Древна ДНК - научни радови

[drajver]

Објављен је рад који је раније био доступан у препинту и о којем је било ријечи у сљедећем посту. Ради се о средњовјековним словенским налазима из Саксоније (Krakauberg Peissen)
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=1791.msg136177#msg136177

https://www.nature.com/articles/s41598-020-75163-w#Sec14

Један од узорака је свакако I2a Dinaric. Видим да су радили секвенцирање узорка KRA001, он се већ налази на YFull стаблу под R1a-M458>L1029. За ове остале нисам сигуран да ли су радили само SNP тестирање.

[drajver]

Табела преведена на SNP-ове:

KRA001 https://www.yfull.com/tree/R-L1029/   
KRA003 https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
KRA004 https://www.yfull.com/tree/I-CTS7362/
KRA005 https://www.yfull.com/tree/e-v13/
KRA008 https://www.yfull.com/tree/I-Y3120/
KRA009 https://www.yfull.com/tree/R-L1029/
KRA010 https://www.yfull.com/tree/J-Z631/

[Бакс]

Занимљиво, има и Е-V13 и Ј2b

[Atlantische]

Early medieval genetic data from Ural region evaluated in the light of archaeological evidence of ancient Hungarians

In contrast to the mitochondrial lineages, the Y-chromosomal gene pool based on STR and/or SNP data show homogenous composition in our dataset: 83.3% is N-M46, 5.5% G2a (G-L1266), 5.5% J2 and 5.5% is R1b of the typed male individuals (Supplementary Table S2). 13 male samples out of 19 from Uyelgi cemetery carry Y-haplogroup N with various DNA preservation-dependent subhaplogroup classifications, while in the Cis-Ural we detected three N-M46 Y-haplogroups (samples from Brody, Bartym and Bayanovo cemeteries).

The Y-haplogroup were assigned based on Y-STR data using nevgen.org, as well as based on Y-SNP capture and shallow shotgun sequencing data by Y-leaf v1 and v247. Terminal Y-SNPs were verified on the Y tree of ISOGG version 15.34 (https://isogg.org/tree/).

[Црна Гуја]

Свих седам мушких узорака уз Кракауберга сада су на YFull стаблу. Већина очекивано припада западнословенским гранама хаплогрупа R1a, I2 и E, један припада релативно младој германској грани хаплогрупе I1, док последњи припада грани J2b2a старости око 2700 година која је распрострањена широм Европе.


KRA001: R1a-M458>L1029>YP263>Y126915

KRA003: R1a-M458>L1029>YP263>Y126915

KRA009: R1a-M458>L1029>YP593>BY195372

KRA008: I2-Y3120>S17250>Y4882>Y16473*

KRA005: E-V13>Z1057>CTS1273>L540

KRA004: I1-Z58>Z60>FGC8666>L573>Y4870

KRA010: J2b2a-L283>Z638>Z631>Z1043

[vid.knezevic]

Занимљиво откриће. Такође ми је фасцинантно да су успели да извуку генетички материјал у тако старом узорку. Подсећа ме на причу око упоређивања узорка Лазаревића (Стефана или Вука ,око чега се води битка) и кнеза Лазара, ако се добро сећам било је приче да је било тешко/немогуће детљније анализирати ДНК материјал због старости узорка. Исправите ме ако грешим.
https://www.nature.com/articles/s42003-020-01372-8?fbclid=IwAR1Qy0vtXcE_3lS5VFanmzS4ydDZhdY2go4dI7FoPegp0Mr_YAceemnu9IA

[НиколаВук]

Занимљиво откриће. Такође ми је фасцинантно да су успели да извуку генетички материјал у тако старом узорку. Подсећа ме на причу око упоређивања узорка Лазаревића (Стефана или Вука ,око чега се води битка) и кнеза Лазара, ако се добро сећам било је приче да је било тешко/немогуће детљније анализирати ДНК материјал због старости узорка. Исправите ме ако грешим.
https://www.nature.com/articles/s42003-020-01372-8?fbclid=IwAR1Qy0vtXcE_3lS5VFanmzS4ydDZhdY2go4dI7FoPegp0Mr_YAceemnu9IA

Могуће да је тада технологија била мање развијена, с обзиром да се са деспотовим моштима радило 2000-их година. Чини ми се, ипак, да код црквених великодостојника просто није постојала жеља за неким дубљим испитивањима, њих је занимало само да се једнократно утврди да ли постоји веза отац-син.

