Аутор Тема: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике  (Прочитано 32170 пута)

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #140 послато: Јануар 13, 2021, 01:21:37 поподне »
Цитат
Управо тај део приче ми је најзанимљивији.

Ја не могу да тврдим 100%, али долазим до закључка да се неком рекомбинацијом преносе "мањи сегменти" кроз векове и да један исти мањи сегменти на истом месту истог хромозома има више људи на различитим местима како унутар истог народа, тако и унутар различитих народа (због разних миграција).

На Црвењском путу, одговорићу овде пошто је више у теми.

Радим мали експеримент са DNA Painter и приметио сам исту ствар као и Ви. Узимам поклапања са сегментима дужим од 6 cm и за сада има пар сегмената где се гомилају припадници одређених народа. Објавићу кад све завршим.
« Последња измена: Јануар 13, 2021, 01:26:27 поподне НикПав »

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #141 послато: Јануар 13, 2021, 01:46:31 поподне »
Jel opet hromozom 15 u pitanju ili neki drugi? Taj hromozom 15 je izgleda zaista specifičan:

https://dna-explained.com/2014/02/19/generational-inheritance/

This phenomenon is shown clearly in the Vannoy project where 5 cousins who descend from Elijah Vannoy born in 1786 share a very significant portion of chromosome 15.  These people are all 5 generations or more distantly related from the common ancestor, (approximate 4th cousins) and should share less than 1% of their DNA in total, and certainly no large, unbroken segments.   As you can see, below, that’s not the case.  We don’t know why or how some DNA clumps together like this and is transmitted in complete (or nearly complete) segments, but they obviously are.  We often call these “sticky segments” for lack of a better term.


Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #142 послато: Јануар 13, 2021, 02:00:33 поподне »
Jel opet hromozom 15 u pitanju ili neki drugi? Taj hromozom 15 je izgleda zaista specifičan:

https://dna-explained.com/2014/02/19/generational-inheritance/

This phenomenon is shown clearly in the Vannoy project where 5 cousins who descend from Elijah Vannoy born in 1786 share a very significant portion of chromosome 15.  These people are all 5 generations or more distantly related from the common ancestor, (approximate 4th cousins) and should share less than 1% of their DNA in total, and certainly no large, unbroken segments.   As you can see, below, that’s not the case.  We don’t know why or how some DNA clumps together like this and is transmitted in complete (or nearly complete) segments, but they obviously are.  We often call these “sticky segments” for lack of a better term.

Није у питању 15, пошто ми се на њему гомилају баш разни народи (чак и једна Инуит жена) без икаквог смисла, те људе ни не рачунам. Слично важи и за део 16. хромозома
У питању је хромозом број 2.

Ван мреже Bane

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 977
  • E-Z16988+BY99620+
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #143 послато: Јануар 13, 2021, 02:02:23 поподне »
На Црвењском путу, одговорићу овде пошто је више у теми.

Радим мали експеримент са DNA Painter и приметио сам исту ствар као и Ви. Узимам поклапања са сегментима дужим од 6 cm и за сада има пар сегмената где се гомилају припадници одређених народа. Објавићу кад све завршим.


Можда буде од помоћи: The Geography of Recent Genetic Ancestry across Europe

Ван мреже нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #144 послато: Јануар 13, 2021, 02:04:50 поподне »
На Црвењском путу, одговорићу овде пошто је више у теми.

Радим мали експеримент са DNA Painter и приметио сам исту ствар као и Ви. Узимам поклапања са сегментима дужим од 6 cm и за сада има пар сегмената где се гомилају припадници одређених народа. Објавићу кад све завршим.

Ја сам радила исто што и ви.

У једној варијанти сам пратила Х хромозом, у другој су била да кажем "обична" поклапања. Пропутовах читавим светом. Од Северне Европе, преко Русије, Балкана, до Турске (чак), а имам и примера да вучем грозд АС поклапања из ко зна којих дубина прошлости, а да немам повезницу међу тестиранима са Балкана, а врло често и имам (мада није правило).

Нађох 9 "дама" (оне су ми нешто биле посебно занимљиве) са којима имам поклапање на истом хромозому једног сегмента од 7-9 cm које су разбацане по различитим етносима.

Ради провере - није ме мрзело - поред највећег сегмента ма колико он био мали (ту мислим на оне од 7 cm) убацивала сам на DNA painter и оне мање "сегментиће" (па и од 1cm)  јер сам хтела да стекнем слику на којим хромозомима се јављају. Јесте споро - али ко воли да се игра са бојама и детаљима, а знатижељан је, и није тако страшно. :)


Ван мреже нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #145 послато: Јануар 13, 2021, 02:14:27 поподне »
47,1 cM

Означен ми је као Трећи до Пети рођак. По њиховој таблици постоји могућност да имамо заједничког прадеду или прабабу, а распон се протеже до пет генерација уназад.

