IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике

[barbarylion]

Odlična tema! Puna podrška
Jako zanimljivo 

[marigold]

Како бих покренуо мало причу око кориштења аутосомалних резултата, снимио сам кратки видео гдје сам приказао начин кориштења Chromosome Browsera. Ово је први дио, планирам ускоро поставити и други (главни дио) око пребацивања података у DNA Painter.

Не замјерите ако је видео аматерски, нисам баш то радио раније. Осим тога морао сам заштити идентитет тестираних на мојим поклапањима, па ми је и то усложнило "продукцију". Вјерујем да су многи већ упознати са кориштењем Chromosome Browsera, а овај видео је намијењен онима који то раније нису користили. Са другим дијелом кад поставим, вјерујем да ће бити од користи.

<a href="https://www.youtube.com/v/RdLCshLfd-o" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/RdLCshLfd-o</a>

Одлично, и од мене подршка 

[Uzi]

Како бих покренуо мало причу око кориштења аутосомалних резултата, снимио сам кратки видео гдје сам приказао начин кориштења Chromosome Browsera. Ово је први дио, планирам ускоро поставити и други (главни дио) око пребацивања података у DNA Painter.

Не замјерите ако је видео аматерски, нисам баш то радио раније. Осим тога морао сам заштити идентитет тестираних на мојим поклапањима, па ми је и то усложнило "продукцију". Вјерујем да су многи већ упознати са кориштењем Chromosome Browsera, а овај видео је намијењен онима који то раније нису користили. Са другим дијелом кад поставим, вјерујем да ће бити од користи.

<a href="https://www.youtube.com/v/RdLCshLfd-o" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/RdLCshLfd-o</a>

Драјверу, свака част за овај видео, а и ову тему уопште. Аутосомална генетика, комбинирана са ДНА Паинтером, може бити од велике помоћи за разумевање блиских и даљних веза са поклапањима која тестирана особа има.
Препоручио бих да се на ДНА Пеинтеру, након пребацивања података са ФТДНА, пребаце и поклапања са осталих компанија које омогућују успоређивање аутосомалних резултата. Али да се резултти, због лакшег успоређивања, поставе на посебан налог за сваку нову компанију. То може помоћи око тога да се види која су поклапања ИБД, а која НИБД.

[drajver]

Драјверу, свака част за овај видео, а и ову тему уопште. Аутосомална генетика, комбинирана са ДНА Паинтером, може бити од велике помоћи за разумевање блиских и даљних веза са поклапањима која тестирана особа има.
Препоручио бих да се на ДНА Пеинтеру, након пребацивања података са ФТДНА, пребаце и поклапања са осталих компанија које омогућују успоређивање аутосомалних резултата. Али да се резултти, због лакшег успоређивања, поставе на посебан налог за сваку нову компанију. То може помоћи око тога да се види која су поклапања ИБД, а која НИБД.

Хвала, Узи. Својевремено си ти први покренуо ову тему, надам се да ће се сада више људи заинтересовати. Планирам још поставити једan видео о пребацивању резултата у ДНА Паинтер. Нисам мислио посебно обрађивати анализу самих сегмената , да ли су IBD или нису. Већина сегмената већих од 15cM ( па и оних између 10 и 15 cM) не би требали бити лажни IBD. У складу са тим мислио сам да се тестирани за почетак усмјере на те веће сегменте.

Међутим ово што пишеш може бити корисно за сегменте мање дужине. Нисам се бавио процесом селекције сегемената (phasing). Уколико имаш искуства са тим дијелом замолио бих те да пренесеш овдје на теми. Било би корисно. Као и све остало што знаш о овој теми, а сматраш да би било добро поменути.

[Uzi]

Хвала, Узи. Својевремено си ти први покренуо ову тему, надам се да ће се сада више људи заинтересовати. Планирам још поставити једan видео о пребацивању резултата у ДНА Паинтер. Нисам мислио посебно обрађивати анализу самих сегмената , да ли су IBD или нису. Већина сегмената већих од 15cM ( па и оних између 10 и 15 cM) не би требали бити лажни IBD. У складу са тим мислио сам да се тестирани за почетак усмјере на те веће сегменте.