[drajver]

Занимљиво откриће. Такође ми је фасцинантно да су успели да извуку генетички материјал у тако старом узорку. Подсећа ме на причу око упоређивања узорка Лазаревића (Стефана или Вука ,око чега се води битка) и кнеза Лазара, ако се добро сећам било је приче да је било тешко/немогуће детљније анализирати ДНК материјал због старости узорка. Исправите ме ако грешим.
https://www.nature.com/articles/s42003-020-01372-8?fbclid=IwAR1Qy0vtXcE_3lS5VFanmzS4ydDZhdY2go4dI7FoPegp0Mr_YAceemnu9IA

Био је са овог налазишта у Кремсу још један узорак чини ми се прије пар година обрађен. Ово су сад први једнојајачани близанци археогенетички обрађени. И овај ранији узорак из Кремса и ови нови, ако се не варам сви су хаплогрупе I.

[drajver]

Објављен је рад Kinship and social organization in Copper Age Europe. A cross-disciplinary analysis of archaeology, DNA, isotopes, and anthropology from two Bell Beaker cemeteries
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0241278#sec015

Ради се о археогенетичкој обради два Бел Бикер гробља из Баварске из периода око 2200 г. пне. Овај рад је и раније био објављен у препринту (2019) па су и резултати днк из њега углавном познати. Све мушке линије су R1b-M269, код неких се дошло до R1b-P312, док је митохондријална днк прилично разноврсна. Аутосомално су узорци негдје између степске и европске неолитске популације, дакле свакако је било мијешања. Тежиште рада није толико било на поријеклу и миграцијама, колико на схватању социјалне организације ових раних Индоевропљана у контексту њихових генетичких резултата. Аутори су обрадом резултата потврдили неке своје почетне тезе да се радило о патрилокалној и егзогамној заједници која се груписала у моногамне породице, гдје се фаворизовала и везивала уз себе мушка дјеца, док су женска дјеца углавном служила за социјална повезивања са осталим групама. На тај начин је вјероватно и дошло једним дијелом до доминације Y-днк степских досељеника у односу на Y-днк домицилног неолитског становништво, а патрилокална група је фаворизовала језик њених мушких носилаца, дакле индоевропски.

Отприлике је најбитније дато у апстракту:

"We present a high-resolution cross-disciplinary analysis of kinship structure and social institutions in two Late Copper Age Bell Beaker culture cemeteries of South Germany containing 24 and 18 burials, of which 34 provided genetic information. By combining archaeological, anthropological, genetic and isotopic evidence we are able to document the internal kinship and residency structure of the cemeteries and the socially organizing principles of these local communities. The buried individuals represent four to six generations of two family groups, one nuclear family at the Alburg cemetery, and one seemingly more extended at Irlbach. While likely monogamous, they practiced exogamy, as six out of eight non-locals are women. Maternal genetic diversity is high with 23 different mitochondrial haplotypes from 34 individuals, whereas all males belong to one single Y-chromosome haplogroup without any detectable contribution from Y-chromosomes typical of the farmers who had been the sole inhabitants of the region hundreds of years before. This provides evidence for the society being patrilocal, perhaps as a way of protecting property among the male line, while in-marriage from many different places secured social and political networks and prevented inbreeding. We also find evidence that the communities practiced selection for which of their children (aged 0–14 years) received a proper burial, as buried juveniles were in all but one case boys, suggesting the priority of young males in the cemeteries. This is plausibly linked to the exchange of foster children as part of an expansionist kinship system which is well attested from later Indo-European-speaking cultural groups."

[Драган Обреновић]

Ради се о археогенетичкој обради два Бел Бикер гробља из Баварске из периода око 2200 г. пне.
...

Та култура има назив на српском - зове се "култура звонастих пехара", тако да нема потребе да се пише ћирилична транскрипција енглеског назива.

[drajver]

Та култура има назив на српском - зове се "култура звонастих пехара", тако да нема потребе да се пише ћирилична транскрипција енглеског назива.

Хвала на напомени, Драгане, познат ми је тај назив, али ја бих ипак да пишем онако како мени паше.

