Аутор Тема: Питање везано за разлику у маркерима  (Прочитано 10983 пута)

Ван мреже Гмитар

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 114
  • R1a>YP343>YP371>YP971>Y57718+
Питање везано за разлику у маркерима
« послато: Мај 16, 2017, 11:26:18 поподне »
Прочитао сам тему о основама али нисам најсигурнији да и даље умем сам да проценим. Наиме, један човек из базе има разлику на 5 маркера на 18 маркера. Односно, он је тестиран на 37 маркера а ја сам радио код нас у Србији на мање маркера па сам издвојио оне маркере које имамо заједничке и разликује се за 5. Колико би то година разлике између заједничког претка могло да буде?

Велико хвала, унапред!

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5484
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #1 послато: Мај 16, 2017, 11:57:18 поподне »
Прочитао сам тему о основама али нисам најсигурнији да и даље умем сам да проценим. Наиме, један човек из базе има разлику на 5 маркера на 18 маркера. Односно, он је тестиран на 37 маркера а ја сам радио код нас у Србији на мање маркера па сам издвојио оне маркере које имамо заједничке и разликује се за 5. Колико би то година разлике између заједничког претка могло да буде?

Велико хвала, унапред!

Cувишe мaлo мapкepa дa би ce дao oдгoвop o зajeдничкoм пpeтку... C дpугe cтpaнe, peкao биx дa 5/18 ниje мaлo...

Ван мреже Гмитар

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 114
  • R1a>YP343>YP371>YP971>Y57718+
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #2 послато: Мај 18, 2017, 11:39:29 пре подне »
Cувишe мaлo мapкepa дa би ce дao oдгoвop o зajeдничкoм пpeтку... C дpугe cтpaнe, peкao биx дa 5/18 ниje мaлo...

Значи сасвим је могуће да је то неки заједнички предак пре 2000 година (на пример), да није ништа ближе? Је л' би ти значило нешто можда уколико бих окачио маркере па да се упоређују конкретни маркери?

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5484
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #3 послато: Мај 18, 2017, 02:24:01 поподне »
Значи сасвим је могуће да је то неки заједнички предак пре 2000 година (на пример), да није ништа ближе? Је л' би ти значило нешто можда уколико бих окачио маркере па да се упоређују конкретни маркери?

Eвo ти oвa тaбeлa ca мapкepимa и бpзинa мутaциja, a иcпoд кaлкулaтop кojи пoкaзуje бpoj гeнepaциja дo зajeдничкoг пpeткa и вepoвaтнoћу:

http://www.rogersdna.com/geddna/mutate.php

http://www.moseswalker.com/mrca/calculator.asp?q=1

Мoждa ти пoмoгнe...

Ван мреже Гмитар

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 114
  • R1a>YP343>YP371>YP971>Y57718+
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #4 послато: Мај 18, 2017, 04:13:56 поподне »
Eвo ти oвa тaбeлa ca мapкepимa и бpзинa мутaциja, a иcпoд кaлкулaтop кojи пoкaзуje бpoj гeнepaциja дo зajeдничкoг пpeткa и вepoвaтнoћу:

http://www.rogersdna.com/geddna/mutate.php

http://www.moseswalker.com/mrca/calculator.asp?q=1

Мoждa ти пoмoгнe...

Еее ово је одлична ствар, баш сам тражио овако нешто. Хвала ти пуно Милоше!

Ван мреже Рус

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 134
  • R1a-L1029>YP6047
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #5 послато: Јануар 05, 2019, 09:11:46 пре подне »
Imam jos jedno pitanje: ima li uticaj na markeri Y-hromozoma geni sa strane materi ili naprimer klima druge zemlje?

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2338
  • R1b>Z2705>BY200954
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #6 послато: Јануар 05, 2019, 09:45:23 пре подне »
Imam jos jedno pitanje: ima li uticaj na markeri Y-hromozoma geni sa strane materi ili naprimer klima druge zemlje?

