Аутор Тема: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике  (Прочитано 32174 пута)

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #160 послато: Јун 21, 2021, 02:41:08 поподне »
Мало играња у ГИС програму:

Густина аутосомалних поклапања, са Цвијићевом мапом миграција као подлогом

srbija by Nikola Pavlovic, on Flickr

На мрежи нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #161 послато: Јун 21, 2021, 03:08:57 поподне »
Мало играња у ГИС програму:

Густина аутосомалних поклапања, са Цвијићевом мапом миграција као подлогом

srbija by Nikola Pavlovic, on Flickr

Свиђа ми се.

Баш је занимљиво.

И право освежење на форуму.


Ван мреже Amicus

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 9508
  • I1 P109 FGC22045
    • Порекло.рс
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #162 послато: Јун 21, 2021, 03:24:07 поподне »
Браво за идеју, Никола. :)



Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #163 послато: Јун 22, 2021, 01:21:23 пре подне »
Хвала! Кад будем имао мало више времена планирам да дигитализујем све правце миграција са Цвијићеве карте, онда ће бити згодно да се ради у векторским програмима са њима или ГИС, пошто ће бити геореференцирани.

На мрежи нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #164 послато: Јун 22, 2021, 06:34:57 пре подне »
Хвала! Кад будем имао мало више времена планирам да дигитализујем све правце миграција са Цвијићеве карте, онда ће бити згодно да се ради у векторским програмима са њима или ГИС, пошто ће бити геореференцирани.

Никпав већ сада не можемо да те пратимо.

Можемо само да гледамо (неки).

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #165 послато: Јун 26, 2021, 03:27:43 пре подне »
На сав хаос код мене, деда (мајчин отац) ми је повезан аутосомално и са лажним дреничким Кучима. Наручио сам му BigY па да видимо да није по мушкој линији, за сада се зна да је E-V13.

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #166 послато: Јун 28, 2021, 08:45:10 пре подне »
Ево још мапа са Цвијићевом као подлогом.

Изгледа да се у Плаву и Гусињу није знало ко пије ко плаћа, свако мало се неко нови појави као поклапање  :D Нит мањег простора, нит више поклапања. Скадарска Крајина и Улцињ прате тај тренд.

mapa by Nikola Pavlovic, on Flickr

Македонија полупразна

makedonija by Nikola Pavlovic, on Flickr

Хрватска, махом све јужно од Саве

hrvatska by Nikola Pavlovic, on Flickr

Грчка, овде већ не знам које би могле бити везе, сем традиционалних насеобина Словена и Цинцара

gtcka by Nikola Pavlovic, on Flickr

Бугарска.
Деда и баба имају доста поклапања по западној и југозападној Бугарској, што и није изненађење. Баба има доста поклапања по централној Бугарској (Плевен, Ловеч, Тројан, Севлиево па све до Варне), али северозападна Бугарска није по мајчиној линији.

bugarska by Nikola Pavlovic, on Flickr

Босна

bosna by Nikola Pavlovic, on Flickr

Албанија

albanija by Nikola Pavlovic, on Flickr

Пошто са Y поклапањима иде слабо, решавање аутосомалних поклапања је постало главна занимација.
« Последња измена: Јун 28, 2021, 08:47:52 пре подне НикПав »

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8478
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #167 послато: Јун 28, 2021, 10:55:32 пре подне »
У Грчкој се највише Спарта "црвени".  :)
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #168 послато: Август 03, 2021, 10:28:28 поподне »
У Грчкој се највише Спарта "црвени".  :)

Имам доста Грка са Пелопонеза из неког разлога.

Интересантно је да у свим регијама одакле су припадници E-Y20805 имам солидан број поклапања, осим у Шведској. Нови Италијан се таман лепо угнездио међу аутосомална поклапања.

Ван мреже barbarylion

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1100
  • I2-PH908>Y56203
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #169 послато: Септембар 03, 2021, 05:12:06 поподне »
Сад сам провјерио неки од ових њихових "кластера" али то изгледа уопште није оно што сам ја мислио. ови кластери нису груписани по заједничким IBD сегментима, већ по неком другом принципу. Могуће по међусобним везама.