Међутим ово што пишеш може бити корисно за сегменте мање дужине. Нисам се бавио процесом селекције сегемената (phasing). Уколико имаш искуства са тим дијелом замолио бих те да пренесеш овдје на теми. Било би корисно. Као и све остало што знаш о овој теми, а сматраш да би било добро поменути.

Да свакако су ови изнад 15цМ 99% ИБД, а ови 10-15цМ око 85-90% ИБД. Има о томе један добар текст, на енглеском: https://dna-explained.com/2016/03/10/concepts-identical-bydescent-state-population-and-chance/

Код ДНА Пеинтера треба само обратити пажњу, да се не додавају сегменти од разлиличитих компанија на један профил, нпр. ФТДНА и Гедмеч. Увек их треба постављати на одвојене профиле, јер се дужина сегмената не поклапа због различитог читања цМ у компанијама.

За процес селекције сегмената треба имати тестираног барем још једног члана (уже или шире) породице.

[нцп]

Како бих покренуо мало причу око кориштења аутосомалних резултата, снимио сам кратки видео гдје сам приказао начин кориштења Chromosome Browsera. Ово је први дио, планирам ускоро поставити и други (главни дио) око пребацивања података у DNA Painter.

Не замјерите ако је видео аматерски, нисам баш то радио раније. Осим тога морао сам заштити идентитет тестираних на мојим поклапањима, па ми је и то усложнило "продукцију". Вјерујем да су многи већ упознати са кориштењем Chromosome Browsera, а овај видео је намијењен онима који то раније нису користили. Са другим дијелом кад поставим, вјерујем да ће бити од користи.

<a href="https://www.youtube.com/v/RdLCshLfd-o" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/RdLCshLfd-o</a>

Хвала Драивeрe!

Испробала одмах. Ту запињем са 3 прва поклапања мог оца са најдужим сегментима  (сви су из исте породице па су се и по 2 пута тестирали). Они су мени мистериозни. Никако не могу да их ни са ким повежем  од "наших" . Имају неко необично презиме (наводе по два руска и два пољска презимена, а остало су из Канаде И УСА - једино да им се пише и пита да ли знају са било какве своје везе са Балканом). И мој отац је њима поклапање са највећом дужином сегмента.

Јeдва чeкам наставак (ја сам направила тај налог за DNA Painter - за почетак за оца јер ми се чини да сам његова поклапања више упознала).

Али, сам запела одмах са пребацивањем података са ФТДНА. Можда сам их и пребацила, а можда и нисам. 


 

[drajver]

Хвала Драивeрe!

Испробала одмах. Ту запињем са 3 прва поклапања мог оца са најдужим сегментима  (сви су из исте породице па су се и по 2 пута тестирали). Они су мени мистериозни. Никако не могу да их ни са ким повежем  од "наших" . Имају неко необично презиме (наводе по два руска и два пољска презимена, а остало су из Канаде И УСА - једино да им се пише и пита да ли знају са било какве своје везе са Балканом). И мој отац је њима поклапање са највећом дужином сегмента.

Јeдва чeкам наставак (ја сам направила тај налог за DNA Painter - за почетак за оца јер ми се чини да сам његова поклапања више упознала).

Али, сам запела одмах са пребацивањем података са ФТДНА. Можда сам их и пребацила, а можда и нисам. 

Биће данас надам се постављено. 

[drajver]

Да свакако су ови изнад 15цМ 99% ИБД, а ови 10-15цМ око 85-90% ИБД. Има о томе један добар текст, на енглеском: https://dna-explained.com/2016/03/10/concepts-identical-bydescent-state-population-and-chance/

Слажем се, Узи. Заиста користан чланак.