Не

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8510
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #7 послато: Фебруар 09, 2019, 04:53:37 поподне »
Нисам знао где да поставим ово питање па сам изабрао ову тему, да не бих отварао нову. Да ли неко зна зашто Yfull не ставља STR маркер DYS385 у своје табеле модалних хаплотипова? Да подсетим, до те табеле се долази када се поред SNP-а који вас занима кликне на прозорчић "info", потом на "STRs".
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Златан

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 553
  • Y: E-V13>А18833>А9739
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #8 послато: Фебруар 25, 2019, 02:27:19 поподне »
На страници https://strbase.nist.gov/str_y456.htm пише да DYS456 има "mutation rate 0.53%", док на https://yhrd.org/tools/marker/DYS456 пише да је "mutation rate": 4.41e-03 (35 in 7940)


Шта то конкретно значи? Ради ли се о брзо мутирајућем маркеру?

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1691
  • J-Y230853 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #9 послато: Фебруар 25, 2019, 08:51:52 поподне »
На страници https://strbase.nist.gov/str_y456.htm пише да DYS456 има "mutation rate 0.53%", док на https://yhrd.org/tools/marker/DYS456 пише да је "mutation rate": 4.41e-03 (35 in 7940)


Шта то конкретно значи? Ради ли се о брзо мутирајућем маркеру?

DYS456 има стопу мутације од "0.004502" (Burgarella&Navascués, 2011), дакле спада у мало брже.
Док рецимо DYS570 (0.01261) и DYS576 (0.01622) имају иразито брзу стопу мутације; а DYS393 изразито спору 0.001034.
 
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #10 послато: Јул 06, 2019, 01:55:23 поподне »
Kolika bi bila razlika u zajednockom pretku izmedju ove 2 osobe muske:
(Imaju isto prezime iz istog su kraja u krugu od 100km)

Osoba A

DYS576 19
DYS389I 13
DYS448 19
DYS389II 30
DYS19 16
DYS391 11
DYS481 30
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 19
DYS635 21
DYS390 23
DYS439 13
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 15
DYS456 15
YGATAH4 11


Osoba B

DYS576 18
DYS389I 13
DYS448 20
DYS389II 30
DYS19 17
DYS391 11
DYS481 29
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 20
DYS635 23
DYS390 24
DYS439 12
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 16
DYS456 15
YGATAH4 11


Ima 6 ili 7 razlika za samo jedan broj

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #11 послато: Јул 06, 2019, 02:10:27 поподне »
Kolika bi bila razlika u zajednockom pretku izmedju ove 2 osobe muske:
(Imaju isto prezime iz istog su kraja u krugu od 100km)

Osoba A

DYS576 19
DYS389I 13
DYS448 19
DYS389II 30
DYS19 16
DYS391 11
DYS481 30
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 19
DYS635 21
DYS390 23
DYS439 13
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 15
DYS456 15
YGATAH4 11


Osoba B

DYS576 18
DYS389I 13
DYS448 20
DYS389II 30
DYS19 17
DYS391 11
DYS481 29
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 20
DYS635 23
DYS390 24
DYS439 12
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 16
DYS456 15
YGATAH4 11


Ima 6 ili 7 razlika za samo jedan broj

Превелика је разлика да би се било шта могло рећи на том броју упоредивих маркера.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Андрић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 289
  • I2-PH908
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #12 послато: Јул 06, 2019, 02:17:46 поподне »
Превелика је разлика да би се било шта могло рећи на том броју упоредивих маркера.

Da htetoh upravo i ja da napišem to, osoba "A" se sa osobom "B" razlikuje na 7 markera što nije malo. Osoba A sudeći po markeru 448 pripada I2-PH908 (Dinarik Jug), a druga osoba pripada Dinarik sjeveru, pošto na markeru 448 ima vrijednost 20.