[Црна Гуја]

Данас је објављена прелиминарна верзија рада у коме се међу 15 секвенцираних древних генома налази и њих шест са подручја Србије, и то два мезолитска са Власца (култура Лепенског Вира), и четири ранонеолитска (Старчевачка култура) - два из ранонеолитске фазе налазишта Лепенски Вир, и по један из епонимних налазишта Старчева и Винче. Одлична вест је да су секвенцирани целокупни геноми (shotgun), и да су изузетно високог квалитета (просечна покривеност/depth of coverage је од 11 до 16), што је фантастично за овако старе скелете. Може се очекивати да ће се сви мушки узорци наћи на YFull стаблу када BAM фајлови буду објављени. Ево и основних информација о тестираним скелетима:


VLASA32; 7791-7518 п.н.е.; Власац; мушко, R1b1-L754 (xL389,xV88); mtDNA: U5a2a

VLASA7; 6814-6390 п.н.е.; Власац, мушко, I2-pre-M438 (xPF3798,BY32225); mtDNA: U5a2a

LEPE48; 6062-5917 п.н.е.; Лепенски Вир; мушко, C1a2b-F16270*(xZ44576,F15182); mtDNA: K1a1

LEPE52; 5981-5743 п.н.е.; Лепенски Вир; мушко; G2a2b2a1a1c-CTS342*(xFGC12126,Z724,PF4202,Y36001); mtDNA: H3

VC3-2; 5719-5374 п.н.е.; Винча-Бело Брдо; мушко; G2a2a1a3-FGC34725*(xFGC34623); mtDNA: HV-16311

STAR1; 5639-5526 п.н.е.; Старчево; женско; mtDNA: T2e2

Линк ка раду (pdf): https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.23.394502v1.full.pdf

Линк ка додатним материјалима (pdf, excell): https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.23.394502v1.supplementary-material

[Грк]

Зна ли неко кад се могу очекивати резултата из истраживања некропола Милавићи и Хатељи?

https://www.opstinaberkovici.com/berkovii/drutvo/2424-arheolozi-sa-svih-strana-svijeta-oduevljeni-bogatom-istorijom-hercegovine.html

[CosicZ]

Данас је објављена прелиминарна верзија рада у коме се међу 15 секвенцираних древних генома налази и њих шест са подручја Србије, и то два мезолитска са Власца (култура Лепенског Вира), и четири ранонеолитска (Старчевачка култура) - два из ранонеолитске фазе налазишта Лепенски Вир, и по један из епонимних налазишта Старчева и Винче.[/url]

Ово ће обрадовати оне који сматрају да је Балкан колевка европске цивилизације:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.23.394502v1.full.pdf
Figure 3 - Demographic scenario inferred from the sampled genomes and underlying genetic data.
Figure 4 - Possible scenario of the population history of SW-Asia and Europe between the Last Glacial Maximum (LGM) and the Early Neolithic period, i.e. approximately 26,000 to 7,000 years ago.
По овом сценарију земљорадњу је из Мале Азије у Европу донела популација настала мешањем централних ( балканских?) и блискоисточних ловаца-сакупљача.

The LGM shaped Holocene genetic diversity in SW Asia and Europe 211
We find that Holocene human genetic structure in SW Asia and Europe emerged briefly before 212
or during the LGM with the initial separation 32-21 kya of a western-central European and an 213
eastern group of HGs. Right after this initial split, the western-central European branch 214
experienced a very strong bottleneck (equivalent to a single human couple for one generation) 215
that decreased the diversity of all descending populations. Then, these HGs further divided 216
23.3-20.0 kya, leaving us with three genetically distinct groups in western-central Europe that 217
potentially differentiated in separate LGM refuge areas (Fig. 4a). The ancestors of Loschbour 218
and Bichon could have resided in separate refugia in South Western Europe, and the ancestors 219
of the Mesolithic Vlasac population could have lived in a geographically distinct central 220
refugium likely located around the Balkans and the Aegean. Broadly speaking, these refugial 221
populations coincide later on with what archaeologists have identified as the areas of 222
distribution of Magdalenian and Epigravettian traditions in Europe35,36. In contrast, the eastern 223
group of HGs, which does not show any sign of a strong bottleneck and was potentially 224
genetically more diverse, diverged further into at least three groups of Near Eastern HGs during 225
the LGM: one that later massively admixed with central HGs to become the ancestors of later 226
Anatolian and Aegean farmers, one leading to the ancestors of Iranian Neolithic farmers, and 227
one to Neolithic populations in the southern Levant (respectively east1, east2 and east3 on 228
Fig 4a). After the LGM, these HG populations re-expanded from their southern refugia 229
probably due to improving climatic conditions37, allowing previously separated central and 230
east1 refugial populations to overlap and admix 19 kya (Fig. 4b), and then to become a distinct 231
population from which Northwestern, Central Anatolian and European farmers would later 232
descend. 233

[Bane]

https://proizhod.nauka.bg/2020/10/28/%d0%ba%d1%8a%d1%81%d0%b5%d0%bd-%d0%bd%d0%b5%d0%be%d0%bb%d0%b8%d1%82-%d1%80%d0%b5%d0%b7%d1%83%d0%bb%d1%82%d0%b0%d1%82%d0%b8/

[Милош]

Динарик VK542 већ постављен у грани Y4460

https://www.yfull.com/tree/I-SK1241/

Видим да је на Yfull live-у VK542 пребачен на грану Y4460> Y3106>Y91535, што и има смисла, с обзиром да млађу грану Y90289 чине Швеђани, чији је "Викинг542" предак, очигледно словенског порекла.