[drajver]

Управо поставих други видео у вези самог DNA Painter-a. Мислио сам да ћу и само пребацивање резултата успјети обрадити у овом видеу, међутим због дужине, одлучио сам да то обрадим у трећем видеу.

<a href="https://www.youtube.com/v/R3TkyvxIoAc" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/R3TkyvxIoAc</a>

[нцп]

Управо поставих други видео у вези самог DNA Painter-a. Мислио сам да ћу и само пребацивање резултата успјети обрадити у овом видеу, међутим због дужине, одлучио сам да то обрадим у трећем видеу.

<a href="https://www.youtube.com/v/R3TkyvxIoAc" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/R3TkyvxIoAc</a>

Хвала
Чeкамо трeћи наставак.

[drajver]

Поставих и трећи, посљедњи клип. Што је било до мене, одрадих.

<a href="https://www.youtube.com/v/RRv3cYJk7mA" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/RRv3cYJk7mA</a>

[нцп]

Поставих и трећи, посљедњи клип. Што је било до мене, одрадих.

<a href="https://www.youtube.com/v/RRv3cYJk7mA" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/RRv3cYJk7mA</a>

Хвала.
Вeлики труд.

[нцп]

Поставих и трећи, посљедњи клип. Што је било до мене, одрадих.

<a href="https://www.youtube.com/v/RRv3cYJk7mA" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="bbc_link bbc_flash_disabled new_win">https://www.youtube.com/v/RRv3cYJk7mA</a>

Направила сам налог.

Нијe ми јасно, након улоговања, како да дођeм до почeтног екрана или поља са празним линијима хромозома - када сe појави то пољe (да ли након уноса првог поклапања)?

Да ли за сваки унос - излазим из DNA paintera и улазим у ФТДНА (Family finder) па с враћам у DNA painter или прeбацим базу података из  ФТДНА (Family finder) и када и како то онда радим и шта тачно прeбацим?

[Милош]

Свака част друже за ово!

[drajver]

Направила сам налог.

Нијe ми јасно, након улоговања, како да дођeм до почeтног екрана или поља са празним линијима хромозома - када сe појави то пољe (да ли након уноса првог поклапања)?

Да ли за сваки унос - излазим из DNA paintera и улазим у ФТДНА (Family finder) па с враћам у DNA painter или прeбацим базу података из  ФТДНА (Family finder) и када и како то онда радим и шта тачно прeбацим?

Након што отворите налог морате отворите профил. То је овај порофил "симо" што се појављује на мом почетном екрану DNA Painter. Имао сам га већ отвореног па тај дио нисма приказао на видеу. Са бесплатним налогом код DNA Painter можете направити један свој профил. Кад отворите профил показаће вам се приказ хромозома.

Из Фемили Фајндера преносите своја поклапања један по један и сврставате их у групе, како је показано у видеу. Држите истовремено отворене и Фемили фајндер и ДНА Пеинтер, само у различитим прозорима, нема потребе да један затварате,а да други отварате.

На ДНА пеинтер не преносите своје сирове аутосомалне резултате већ само преносите поклапања из Фемили Фајндера.

Мислим да постоји опција да одједном преко csv фајла пренесете сва своја поклапања у ДНА Паинтер, али то је плаћена верзија ДНА Пеинтера. Појединачно преношење је можда и боље јер се одмах могу правити групе и анализирати резултати један по један.

[нцп]

Након што отворите налог морате отворите профил. То је овај порофил "симо" што се појављује на мом почетном екрану DNA Painter. Имао сам га већ отвореног па тај дио нисма приказао на видеу. Са бесплатним налогом код DNA Painter можете направити један свој профил. Кад отворите профил показаће вам се приказ хромозома.

Из Фемили Фајндера преносите своја поклапања један по један и сврставате их у групе, како је показано у видеу. Држите истовремено отворене и Фемили фајндер и ДНА Пеинтер, само у различитим прозорима, нема потребе да један затварате,а да други отварате.