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #13 послато: Јул 06, 2019, 03:55:09 поподне »
Obojica su zapravo po predanju precima iz istoga sela.Isto prezime..ista slava.Inace sta znaci kad je neki marker za samo kedan broj idaljen npr 14 i 15..da li je to bliza veza nego npr 14 i 21?

Ван мреже Панић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 253
  • y: I1-M227, mt: H2a1c
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #14 послато: Новембар 29, 2019, 11:58:50 пре подне »
Твој род је изузетно бројан и изгледа да сте сви блиски, види табелу.
Могао би ти нешто ближи бити Крунић од осталих?


Нов сам у свему овоме па је питање можда глупо: ако смо блиски, који је то ред величине? Односно, како одредити да ли је та блискост отприлике заједнички предак пре 200 или 2000 година?
Хвала.
Столећима је мој род крш оро
и поповао или кметовао

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1691
  • J-Y230853 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #15 послато: Новембар 29, 2019, 12:09:23 поподне »
Нов сам у свему овоме па је питање можда глупо: ако смо блиски, који је то ред величине? Односно, како одредити да ли је та блискост отприлике заједнички предак пре 200 или 2000 година?
Хвала.

Са 23 маркера може се одредити припадност роду; и утврдити ближа или даља удаљеност тестираног унутар рода.  Може се урадити групна НЗП (TMRCA) рачуница за род али тај прорачун је оквиран.

За прецизну појединачну рачуницу до најближег заједничког претка (TMRCA) потребно је да поређени имају више тестираних маркера (Y37, 67, 111) или у најбољем случају да имају урађен неки од "Y-DNA next generation sequencing" тестова.
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Панић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 253
  • y: I1-M227, mt: H2a1c
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #16 послато: Новембар 29, 2019, 12:30:21 поподне »
Са 23 маркера може се одредити припадност роду; и утврдити ближа или даља удаљеност тестираног унутар рода.  Може се урадити групна НЗП (TMRCA) рачуница за род али тај прорачун је оквиран.

За прецизну појединачну рачуницу до најближег заједничког претка (TMRCA) потребно је да поређени имају више тестираних маркера (Y37, 67, 111) или у најбољем случају да имају урађен неки од "Y-DNA next generation sequencing" тестова.

Ако сам добро разумео:
If two individuals exactly match at all loci in a 21 marker test, there is a 50% probability of a MRCA within the last 8 generations

То значи да чак и да су нам свих 23 маркера идентични, једнака је вероватноћа да смо имали заједничког претка у последњих 200 година, као и да нисмо.

Настављам с истраживањем, хвала пуно на одговору!
Столећима је мој род крш оро
и поповао или кметовао

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #17 послато: Новембар 29, 2019, 01:48:05 поподне »
...
То значи да чак и да су нам свих 23 маркера идентични, једнака је вероватноћа да смо имали заједничког претка у последњих 200 година, као и да нисмо.
...

Тачно тако. У питању је чиста вероватноћа и статистика. Мутација може да настане било кад, на било ком маркеру, између било које две генерације. Ми у суштини не знамо којим законима вероватноће подлежу промене маркера, за нас су то случајни догађаји који се дешавају са одређеном вероватноћом. Та вероватноћа се може утврдити на основу статистичких истраживања великих узорака отац-син, чиме се долази до вероватноће промене одређеног маркера. Нпр. ако се јави различит маркер у пет случајева на сто посматраних парова, онда се може сматрати да се на том локусу промена дешава једном у 20 генерација. Она не мора настати ни у сто генерација али се може десити и код два рођена брата. Али што имамо више маркера за разматрање, можемо са већом поузданошћу утврдити временски интервал, или тачније број генерација, који дели две особе до њиховог заједничког претка.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Златан

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 553
  • Y: E-V13>А18833>А9739
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #18 послато: Новембар 29, 2019, 02:07:45 поподне »
Слажем се. Уопште се небих ослањао на неку TMRCA вероватноћу на ништа мање од Y111.
Ја имам нпр преко 40 поклапања на FTDNA са 1 разликом на Y23, а заједнички предак нам је живео пре 1500 година или више од 2000 година.

