »
Како сам сазнао, учесници истраживања који се тестирају имају могућност да затраже да се резултати њиховог теста проследе медицинској установи. Лично не добијају никакве дигиталне резултате (BAM, FASTQ или VCF датотеке) већ могу на захтев добити "генетичке извештаје", шта год то било.
Све у свему, изгледа да се нећемо баш овајдити од овог истраживања.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Lajbnic

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 112
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #41 послато: Април 01, 2022, 05:11:57 поподне »
Објашњење је колеге математичара, Ојлера.
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=6683.msg171215#msg171215

Лапсус, што и није страно математичарима  :D. Хвала на исправци, а наравно захвалност и колеги Ојлеру на објашњењу за ову претрагу.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5267
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #42 послато: Април 01, 2022, 06:32:53 поподне »
Лапсус, што и није страно математичарима  :D. Хвала на исправци, а наравно захвалност и колеги Ојлеру на објашњењу за ову претрагу.

Математичар само у души, али не и по професији :)
Драго ми је ако сам био од помоћи.
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи CosicZ

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 898
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #43 послато: Април 02, 2022, 08:18:26 пре подне »
N-CTS813 Y-7162271-T-G   4 African 48 East Asian 368 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 466 Total
N-FGC10745 Y-10158043-A-G   4 African 48 East Asian 368 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 466 Total
N-CTS2275 Y-12124231-C-G   4 African 48 East Asian 366 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 464 Total
N2-B482 Y-2851976-C-T    0 African 0 East Asian 6 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 6 Total
N1-CTS833 Y-7172055-T-A   4 African 48 East Asian 362 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 460 Total
N1-CTS5221 Y-13958956-G-T   4 African 48 East Asian 360 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 458 Total
N1-L1281 Y-5977325-G-T   8 African 48 East Asian 360 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 462 Total

R1b-Y10789 Y-13045319-T-C   0 African 0 East Asian 10 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 4 Other 14 Total
R1b-Y23373 Y-12785642-C-T   0 African 0 East Asian 10 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 4 Other 14 Total
R1b-PH970 Y-12053436-C-T   0 African 0 East Asian 10 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 4 Other 14 Total
R1b-BY38894 Y-3102258-T-G   0 African 0 East Asian 10 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 4 Other 14 Total
R1b-Y177765 Y-12823131-G-A   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1b-FT49932 Y-9243472-T-C   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1b-FT48902 Y-4040635-T-C   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total
R1b-Y32147 Y-6805691-G-T   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 2 Other 6 Total
R1b-FGC72723 Y-20637563-C-T   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 2 Other 6 Total
R1b-Y177308 Y-19418323-A-G   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 2 Other 6 Total
R1b-Y33199 Y-7348699-A-G   0 African 2 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 4 Other 10 Total

Сумњиви N1-L1281 Африканци и R1b-Y33199 Источни Азијати.

На мрежи CosicZ

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 898
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #44 послато: Април 04, 2022, 04:44:00 пре подне »
https://www.yfull.com/tree/R-PF6155/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-PF6155
R1a-PF6161 Y-8371143-C-T   26 African 0 East Asian 1108 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 46 Other 1194 Total
R1a-PF7525 Y-16289479-A-G   8 African 0 East Asian 1106 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 46 Other 1174 Total
R1a-PF6155 Y-7387314-A-G   6 African 0 East Asian 1106 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 46 Other 1172 Total
R1a-FGC2603 Y-8299378-T-C   6 African 0 East Asian 1104 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 46 Other 1170 Total
R1a-AM01875 Y-7501105-C-A   6 African 0 East Asian 1102 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 45 Other 1167 Total

https://www.yfull.com/tree/R-BY32026/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-BY32026
R1a-BY32027 Y-14417965-C-T   0 African 0 East Asian 12 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 12 Total
R1a-BY32026 Y-9586521-C-T   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total
R1a-BY32028 Y-19096601-G-T   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total

https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-FT272591
R1a-FT272591 Y-2842651-A-G   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total

https://www.yfull.com/tree/R-M458/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-M458
C/R1a-PF6202 Y-16010979-T-C   6 African 8 East Asian 1100 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 48 Other 1176 Total
R1a-FGC2634 Y-20521933-C-T   6 African 0 East Asian 1098 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 46 Other 1164 Total
PF6202 се јавља и у https://www.yfull.com/tree/C-B65/

https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-FT205923

https://www.yfull.com/tree/R-A11460/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-A11460
R1a-YP6496 Y-7979973-C-T   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total
R1a-A11460 Y-8870328-C-A   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total
R1a-FT65132 Y-12576805-G-A   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total

https://www.yfull.com/tree/R-BY202471/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-BY202471
R1a-BY202982 Y-9979264-G-C   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1a-FGC58770 Y-14781425-A-T   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1a-Y183718 Y-10154957-T-G   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1a-BY203482 Y-14465476-C-T   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 2 Other 4 Total
R1a-BY202471 Y-6930324-G-A   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1a-BY202870 Y-8935103-A-T   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1a-BY203963 Y-17011843-G-A   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total

https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-BY202644
R1a-BY202644 Y-7941409-C-T   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total

https://www.yfull.com/tree/R-PF7521/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-PF7521
R1a-PF7521 Y-13917476-A-C   6 African 0 East Asian 1098 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 45 Other 1163 Total

Ван мреже Селаковић

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2350
  • I-Z17855>>>FT173833
Одг: Истраживачки програм "All of Us"
« Одговор #45 послато: Април 07, 2022, 03:25:13 поподне »
Алат за преглед омогућава да видите колико је носилаца одређеног SNP-а било у тестираном узорку и одакле су. На пример, међу поменутих 98640 резултата, њих 54 припада грани I2-Z17855 и у великој већини су из Европе:


Colin Munro са фтдна се запитао зашто је увек паран број "узорака", па је добио појашњење од All of US. Укратко, број треба поделити са два:

Цитат
I was suspicious that almost all the allele numbers were even, and asked AllofUS. I got the following response: “The genotype is not phased, and our variant caller treats everything as diploid. That's why you would see 0/0, 1/1, 2/2, etc. even on chromosomes X and Y for males. “  i.e. any one occurrence of a Y variant is reported as two (homozygous) alleles. The figures quoted thus need to be halved.