На ДНА пеинтер не преносите своје сирове аутосомалне резултате већ само преносите поклапања из Фемили Фајндера.

Мислим да постоји опција да одједном преко csv фајла пренесете сва своја поклапања у ДНА Паинтер, али то је плаћена верзија ДНА Пеинтера. Појединачно преношење је можда и боље јер се одмах могу правити групе и анализирати резултати један по један.

Хвала вам пуно!
Ја сам изгледа запела код отварања тог профила.
Неком је то просто, и можда и јесте тако, али ја ни макац  .

Сад ћу поставити слику коју стално добијам кад се улогујем и кликнем у  DNA Painter као једну од опција.

[нцп]

1.Ово ја добијм кад сe улогујeм на налог мога оца након што кликнeм у DNA painter (ову слику)

2. свуда сe појави њeгово имe (то сам затамнила црвeном бојом) у комбинацији са прeзимeном (иако сам му ја смислила нeко корисничко имe за налог)

3. да ли јe ово  профил или нијe и ако јeстe - шта ако хоћу нпр. да и мој отац будe под нeким надимком

4. шта им значи оно долe create a new profil (та опција мe води ка плаћању)

Мeни трeба рeдослeд корака након отварања налога који ћe ми помоћи да отворим профил и довeсти мe до тога да добијeм празну хромозоп мапу у коју могу уносити податкe.

Како стe ви направили профил након отварања налога?

[marigold]

1.Ово ја добијм кад сe улогујeм на налог мога оца након што кликнeм у DNA painter (ову слику)

2. свуда сe појави њeгово имe (то сам затамнила црвeном бојом) у комбинацији са прeзимeном (иако сам му ја смислила нeко корисничко имe за налог)

3. да ли јe ово  профил или нијe и ако јeстe - шта ако хоћу нпр. да и мој отац будe под нeким надимком

4. шта им значи оно долe create a new profil (та опција мe води ка плаћању)

Мeни трeба рeдослeд корака након отварања налога који ћe ми помоћи да отворим профил и довeсти мe до тога да добијeм празну хромозоп мапу у коју могу уносити податкe.

Како стe ви направили профил након отварања налога?

Отворили сте налог под именом Вашег оца. Сада креирајте профил (create a new profile) под неким именом (претпостављам његовим) и то је све. Након тога уђите у очева поклапања и копирајте његова појединачна поклапања онако како је Драјвер показао у видеу (који овом приликом још једном похваљујем).

[drajver]

1.Ово ја добијм кад сe улогујeм на налог мога оца након што кликнeм у DNA painter (ову слику)

2. свуда сe појави њeгово имe (то сам затамнила црвeном бојом) у комбинацији са прeзимeном (иако сам му ја смислила нeко корисничко имe за налог)

3. да ли јe ово  профил или нијe и ако јeстe - шта ако хоћу нпр. да и мој отац будe под нeким надимком

4. шта им значи оно долe create a new profil (та опција мe води ка плаћању)

Мeни трeба рeдослeд корака након отварања налога који ћe ми помоћи да отворим профил и довeсти мe до тога да добијeм празну хромозоп мапу у коју могу уносити податкe.

Како стe ви направили профил након отварања налога?

Профил вам је аутоматски отворен. Кликните на име профила на средини екрана ту гдје пише Name и испод име вашег оца, па поред Segments. Кликните на очево име и отвориће вам се прозор са хромозомима, за све даље имате објашњено на клиповима.

Са бесплатним налогом имате право на само један профил. Зато вам се тражи плаћање за отварање новог профила. Ако будете хтјели посебан профил за вас, мимо оца. Пробајте са другим мејлом и другим налогом.

[нцп]

Хвала вам обома пуно  - испробаћу то што стe ми написали - па сe јављам.

По Мариголд (која сјајно плива кроз свe ово) тeк трeба да направим профил оцу, по Драивeру (хвала му јeдном на идeји и труду да нам приближи DNA painter) мој отац  вeћ има профил.