Други пример је поклапање с Пејановићем - 10 разлике на Y111 маркера, са којим не делим исту подграну.
Док са Нојевим, с којим имам 13 разлике на Y111 и делим исту грану и минимално 100 година сам ближи (у односу на Пејановића).

Ван мреже Platin

  • Одбор за архивистику
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 984
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #19 послато: Новембар 29, 2019, 05:12:10 поподне »
Тачно тако. У питању је чиста вероватноћа и статистика. Мутација може да настане било кад, на било ком маркеру, између било које две генерације. Ми у суштини не знамо којим законима вероватноће подлежу промене маркера, за нас су то случајни догађаји који се дешавају са одређеном вероватноћом. Та вероватноћа се може утврдити на основу статистичких истраживања великих узорака отац-син, чиме се долази до вероватноће промене одређеног маркера. Нпр. ако се јави различит маркер у пет случајева на сто посматраних парова, онда се може сматрати да се на том локусу промена дешава једном у 20 генерација. Она не мора настати ни у сто генерација али се може десити и код два рођена брата. Али што имамо више маркера за разматрање, можемо са већом поузданошћу утврдити временски интервал, или тачније број генерација, који дели две особе до њиховог заједничког претка.
То се и ја питам... Неке брзине и вероватноће се знају, али нико на нашем пројекту нема деда-отац-син низ где сви имају барем 111 маркера, па да видимо шта је шта.

На мрежи Exiled

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2394
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #20 послато: Новембар 29, 2019, 06:23:22 поподне »
У принципу сви ови последњи постови су тачни.Ја бих само додао да постоје брзо и споро мутирајуќи маркери и на основу управо њих стручњаци дају процене могуќе повезаности меѓу тестираним кандидатима.Али на крају увјек пресуди СНИП...

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #21 послато: Новембар 29, 2019, 08:33:32 поподне »
У принципу сви ови последњи постови су тачни.Ја бих само додао да постоје брзо и споро мутирајуќи маркери и на основу управо њих стручњаци дају процене могуќе повезаности меѓу тестираним кандидатима.Али на крају увјек пресуди СНИП...

И то у вези брзине промене маркера, који је брзо а који споро мутирајући, је опет емпиријски закључак. Нећеш наћи два истраживања која дају исте вероватноће мутације маркера, а налазио сам примере где су разлике добијених вероватноћа промене истог маркера и преко 50%. Мој мишљење је да је давање било какве процене TMRC само на основу разлика на STR маркерима неутемељено и безвредно.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1691
  • J-Y230853 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #22 послато: Новембар 29, 2019, 08:59:11 поподне »
И то у вези брзине промене маркера, који је брзо а који споро мутирајући, је опет емпиријски закључак. Нећеш наћи два истраживања која дају исте вероватноће мутације маркера, а налазио сам примере где су разлике добијених вероватноћа промене истог маркера и преко 50%. Мој мишљење је да је давање било какве процене TMRC само на основу разлика на STR маркерима неутемељено и безвредно.

Па није баш то тако, упрошћаваш.  Елем, већина истраживања популационе генетике рађена су са прорачунима НЗП само на основу разлика на STR маркерима, групно. Шта више показала су се итекако тачна, тако да се користе и у новим радовима.
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1691
  • J-Y230853 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #23 послато: Новембар 29, 2019, 09:10:47 поподне »
Ако сам добро разумео:
If two individuals exactly match at all loci in a 21 marker test, there is a 50% probability of a MRCA within the last 8 generations


Не може се на основу 23 маркера тврдити то (there is a 50% probability of a MRCA within the last 8 generations). Не може се радити појединачни прорачун. Што због мањег броја маркера, што због могуће конвергенције, елем не мутирају сви маркери истом брзином. Са 23 маркера можеш имати само тезу о ближе и даље повезаним унутар рода. Мада и то може бити релативно. Са друге стране, за већи род могуће је утврдити групну оквирну старост и на стандарду од Y23.