Примјетио сам да овај исти сегмент, али са мањим бројем cM дијелим са бар још двоје тестираних са наших подручја. Крајишка су презимена у питању. Послао сам му поруку, ваљда ће одговорити.

У родослову има звучна презимена Hendrix, Bryant.  :) Још ће испасти црнац.

Е сад, није у вези са овим конкретно што сте написали. Али јесте са нечим другим.

Ту на my heritage ви и мој отац сте повезани. Скромним генетским везама. Али ипак повезани. Што мени потврђује део предања да су први досељеници села у којем је рођен из Босне.

Чини ми се да.сте добили и исте генетске групе (онај крајишки кластер).

Погледах вашу и његову процену етничке припадности. Доста се пратите (добро њему је већа јужна Европа и Грчка од вас,  а нешто мањи Балтик од вашег).
Он има и ту неку Немачку и Скандинавију.


Али јако се добро сећам да сте ви и он имали оног Zerbia који је избрисао после свој профил на Гедмечу.

Мада сам ја негде била сачувала његова поклапања
« Последња измена: Јануар 13, 2021, 02:16:47 поподне на Црвeњском путу »

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #146 послато: Јануар 14, 2021, 05:12:15 пре подне »

Можда буде од помоћи: The Geography of Recent Genetic Ancestry across Europe

Хвала Бане!

Ја сам радила исто што и ви.

У једној варијанти сам пратила Х хромозом, у другој су била да кажем "обична" поклапања. Пропутовах читавим светом. Од Северне Европе, преко Русије, Балкана, до Турске (чак), а имам и примера да вучем грозд АС поклапања из ко зна којих дубина прошлости, а да немам повезницу међу тестиранима са Балкана, а врло често и имам (мада није правило).

Нађох 9 "дама" (оне су ми нешто биле посебно занимљиве) са којима имам поклапање на истом хромозому једног сегмента од 7-9 cm које су разбацане по различитим етносима.

Ради провере - није ме мрзело - поред највећег сегмента ма колико он био мали (ту мислим на оне од 7 cm) убацивала сам на DNA painter и оне мање "сегментиће" (па и од 1cm)  јер сам хтела да стекнем слику на којим хромозомима се јављају. Јесте споро - али ко воли да се игра са бојама и детаљима, а знатижељан је, и није тако страшно. :)



 Код мене за сада све по старом, углавном се гомилају Балканци и јужна Италија уз нешто мало Украјинаца из околине Кривог Рога и Тернопила, Пољака и Латвијаца.

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #147 послато: Јануар 30, 2021, 05:42:41 пре подне »
Ево како стоје ствари за сада на узорку од 1759 поклапања

Screenshot_20210129-122659 by Nikola Pavlovic, on Flickr

Највеће изненађење је појава Подунавских Шваба и Чеха са пореклом из Војводине. Уколико нису у питању лажна поклапања једино што ми пада на памет је да је нека фамилија из Крушевице са којом сам повезан (а за неке се наводи да су дошле из правца Војводине) покупила нешто док је била горе или су они покупили нешто од нашег живља. Ердељановић наводи да су и Павловићи провели неко време у Срему, највероватније у време Кочине крајине.
Занимљиво је да ми је и једна од група на myheritage управо Пољска и Немачка, додуше у категорији low confidence.
Већ су се искристалисали и неки карактеристични сегменти, али о томе нећу док не обрадим сва поклапања.
« Последња измена: Јануар 30, 2021, 05:52:54 пре подне НикПав »

Ван мреже нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #148 послато: Јануар 30, 2021, 07:44:48 пре подне »
Ево како стоје ствари за сада на узорку од 1759 поклапања

Screenshot_20210129-122659 by Nikola Pavlovic, on Flickr

Највеће изненађење је појава Подунавских Шваба и Чеха са пореклом из Војводине. Уколико нису у питању лажна поклапања једино што ми пада на памет је да је нека фамилија из Крушевице са којом сам повезан (а за неке се наводи да су дошле из правца Војводине) покупила нешто док је била горе или су они покупили нешто од нашег живља. Ердељановић наводи да су и Павловићи провели неко време у Срему, највероватније у време Кочине крајине.
Занимљиво је да ми је и једна од група на myheritage управо Пољска и Немачка, додуше у категорији low confidence.
Већ су се искристалисали и неки карактеристични сегменти, али о томе нећу док не обрадим сва поклапања.

Ово си сам правио (разврставање и остало)?

Како одредиш ко припада ком етносу?

Управо на my heritage имам појединце разврстане у више етноса. Не знам шта је критеријум? Неке ставе у Англосаксонце само зато што живе у Великој Британији!


Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5122
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #149 послато: Јануар 30, 2021, 08:41:56 пре подне »
Не знам да ли је још неко пробао опцију аутокластеровања на MYHeritage. Ова опција заправо аутоматски одради оно што се ручно ради код DNA Painter. Резултате аутокластеровања вам пошаљу на мејл и бесплатно је.

Ево како изгледа код мене тај извјештај:



Сваки од ових кластера је једна сродничка група повезана заједничким претком (мушким или женским) од којег су наслеђени IBD сегменти.

Ван мреже нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #150 послато: Јануар 30, 2021, 08:44:07 пре подне »
Не знам да ли је још неко пробао опцију аутокластеровања на MYHeritage. Ова опција заправо аутоматски одради оно што се ручно ради код DNA Painter. Резултате аутокластеровања вам пошаљу на мејл и бесплатно је.

Ево како изгледа код мене тај извјештај:



Сваки од ових кластера је једна сродничка група повезана заједничким претком (мушким или женским) од којег су наслеђени IBD сегменти.

Нисам. Сад ћу пробати.

Хвала
 :)

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5122
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #151 послато: Јануар 30, 2021, 09:30:12 пре подне »
Нисам. Сад ћу пробати.

Хвала
 :)

Сад сам провјерио неки од ових њихових "кластера" али то изгледа уопште није оно што сам ја мислио. ови кластери нису груписани по заједничким IBD сегментима, већ по неком другом принципу. Могуће по међусобним везама.

Самим тим не видим пуно користи од ове опције аутокластеровања.

И даље груписање по IBD сегментима остаје да се ради ручно. (у DNA Painteru)

С тим да MY Heritage ипак има једну корисну алатку,а то је да кад вам излиста списак појединаца са којима дијелите генетику ви и изабрани појединац, посебно означи оне на том списку са којим обојица дијелите заједничке IBD сегменте. И на овај начин се прилично брзо могу формирати IBD групе.

Ван мреже нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #152 послато: Јануар 30, 2021, 10:25:09 пре подне »
Сад сам провјерио неки од ових њихових "кластера" али то изгледа уопште није оно што сам ја мислио. ови кластери нису груписани по заједничким IBD сегментима, већ по неком другом принципу. Могуће по међусобним везама.

Самим тим не видим пуно користи од ове опције аутокластеровања.

И даље груписање по IBD сегментима остаје да се ради ручно. (у DNA Painteru)

С тим да MY Heritage ипак има једну корисну алатку,а то је да кад вам излиста списак појединаца са којима дијелите генетику ви и изабрани појединац, посебно означи оне на том списку са којим обојица дијелите заједничке IBD сегменте. И на овај начин се прилично брзо могу формирати IBD групе.

А ха! Хвала.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5122
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #153 послато: Јануар 30, 2021, 12:30:04 поподне »
Приликом анализе сегмената треба узети у обзир на којој позицији хромозома је дошло до "ломљења" сегмента. С обзиром да је ово ломљење једносмјеран процес, спознаја редослиједа ломљења је заправо и спознаја редослиједа предака, тј. породичног стабла. Покушаћу то илустровати на једној својој сродничкој IBD групи. Користим базу MYHeritage и њихов хромозомални прегледач.

На 13 хромозому дијелим један прилично велик сегмент од 42,3cm са Србином из БиХ (претпостављам по презименима да би могао бити из Крајине). Величина овог IBD сегмента указује да са њим дијелим најдаље чукун-чукун деду или чукун-чукун бабу. Преко MYHeritage списка подударности, веома лако сам дошао до информације с ким још од мојих поклапања дијелим сегмент на истој позицији хромозома. Поред горе наведеног, то је још седам појединаца. Са њим су ти дијељени сегменти значајно мањи. Приказани су на сљедећој слици.



Појединци су означени јединственим бојама, да не бих постављао презимена у јавни простор. Ово је оно што сам успио закључити из података које су оставили:

тамно плава- Србин из БиХ, вјероватно Крајина
наранџаста- Српкиња, крајишко поријекло
жуто- Српкиња, нема података
зелено- Србин, по мушкој линији околина Пожаревца, непознато одакле су друге линије
свијетло плаво- Хрватица непознатог поријекла
љубичасто- Хрватица, средња Босна
црвено- српско презиме

На прегледачу се може видјети да су сегменти различитих дужина. Међутим, оно што је овдје битно јесу лијева и десна граница сегмената, она нам показује гдје је дошло до ломљења IBD сегмената. Мој сегменат није приказан али је он једнак овом тамно плавом. Крећемо од најдужег сегмента и гледамо му границе. Тамно плави и зелени сегмент имају идентичну десну границу, и то је најстарије ломљење. Након тога посматрамо другу лијеву границу зеленог сегмента и видимо да се она поклапа са више сегмената (жутим, наранџастим), и ту је друго ломљење. Треће ломљење је на десној граници жутог и наранџастог сегмента, које се поклапа са црвеним и свијетло плавим сегментом. И на крају четврто ломљење је на лијевој граници лијевог и љубичастог сегмента.

