Аутор Тема: Где да урадим тест на генетичко порекло?  (Прочитано 115881 пута)

Ван мреже HandsomestOfThemAll

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 70
  • I2 > PH908 > Y84307
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #240 послато: Мај 08, 2021, 12:09:08 поподне »
Да, YSEQ ради само са букалним брисом, за све тестове. Једино мислим да се за WGS тестове шаљу четири четкице, док за "мале" тестове стижу два.
Четкице су на веома танким пластичним штапићима, који стижу у пластично-папирним футролама. Може се овде видети како њихов прибор изгледа:

https://www.yseq.net/instructions/Instructions_sample_collection.pdf

Хвала, знам какве су четкице, радио сам већ тест код њих (па тако и знам да сам I-Y84307). Него помислих да је можда узорак за митохондријску ДНК другачији.

То ми је прво следеће, у знак пажње према мајци, која је убијена у болници несавесним лечењем од стране медицинских радника слуђених октроисаном ковидоманијакалном "пандемијом" пре непуна 3 месеца.

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 281
  • R1b-U152>Z36>... FTA27217>FTA42008
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #241 послато: Мај 08, 2021, 03:15:55 поподне »
Па ово је баш језиво. Значи сви, и они који и даље наплаћују ненормалне цене и ови сирома 'Талијани који нису хтели да буду мафија него да поштено зараде, заправо раде само с пола капацитета.

То је таман као да ти продају кола која имају вучу и на предњем и на задњем точку, али само с леве стране. Туго...

Мислим да највећи број људи који наручују секвенцирање целог генома то раде из медицинских (здравствених) разлога, а да је број ”родословаца” ипак мањина. Оној првој групи су заправо интересантни сви други хромозоми сем Y хромозома, а они су по правилу значајно боље покривени.

Међутим, треба појаснити да није проблем у томе што фирме које раде WGS секвенцирање ”фушере” или раде са пола капацитета, него једноставно када секвенцер очита нпр. 150 вредности нуклеотида/база који су у оном ”црном”, немапираном делу Y хромозома, за то очитавање просто није могуће одредити о ком тачну сегменту Y хромозома се ради, нити шта су референтне вредности нуклеотида на тим локацијама, да би се знало да ли постоји нека мутација (SNP) или не.

Е сад, ако се некада у будућности објави нова верзија референтног људског генома која мапира (скоро) цео Y хромозом, те очитане сирове кратке секвенце из CRAM фајла теоретски би требало да могу да се и накнадно поравнају са тим новијим референтним геномом и да се добије BAM фајл са много бољим покривањем.

Ван мреже Sharelock

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 474
  • I2a Noster Labor
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #242 послато: Мај 10, 2021, 10:01:12 поподне »
Када се добије зипован БАМ фајл и када га отвориш добијеш екстензију .bam. Питање гласи: у ком програму се отвара та екстензија?
Пријатељ мог непријатеља, мој је пријатељ!

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 281
  • R1b-U152>Z36>... FTA27217>FTA42008
Одг: Где да урадим тест на генетичко порекло?
« Одговор #243 послато: Мај 11, 2021, 10:27:22 поподне »
Прилично информативан чланак о новом WGS 400 тесту који је од недавно у понуди YSEQ-а. Дато је и сумарно поређење са главним WGS конкурентима:

https://h600.org/wiki/article33--ySeq-jumps-into-the-DTC-WGS-market-with-WGS400

На истом сајту има још солидних текстова, препоручујем и овај доле, за оне које генерално интересују технички аспекти ДНК секвенцирања:

https://h600.org/wiki/Sequencing