 
« Последња измена: Новембар 29, 2019, 09:19:17 поподне Radul »
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #24 послато: Новембар 29, 2019, 11:25:03 поподне »
Па није баш то тако, упрошћаваш.  Елем, већина истраживања популационе генетике рађена су са прорачунима НЗП само на основу разлика на STR маркерима, групно. Шта више показала су се итекако тачна, тако да се користе и у новим радовима.

Погледај ову упоредну табелу резултата 14 различитих истраживања стопе мутације STR маркера. Неке стопе се за исти маркер разликују и по 400%. Како се онда може тврдити да су процене на бази оваквих параметара поуздане?

Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи Exiled

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2394
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #25 послато: Новембар 30, 2019, 12:07:20 пре подне »
И то у вези брзине промене маркера, који је брзо а који споро мутирајући, је опет емпиријски закључак. Нећеш наћи два истраживања која дају исте вероватноће мутације маркера, а налазио сам примере где су разлике добијених вероватноћа промене истог маркера и преко 50%. Мој мишљење је да је давање било какве процене TMRC само на основу разлика на STR маркерима неутемељено и безвредно.
ја управо то и рекох у последњој реченици мог поста,снип је кадија.Можемо ми просипати памет,а радо бих се другачије изразио,али снип суди и опак је и не ферма ни маркере ни живу силу...

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1691
  • J-Y230853 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #26 послато: Новембар 30, 2019, 01:02:27 пре подне »
Погледај ову упоредну табелу резултата 14 различитих истраживања стопе мутације STR маркера. Неке стопе се за исти маркер разликују и по 400%. Како се онда може тврдити да су процене на бази оваквих параметара поуздане?


Знам за то, постављао сам давно ову табелу. Постоје разлике тачно, као што постоје и за СНП рачунање. Адекватнија је она студија која има већу базу података и која је новија.
Стопе мутације по алелима:

ја управо то и рекох у последњој реченици мог поста,снип је кадија.Можемо ми просипати памет,а радо бих се другачије изразио,али снип суди и опак је и не ферма ни маркере ни живу силу...
Бојане нико не спори да је снип најбољи за одређивање НЗП-а, овде је било ријечи шта се може са 23 маркера. У чему се сви слажемо.
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #27 послато: Новембар 30, 2019, 01:30:55 пре подне »
Знам за то, постављао сам давно ову табелу. Постоје разлике тачно, као што постоје и за СНП рачунање. Адекватнија је она студија која има већу базу података и која је новија.

Шта знам... Ја ту не видим неку зависност ни од броја узорака ни од старости истраживања. Код неких маркера су након тесет година истраживања поново добијене вредности које су била добијане на почетку, а да су узорци били приближно исти, с тим да су у свим оним истраживањима током тих 10 година вредности значајно осциловале. Али то нам је што нам је. Кад је реч о STR мутацијама боље процене немамо...
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1136
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #28 послато: Новембар 30, 2019, 07:46:51 пре подне »
Погледај ову упоредну табелу резултата 14 различитих истраживања стопе мутације STR маркера. Неке стопе се за исти маркер разликују и по 400%. Како се онда може тврдити да су процене на бази оваквих параметара поуздане?


Молим да се овоме скупу процѣн брзина промѣне на ознаках дода и моя: (Невски 2015):

https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=739.msg14353#msg14353
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #29 послато: Новембар 30, 2019, 11:18:51 пре подне »
Молим да се овоме скупу процѣн брзина промѣне на ознаках дода и моя: (Невски 2015):

https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=739.msg14353#msg14353

Хвала Невски! Јеси ли можда у међувремену урадио нове процене стопа мутације?
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1136
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #30 послато: Новембар 30, 2019, 04:52:11 поподне »
Хвала Невски! Јеси ли можда у међувремену урадио нове процене стопа мутације?