На овај начин, идентификујући редослијед ломљења формирао сам мало родословно стабло за овај IBD сегмент. На њему је указано и на којој позицији 13 хромозома је дошло до ломљења IBD сегемнта.



Када се покушава реконструисати редослијед ломљења треба увијек посматрати укупну слику, и схватити да се ломљења дешавају и са лијеве и са десне стране сегмента, па су нека претходна ломљења изгубљена у каснијим генерацијама код појединаца. Друга ствар је и величина самих сегмената. Већи сегмент свакако значи већу блискост, али неки појединци који имају и мање сегменте не морају нужно бити даљи, само се сегмент уситнио и пренио на такав начин.

Да би овај метод реконструкције помоћу тачке "ломљења" сегмената могао бити поуздан показује и чињеница да двије Хрватице које имају овај IBD сегмент (свјетло плава и љубичаста) имају цијепање на истом мјесту, тј. дијеле заједничког претка у односу на остале.

Мало сам одужио, надам се да сам успио појаснити.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5122
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #154 послато: Јануар 30, 2021, 12:36:15 поподне »
Наравно, из горе постављеног стабла је јасно да једино са тамно плавим узорком у мом случају има смисла тражити заједничке претке.

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #155 послато: Јануар 30, 2021, 05:32:55 поподне »
Ово си сам правио (разврставање и остало)?

Како одредиш ко припада ком етносу?

Управо на my heritage имам појединце разврстане у више етноса. Не знам шта је критеријум? Неке ставе у Англосаксонце само зато што живе у Великој Британији!

Сам сам правио, а породична стабла су први извор како сам одређивао припадност.
Ако нема стабла име и презиме може доста рећи, уз myheritage процену етничке припадности.
Уколико видим нешто сумњиво (као Швеђанина из Шведске са шведским именом и презименом, а без стабла са 25% Грчка и Јужна Италија) таква поклапања нисам убацивао у DNA Painter, као и људе, махом из САД, који немају стабла, са класичним америчким именима.
Уколико је у питању мешанац од народа које већ имам у painter, убацим сегмент и видим кога још има ту и сврстам га у народ који се најчешће јавља на том сегменту.

Не знам да ли је још неко пробао опцију аутокластеровања на MYHeritage. Ова опција заправо аутоматски одради оно што се ручно ради код DNA Painter. Резултате аутокластеровања вам пошаљу на мејл и бесплатно је.

Ево како изгледа код мене тај извјештај:



Сваки од ових кластера је једна сродничка група повезана заједничким претком (мушким или женским) од којег су наслеђени IBD сегменти.

Користио сам аутокластер, али за овај попис по националностима није згодан.
Мислим да ће аутокластер бити пун погодак кад тестирам бабе и деде, џаба ми овако кад не знам ко ми са чије стране долази  :)

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #156 послато: Фебруар 24, 2021, 02:34:07 пре подне »
Захваљујући помоћи моје 20805 братије успео сам да лоцирам неке људе и једна од интересантних зона са доста поклапања је зона Плав - Гусиње.
За сада из овог краја на нивоу од 19цм до 11цм у комаду су:
Ђонбаљаји - четири особе
Хасанђекаји - две особе
Хоти из Хота код Гусиња - две особе
Коленовићи - две особе
Вутаји - једна особа
Гутић - једна особа

Надам се да ће се ова заврзлама коначно решити ускоро  ::) . Интензивно трагамо за потенцијалним 20805, рађени су неки панели на YSEQ.

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #157 послато: Март 12, 2021, 01:59:08 пре подне »
Освежио сам мапу поклапања, додао локације других 20805 и правце миграција по мушким линијама фамилија баба и деда (потkрепљених предањима или литературом) и ово је резултат:

За пуну резолуцију десни клик, view image

matches by Nikola Pavlovic, on Flickr
« Последња измена: Март 12, 2021, 02:02:23 пре подне НикПав »

Ван мреже Romanijski

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 783
  • Ја ратујем сам...
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #158 послато: Јун 18, 2021, 02:48:13 пре подне »
Мало лијепих објашњења , можда неком буде корисно. За сваку генерацију дате вриједности цМ (центи моргана).

https://support.livingdna.com/hc/en-us/articles/360013536560-What-does-my-relationship-prediction-mean-

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #159 послато: Јун 18, 2021, 07:14:45 пре подне »
Мало лијепих објашњења , можда неком буде корисно. За сваку генерацију дате вриједности цМ (центи моргана).

https://support.livingdna.com/hc/en-us/articles/360013536560-What-does-my-relationship-prediction-mean-

Исто то, у мало другачијој форми:

https://dnapainter.com/tools/sharedcmv4