Самим тим не видим пуно користи од ове опције аутокластеровања.

И даље груписање по IBD сегментима остаје да се ради ручно. (у DNA Painteru)

С тим да MY Heritage ипак има једну корисну алатку,а то је да кад вам излиста списак појединаца са којима дијелите генетику ви и изабрани појединац, посебно означи оне на том списку са којим обојица дијелите заједничке IBD сегменте. И на овај начин се прилично брзо могу формирати IBD групе.

Već dugo razmišljam ali nikako da dođem do odgovora na ovo pitanje, pa da priupitam, koji je rezlog pojavljivanja Albanaca ( uglavnom maksimum 2-3 osobe/poklapanja) kod zapadnih jugoslovena( Srba,Hrvata,Slovenaca), primetio sam da se to nalazi i kod kajkavskih Hrvata, to me malo zbunjuje, postoji li tu zaista neka veza ili je stvar sa sa nacinom racunanja, nekim sistemom koji to grupise?

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5122
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #170 послато: Септембар 22, 2021, 10:25:16 пре подне »
Прије неколико дана сам на MYHeritage примјетио да имам своје прво аутосомално поклапање које је означено као:

Прва рођакиња у другом кољену-друга рођакиња у првом кољену

Пошто сам видио да у породичном стаблу има презиме Качар које се појављује и у мом стаблу , ступио сам у контакт са тестираном, тачније њеним сином који јој води налог и испоставило се да јесмо рођаци и то не тако далеко повезани. Наиме, ја и тестирана дијелимо истог чукунбабу и чукундједу, њен прадеда и моја прабаба су рођени брат и сестра. Ради се о породици Качар из Рисовца Бос. Петровац. Брачни пар Качар од ког смо потекли живио је у Рисовцу у другој половини 19. вијека. Захваљујући овом поклапању знам које сам IBD сегменте сасвим сигурно наслиједио од прабабе Качар. Сад знам да ми је поуздана линија насљеђивања отац-његова мајка- њезина мајка.

Даћу статистику дијељен днк да би се видјело како се веза ове удаљености манифестује кроз аутосомалну днк.

Иначе за одређивање блискости два појединца, три су елемента на основу којих одређујемо блискост, сваки утиче на свој начин:

- проценат укупне заједничке днк: са тестираном у овом случају имам 2,2% дијељене днк. Први сљедећи на листи мојих поклапања је са 1% дијељене днк. Са сином тестиране већ имам 0,7% дијељен днк, што показује како се већ у једној генерацији проценат дијељене днк нагло смањује.
- број заједничких IBD сегемената: са тестираном дијелим 9 заједничких IBD сегмената. Са сљедећим поклапањем на листи је то 6 сегмената. Са сином тестиране дијелим 3 сегмента што показује да је рекомбинацијом у само једној генерацији нестало 6  IBD сегмената.
-величина највећег IBD сегмента: са тестираном дијелим највећи IBD сегмент 31,3‎ cM, што није највећи сегмент који дијелим са неким. Има чак осам појединаца прије тестиране са којима дијелим веће сегменте. Са сином тестиране највећи сегмент је 20,2‎ cM.

На основу овог примјера може се закључити да су сва три елемента важна, али чини ми се да је проценат укупне днк и број дијељених IBD сегмената нешто важнији за суштинску блискост од дужине највећег сегмента. Мада и то може варирати од случаја до случаја, тако да ипак треба сва три елемента узети у обзир.

На MYHeritage су дали шему блискости за категорију Прва рођакиња у другом кољену-друга рођакиња у првом кољену. Она да је распон могућих веза. На овом мом примјеру видим да је била поуздана. Означио сам стрелицом у какавом смо родословном односу тестирана рођакиња и ја.




Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #171 послато: Септембар 25, 2021, 03:25:21 пре подне »
Пошто се најстарији Павловић шлогирао, нисам желео да га малтретирам са чачкањем по устима, па је као следећи најстарији Павловић избор пао на моју рођену тетку.

Док мој узорак броји 1200 поклапања са свих доступних комерцијалних тестова, теткина поклапања су ограничена на MH и FTDNA, а до сада сам обрадио њих 100. Иако делимо тек четвртину гена, неке тенденције су уочљиве:

Тетка, Петњица, Плав и Груде, од 100 обрађених, четвртина је из ових крајева.



Ја




Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #172 послато: Септембар 25, 2021, 05:27:47 пре подне »
Управо су стигли резултати моје баке и ствари су поприлично јасне, Петњичани, Плављани и Груде које тетка и ја делимо нису преко ње. Можда је ипак прича мог прадеде била тачна.

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #173 послато: Октобар 02, 2021, 01:51:25 пре подне »
Ево једног примера са Gedmatch и колико phasing помаже у елиминисању лажних поклапања.

Теткин MH kit, без phasing преко 40000 поклапања. Теткин MH kit после phasing са MH kit њене мајке, раздвојен на два kits за хромозоме по мајци и по оцу: по оцу 922 поклапања, по мајци 3043.

А ово је статистика са MH:

Никола 3876 поклапања, од тога са тетком заједничких 310, са бабом по оцу заједничких 455, са бабом по мајци заједничких 182 и са дедом по мајци 161. Наравно, немогуће је да су сви остали са стране деде по оцу, што наводи на закључак да је преко 50% поклапања лажно. Да ствар буде још компликованија имам доста поклапања од по 9 cm, са којима моје бабе и деда деле много више, тако да и она прича о 15 cm као сигурном знаку да је поклапање право, не стоји.
« Последња измена: Октобар 02, 2021, 01:56:14 пре подне НикПав »

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #174 послато: Март 06, 2022, 04:36:55 пре подне »
Немамо много активних чланова са југа, а још мање оних који су пробали да анализирају своја аутосомална поклапања и пробају да одгонетну одакле су се људи досељавали у ове крајеве.

Бабиних 135 најближих поклапања. Њени су дошли из Црне Траве, из Мелну и са Риле (род Ћурчишци, предак се бавио прерадом коже и свирао гајде). Риста Николић је записао у својој књизи Власина и Крајиште, да неколико родова из Црне Траве тврди да су дошли негде из околине Копаоника, а фамилија бабине мајке (Вукашиновићи) тврди (мимо Ристе) да су дошли чак из Херцеговине. Да ли су бабина поклапања потврда тако нечега, не знам, али је груписање интересантно.
Још једна занимљива ствар до које сам дошао у разговору са једним од админа групе Балканджии, чија је жена исто из Мелну, је да се становништво две Мелне (Горне и Долне) селило у два правца (за Србију и ка Бургасу, жена му је Мелничанка, потомак струје која је населила Бургас). Оно што још нисам нашао у литератури је шта је определило ове људе да ли да крену на исток или на запад.



Деда је по оцу источна струја (Вучи Дел на Руј планини), по мајци косовска струја (околина Гњилана и Косовске Каменице). Интересантно је ово црвенило од Габрова ка Трјавни, где се и налази његово најближе Y поклапање, али остаје отворено питање како су се те миграције одвијале.
Дедина мајчина страна ми је потпуно непозната и осим чињенице да су његова поклапања са те стране мешовита и да неки Албанци са којима сам причао кажу да имају српско порекло (Кадриу из Прилепнице), немам других информација.

Дедин узорак је 127 најближих поклапања. Није дочекао да проћаскамо о његовим резултатима.


Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #175 послато: Март 06, 2022, 05:44:40 пре подне »
Многе Мирдите нису завршиле на дединој мапи, јер нису међу најближим поклапањима, али причајући са њима, јасно ми је зашто је некада постојала Република Мирдита и шта их је понукало (мимо подршке наше Краљевине). И дан данас веома отворени за разговоре о пореклу, о продору ислама међу Албанце, веома пријатни и предусретљиви. Са њима је најлакше причати. Поздрав за Мирдите, са MH и YT!
« Последња измена: Март 06, 2022, 05:50:40 пре подне НикПав »

На мрежи нцп

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1601
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #176 послато: Март 06, 2022, 09:06:05 пре подне »
Немамо много активних чланова са југа, а још мање оних који су пробали да анализирају своја аутосомална поклапања и пробају да одгонетну одакле су се људи досељавали у ове крајеве.

Бабиних 135 најближих поклапања. Њени су дошли из Црне Траве, из Мелну и са Риле (род Ћурчишци, предак се бавио прерадом коже и свирао гајде). Риста Николић је записао у својој књизи Власина и Крајиште, да неколико родова из Црне Траве тврди да су дошли негде из околине Копаоника, а фамилија бабине мајке (Вукашиновићи) тврди (мимо Ристе) да су дошли чак из Херцеговине. Да ли су бабина поклапања потврда тако нечега, не знам, али је груписање интересантно.
Још једна занимљива ствар до које сам дошао у разговору са једним од админа групе Балканджии, чија је жена исто из Мелну, је да се становништво две Мелне (Горне и Долне) селило у два правца (за Србију и ка Бургасу, жена му је Мелничанка, потомак струје која је населила Бургас). Оно што још нисам нашао у литератури је шта је определило ове људе да ли да крену на исток или на запад.



Деда је по оцу источна струја (Вучи Дел на Руј планини), по мајци косовска струја (околина Гњилана и Косовске Каменице). Интересантно је ово црвенило од Габрова ка Трјавни, где се и налази његово најближе Y поклапање, али остаје отворено питање како су се те миграције одвијале.
Дедина мајчина страна ми је потпуно непозната и осим чињенице да су његова поклапања са те стране мешовита и да неки Албанци са којима сам причао кажу да имају српско порекло (Кадриу из Прилепнице), немам других информација.

Дедин узорак је 127 најближих поклапања. Није дочекао да проћаскамо о његовим резултатима.



Па ја покушавах прошле године за оца. Велики је то посао.

Некадашњи Видински пашалук и историјска дешавања у унутар њега би био највероватнији одговор на твоје питање.

Иначе сам размишљала о покретању теме Видински пашалук.




Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #177 послато: Март 08, 2022, 02:47:27 пре подне »
Па ја покушавах прошле године за оца. Велики је то посао.

Некадашњи Видински пашалук и историјска дешавања у унутар њега би био највероватнији одговор на твоје питање.

Иначе сам размишљала о покретању теме Видински пашалук.

И мени се чини да су овде Власи (поготово они ишчезли са КиМ одиграли значајну улогу), НЦП, мислим да сте упрскали 23andme регистрацију, добио сам поруку о непознатом узорку, регистровао сам га опет и постоји могућност да вам пребацим резултате на основу email. Али сачекајмо резултате , па Вам пишем. Нисам забележио све kit numbers, па не знам о коме се ради  :) Обавестио сам администрацију форума о донацијама 23andme китова, али очигледно нико ко није у директном контакту са мном није имао шансу.
Не уједам иако сам E-V13 по обе линије и иако чекам да ми се деда по мајци дода у базу већ пет месеци, само је обежен као Бугарин (да мученик није умро чекајући резултате имао би нервни напад).
« Последња измена: Март 08, 2022, 02:58:18 пре подне НикПав »

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #178 послато: Април 27, 2022, 09:57:40 поподне »
Мапа поклапања тетке по мајци, 23andme и Ancestry. Стрелицама означено одакле су нам преци дошли, само чињенице, предања нисам стављао на мапу.




Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике
« Одговор #179 послато: Април 27, 2022, 10:59:25 поподне »
Мапа тетке по оцу је још у изради, али чисто за поређење стављам и њу и своју завршену мапу. Свима нам је највећа концентрација поклапања у Гусињу и око Подгорице (углавном источно од града).