Не, иако више пута размишљах о том. Йедноставно не постизавам од других работа.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #31 послато: Април 16, 2021, 04:10:53 поподне »
evo sad sam istrazio haplotip koji se poklapa u svih 23 markera.

Da li to pokazuju blize srodstvo?
(A po prici imaju zajednickog dedu,iako je ovaj jedan vanbracni i ne nosi prezime.)

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #32 послато: Новембар 05, 2021, 04:48:31 поподне »
10 razlika na 23 markera , razlike su za 1-2 vrednosti, jel to puno
(prvi i zadnji marker razlika 2, ostsli razlika 1)

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #33 послато: Новембар 05, 2021, 04:52:20 поподне »
10 razlika na 23 markera , razlike su za 1-2 vrednosti, jel to puno
(prvi i zadnji marker razlika 2, ostsli razlika 1)

Пуно је...
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #34 послато: Новембар 06, 2021, 09:13:23 пре подне »
Kako se iscitava stopa mutacije?
 Npr 0.01 znaci sansu da se u jednom u 100 generacija jedna mutacija desi,(DYS570)
A 0.003 znaci na 3 od 1000 generacija se desi ? (GATAH4)

Ili nekako drugacije

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #35 послато: Новембар 06, 2021, 11:06:21 пре подне »
Kako se iscitava stopa mutacije?
 Npr 0.01 znaci sansu da se u jednom u 100 generacija jedna mutacija desi,(DYS570)
A 0.003 znaci na 3 od 1000 generacija se desi ? (GATAH4)

Ili nekako drugacije

Може се тако посматрати али тачније би било рећи да стопа мутације од 0.003 значи да се на 1000 парова отац-син, у просеку код три пара догоди промена посматраног маркера. Те стопе мутације се одређују емпиријски, а различита истраживања показују да чак и на истом маркеру оне нису исте ако се мере на различитим узорцима. Постоје мишљења да су те стопе у некаквој корелацији и са самим хаплогрупама, а можда се само ради о недовољно великим узорцима на којима се врше истраживања. Истина је да ми не знамо шта све може утицати на стопу мутације. Оно што се извлачи као прилично известан закључак  из ових истраживања је постојање спорије и брже променљивих маркера и стабилан однос стопа мутација између њих. 
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
питање за биологе генетичаре
« Одговор #36 послато: Децембар 05, 2021, 04:59:46 поподне »
Мутације се дешавају као грешке у копирању ДНК.
Да ли постоје спољни услови који поспешују мутације, убрзавају или успоравају?
Ако ове таблице истраживања брзине промене маркера показју различите резултате,
да ли је неком узимао у обзир и у прошлости могућности да су те разлике постојале или биле чак и веће?
Да ли је неко дефинисао познате услове који утичу на брзину мутација и колико све то утиче на одређивање ТМРЦА?

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: питање за биологе генетичаре
« Одговор #37 послато: Децембар 05, 2021, 08:08:46 поподне »
Мутације се дешавају као грешке у копирању ДНК.
Да ли постоје спољни услови који поспешују мутације, убрзавају или успоравају?
Ако ове таблице истраживања брзине промене маркера показју различите резултате,
да ли је неком узимао у обзир и у прошлости могућности да су те разлике постојале или биле чак и веће?
Да ли је неко дефинисао познате услове који утичу на брзину мутација и колико све то утиче на одређивање ТМРЦА?

Опште је познато да постоје мутагени који повећавају вероватноћу настајања мутација: дувански дим, радијација, пестициди, адитиви, загађење животне средине, космичко зрачење, итд. Да се стопа мутације може успорити није ми познато, осим у смислу смањења изложености мутагенима сваке врсте. Оно што је битно разумети је да се мутације преносе на потомство само уколико настану у линији герминативних ћелија. Све оне друге, које настају у нашим телесним ђелијама свакодневно, не преносе се на наредне генерације.