[drajver]

Видим да је на Yfull live-у VK542 пребачен на грану Y4460> Y3106>Y91535, што и има смисла, с обзиром да млађу грану Y90289 чине Швеђани, чији је "Викинг542" предак, очигледно словенског порекла.

VK542 има и једно позитивно очитање на SK1241, зато сам и мислио да припада овој грани, јер даље нисам ни провјеравао. На SNP-u Y91535 има два позитивна очитања и то у оба смјера, тако да претпостављам да је то поузданије. Додуше ниједна друга позиција на том нивоу му није покривена.

А због овог Швеђанина, слажем се, има више логике.

[Radul]

Прије два дана објављена је студија о древној ДНК Кариба. Из студије се виде два одвојена правца досељавања људи на ову групу острва. Први људи су дошли на Карибе, Кубу прије 6.000 година и то су вјероватно људи из централне Америке јер са њима дјеле заједничког биолошког и културног (артефакати) материјала. Други талас насељавања био је из правца сјевероистока јужне Америке прије 2.500-3.000 година. Оно што је занимљиво јесте да су ти људи из првог таласа исчезли (осим у малој групи на западу Кубе) и није евидентирано да су се ове двије заједнице међусобно мјешале јер је такав случај забиљежен само код три индивидуе.

https://www.nature.com/articles/s41586-020-03053-2

[drajver]

Објављен је рад о ДНК неолита и Бронзаног доба Француске.

Heterogeneous Hunter-Gatherer and Steppe-Related Ancestries in Late Neolithic and Bell Beaker Genomes from Present-Day France

https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(20)31835-2?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0960982220318352%3Fshowall%3Dtrue#back-bib102



Oво би требале бити хаплогрупе, ако сам их правилно дешифровао. Претпоставио сам да су користили ISOGG стабло 2019 (преко алатке YLeaf). Нисам успио наћи сирове резултате.

1H07   I2a1b1b1   I2-M223>S23680
1H13   I2a1b1b1      I2-M223>S23680
2H07   H2a1a   H2-P96>Y21592
2H10   I2a1b1b1      I2-M223>S23680
2H11   I2a1a1b1      I2-M223>S23680
2H17   I2a1b1b1      I2-M223>S23680
2HxC5x196x1131   I2a1b1b1     I2-M223>S23680
GBVPK   R1b1a1b1a1a2a1      R1b-P312>DF27>Z195
ROUQCC      I2a1b1b      I2-M223>S23680
ROUQFF      I2a1a2      I2-М423
ROUQHH      I2a1b1b1      I2-M223>S23680
ROUQW      I2a1b1b1      I2-M223>S23680
TORTD      I2a1b1b1      I2-M223>S23680

Занимљива је доминација мезолитских ловачко-сакупљачких линија у неолитској Француској, без обзира на аутосомална мијешања са неолитским земљорадницима.

Из апстракта:

"This reveals Late Neolithic populations that are genetically diverse and include individuals with dark skin, hair, and eyes. We detect heterogeneous hunter-gatherer ancestries within Late Neolithic communities, reaching up to ∼63.3% in some individuals, and variable genetic contributions of steppe herders in Bell Beaker populations. We provide an estimate as late as ∼3,800 years BCE for the admixture between Neolithic and Mesolithic populations and as early as ∼2,650 years BCE for the arrival of steppe-related ancestry."

У касном неолиту, радило се дакле о фенотипски тамнијој популацији, са доста добро очуваном палеолитском генетиком (и аутосомалном и Y-днк).

Неолитски земљорадници долазе до данашње Француске у периоду око 3800 г. пне, а  сточари са истока око 2650 године пне.

[drajver]

Још један рад старе ДНК објављен ових дана. Извучена је ДНК са три узорка (једна женски и два мушка) са некрополе на сјверу Данске који припадају тзв. Култури појединачних гробова (Single Grave culture SGC) из Бронзаног доба. Узорци су датирани у периоду од 2600-2200 BC. Аутосомално блиски осталим групама степских сточара (Corded Ware). Што се Y-ДНК тиче, успјели су извући са само једног узорка и он припада прилично ријеткој варијанти хаплогрупе R1b, R-V1636.
https://www.yfull.com/tree/R-V1636/

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0244872