Брзина мутација свакако утиче на ТМРЦА, но није ми познато да је неко дефинисао некакве услове типа "толико и толико микрограма дуванског дима повећава вероватноћу мутације за x". И ТМРЦА се израчунава емпиријски, на основу неке средње вероватноће настанка мутације. У условима веће изложености мутагенима постоје свакако веће шансе да до мутација долази чешће, па у том смислу у неком дужем периоду и прорачун ТМРЦА би могао бити другачији. Оно што знам да је рађено је поређење ТМРЦА прорачуна са радиокарбонским мерењем старости археогенетичких налаза, па је у том смислу и метода прорачуна ТМРЦА на неки начин "калибрисана".
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #38 послато: Фебруар 23, 2023, 10:28:00 пре подне »
1 marker razlike (16/17)   na 26 markera.

Ima li neko iz glave vec pretpostavku da su to blizi rodjaci

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 962
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #39 послато: Фебруар 23, 2023, 10:57:21 пре подне »
1 marker razlike (16/17)   na 26 markera.

Ima li neko iz glave vec pretpostavku da su to blizi rodjaci

Степен сродства није могуће поуздано утврдити на основу Y-STR маркера, али на основу тако мале разлике (1/26) свакако постоје индиције да се ради о људима који су у релативно скоријој прошлости (можда не више од 4-5 генерација уназад) имали заједничког мушког претка. Нарочито ако им је и крсна слава иста и ако су географски близу један другом.

Наравно, за прецизнију процену најбоље је да обојица ураде WGS тест, из кога би добили пуну упоредивост на нивоу Y хромозома па и степен аутозомалних поклапања, што је бољи индикатор ближег сродства.


Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #40 послато: Фебруар 23, 2023, 12:20:39 поподне »
1 marker razlike (16/17)   na 26 markera.

Ima li neko iz glave vec pretpostavku da su to blizi rodjaci

Šta znači 16/17 ako je na 26 markera? Da li je poređenje na 17 ili na 26?
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 962
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #41 послато: Фебруар 23, 2023, 01:49:16 поподне »
Šta znači 16/17 ako je na 26 markera? Da li je poređenje na 17 ili na 26?

Ја сам то разумео у смислу да је једноме вредност маркера 16, а другоме 17 (нпр. DYS458 и сл.)

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #42 послато: Фебруар 23, 2023, 02:29:48 поподне »
Ја сам то разумео у смислу да је једноме вредност маркера 16, а другоме 17 (нпр. DYS458 и сл.)

Аха, разумем.

Стоји све што си рекао, да је то веома тешко проценити. Додао бих још да док се не погледа цео хаплотип и не види на ком маркеру је разлика, још мање је поуздано давати процену.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 896
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #43 послато: Фебруар 23, 2023, 03:06:53 поподне »
Аха, разумем.

Стоји све што си рекао, да је то веома тешко проценити. Додао бих још да док се не погледа цео хаплотип и не види на ком маркеру је разлика, још мање је поуздано давати процену.

Ima li negde slikovito prikazano koji su markeri sporo a koji brzo mutirajuci? Da li za ove brzo mutirajuce vazi ona kalkulacija od 85 godina?
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #44 послато: Фебруар 23, 2023, 03:59:07 поподне »
Ima li negde slikovito prikazano koji su markeri sporo a koji brzo mutirajuci? Da li za ove brzo mutirajuce vazi ona kalkulacija od 85 godina?

Не, то 85 година је нека процена за СНП мутације. Мада не знам ни одакле је то покупљено.
За YSTR стопе мутација су углавном знатно спорије (од једне на 30.000 рођења до једне на 30 рођења), али јако варирају не само у зависности од истраживања, већ и од посматраних хаплогрупа. Оно што је ипак доста контантно је однос стопа мутације између YSTR маркера, без обзра на истраживање, па се може направити градација по учестаности њихове мутације.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1691
  • J-Y230853 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #45 послато: Фебруар 23, 2023, 05:10:14 поподне »
Ima li negde slikovito prikazano koji su markeri sporo a koji brzo mutirajuci? Da li za ove brzo mutirajuce vazi ona kalkulacija od 85 godina?
Има давно окачена студија о STR маркерима "Mutation rate estimates for 110 Y-chromosome STRs combining population and father–son pair data".

Што више тестираних имаш то јасније уочаваш групну, рецимо братственичку стопу мутације хаплотипа... али увијек има изузетака.

Не знам шта поредиш али деси се некад да и блиски Y-ДНК сродници"350-400г" на упоредивих Y23 имају и по 4 маркера разлике, али често се познају по особеним братственичким вриједностима.
Ово ти пишем на основу личног искуства, рецимо један мој сродник 350г до претка родословно, има 19/23 и то на DYS385 13-14 док сви други имамо 14-16 или пар њих 14-15. Наизглед чудно, али онда урадиш 67 или више маркера и избјегнеш конвергенцију и дивергенцију у мутирању STR маркера. Онда уз помоћ SNP новел теста и STR калкулатора видиш да је сродник само мало брже мутирао и да је то објашњење те необичне ситуације.
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #46 послато: Фебруар 25, 2023, 10:19:14 пре подне »
Ја сам то разумео у смислу да је једноме вредност маркера 16, а другоме 17 (нпр. DYS458 и сл.)
Da tako je, DYS576 onaj brzomutirajuci kod jedne osobe ima vrednost 16, a kod druge 17.
Ukupno se poklapaju na 25 od 26 testiranih markera

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5301
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #47 послато: Фебруар 25, 2023, 10:56:10 пре подне »
Da tako je, DYS576 onaj brzomutirajuci kod jedne osobe ima vrednost 16, a kod druge 17.
Ukupno se poklapaju na 25 od 26 testiranih markera

Ако постоје неке карактеристичне ретке вредности међу осталих 25 маркера на којима постоји подударање, вероватноћа блискости се повећава. Што је више модалних вредности та вероватноћа је мања.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #48 послато: Септембар 14, 2023, 03:10:18 поподне »
na FTDNA dobijamo sledeci match

Markers Tested
1 to 700
Genetic Distance
7 steps
Big Y STR Differences
17 of 645

(ovo bi moglo bliza veza?)


sta to znaci i koliko bi to moglo biti blizu?
Radili smo BIGY ali sada treba cekati da se dobiju raw data

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 962
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #49 послато: Септембар 14, 2023, 04:34:54 поподне »
Отприлике до 10% разлика на укупном броју упоредивих маркера је нека крајња граница до које се сматра да два Y-STR хаплотипа имају подударање. Зависи мало и на којим маркерима су разлике (брзомутирајући или споромутирајући). У сваком случају, могло би се рећи да постоје индиције да две особе  некаква веза.

Да ли се иста особа појављује у листи подударања на нивоу 111 или 67 маркера и колику ту има разлика?




На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 497
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #50 послато: Септембар 14, 2023, 04:56:05 поподне »
na FTDNA dobijamo sledeci match

Markers Tested
1 to 700
Genetic Distance
7 steps
Big Y STR Differences
17 of 645

(ovo bi moglo bliza veza?)


sta to znaci i koliko bi to moglo biti blizu?
Radili smo BIGY ali sada treba cekati da se dobiju raw data

Мој match има разлике на 15 од 622 маркера. Обојица смо радили велики Y700 тест на FTDNA. TMRCA је 1100 година. Незахвално је ослањати се много на маркере.

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 77
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #51 послато: Септембар 14, 2023, 06:15:24 поподне »
Pojavljuje se na listi 67 markera tu ima 3 matcha ali samo jedan ima dostupne markera I za njega se narodi to podudaranje 17 od 645.

Takodjer pojavljuje se na listi od 23 markera jos 1
1 to 700

Genetic Distance

1 step

Link on Family Tree

Big Y STR Differences

20 of 666



I još jedan za koje be daju podudaranje u narkerima ali like exact match.


Da li ftdna daje TMRCA pcekivanje ili moram čekati raw data da se salje na yfull?